No (200)
Number of found documents:
200
Published from
to
Different nuclear localization of aberrant and normal chromosome 8 homologues in intact of NaBt differentiated HT-29 cells
Harničarová, Andrea; Bártová, Eva; Kozubek, Stanislav
2004 - English
An accumulation of numerous chromosomal structural aberrations is a typical feature of the human colon adenocarcinoma cell line HT-29. In these cells the chromosome 8 territories were visualized using fluorescence in situ hybridisation (FISH), which enabled to distinguish the aberrant chromosome 8 homologue from the normal one. Analyses of nuclear parameters revealed differences in radial positioning between chromosome homologues analysed. In comparison with an normal chromosome 8, the aberrant chromosome 8 territory was positioned closer to the nuclear periphery. Under standard conditions HT-29 cells displayed relatively undifferentiated phenotype but incubation of these cells in the presence of sodium butyrate (5mM) induced biochemical and morphological changes that are typical of well-differentiated phenotype of enterocytes. Lidská adenokarcinomová linie HT-29 je charakteristická početnými strukturálními aberacemi chromozómů. Buňky HT-29 mají za normálních podmínek nediferencovaný fenotyp, v přítomnosti různých induktorů diferenciace, např. butyrát sodný (NaBt), dochází k jejich přeměně na entorycyty, která je provázena řadou biochemických a morfologických změn. V těchto buňkách jsme prostřednictvím metody FISH v rámci homologického páru chromozomů 8 rozlišili aberantní a normální chromozóm. Analýzy jaderných parametrů ukázaly rozdíl v radiálním umístění mezi chromozómy. V porovnání s normálním chromozómem 8, byl aberantní chromozóm umístěn blíže k periferii jádra. Přítomnost induktoru NaBt neměla vliv na radiální distribuci normálního a aberantního chromozómu.
Keywords:
chromosome 8 homologues; NaBt differentiated HT-29 cells
Available at various institutes of the ASCR
Different nuclear localization of aberrant and normal chromosome 8 homologues in intact of NaBt differentiated HT-29 cells
An accumulation of numerous chromosomal structural aberrations is a typical feature of the human colon adenocarcinoma cell line HT-29. In these cells the chromosome 8 territories were visualized using ...
Relationship of HP1 proteins centromeric heterochromatin characterized by the presence of H3(K9) and absence of H3(K4) dimethylation
Bártová, Eva; Harničarová, Andrea; Pacherník, J.; Galiová-Šustáčková, Gabriela; Kozubek, Stanislav
2004 - English
In this study we have examined arrangement of HP1 proteins and histone modifications related to the centromeric heterochromatin of human and mouse chromosomes. Focal arrangement of HP1beta was characterized by a smaller foci located closer to the nuclear periphery and larger foci associated with the nucleoli of human cells. Heterochromatin of selected centromeres (9cen,14/22cen,Ycen) co localized with foci of HP1beta. Immuno-FISH analyses revealed that centromeres analyzed were H3(K9) dimethylated and absent of H3(K4) dimethylation. V našich experimentech jsme studovali jaderné uspořádání HP1 proteinů (alfa, beta, gama) a vybraných typů modifikací histonů ve vztahu k centromerickému heterochormatinu lidských a myších chromosomů. Uspořádání HP1 proteinů do specifických ohnisek bylo charakteristické tím, že menší ohniska byla lokalizována na periferii interfázních jader, zatímco rozsáhlejší HP1 oblasti byly asociovány s jadérky lidských buněk. Heterochormatin vybraných centromer (9cen, 14/22cen a Ycen) těsně přiléhal k velkým ohniskům HP1 beta proteinu. Immuno-FISH analýzy odhalili, že studované centromery byly H3(K9) dimethylovány, zatímco H3(K4) dimethylace nebyla v těchto oblastech nepřítomna.
Keywords:
heterochromatin protein HP1; nuclear structure organization; histone modifications
Available at various institutes of the ASCR
Relationship of HP1 proteins centromeric heterochromatin characterized by the presence of H3(K9) and absence of H3(K4) dimethylation
In this study we have examined arrangement of HP1 proteins and histone modifications related to the centromeric heterochromatin of human and mouse chromosomes. Focal arrangement of HP1beta was ...
Rapid image acquisition of living cells and its limits
Matula, Pa.; Kozubek, Michal; Kozubek, Stanislav; Ondřej, Vladan
2004 - English
Technique of high-resolution cytometry (HRCM) developed in our laboratory is capable of automated (2D as well as 3D) acquisition and analysis of fluorescent stained cells. The cytometer can process large number of cells with high resolution. The acquisition can be repeated in time and that enables live cell studies. If very short events in living cells are studied then the sampling frequency must be high. The highest sampling frequency depends on the technical parameters of the motorized parts of cytometer (especially on the camera frame rate, the speed of filter exchange and the speed of axial movement) and on the control software, which must be appropriately optimized. The limits of the current setup are discussed and available sampling frequencies for different acquisition modes are listed. Technika cytometrie s vysokým rozlišením (HRCM) vyvinutá v naší laboratoři umožňuje automatizované (2D i 3D) snímání a analýzu fluorescenčně obarvených buněk. Cytometr dokáže zpracovat velké množství buněk s vysokým rozlišením. Snímání může být opakováno v čase. To umožňujestudie na živých buňkách. Pokud jsou studovány velmi krátké události v živých buňkách je je nutné snímat s velkou frekvencí. Nejvyšší dosažitlná frekvencesnímání závisí na technických parametrech motorizovaných částí cytometru (zejména na snímací rychlosti kamery, rychlosti výměníku filtrů a rychlosti axiálního posunu)a na řídícím software, který musí být náležitě optimalizován. V článku jsou shrnuty limity současné sestavy a uveden seznam vzorkovacích frekvencí pro různé zobrazovací módy.
Keywords:
high-resolution cytometry; rapid image acquisition
Available at various institutes of the ASCR
Rapid image acquisition of living cells and its limits
Technique of high-resolution cytometry (HRCM) developed in our laboratory is capable of automated (2D as well as 3D) acquisition and analysis of fluorescent stained cells. The cytometer can process ...
Methylation of histone H3K9 in human blood cells and in granulocytes of patients with myeloid leukemia
Lukášová, Emilie; Falk, Martin; Kořistek, Z.; Kozubek, Stanislav; Grigoryev, S.; Kozubek, Michal; Ondřej, Vladan; Kroupová, I.
2004 - English
Common heterochromatin antigenic protein markers while present in human blood progenitor CD34+ cells, differentiated lymphocytes and monocytes are absent in neutrophile granulocytes and, to large extent, in eosinophiles. In acute CML and AML, strong methylation of H3K9 and all isoformes of HP1 are detected. In chronic forms of CML, no strong correlations among the level of histone methylation, disease progression and modality of treatment were observed. Reprogramming of leukemia HL60 cells to terminal differentiation by retinoic acid does not eliminate histone H3K9 methylation and the presence of HP1 isoformes from differentiated granulocytes. Our study shows for the firs time that histone H3 methylation may be dramatically changed during normal cell differentiation. v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech neutrofilních a ve značném rozsahu rovněž eosinofilních granulocytů. V granulocytech pacientů s akutní CML a AML byly detekovány všechny isoformy HP1 a silná metylace histonu H3K9. V chronických formách CML nebyla nalezená žádná silná korelace mezi hladinou metylace histonu H3, progresí choroby a způsobem léčby. Naprogramování leukemických buněk HL-60 na terminální diferenciaci pomocí retinové kyseliny nemělo za následek eliminaci metylace histonu H3 a absenci isoforem HP1 proteinu v diferencovaných granulocytech. Naše výsledky jsou první, které ukazují, že metylace histonu H3K9 může být dramaticky změněna v průběhu normální buněčné diferenciace.
Keywords:
human granulocytes; chromatin condensation; retinoic acid
Available at various institutes of the ASCR
Methylation of histone H3K9 in human blood cells and in granulocytes of patients with myeloid leukemia
Common heterochromatin antigenic protein markers while present in human blood progenitor CD34+ cells, differentiated lymphocytes and monocytes are absent in neutrophile granulocytes and, to large ...
From Jenalumar to ultrafast microscopy of living cells
Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
2004 - English
This contribution describes the development of microscopy systems in the Institute of Biophysics, AS CR starting from simple fluorescence microscopes to ultra-fast imaging of living cells. Tento příspěvek popisuje rozvoj mikroskopických systémů v Biofyzikálním ústavu AV ČR počínaje jednoduchým fluorescenčním mikroskopem až po ultra-rychlé zobrazování živých buněk.
Keywords:
confocal microscopy; living cells; fast imaging technology
Available at various institutes of the ASCR
From Jenalumar to ultrafast microscopy of living cells
This contribution describes the development of microscopy systems in the Institute of Biophysics, AS CR starting from simple fluorescence microscopes to ultra-fast imaging of living cells....
Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches
Jansová, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Koutná, I.; Pavlík, T.; Kozubek, Michal; Jarošová, M.; Žaloudík, J.; Kozubek, Stanislav
2004 - English
We have compared colorectal carcinoma tissues with parallel samples of epithelial tissue and identified, by means of Human 1.7K cDNA microarrays, a set of genes with significantly altered expression in 12 patients. We used a combination of several approaches of microarray data analysis to be sure that the results were reliable. Although we have found differences between the results obtained by various image analysis software packages and using different statistical tools, we have identified the group of 22 genes with significantly altered expression in colorectal carcinoma tissue as compared with epithelial tissue using all evaluation approaches. Hierarchical clustering showed the possibility of dividing the patients into two groups according to the presence of metastases in regional lymph nodes. We have proposed 6 genes as potential markers for the detection of the presence of regional metastases in patients. Tato práce je zaměřená na porovnání genové exprese kolorektálního karcinomu a zdravé epiteliální tkáně tlustého střeva pomocí Human 1.7K cDNA mikročipů a identifikace genů se změněnou expresí v nádorové tkáni. Tato studie byla provedena na 12 pacientech s nádorem tlustého střeva. Pro zajištění důvěryhodnosti dat byla analýza cDNA microarray provedena kombinací několika programů pro analýzu obrazu a statistických metod. Výsledkem této analýzy byla identifikace 22 genů se změněnou expresí v nádorové tkáni oproti zdravému epitelu. Pomocí hierarchického klastrování byla provedena klasifikace pacientů s kolorektálním karcinomem podle výskytu metastáz v lymfatických uzlinách a bylo detekováno 6 genů, které by mohly sloužit jako potenciální metastatické markery.
Keywords:
gene expression; colorectal carcinoma; cDNA microarrays
Available at various institutes of the ASCR
Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches
We have compared colorectal carcinoma tissues with parallel samples of epithelial tissue and identified, by means of Human 1.7K cDNA microarrays, a set of genes with significantly altered expression ...
Cytological study of DNA methylation and histone methylation patterns in human cell lines
Skalníková, M.; Bártová, Eva; Kozubek, Stanislav; Kozubek, Michal
2004 - English
Epigenetic processes are defined as heritable changes in genome function that occur without a change in DNA sequence. Gene expression, chromosome segregation, DNA replication, repair, and recombination all act, not on DNA alone, but on the chromatin template. DNA methylation, along with histone lysine methylation, establishes the framework for long-term epigenetic maintenance. The discovery that enzymes can (re)organise chromatin into accessible and inaccessible configurations revealed epigenetic mechanisms that considerably extend the information potential of the genetic code. In mammals, heterochromatin is characterised by DNA methylation at CpG dinucleotides and methylation at lysine 9 of histone 3 (H3-K9), whereas euchromatin is associated with methylation at lysine 4 of histone 3 (H3-K4). Epigenetické procesy jsou definovány jako dědičné změny ve funkcích genomu, které nastávají bez změny v primární sekvenci DNA. Genová exprese, chromozomová segregace, DNA replikace, reparace a další rekombinantní děje neprobíhají pouze na samotné molekule DNA, ale také na chromatinovém templátu. DNA metylace společně s metylací histonů na lysinových zbytcích představují rámcový vztah pro dlouhodobé epigenetické udržovací mechanismy regulace genové exprese.Objevy, že enzymy mohou reorganizovat chromatin do tzv. „otevřené“ a „neotevřené“ konfigurace odhalují více epigenetické mechanismy, které podstatně rozšiřují informaci potencionálního histonového kódu. U živočichů je heterochromatin charakterizován metylací CpG ostrůvků na molekule DNA a metylací lysinu 9 na histonu H3 (H3-K9), zatímco euchromatin je spojován s metylací lysinu 4 na histonu H3 (H3-K4).
Keywords:
DNA methylation patterns; human cell lines; histone methylation patterns
Available at various institutes of the ASCR
Cytological study of DNA methylation and histone methylation patterns in human cell lines
Epigenetic processes are defined as heritable changes in genome function that occur without a change in DNA sequence. Gene expression, chromosome segregation, DNA replication, repair, and ...
Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
Koutná, I.; Faltýsková, E.; Krontorád, P.; Svoboda, Z.; Pavlík, T.; Bártová, Eva; Kozubek, Michal; Kozubek, Stanislav
2004 - English
In the present study, a high density-microarrays of human cDNA containing 19,000 genetic elements were used to search for differences in gene expression of human promyelic leukaemia cell line HL-60 during monocyte (MD) and granulocyte differentiation (GD). For differentiation to monocytes (granulocytes), the TPA, 12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate (DMSO) were used, respectively. A total number of 4625 (4760) genes were found to be regulated during MD (GD). The genes have been divided into groups according to their kinetics of regulation (R-groups). The genes of the same group are not distributed randomly throughout the genome but form clusters on chromosomes (R-clusters). Thus, functionally interconnected genes are frequently localized near to each other on the DNA molecule. V předkládané studii byly pomocí vysokokapacitních cDNA čipu obsahujících 19,000 sekvencí, provedeny studie expresních profilů promyelotických leukemických buněk HL-60 diferencujících do monocytů (MD) a granulocytů (GD). Jako diferenciační činidlo pro monocytární diferenciaci bylo použito TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-D-acetate) a pro granulocytární proces DMSO. Studiem expresních profilů bylo zjištěno že v průběhu MD signifikantně měnilo expresi 4625 genů a v průběhu GD 4760 genů. Geny obou diferenciací byly rozděleny do podle typu kinetiky s jakou se účastní diferenciace do tzv. R-skupin. Bylo zjištěno, že geny z jednotlivých R-skupin nejsou nenáhodně rozprostřeny na chromosomových teritorií, ale formují na chromosomech klastry. Skupiny genu s podobnou kinetikou regulace tedy můžeme najít na chromosomech blízko sebe.
Keywords:
gene expression; leukaemia cell line HL60; cDNA
Available at various institutes of the ASCR
Clustering of genes with similar regulation patterns during monocyte and granulocyte differentiation of HL-60 cells
In the present study, a high density-microarrays of human cDNA containing 19,000 genetic elements were used to search for differences in gene expression of human promyelic leukaemia cell line HL-60 ...
Image analysis of the movement of sub-cellular structures
Matula, Pe.; Ondřej, Vladan; Kozubek, Stanislav
2004 - English
Analysis of time-lapse series of images of living cells requires automation. This contribution concerns the main features of the software package developed for this purpose in our laboratory. Some improvements of our recently published method for tracking of sub-cellular structures based on graph theory are presented. The behaviour of the method is evaluated on images of centromeric heterochromatin defined by HPlbeta-GFP fusion protein. The results show that the method is very well applicable for this type of data. Analýza časových sérií obrázů živých buněk vyžaduje automatizaci. Tento příspěvek popisuje hlavní rysy softwarového balíku, který byl k tomuto účelu vytvořen v naší laboratoři. Prezentuje několik vylepšení námi nedávno publikované metody pro sledování pobybu buněčných struktur. Chování metody je vyhodnoceno na obrázcích heterochromatinových oblastí definovaných HP1beta-GFP fúzním proteinem. Výsledky ukazují, že pro tento typ dat je navržená metoda velmi vhodná.
Keywords:
sub-cellular structures; image analysis; graph theory
Available at various institutes of the ASCR
Image analysis of the movement of sub-cellular structures
Analysis of time-lapse series of images of living cells requires automation. This contribution concerns the main features of the software package developed for this purpose in our laboratory. Some ...
Inhibition of gap junctional intercellular communication by polychlorinated biphenyls: inhibitory potencies and screening for potential mode(s) of action
Bláha, L.; Vondráček, Jan; Upham, B. L.; Machala, M.
2002 - English
The aims of the present study were to determine potencies of a series of environmentally relevant PCB congeners to inhibit GJIC invitro, and to screen for intrcellular signaling pathways potentially involved in GJIC downregulation by PCBs. It was found that a number of nonplanar PCB congeners are efficient inhibitors of GJIC in vitro, and that a model compound, PCB153, does not act via activation of PKC or ERK1/2, which is contrast with the effects of protoypical inhibitors of GJIC, such as TPA or EGF.
Keywords:
PCBs; GJIC inhibition; tumor promotion
Available at various institutes of the ASCR
Inhibition of gap junctional intercellular communication by polychlorinated biphenyls: inhibitory potencies and screening for potential mode(s) of action
The aims of the present study were to determine potencies of a series of environmentally relevant PCB congeners to inhibit GJIC invitro, and to screen for intrcellular signaling pathways potentially ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases