Tree of life in a gappy genomic era
Martínková, Natália
2012 - English Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and computational infrestructure. I present the character of DNA sequence matrices for multilocus datasets, which contain large portions of missing data. A condition critical for analysis of multilocus data is that datasets for all loci or genes need to have partially overlapping taxon sets. The work-flow for analysing such data differs between supermatrix and supertree estimation of species trees. In the supermatrix approach, aligned sequences for all genes are concatenated and the species tree is estimated directly from a partitioned matrix. In the supertree approach, gene sequence alignments are used for inference of gene trees. Those are then combined into a species supertree. Smaller projects could benefit from utilising all available information in the supermatrix. Larger projects should rely on supertree methods for computational optimisation. Keywords: DNA sequence evolution; phylogeny; multilocus genotyping; supermatrix; supertree Available at various institutes of the ASCR Tree of life in a gappy genomic era

Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and ...

Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2012

Genetic diversity in populations
Martínková, Natália; Zemanová, Barbora
2011 - English Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is often the first indication of detrimental processes affecting populations, such as reduction in the number of breeding individuals or breeding of close relatives. Nucleotide diversity shows how different the sequences of a given gene are in a population. Gene diversity estimates how likely two individuals are to share the same sequence of a gene. Number of alleles is the count of different versions of a gene with differing sequences, and this is corrected for sample size in estimation of allelic richness. Heterozygosity is the average frequency that an individual will have two different copies of a gene. Keywords: nucleotide diversity; haplotype diversity; heterozygosity; Hardy-Weinberg equilibrium Available at various institutes of the ASCR Genetic diversity in populations

Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is ...

Martínková, Natália; Zemanová, Barbora
Ústav biologie obratlovců, 2011

First record of the Danube whitefin gudgeon (Romanogobio vladykovi) in the Nida River drainage, Poland
Nowak, M.; Mendel, Jan; Szczerbik, P.; Koščo, J.; Klaczak, A.; Popek, W.
2009 - English The Danube whitefin gudgeon Romanogobio vladykovi Fang, 1943 belongs to the R. albipinnatus (Lukasch, 1933) species group. In the territory of Poland so-called whitefin gudgeon was recorded for the first time in the middle stretches of Vistula River (1965). Since then the species has been found in some 20 localities in the Vistula and Odra River drainages. In May and July 2009 two specimens identified initially as belonging to the R. albipinnatus species group were caught in the main course of Nida River. Molecular approach based on combination of both mitochondrial and nuclear markers confirmed occurrence of R. vladykovi on Polish territory. This conclusion alters the knowledge about the distribution of the species of the R. albipinnatus species group. Kottelat and Freyhof (2007) considered that the territory of Poland is inhabited by R. belingi, whereas R. vladykovi is restricted only to the drainage area of Danube River. Hrouzek běloploutvý z Dunaje, Romanogobio vladykovi Fang, 1943 patří do skupiny druhů R. albipinnatus (Lukasch, 1933). Poprvé byl na území Polska zaznamenán ve středním úseku řeky Vistula v roce 1965. Od té doby byl pak nalezen na 20 lokalitách v povodí řek Vistula a Odra. V květnu a červenci 2009 byli odchyceni dva jedinci patřící do skupiny R. albipinnatus v hlavním toku řeky Nidy. Molekulární přístup založený na kombinaci mitochondriálního a jaderného markeru potvrdil výskyt R. vladykovi na polském území. Tento závěr mění informace o distribuci druhů hrouzka běloploutvého. Kottelat a Freyhof (2007) uváděli, že území Polska je obývané R. belingi, kdežto R. vladykovi je vyhrazený jen pro povodí Dunaje. Keywords: fish; Poland Available at various institutes of the ASCR First record of the Danube whitefin gudgeon (Romanogobio vladykovi) in the Nida River drainage, Poland

The Danube whitefin gudgeon Romanogobio vladykovi Fang, 1943 belongs to the R. albipinnatus (Lukasch, 1933) species group. In the territory of Poland so-called whitefin gudgeon was recorded for the ...

Nowak, M.; Mendel, Jan; Szczerbik, P.; Koščo, J.; Klaczak, A.; Popek, W.
Ústav biologie obratlovců, 2009

Basic phylogenetic methods
Vallo, Peter
2008 - English This volume comprises contributions of a team of lecturers, who held their speeches at a course for undergraduate students on computational biology. The particular topic of phylogenetic methods is briefly introduced, covering basics of DNA sequence evolution and tree nomenclature. Methods of tree reconstructions are further explained; both general tree searching algorithms and particular reconstruction methods i.e. distance, parsimony, likelihood and Bayesian approaches. Tento svazek zahrnuje příspěvky týmu autorů, kteří přednášeli na kurzu výpočetní biologie pro pregraduální studenty. Téma fylogenetických metod je stručne uvedeno, pokrývajíc základy evoluce sekvencí DNA a názvosloví stromů. Dále jsou vysvětlovány metody rekonstrukce stromů; jak obecné algoritmy pro hledání stromů, tak i jednotlivé metody rekonstrukce t.j. distanční, parsimonický, věrohodnostní a Bayesiánský přístup. Keywords: molecular phylogeny; distance methods; maximum parsimony; maximum likelihood; Bayesian analysis Available at various institutes of the ASCR Basic phylogenetic methods

This volume comprises contributions of a team of lecturers, who held their speeches at a course for undergraduate students on computational biology. The particular topic of phylogenetic methods is ...

Vallo, Peter
Ústav biologie obratlovců, 2008

Tutorial in phylogenetic analyses
Martínková, Natália
2008 - English Reconstruction of phylogeny plays an important role in presentday science. Aim of this paper is to introduce basic methods of phylogenetic analysis using DNA sequences. In a brief manner, approaches to phylogenetic inference, commonly used methods of tree reconstruction, and models of DNA evolution are presented. This compendium may serve as an introduction to this exciting discipline of biological science. Fylogenetické analýzy se rychle vyvíjejí a často se objevují nové metody nebo pokročilá vylepšení stávajících metod. Školení poskytne návod, jak určit důležité kroky ve fylogenetické analýze sekvencí DNA, které mohou být aplikovány na další výpočtové techniky. Tyto kroky zahrnují alignment sekvencí, identifikace alel a haplotypů, výběr substitučního modelu a rekonstrukce fylogenetických stromů. Keywords: phylogenetic DNA sequence analysis Available at various institutes of the ASCR Tutorial in phylogenetic analyses

Reconstruction of phylogeny plays an important role in presentday science. Aim of this paper is to introduce basic methods of phylogenetic analysis using DNA sequences. In a brief manner, approaches ...

Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2008

Proceedings of the 4th International Summer School on Computational Biology
Dušek, L.; Haruštiaková, D.; Martínková, Natália
2008 - English Keywords: International Summer School; Computational Biology Available at various institutes of the ASCR Proceedings of the 4th International Summer School on Computational Biology

Dušek, L.; Haruštiaková, D.; Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2008

25th Mustelid colloquium, 4-7 October 2007, Třeboň, Czech Republic
Hájková, Petra; Růžičková, O.
2007 - English The 25th Mustelid Colloquium was held in Třeboň, Czech Republic, on 4-7 October 2007. The meeting was organized by Czech Otter Foundation Fund, Agency for Nature Conservation and Landscape Protection of the Czech Republic, and the Institute of Vertebrate Biology, Academy of Sciences of the Czech Republic. Nearly 100 participants from 21 countries presented 45 talks and 28 posters dealing with all European mustelid species, except the marbled polecat. The main topics included distribution and demography, monitoring and assessment techniques, road mortality, conservation and management, genetics, habitat use, diet, and behaviour. Within the colloquium, also the workshop „How to assess the conservation status of otters in context of EU legislation?“ took place. Ve dnech 4.-7. října 2007 se v Třeboni (ČR) konalo 25. mezinárodní kolokvium o lasicovitých šelmách. Setkání bylo organizováno Českým nadačním fondem pro vydru, Agenturou ochrany přírody a krajiny ČR a Ústavem biologie obratlovců AV ČR. Konference se zúčastnilo téměř 100 účastníků z 21 krajin, kteří prezentovali 45 přednášek a 28 posterů zabývajících se všemi evropskými druhy z čeledi lasicovité, kromě tchoříka skvrnitého. Hlavními tématy byly rozšíření a demografie, monitoring a výzkumní metody, silniční mortalita, ochrana a management, genetika, využívání prostředí, potravní ekologie a etologie. V rámci kolokvia se uskutečnil také workshop „Jak hodnotit stav populací vydry říční v kontextu legislativy EU?“. Keywords: European mustelid species Available at various institutes of the ASCR 25th Mustelid colloquium, 4-7 October 2007, Třeboň, Czech Republic

The 25th Mustelid Colloquium was held in Třeboň, Czech Republic, on 4-7 October 2007. The meeting was organized by Czech Otter Foundation Fund, Agency for Nature Conservation and Landscape Protection ...

Hájková, Petra; Růžičková, O.
Ústav biologie obratlovců, 2007

8th Workshop of the Southeastern European Bird Migration Network (SEEN)
2006 - English Sborník zahrnuje program a abstrakty příspěvků prezentovaných na 8. workshopu SEEN (Southeastern European Bird Migration Network), jenž se konal v únoru 2006 v Praze. Semináře se zúčastnilo celkem 46 badatelů z Evropy a Blízkého Východu, kteří přednesli nejnovější výsledky svých výzkumů migrace ptáků. The booklet includes the programme and abstracts of contributions presented at the 8th SEEN Workshop in Prague, Czech Republic in February 2006. In total, 46 participants from Europe and the Middle East took part in this meeting and presented results of their recent studies in avian migrations. Keywords: bird migration; migrace; sborníky Available at various institutes of the ASCR 8th Workshop of the Southeastern European Bird Migration Network (SEEN)

Sborník zahrnuje program a abstrakty příspěvků prezentovaných na 8. workshopu SEEN (Southeastern European Bird Migration Network), jenž se konal v únoru 2006 v Praze. Semináře se zúčastnilo celkem 46 ...

Ústav biologie obratlovců, 2006

Perch (Perca fluviatilis L.) diet during the flooding period of the Chabařovice coal mining pit (North-West Bohemia, Czech Republic)
Adámek, Zdeněk; Jurajda, Pavel; Musil, J.; Janáč, Michal; Kabilka, P.; Polačik, Matej; Ťuk, J.; Valová, Zdenka; Zeman, J.
2006 - English The Chabařovice coal mining pit (Chabařovice lake) is currently still under the process of continuous flooding and its area increased up to 174 ha since 2001. The inflow water originates from surface waterbodies and hence the penetration of fish species, undesirable with respect to biomanipulation efforts, makes a serious problem in fisheries management of the lake. Adult perch have been the most numerous fish of the lake until 2004. Current perch population consists of one cohort (7+ - 8+) originating from the recruitment of two subsequent year classes. The food bulk of adult perch consisted of benthic animals and zooplankton in both years under study, however their proportion differed significantly. In 2004, dragon fly nymphs were the dominant food items with 58.80% proportion, followed by cladocerans Daphnia sp., which made up 23.82% of food ingested. In 2005, chironomid larvae prevailed in the food bulk with 41.95% and the diversity of ingested food items was obviously wider. Důlní propadlina Chabařovice je v současné době postupně napouštěna a její plocha se od roku 2001 trvale zvyšuje na stávajících 174 ha. Voda přítoku pochází z povrchových zdrojů a vnikání některých druhů ryb, nežádoucích s ohledem na biomanipulační snahy, se tak stává závažným problémem pro rybářský management nádrže. Adultní okoun byl nejpočetnější rybou nádrže až do roku 2004 a jeho současná populace je tvořena v podstatě pouze dvěma věkovými kohortami (7+ - 8+), které pocházejí ze dvou následných úspěšných výtěrů. Potravu okouna na nádrži tvoří především bentičtí (fytofilní) bezobratlí a zooplankton (Daphnia), ale jejich zastoupení se v průběhu dvou period sledování lišilo. V roce 2004 převládaly larvy vážek (Libellula quadrilineata a Coenagrion puella) s podílem 58.80%, následované perloočkami Daphnia sp., které tvořily až 23.82% přijaté potravy. V roce 2005 byly hlavními potravními organismy larvy pakomárů (41.95%) a diverzita konzumovaných organizmů se významně zvýšila. Keywords: perch; Chabařovice lake; biomanipulation; food Available at various institutes of the ASCR Perch (Perca fluviatilis L.) diet during the flooding period of the Chabařovice coal mining pit (North-West Bohemia, Czech Republic)

The Chabařovice coal mining pit (Chabařovice lake) is currently still under the process of continuous flooding and its area increased up to 174 ha since 2001. The inflow water originates from surface ...

Adámek, Zdeněk; Jurajda, Pavel; Musil, J.; Janáč, Michal; Kabilka, P.; Polačik, Matej; Ťuk, J.; Valová, Zdenka; Zeman, J.
Ústav biologie obratlovců, 2006

New approach to phytophilous macroinvertebrates sampling in emergent littoral vegetation
Sychra, Jan; Adámek, Zdeněk
2006 - English The aim of the study was to design the sampling method for collection of phytophilous macroinvertebrates associated with submersed parts of hard emergent littoral vegetation in still waters, which will join technical sampler unpretentiousness, sampling simplicity and maximal quantitative accuracy. For these purposes, we developed a modified Gerking´s frame box sampler with movable cutter for sampling of animals in the littoral macrophyte beds and a new type of core sampler for collection of animals inhabiting the root zone of emergent plant beds. Both sampling devices are suitable for studies targeted on macroinvertebrates monitoring. The comparative sampling using frame box sampler and benthos handnet was performed in the littoral of three carp ponds. The sampling procedure utilizing the frame sampler was more labour demanding however it enabled significantly (P < 0.05) more efficient collection of slowly moving or sedentary animals. Cílem studie bylo vyvinout takovou metodu vzorkování fytofilních bezobratlých kolonizujících ponořené části tvrdé vynořené flóry litorálu stojatých vod, která by splňovala nároky na jednoduchost a přesnost odběru. Nejvhodnější se ukázala kombinace modifikovaného Gerkingova rámového vzorkovače s pohyblivým nožem pro odběry v litorálních porostech a nový typ sondy pro odběry zoobentosu v jejich kořenové zóně. Srovnání účinnosti rámového vzorkovače a ruční síťky bylo provedeno v litorálu tří kaprových rybníků. Vzorkování s použitím rámového vzorkovače bylo sice pracnější avšak umožnilo významně (P < 0.05) efektivnější odběr pomalu se pohybujících nebo přisedlých živočichů jako jsou plži, máloštětinatí červi, pijavky, vodní roztoči a larvy pakomárů. Naproti tomu však rychleji pohybliví bezobratlí (vodní ploštice, larvy koreter) byly významně (P < 0.05) méně přítomni ve vzorcích z rámového vzorkovače v porovnání s ruční síťkou. Keywords: littoral vegetation; phytophilous macroinvertebrates; pond macrozoobenthos; sampling Available at various institutes of the ASCR New approach to phytophilous macroinvertebrates sampling in emergent littoral vegetation

The aim of the study was to design the sampling method for collection of phytophilous macroinvertebrates associated with submersed parts of hard emergent littoral vegetation in still waters, which ...

Sychra, Jan; Adámek, Zdeněk
Ústav biologie obratlovců, 2006