Number of found documents: 232613
Published from to

The role of protein tyrosine phosphatase CD45 and Src-family kinases in murine model of chronic autoinflammatory osteomyelitis
Ilievová, Kristýna; Brdička, Tomáš; Černý, Jan
2020 - Czech
K rozvoji autoinflamatorních onemocnění dochází v důsledku dysregulace mechanismů při- rozené imunity. To vede ke spontánnímu rozvoji zánětu. Ztráta exprese proteinu PSTPIP2 vede u myší k rozvoji chronické autoinflamatorní osteomyelitidy v důsledku vyšší aktivity neutrofilních granulocytů a jejich zvýšené produkce IL-1β. PSTP . PSTPIP2 interaguje s PESTβ. PSTPI fosfatázami a kinázou CSK. Tyto proteiny jsou důležitými negativními regulátory kináz rodiny Src. Tato diplomová práce se věnuje studiu role kináz rodiny Src a jejich pozitivní- ho regulátoru, fosfatázy CD45, v rozvoji chronické autoinflamatorní osteomyelitidy. K tomu byl využit myší model chronické autoinflamatorní osteomyelitidy (CMO) deficient- ní v expresi CD45. U těchto myší dochází k pozdějšímu rozvoji onemocnění. Buňky kostní dřeně izolované z těchto myší po aktivaci silikou produkují méně IL-1β. PSTP a mají nižší fosfoβ. PSTPI - rylaci MAP kinázy ERK pravděpodobně v důsledku vyšší fosforylace inhibičního tyrozinu kináz rodiny Src, která vede k jejich nižší aktivitě. U těchto myší bylo též sledováno za- stoupení různých typů imunitních buněk v kostní dřeni, slezině a krvi. Výsledky této práce přispívají k lepšímu pochopení role kináz rodiny Src a fosfatázy CD45 v rozvoji chronické autoinflamatorní osteomyelitidy. The development of autoinflammatory diseases is caused by the dysregulation of innate immune mechanisms. This leads to the development of spontaneous inflammation. Mice lacking adaptor protein PSTPIP2 develop chronic autoinflammatory osteomyelitis due to higher activity of neutrophil granulocytes and their increased production of IL-1β. .β. PSTPIP2 interacts with PEST phosphatases and kinase CSK. These proteins are impor- tant negative regulators of Src family kinases. In this diploma thesis, the role of Src family kinases and the role of their positive regulator phosphatase CD45 in the development of chronic autoinflammatory osteomyelitis was studied. For this purpose, a mouse model of chronic autoinflammatory osteomyelitis (CMO) lacking CD45 was used. These mice deve- lop the disease with delayed kinetics. Bone marrow cells isolated from these mice produce less IL-1β. upon silica activation and have lower phosphorylation of ERK MAP kinase. It isβ. probably caused by higher phosphorylation of the inhibitory tyrosine of Src family kinases resulting in their lower activity. The presence of different immune cell populations in the bone marrow, spleen and blood of these mice was also monitored in these mice. The re- sults of this work contribute to a better understanding of the role of Src family... Keywords: CD45; chronická autoinflamatorní osteomyelitida; IL-1beta; kinázy rodiny Src; neutrofilní granulocyty; PSTPIP2; CD45; chronic autoinflammatory osteomyelitis; IL-1beta. Src-family kinases; neutrophil granulocytes; PSTPIP2 Available in a digital repository NRGL
The role of protein tyrosine phosphatase CD45 and Src-family kinases in murine model of chronic autoinflammatory osteomyelitis

K rozvoji autoinflamatorních onemocnění dochází v důsledku dysregulace mechanismů při- rozené imunity. To vede ke spontánnímu rozvoji zánětu. Ztráta exprese proteinu PSTPIP2 vede u myší k rozvoji ...

Ilievová, Kristýna; Brdička, Tomáš; Černý, Jan
Univerzita Karlova, 2020

The role of proteins acetylation in life cycle of Polyomaviruses
Dostalík, Pavel; Horníková, Lenka; Saláková, Martina
2020 - Czech
Virová částice myšího polyomaviru je složená ze 3 strukturních proteinů: majoritní strukturní VP1 a minoritní strukturní ů ci řady proteinů mohou ovlivňovat jejich posttranslační modifikace. Tato práce se zaměřuje na to jaký dopad mají acetylace strukturních proteinů na replikační cyklus MPyV. První část této práce se zabývá acetylací proteinu VP1. Podařilo se nám prokázat, ž tento protein acetylovaný ve virové čá é to, že proces acetylace je závislý na přítomnosti minoritních proteinů aké se nám podařilo prokázat, že pro infektivitu viru je důležitá HDAC6 ejí nadprodukce snižuje infektivitu viru, stejný efek é u viru izolovaného z HDAC6 KO buněk. Naše data naznačují že VP1 protein je substrátem HDAC6. Podařilo se nám zjistit, že VP1 protein viru izolovaného z HDAC6 KO buněk íce acetylovaný ve srovnání s původním vire Ve druhé čá ěřili na N' terminální acetylace proteinu na jeho N' konci byla už dříve popsána a jeho mutace zabraňující této acetylaci vede tomu, že e takový MPyV neinfekční. Proto jsme chtěli zjistit, zda je N' terminální důležitá pro stabilitu VP3 proteinu. Naše předběžné výsledky naznačují, že N' terminálně acetylovaný VP3 divokého typu je stabilnější ve srovnání s Klíčová slova: Myší polyomavirus, HDAC6, acetylace, strukturní proteiny, posttranslační Capsid of mouse polyomavirus (MPyV) is composed from three structural proteins: major structural protein VP1 and minor structural proteins VP2 and VP3. Posttranslational modifications may affect functions of proteins. This work deals with acetylation of MPyV structural proteins and its impact on the viral replication cycle. First part of the thesis is focused on acetylation of VP1. We showed that the VP1 protein is acetylated in viral particles and that interaction of VP1 with minor proteins supports VP1 acetylation. Further, we showed that cytoplasmatic deacetylase, histone deacetylase 6 (HDAC6), is important for virus infectivity. Overexpression of HDAC6 decreased MPyV infectivity, also decreased infectivity was exhibited by virus isolated from HDAC6 knock out cells. In addition, VP1 protein of virus from HDAC6 knock out cells was more acetylated in comparison with virus from parental cell line. These data suggest that VP1 is substrate for HDAC6. Second part of the thesis is focused on the characterization of N-terminal acetylation of VP3 minor structural protein. It has been previously shown that VP3 protein is N-terminally acetylated and MyPV with mutated (unacetylated) form of VP3 protein is non-infectious. The main aim of this part is to prove the hypothesis that N-terminal acetylation is... Keywords: acetylace; polyomavirus; strukturní protein; VP1; VP3; HDAC6; acetylation; polyomavirus; structural protein; VP1; VP3; HDAC6 Available in a digital repository NRGL
The role of proteins acetylation in life cycle of Polyomaviruses

Virová částice myšího polyomaviru je složená ze 3 strukturních proteinů: majoritní strukturní VP1 a minoritní strukturní ů ci řady proteinů mohou ovlivňovat jejich posttranslační modifikace. Tato ...

Dostalík, Pavel; Horníková, Lenka; Saláková, Martina
Univerzita Karlova, 2020

Effect of Wharton's jelly-derived mesenchymal stem cells secretome in the treatment of rat spinal cord injury
Jančová, Pavlína; Chudíčková, Milada; Grobárová, Valéria
2020 - Czech
V experimentálních modelech míšních poranění bylo ukázáno, že transplantace mezenchymálních kmenových buněk izolovaných z Whartonova rosolu vede ke zlepšení motorických a senzorických funkcí léčených zvířat, stejně jako k podpoře neuroregenerace, angiogeneze a imunomodulace. Tyto buňky ale jen omezeně migrují do místa poranění, přežívají krátkou dobu a působí především svým sekretomem. Proto je studován alternativní přístup bezbuněčné terapie spočívající v aplikaci kondiciovaného média připraveného kultivací kmenových buněk. V této diplomové práci byl porovnán léčebný účinek lidských mezenchymálních kmenových buněk izolovaných z Whartonova rosolu a jejich kondiciovaného média při opakované intratekální aplikaci potkanům s modelovým míšním poraněním: balónkovou ischemickou kompresní lézí. Po navození léze byly potkanům podány tři dávky kmenových buněk nebo kondiciovaného média s týdenními rozestupy. Následujících devět týdnů byly prováděny behaviorální testy, ve kterých došlo k signifikantnímu zlepšení obou léčených skupin oproti neléčené kontrole. Aplikace kondiciovaného média a kmenových buněk dále vedla ke zvýšení plochy nepoškozené míšní tkáně a ke zvýšení relativní exprese genů spojených s neuroregenerací, ačkoli nedošlo ke snížení plochy samotné gliové jizvy. Oproti aplikaci kmenových buněk... As previously shown, transplantation of Wharton's jelly-derived mesenchymal stem cells in the experimental model of spinal cord injury leads to the motor and sensory functions improvement, supports neuroregeneration, angiogenesis and provides immunomodulation. On the other hand, these cells have limited migration and survival capacity, and their therapeutic effect is mediated mostly by their secretome. Therefore, application of mesenchymal stem cells derived conditioned medium is studied as an alternative option for cell therapy. In this thesis, therapeutic effect of repeated intrathecal delivery of human Wharton's jelly-derived mesenchymal stem cells and their conditioned media in the treatment of spinal cord injury was compared. After induction of a balloon ischemic compression lesion, stem cells or conditioned media were administered weekly in three doses. Behavioral analyses were carried out up to nine weeks after spinal cord injury and revealed significant improvement of both treated groups compared to the untreated saline control. Application of stem cells and conditioned media also resulted in a higher amount of spared tissue and enhanced expression of genes related to neuroregeneration, although the size of glial scar was not reduced. Compared to application of stem cells, application of... Keywords: míšní poranění; mezenchymální kmenové buňky; Whartonův rosol; sekretom; kondiciované médium; potkaní model; spinal cord injury; mesenchymal stem cells; Wharton's jelly; secretome; conditioned medium; rat model Available in a digital repository NRGL
Effect of Wharton's jelly-derived mesenchymal stem cells secretome in the treatment of rat spinal cord injury

V experimentálních modelech míšních poranění bylo ukázáno, že transplantace mezenchymálních kmenových buněk izolovaných z Whartonova rosolu vede ke zlepšení motorických a senzorických funkcí léčených ...

Jančová, Pavlína; Chudíčková, Milada; Grobárová, Valéria
Univerzita Karlova, 2020

Donor specific T cell alloreactivity in kidney transplant recipients with borderline changes
Šilhová, Markéta; Hrubá, Petra; Holáň, Vladimír
2020 - Czech
Po transplantaci ledviny imunitní systém příjemce reaguje na antigeny dárce a dochází k odhojování štěpu (rejekci). Častým bioptickým nálezem po transplantaci ledviny jsou hraniční změny, považované za předstupeň rejekce. U části pacientů s hraničními změnami dojde k progresi do rejekce. Identifikace těchto rizikových pacientů pomocí biomarkerů by umožnila úpravu léčby a pomohla zabránit rozvoji rejekce. Cílem mé práce bylo ověřit biomarkery rozvoje rejekce u pacientů s diagnózou hraničních změn. ELISOU jsme stanovili chemokiny CXCL9, CXCL10 a CCL17 v moči/séru u pacientů s diagnózou subklinických hraničních změn ve 3. měsíci (n=40) a u pacientů s časnými hraničními změnami (n=25). Ve 3. měsíci, vyšší hladina CXCL10 predikovala rejekci s AUC=0,749, p=0,024. Vysoká hladina CXCL10 byla zjištěna také u pacientů s BKV infekcí. U CXCL9 a CCL17 jsme vztah k rejekci nepotvrdili. U časných hraničních změn byla hladina CXCL10 i CXCL9 zvýšena u pacientů, kteří rozvinuli rejekci, i u pacientů bez rejekce, proto je nelze použít k predikci rejekce. Alloreaktivita u pacientů byla stanovena testem IFN-γ ELISPOT (n=38). Nepodařilo se nám prokázat souvislost mezi frekvencí buněk produkujících IFN-γ po stimulaci buňkami dárce či CMV peptidy na rozvoj rejekce. CXCL10 v moči je nadějným biomarkerem rizika rozvoje... After kidney transplantation the recipient's immune system responds to the donor's antigens and the graft rejection occurs. Borderline changes are a frequent diagnosis after kidney transplantation, representing only mild rejection signs. Some patients with borderline changes undergo progression to rejection. The identification of these at- risk patients by biomarkers will allow enhanced treatment and help to prevent the development of rejection. The aim of my work was to verify biomarkers of rejection in patients with borderline changes. Chemokines CXCL9, CXCL10 and CCL17 in urine/serum of 40 patients with subclinical borderline changes at 3 months and in 25 patients with early borderline changes were determined by ELISA. At 3 months, the higher CXCL10 level predicted rejection with AUC=0.749, p=0.024. High levels of CXL10 had also been found in patients with BKV infection. We did not confirm the relationship between rejection and the CXCL9 and CCL17. In the early posttransplant period the levels of CXCL10 and CXCL9 were elevated in all patients and therefore couldn't be used to predict rejection. The alloreactivity was examined using IFN-γ ELISPOT (n=38). No association between the frequency of IFN-γ producing cells after stimulation with donor cells or CMV peptides and the development of... Keywords: Transplantace; hraniční změny; ELISPOT; ELISA; IFN-γ; CXCL10; CXCL9; CCL17; Transplantation; borderline changes; ELISPOT; ELISA; IFN-γ; CXCL10; CXCL9; CCL17 Available in a digital repository NRGL
Donor specific T cell alloreactivity in kidney transplant recipients with borderline changes

Po transplantaci ledviny imunitní systém příjemce reaguje na antigeny dárce a dochází k odhojování štěpu (rejekci). Častým bioptickým nálezem po transplantaci ledviny jsou hraniční změny, považované ...

Šilhová, Markéta; Hrubá, Petra; Holáň, Vladimír
Univerzita Karlova, 2020

Cytokine expression in regressive melanoma on porcine MeLiM model
Miltrová, Veronika; Skalníková, Helena; Krulová, Magdaléna
2020 - Czech
Kožní melanom je velmi agresivní nádorové onemocnění se stále se zvyšující incidencí. Vzniká maligní transformací kožních pigmentových buněk (melanocytů). Největší podíl na vzniku melanomu má sluneční UV záření a opakované spálení. Přibližně v 10 % případů melanom vzniká na dědičném podkladě. Pacienti s kožním melanomem diagnostikovaným v časném stádiu bez založených metastáz mají velmi dobrou prognózu a k léčbě mnohdy stačí pouze chirurgické odstranění primárního nádoru. Oproti tomu pokročilá stádia kožního melanomu jsou jen těžko léčitelná a často dochází k progresi onemocnění. Kožní melanom je označován jako imunogenní nádor, který je často infiltrován buňkami imunitního systému. Nádory s infiltrací imunitními buňkami mají lepší prognózu. Může docházet i ke spontánní regresi. Během několika posledních let byl v léčbě melanomu zaznamenán pokrok v terapii s využitím tzv. checkpoints molekul (anti-CTLA-4 a anti-PD-1) k aktivaci pacientova imunitního systému k rozeznání nádorových ložisek. V nádorovém mikroprostředí hrají důležitou roli cytokiny, umožňující komunikaci mezi buňkami a regulující jejich proliferaci a migraci a tím vývoj nádoru. Cytokiny mohou být využity v podpůrné terapii (IL-2, IFNα). Tato práce sledovala hladiny exprimovaných cytokinů za využití prasečího modelu dědičného kožního... Cutaneous melanoma is a very aggressive cancer with increasing incidence. It originates from transformed pigmented skin cells (melanocytes). The main risk factor for melanoma development is exposure to UV light and repeated sunburns. In approximately 10 % of cases, melanoma occurs on hereditary basis. Patients with cutaneous melanoma diagnosed in early stages have very good prognosis, with surgical resection of the primary tumour being mostly sufficient for treatment. In contrast, the advanced melanoma stages with metastases are often progressive and refractory to conventional therapies. Cutaneous melanoma is referred to as an immunogenic tumour that is frequently infiltrated by cells of the immune system. Tumours with immune cell infiltration show better prognosis. Spontaneous regression may occur. Over the last few years, progress has been made in the treatment of melanoma using checkpoints molecules (anti-CTLA-4 and anti-PD-1) to activate patients own immune system to recognize tumour lesions. In the tumour microenvironment, cytokines play an important role, enabling communication between cells and regulation of cell proliferation and migration and thus the tumour development. Cytokines (IL-2, IFNα) can be used in adjuvant therapy of melanoma. This work analysed levels of expressed cytokines in... Keywords: cytokin; prasečí model; melanom; regrese; IL-4; IL-8; MeLiM; cytokine; porcine model; melanoma; regression; IL-4; IL-8; MeLiM Available in a digital repository NRGL
Cytokine expression in regressive melanoma on porcine MeLiM model

Kožní melanom je velmi agresivní nádorové onemocnění se stále se zvyšující incidencí. Vzniká maligní transformací kožních pigmentových buněk (melanocytů). Největší podíl na vzniku melanomu má sluneční ...

Miltrová, Veronika; Skalníková, Helena; Krulová, Magdaléna
Univerzita Karlova, 2020

Study of the materno-fetal microchimerism of the APC using MHCII/EGFP mouse model and clearing histological techniques
Knížková, Karolina; Černý, Jan; Schwarzer, Martin
2020 - Czech
Mikrochimérismus vzniká výměnou buněk mezi geneticky odlišnými jedinci. Koexistence geneticky odlišných populací buněk v rámci jednoho organismu přináší možné dopady na zdraví a fungování imunitního systému jedinců, ale přesné mechanismy působení nejsou ještě často známy. S rozvojem mikroskopických technologií a softwarů pro analýzu dat se rozšiřují možnosti detekce a fenotypizace těchto vzácných buněčných populací. Mým záměrem v této práci je vyhledání maternálního mikrochimérismu v tkáních embrya a střevech kojených mláďat s využitím MHCII/EGFP knock-in myšího modelu, který jsme k tomuto účelu vytvořili. Bylo vybráno několik různých technologií potenciálně vhodných pro detekci maternálních mikrochimérních buněk v tkáních potomka (fluorescenční light sheet mikroskopie - LSFM, virtual slide mikroskopie a průtoková cytometrie). Byla zde využita pokročilá analýza získaných vzorků z light sheet mikroskopie pomocí tvorby neuronové sítě. Metodou průtokové cytometrie přítomnost maternálního mikrochimérismu nebyla prokázána. Pomocí LSFM byla získána obrazová data ze vzorků střev kojených mláďat, která byla zpracována metodou neuronové sítě. U obrazových dat embryí (E13) získaných stejnou metodou nebyla možná analýza dat vlivem vysoké autofluorescence. Pro porovnání byla použita metoda virtual slide... Microchimerism arises from the exchange of cells between genetically distinct individuals. The coexistence of genetically distinct cell populations within a single organism has possible effects on health and functioning of individuals immune systems, but the exact mechanisms of action are often not yet known. With the development of microscopic technologies and software for data analysis, the possibilities of detection and phenotyping of these rare cell populations are expanding. My intention in this work is to find maternal microchimerism in embryonic tissues (E13) and intestines of breastfed pups using MHCII/EGFP knock-in mouse model. Several different technologies potentially suitable for the detection of maternal microchimeric cells in offspring tissues (light sheet fluorescent microscopy - LSFM, virtual slide microscopy and flow cytometry) were selected. Advanced analysis of the obtained samples from the light sheet microscopy using the creation of a neural network was used here. The presence of maternal microchimerism was not demonstrated by flow cytometry. Using LSFM, image data were obtained from intestinal samples of suckling pups, which were processed by the neural network method. Data analysis of embryos (E13) obtained by the same method did not allow data analysis due to high... Keywords: mikrochimérismus; clearingové histologické metody; antigen-prezentující buňky; light-sheet mikroskopie; microchimerism; clearing histological techniques; antigen-presenting cells; light-sheet microscopy Available in a digital repository NRGL
Study of the materno-fetal microchimerism of the APC using MHCII/EGFP mouse model and clearing histological techniques

Mikrochimérismus vzniká výměnou buněk mezi geneticky odlišnými jedinci. Koexistence geneticky odlišných populací buněk v rámci jednoho organismu přináší možné dopady na zdraví a fungování imunitního ...

Knížková, Karolina; Černý, Jan; Schwarzer, Martin
Univerzita Karlova, 2020

Imunofenotyp maligních buněk dětských akutních leukemií a jeho vývoj v průběhu onemocnění
Podolská, Tereza; Fišer, Karel; Drbal, Karel
2020 - English
Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje přizpůsobit léčbu na základě stratifikace rizika. Monitoring MRD rovněž umožňuje zvolit vhodnou léčbu při relapsu onemocnění, indikovat transplantaci kmenových buněk (SCT) a umožňuje personalizovaný přístup k pacientům podstupujícím SCT. Jedním ze základních způsobů detekce hladiny MRD je charakterizace leukemických blastů pomocí průtokové cytometrie. Hlavním limitem průtokové cytometrie je však to, že analýza dat je manuální a závislá na vysoce expertních znalostech. Tento postup je subjektivní a ne zcela dostatečný pro analýzu komplexních datových souborů užívaných v současnosti. Přestože jsou dostupné nové výpočetní nástroje pro zpracování multidimenzionálních dat z průtokové cytometrie, je zároveň potřeba tyto metody otestovat a přizpůsobit je klinickému prostředí. Cílem této práce je detekovat imunofenotypy asociované s leukémiemi a jejich vývojem pomocí počítačem asistované analýzy u sady diagnostických souborů vybraných na základě informací o více než třech stech tisíců datasetů z víceparametrové průtokové cytometrie. Pokročilé bioinformatické nástroje pomohou detekovat blastické a zdravé... Acute lymphoblastic leukaemia (ALL) is the most frequent childhood malignancy. One of the recent improvements in ALL treatment was the introduction of minimal residual disease (MRD) monitoring that enables risk stratification based treatment adaptation. The same MRD monitoring helps to choose relapse treatment, to guide indication for stem cell transplantation (SCT) and allows for a more personalized management of patients undergoing SCT. One of the main routes of MRD levels detection is characterisation of leukemic blasts using flow cytometry. However, flow cytometry is limited by its mainly manual expertise-based analysis. Such analysis is subjective and clearly insufficient for current complex data. While new computational tools are available for multidimensional flow cytometry data, there is an urgent need to test and adapt them for the use in clinical environment. The goal of this thesis is to detect immunophenotypes associated with leukaemia and their development by leveraging machine-assisted analysis of a set of diagnostic files selected based on information about more than three hundred thousand of multiparameter flow cytometry datasets. Advanced bioinformatic tools will help to detect blast and healthy haematopoietic populations, to derive their immunophenotypes and to identify individual... Keywords: Akutní lymfoblastická leukémie; imunofenotyp; průtoková cytometrie; bioinformatika; Acute lymphoblastic leukaemia; immunophenotype; flow cytometry; bioinformatics Available in a digital repository NRGL
Imunofenotyp maligních buněk dětských akutních leukemií a jeho vývoj v průběhu onemocnění

Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje ...

Podolská, Tereza; Fišer, Karel; Drbal, Karel
Univerzita Karlova, 2020

Magnetic resonance imaging and computational fluid hemodynamics
Jarolímová, Alena; Švihlová, Helena; Tůma, Karel
2020 - Czech
Tato práce je zaměřena na studium proudění krve v sestupné aortě pomocí magnet- ické rezonance a výpočetní hemodynamiky. Tato kombinace umožňuje simulovat proudění krve v geometriích specifických pro pacienta a za různých podmínek, jako je například vyšší tepová frekvence, rychlost proudění nebo krevní tlak. V teoretické části této práce jsou představeny rovnice, které popisují proudění krve, a různé možnosti volby okrajových podmínek. Je zde představena slabá formulace rovnic a jejich prostorová i časová diskterizace, která vede k aproximaci řešení pomocí metody konečných prvků. Snímky z magnetické resonance jsou představeny ve druhé části. Je zde popsán proces segmentace spolu s přípravou rychlostních dat pro jejich porovnání s výsledky simulací. Jsou zde také prezentovány limitace magnetické rezonance. Metodologie popsaná v této části je jedním z přínosů této práce. Kvalitativní a kvantitativní porovnání výsledků simulací a rychlostních dat z magnetické rezonance je prezentováno ve třetí části. Hlavním výsledkem práce je porovnání proudění pro různé volby okrajové podmínky na stěně aorty. Nejdůležitějším zjištěním je, že ne- jlépe datům odpovídá okrajová podmínka free-slip, která je přesným opakem nejčastěji využívané okrajové podmínky no-slip. 1 This thesis is focused on study of blood flow through the descending aorta using mag- netic resonance imaging and computational hemodynamics. This combination enables simulations of blood flow in patient specific geometries and under various circumstances such as higher heart rate, velocity or blood pressure. The theoretical part describes the governing equations of the blood flow and possible choices of boundary conditions. The weak formulation and discretization in space and time, which leads to the finite element approximation, is presented. The magnetic resonance data is presented in the second part. The process of segmenta- tion is described together with the preparation of the velocity data for comparison with simulation results. Limitations of magnetic resonance imaging are also presented. The developed methodology is one of the contributions of this thesis. The qualitative and quantitative comparison of simulation results and the magnetic res- onance velocity data is presented in the third part. The main result of the thesis is in the comparison of the flow under different wall boundary conditions. The most important finding is that the best fit for the data is the free-slip wall boundary condition, which is the opposite of commonly used no-slip wall boundary condition. 1 Keywords: magnetická rezonance; metoda konečných prvků; hemodynamika; 3D Navier-Stokes; magnetic resonance imaging; finite element method; hemodynamics; 3D Navier-Stokes Available in a digital repository NRGL
Magnetic resonance imaging and computational fluid hemodynamics

Tato práce je zaměřena na studium proudění krve v sestupné aortě pomocí magnet- ické rezonance a výpočetní hemodynamiky. Tato kombinace umožňuje simulovat proudění krve v geometriích specifických pro ...

Jarolímová, Alena; Švihlová, Helena; Tůma, Karel
Univerzita Karlova, 2020

Využití spektrální metody při simulacích modelu fázového pole pro martenzitické transformace
Sejková, Klára; Tůma, Karel; Kružík, Martin
2020 - English
Martensitická transformace je u některých slitin zodpovědná za tzv. efekt tvarové paměti a efekt pseudoelasticity. Tyto vlastnosti jsou hojně využívány v nejrůznějších odvětvích průmyslu. Každý z těchto materiálů se při zahřátí nad určitou kritickou teplotu vrací do původního tvaru (fáze austenit), ve kterém byl zhotoven, nehledě na tvar, do kterého byl deformován při nižší teplotě (ve fázi martensitu). Na úrovni mikrostruktury pozorujeme při martenzitické trans- formaci výraznou změnu krystalické mřížky materiálu v závislosti na teplotě a deformaci, které je materiál vystaven. Tato práce se zaměřuje na modelování vývoje mikrostruktury při deformaci pro materiály ve fázi martenzitu. V tomto případě je možné pozorovat vznik různých variant martenzitu, mezi kterými vznikají nová rozhraní, do nichž se ukládá část energie. Toto chování může být zachyceno pomocí modelu fázového pole, jehož numerická implementace pomocí standardní metody konečných prvků je výpočetně náročná. Cílem práce je im- plementace modelu v MATLABu pomocí spektrání metody využívající rychlé Fourierovy transformace, která je vhodná pro řesení problémů na periodické oblasti. Zajímavé je porovnání výpočtu... For some alloys martensitic transformation is responsible for the so-called shape memory effect and pseudoelasticity. These properties are used in a wide range of industry applications. Each of these materials is transformed to the shape it was manufactured in when heated to its critical temperature (austenite phase) no matter how seriously it was deformed at lower temperatures (martensite phase). Looking at the microstructure, one can observe significant change of crystalographic lattice depending on temperature and deformation. This the- sis focuses on modelling the evolution of microstructure during deformation for materials in the martensite phase. In this case, the creation of multiple variants of martensite is observed, divided by interfaces where a part of energy is stored. This behaviour can be described by the phase-field model. The numerical im- plementation of this model using the standard finite element method requires large computational costs. The aim of this thesis is to implement this model in MATLAB using a spectral method based on the fast Fourier transform, which is suitable for solving problems on a periodic domain. It is interesting to com- pare the computation using spectral method on a conventional PC with the computation written in FEniCS computed on a cluster. However, the... Keywords: martenzitická transformace; model fázového pole; materiály s tvarovou pamětí; rychlá Fourierova transformace; spektrální metoda; martensitic transformation; phase-field model; shape-memory alloys; fast Fourier transform; spectral method Available in a digital repository NRGL
Využití spektrální metody při simulacích modelu fázového pole pro martenzitické transformace

Martensitická transformace je u některých slitin zodpovědná za tzv. efekt tvarové paměti a efekt pseudoelasticity. Tyto vlastnosti jsou hojně využívány v nejrůznějších odvětvích průmyslu. Každý z ...

Sejková, Klára; Tůma, Karel; Kružík, Martin
Univerzita Karlova, 2020

Reprezentace Chekanovových-Eliashbergových algeber
Poppr, Marián; Golovko, Roman; Le, Hong Van
2020 - English
V přiložené práci se zabýváme moderními invarianty Legendreových uzlů v R3 se standardní kontaktní strukturou. Zavedeme Chekanovu-Eliashbergovu al- gebru (DGA) a Legendreovu kontaktní homologii. Poté přistoupíme ke studiu reprezentací DGA, jenž produkují řadu užitečných invariantů Legendreových uzlů. Nakonec najdeme všechny ireducibilní gradované dvoudimenzionální reprezen- tace DGA pro jistý Legendreův uzel. i In this thesis, we study modern invariants of Legendrian knots on R3 with a standard contact structure. We introduce the notion of Chekanov-Eliashberg algebra (DGA) and Legendrian contact homology. Then we consider representa- tions of DGA as a way how to derive some computable invariants of Legendrian knots. Finally, we will find equivalence classes of graded 2-dimensional irreducible representations for a certain Legendrian knot. i Keywords: reprezentace; Chekanovova-Eliashbergova algebra; Legendréovy podvariety; representation; Chekanov-Eliashberg algebra; Legendrian submanifold Available in a digital repository NRGL
Reprezentace Chekanovových-Eliashbergových algeber

V přiložené práci se zabýváme moderními invarianty Legendreových uzlů v R3 se standardní kontaktní strukturou. Zavedeme Chekanovu-Eliashbergovu al- gebru (DGA) a Legendreovu kontaktní homologii. Poté ...

Poppr, Marián; Golovko, Roman; Le, Hong Van
Univerzita Karlova, 2020

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases