Number of found documents: 3908
Published from to

Genetics of host-pathogen interactions in the cereals-powdery mildew fungus (Blumeria graminis) pathosystem
JANÁKOVÁ, Eva; VALÁRIK, Miroslav
2019 - English
Narůstající lidská populace spolu se změnou klimatu představují výzvu vzhledem k nutnosti uspokojit rostoucí požadavky na produkci plodin, které jsou zdrojem naší obživy. Obiloviny zahrnující i pšenici, nejrozšířenější plodinu na světě, mají pro zajištění dostatku potravin klíčový význam. Jejich produkce je ohrožena mimo jiné různými původci biotického stresu. Houbový patogen Blumeria graminis způsobuje chorobu obilovin známou jako "padlí", která může vést k významnému snížení výnosu. Dosud převažující kontrolní opatření spočívají v aplikaci fungicidů a ve využití rasově specifických genů rezistence (R geny) v pěstovaných kultivarech. Tyto strategie však úplně nesplňují požadavky na udržitelnou a trvalou ochranu plodin. Přestože je využití rezistence vůči chorobám velmi žádoucí, je nutné hledat zdroje trvalé rezistence, případně vhodně kombinovat R geny. Tato práce stručně shrnuje současné poznatky o interakcích hostitele a patogenu s důrazem kladeným na patosystém obilovin a padlí travního. V první řadě obsahuje obecné informace o studovaných organismech a zvláště o jejich genomech. Dále se práce zabývá různými typy interakcí hostitele a patogenu, které vedou k rezistenci. Kromě toho jsou zde probrány i nejdůležitější aspekty přístupů, které jsou v současnosti používány pro identifikaci interagujících komponent. Na uvedená teoretická východiska následně navazují dva prezentované výzkumné projekty. První z nich se zabývá hostitelskou rostlinou, v tomto případě pšenicí. Vzhledem ke zúžené genetické základně moderních kultivarů jsou introgrese z příbuzných druhů cenným zdrojem genetické diverzity. Za tímto účelem byl do chromozomového ramene 4AL pšenice seté přenesen lokus pocházející z tetraploidního druhu Triticum militinae poskytující kvantitativní rezistenci k padlí travnímu. Hlavním cílem tohoto projektu bylo poziční klonování zodpovědného genu/genů, které umožní objasnit mechanismus této částečné, širokospektrální rezistence a usnadní její využití při šlechtění. Druhý z projektů řešený paralelně byl pak zaměřen na genetickou diverzitu patogenu a na soubor jeho efektorů avirulence. Výsledky tohoto výzkumu nabízí slibnou perspektivu udržitelné strategie rezistence k padlí travnímu obilovin založenou na znalosti populace patogenu. Kromě toho poznatky získané v rámci obou projektů přispívají k našemu porozumění složité problematiky interakcí hostitele a patogenu a odolnosti vůči chorobám. Increasing human population along with climate change represent a challenge to meet growing demand of food crop production. Cereals including wheat, the most widely cultivated crop, have a major importance in global food security. Apart from other factors, production is threatened by diverse biotic stress agents. Fungal pathogen Blumeria graminis causes a powdery mildew disease on cereals which can result in significant yield losses. To date, control measures have consisted predominantly in application of fungicides or deployment of major resistance (R) genes in grown cultivars. However, these strategies do not fully meet requirements for sustainable and durable crop protection. Although employing disease resistance is highly desirable, it is necessary to seek durable sources of resistance or to rationally deploy appropriate combinations of R genes. This thesis presents a concise summary of state-of-the-art knowledge on plant-pathogen interactions with emphasis laid on the pathosystem of cereals and powdery mildew fungus. First, it contains general information about studied organisms and especially about their genomes. Second, it deals with different types of plant-pathogen interactions resulting in resistance and finally, the most important aspects of current approaches used for identification of interacting components are discussed. As a follow-up to the provided theoretical background, two research projects are presented. The first one was conducted on host plant represented by bread wheat. Due to the limited gene pool of modern elite cultivars, introgressions from related species have been acknowledged as a rich source of genetic diversity. A powdery mildew resistance QTL had been therefore previously introgressed from tetraploid Triticum militinae to T. aestivum chromosome arm 4AL. The main goal of this project was map-based cloning of underlying gene(s) to elucidate mechanism of this partial, broad-spectrum resistance and facilitate its deployment in breeding. Additionally, the second project focusing on the pathogen genetic diversity and the repertoire of its avirulence effectors was addressed in parallel. The results of this research offer a promising perspective of pathogen-informed strategies for sustainable powdery mildew resistance in cereals. Moreover, findings acquired within both projects contribute to our knowledge on the complex problematics of plant-pathogen interactions and disease resistance. Keywords: obiloviny; pšenice; ječmen; padlí travní; geny rezistence; avirulence; efektory patogenu; poziční klonování; celogenomová asociační studie; introgrese; diverzita; cereals; bread wheat; barley; powdery mildew fungus; resistance genes; avirulence; pathogen effectors; map-based cloning; genome-wide association study; introgression; diversity Available in the UPOL Library.
Genetics of host-pathogen interactions in the cereals-powdery mildew fungus (Blumeria graminis) pathosystem

Narůstající lidská populace spolu se změnou klimatu představují výzvu vzhledem k nutnosti uspokojit rostoucí požadavky na produkci plodin, které jsou zdrojem naší obživy. Obiloviny zahrnující i ...

