Bioléčiva pohledem hmotníkáře
Hubálek, Martin; Lenčo, J.
2023 - český
Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli hmotnostní spektrometrie. Uvedeme posluchače do problematiky bioléčiv, kterými jsou v tomto pohledu peptidy, proteiny, monoklonální protilátky nebo oligonukleotidy. Z pohledu analytika se zaměříme především na protilátková léčiva, podíváme se na možnosti jejich separace a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie, a to na úrovni intaktních proteinových molekul, protilátkových podjednotek nebo peptidů. The course aims to introduce biotherapeutics, which are becoming an increasingly important part of the pharmacotherapy of serious diseases. Mass spectrometry plays an important role for their quality control in the pharmaceutical industry. We will introduce the audience to biopharmaceuticals, which in this context are peptides, proteins, monoclonal antibodies or oligonucleotides. From the analyst's point of view, we will focus mainly on antibody drugs, looking at the possibilities of their separation and analysis by mass spectrometry, at the level of intact protein molecules, antibody subunits or peptides.
Klíčová slova:
mass spectrometry; biopharmaceuticals; LC-MS
Plné texty jsou dostupné na vyžádání prostřednictvím repozitáře Akademie věd.
Bioléčiva pohledem hmotníkáře
Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli ...
Základy proteomiky
Harant, K.; Křenková, Alena
2023 - český
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat. The first part of the course will be an introduction to proteomics with the aim to show current methods and tools used for proteomic data acquisition and evaluation. In the first part, we will discuss in abbreviated form all steps of the experimental procedure from 1) designing the experiment to be suitable for subsequent LC/MS analysis, 2) sample preparation using examples of immunoprecipitation and complex lysate, to 3) measurement options using Data Dependent or Data Independent acquisition. The course will also include a critical evaluation of the quality of the measured data. The evaluation will focus on the possibilities of data processing in freeware software such as MaxQuant and DIAnn. We will also briefly introduce you to commercial programs - Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. The second part of the course will include an introduction to statistical processing of quantitative proteomic data in Perseus software. Emphasis will be placed on understanding important statistical concepts (data distribution, t-test, ANOVA, p-value, FDR, etc.) and understanding all necessary steps of statistical analysis such as data filtering, data normalization, statistical testing, etc. There will be model data that participants will process during the course.
Klíčová slova:
mass spectrometry; proteomics; data analysis
Plné texty jsou dostupné na vyžádání prostřednictvím repozitáře Akademie věd.
Základy proteomiky
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny ...
Interpretace spekter EI
Polášek, Miroslav
2023 - český
Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter. Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci. Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace různých tříd organických sloučenin, které bude probíhat v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků. Introduction to the interpretation of mass spectra. Basic mechanisms of fragmentation reactions in electron ionization. An intensive exercise on selected examples of mass spectra of electron ionization of different classes of organic compounds, which will be carried out in the spirit of the elementary didactic principle of progression from simple to complex with maximum emphasis on the independent work of the participants.\n\n
Klíčová slova:
mass spectrometry; EI; data analysis
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Interpretace spekter EI
Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter. Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci. Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ...
Hmotnostně spektrometrické zobrazování
Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
2022 - český
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Hmotnostně spektrometrické zobrazování
Proteomika pro začátečníky
Hubálek, Martin; Vrbacký, M.; Křenková, Alena
2022 - český
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat. Proteomic tutorial for the beginners will summarise and present current methods to analyse and evaluate proteomic samples. The tutorial will be divided into two parts. The first part will focus on data accquisition process and interpretation of spectra. The second part will focus on protein quantification.
Klíčová slova:
mass spectrometry; proteins; peptides
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Proteomika pro začátečníky
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na ...
Hmotnostně spektrometrické zobrazování
Vrkoslav, Vladimír; Strnad, Štěpán; Kučera, L.
2022 - český
Těžiště kurzu bude v MALDI hmotnostním zobrazování. V první části budou shrnuty poznatky a postupy přípravy vzorků, nanášení matrice, měření a vyhodnocováním MALDI MSI analýz. Následovat bude blok věnovaný praktickým zkušenostem MALDI MSI lipidů, metabolitů a dalších analytů na tkáňových řezech a jiných planárních površích. Závěr bude věnován molekulovému zobrazování s využitím dalších používaných ionizačních technik (DESI, DAPPI, LAESI, atd.). The course will focus on MALDI mass spectrometry imaging. Knowledge and procedures of sample preparation, matrix application, measurement, and evaluation of MALDI MSI will be summarized. The first part will be followed by a block dedicated to the practical experience of MALDI MSI of lipids,metabolites, and other analytes on tissue sections and other planar surfaces. We will also explain MSI by other ionization techniques (DESI, DAPPI, LAESI, etc.)
Klíčová slova:
MALDI - MSI; DESI; sample preparation
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Hmotnostně spektrometrické zobrazování
Těžiště kurzu bude v MALDI hmotnostním zobrazování. V první části budou shrnuty poznatky a postupy přípravy vzorků, nanášení matrice, měření a vyhodnocováním MALDI MSI analýz. Následovat bude blok ...
Lokalizace poloh dvojných a trojných vazeb u methylesterů mastných kyselin pomocí HPLC/APCI-MS2
Horká, Petra; Vrkoslav, Vladimír; Cvačka, Josef
2019 - český
Poloha a počet dvojných vazeb v alifatickém řetězci ovlivňuje fyzikální, chemické a biologické vlastnosti lipidů, avšak jednoznačné určení poloh těchto násobných vazeb je problematické. V roce 2012 byla publikována metoda kapalinové chromatografie s chemickou ionizací za atmosférického tlaku s hmotnostní detekcí (HPLC/APCI-MS) [1] vhodná pro analýzu polohy dvojných vazeb využívající tvorby molekulových aduktů [M + C3H5N]+. při APCI za přítomnosti acetonitrilu. Methylestery mastných kyselin (FAMEs) byly analyzovány HPLC/APCI-MS2 se 100% acetonitrilem jako mobilní fází. Při APCI docházelo v plynné fázi k tvorbě reaktivních částic, vznikajících ze složek mobilní fáze, které se vázaly na násobné vazby v alifatickém řetězci FAMEs za vzniku aduktu [M + C3H5N]+.. Kolizně indukovanou disociací (CID) aduktu [M + C3H5N]+., se získaly diagnostické fragmenty určující polohu (polohy) násobných vazeb. Zmíněná metoda byla evaluována pro běžně analyzované polynenasycené FAMEs s tradiční polohu dvojných vazeb (methylene-interrupted).
Klíčová slova:
acetonitrile-related adducts; multiple bond localization
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Lokalizace poloh dvojných a trojných vazeb u methylesterů mastných kyselin pomocí HPLC/APCI-MS2
Poloha a počet dvojných vazeb v alifatickém řetězci ovlivňuje fyzikální, chemické a biologické vlastnosti lipidů, avšak jednoznačné určení poloh těchto násobných vazeb je problematické. V roce 2012 ...
Fotoionizace a fotoaktivace v MS
Cvačka, Josef
2019 - český
Klíčová slova:
photoionization; photoactivation; mass spectrometry
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Fotoionizace a fotoaktivace v MS
Využití tenkovrstvé chromatografie v analýze lipidů
Cvačka, Josef
2019 - český
Klíčová slova:
TLC; lipids analysis
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Využití tenkovrstvé chromatografie v analýze lipidů
Úvod do vysokorozlišující MS
Cvačka, Josef
2019 - český
Klíčová slova:
mass spectrometry
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Úvod do vysokorozlišující MS
NUŠL poskytuje centrální přístup k informacím o šedé literatuře vznikající v ČR v oblastech vědy, výzkumu a vzdělávání. Více informací o šedé literatuře a NUŠL najdete na webu služby.
Vaše náměty a připomínky posílejte na email nusl@techlib.cz
Provozovatel
Zahraniční báze