Národní úložiště šedé literatury

Charakterizace biostimulantů za použití nových vysokokapacitních screeningových přístupů v rostlinách za různých stresových podmínek.
UGENA, Lidia; DE DIEGO, Nuria
2019 - English Reakce rostlin na stres je vysoce dynamický a složitý proces závislý na síle a trvání stresu, kondici a připravenosti samotné rostliny a na její vývojové fázi. Šlechtitelé po celém světě se proto zaměřili na kvantitativní analýzy vlastností rostlin s cílem urychlit vývoj vhodných strategií pro zlepšení plodin, které jsou přizpůsobivé prostředí s omezenými zdroji. Salinita půdy je důležitým faktorem životního prostředí, který snižuje klíčení rostlin, ranný vývoj semenáčků a má za následek snížení produktivity plodin v globálním měřítku. Aplikace biostimulantů představuje jednu z nejinovativnějších a nejslibnějších strategií pro minimalizaci stresu, včetně solného. Původ biostimulantů je různorodý a pohybuje se v rozmezí od jednotlivých sloučenin až po komplexní matrice s různými skupinami bioaktivních složek, které byly pouze částečně charakterizovány. Bez ohledu na jejich složitost zahrnují biostimulanty různé skupiny rostlinných signálních molekul jako jsou rostlinné hormony, aminokyseliny a polyaminy. Bylo popsáno, že exogenní aplikace těchto signálních molekul zmírňuje nepříznivý účinek stresu prostřednictvím sofistikované interakce vedoucí k aktivaci konzervovaných drah. Jejich použití také přispívá k udržitelnější zemědělské činnosti šetrné k životnímu prostředí a nabízí alternativu k syntetickým ochranným látkám. Platformy pro fenotypizaci rostlin se staly důležitým nástrojem v rostlinné biologii a zemědělství. Poskytují nové možnosti automatizovaného a rychlého vyhodnocování různých růstových a vývojových znaků rostlin za využití neinvazivních senzorů. Tyto přístupy umožňují současné testování velkého počtu potenciálně biologicky aktivních sloučenin v širokém koncentračním rozmezí a / nebo genotypů, za různých růstových podmínek, a také poskytují informace o vývojovém a fyziologickém stavu ošetřených rostlin skrze analýzu znaků, např. při vzcházení. Domníváme se, že nové protokoly založené na vysokokapacitním screeningu (HTS) by mohly urychlit identifikaci toho, jak působí známé biostimulanty a pomoci k charakterizaci nových látek. Plant response to stress is a highly dynamic and complex process dependent on the severity and duration of the stress, the fitness and preparedness of the plant itself and its developmental stage. Breeders worldwide have therefore focused on quantitative analyses of plant traits in order to accelerate the development of appropriate strategies for improving crops, which are adaptable to resource-limited environments. Soil salinity is an important environmental factor that reduces plant germination and early seedling establishment and results in decreased crop productivity on a global scale. The application of biostimulants represents one of the most innovative and promising strategies for minimizing stress impact, including salinity. The origin of biostimulants is diverse, and ranges from single compounds to complex matrices with different groups of bioactive components that have only been partly characterized. Irrespective of their complexity, biostimulants encompass different groups of plant signaling compounds such as plant hormones, amino acids, and polyamines among others. The exogenous application of these signaling molecules has been reported to ameliorate the adverse effect of stress through sophisticated crosstalk leading to the activation of conserved pathways. Their use also contributes to more sustainable and environmentally friendly agricultural practice, and offers an alternative to synthetic protectants. Plant phenotyping platforms have become an important tool in plant biology and agriculture. They provide new possibilities for automated, fast scoring of several plant growth and development traits, followed over time using non-invasive sensors. These approaches allow simultaneous testing of a large number of potentially bioactive compounds in a wide range of concentrations and / or genotypes, under various growth conditions as well providing information about the developmental and physiological status of the treated plants and, analyzing traits like the scoring of seedling emergence. Altogether, we consider that the new protocols based on high-throughput screening (HTS) could accelerate identification of the mode of action of known biostimulants and the characterization of new ones. Keywords: GABA (gama-aminomáselná kyselina); polyaminy; salinita; biostimulanty; vysokokapacitní screeningový test; stres; emergence.; GABA (gamma- aminobutyric acid); polyamines; salinity; biostimulants; high-throughput screening assay; stress; emergence. Available in the UPOL Library. Charakterizace biostimulantů za použití nových vysokokapacitních screeningových přístupů v rostlinách za různých stresových podmínek.

Reakce rostlin na stres je vysoce dynamický a složitý proces závislý na síle a trvání stresu, kondici a připravenosti samotné rostliny a na její vývojové fázi. Šlechtitelé po celém světě se proto ...

UGENA, Lidia; DE DIEGO, Nuria
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Problematika skupiny Triturus cristatus superspecies v České republice
MAČÁT, Zdeněk; RULÍK, Martin; RULÍK, Martin
2019 - Czech Skupina čolka velkého (Triturus cristatus superspecies) je na území střední Evropy reprezentována třemi druhy, čolkem velkým, dravým a dunajským. Poslední dva druhy jsou na území České republiky na hranici areálu výskytu. V místech, kde se jednotlivé populace setkávají (jižní Morava) dochází k hybridizaci a tvoří se geografická hybridní zóna. Jedinci čolka dravého v této oblasti nesou mitochondriální DNA čolka dunajského, což je považováno za artefakt vzniklý introgresí během postglaciálního šíření. V hybridní zóně neexistuje přímá spojitost jedinců s typickým biotopem a není možné jedince odlišovat pomocí morfologických znaků, které jsou pro daný druh typické. Na základě aktuálních poznatků víme, že populace z Národního parku Podyjí a velmi blízké okolní oblasti patří k druhu čolka dravého, severně od hranice NP se pak rozkládá přibližně 5 km široká hybridní zóna, která přechází v populace čolka velkého. U jedinců z této hybridní oblasti byla prokázána relativně zvýšená prevalence (2,9 %) výskytu morfologických abnormalit (malformací), která však nepřesahuje limitní hodnoty uváděné v literatuře. Výskyt zranění způsobených predátorem byl pozorován u přibližně 22 % zkoumaných jedinců. Ve většině případů se jednalo o povrchové zranění ocasu dospělých samců. Minimum zranění bylo pozorováno u juvenilních jedinců. V rámci různých typů zranění a obranných reakcí předcházejících predaci bylo u čolka, ze skupiny velkých, pozorována a doložena autotomie části ocasu. Species diversity of crested newt in the Central Europe obtained three well separreted species (Triturus cristatus, T. carnifex and T. dobrogicus). Last two mentioned species are at the edge of the distribution area in south part of the Czech Republic (Moravia). Here is known a hybrid zone among these species. Individuals of T. carnifex from this area carried a mtDNA haplotyp of T. dobrogicus, which is a probably the remnant of postglacial introgression during expansion to the new areas. No evidence about relationship between habitat preferences and species was found in study area. Unfortunately, also no evidence between morphological charakteristics and species was statistically significant. T. carnifex occure the area of Podyjí National park and close surrounding, on the north follows geographically modeled hybrid zone, about 5 km width and further to north is occured by T. cristatus. Morphological malformations were found in 2.9 % of individuals in the study area. Injuries were recorded on 22 % of newts, were the proportions of tail crest injury was significantly higher in males than females. A less number of injuries were observed in juveniles. We also documented an autotomy defensive reaction on adult newt from this species group. Keywords: Obojživelníci; Caudata; hybridní zóna; habitat; morfologie; mtDNA; mikrosatelity; rozšíření; malformace; zranění; autotomie; Amphibia; Caudata; hybrid zone; mtDNA; microsatellites; habitat preferences; morphology; distribution; malformations; injuries; autotomy Available in digital repository of UPOL. Problematika skupiny Triturus cristatus superspecies v České republice

Skupina čolka velkého (Triturus cristatus superspecies) je na území střední Evropy reprezentována třemi druhy, čolkem velkým, dravým a dunajským. Poslední dva druhy jsou na území České republiky na ...

MAČÁT, Zdeněk; RULÍK, Martin; RULÍK, Martin
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Úloha boru a světelných signálních drah v aktivitě buněčných transportérů boru během růstu rostlin
KUNDRATOVÁ, Jana; FELLNER, Martin
2019 - English Hlavním cílem mé disertační práce bylo pochopení mechanismu, jak světlo v interakci s borem a auxinem reguluje růst a vývoj rostlin. Vycházela jsem z hypotézy, že trojkombinace faktorů jako jsou světlo, koncentrace boru/auxinu a změny ve složení buněčné stěny mohou přinést nový pohled na reakci rostlin na abiotické podmínky. V první části mé práce jsem studovala zapojení regulátorů buněčné stěny v transportu boru. Analyzovala jsem mutanty buněčné stěny s defektem v biosyntéze monosacharidů (mur), celulóza-deficientní mutanty z třídy radially swolen (rsw) a mutanta syntázy celulózy (procruste, prc). Mutanti prc1-1 a rsw1-10 se projevovali malým vzrůstem, zejména v etiolizovaných kořenech a hypokotylech. Oba mutanti navíc ve tmě vykazovali schopnost stimulace růstu hypokotylu i v takových koncentracích, které byly pro kontrolní wild-type rostliny již toxické. Na základě těchto výsledků jsem se dále zaměřila na funkční propojení transportérů bóru BOR1 and NIP5;1 na molekulární úrovni. Data prokázala, že stimulace růstu u studovaných mutantů byla spojena s redukcí exprese transportérů bóru. Různá exprese obou transportérů u prc1-1 and rsw1-10 a kontrolních rostlin podporuje existenci mechanismu, kterým rostliny mohou tolerovat toxický efekt vyšších koncentrací bóru v růstu rostlin. V druhé části mé disertační práce jsem studovala roli auxin binding proteinů (ABPs) v signální dráze světla během vývoje mezokotylů kukuřice (Zea mays). Dále jsem stanovovala expresi fytochromů PHYA a PHYB u loss-off-function mutantů abp1 and abp4. Také jsem studovala vliv exogenního auxin NAA na expresi fytochromů a možné zprostředkování tohoto účinku signálními drahami ABP proteinů. Data z mého výzkumu potvrdila, že knock-out u ABP1 a ABP4 vede k redukci exprese PHYB ve tmě rostoucích mezokotylů. Tyto výsledky indikují, že ABP1 a ABP4 mohou zprostředkovávat inhibiční účinek auxinu na hladinu exprese PHYB. The main goal of my PhD research was to understand the mechanism how light, in interaction with boron and auxin, regulates the growth and development of plants. I hypothesized that the triple combination of factors such as light, boron/auxin concentration and differences in cell wall composition could bring new insight into plant response to abiotic conditions. In the first part of my thesis, I studied involvement of regulators of cell wall biosynthesis in boron transport. I analyzed Arabidopsis mutants with defects in genes involved in synthesis of plant cell wall for their growth responsiveness to elevated boron supply under different light conditions. I studied the cell wall mutants with defect in monosaccharide biosynthesis (mur1-1 to 1-10), cellulose-deficient mutants from radially swollen class (rsw1-10, rsw2-1; rsw3-1) and cellulose synthase mutant procruste (prc1-1). Mutants prc1-1 and rsw1-10 showed decreased cell elongation, especially in dark-grown roots and hypocotyls. The results revealed that in the dark, the above-mentioned cell wall mutants showed ability of hypocotyl elongation at the concentrations, which are usually highly toxic for wild type plants. Based on these results, I further focused on functional connections of boron transporters BOR1 and NIP5;1 in response to different light conditions on the transcriptional level. The results revealed that the stimulation of growth was associated with reduction of genes for boron transporters. Different expression of BOR1 and NIP5;1 in prc1-1 and rsw1-10 and wild type plants supported the existence of mechanism by which plants can tolerate toxic effect of high boron concentrations on plant growth. In the second part, I studied a role of auxin binding proteins (ABPs) in light signaling during development of Zea mays mesocotyls. I investigated expression of red light photoreceptors phytochrome A (PHYA) and phytochrome B (PHYB) in loss-of-function mutants abp1 and abp4. Further, I studied whether exogenous auxin NAA can influence expression of these phytochromes and whether it may be part of ABP1 signaling pathway. Data from my research confirmed that the knock-out of ABP1 and ABP4 resulted in reduced expression of PHYB in dark-grown mesocotyls. Additionally, ABP1 and ABP4 mediated the inhibitory effect of exogenous auxin on level of PHYB transcript. Keywords: Arabidopsis thaliana; auxin; auxin binding protein; bór; buněčná stěna; hypokotyl; světlo; mezokotyl; fytochrom; Zea mays; Arabidopsis thaliana; auxin; auxin binding protein; boron; cell wall; hypocotyl; light; mesocotyl; phytochrome; Zea mays Available in digital repository of UPOL. Úloha boru a světelných signálních drah v aktivitě buněčných transportérů boru během růstu rostlin

Hlavním cílem mé disertační práce bylo pochopení mechanismu, jak světlo v interakci s borem a auxinem reguluje růst a vývoj rostlin. Vycházela jsem z hypotézy, že trojkombinace faktorů jako jsou ...

KUNDRATOVÁ, Jana; FELLNER, Martin
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

AIRBORNE THERMAL REMOTE SENSING IN URBAN CLIMATE RESEARCH
POUR, Tomáš; VOŽENÍLEK, Vít
2019 - English The objective of the doctoral thesis is to to investigate and improve airborne thermal remote sensing in urban climate research. To approach this task, the thesis was divided into 3 sub-objectives. The first sub-objective was to acquire and process a series of thermal datasets of Olomouc city for urban environment research. A flight campaign scheduled on 10th July 2016 was planned. The campaign contained data collection in optical and thermal-infrared wavelengths. After two flights, in the morning and in the afternoon, the data were processed to acquire thermal mosaics of the area of interest. The aim of the second sub-objective was to use the thermal mosaics dataset and self-sufficient descriptive analytical methods. For this task, methods of material sampling, quantile-based typology and the TURN method were used to characterize the area of interest. The third sub-objective was to analyse the dataset and propose its fusion with other data sources to investigate the surface temperature patterns and trends among various land-cover and land-use types. This goal was met using verticality analysis based on buildings dataset, Local Climate Zones approach and the use of European open-data sources. The results of all six methods were described, interpreted and visualised using graphs, diagrams and maps. The TURN method, the LCZ method and the data fusion were found to be a very valuable sources of information about given area. In the last part of the thesis, possible future research and further improvements based on this work is being discussed. The objective of the doctoral thesis is to to investigate and improve airborne thermal remote sensing in urban climate research. To approach this task, the thesis was divided into 3 sub-objectives. The first sub-objective was to acquire and process a series of thermal datasets of Olomouc city for urban environment research. A flight campaign scheduled on 10th July 2016 was planned. The campaign contained data collection in optical and thermal-infrared wavelengths. After two flights, in the morning and in the afternoon, the data were processed to acquire thermal mosaics of the area of interest. The aim of the second sub-objective was to use the thermal mosaics dataset and self-sufficient descriptive analytical methods. For this task, methods of material sampling, quantile-based typology and the TURN method were used to characterize the area of interest. The third sub-objective was to analyse the dataset and propose its fusion with other data sources to investigate the surface temperature patterns and trends among various land-cover and land-use types. This goal was met using verticality analysis based on buildings dataset, Local Climate Zones approach and the use of European open-data sources. The results of all six methods were described, interpreted and visualised using graphs, diagrams and maps. The TURN method, the LCZ method and the data fusion were found to be a very valuable sources of information about given area. In the last part of the thesis, possible future research and further improvements based on this work is being discussed. Keywords: thermal; infrared; remote sensing; urban; climate; thermal; infrared; remote sensing; urban; climate Available in digital repository of UPOL. AIRBORNE THERMAL REMOTE SENSING IN URBAN CLIMATE RESEARCH

The objective of the doctoral thesis is to to investigate and improve airborne thermal remote sensing in urban climate research. To approach this task, the thesis was divided into 3 sub-objectives. ...

