Microevolutionary processes in apomictic genus Taraxacum.
MAJESKÝ, Luboš; VAŠUT, Radim Jan; VAŠUT, Radim Jan
2013 - English Available in digital repository of UPOL. Microevolutionary processes in apomictic genus Taraxacum.

MAJESKÝ, Luboš; VAŠUT, Radim Jan; VAŠUT, Radim Jan
Univerzita Palackého v Olomouci, 2013

Biophysical analysis of mechanisms underlying antitumor effects of new anticancer drugs
MLČOUŠKOVÁ, Jarmila; BRABEC, Viktor; BRABEC, Viktor
2012 - English The mechanism of action of anticancer platinum drugs used in the clinic, such as cisplatin and its analogues, involves coordination to purine DNA bases. The cellular responses to such DNA damage primarily lead to cell death by apoptosis or necrosis. The ability of cancer cells to recognize damage induced in DNA by platinum antitumor drugs and initiate DNA repair is an important mechanism for therapeutic resistance and has a negative impact upon therapeutic efficacy. A possible direction in designing new drugs is thus focusing on pharmacological inhibition of DNA repair. Another interesting possibility is an enhancement of therapeutic efficacy of drugs already routinely used in the clinic, e.g. by photoactivation. As an attempt aimed at DNA repair inhibition novel antitumor dinuclear azolato-bridged PtII complexes, such as [(cis-{Pt-(NH3)2})2(?-OH)(?-pz)]2+ (AMPZ), were designed and synthesized. The AMPZ complex has exhibited markedly higher toxic effects in some tumor cell lines compared to cisplatin plus circumvention of cross-resistance to cisplatin and it has been suggested that it is a consequence of small structural changes induced in DNA by this new dinuclear PtII complex. Supposingly, these little conformational distortions in DNA represent a structural motif recognized by DNA repair proteins less efficiently than distortions induced by cisplatin and in this way escape repair mechanisms. Our objective was to investigate differences in the DNA interactions between cisplatin and dinuclear azole-bridged PtII complex AMPZ at the level of high-molecular-mass mammalian and plasmid DNAs, oligonucleotides and cell extracts. We studied conformation and repair of polymeric natural DNA after its modification by AMPZ and in succession we further specified the energetics, conformation, and recognition of short DNA duplexes containing a major adduct of this antitumor complex. We provided experimental evidence that modification by AMPZ exhibits reduced DNA repair synthesis in human cell-free extracts and that binding of this complex to DNA induces only small conformational distortions in DNA structure. As a consequence, the AMPZ adducts are not recognized by specific damaged-DNA binding proteins such as HMGB1 and XPA which are known to be important factors modulating antitumor activity of platinum drugs used in the clinic. We also investigated the prospects of photoactivation of carboplatin, an analogue of cisplatin also used in the clinic. It was of our interest to examine whether parent carboplatin can be affected by irradiation with light to the extent that its DNA binding and biological, including cytotoxic, properties are altered. We have found that carboplatin is converted to species capable of enhanced DNA binding by UVA irradiation and consequently its toxicity in cancer cells is markedly enhanced. Enabled