JANÁKOVÁ, Eva; VALÁRIK, Miroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Mechanismy rezistence a metabolismus železa u nádorových kmenových buněk
Lettlová, Sandra; Truksa, Jaroslav; Kovář, Jan; Brábek, Jan
2019 - English
(EN) Analogously to normal stem cells within the tissues, cancer stem cells (CSCs) have been proposed to be responsible for maintenance and growth of tumours. CSCs represent a small fraction of cells within the tumour, which is characterised by self-renewal capacity and ability to give rise to a tumour when grafted into immunocompromised mice. Cells with increased stemness properties are believed to be responsible for tumour resistance, metastases formation and relapse after tumour treatment. The first part of this work concentrates on resistance of the tumours, which is often associated with increased expression of ATP-binding cassete (ABC) transporters pumping chemotherapeutics out of the cells. For the purposes of this study, we utilized an in vitro model of CSCs, based on cultivation of cells as 3D "spheres". Expression profiling demonstrates that our model of CSCs derived from breast and prostate cancer cell lines express higher mRNA level of ABC transporters, particularly ABCA1, ABCA3, ABCA5, ABCA12, ABCA13, ABCB7, ABCB9, ABCB10, ABCC1, ABCC2, ABCC3, ABCC5, ABCC8, ABCC10, ABCC11 and ABCG2 among the cell lines tested. The protein level of ABC transporters tested in breast CSCs showed higher expression of ABCB8, ABCC1, ABCC2, ABCC10 and ABCG2 but downregulation of ABCB10 and ABCF2 proteins.... (CZ) Rakovinné kmenové buňky (RKB), stejně jako normální kmenové buňky v tkáních, zodpovídají za zachování a růst nádorů. RKB představují malou frakci buněk uvnitř nádoru, která je charakteristická vlastní obnovovací kapacitou a schopností vyvolat nádor v myších s nefunkčním imunitním systémem. U buněk se zvýšenými kmenovými vlastnostmi se předpokládá, že jsou odpovědné za rezistenci nádorů k léčbě, tvorbu metastáz a návrat nádorového onemocnění. První část této práce se zabývá rezistencí nádorů, která je často spojena se zvýšenou expresí "ATP-binding cassete" (ABC) transportérů pumpujících chemoterapeutikum ven z buněk. Pro účely této studie jsme použili in vitro model RKB založený na kultivaci buněk jako tzv. 3D "sféry". Expresní profil ukazuje, že náš model RKB odvozený z buněčných linií rakoviny prsu a prostaty exprimuje celkově vyšší hladinu ABC transportérů, zejména ABCA1, ABCA3, ABCA5, ABCA12, ABCA13, ABCB7, ABCB9, ABCB10, ABCC1, ABCC2, ABCC3, ABCC5, ABCC8, ABCC10, ABCC11 a ABCG2. Analýza proteinové hladiny ABC transportérů v RKB prsu pak ukázala vyšší expresi transportérů ABCB8, ABCC1, ABCC2, ABCC10 a ABCG2 a naopak snížení hladiny proteinů ABCB10 a ABCF2. V souladu s těmito daty, sféry připravené z buněčných linií T47D a MCF7 vykazují rezistenci k daunorubicinu a doxorubicinu, a zajímavě... Keywords: Nádorové kmenové buňky; ABC transportéry; Metabolismus železa; MicroRNAs; Estrogenový receptor; Rezistence nádorů; Cancer stem cells; ABC transporters; Iron metabolism; MicroRNAs; Oestrogen receptor; Tumour resistance Available in a digital repository NRGL
Mechanismy rezistence a metabolismus železa u nádorových kmenových buněk

(EN) Analogously to normal stem cells within the tissues, cancer stem cells (CSCs) have been proposed to be responsible for maintenance and growth of tumours. CSCs represent a small fraction of cells ...

Lettlová, Sandra; Truksa, Jaroslav; Kovář, Jan; Brábek, Jan
Univerzita Karlova, 2019

Studium de-etiolizace indukované modrým světlem u rajčete: úloha TFT proteinů, PHOT1 a cytokininů
HLOUŠKOVÁ, Petra; BERGOUGNOUX-FOJTIK, Véronique Hélene
2019 - English
De-etiolace je první vývojový proces pod kontrolou světla, který umožňuje heterotrofnímu semenáčku stát se autotrofním. Rostlinné hormony cytokininy (CK) velmi přispívají k tomuto procesu. Reversibilní fosforylace je klíčovou událostí buněčné signalizace, která umožňuje aktivovat proteiny nebo vytvářet vazebná místa pro specifickou interakci proteinů. 14-3-3 proteiny (TFT) regulují různé reakce rostlin. Po ozáření modrým světlem dochází ke snížení rychlosti růstu hypokotylů ve dvou fázích. Po rychlé inhibici růstu zprostředkované fototropinem 1 (PHOT1) během prvních 30 minut po osvětlení následuje ustálený růst, který je řízen kryptochromem 1 (CRY1). Zatímco de-etiolace zprostředkovaná CRY1 je prozkoumána, menší pozornost se věnuje fázi de-etiolace pod kontrolou PHOT1. Pomocí subtraktivní cDNA knihovny byly identifikovány důležité regulační mechanismy, potenciálně regulované PHOT1 u rajčete (Solanum lycopersicum L.). Indukce transkripce a translace, stejně tak jako modifikace struktury chromatinu je důležitá z hlediska skutečnosti, že zahájení fotomorfogeneze je založeno na výrazném reprogramování buňky. Modré světlo také blokuje expanzi buněk rychlou modifikací buněčné stěny. Dále byla studována exprese, hormonální regulace a proteomická síť pod kontrolou 14-3-3 proteinů při fotomorfogenezi indukované modrým světlem. TFT6 a TFT9 isoformy byly specificky zkoumány kvůli jejich vysoké expresi během de-etiolace u rajčete. Multidisciplinární přístup ukázal, že exprese TFT9, ale ne TFT6, byla regulována CK a byly identifikovány cis-regulační elementy potřebné pro tuto reakci. Následně byl zkoumán interaktom TFT6/9 spojený s de-etiolací a bylo dokázáno, že 14-3-3 proteiny by mohly být zapojeny do signalizační dráhy CK, inhibice expanze buněk, ustáleného stavu růstu a reprogramování z heterotrofie. Nakonec byla použita amiRNA interference k přípravě mutantních rostlin phot1 u rajčete. Snížená exprese PHOT1 výrazně ovlivnila fenotyp rostlin, především výšku a počet trichomů na povrchu listu i stonku. Rovněž vroubkování okraje listů a jejich zploštění bylo rozdílné, což by mohlo být spojeno se změněnou úrovní transpirace a účinností fotosyntézy. Plody mutantní rostliny byly tmavě zelené s nižším počtem semen, vykazujících zpožděné klíčení. Proteomická analýza perikarpu plodů ukázala změny v proteinech spojených s organoleptickými vlastnostmi a syntézou karotenoidů, což je v souladu s vyšším obsahem karotenoidů, důležitých složek potravy. De-etiolation is the first developmental process under light control allowing the heterotrophic seedling to become autotrophic. The phytohormones cytokinins (CKs) largely contribute to this process. Reversible phosphorylation is a key event of cell signaling, allowing proteins to become active or generating a binding site for specific protein interaction. 14-3-3 proteins regulate a variety of plant responses. Upon exposure to blue light (BL), reduction of hypocotyl growth rate occurs in two phases: a rapid inhibition mediated by phototropin 1 (PHOT1) within the first 30 min of illumination, followed by the cryptochrome 1 (CRY1)-controlled establishment of the steady-state growth rate. Although some information is available for CRY1-mediated de-etiolation, less attention has been given to the PHOT1 phase of de-etiolation. Using subtractive cDNA library, we were able to identify important regulatory mechanisms, potentially regulated by PHOT1 in tomato (Solanum lycopersicum L.). The profound induction of transcription/translation, as well as modification of chromatin structure, is relevant in regard to the fact that the entry into photomorphogenesis is based on a deep reprograming of the cell. Also, BL restrains the cell expansion by the rapid modification of the cell wall. Furthermore, the expression, hormonal regulation, and proteomic network under the control of 14-3-3s were addressed during blue light-induced photomorphogenesis. TFT9 and TFT6 isoforms were specifically investigated due to their high expression during tomato de-etiolation. The multidisciplinary approach demonstrated that TFT9 expression, but not TFT6, was regulated by CKs and identified cis-regulating elements required for this response. Subsequently, the TFT6/9 interactome linked to de-etiolation was investigated and evidenced that 14-3-3s might be involved in CK signaling pathway, cell expansion inhibition, steady-state growth rate establishment, and reprograming from heterotrophy. Finally, amiRNA interference was used to generate tomato phot1 plants. Downregulation of PHOT1 caused distinct phenotype in plant height and number of trichomes on the leaf and stem surface. Also, the serrations on the leaf margine and leaf flattening was altered which may be associated with changed level of transpiration and efficiency of photosynthesis. The fruits of mutant plant were darker green with lower number of seeds showing delayed germination. Proteomic analysis of fruit pericarp showed changes in proteins connected with organoleptic properties of fruit and carotenoid biosynthesis pathway which is in correlation with higher content of carotenoids, important components in human diet. Keywords: modré světlo; rajče; de-etiolizace; TFT proteiny; PHOT1; blue light; tomato; de-etiolation; TFT proteins; PHOT1 Available in digital repository of UPOL.
Studium de-etiolizace indukované modrým světlem u rajčete: úloha TFT proteinů, PHOT1 a cytokininů

De-etiolace je první vývojový proces pod kontrolou světla, který umožňuje heterotrofnímu semenáčku stát se autotrofním. Rostlinné hormony cytokininy (CK) velmi přispívají k tomuto procesu. ...

HLOUŠKOVÁ, Petra; BERGOUGNOUX-FOJTIK, Véronique Hélene
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

noTitle
Sambati, Douglas Neander; Maslowski, Nicolas; Szaló, Csaba; Marushiakova, Elena
2019 - English
in English Douglas Neander Sambati Abstract This work develops a historical-sociological approach analysing the general practices, the strategies, the actions and the discourses of Romani and Romani-Friendly organizations through the lenses of the theories about nationalism. It focuses on the overlapping and the contradictions found among the different actors of the Romani Nationalism. This research defines the Romani Nationalism as a movement which does not have a clear forerunner and does not have a uniform perspective and inclinations, notwithstanding the common agreement not to aim for the establishment of a Romani state. In order to understand such dynamics, the research questions and chapters were divided in three main areas. In the first part, it is discussed if the framework of the Romani and Romani-Friendly organizations can be seen as nationalist, basing the discussion in authors as Gellner (1983), Smith (2008) and others. The comparison with Hroch's (2000) model of analysis about nationalism indicated the existence of a structure which is not (only) a nationalist movement, but also an anti-racist mobilization which employs nationalist tools. The second part analyses the Roma Nation along a set of representations which can be analytically divided in Pan-Romani and Social- Political: the... in Czech Language Douglas Neander Sambati Abstrakt Tato práce rozvíjí historicko-sociologický přístup analyzující obecné postupy, strategie, akce a diskurzy romských a Romům přátelských organizací prostřednictvím teorií o nacionalismu. Zaměřuje se na překrývání se a rozpory mezi různými aktéry romského nacionalismu. Tento text definuje romský nacionalismus jako hnutí, které nemá jasného předchůdce a nemá jednotnou perspektivu a inklinace, a to bez ohledu na dohodu neusilovat o založení romského státu. Pro lepší pochopení této dynamiky byly výzkumné otázky a kapitoly rozděleny do tří hlavních oblastí. První část je věnována otázce zda rámec romských a Romům přátelských organizací může být považován za nacionalistický, na základě názorů v dílech autorů jako Gellner (1983), Smith (2008) a další. Srovnání s Hrochovým (2000) modelem analýzy nacionalismu indikuje existenci struktury, která není (pouze) nacionalistickým hnutím, ale také protirasistickou mobilizací, využívající nacionalistické nástroje. Druhá část analyzuje romský národ v rámci souboru prezentací, které lze analyticky rozdělit na pan-romské a sociálně- politické: první, prosazující myšlenku příbuzenství mezi všemi Cikány/Romy; druhý, zdůrazňující společné sociální, politické a ekonomické výzvy. Tyto soubory prezentací o romském národě... Available in a digital repository NRGL
noTitle

in English Douglas Neander Sambati Abstract This work develops a historical-sociological approach analysing the general practices, the strategies, the actions and the discourses of Romani and ...

Sambati, Douglas Neander; Maslowski, Nicolas; Szaló, Csaba; Marushiakova, Elena
Univerzita Karlova, 2019

Circadian clock genes in the circadian clock and photoperiodic timer in Pyrrhocoris apterus
CHODÁKOVÁ, Lenka
2019 - English
This thesis focuses on the circadian clock genes and their involvement in the photoperiodic time measurement in the linden bug, Pyrrhocoris apterus. Application of the molecular biology methods enabled us to propose the architecture of circadian clockwork. We also investigated the role of several previously undescribed players in the circadian clock. Furthermore, by using molecular biology methods we focused on the involvement of core circadian clock genes in the photoperiodism. Keywords: circadian clock; circadian clock genes; photoperiodic timer; Pyrrhocoris apterus; RNAi Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Circadian clock genes in the circadian clock and photoperiodic timer in Pyrrhocoris apterus

This thesis focuses on the circadian clock genes and their involvement in the photoperiodic time measurement in the linden bug, Pyrrhocoris apterus. Application of the molecular biology methods ...

CHODÁKOVÁ, Lenka
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2019

Advanced Solution to Piston Assembly Dynamics
Dlugoš, Jozef; Furch,, Jan; Kučera, Pavel; Novotný, Pavel
2019 - English
Hlavní cíl této práce je vyvinout pokročilý výpočtový model dynamiky pístové skupiny. Kontakt mezi pístem a válcem je zprostředkován skrz vrstvu maziva nebo pomocí kontaktu nerovností. To vede k různým režimům mazání, tudíž k různým silovým interakcím působících na plochy kontaktní dvojice. Během řešení hydrodynamiky a kontaktu nerovností, je nutné zahrnout deformaci pístu a válce do výpočtu—přirozeně iterační proces. Jelikož požadavky na výpočtovou síť kontaktních sil a deformaci těles se liší, byl navržen robustní mapovací algoritmus. Výsledky vyvinutého výpočtového nástroje jsou experimentálně verifikovány. Pro tento účel je uskutečněno měření sekundárního pohybu pístu pomocí laserových snímačů vzdálenosti. Měření je vykonáno na experimentálním motoru s bočním vedením ventilů a průhlednou hlavou válce, aby byl přítomen kompresní tlak ve spalovací komoře. Naměřený boční pohyb pístů je znehodnocen. Proto je další analýze potrobeno pouze úhlové natočení pístů. Shoda mezi naměřenými a vypočítanými výsledky variuje pro různé části pracovního cyklu. Dobrá shoda je dosažena během komprese a expanze. Naopak výrazné rozdíly nastávají, když boční síla dosahuje nízkých hodnot: sání a výfuk. Hlavní přínos této práce je vytvoření výpočtového nástroje, který je schopný zahrnout výše popisované jevy, které mají podstatný vliv na dynamiku pístové skupiny. Bohužel to vede k dlouhým výpočtovým časům, zvláště když je zahrnuta deformace. Tento problém řeší navržený paralelní výpočet. To je založeno na paralelizaci podprogramu během vyčíslování citlivostní analýzy. Tímto způsobem je řádově redukován výpočtový čas. The ultimate goal of this work is to develop an advanced computational model of piston assembly dynamics. The piston and the liner are interacting through the lubricant film or the surface asperities. This leads to different lubrication regimes and consequently different forces acting on the surfaces of the contact pair. During the solution to hydrodynamics and asperity contact forces, deformation of the piston and the liner has to be taken into account—the process is necessarily iterative in nature. Since the requirements for computational grid of the contact forces and of deformation differ, robust mapping algorithms are proposed. The results of the developed computational tool are experimentally verified. For this purpose, the measurement of the piston secondary motion by laser displacement sensors is conducted. The measurement is done on the experimental sidevalve engine with transparent cylinder head in order to generate compression pressure in the combustion chamber. Measured piston lateral motion is corrupted. Therefore, only measurement of the piston tilt angle is further used. The agreement of the measured and computed results varies during the operation cycle. Good agreement is achieved for compression and expansion strokes. Oppositely, significant differences occur when the side force is small: intake and exhaust strokes. Major contribution of this work is development of computational tool which implements the above mentioned effects that have a major impact on the piston assembly dynamics. Unfortunately, this leads to long computational times, especially when deformation is considered. For this reason, the parallel solution is developed. It is based on the parallelization of the subroutine during the evaluation of the sensibility analysis. This way, the solution time is reduced in order of magnitude. Keywords: Piston; Lubrication; Friction Loss; Multibody Dynamics; Internal Combustion Engines; píst; mazání; třecí ztráty; Multibody Dynamics; spalovací motory Available in a digital repository NRGL
Advanced Solution to Piston Assembly Dynamics

Hlavní cíl této práce je vyvinout pokročilý výpočtový model dynamiky pístové skupiny. Kontakt mezi pístem a válcem je zprostředkován skrz vrstvu maziva nebo pomocí kontaktu nerovností. To vede k ...

Dlugoš, Jozef; Furch,, Jan; Kučera, Pavel; Novotný, Pavel
Vysoké učení technické v Brně, 2019

Analýza iterativně rekonstruovaných CT dat: nové metody pro měření obrazové kvality
Walek, Petr; Herout, Adam; Svoboda,, David; Jan, Jiří
2019 - English
Se zvyšující se dostupností medicínského CT vyšetření a s rostoucím počtem patologických stavů, pro které je indikováno, se redukce pacientské dávky ionizujícího záření stává stále aktuálnějším tématem. Výrazný pokrok v tomto odvětví představují nové metody rekonstrukce obrazů z projekcí, tzv. moderní iterativní rekonstrukční metody. Zároveň se zavedením těchto metod vzrostla potřeba pro měření obrazové kvality. Kvalita iterativně rekonstruovaných dat byla doposud kvantitativně hodnocena pouze na fantomových datech nebo na malých oblastech zájmu v reálných pacientských datech. Charakter iterativně rekonstruovaných dat však naznačuje, že tyto přístupy nadále nejsou dostatečné a je nutné je nahradit přístupy novými. Hlavním cílem této dizertační práce je navrhnout nové přístupy k měření kvality CT obrazových dat, které budou respektovat specifika iterativně rekonstruovaných obrazů a budou počítána plně automaticky přímo z reálných pacientských dat. The collective dose from medical radiation has been sharply increasing as well as availability of CT scanners and increasing number of indicated pathologies. Hence, reduction of applied dose is a topical theme nowadays. A great progress has been made by introduction of novel iterative methods for reconstruction of image data from measured projections. A new interest and need for CT image quality measurement have been simultaneously reported. Quality of iteratively reconstructed data was so far quantitatively measured in phantom scans or in small regions of interest in real patient data. However, the character of iteratively reconstructed data suggest that those approaches are no longer sufficient and they need to be revised or replaced by a new ones. Design of novel CT image quality parameters which will respect specifics of iteratively reconstructed data and will be fully automatically computed directly from real patient data is the main objective of this thesis. Keywords: X-ray CT imaging; image quality; iterative reconstruction; noise power spectrum.; Rentgenová výpočetní tomografie; obrazová kvalita; iterativní rekonstrukce; šumové výkonové spektrum. Available in a digital repository NRGL
Analýza iterativně rekonstruovaných CT dat: nové metody pro měření obrazové kvality

Se zvyšující se dostupností medicínského CT vyšetření a s rostoucím počtem patologických stavů, pro které je indikováno, se redukce pacientské dávky ionizujícího záření stává stále aktuálnějším ...

Walek, Petr; Herout, Adam; Svoboda,, David; Jan, Jiří
Vysoké učení technické v Brně, 2019

VOLUMETRIC WEAR ANALYSIS OF HIP JOINT IMPLANTS BY OPTICAL METHODS
Ranuša, Matúš; Bryant, Dr Michael; Dr Prashant K. Sharma; Vrbka, Martin
2019 - English
Predložená dizertačná práca sa zaoberá analýzou opotrebenia totálnych bedrových endoprotéz za použitia optických metód. V práci bol predstavený nový prístup hodnotenia objemového úbytku materiálu pomocou 3D optického skeneru. Tento nový prístup je časovo efektívny, poskytuje veľké množstvo snímaných bodov na povrchu implantátu. Množstvo bodov umožňuje presnejšiu rekonštrukciu pôvodnej geometrie a prípadné rekonštrukcie nežiaducich poškodení polyetylénovej vložky pri extrakcii. Predstavené metóda bola validovaná za pomoci štandardizovanej gravimetrickej metódy v súlade s ISO 14242. Následne bol optická skenovacia metóda použitá v troch štúdiách zameraných na analýzu opotrebenia, mechanické zmeny artikulujúceho povrchu a mikroštruktúrne zmeny v dôsledku zlyhania implantátu. Analýza 23 extrahovaných polyetylénových vložiek typ Bicon - plus s rozšíreným použitím v Českej republike poukázala na niektoré problémy spojené so zlyhaním implantátu. Adhezívno - abrazívne opotrebenie bolo identifikované v oblasti penetrácie femurálnej hlavice a následné poškodenia ako delaminácia materiálu , plastické deformácie a pitting boli pozorované v okolí tejto oblasti. Analýza materiálových vlastností poukázala na degradáciu mechanických a chemických vlastností, čo bolo prevažne závislé od rozsahu opotrebenia implantátu. U implantátov boli pozorované výrazné plastické deformácie , nárast oxidačného indexu a nižší pomer tvrdosti voči modulu elasticity, v porovnaní s novými vzorkami. Tečenie materiálu a plastické deformácie, ktoré vykazovali všetky extrahované vzorky boli analyzované v závere predloženej dizertačnej práce, na základe testov na nových implantátoch v zábehovom cykle. Cieľom práce je uviesť nový prístup analýzy opotrebenia polyetylénových vložiek za pomoci optických skenovacích metód a preukázať jeho použiteľnosť na analýze súboru extrahovaných implantátov. Výsledky získané pomocou tejto metódy sa ukázali ako vhodné a môžu viesť k lepšiemu pochopeniu procesov opotrebenia a zlyhávania implantátov. This dissertation thesis deals with wear analysis of total hip replacements (THR) using optical methods. We introduced a new approach to volumetric wear assessments of polyethylene liners using a 3D optical scanner. The new approach brought benefits of time-efficient measurements, large number of points collected for post-processing, the possibility to create pre-worn models of retrieved samples as well as the possibility to exclude damages caused by surgeon during revision surgeries. The method was validated by gravimetric method according to the ISO 14242 Standard. The new approach was then used in three studies focusing on wear rate and mechanical changes of polyethylene liners. In the studies, the analysis of polyethylene liners geometry was followed by a detailed surface analysis of contact areas down to the microstructural level. Clinical history data for 23 retrieved liners combined with wear analysis showed several issues affecting failure of the polyethylene implants. We worked with Bicon-plus type implants, that are widely used in clinical practice in the Czech Republic. Structural surface analysis of the retrieved samples showed several different wear mechanisms such as adhesion/abrasion, pitting, delamination and plastic deformation. Analysis of material behaviour showed mechanical changes and chemical degradation in retrieved prostheses which mostly correlated with the wear depth. Investigated samples showed plastic deformations, an increased oxidation index and lower hardness to elasticity ratio compared to the new samples. Creep phenomenon or plastic deformation, which was investigated in the final part of thesis, occurred in all the retrieved samples. Further in vitro testing showed presence of creep in the run-in phase of implants. This thesis aimed to introduce a new approach to wear analysis using the optical scanning method and to apply the new approach for investigations of surface geometry of retrieved polyethylene liners. The method proved to be a suitable method for investigations of retrieved polyethylene liners helping to better understand the processes leading to implant failures. Keywords: Biotribology; Total Hip Replacement; Retrieval Analysis; UHMWPE; Wear Measurements; Optical Digitalization; Surface Analysis; Biotribológia; totálna bedrová endoprotéza; analýza extrahovaných implantátov; UHMWPE; analýza opotrebenia; optická digitalizácia; povrchová analýza. Available in a digital repository NRGL
VOLUMETRIC WEAR ANALYSIS OF HIP JOINT IMPLANTS BY OPTICAL METHODS

Predložená dizertačná práca sa zaoberá analýzou opotrebenia totálnych bedrových endoprotéz za použitia optických metód. V práci bol predstavený nový prístup hodnotenia objemového úbytku materiálu ...

Ranuša, Matúš; Bryant, Dr Michael; Dr Prashant K. Sharma; Vrbka, Martin
Vysoké učení technické v Brně, 2019

Vo svetle intuicionizmu: dve štúdie v teórii dôkazov
Akbartabatabai, Seyedamirhossein; Pudlák, Pavel; Beckmann, Arnold; Iemhoff, Rosalie
2018 - English
In the Light of Intuitionism: Two Investigations in Proof Theory This dissertation focuses on two specific interconnections between the clas- sical and the intuitionistic proof theory. In the first part, we will propose a formalization for Gödel's informal reading of the BHK interpretation, using the usual classical arithmetical proofs. His provability interpretation of the propositional intuitionistic logic, first appeared in [1], in which he introduced the modal system, S4, as a formalization of the intuitive concept of prov- ability and then translated IPC to S4 in a sound and complete manner. His work suggested the search for a concrete provability interpretation for the modal logic S4 which itself leads to a concrete provability interpretation for the intutionistic logic. In the first chapter of this work, we will try to solve this problem. For this purpose, we will generalize Solovay's provabil- ity interpretation of the modal logic GL to capture other modal logics such as K4, KD4 and S4. Then, using the mentioned Gödel's translation, we will propose a formalization for the BHK interpretation via classical proofs. As a consequence, it will be shown that the BHK interpretation is powerful enough to admit many different formalizations that surprisingly capture dif- ferent propositional logics, including... Vo svetle intuicionizmu: dve štúdie v teórii dôkazov Táto práca pojednáva o dvoch špecifických aspektoch vzt'ahu medzi klasickou a intuicionistickou teóriou dôkazov. V prvej časti zavedieme, s použitím odvodení v klasickej aritmetike, formalizáciu pre Gödelov neformálny výklad BHK interpretácie. Gödelova interpretácia dokazatel'nosti pre intuicionistic- kú výrokovú logiku bola prvý raz publikovaná v [1]. Definoval tu modálny systém S4 ako formalizáciu pre intuitívny koncept dokazatel'nosti, a po- tom preložil IPC na S4 pri zachovaní korektnosti a úplnosti. Gödelova práca navrhuje hl'adat' interpretáciu dokazatel'nosti pre modálnu logiku S4 s použitím aritmetických dôkazov, ktorá samotná vedie k takejto interpretácii dokazatel'nosti pre intuicionistickú logiku. V prvej kapitole sa pokúsime vyriešit' tento problém. Zovšeobecníme Solovayovu interpretáciu dokazatel'- nosti pre modálnu logiku GL, aby sme zachytili iné modálne logiky, konkrétne K4, KD4 a S4. S použitím už spomínaného Gödelovho prekladu navrhneme formalizáciu BHK interpretácie pomocou dôkazov v klasickej logike. Ako dôsledok ukážeme, že BHK interpretácia je dostatočne silná a umožňuje viacero rôznych formalizácií, ktoré prekvapivo zachytávajú rôzne výrokové logiky... Keywords: interpretácia dokazateľnosti; BHK interpretácia; proof mining; aritmetika s obmedzenou indukciou; Provability Interpretation; BHK Interpretation; Proof Mining; Bounded Arithmetic Available in a digital repository NRGL
Vo svetle intuicionizmu: dve štúdie v teórii dôkazov

In the Light of Intuitionism: Two Investigations in Proof Theory This dissertation focuses on two specific interconnections between the clas- sical and the intuitionistic proof theory. In the first ...

Akbartabatabai, Seyedamirhossein; Pudlák, Pavel; Beckmann, Arnold; Iemhoff, Rosalie
Univerzita Karlova, 2018

Nové vazebné proteiny odvozené od malých proteinových domén cílené na diagnosticky využitelné terče
Vaňková, Lucie; Malý, Petr; Brynda, Jiří; Trefil, Pavel
2018 - English
The rapid development of the gene engineering techniques, especially methods for in vitro directed evolution and combinatorial mutagenesis, has triggered the generation of new binding agents to almost any antigen of interest as an alternative to broadly used antibodies. These so-called non-Ig scaffolds are often derived from proteins with useful biophysical properties. While the therapeutic market is still dominated by monoclonal antibodies, the easy option of desired customization of non-Ig binders by conventional methods of gene engineering predestine them largely for the use in the diagnostic area. The ABD scaffold, derived from a three-helix bundle of albumin-binding domain of streptococcal protein G, represents one of the small non-Ig scaffolds. In our laboratory, we have established a highly complex combinatorial library developed on the ABD scaffold. This ABD scaffold-derived library was used to generate unique binders of human prostate cancer (PCa) biomarkers PSP94, KLK2, KLK11 for the more precise diagnosis of PCa. The second part of the thesis describes the generation of ABD-derived binders selectively recognizing different phenotypes of circulating tumor cells as a binding component of the cell capture zone of microfluidic chip for lung adenocarcinoma diagnosis. Beside this already... Rychlý vývoj technik genového inženýrství, zejména metod pro in vitro řízenou evoluci a kombinatorickou mutagenezi, umožnil rychlý rozvoj nových vazebných proteinů pro téměř jakýkoli požadovaný antigen jako alternativu k dnes široce používaným protilátkám. Tyto tzv. scaffoldy jsou často odvozeny od malých proteinových domén s užitečnými biofyzikálními vlastnostmi. Zatímco na biofarmaceutickém trhu stále dominují monoklonální protilátky, možnost snadné cílené modifikace vazebných proteinů je předurčuje především pro použití v diagnostice. ABD scaffold, odvozený od albumin vážící domény streptokokového proteinu G tvořené třemi spojenými alfa-šroubovicemi, patří do rodiny malých vazebných domén. V naší laboratoři byla na základě ABD scaffoldu vyvinuta vysoce komplexní kombinatorická knihovna vazebných proteinů. Tato knihovna byla použita k selekci nových vazebných proteinů pro lidské sérové biomarkery rakoviny prostaty PSP94, KLK2, KLK11, jež mohou být použity k vývoji nových multifaktoriálních biosenzorů pro přesnější diagnostiku rakoviny prostaty. V druhé části dizertace je popsán vývoj vazebných proteinů odvozených od ABD scaffoldu určených pro selektivní rozpoznání různých fenotypů cirkulujících nádorových buněk jako součást mikrofluidního čipu vyvíjeného pro diagnostiku plicního adenokarcinomu.... Keywords: proteinový scaffold; kombinatoriální knihovna; albumin vazebná doména; onkomarker; ribosomální displej; protein scaffold; combinatorial library; albumin-binding domain; oncomarker; ribosome display Available in a digital repository NRGL
Nové vazebné proteiny odvozené od malých proteinových domén cílené na diagnosticky využitelné terče

The rapid development of the gene engineering techniques, especially methods for in vitro directed evolution and combinatorial mutagenesis, has triggered the generation of new binding agents to almost ...

Vaňková, Lucie; Malý, Petr; Brynda, Jiří; Trefil, Pavel
Univerzita Karlova, 2018

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases