No (77)
Yes (3)
Number of found documents:
80
Published from
to
Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone
Maštálková, K.; Tonar, Z.; Fiala, P.; Janáček, Jiří
2008 - English
Numerická hustota osteocytů v dřeni a kůře střední části lidské holenní kosti byla odhadnuta z tlustých řezů metodou disektoru. Anizotropie v rozmístění osteocytů byla prokázána metodou založenou na Deloneho triangulaci Numerical density of osteocyte lacunes in cortex and medula of diaphysis of tibia was estimated using thick sections and disector method. Anisotropy in lacunes localization was proved by a method based on Delaunay triangulation
Keywords:
osteocyte; disector
Available at various institutes of the ASCR
Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone
Numerická hustota osteocytů v dřeni a kůře střední části lidské holenní kosti byla odhadnuta z tlustých řezů metodou disektoru. Anizotropie v rozmístění osteocytů byla prokázána metodou založenou na ...
Study of cognitive functions in animals and place avoidance tasks
Stuchlík, Aleš; Petrásek, Tomáš; Rambousek, Lukáš; Valeš, Karel
2008 - Czech
The paper describes basic methods and concepts in the studies of animal cognitive functions. It also summarizes recent assets and findings obtained with place avoidance tasks Článek pojednává o základních metodách studia kognitivních schopností zvířat. Rovněž shrnuje dosavadní přínosy úloh vyhýbání se místu u laboratorních potkanů
Keywords:
memory; cognition; place avoidance
Available at various institutes of the ASCR
Study of cognitive functions in animals and place avoidance tasks
The paper describes basic methods and concepts in the studies of animal cognitive functions. It also summarizes recent assets and findings obtained with place avoidance tasks
Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2008 - English
Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Tlusté preparáty je nutno nakrájet na fyzické řezy mikrotomem, avšak krájení způsobuje deformaci a ztrátu části informace prořezem, které vedou k chybám následné objemové rekonstrukce. Pro získání informace o deformaci jsme USB mikroskopem Dino-Lite zaznamenali řezné plochy preparátu zalitého v parafinu před jeho nakrájením, tj. bez deformací. Po nasnímání fyzických řezů vyhodnocujeme chybu deformace pomocí Prokrustovy vzdálenosti, která kvantifikuje střední kvadratickou vzdálenost tvarů vyjádřených pomocí bodů We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters)
Keywords:
error assessment; volume reconstruction
Available at various institutes of the ASCR
Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images
Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku ...
Heart rate and cardiac protection - experimental aspects
Ošťádal, Bohuslav
2008 - Czech
Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow Snížení srdeční frekvence má protektivní efekt; bradykardie zvyšuje koronární průtok
Keywords:
heart rate; ischemia; protection
Available at various institutes of the ASCR
Heart rate and cardiac protection - experimental aspects
Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow
Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
3D obrazy biologických objektů nebo struktur jsou získávány pomocí moderních zobrazovacích zařízení jako je například konfokální laserový rastrovací mikroskop pro jejich ohodnocení, analýzu nebo měření. Reportujeme o možnostech vizualizace 3D skalárních obrazů pomocí našeho programového prostředí Rapid3D určeného pro objemovou rekonstrukci a vizualizaci biomedicínských obrazů nebo pomocí modulárního softwaru Ellipse určeného pro zpracování biologických obrazů Three-dimensional images of biological objects or structures recorded by modern acquisition tools like a confocal laser scanning microscope are visualized for their evaluation, analysis and measurement. We report about possibilities for three-dimensional visualization which are offered by either our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of bio-medical images or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (ViDiTo company, Slovakia)
Keywords:
3D visualization; confocal microscopy
Available at various institutes of the ASCR
Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology
3D obrazy biologických objektů nebo struktur jsou získávány pomocí moderních zobrazovacích zařízení jako je například konfokální laserový rastrovací mikroskop pro jejich ohodnocení, analýzu nebo ...
LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
2007 - English
Článek popisuje přístupy k objemové rekonstrukci a vizualizaci 3D biologických struktur nasnímaných konfokálním mikroskopem Laser scanning confocal microscopes are capable to focus a laser beam into a layer of an investigated biological specimen, and by the gradual scanning of this layer they acquire an optical section. By consecutive scanning of all preset layers of the specimen we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. In the presented study we focus on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of a confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. 3D visualization is offered either by our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of biomedical images, or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (created by ViDiTo company, Slovakia)
Keywords:
confocal microscopy; volume visualization
Available at various institutes of the ASCR
LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope
Článek popisuje přístupy k objemové rekonstrukci a vizualizaci 3D biologických struktur nasnímaných konfokálním mikroskopem
Individual Psychological Presence in Time. Persecution and Retaliation of Jews during World War 2
Radil, Tomáš
2007 - Czech
The newly defined psychological phenomenon of „Individual Psychological Presence in Time“ is derived from knowledge concerning brain timing. It contributes to the explanation of duration of memory traces of historical catastrophes Nově definovaný psychologický jev „Individuální psychologické a historické přítomnosti v čase“ je odvozen z poznatků o mozkovém časování. Přispívá k vysvětlení trvání paměťových stop týkajících se historických katastrof
Keywords:
psychological presence; historical timing
Available at various institutes of the ASCR
Individual Psychological Presence in Time. Persecution and Retaliation of Jews during World War 2
The newly defined psychological phenomenon of „Individual Psychological Presence in Time“ is derived from knowledge concerning brain timing. It contributes to the explanation of duration of memory ...
Tools for 3D Visualization of Structures in Biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
Článek popisuje prostředky pro vizualizaci trojrozměrných skalárních dat získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků. Těmito prostředky jsou programy využívající PC kartu VolumePro firmy Terarecon, USA a běžné grafické karty podporující DirectX a OpenGL By consecutive scanning of layers of the biological specimen by a confocal microscope we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. Our research focuses, on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of the confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. In order to visualize 3D objects on 2D computer screens we developed several tools including visualization by a specialized VolumePro board and by using consumer graphics cards supporting DirectX and OpenGL
Keywords:
3D visualization; OpenGL; DirectX
Available at various institutes of the ASCR
Tools for 3D Visualization of Structures in Biology
Článek popisuje prostředky pro vizualizaci trojrozměrných skalárních dat získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků. Těmito prostředky jsou programy využívající PC kartu ...
Analysis of confocal images of fibres
Janáček, Jiří; Saxl, Ivan; Mao, X. W.; Kubínová, Lucie
2007 - Czech
Aim of the paper is analysis of 3D confocal images of blood capillaries by digital filters, segmentation and medial axis extraction Příspěvek se zabývá analýzou 3D konfokálních snímků krevních vlásečnic pomocí digitálních filtrů, segmentace a mediální osy
Keywords:
capillaries; confocal microscopy; image analysis
Available at various institutes of the ASCR
Analysis of confocal images of fibres
Aim of the paper is analysis of 3D confocal images of blood capillaries by digital filters, segmentation and medial axis extraction
Volume visualization of large biological tissue specimens
Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Hána, K.; Smrčka, P.
2006 - English
Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens are cut into thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice using a registration algorithm based on a mutual information and translation. The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices using an elastic registration algorithm based on B-splines. The resulting large digital volumes are visualized by a VolumePro hardware board that provides volume rendering in real-time. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney.
Keywords:
confocal microscopy; volume reconstruction
Available at various institutes of the ASCR
Volume visualization of large biological tissue specimens
Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases