Národní úložiště šedé literatury

Metody pracující s omezeným množstvím zdrojů pro využití v dialogových systémech
Hudeček, Vojtěch; Dušek, Ondřej; Skantze, Gabriel; Schwarz, Petr
2024 - English This thesis focuses on developing and improving task-oriented dialogue systems design in the rapidly growing landscape of artificial intelligence and natural language processing. We propose techniques that can substantially decrease development and deployment costs, motivated by the desire to make these systems more adaptable and scalable. We introduce multiple novel approaches to achieving these goals. Firstly, we present a weakly supervised automatic data annotation pipeline that can transform raw dialogue transcript into a refined set of semantically coherent concepts, bypassing the need for exhaustive manual annotations in natural language understanding for a given domain and significantly streamlining the development process. We also explore the largely uninvestigated field of latent variable models in task-oriented dialogue system modeling. These models offer excellent capabilities with the potential to uncover the structure of behavioral patterns seen in the dialogue through inspection of the latent space and comparison with actions taken by the model. Furthermore, we explore the potential of these models to form hierarchical representations using our proposed architecture. Following recent progress in the field, we harness the power of pre-trained large language models using in-context learning. We... Tato práce se zaměřuje na vývoj a zdokonalování návrhu tzv. task-oriented dialogových systémů v rychle se rozvíjejícím prostředí výzkumu umělé inteligence a zpracování přirozeného jazyka. Navrhujeme techniky, které mohou podstatně snížit náklady na vývoj a nasazení těchto systémů, což je motivováno snahou o jejich větší přizpůsobivost a škálovatelnost. V práci představujeme několik nových přístupů k dosažení těchto cílů. Nejdříve představujeme automatickou metodu anotace dat, která dokáže extrahovat sadu sémanticky koherentních konceptů (dialogových slotů) z prostého přepisu zaznamenaných konverzací. Tímto přístupem snižujeme množství manuální anotace potřebné pro porozumění přirozenému jazyku v dané doméně a výrazně tak zefektivňujeme proces vývoje. Zkoumáme také modely využívající latentní proměnné v modelování task-oriented dialogových systémů. Tato oblast je do značné míry neprobádána. Modely využívající latentní proměnné nabízejí možnost využití neanotovaných dat s potenciálem odhalit strukturu vzorců chování pozorovaných v dialogu. Toho lze dosáhnout prostřednictvím analýzy latentního prostoru a porovnání s akcemi provedenými modelem. Dále zkoumáme potenciál těchto modelů pro vytváření hierarchických reprezentací pomocí námi navržené architektury. V návaznosti na nedávný pokrok v této oblasti také... Keywords: zpracování přirozeného jazyka; neuronové sítě; stromové struktury; natural language processing; neural networks; tree structures Available in a digital repository NRGL Metody pracující s omezeným množstvím zdrojů pro využití v dialogových systémech

This thesis focuses on developing and improving task-oriented dialogue systems design in the rapidly growing landscape of artificial intelligence and natural language processing. We propose techniques ...

Hudeček, Vojtěch; Dušek, Ondřej; Skantze, Gabriel; Schwarz, Petr
Univerzita Karlova, 2024

Vývoj protinádorových imunoterapeutických molekul na bázi fragmentů protilátek specifických pro prostatický specifický membránový antigen
Das, Gargi; Bařinka, Cyril; Vaněk, Ondřej; Ormsby, Tereza
2024 - English Prostate cancer (PCa) remains a leading cause of male cancer-related mortality, necessitating thus the development of novel therapeutic approaches as conventional treatments have limited efficacy. Prostate-specific membrane antigen (PSMA) is an established biomarker for both imaging and therapy of PCa, as it is highly upregulated in neoplastic PCa tissues and metastatic castration- resistant prostate cancer. Consequently, immunological targeting of PSMA has gained significant attention as a therapeutic platform for the management of the disease. The thesis is focused on engineering of antibody fragments and fusion proteins derived from the high affinity anti-PSMA 5D3 monoclonal antibody that can be used as immune cell engagers to target and eliminate PSMA-positive cells. To this end, we engineered 5D3 single chain variable fragments (scFv) that were subsequently fused to anti-CD3 scFv and CP33 sequences, creating thus immune cell engagers targeting T-cells (BiTE) and monocytes (5D3-CP33), respectively. The engagers were expressed in insect cells, purified to homogeneity and their biophysical and functional characteristics evaluated using size exclusion chromatography, differential scanning fluorimetry, ELISA and flow cytometry. Ensuing cell-based assays revealed that both BiTE and 5D3-CP33 can... (Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,... Keywords: rakovina prostaty; prostatický specifický membránový antigen; glutamátkarboxypeptidasa II; imunoterapie; bispecifická protilátka aktivující T lymfocyty; protilátka; jednořetězcové variabilní fragmenty; bispecifická protilátka aktivující monocyty; reaktivní formy kyslíku; fagocytóza; prostate cancer; prostate-specific membrane antigen; glutamate carboxypeptidase II; immunotherapy; T lymphocyte-activating bispecific antibody; antibody; single-chain variable fragments; monocyte-activating bispecific antibody; reactive oxygen species; phagocytosis Available in a digital repository NRGL Vývoj protinádorových imunoterapeutických molekul na bázi fragmentů protilátek specifických pro prostatický specifický membránový antigen

Prostate cancer (PCa) remains a leading cause of male cancer-related mortality, necessitating thus the development of novel therapeutic approaches as conventional treatments have limited efficacy. ...

Das, Gargi; Bařinka, Cyril; Vaněk, Ondřej; Ormsby, Tereza
Univerzita Karlova, 2024

Změny střevního mikrobiomu u pacientů s idiopatickými střevními záněty
Schierová, Dagmar; Jirásková Zákostelská, Zuzana; Hrdý, Jiří; Kohout, Pavel
2024 - English (EN) Microbes have coevolved with humans forming symbiotic communities that constantly challenge the immune system and, when imbalanced, could lead to diseases like inflammatory bowel disease (IBD). Patients with IBD suffer from microbial dysbiosis and chronic inflammation which could be potentiated by immune system reaction to the commensal microbiota. In the research presented here, firstly I have focused on the description of the gut and skin microbiome from patients with IBD and secondly, I investigated the process of antimicrobial defense. Patients with IBD on two different biological therapies targeting TNFα, IL-12 and IL-23 cytokines were tracked for changes in their gut and skin microbiome features. Although, neither differences in gut microbial diversity nor composition were linked with the progression of the therapies, an increased similarity to the healthy control group at week 38 of anti-TNFα therapy was found. This shift in microbiome could be considered beneficial and could be attributed to the inflammation reducing effect of the therapy. While analyzing the microbiome features, various patient characteristics were taken into account and the sources microbiome of variability were uncovered, out of which the interindividual variability stood out the most. Regarding the skin microbiome,... (CZ) Mikrobi se vyvíjeli společně s jejich lidskými hostiteli a vytvořili s nimi symbiotický celek, což ale představuje náročný úkol pro imunitní systém. Pacienti s ISZ trpí mikrobiální dysbiózou a chronickým zánětem, který může být způsoben reakcí imunitního systému na komenzální mikrobiotu. Ve zde prezentovaném výzkumu jsem se nejprve zaměřila na popis střevního a kožního mikrobiomu pacientů s ISZ, a na proces antimikrobiální obrany. Pacienti s IZS na dvou různých biologických terapiích cílící na cytokiny TNFα, IL-12 a IL-23 byli sledováni na výskyt změn v jejich střevním a kožním mikrobiomu. Ačkoli s průběhem sledovaných biologických terapií nebyly spojeny změny v diverzitě ani složení střevního mikrobiomu, v týdnu 38 anti-TNFα léčby byla zjištěna zvýšená podobnost se zdravou kontrolní skupinou. Tento posun ve složení mikrobiomu by mohl být považován za prospěšný a mohl by být připsán účinku terapie, tedy snížení zánětu. Při analýze mikrobiomu byly zohledněny různé charakteristiky pacientů a byly odhaleny zdroje variability mikrobiomu, z nichž nejvíce vynikla interindividuální variabilita. Pokud jde o kožní mikrobiom na místech bohatých na mazové žlázy, byly zjištěny rozdíly ve složení a diverzitě mezi zdravými jedinci a pacienty s ISZ. Toto pozorování je první svého druhu mimo střevo a... Keywords: střevní mikrobiom; terapie IBD; bacteriální DNA; gut microbiome; IBD therapy; bacterial DNA Available in a digital repository NRGL Změny střevního mikrobiomu u pacientů s idiopatickými střevními záněty

(EN) Microbes have coevolved with humans forming symbiotic communities that constantly challenge the immune system and, when imbalanced, could lead to diseases like inflammatory bowel disease (IBD). ...

Schierová, Dagmar; Jirásková Zákostelská, Zuzana; Hrdý, Jiří; Kohout, Pavel
Univerzita Karlova, 2024

Anthropogenic impact on early-life stages of rheophilic fish
BARTOŇ, Daniel
2024 - English This study focuses on the problems faced by the early-life stages of fish living in a river influenced by reservoirs and suggests possible solutions to enhance recruitment. The model fish for the study is the asp (Leuciscus aspius), known for its significant and protected population in the Želivka Reservoir, from where it migrates for reproduction to the tributary of Želivka River. The asp migrates upstream in spring to spawn in shallow, fast-flowing waters. At a research site, the adult population of asp is monitored using passive telemetry. Fish are caught, tagged, and released back into the reservoir. The asp population faces threats due to hydropeaking and river fragmentation. Hydropeaking causes egg detachment from the pebbles and their sedimentation in the reservoir. The study suggests that water should not exceed a velocity of 0.7 m×s-1 at the spawning ground. Periodically increasing discharge also shifts spawning fish outside their preferred spawning site, causing disruption of spawning and potentially lowering recruitment. A flowdeflector was built to protect newly spawned eggs from hydropeaking. However, there are additional threats to the asp recruitment process such as egg consumption by non-indigenous fish like common bream (Abramis brama). Water flow conditions are crucial for the conservation of rheophilic fish, as these fish, aside from habitat loss and modification, also face newly interacting generalist fish species moving from lentic to lotic sections of the system. Fish communities can be affected by reservoir construction far upstream, and these anthropogenic habitat alterations have severe negative impacts on threatened rheophilic fish recruitment. This study focuses on the problems faced by the early-life stages of fish living in a river influenced by reservoirs and suggests possible solutions to enhance recruitment. The model fish for the study is the asp (Leuciscus aspius), known for its significant and protected population in the Želivka Reservoir, from where it migrates for reproduction to the tributary of Želivka River. The asp migrates upstream in spring to spawn in shallow, fast-flowing waters. At a research site, the adult population of asp is monitored using passive telemetry. Fish are caught, tagged, and released back into the reservoir. The asp population faces threats due to hydropeaking and river fragmentation. Hydropeaking causes egg detachment from the pebbles and their sedimentation in the reservoir. The study suggests that water should not exceed a velocity of 0.7 m×s-1 at the spawning ground. Periodically increasing discharge also shifts spawning fish outside their preferred spawning site, causing disruption of spawning and potentially lowering recruitment. A flowdeflector was built to protect newly spawned eggs from hydropeaking. However, there are additional threats to the asp recruitment process such as egg consumption by non-indigenous fish like common bream (Abramis brama). Water flow conditions are crucial for the conservation of rheophilic fish, as these fish, aside from habitat loss and modification, also face newly interacting generalist fish species moving from lentic to lotic sections of the system. Fish communities can be affected by reservoir construction far upstream, and these anthropogenic habitat alterations have severe negative impacts on threatened rheophilic fish recruitment. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Anthropogenic impact on early-life stages of rheophilic fish

This study focuses on the problems faced by the early-life stages of fish living in a river influenced by reservoirs and suggests possible solutions to enhance recruitment. The model fish for the ...

BARTOŇ, Daniel
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2024

Signální dráhy v T-lymfocytární imunitě
Janušová, Šárka; Štěpánek, Ondřej; Hons, Miroslav; Abramson, Jakub
2024 - English The immune system provides protection of the host against pathogens, and tumor cells while maintaining a tolerance to self-tissues. T cells are important players in orchestrating the immune response. Helper T cells navigate other cells in the course of the immune response, cytotoxic T cells directly kill infected or altered cells, and regulatory T cells suppress the overt activation of above mentioned. T cells are activated via their antigen-specific T-cell receptor (TCR), but for proper activation, they need additional signals from co-stimulatory or inhibitory receptors. This double-step activation is one of the regulatory steps to prevent aberrant T-cell activation. The main part of this thesis is focused on understanding of the signal propagation and regulation of the T-cell signaling. We used a tandem affinity purification followed by mass- spectrometry analysis to describe the composition of the receptor signaling complex of TNFR- SF members, GITR and OX40. We employed the same method to analyze the signalosome of IL-17R. One of the described components of all the receptors is ABIN1. We generated ABIN1 knock-out mice that exhibited signs of autoimmunity and its T cells were hyperresponsive to various stimulation in vitro and in vivo. We reported ABIN1 as a regulator ot T-cell signaling. In the... (Czech Version) Imunitní systém zajišťuje ochranu organismu proti patogenům a nádorovému bujení, ale zároveň toleruje buňky tělu vlastní. T buňky jsou důležitou součástí imunitní odpovědi. Pomocné T buňky zajišťují komunikaci mezi jednotlivými buněčnými typy, cytotoxické T buňky zajišťují eliminaci nakažených nebo pozměněných buněk a regulační T buňky poskytují ochranu organismu proti přílišné aktivaci pomocných a cytotoxických T buněk. T buňky jsou aktivované pomocí antigenně-specifického T-buněčného receptoru (TCR), který mají na svém povrchu. Nicméně pro dostatečnou aktivaci potřebují dodatečnou stimulaci přes kostimulační či inhibiční receptory. Tato dvoukroková aktivace slouží jako regulační mechanismus pro zabránění neúměrné aktivace T buněk. Hlavní část této dizertační práce se zabývá studiem a pochopením přenosu signálu po T-buněčné aktivaci a také jeho regulací. Pro objasnění těchto procesů jsme využili tandemovou afinitní purifikaci s následnou analýzou pomocí hmotnostní spektrometrie. Popsali jsme složení signálních komplexů receptorů GITR a OX40, které patří do rodiny receptorů tumor nekrotizujícího faktoru (TNFR), a také receptoru pro interleukin 17 (IL-17R). Ve všech studovaných signálních komplexech jsme popsali protein ABIN1. Následně jsme vytvořili ABIN1-deficientní myši, u kterých... Available in a digital repository NRGL Signální dráhy v T-lymfocytární imunitě

The immune system provides protection of the host against pathogens, and tumor cells while maintaining a tolerance to self-tissues. T cells are important players in orchestrating the immune response. ...

Janušová, Šárka; Štěpánek, Ondřej; Hons, Miroslav; Abramson, Jakub
Univerzita Karlova, 2024

Diverzita CD8+ T-lymfocytárních adaptivních imunitních odpovědí
Paprčková, Darina; Štěpánek, Ondřej; Dobeš, Jan; Gerrard, Audrey
2024 - English CD8+ T cells are specialized immune cells that recognize and eliminate infected or malignant cells by directly attacking and destroying them. Moreover, their ability to form long-lasting memory responses ensures a rapid immune defense upon subsequent encounters with the same pathogens, making them indispensable for overall immune system function and maintaining health. Despite all of this, many aspects of their biology are still not well understood. The main objective of this thesis is to delve deeply into the adaptive immune responses of CD8+ T cells, focusing on elucidating several critical aspects. Firstly, we conducted a review and a research study of T-cell receptor (TCR) self-reactivity to understand its influence on immune responses. Intriguingly, experimental findings revealed that the degree of TCR self-reactivity did not impact the magnitude or type of the immune response. Instead, it played a decisive role in determining the fate commitment of CD8+ T cells in the periphery during homeostasis, shedding light on a nuanced regulatory mechanism. Another part of the research probed into per-cell differences of activated naïve and memory T cells. This investigation unveiled the remarkable potency of memory T cells to generate long- lived effector memory T cells. In contrast, naïve T cells... (Czech Version) CD8+ T-lymfocyty jsou specializované imunitní buňky, které rozpoznávají a eliminují infikované nebo nádorové buňky tím, že je přímo napadají a ničí. Jejich schopnost vytvářet dlouhotrvající paměťové reakce zajišťuje rychlou imunitní obranu při následných setkáních se stejnými patogeny, což je činí nepostradatelnými pro celkovou funkci imunitního systému. Navzdory jejich důležitosti mnoho aspektů jejich biologie stále není dobře objasněno. Hlavním cílem této práce je studium adaptivních imunitních odpovědí CD8+ T-lymfocytů se zaměřením na několik specifických otázek. Nejprve jsme provedli literární přehled a následnou výzkumnou studii s cílem objasnit roli autoreaktivity antigenního receptoru T-lymfocytů (TCR) v imunitní reakci konkrétních T-lymfocytárních klonů. Zjistili jsme, že stupeň autoreaktivity TCR nemá vliv na velikost nebo typ imunitní odpovědi. Místo toho hraje míra autoreaktivity rozhodující roli při spontánní diferenciaci CD8+ T-lymfocytů při homeostázi v periferních lymfoidních orgánech. V další části výzkumu jsem zkoumala rozdíly mezi imunitní odpovědí naivních a paměťových T-lymfocytů. Tento projekt odhalil pozoruhodnou schopnost paměťových T-lymfocytů generovat dlouhověké efektorové paměťové T-lymfocyty. Naproti tomu naivní T-lymfocyty převažně daly vzniknout... Keywords: Paměťové buňky; Adaptivní imunita Available in a digital repository NRGL Diverzita CD8+ T-lymfocytárních adaptivních imunitních odpovědí

CD8+ T cells are specialized immune cells that recognize and eliminate infected or malignant cells by directly attacking and destroying them. Moreover, their ability to form long-lasting memory ...

Paprčková, Darina; Štěpánek, Ondřej; Dobeš, Jan; Gerrard, Audrey
Univerzita Karlova, 2024

Porovnání imunomodulačních vlastností mezenchymálních kmenových buněk a Sertoliho buněk
Porubská, Bianka; Krulová, Magdaléna; Komrsková, Kateřina; Filipp, Dominik
2024 - English Cell therapies are increasingly considered in preclinical studies and in the future of medicine. The main cell type investigated in this manner is mesenchymal stem cells (MSCs), because of their strong immunomodulatory properties. The efficacy of the therapy depends on various aspects, such as the viability and source of MSCs, the purity of the cell suspension and many more. There is a need for more tailored therapy and the use of cell type better fitting for the specific pathology. Sertoli cells (SCs) are deemed by some authors to be a kind of MSCs, namely because of their similar immunomodulatory properties. Because they reside in the seminiferous tubules in the testes, they are a promising candidate for the treatment of inflammatory pathologies of testicular tissue, such as bacterial infection-induced infertility. In vitro comparison of the ability of MSCs and SCs to differentiate into mesenchymal cell lineages such as osteocyte, chondrocyte, and adipocyte showed success in the case of SCs, providing evidence for their mesenchymal origin. The effect of MSCs or SCs on activated immune cells in vitro showed immunosuppression in both cases with distinct features. MSCs suppressed Th17 cell activation and IL-17 production by CD4+ T cells and SCs down-regulated TNFα and IL-2 production by these cells,... Slovak Abstract Bunkové terapie sa v súčastnosti zohľadňujú viac a viac v klinických štúdiách a budúcnosti medincíny. Najviac študovaným typom buniek v tomto kontexte sú mezenchymálne kmeňové bunky vďaka svojim imunomodulačným vlastnostiam (Mesenchymal Stem cells - MSC). Efektivita bunkovej terapie záleží na viacerých aspektoch, napríklad viabilite MSC, ich zdroji a čistote bunkovej suspenzie. Je potreba prispôsobiť terapiu a vybrať bunkový typ lepšie vyhovujúci špecifickej patológii. Sertoliho bunky (Sertoli cells - SC) sú niektorými autormi považované za druh MSC, najmä pre ich podobné imunomodulačné vlastnosti. Nachádzajú sa priamo v semenotvorných tubuloch semenníkov, vďaka čomu sú vhodným kandidátom pre terapiu zápalových patológií semenníkov, ako je napríklad neplodnosť vyvolaná bakteriálnou infekciou. Schopnosť SC diferencovať do bunkových typov mezenchymálnej línie, osteocytov, chondrocytov a adipocytov in vitro je porovnateľná s MSC, čo poskytuje dôkaz o ich mezenchymálnom pôvode. Účinok MSC alebo SC na aktivované bunky imunitného systému ukázal potlačenie pro-zápalovej reakcie v odlišnej podobe. MSC potlačujú aktiváciu Th17 buniek, čo je ukázané potlačením produkcie IL-17 CD4+ T bunkami. SC potlačili produkciu TNFα a IL-2, čo skôr poukazuje na potlačenie indukcie zápalu v začiatkoch. SC, v... Keywords: mezenchymální kmenové buňky; Sertoliho buňky; imunomodulace; mesenchymal stem cells; Sertoli cells; immunomodulation Available in a digital repository NRGL Porovnání imunomodulačních vlastností mezenchymálních kmenových buněk a Sertoliho buněk

Cell therapies are increasingly considered in preclinical studies and in the future of medicine. The main cell type investigated in this manner is mesenchymal stem cells (MSCs), because of their ...

Porubská, Bianka; Krulová, Magdaléna; Komrsková, Kateřina; Filipp, Dominik
Univerzita Karlova, 2024

Katalytické a fotochemické cykloadice alkynů
Fadeev, Aleksandr; Kotora, Martin; Pour, Milan; Parkan, Kamil
2024 - English Novel approaches to utilizing alkynes in transition metal-catalyzed [2+2+2] cycloadditions and photochemical [2+2] cycloadditions were investigated with respect to the potential applications of these transformations. First, a chemo- and regioselective fully intermolecular cocyclotrimerization of internal alkynes with a commercially available ethynyl boronate was developed using Ru-catalysis and its mechanism was examined using DFT calculations. The established method allows for a straightforward preparation of various 1,4-diborylated benzenes, which can serve as multifunctional building blocks in organic synthesis. In particular, the products can be used in cross-coupling, carbonylation and oxidation reactions to access a broad variety of contiguously substituted arenes, such as natural products mirandamycin and violaceoid C. Second, a comparative study of catalytic and uncatalyzed photocycloadditions between alkynes and quinones was undertaken. Contrary to the recent reports, irradiation with visible light alone is sufficient to obtain not only the [2+2] cycloaddition products, but also several products of cascade transformations. Thus, depending on the structure of the quinone used, either carbo- or heterocycloaddition pathway is mainly realized, giving rise either to annulated cyclobutenes or... Byly prozkoumány nové přístupy k použití alkynů ve [2+2+2] cykloadicích katalyzovaných přechodnými kovy a ve fotochemických [2+2] cykloadicích s ohledem na potenciální aplikace těchto transformací. Nejprve byla vyvinuta zcela chemo- a regioselektivní intermolekulární kocyklotrimerizace vnitřních alkynů s komerčně dostupným ethynylboronátem katalyzovaná komplexem Ru a její mechanismus byl studován pomocí DFT kalkulací. Nově zavedená metoda umožňuje přímou přípravu různých substituovaných 1,4-diborylovaných benzenů, které mohou sloužit jako multifunkční intermediáty v organické syntéze. Tyto sloučeniny mohou být použity v křížových párovacích reakcích, karbonylacích a oxidacích, které vedou k přípravě široké škály substituovaných arenů, jako jsou například, přírodní látky mirandamycin a violaceoid C. Za druhé byla provedena srovnávací studie katalytických a nekatalytických fotocykloadicí mezi alkyny a chinony. Na rozdíl od nedávných publikací, pouhé ozáření viditelným světlem stačí k získání nejen produktů [2+2] cykloadicí, ale i několika produktů kaskádových reakcí. V závislosti na struktuře použitého chinonu se tedy převážuje buď karbo- nebo heterocykloadiční mechanismus, který vede buď k anulovaným cyklobutenům, nebo k reaktivním para-chinonmethidům. Zkoumání chemo- a regioselektivity těchto... Keywords: katalýza; alkyny; fotochemie; cykloadice; catalysis; alkynes; photochemistry; cycloadditions Available in a digital repository NRGL Katalytické a fotochemické cykloadice alkynů

Novel approaches to utilizing alkynes in transition metal-catalyzed [2+2+2] cycloadditions and photochemical [2+2] cycloadditions were investigated with respect to the potential applications of these ...

Fadeev, Aleksandr; Kotora, Martin; Pour, Milan; Parkan, Kamil
Univerzita Karlova, 2024

Studenoválečná technopolitika: Československá hydroexpertíza v Africe
Mazanec, Jakub; Janáč, Jiří; Miescher, Stephan; Schulze, Frederik
2024 - English Ghana, Guinea, Egypt, Algeria, Zambia, Ethiopia, and many other African countries; that is exactly where you can find great water works, machines, hydrological maps, plans, or the imaginary "footprints" of hydro experts from Czechoslovakia dwelling here especially before 1989. How is such a thing possible in a landlocked, central European country without a colonial history? The decolonisation of Africa, particularly in the 1950s and 1960s, gave rise to a number of new states. These countries, until recently completely dependent politically and economically on their colonial capitals, were now looking for the most appropriate political, economic, and social model for their future direction. As part of full independence, they were trying to modernise their economies, which, in addition to supplementing their lack of infrastructure, meant making better use of their natural resources. The notion of a path to modernization through large-scale industrialization and the necessary electrification that went hand in hand with it made African leaders seek to make better use of the water resources their countries possessed. Given the lack of their own funds, experts and technology, the new governments were mostly dependent on cooperation with states in the Global North for water resources development. Water... Ghana, Guinea, Egypt, Alžírsko, Zambie, Etiopie a mnoho dalších afrických zemí. Zde všude je možné nalézt vodní díla, stroje, hydrologické mapy či pomyslné "otisky bot" vodohospodářských expertů z Československa, které se sem dostaly zejména před rokem 1989. Jak je něco takového v případě vnitrozemského, středoevropského státu bez koloniální minulosti možné? Dekolonizace Afriky zejména v 50. a 60. letech dala vzniknout celé řadě nových států. Tyto země, donedávna politicky i ekonomicky zcela závislé na svých koloniálních metropolích, nyní hledaly nejvhodnější politický, ekonomický a společenský model svého budoucího směřování. V rámci úplného osamostatnění se horečně snažily zmodernizovat svou ekonomiku, což kromě doplnění chybějící infrastruktury znamenalo i lépe využít své často značné přírodní bohatství. Představa cesty k modernizaci skrze rozsáhlou industrializaci a k ní nutnou elektrifikaci vedla africké vůdce ke snahám lépe využít vodní zdroje, které jejich země skýtaly. S ohledem na nedostatek vlastních finančních prostředků, expertů a technologií byly vlády nových států v otázkách rozvoje vodních zdrojů většinou odkázány na spolupráci se státy globálního severu. Rozvoj vodních zdrojů, respektive export k němu nutných technologií a expertízy, se tak stal politickým nástrojem, který státy... Keywords: Studená válka|Afrika|Československo|globální hydroexpertíza|Hydroprojekt|vodohospodářství|přehrady|Malka Wakana|Vysoká Asuánská přehrada|Ghana; Cold War|Africa|Czechoslovakia|Global Hydroexpertise|Czechoslovak Hydroprojekt|Water management|Dams|Malka Wakana|High Aswan Dam|Ghana Available in a digital repository NRGL Studenoválečná technopolitika: Československá hydroexpertíza v Africe

Ghana, Guinea, Egypt, Algeria, Zambia, Ethiopia, and many other African countries; that is exactly where you can find great water works, machines, hydrological maps, plans, or the imaginary ...

Mazanec, Jakub; Janáč, Jiří; Miescher, Stephan; Schulze, Frederik
Univerzita Karlova, 2024

Design, syntéza a biologická aktivita nových inhibitorů PI4K třídy II a RIPK2/3 kináz
Misehe, Mbilo; Nencka, Radim; Soural, Miroslav; Baszczyňski, Ondřej
2024 - English Synthetic kinase inhibitors are chemical tools to investigate cellular roles of kinase enzymes and, potentially, find new treatments for various diseases that are connected with their dysregulated expressions and activities. This thesis focuses on two projects that were devoted to design, synthesize and evaluate novel compounds as kinase inhibitors. In a first project, employing structure-based docking methods, novel 7-aryl- or 7-heteroaryl-substituted 4-aminoquinazoline-6-carboxamide compounds were developed as inhibitors of class II phosphatidylinositol 4-kinases (PI4K2A/2B). A simple synthetic approach enabled the preparation and the functionalization of the 4-aminoquinazoline scaffold in six steps. Enzymatic evaluation for activity and selectivity against PI4Ks (i.e., PI4K2A and class III PI4Ks) highlighted several compounds with low micromolar potency and good selectivity against PI4K2A. Moreover, the binding mode of the new compounds in the conserved ATP-binding sites of class II PI4Ks was corroborated by X-ray crystallography. This suggests the applied rationale of the design can be a strategical option to obtain more potent and selective PI4K class II inhibitors, to conduct additional investigations on these kinases. In a second project, novel 4,6- and 4,6,7-substituted quinazoline... Syntetické inhibitory kináz jsou chemickými nástroji pro zkoumání buněčných rolí těchto kináz a hledání nových způsobů léčby lidských onemocnění, která souvisejí s poruchami regulace jejich exprese a aktivity. Tato práce se zaměřuje na dva projekty, které byly věnovány návrhu, syntéze a hodnocení nových sloučenin jako inhibitorů kináz. V prvním projektu byly, s využitím strukturních dokovacích metod, vyvinuty nové 7-aryl nebo 7- heteroaryl-substituované 4-aminochinazolin-6-karboxamidové sloučeniny jako inhibitory fosfatidylinositol 4-kináz třídy II (PI4K2A/2B). Pomocí jednoduchého syntetického přístupu a následné funkcionalizace byl v šesti syntetických krocích připraven žádaný 4-aminochinazolinový skelet. Vyhodnocení biologické aktivity a selektivity vůči PI4K (tj. PI4K2A a PI4K třídy III) odhalilo několik sloučenin s nízkou mikromolární aktivitou a dobrou selektivitou vůči PI4K2A. Způsob vazby nových sloučenin ve vazebném místě pro ATP PI4K třídy II byl potvrzen rentgenovou krystalografií a naznačuje, že použitý postup může vést k ještě účinnějším a selektivnějším inhibitorům PI4K třídy II pro další výzkum těchto kináz. Ve druhém projektu byly vyvinuty nové 4,6- a 4,6,7-substituované chinazolinové sloučeniny jako inhibitory receptor-interagujících proteinkináz 2 a 3 (RIPK2/3). Návrh molekul byl... Keywords: inhibitor kinázy; fosfatidylinositol 4-kináza; třída II PI4K; receptor-interagující protein kináza; RIPK2; RIPK3; kinase inhibitor; fosfatidylinositol 4-kinase; class II PI4K; receptor-interacting protein kinase; RIPK2; RIPK3 Available in a digital repository NRGL Design, syntéza a biologická aktivita nových inhibitorů PI4K třídy II a RIPK2/3 kináz

Synthetic kinase inhibitors are chemical tools to investigate cellular roles of kinase enzymes and, potentially, find new treatments for various diseases that are connected with their dysregulated ...

Misehe, Mbilo; Nencka, Radim; Soural, Miroslav; Baszczyňski, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024