Number of found documents: 1208
Published from to

Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities
LISNER, Aleš
2023 - English
This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different perspectives using large-scale observational studies and small-scale manipulative experiments to better understand which mechanism create observed patterns. High emphasis is put on the methodological aspects and potential theoretical or practical issues arising from experimental setting and data collection. More specifically, the thesis starts with description and critical evaluation of patterns observed at bigger spatial scales and across multiple sites (Chapter I). Then continue with detailed small-scale experimental approaches and assessment of mechanism driving relationship between diversity, productivity and stability of communities (Chapter II and III). Further, the thesis digs into bigger detail focusing on which plant characteristics define abundance patterns of individual species, which translates into productivity (Chapter IV). Finally, it elaborates on common issues related to vegetation data collection and their subsequent analysis (Chapter V). Keywords: diversity; productivity; ecosystem functioning; traits; stability; sampling error Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities

This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different ...

LISNER, Aleš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs
GHAZNAVI, Ali
2023 - English
Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Keywords: Categorical segmentation; Neural network; Cell detection; Microscopy image segmentation; U-Net; Tissue segmentation; Semantic segmentation; Bright-Field Microscopy cell segmentation; Cell analysis Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs

Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical ...

GHAZNAVI, Ali
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Sémantická pole a vztahy mezi právními koncepty: kontrastivní studie z oblasti českého a francouzského práva
HODKOVÁ, Kateřina
2023 - Czech
Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi lingvistickým jednotkami v doméně práva. Úvodní kapitoly, věnované vybraným oblastem sémantiky a odbornému jazyku, přinášejí vhled do zkoumané problematiky a představují teoretický základ pro vlastní výzkum. Pro účely práce byly sestaveny korpusy vážící se k tematicky identické doméně, která existuje v české i francouzském právu. Konkrétně byla zvolena doména v českém právu a v právu francouzském. Zmíněné korpusy slouží jako zdroj jednotek, mezi nimiž existují v rámci domény vztahy nejrůznějšího typu. Tyto jednotky, blíže představené a definované v rámci práce, jsou: koncepty, termíny a propoziční struktury. Pozornost je věnována zejména vztahům významovým. Ty podle jejich povahy lze rozdělit na tři skupiny: vztahy sémantické, vztahy vycházející z právního textu a sémantické role. Každý vztah je definován, jsou k němu uvedeny příklady, četnost ve zkoumaných korpusech a případně další informace. Jelikož se práce zabývá tematicky stejnou doménou ve dvou systémech národního práva, je možné rovněž kontrastivní srovnání výsledků analýzy. V závěru práce je na sebraná data aplikovaný nástroj zvaný lexikální funkce za účelem snazší orientace, lepší přehlednosti a systematického zápisu získaných výsledků. Je rovněž vytvořen návrh databáze, díky níž by se získaná data mohla uplatnit prakticky. Součástí této práce jsou na přiloženém CD nosiči mj. mapy zobrazující strukturu obou zkoumaných domén. This study concerns relations existing between linguistical units in the domain of law. The first chapters, focused on selected semantic theories and specialized texts, give insight into the problematics and represent the theoretical foundation for the research. We established corpora for the purposes of this study and they cover a thematically identical domain which exist in both Czech et French law. The domain is in Czech law and in French law. The aforementioned corpora are used as the sources of linguistical units which hold various relationships among themselves. The units are concepts, terms and propositional structures and we define them over the course of this study. As for the relations, we focus mainly on relations of sense. We can distinguish three groups based on the nature of the relations: semantic relations, relations based on legal text and semantic roles. Every relation is defined and we mention illustrative examples, frequency and possibly other information. Given that we study the identical domain in two systems of national law, it is possible to compare the data in a contrastive way. At the end of the study we attempt to apply of a formal tool called lexical functions on our set of data in order to make them easier to naviguate and to present them in a systematic and coherent way. As a practical outcome of our study, we also propose a database based on our data. CD with, among other things, graphs portraying the structure of the examined domains is part of this study. Keywords: sémantická pole; právní koncepty; právní termíny; významové vztahy; sémantické vztahy; sémantické role; lexikální funkce; semantic fields; legal concepts; legal terms; relations of sens; semantic relations; semantic roles; lexical functions Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Sémantická pole a vztahy mezi právními koncepty: kontrastivní studie z oblasti českého a francouzského práva

Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi lingvistickým jednotkami v doméně práva. Úvodní kapitoly, věnované vybraným oblastem sémantiky a odbornému jazyku, přinášejí vhled do zkoumané problematiky a ...

HODKOVÁ, Kateřina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Vybrané aspekty biologie invazního druhu \kur{Pectinatella magnifica}
JEŽKOVÁ, Eva
2023 - Czech
Bochnatka americká (Pectinatella magnifica) je invazní organismus, který se do Evropy dostal lodní přepravou ze Severní Ameriky a představuje mnohá potencionální rizika pro naše původní druhy a vodní technická zařízení. Jedná se o druh sladkovodní mechovky tvořící kolonie, které mohou dosáhnout značných velikostí. Povrch gelovité matrix tvoří jedinci zvaní zooidi, kteří jsou schopni pohlavního i nepohlavního rozmnožování a díky tomu mají velký konkurenční potenciál. Nepohlavní dormantní stádia, tzv. statoblasty, mají mimořádnou odolnost vůči podmínkám prostředí a díky svým vlastnostem jsou schopné šíření na velké vzdálenosti. Tato práce si kladla za cíl identifikovat a popsat vybrané aspekty života tohoto organismu, zejména strategii šíření a rozmnožování. Toho bylo docíleno jak pozorováním ve volné přírodě, tak kultivačními experimenty. Podařilo se úspěšně přenést kolonie bochnatky americké z jejich přirozeného prostředí do speciálně konstruovaného akvarijního systému v laboratoři. Při experimentální kultivaci se z 80 % statoblastů během pěti až osmi dnů v závislosti na teplotě vody vylíhli zooidi, kteří žili po dobu osm týdnů, a byly u nich pozorovány další životní projevy. Získaná foto - a videodokumentace zachycuje detaily sexuálního rozmnožování tohoto druhu a potvrzuje, že k němu v našich vodách dochází. V přírodních podmínkách se jeví jako nejvhodnější prostředí pro tento druh často mezotrofní zaplavené pískovny a rybníky s ochranným statutem, rybníky pro rekreační využití a rybníky s nízkou intenzitou rybářského využití (bez tvorby masivních vodních květů sinic, kolísání kyslíkového režimu atd.). Nebylo jednoznačně prokázáno, že by bochnatka americká představovala pro naše druhy mechovek významné kompetiční nebezpečí. Pectinatella magnifica, invazní organismus, statoblast, rozmnožování, laboratorní kultivace SUMMARY Pectinatella magnifica is an invasive organism transfered to Czech republic from the USA with the international boat transport. Here it poses a lot of potencial threats toour native species, as well as to submerged technical constructions. It is a species of freshwater Bryozoan that is able to create colonies of considerable sizes. On the surface of a gelatinuous matrix there are small living indiviuals called the zooids. These can reproduce both sexually and asexually, which gives them a huge competitive potential. The dormant asexual spores, e.g. statoblasts, are extremely resistant towards various natural conditions and have characteristics enabling them to spread to substantial distances. This thesis aimed to identify and describe several life aspects of Pectinatella magnifica, especially reproduction and spreading strategy. I monitored the organism in the nature, as well as in a number of laboratory experiments. I was able to succesfully transfer the colonies of Pectinatella from the ponds into a special aquarium system. Under the laboratory conditions, 80 % of statoblasts germinated within five to eight days, depending on the water temperature. Then the zooids emerged and survived for around eight weeks, enabling me to observe different development and behaviour. Obtained photo and viceodocumentation shows details of a sexual reproduction of zooids, proving that it occurs even in our environment. The most prefered natural conditions seem to be the flooded mezotrophic sand quarries and protected and recreational ponds with a low fishing stock (without a massive algeae presence, fluctuating oxygen levels, etc.) The results do not suggest that Pectinatella magnifica is currently a significant competitor to our native Bryozoan species. Keywords: Pectinatella magnifica; invazní organismus; statoblast; rozmnožování; laboratorní kultivace; Pectinatella magnifica; invasive organism; statoblast; reproduction; laboratory cultivation Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Vybrané aspekty biologie invazního druhu \kur{Pectinatella magnifica}

Bochnatka americká (Pectinatella magnifica) je invazní organismus, který se do Evropy dostal lodní přepravou ze Severní Ameriky a představuje mnohá potencionální rizika pro naše ...