POUR, Tomáš; VOŽENÍLEK, Vít
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

The impact of international migration on development
MACKOVÁ, Lucie; IRA, Vladimír
2019 - English Disertační práce zkoumá úlohu návratové migrace do Arménie a její možný dopad na rozvoj země. Cílem této studie je popsat: (i) motivace k návratu arménských migrantů a navrátilců; (ii) faktory, které pozitivně a negativně ovlivňují reintegraci; (iii) způsoby, jakým je navráceným osobám poskytnuta pomoc při jejich opětovném začlenění do společnosti a (iv) případné sociální změny, které jsou způsobeny návratovou migrací do Arménie. Stávající literatura o migraci a Arménii je téměř výhradně zaměrená na emigraci a možný vliv remitencí na arménský rozvoj. Tato induktivní studie posouvá naše chápání mezinárodní migrace a jejího vlivu na společnost v zemi původu prostřednictvím diskuse o fenoménu návratové migrace ve specifické případové studii dané země. Zároveň usiluje o zmapování zkušeností s návratem za využití polostrukturovaných kvalitativních rozhovorů a podrobného dotazníku. Zjištění z výzkumu ukazují, že dopady návratové migrace na rozvoj Arménie mohou být komplexnější, než se dříve předpokládalo. Výsledky výzkumu nabízejí širší pohled na fenomén návratové migrace do Arménie a řeší jeho širší společenské dopady, které mohou být obzvláště důležité s ohledem na změny, jimiž země prochází. This doctoral dissertation examines the role of return migration to Armenia and its potential impact on development of the country. This study aims to inquire about: (i) the return motivations for Armenian migrants and returnees; (ii) the factors that influence reintegration in a positive and negative way; (iii) the ways returnees are assisted in their reintegration to society; and (iv) the possible social change that is caused by return migration to Armenia. Existing literature on migration to Armenia has focused almost exclusively on outmigration and the effect of remittances on Armenian development. This inductive study advances our understanding of international migration and its effect on the society in the country of origin by discussing the phenomenon of return migration in a specific single country case study. It aims to map the return experience using semi-structured qualitative interviews and an in-depth survey. The findings from the research show that the impact of return migration on the development of Armenia is more complex than previously assumed. The findings offer broader insights into the phenomenon of return migration to Armenia and address the wider societal challenges that can be particularly important in the light of changes the country is undergoing. Keywords: návratová migrace; rozvoj; reintegrace; programy asistovaných návratů (AVRR); sociální remitence; Arménie; return migration; development; reintegration; AVRR programmes; social remittances; Armenia Available in digital repository of UPOL. The impact of international migration on development

Disertační práce zkoumá úlohu návratové migrace do Arménie a její možný dopad na rozvoj země. Cílem této studie je popsat: (i) motivace k návratu arménských migrantů a navrátilců; (ii) faktory, které ...

MACKOVÁ, Lucie; IRA, Vladimír
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Ekologie herbivorních a saproxylických brouků (Coleoptera)
TRNKA, Filip; TKADLEC, Emil; KURAS, Tomáš
2019 - Czech Ve své dizertační práci se zabývám studiem ohrožení a vzácnými druhy nosatcovitých brouků (Coleoptera: Curculionoidea). Nosatci obývají prakticky všechny typy biotopů, často jsou vázáni na zachovalé přírodní lokality, a tak mohou být využíváni jako bioindikátory k hodnocení přirozenosti a zachovalosti biotopů. Mnoho druhů je ve střední Evropě v určitém stupni ohrožení a často nejsou známy základní fakta o jejich biologii a ekologii. Prvním cílem mé práce byla predikce ohroženosti nosatců na základě ekologických charakteristik nosatců a jejich živných rostlin, které byly testovány metodami mnohorozměrné analýzy. Druhým cílem bylo navázat na první práci a doplnit údaje o biologii, rozšíření, ekologii nosatců a jejich larválních stádií, které nebyly doposud známy. Většina studovaných druhů patří v ČR mezi vymřelé nebo kriticky ohrožené druhy, často s několika nebo jedinou lokalitou výskytu. Prohloubení znalosti biologie a ekologie těchto druhů může významně pomoci k jejich ochraně a k vhodnému managementu jejich biotopů. Endangered and rare weevil species (Coleoptera: Curculionoidea) are the main focus of my doctoral thesis. Weevils inhabit almost all the biotope types and often represent well preserved natural habitats that makes them the ideal candidates to indicate naturalness and good state of these habitats. Many of them are threatened in the Central Europe and often there are solid gaps in the basic knowledge about their biology and ecology. First part of this doctoral thesis is focused on the prediction of the extinction risk of the herbivorous beetles from the weevil group based on their life history traits and the ecological traits of their host plants. Second part of this doctoral thesis is focused on the basic research of the bionomy of a few weevil species, their host plants, larval stages, habitat preferences and morphological and ecological adaptations. Some of these facts have not been known and published yet. Most of the studied taxa are considered as extinct or critically endangered in the Czech Republic, often they have just one or few localities. The results significantly contribute to the basic knowledge about these species but they may also have a practical use in conservation biology and biological control of invasive plants. Keywords: Coleoptera; Curculionoidea; larvální stádia; life history; morfologie; nosatci; ochrana přírody; riziko vyhynutí; živné rostliny; Coleoptera; Curculionoidea; extinction risk; host plants; immature stages; life history; morphology; nature conservation; weevils Available in digital repository of UPOL. Ekologie herbivorních a saproxylických brouků (Coleoptera)

Ve své dizertační práci se zabývám studiem ohrožení a vzácnými druhy nosatcovitých brouků (Coleoptera: Curculionoidea). Nosatci obývají prakticky všechny typy biotopů, často jsou vázáni na zachovalé ...

TRNKA, Filip; TKADLEC, Emil; KURAS, Tomáš
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Kryptická diverzita sinic
JAHODÁŘOVÁ, Eva; HAŠLER, Petr; HAŠLER, Petr
2019 - English Sinice (Cyanobacteria) se na Zemi poprvé objevily asi před 3,5 miliardami let. Patří mezi hlavní organismy ovlivňující světové biogeochemické cykly a jsou prapředky chloroplastů dnešních vyšších rostlin. Sinice jsou schopny přežít v nejrůznějších prostředích. Díky jejich obrovské rozmanitosti zůstává velká většina taxonů systematicky nezařazena. V této práci jsem studovala morfologické i molekulární znaky tří nových rodů sinic z tropických oblastí (Pinocchia, Onodrimia a Elainella), také jsem se zaměřila na mezery v systematice sinic. Spolupracovala jsem na knižní kapitole pojednávající o diverzitě cyanobakterií. Recentní studie odhalily, že rody jako je Leptolyngbya nebo Pseudanabaena jsou výrazně polyfyletické. Oba druhově bohaté rody se značí jednoduchou morfologií, vytvářejí tenká vlákna a obývají jak vodní, tak i terestrické habitaty. Nicméně, na základě polyfyletického původu byla Leptolyngbya rozdělena do několika nových linií, jako je Oculatella nebo Nodosilinea. Pseudanabaena na svou revizi stále čeká. Podobně jsem i já popsala dva neznámé rody odvozené z rodů Leptolyngbya a Pseudanabaena. Pinocchia a Onodrimia jsou jednoduché vláknité cyanobakterie tropického původu. Fylogeneze založená na genu 16S rRNA jednoznačně odlišila monofyletické linie rodu Pinocchia a Onodrimia od Pseudanabaena a Leptolyngbya sensu stricto. Snažila jsem se najít morfologickou apomorfii, která by striktně definovala nově popsané rody. V případě rodu Pinocchia se jedná pravděpodobně o kryptický rod, avšak některé z trichomů měly výrazně prodlouženou, špičatou, někdy kuželovitou apikální buňku. Pro ověření, zda se skutečně jedná o apomorfii, jsem použila nutriční experiment. Nebyl však nalezen signifikantní rozdíl, který by odlišoval kontrolní a experimentální kulturu. Na druhou stranu, Onodrimia je charakteristická zvláštním typem reprodukce (produkuje hormogonia v takzvaných stromečkovitých formacích). Tento charakteristický znak lez považovat za apomorfii. Další nově popsaná tropická sinice Elainella je velice podobná sinici rodu Pseudophormidium. Pseudophormidium je málo prostudovaný taxon s nejasnou morfologií. Pro definici tohoto nového rodu jsem použila jak fylogenezi na základě 16S rRNA genu a morfologické informace, tak i celo-genomový přístup. Celková délka genomu byla 8 702 141 párů bází. V genomu rodu Elainella jsem identifikovala geny sloužící k fixaci vzdušného dusíku a deset potencionálně biosyntetických genových klastrů, pouze dva z nich zřejmě produkující cytotoxické metabolity. Z datované fylogeneze na základě 69 ortologních genů jsme se pokusila odhalit vznik rodu Elainella a kmene Leptolyngbya sp. JSC-1. Tento klád se pravděpodobně diversifikoval asi před 2,24- 2,47 miliardami let. Gen kódující malou podjednotku ribozomu (16S rRNA gen) je hojně užívaný marker pro fylogenezi bakterií. V databázích můžeme najít tisíce sekvencí tohoto genu. Na druhou stranu, je obecně známo, že morfologická charakteristika neodpovídá molekulární fylogenezi. Proto jsem chtěla tento zjevný paradox, neustále se zvětšujícího množství dat a nesprávného fylogenetického určení, prostudovat pomocí algoritmu PTP (Poisson Tree Process). Alignovala jsem 10 037 sekvencí genu 16S rRNA a pomocí PTP algoritmu jsem delimitovala počet druhů sinic v databázi GenBank. PTP identifikovalo pouze 2741 PTPdefinovaných druhů, avšak 51 % PTP-druhů bylo nekultivovatelných. Také jsem se zaměřila na faktory, které by mohly tuto nelehkou situaci taxonomie sinic zlepšit (např. nově popsané taxony by měly být vždy charakterizovány autapomorfií, metagenomická data by měla být vyhodnocována pečlivěji, revize by měly být prováděny pouze s robustním a správným výběrem taxonů). Cyanobacteria emerged on Earth approximately 3.5 billion years ago. They are the major contributor to global biogeochemical cycles and are ancestors of today's chloroplast of higher plants. Cyanobacteria thrive across many habitats. However, due to their enormous diversity, taxonomy remains in chaos and most taxa are uncharacterised. In this thesis, I have investigated the morphological and molecular features of three new cyanobacterial genera from tropical areas (Pinocchia, Onodrimia, and Elainella). Moreover, I aimed to identify gaps in cyanobacterial systematics and cooperated on a book chapter focused on cyanobacterial diversity. Recent investigations revealed that Leptolyngbya and Pseudanabaena are extensively polyphyletic cyanobacterial taxa. Both species-rich genera have very simple morphology, create thin filaments and occur mostly in aquatic and terrestrial habitats. However, due to polyphyly, Leptolyngbya was divided into several genera such as Oculatella and Nodosilinea. Pseudanabaena still waits for its revision. I identified two unknown genera similar to Leptolyngbya and Pseudanabaena. They were named Onodrimia and Pinocchia. Both of them are simple filamentous cyanobacteria with tropical origin. The phylogenetic study of 16S rRNA clearly distinguished Pinocchia and Onodrimia as monophyletic clades distant from Pseudanabaena and Leptolygbya sensu stricto. I endeavoured to find the unique apomorphic character which would strictly define newly described genera. Pinocchia is a cryptic genus but some trichomes possess prolongated, pointed and sometimes conical apical cell. For confirmation of this morphological apomorphy, I applied nutrient experiment. The results did not show any significant difference between standard and experimental cultures. On the other hand, Onodrimia possess a peculiar type of reproduction (it reproduces by tree-like hormogonia tufts). This character could be considered as apomorphy. Another new tropical cyanobacterium Elainella is morphologically very similar to Pseudophormidium. Pseudophormidium is poorly studied lineage, with unclear morphology. For confirmation of this new genus, I used 16S rRNA phylogeny, morphological data and also whole genome assessment. The total length of the draft genome was 8 702 141 bp. Elainella genome contains genes for atmospheric nitrogen fixation and also 10 potentially biosynthetic genes clusters, but only 2 were assigned as already known genes with the ability to produced cytotoxic metabolites. A dated phylogeny of 69 orthologous genes revealed the origin of Elainella and its sister's clade Leptolyngbya sp. JSC-1. They diverged probably 2.24-2.47 BYA. Gene for the small subunit of the prokaryotic ribosome (16S rRNA) is a widely used marker for bacterial phylogeny. There are hundreds of thousands of sequences of this gene in molecular databases. But it is widely known that morphological characters do not perfectly correspond with molecular phylogeny. Therefore, I wanted to describe this evident paradox of increasing data yet poor phylogenetic resolutions by PTP (Poisson Tree Process) algorithm. I aligned 10037 sequences of 16S rRNA and I used PTP delimitation to a defined quantity of species in GenBank database. PTP identified just 2741 PTP-defined species, but 51% PTP-defined species were assigned to uncultured samples. I also proposed possible suggestions which could improve this difficult situation. Keywords: sinice; tropické sinice; kryptická diverzita; nový rod; fylogenetika; fylogenomika; 16S rRNA; 16S-23S ITS; konvergence; taxonomie; Pseudanabaena; Leptolyngbya; Pseudophormidium; cyanobacteria; tropical cyanobacteria; cryptic diversity; new genus; phylogenetics; phylogenomics; 16S rRNA; 16S-23S ITS; convergence; taxonomy; Pseudanabaena; Leptolyngbya; Pseudophormidium Available in digital repository of UPOL. Kryptická diverzita sinic

Sinice (Cyanobacteria) se na Zemi poprvé objevily asi před 3,5 miliardami let. Patří mezi hlavní organismy ovlivňující světové biogeochemické cykly a jsou prapředky chloroplastů dnešních vyšších ...

JAHODÁŘOVÁ, Eva; HAŠLER, Petr; HAŠLER, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

The linguistic approximation of fuzzy models outputs
TALÁŠEK, Tomáš; TALAŠOVÁ, Jana
2019 - English Jazyková aproximace je proces, kterým se přiřazují jazykové termy matematickým objektům, přičemž tyto objekty jsou často výstupy fuzzy modelů. Na jazykovou aproximaci klademe požadavek, aby jazykové termy dostatečně "reprezentovaly význam" aproximovaných objektů nebo aby alespoň reprezentovaly ty charakteristiky těchto objektů, které jsou pro daný účel klíčové. Výběrem vhodné metody pro jazykovou aproximaci se však odborná literatura téměř nezabývá. V průběhu let bylo představeno několik přístupů k jazykové aproximaci, avšak doposud nebylo provedeno žádné důkladné srovnaní těchto přístupů. Tato disertační práce si klade za cíl napravit tento nedostatek pomocí analytického frameworku, který umožní navrhovatelům (a zároveň i uživatelům) modelů s pomocí vizualizace znázornit možné výsledky jazykové aproximace při použití rozdílných vzdáleností/podobností fuzzy množin, porovnat jejich chování a identifikovat případné nedostatky/problémy zvolených vzdáleností/podoboností. K výběru vhodné vzdálenosti/podobnosti fuzzy množin (pro potřeby jazykové aproximace) tedy v této práci přistupujeme jiným způsobem - pomocí identifikace potenciálních problémů postupně vylučujeme ty vzdálenosti/podobnosti, které se v daném případě nechovají dle potřeby. Hlavní přínos práce spočívá v návrhu frameworku, který umožňuje analyzovat to, jak volba vzdálenosti/podobnosti fuzzy čísel ovlivňuje výsledek jazykové aproximace. Framework je navržen tak, aby byl snadno použitelný, nekladl na vysoké nároky na znalosti uživatele, umožňoval přímé srovnání vlivu vzdálenosti/podobnosti na výsledek jazykové aproximace a výsledky byly snadno vizualizovatelné. Přestože se práce zaměřuje převážně na trojúhleníková a lichoběžníková fuzzy čísla (symetrická i nesymetrická), je zde představena i modifikace frameworku, která umožňuje analýzu a vizualizaci výsledků jazykové aproximace fuzzy výstupů, které lze obdržet pomocí Mamdaniho fuzzy inference. Na této modifikaci mimo jiné ukazujeme, jak snadno lze framework upravit pro analýzu dalších typů výstupů. Dále je v práci představena nová metoda pro jazykovou aproximaci, která je postavena na myšlence fuzzy 2-tuples. Tato metoda jazykové aproximace se od jiných metod liší tím, že požaduje jen omezený počet jazykových termů (tj. uživatel modelu nemusí rozumět velkému počtu jazykových termů), ale díky 2-tuples může být i tak výstupem jazykové aproximace nekonečně mnoho jazykových termů, přičemž každý takovýto term se skládá z jednoho ze zvolených jazykových termů a také z informace o jeho "posunu". Tím je zajištěna snadnost porozumění výsledku jazykové aproximace. Disertační práce dále obsahuje 11 publikací, na kterých se Tomáš Talášek významně spolupodílel. Tyto publikace shrnují dosažené matematické výsledky autora a umožňují detailnější náhled na zkoumání toho, jak volba vzdálenosti/podobnosti fuzzy množin ovlivňuje výsledek jazykové aproximace. Linguistic approximation is a process of assigning linguistic labels to various mathematical objects, frequently ones that are obtained as outputs of fuzzy models. Such an assignment cannot be arbitrary - the usual requirement on linguistic approximation is for the linguistic label to ''represent the meaning'' of the approximated object sufficiently, or at least to reflect its characteristics that are the most important for the given purpose. How to define such a sufficiency, or in other words how to recognize an appropriate method of linguistic approximation, however, remains an unresolved issue. Over the years several various approaches for linguistic approximation was introduced but almost no proper comparison of these approaches was made. This thesis strives to resolve this issue by suggesting a universal analytical framework that helps the designers (and also users) of the models to visualize the performance of linguistic approximation under different distance/similarity measure of fuzzy numbers and to use this visualization to compare their performance and identify the potential drawbacks of using selected distance/similarity measures. It therefore approaches the issue of sufficiency of the linguistic approximation from behind - mainly pointing out the problems and thus ruling out some of the not-well-functioning distance/similarity measures. The contribution of the thesis lies in the proposal of a framework for the analysis of performance of different distance/similarity measures of fuzzy numbers such that its use is straightforward, it requires only limited knowledge from his potential user, it allows for a direct comparison of the performance of different distance/similarity measures in the given context and it provides results by means of graphical representation. Although most of the thesis focuses on the frequently used shapes of fuzzy numbers (triangular, trapezoidal; both symmetrical and asymmetrical), we also propose a modification of the framework which allows for the analysis and visualization of results for Mamdani-type fuzzy sets (outputs of Mamdani fuzzy inference). On this modification we also show the simplicity of the generalization of the framework for different conditions and contexts (represented by different approximated objects etc.). Another contribution is the proposal of a novel linguistic approximation method based on the idea of fuzzy 2-tuples in the thesis. This method differs from other methods in a way that it requires only small number of linguistic terms (i.e. the decision-makers's vocabulary for the description of the results can remain reasonably limited, hence the requirements on understanding the meaning of the linguistic values can be kept to a reasonable minimum), but thanks to the 2-tuple concept it can results in an infinite number of linguistic labels composed of one of the known linguistic terms and a description of its "shift" which facilitates easy understandability of the results of the linguistic approximation. Eleven publications on which the author participated are appended to the thesis. These publications summarize the mathematical results and provide closer insights into the issue of the investigation of the performance of linguistic approximation under different distance/similarity measures. Keywords: jazyková aproximace; fuzzy číslo; vzdálenost; podobnost; jazyková škála; numerické šetření; 2-tuples; linguistic approximation; fuzzy number; distance; similarity; linguistic scale; numerical investigation; 2-tuples Available in digital repository of UPOL. The linguistic approximation of fuzzy models outputs

Jazyková aproximace je proces, kterým se přiřazují jazykové termy matematickým objektům, přičemž tyto objekty jsou často výstupy fuzzy modelů. Na jazykovou aproximaci klademe požadavek, aby jazykové ...

TALÁŠEK, Tomáš; TALAŠOVÁ, Jana
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Role sester v krizové připravenosti Českého červeného kříže na mimořádné události v České republice.
BALARINOVÁ, Lucie; IVANOVÁ, Kateřina
2019 - Czech Výzkumná část disertační práce má přinést naplnění následujících dílčích cílů: identifikace existence krizové připravenosti v ČČK; zmapování role sestry ČČK na konkrétní mimořádné události vČR; deskripce vývoje sestry vČČK; mapování existence krizové připravenosti u budoucích sester v ČR. Odpovědi na dílčí cíle by měly vést k saturaci jednoho hlavního cíle, kterým je deskripce a analýza role sestry v krizové připravenosti ČČK na mimořádné události v ČR. Pro výzkum je zvolen smíšený typ výzkumu a konkrétně se jedná o Typ IV B vícefázový výzkumný design smíšeného výzkumu - sekvenční. Výzkum je strukturován do dvou na sebe vzájemně navazujících fází Pro výzkum je zvolen smíšený typ výzkumu a konkrétně se jedná o Typ IV B vícefázový výzkumný design smíšeného výzkumu - sekvenční. Výzkum je strukturován do dvou na sebe vzájemně navazujících fází. Výzkum celkově přinesl zjištění o měnící se roli sestry v ČČK. Z výsledku je zřejmé, že v kontextu ČČK hovoříme o obecnější roli zdravotníka ČČK, která zároveň svou náplní v podobě poskytování zdravotnické první pomoci zastává na poli ostatních nestátních neziskových organizaci výhradní postavení. Autorka poukazuje na příklady ze zahraničí a považuje za přínosné propojení problematiky dobrovolných sester/zdravotníků se sestrami profesionálními v oblasti krizové připravenosti. This research studies specifically Czech Red Cross and the role of nurses in disaster preparedness for emergency events in the Czech Republic. It also looks at interconnection with professional nurses. The research element of this thesis is to bring about the following objectives: to identify the existence of disaster preparedness within the Czech Red Cross; to set out the role of the Czech Red Cross nurse on an example of a single disaster event in the Czech Republic; to describe the development of a nurse within the Czech Red Cross; to map out disaster preparedness of future nurses within the Czech Republic. The answers to these individual objectives should lead to a single main aim - the description and analysis of the role of a nurse in disaster preparedness of the Czech Red Cross for emergency events in the Czech Republic. Mixed methods research approach has been chosen for this study. Specifically, it is Type IV B multiphase mixed methods sequential research design. The research is structured in two follow-up phases. Overall, the research found that the role of a nurse within the Czech Red Cross is changing. It is clear from the results that in the context of the Czech Red Cross we can talk of a more general role of a health professional. Such a more general role, which also encompasses medical first/emergency aid, can be found taking an exclusive place within other non-governmental nonprofit organization. The author highlights examples from abroad and believes it beneficial to overlap the topic of voluntary nurses/health professionals with the topic of professional nurses, in the context of disaster preparedness. Keywords: dobrovolná sestra; dobrovolník; Český červený kříž; krizová připravenost; mimořádná událost; povodeň; smíšený výzkum; praktická sestra; všeobecná zdravotní sestra; Nurse volunteer; volunteer; Czech Red Cross; disaster preparedness; emergency event; flood; mixed methods research; nurse; general nurse practitioner Available in digital repository of UPOL. Role sester v krizové připravenosti Českého červeného kříže na mimořádné události v České republice.

Výzkumná část disertační práce má přinést naplnění následujících dílčích cílů: identifikace existence krizové připravenosti v ČČK; zmapování role sestry ČČK na konkrétní mimořádné události vČR; ...

BALARINOVÁ, Lucie; IVANOVÁ, Kateřina
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Sociální podnikání v kontextu potřeb politiky zaměstnanosti České republiky
KROČIL, Ondřej; POSPÍŠIL, Richard; POSPÍŠIL, Richard
2019 - Czech Předložená disertační práce se zabývá vztahem konceptu sociálního podnikání a politiky zaměstnanosti České republiky. Práce je rozdělena na teoretickou a výzkumnou část. V první výzkumné části je zkoumán vliv sociálního podnikání na naplňování potřeb politiky zaměstnanosti ve vybraném regionu České republiky - Olomouckém kraji. Druhá část výzkumu se zabývá mírou informovanosti o sociálním podnikání u vysokoškolských studentů jakožto možných sociálních podnikatelů a u osob se zdravotním postižením jakožto hlavní cílovou skupinou sociálních podniků v Olomouckém kraji. Třetí výzkumná část je věnována tématu metod měření dopadu sociálních podniků na své okolí. Závěrečná výzkumná kapitola se soustředí na sociální podnikání v kontextu legislativ zemí Evropské unie. This thesis deals with the relationship between the concept of social entrepreneurship and employment policy of the Czech Republic. The thesis is divided into theoretical and research part. The research part examines the impact of social entrepreneurship on meeting the needs of employment policy in the selected region of the Czech Republic - the Olomouc Region. The second part of the research deals with the level of awareness of social entrepreneurship among university students as possible social entrepreneurs and people with disabilities as the main target group of social enterprises in the Olomouc Region. The third research section examines the topic of methods for measuring the impact of social enterprises on their stakeholders. The final research chapter focuses on social entrepreneurship in the context of EU countries legislation Keywords: Sociální podnikání; integrační sociální podnik; politika zaměstnanosti; trh práce; znevýhodněné osoby; Social entrepreneurship; work-integration social enterprise; employment policy; labour market; disadvantaged people Available in digital repository of UPOL. Sociální podnikání v kontextu potřeb politiky zaměstnanosti České republiky

Předložená disertační práce se zabývá vztahem konceptu sociálního podnikání a politiky zaměstnanosti České republiky. Práce je rozdělena na teoretickou a výzkumnou část. V první výzkumné části je ...

KROČIL, Ondřej; POSPÍŠIL, Richard; POSPÍŠIL, Richard
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019