by novel medical applications of laser and fiber optic technologies, selective photoactivation of carboplatin by light of appropriate wavelength could benefit treatment outcomes and inhibit acquisition of resistance. Mechanismus účinku protirakovinných léčiv na bázi cisplatiny, používaných v klinické praxi, zahrnuje vazbu na purinové báze DNA. Buněčná odezva na toto poškození DNA primárně vede ke smrti buňky apoptózou nebo nekrózou. Schopnost nádorových buněk rozpoznat poškození a zahájit opravu DNA má však za následek terapeutickou rezistenci a má negativní vliv na terapeutickou účinnost. Jedním z možných směrů ve vývoji nových léčiv je tedy farmakologická inhibice těchto DNA opravných mechanismů. Další zajímavou možností je zvýšení terapeutické účinnosti léčiv, která se již běžně používají v klinické praxi, např. fotoaktivací. Dvojjaderné platinové komplexy obsahující azolový můstek, jako např. [(cis-{Pt-(NH3)2})2(?-OH)(?-pz)]2+ (AMPZ), jsou příkladem léčiv vyvinutých s cílem inhibovat opravu DNA. Ve srovnání s cisplatinou, AMPZ je v některých nádorových liniích výrazně toxičtější a navíc nevykazuje křížovou rezistenci k cisplatině, což je považováno za důsledek malých strukturních změn, které vazba AMPZ v molekule DNA vyvolává. Nízká distorze způsobená tímto novým komplexem s protinádorovým účinkem by mohla mít za následek jeho snížené rozpoznání proteiny DNA opravných mechanismů a zvýšení terapeutické účinnosti ve srovnání s cisplatinou. Naším cílem bylo stanovit rozdíly v interakcích AMPZ a cisplatiny s DNA. Studovali jsme konformaci a opravu polymerní DNA po její modifikaci AMPZ a následně jsme blíže specifikovali energetiku, konformaci a rozlišení krátkých duplexů DNA obsahujících hlavní adukt tohoto komplexu. Poskytli jsme experimentální důkaz toho, že DNA s navázaným AMPZ je v lidských buněčných extraktech méně opravována než je-li modifikována cisplatinou. Dále jsme ukázali, že vazba AMPZ ve struktuře DNA vyvolává pouze malé změny, které nejsou rozpoznávány proteiny specificky se vážícími k poškozené DNA, jako jsou HMGB1 a XPA, které hrají důležitou roli v protinádorové aktivitě platinových léčiv používaných v klinice. Naším cílem bylo rovněž zjistit, zda je klinicky používaná karboplatina vhodným kandidátem na fotoaktivovatelné léčivo. Po ozáření UVA došlo k výraznému zvýšení rychlosti vazby na DNA a ke zvýšení toxicity v nádorových buňkách. Selektivní fotoaktivace karboplatiny, umožněná vývojem laserových a optovláknových technologií, by tedy mohla zvýšit dosavadní terapeutickou účinnost karboplatiny a předejít vzniku rezistence. Keywords: protinádorová léčiva; cisplatina; karboplatina; pyrazolát; mechanismus účinku působení protirakovinných léčiv na bázi kovů; syntéza nových léčiv; DNA oprava; proteiny rozlišující poškození DNA; vazba na DNA; DNA můstky; fotoaktivovatelná léčiva; ozáření UVA; terapeutická účinnost; toxicita v nádorových buňkách; antitumor drugs; cisplatin; carboplatin; pyrazolate; mechanism of action of antitumor metallodrugs; design of new drugs; DNA repair; damaged-DNA recognition proteins; DNA binding; DNA adducts; photoactivated drugs; UVA irradiation; therapeutic efficacy; toxicity in tumor cells Available in digital repository of UPOL. Biophysical analysis of mechanisms underlying antitumor effects of new anticancer drugs

Mechanismus účinku protirakovinných léčiv na bázi cisplatiny, používaných v klinické praxi, zahrnuje vazbu na purinové báze DNA. Buněčná odezva na toto poškození DNA primárně vede ke smrti ...

MLČOUŠKOVÁ, Jarmila; BRABEC, Viktor; BRABEC, Viktor
Univerzita Palackého v Olomouci, 2012

Stabilization of Protein Three-Dimensional Structure
SKLENOVSKÝ, Petr; OTYEPKA, Michal
2011 - English Available in digital repository of UPOL. Stabilization of Protein Three-Dimensional Structure

SKLENOVSKÝ, Petr; OTYEPKA, Michal
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Enzymes linked to degradation pathway of cytokinins in maize
KONČITÍKOVÁ, Radka; KOPEČNÝ, David
2015 - English The presented Ph.D. thesis is focused on characterization of enzymes, which could be linked to degradation pathway of cytokinins in maize. Cytokinins are plant hormones, which play an important role in many developmental processes like regulation of cell proliferation and differentiation in root and shoot apical meristems, differentiation of plastids etc. Cytokinins negatively control root elongation and branching and the main naturally occurring cytokinins are N6-prenylated adenine/adenosine derivatives, such as N6-(2-isopentenyl)adenine (iP) and zeatin (Z) and their ribosides iPR and ZR. Cytokinin oxidase/dehydrogenase (CKO/CKX, EC 1.5.99.12) catalyzes irreversible degradation of above cytokinins to the corresponding adenine or adenosine and aldehyde. The first aim of the work was to better understand substrate specificity differences among CKO isoforms and to search for more complex inhibitors. In consequence, new structures of CKO2 and CKO4a from maize as well as the binding mode of cytokinin ribosides were analyzed. New thidiazuron-derived inhibitors were tested and their binding was analyzed by X-ray crystallography. The importance of CKO glycosylation for the enzyme stability was studied using CKO1 from maize. The second aim of this work was to search for enzymes involved in possible interconversion of CKO reaction products. The search was focused on a superfamily of aldehyde dehydrogenases (ALDHs), which could metabolize the released aldehyde, and also on a family of nucleoside-N-ribohydrolases (NRH, EC 3.2.2.1), which could catalyze the interconversion of adenosine to adenine as well as the interconversion of cytokinin ribosides to bases. Aldehydes are toxic, cancerogenic and mutagenic at higher concentrations and ALDHs are responsible for oxidation of biogenic aldehydes as well as for cell detoxification of aldehydes generated during lipid peroxidation. So far, 13 ALDH families have been described in plants. To get insight into their function, 10 maize genes covering three ALDH families (family 2, 7 and 10) were analyzed. Crystal structures of representatives of these three families were solved and their kinetics was characterized. It was found that ALDH2 family isoforms are able to oxidize aldehydes released from CKO reaction. NRHs catalyze a hydrolysis of nucleosides to nucleobase and ribose and the study was focused on purine nucleoside N-ribohydrolase, namely NRH3 from maize (ZmNRH3). Kinetic and structural study was performed and it was found that both adenosine and iPR/ZR can be metabolized to corresponding bases adenine and iP/Z. Předkládaná disertační práce je zaměřena na charakterizaci enzymů, které by mohly být spojeny s degradací cytokininů v kukuřici. Cytokininy jsou rostlinné hormony, které hrají důležitou roli v mnoha vývojových procesech, jako je regulace buněčného dělení a vývoje kořene a prýtu, diferenciace plastidů atd. Cytokininy často kooperují s dalšími rostlinými hormony, zejména auxiny. Přirozeně se vyskytující cytokininy jsou N6-prenylované deriváty adeninu / adenosinu, jako N6- (2-isopentenyl) adeninu (iP) a zeatin (Z) a jejich ribosidy iPR a ZR. Cytokininoxidasa / dehydrogenasa (CKO / CKX, EC 1.5.99.12) katalyzuje ireverzibilní degradaci cytokininů na adeninu nebo adenosinu a odpovídající aldehyd. Prvním cílem práce bylo lépe popsat rozdíly v substrátové specificitě mezi jednotlivými isoformami CKO a najít účinnější inhibitory. V důsledku toho, byly analyzovány nové struktury CKO2 a CKO4a z kukuřice, stejně jako vazebný způsob cytokininových ribosidů. Byly testovány nové inhibitory odvozené od thidiazuronu a pomocí rentgenové krystalografie analyzována jejich vazba. Vliv glykosylace na stabilitu enzymu byl studován na CKO1 z kukuřice. Druhým cílem této práce bylo hledání enzymů podílejících se na možné interkonverzi reakčních produktů metabolismu cytokininů. Hledání bylo zaměřeno na nadrodinu aldehyddehydrogenas (ALDHs), které by mohly metabolizovat uvolněný aldehyd, a také na rodiny nukleosid-N-ribohydrolas (NRH, EC 3.2.2.1), které mohou katalyzovat vzájemnou přeměnu adenosinu na adenin, stejně jako interkonverzi cytokininových ribosidů na odpovídající báze. Aldehydy jsou při vyšších koncentracích toxické, kancerogenní a mutagenní. ALDHs jsou zodpovědné za oxidaci biogenních aldehydů, podobně i za detoxifikaci aldehydů vznikajících při peroxidaci lipidů. Dosud bylo popsáno 13 ALDH rodin v rostlinách. Pro bližší pochopení jejich funkcí, bylo analyzováno 10 kukuřičný genů ze tří ALDH rodin (rodina 2, 7 a 10). Byly řešeny krystalové struktury zástupců těchto tří rodin, a také charakterizovány jejich kinetické vlastnosti. Bylo zjištěno, že izoenzymy z ALDH2 rodiny jsou schopny oxidovat aldehydy produkované CKO. NRHs katalyzují hydrolýzu nukleosidů na odpovídající báze a ribózu. Byly studovány purinové nukleosid N-ribohydrolasy, a to NRH3 z kukuřice (ZmNRH3). Na základě provedených kinetických a strukturální studií bylo zjištěno, že jak adenosin tak i iPR / ZR mohou být metabolizovány na odpovídající báze adenin a iP / Z. Keywords: Cytokinin; Cytokininoxidasa / dehydrogenas; aldehyddehydrogenasa; nukleosid-N-ribohydrolasa; Cytokinins; Cytokinin oxidase/dehydrogenase; nucleoside-N-ribohydrolase; aldehyde dehydrogenase Available in digital repository of UPOL. Enzymes linked to degradation pathway of cytokinins in maize

Předkládaná disertační práce je zaměřena na charakterizaci enzymů, které by mohly být spojeny s degradací cytokininů v kukuřici. Cytokininy jsou rostlinné hormony, které hrají důležitou roli ...

KONČITÍKOVÁ, Radka; KOPEČNÝ, David
Univerzita Palackého v Olomouci, 2015

A study of inhibitors of cytokinin metabolism
GEMROTOVÁ, Markéta; SPÍCHAL, Lukáš
2010 - English Available in digital repository of UPOL. A study of inhibitors of cytokinin metabolism

GEMROTOVÁ, Markéta; SPÍCHAL, Lukáš
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Effect of neoteny on diversification and distribution of net - winged beetle Scarelus (Coleoptera: Lycidae)
MALOHLAVA, Vladimír; BOCÁK, Ladislav
2010 - English Available in digital repository of UPOL. Effect of neoteny on diversification and distribution of net - winged beetle Scarelus (Coleoptera: Lycidae)

MALOHLAVA, Vladimír; BOCÁK, Ladislav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Back to the Roots? Forming New Concepts of Women´s Identity in Contemporary Postcolonial Literature Written by Women in Dutch and Afrikaans
VITÁČKOVÁ, Martina; ENGELBRECHT, Wilken; ENGELBRECHT, Wilken
2011 - English The project Back to the roots? analyzes women´s characters in contemporary women´s postcolonial writing in Dutch (from the Netherlands) and Afrikaans, focusing on how and where these characters search (and eventually find) their identity in the new/altered situation of the postcolonial society. The concept of the identity of the characters is however not the only aspect that has changed. If we look closely at the analyzed characters, we can observe a development on the three major areas: the bodily element, motherhood and the way of perception of ?the other?. These are, of course, connected with the altered concept of women´s characters which, as I want to argue, are not stuck in the classical Oedipal plot anymore and therefore offer an alternative to the father ? son narrative. By finding a vocabulary that would be able to describe this new plot, the authors of the corpus offer an alternative to the traditional literature where the white heterosexual middle-class male character, presented to the reader as ?the self?, has been the standard. The characters I have taken a closer look at are different from we are used to in literature. They present themselves as ?the other? and at the same as ?self?. These I-narrators acquire in the course of their narration an own voice and subjectivity, even though they keep the position of ?the other? at the same time. They refuse to take in a position in the centre and on the contrary find self-assurance in this marginal position. Hereby the literary characters in contemporary postcolonial women´s literature spread the positive representation of ?the other? and consequently deconstruct the hierarchy within the binary of ?self? ? ?the other?. The authors included into this project´s corpus offer an alternative to how a story can be told about ?the other?, but also about ?the self?, since in their narratives these two are inseparable, intertwined, and more importantly: not in hierarchical order. The I-narrators abandon the hierarchical structure of ?the self? ? ?the other? binary and come with a new, non-hierarchical, concept that recognizes ?the other? in ?the self?. Hereby they put the interrogation process between ?the self? and ?the other? in a radically new perspective. They do not have to assimilate to white male subjectivity in order to become subjects themselves. As this research has shown, and I would like to claim that this is the case of the postcolonial situation globally, the act of becoming a subject is closely connected with language emancipation. Cílem disertační práce Back to the roots? je nalézt jednu z možných odpovědí na dilema západní společnosti, jak stanovit společensko-kulturní identitu jednotlivce jinak, než na základě hierarchické binární opozice jako je ?já? - ?ten druhý? a zjistit, jak se literární postavy v současné postkoloniální tvorbě s pozměněným systémem binárních opozic vyrovnávají. Tento cíl je realizován analýzou vybraných děl ze současné postkoloniální tvorby autorek v nizozemštině a afrikánštině a analýzou korpusu sestaveného z děl ze stejné oblasti. Analýza se zaměřuje na ženské literární postavy v současných postkoloniálních dílech psaných ženami v nizozemštině (z Nizozemska) a afrikánštině, konkrétně na to, jakým způsobem literární postavy v postkoloniální situaci hledají, resp. nacházejí identitu, jak vymezí sebe sama, když není možné se odvolat na jedinou kulturu. Práce identifikuje způsoby, jakými se současné postkoloniální autorky vyrovnávají se změněnou postkoloniální situací, jak jinak a nově koncipují identitu svých ženských postav. Pozornost je věnována především tomu, jak se mění koncept ?ženy? a ?ženskosti? v souvislosti s ženským tělem a mateřstvím. Tedy aspekty ženské zkušenosti, které byly v majoritním diskursu koloniálního systému, tj. oidipálním narativu, zamlčeny nebo potlačeny. Keywords: feministická literární teorie; postkolonialismus; ženské autorky; identita; nizozemská literatura; afrikánská literatura; feminist literary theory; postcolonialism; women authors; ?the other?; identity; Dutch literature; Afrikaans literature Available in digital repository of UPOL. Back to the Roots? Forming New Concepts of Women´s Identity in Contemporary Postcolonial Literature Written by Women in Dutch and Afrikaans

zjistit, jak se literární postavy v současné postkoloniální tvorbě s pozměněným systémem binárních opozic vyrovnávají. Tento cíl je realizován analýzou vybraných děl ze současné ...

VITÁČKOVÁ, Martina; ENGELBRECHT, Wilken; ENGELBRECHT, Wilken
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Organization of microtubular cytoskeleton and its interactions with membranes in higher plant cells
POCHYLOVÁ, Žaneta; BINAROVÁ, Pavla
2010 - English Available in digital repository of UPOL. Organization of microtubular cytoskeleton and its interactions with membranes in higher plant cells

POCHYLOVÁ, Žaneta; BINAROVÁ, Pavla
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Molecular and cellular effects of cell cycle inhibitors derived from cytokinins
PAPRSKÁŘOVÁ, Martina
2009 - English Available in digital repository of UPOL. Molecular and cellular effects of cell cycle inhibitors derived from cytokinins

PAPRSKÁŘOVÁ, Martina
Univerzita Palackého v Olomouci, 2009

THE ANALYSIS PRECURSORS AND METABOLITES OF PHYSIOLOGICALLY ACTIVE COMPOUNDS USING MASS SPECTROMETRY AND ITS HYPHENATION WITH MICROSEPARATION TECHNIQUES
PAPOUŠKOVÁ, Barbora
2009 - English Available in the UPOL Library. THE ANALYSIS PRECURSORS AND METABOLITES OF PHYSIOLOGICALLY ACTIVE COMPOUNDS USING MASS SPECTROMETRY AND ITS HYPHENATION WITH MICROSEPARATION TECHNIQUES

PAPOUŠKOVÁ, Barbora
Univerzita Palackého v Olomouci, 2009