JEŽKOVÁ, Eva
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Badatelsky orientovaná výuka robotiky
KLOFÁČ, Patrik
2023 - Czech
Nově pojatá informatika zaměřená na rozvíjení informatického myšlení žáků hledá nová témata a nové moderní metody výuky podporující aktivního žáka. Ve školním prostředí se robotika jeví jako vhodné vzdělávací téma pro rozvíjení informatických dovedností, kompetencí a informatického myšlení. Práce s roboty nebude přínosná, pokud metody její výuky budou s pasivním žákem, transmisivní a instruktážní. Z těchto důvodů je třeba hledat nové metody a jednou z možných je badatelsky orientovaná výuka. Obecně téma badatelsky orientované výuky v informatice a též v robotice je prakticky neprobádané, není zřejmé, co si pod takovou výukou představit. Proto je výzkum zaměřen na vedení výuky základů robotiky badatelsky orientovanými úlohami. Cílem výzkumu bylo vytvořit badatelsky orientované úkoly do hodin robotiky a zjistit, zda badatelsky orientovaná výuka robotiky přispívá k rozvoji informatického myšlení žáků druhého stupně základních škol v těchto třech složkách algoritmizace, abstrakce a evaluace. Práce se opírá o kvalitativní výzkum využívající metodu akčního výzkumu. Sběr dat byl zajišťován pomocí rozhovorů s učiteli, pozorováním a natáčením žáků při práci a žákovských dotazníků. Výsledky výzkumu poskytly zajímavý a důležitý náhled jak na strukturu tvorby badatelských úloh robotiky, tak na východiska, jak takové úlohy vylepšovat a na jaké aspekty si ve výuce dávat pozor. Zjištěné poznatky mohou přispět k rozvoji výuky informatiky. Newly conceived informatics focused on the development of pupils' computational thinking is constantly looking for new topics and new modern teaching methods to support active pupils. In the school environment, robotics appears to be a suitable educational topic for developing IT skills, competences, and computational thinking. Working with robots will not be beneficial if the teaching methods are used with passive pupils, and are merely transmissive, and instructional. For these reasons, it is necessary to look for new methods, and one of the possibilities is inquiry-based learning. In general, the subject of inquiry-based learning in informatics and also in robotics is practically unexplored, and it is not yet clear what to imagine under the heading of such teaching. Therefore, the research is focused on teaching the basics of robotics with inquiry-based learning tasks. The goal of the research was to create inquiry-based learning tasks for robotics lessons, and to find out whether inquiry-based robotics learning contributes to the development of computational thinking of second stage primary school (or middle school) students in these three components of algorithmization, abstraction, and evaluation. The work is based on qualitative research, using the action research method. Data collection was ensured by interviews with teachers, observation, and filming of students at work, along with student questionnaires. The results of the research provided an interesting and important insight into the structure of the creation of robotics research tasks, as well as the starting points for how to improve such tasks, and even what aspects to pay attention to in teaching. The findings can contribute to the development of informatics teaching. Keywords: badatelsky orientovaná výuka; robotika; informatické myšlení; inquiry-based learning; robotics; computational thinking Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Badatelsky orientovaná výuka robotiky

Nově pojatá informatika zaměřená na rozvíjení informatického myšlení žáků hledá nová témata a nové moderní metody výuky podporující aktivního žáka. Ve školním prostředí se robotika jeví jako vhodné ...

KLOFÁČ, Patrik
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Zapojení podniků v ČR do evropského podnikání v rámci bioekonomiky
SAGAPOVA, Nikola
2023 - Czech
Disertační práce se zabývá mapováním potenciálu pro zapojení podniků v ČR do evropské bioekonomiky, resp. do sektoru bioplastikářství, který je v současné době dynamicky se rozvíjejícím se průmysl. Důraz je kladen na faktory a souvislosti, které ovlivňují možnost vstupu do tohoto odvětví, které plynou z vnitřních i vnějších podmínek firem. Výzkum se opírá o kombinaci metod a poskytuje kvantitativní i kvalitativní přístup. Mezi použité mety patří literární rešerše, scientometrická analýza, neuronové sítě, korelační analýza, analýza situace na trhu, mapování, případové studie a dotazníkové šetření. Jejich prostřednictvím práce podává komplexní obraz a širší souvislosti současné situace bioplastikářství. The dissertation deals with the mapping of the potential for the involvement of enterprises in the Czech Republic in European bioeconomy, specifically in the bioplastics sector, which is currently a dynamically developing industry. The focus is on the factors and contexts that influence the possibility of entering this sector, which arise from the internal and external conditions of firms. The research relies on a combination of methods and provides both quantitative and qualitative approaches. The methods used include literature search, scientometric analysis, neural networks, correlation analysis, market situation analysis, mapping, case studies and questionnaire surveys. Through these methods, the thesis provides a comprehensive picture and broader context of the current situation of the bioplastics industry. Keywords: bioekonomika; cirkulární ekonomika; bioplast; plast; plastikářství; podniky; podnikání; bioeconomy; circular economy; bioplastics; plastics; plastic industry; enterprises; entrepreneurship Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Zapojení podniků v ČR do evropského podnikání v rámci bioekonomiky

Disertační práce se zabývá mapováním potenciálu pro zapojení podniků v ČR do evropské bioekonomiky, resp. do sektoru bioplastikářství, který je v současné době dynamicky se rozvíjejícím se průmysl. ...

SAGAPOVA, Nikola
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Characterisation of novel mitochondrial proteins in \kur{Trypanosoma brucei}
RAŠKOVÁ, Vendula
2023 - English
This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in eukaryotes, using a newly developed proximity-dependent biotinylation approach (BioID2) we identified ZapE interaction partners like Oxa1. We also discovered a relationship when distribution of mitochondrial ZapE is restricted only to organisms with Oxa1, respiratory complexes, and a mitochondrial genome. TbPams were detected by phylogenetic analyses as orthologs of corresponding proteins in Opistokonts. We analyse the function of TbPam18 and TbPam16 in the replication of the mitochondrial DNA and determine, how the TMDs of TbPam18 and TbPam16 are essential for their functions. Finally, we evaluated a set of putative mitochondrial proteins of the heterolobosean N. gruberi defined by Localisation of Organelle Proteins by Isotope Tagging (LOPIT) and analyse the origin of mtFfh and mtFtsY. This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in eukaryotes, using a newly developed proximity-dependent biotinylation approach (BioID2) we identified ZapE interaction partners like Oxa1. We also discovered a relationship when distribution of mitochondrial ZapE is restricted only to organisms with Oxa1, respiratory complexes, and a mitochondrial genome. TbPams were detected by phylogenetic analyses as orthologs of corresponding proteins in Opistokonts. We analyse the function of TbPam18 and TbPam16 in the replication of the mitochondrial DNA and determine, how the TMDs of TbPam18 and TbPam16 are essential for their functions. Finally, we evaluated a set of putative mitochondrial proteins of the heterolobosean N. gruberi defined by Localisation of Organelle Proteins by Isotope Tagging (LOPIT) and analyse the origin of mtFfh and mtFtsY. Keywords: Trypanosoma brucei; kDNA; mitochondrion; TbPam protein; ZapE; kinetoplast Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Characterisation of novel mitochondrial proteins in \kur{Trypanosoma brucei}

This study analyses and characterises novel mitochondrial proteins in the parasitic protist Trypanosoma brucei. Applying phylogenetic analysis was described the evolutionary origin of ZapE protein in ...

RAŠKOVÁ, Vendula
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Integrace zahraničních vědecko-výzkumných a akademických pracovníků v České republice
FICHTNEROVÁ, Eva
2023 - Czech
Zahraniční odborníci ve vysokoškolských a výzkumných institucích garantují mezinárodní vědeckou spolupráci a kvalitu vzdělávacích programů. Existují překážky, které mají negativní vliv na jejich kvalitu života, brání jim v zapojení do pracovního procesu v novém sociálním prostředí a v odvádění odborného a vědeckého výkonu, což ovlivňuje nejen jejich životní pohodu a zdraví, ale i konkurenceschopnost zaměstnavatele. Oblast služeb pro cizince na akademické půdě není v České republice systematicky zkoumána, a proto není dostatečný teoretický základ, informace či postupy doporučené k procesu jejich integrace. Chybí nastavení systému služeb a pravidel zahrnujících interkulturní a etické přístupy pro adaptaci v novém prostředí. Cílem této disertační práce bylo zjistit vybrané aspekty integrace zahraničních vědecko-výzkumných a akademických pracovníků ve vědecko-výzkumných a vysokoškolských institucích v České republice. Byl zvolen kvantitativní výzkum, výzkumným nástrojem byl dotazník, osloveny byly všechny veřejné vysoké školy v České republice a Akademie věd České republiky. Byla získána zpětná vazba od 221 respondentů. Data byla analyzována v programu SASD 1.4.10. a SPSS, verzi 24 a doplněna kvalitativním výzkumem ? kódováním odpovědí na otevřené otázky v programu Atlas.ti. Analýzy prokázaly statistické souvislosti mezi proměnnými, odkryly problematické oblasti a nedostatky v pracovní, sociální a kulturní integraci zahraničních odborníků. Jako největší překážky respondenti označovali složitou administrativu, český jazyk jako jediný jazyk úředního jednání, problémy se zajištěním základních životních potřeb (ubytování, školská zařízení, zdravotní péče), ale poukázali i na sociokulturní odlišnosti. Identifikovali nedostatky v poskytovaných službách, které se v současné době různí svou kvalitou a jsou odlišné na každé instituci. Jedná se o první a velmi unikátní zpětnou vazbu s příklady, která by měla vést k dalšímu výzkumu v této oblasti a inkorporaci praxe založené na důkazech v rámci integračních strategií. Výsledkem disertační práce jsou nejen zjištěné vybrané aspekty integrace, ale také doporučení pro implementaci komplexních integračních služeb pro zahraniční odborníky znevýhodněné cizím prostředím, které pomohou v odbourávání překážek a podpoří tvorbu opatření a pravidel pro řešení dilemat vznikajících z rozličnosti kultur, společenských hodnot a náboženství. Praktickým dopadem doporučeného konceptu by měli být spokojení zahraniční zaměstnanci s dobrým psychickým i fyzickým zdravím a předpokladem bezproblémové integrace do naší společnosti. Vysoká úroveň kvality života ve vědeckém i akademickém prostředí tak bude moci garantovat zvyšování excelence ČR na poli vzdělávání, vědy a výzkumu. Zjištěné skutečnosti by měly být impulsem pro další interkulturní vzdělávání a prohlubování internacionalizačních snah na domácí půdě. Foreign experts in higher education and research institutions guarantee international scientific cooperation and the quality of educational programs. Some obstacles harm their quality of life and prevent them from engaging in the work process in a new social environment and from performing professional and scientific work, which affects not only their well-being and health but also the employer's competitiveness. The field of services for foreigners on campus is not systematically researched in the Czech Republic, and therefore there are not enough theoretical basis, information, or procedures recommended for the process of their integration. There is a lack of setting up a system of services and rules involving intercultural and ethical approaches for adaptation to the new environment. This dissertation aimed to find out selected aspects of the integration of foreign scientific-research and academic workers in scientific-research and higher education institutions in the Czech Republic. Quantitative research was chosen, the research tool was a questionnaire, and all public universities in the Czech Republic and the Academy of Sciences of the Czech Republic were approached. Feedback was obtained from 221 respondents. Data were analyzed in SASD 1.4.10. and SPSS, version 24, and supplemented with qualitative research ? by coding answers to open questions in the Atlas.ti program. The analyzes demonstrated statistical connections between the variables and revealed problematic areas and shortcomings in the work, social and cultural integration of foreign experts. As the biggest obstacles, respondents identified complicated administration, the Czech language as the only official language, and problems with providing basic life needs (accommodation, school facilities, health care), but also pointed to socio-cultural differences. They identified shortcomings in the services provided, which currently vary in quality and are different for each institution. This is the first and very unique feedback with examples that should lead to further research in this area and the incorporation of evidence-based practice within integration strategies. The result of the dissertation not only identified selected aspects of integration, but also resulted in a recommendation for the implementation of complex integration services for foreign professionals disadvantaged by a foreign environment, which will help in removing obstacles and support the creation of measures and rules for solving dilemmas arising from the diversity of cultures, social values, and religions. The practical impact of the proposed concept should result in satisfied foreign employees with good mental and physical health and be a prerequisite for problem-free integration into our society. A high level of quality of life in a scientific and academic environment will thus be able to guarantee the improvement of the Czech Republic's excellence in the field of education, science, and research. The findings should be an impetus for further intercultural education and the deepening of internationalization efforts at home. Keywords: integrace; adaptace; i/migrace; internacionalizace; vědecko-výzkumný a akademický pracovník; vysoká škola; výzkumná instituce; integration; adaptation; im/migration; internationalisation; researcher and academic worker; university; research institution Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Integrace zahraničních vědecko-výzkumných a akademických pracovníků v České republice

Zahraniční odborníci ve vysokoškolských a výzkumných institucích garantují mezinárodní vědeckou spolupráci a kvalitu vzdělávacích programů. Existují překážky, které mají negativní vliv na jejich ...

FICHTNEROVÁ, Eva
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Životní styl a kvalita života lidí s nadváhou a obezitou
ŠIMKOVÁ, Simona
2023 - Czech
Nadváha a obezita jsou celosvětovým problémem. Onemocnění jsou charakteristická zvýšeným množstvím tukové tkáně v organismu. Důsledky nadbytečné hmotnosti nejsou pouze zdravotní, nadváha a obezita ovlivňují kvalitu života, sociální život, psychiku osob s tímto onemocnění. Základním měřítkem výskytu nadváhy a obezity zůstává většinou Body Mass Index (BMI), který ovšem nemusí správně u všech jedinců posoudit jejich riziko např. pro rozvoj dalších onemocnění, souvisejících s vyšší hmotností. Na rozvoj obezity má vliv mnoho proměnných, mezi nimi genetická predispozice, prostředí, v němž jedinec vyrůstá a žije, stravovací návyky, pohybová aktivita, ale např. i stres apod. Cílem disertační práce bylo zjistit, jaká je kvalita života a životní styl osob s nadváhou a obezitou, porovnat ji s kvalitou života a životním stylem osob s normální tělesnou hmotností a popsat odlišnosti. Pro naplnění cílů byla zvolena kvantitativní výzkumná strategie. Sběr dat byl realizován pomocí dotazníků a analýzy tělesného složení. Využili jsme kombinace standardizovaného dotazníku kvality života WHOQOL-BREF a dotazníku vlastní konstrukce, který byl zaměřen na životní styl respondentů. Respondenti dále podstoupili analýzu tělesného složení bioimpedančním přístrojem InBody 270. Získaná data byla statisticky hodnocena. Byly zjištěny statisticky významné rozdíly v jednotlivých doménách dotazníku WHOQOL-BREF mezi respondenty s BMI <25 kg/m2 a respondenty s BMI ?25 kg/m2. Byly zjištěny statisticky významné rozdíly také ve dvou samostatně hodnocených položkách dotazníku. Ve všech doménách i dvou samostatně hodnocených položkách bylo vyšší kvality života dosaženo u respondentů s nižším BMI. Zjistili jsme, že životní styl je závislý na pohlaví (pozitivní, negativní i celkové skóre životního stylu), přičemž ženy měly zdravější životní styl než muži. Negativní skóre životního stylu bylo závislé také na BMI a to inverzně. Věk na dodržování zásad zdravého životního stylu neměl vliv. Zjistili jsme, že osoby s nadváhou a obezitou jsou častěji osoby s nižším dosaženým vzděláním. Byla zjištěna významná souvislost spokojenosti se zdravím (p?0,001) s podílem tělesného tuku, množstvím beztukové tkáně, obvodem pasu, množstvím viscerálního tuku i poměrem obvodu pasu a boků. Vybrané tělesné parametry významně ovlivňovala konzumace alkoholu, pravidelná pohybová aktivita nebo frekvence konzumace cukrovinek a nezdravé stravování. Disertační práce přináší ucelený pohled na problematiku kvality života a životního stylu osob s nadváhou a obezitou. Poukazuje na skutečnost, že zvýšená tělesná hmotnost není jen zdravotním problémem, ale negativně ovlivňuje téměř veškeré aspekty života dotyčných jedinců. Může poukázat na nutnost zvyšovat povědomí o všech důsledcích nadváhy a obezity, nutnost zavádět více preventivních opatření a potřebu komplexního přístupu k osobám s tímto onemocněním. Disertační práce může být užitečná zdravotníkům, ale i dalším osobám, které se v životě nebo při výkonu povolání setkávají s osobami s nadváhou a obezitou. Overweight and obesity are a global problem. These diseases are characterized by an excessive amount of body fat in the body. The consequences of excessive body weight does not include only health effects but overweight and obesity also affect quality of life, social life and mental health of people with this disease. The basic measure of overweight and obesity is body mass index (BMI), however it may not be accurate for health risk assessment of each individual, e.g. for the development other diseases related to high weight. There are many variables associated with development of obesity such as genetic predisposition, the environment in which an individual grows up and lives, eating habits, physical activity, stress, etc. The aim of the dissertation was to determine what the quality of life and lifestyle of people with overweight and obesity is, to compare it with the quality of life and lifestyle of people with normal body weight and to describe the differences. It was choosen a quantitative research strategy to acomplish the aims. The data collection was realized by questionnaires and body composition analysis. We used a combination of standardized quality of life questionnaire WHOQOL-BREF and self administered questionnaire which was focused on lifestyle of respondents. Respondents were also measured by bioimpedance device InBody 270 for body composition analysis. The obtained data was statistically evaluated. Statistically significant differences were found between respondents with BMI <25 kg/m2 and respondents with BMI ?25 kg/m2 in individual domains of the questionnaire WHOQOL-BREF. Statistically significant differences were also found in two separately evaluated parts of the questionnaire. A higher quality of life was achieved by respondents with lower BMI in all domains as well as in two separately evaluated parts. We determined that the lifestyle is dependent on gender (positive, negative and also overall lifestyle score) with women having a healthier lifestyle than men. The negative lifestyle score was also dependent on BMI but inversely. The age had no effect in adherence to healthy lifestyle principles. We determined that people with overweight and obesity often have lower educational level. It was determined a significant association with satisfaction with health (p?0,001) and body fat percentage, amount of fat free mass, waist circumference, amount of visceral fat and waist to hip ratio. An alcohol consumption, regular physical activity or frequency of consumption of sweets and unhealthy eating also significantly affected selected body parameters. The dissertation provides a comprehensive view of the quality of life and lifestyle of overweight and obese people. It points to the fact that excessive body weight is not only health issue but it also has a negative impact in almost every aspect in the individual's life. It can point to a need of increasing awareness of all the consequences of overweight and obesity, a need to implement more preventive measures and also a complex approach for people with this disease. The dissertation can be useful for health professionals as well as other people who come in contact with overweight and obese people either in their profession or in daily life. Keywords: kvalita života; životní styl; nadváha; obezita; tělesné složení; quality of live; lifestyle; overweight; obesity; body composition Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Životní styl a kvalita života lidí s nadváhou a obezitou

Nadváha a obezita jsou celosvětovým problémem. Onemocnění jsou charakteristická zvýšeným množstvím tukové tkáně v organismu. Důsledky nadbytečné hmotnosti nejsou pouze zdravotní, nadváha a obezita ...

ŠIMKOVÁ, Simona
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Úloha izoenzymů v regulaci metabolismu sinic
BACHHAR, Anushree
2023 - English
Modelová sinice Synechocystis PCC 6803 je jedním z nejstudovanějších druhů sinic, který má významný podíl v biotechnologických aplikacích, což vysvětluje, proč se jí také říká "zelená E. coli". Experimentální studie mohou poskytnout in vitro charakterizaci isozymů, ale nikdo neví, zda a jak přesná je taková parametrizace ve srovnání se stavem in vivo. Také navzdory studiím s jedním/mnoha mutanty, stále plně neznáme rozsah rolí izoenzymů. Důvody, které stojí za tímto problémem, jsou: i) vyřazení jednoho izozymu je pravděpodobně kompenzováno zbývajícími izozymy, ii) deaktivace všech izozymu nepočítá s neznámou multifunkčností jiných enzymů nebo iii) metabolická plasticita Synechocystis umožňuje přesměrování metabolického toku na alternativní dráhy v rámci centrálního metabolismu uhlíku, např. prostřednictvím glykolytických drah (Embden-Meyerhof-Parnasova dráha, Entner-Doudorova dráha, fosfoketolázová dráha a oxidativní pentózofosfátová dráha). V této studii jsem se zaměřila na rozluštění některých regulačních mechanismů v rámci centrálního metabolismu uhlíku Synechocystis s pomocí metabolického modelu, který integruje fluxomické, metabolické a transkriptomické údaje z literatury a různých databází, např. Uniprot, KEGG. V první polovině svého doktorského výzkumu jsem se zaměřila na vliv většinou opomíjené glykolytické fosfoketolázové dráhy. Zejména jsme ukázali, že tok uhlíku cestou fosfoketolázy může dosáhnout 250 % toku přes Embden-Meyerhof-Parnas glykolýzu za autotrofních podmínek a úrovně CO2 okolního prostředí. Tedy, fosfoketolázová dráha hraje klíčovou roli tím, že zmírňuje dekarboxylaci, tj. ztráty uhlíku, ke kterým dochází v ostatních glykolytických cestách. Dále jsme předpověděli, že role fosfoketolázové dráhy za mixotrofních podmínek je u Synechocystis spíše zanedbatelná, přestože je tato dráha klíčová u většiny bakterií za heterotrofních podmínek. Kromě toho jsme potvrdili existenci předpokládaného izoenzymu fosfoketolázy (PKET 2) a kvantifikovali následující výsledky za autotrofních podmínek a úrovně CO2 okolního prostředí: 1) 17% snížení toku přes RuBisCO pro delta pket1 a 2) 11,2-14,3% snížení růstu pro delta pket2 v turbulentním prostředí a 3) preference substrátů pro fosfoketolázovou dráhu za daných růstových podmínek. V druhé polovině své výzkumné práce jsem se zaměřila na nedávno potvrzenou glykolytickou Entner-Doudoroffovu dráhu u Synechocystis. Entner-Doudoroffova dráha byla dříve považována za velmi běžnou (~92 %) mezi sinicemi, ale moje bioinformatická analýza na základě dostupných zdrojů dat předpověděla, že výskyt Entner-Doudoroffovy dráhy je nižší než 50 %. Zajímavé je, že jsme také identifikovali pravděpodobné izozymy v rámci Entner-Doudoroffovy dráhy u některých sinic. V případě Synechocystis jsme poskytli první odhad metabolického toku přes Entner-Doudoroffovu dráhu na základě údajů změn růstu při zablokování této dráhy; je zatím obtížné provést experimentální ověření s pomocí izotopu 13C vzhledem k současným limitům detekce velmi nízkých koncentrací metabolitů v přístrojích hmotnostní spektrometrie. Nicméně jsme zjistili příliš mnoho nejasností (multifunkčnost enzymů a problémy s identitou enzymů Entner-Doudoroffovy dráhy), takže je obtížné anotovat nebo předpovědět rozsah možných metabolických a regulačních funkcí Entner-Doudoroffovy dráhy u Synechocystis. Model cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 is one of the most studied species of cyanobacteria, having a significant impact in biotechnology, which explains why it is also known as "green E. coli". Experimental studies could deliver in vitro characterization of isozymes, but nobody knows if and how accurate such parametrization is in comparison to in vivo conditions. Also, despite the single/multi-mutant studies, the extent of isoenzymes roles is still lacking. The reasons behind this issue are: i) single knock-out is likely to be compensated by remaining isozyme(s), ii) deactivation of all isozymes does not count for unknown multi functionalities or iii) metabolic plasticity of Synechocystis allowing the redirection of metabolic flux towards alternative pathways within the central carbon metabolism, e.g., via glycolytic pathways (Embden-Meyerhof-Parnas pathway, Entner-Doudoroff pathway, phosphoketolase pathway and oxidative pentose phosphate pathway). In this study, I aimed to decipher some of the regulatory mechanisms within the central carbon metabolism of Synechocystis with the aid of metabolic model, integrating fluxomic, metabolic and transcriptomic data from literature and various databases e.g., Uniprot, KEGG. In the first half of my PhD research, I have focused on the impact of the mostly ignored glycolytic phosphoketolase pathway. In particular, we have shown that carbon flux via phosphoketolase pathway could be above 250% of the flux via Embden-Meyerhof-Parnas glycolysis under autotrophic conditions ambient CO2, thus playing a crucial role by mitigating the decarboxylation, i.e., carbon loss, occurring in other glycolytic pathways. We predicted that role of phosphoketolase pathway under mixotrophic conditions is rather negligible in Synechocystis, despite phosphoketolase pathway is crucial for heterotrophic conditions in most bacteria. In addition, we supported the existence of putative phosphoketolase isoenzyme (PKET 2) and quantified the following results under autotrophic conditions ambient CO2: 1) 17% flux reduction via RuBisCO for delta pket1 and 2) 11.2-14.3% growth decrease for delta pket2 in turbulent environment and 3) the substrate preference for phosphoketolase pathway under a given growth conditions. In the second half of my research work, I have focused on the recently confirmed glycolytic route in Synechocystis, the Entner-Doudoroff pathway (ED-P). Entner-Doudoroff pathway was previously concluded to be a very common (~92%) pathway among cyanobacteria, but my bioinformatic analysis based on available data sources predicted, Entner-Doudoroff pathway occurrence is below 50%. Interestingly, we have also identified plausible isozymes within Entner-Doudoroff pathway for some cyanobacteria. In the case of Synechocystis, we provided the first estimation of flux via Entner-Doudoroff pathway based on the growth impairment data which cannot be currently detected by 13C labelling experiments due to current detection limit for lower concentrations metabolite levels in mass-spectrometry devices. Nevertheless, we have identified too many uncertainties (enzyme multifunctionalities and identity issues) that it become difficult to annotate or predict the extent of possible metabolic and regulatory functions of Entner-Doudoroff pathway in Synechocystis. Keywords: Synechocystis PCC 6803; centrální metabolismus uhlíku; isoenzymy; kinetické modelování; multiomika. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Úloha izoenzymů v regulaci metabolismu sinic

Modelová sinice Synechocystis PCC 6803 je jedním z nejstudovanějších druhů sinic, který má významný podíl v biotechnologických aplikacích, což vysvětluje, proč se jí také říká "zelená E. coli". ...

BACHHAR, Anushree
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases