Number of found documents: 80
Published from to

Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone
Maštálková, K.; Tonar, Z.; Fiala, P.; Janáček, Jiří
2008 - English
Numerical density of osteocyte lacunes in cortex and medula of diaphysis of tibia was estimated using thick sections and disector method. Anisotropy in lacunes localization was proved by a method based on Delaunay triangulation Numerická hustota osteocytů v dřeni a kůře střední části lidské holenní kosti byla odhadnuta z tlustých řezů metodou disektoru. Anizotropie v rozmístění osteocytů byla prokázána metodou založenou na Deloneho triangulaci Keywords: osteocyte; disector Available at various institutes of the ASCR
Quantification of Osteocyte Lacunar Density and Anisotropy of Vascular Canals in Compact Bone

Numerical density of osteocyte lacunes in cortex and medula of diaphysis of tibia was estimated using thick sections and disector method. Anisotropy in lacunes localization was proved by a method ...

Maštálková, K.; Tonar, Z.; Fiala, P.; Janáček, Jiří
Fyziologický ústav, 2008

Studium kognitivních schopností zvířat a úlohy vyhýbání se místu
Stuchlík, Aleš; Petrásek, Tomáš; Rambousek, Lukáš; Valeš, Karel
2008 - Czech
Článek pojednává o základních metodách studia kognitivních schopností zvířat. Rovněž shrnuje dosavadní přínosy úloh vyhýbání se místu u laboratorních potkanů The paper describes basic methods and concepts in the studies of animal cognitive functions. It also summarizes recent assets and findings obtained with place avoidance tasks Keywords: memory; cognition; place avoidance Available at various institutes of the ASCR
Studium kognitivních schopností zvířat a úlohy vyhýbání se místu

Článek pojednává o základních metodách studia kognitivních schopností zvířat. Rovněž shrnuje dosavadní přínosy úloh vyhýbání se místu u laboratorních potkanů...

Stuchlík, Aleš; Petrásek, Tomáš; Rambousek, Lukáš; Valeš, Karel
Fyziologický ústav, 2008

Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2008 - English
We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters) Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Tlusté preparáty je nutno nakrájet na fyzické řezy mikrotomem, avšak krájení způsobuje deformaci a ztrátu části informace prořezem, které vedou k chybám následné objemové rekonstrukce. Pro získání informace o deformaci jsme USB mikroskopem Dino-Lite zaznamenali řezné plochy preparátu zalitého v parafinu před jeho nakrájením, tj. bez deformací. Po nasnímání fyzických řezů vyhodnocujeme chybu deformace pomocí Prokrustovy vzdálenosti, která kvantifikuje střední kvadratickou vzdálenost tvarů vyjádřených pomocí bodů Keywords: error assessment; volume reconstruction Available at various institutes of the ASCR
Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images

We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2008

Srdeční frekvence a protekce myokardu – experimentální aspekty
Ošťádal, Bohuslav
2008 - Czech
Snížení srdeční frekvence má protektivní efekt; bradykardie zvyšuje koronární průtok Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow Keywords: heart rate; ischemia; protection Available at various institutes of the ASCR
Srdeční frekvence a protekce myokardu – experimentální aspekty

Snížení srdeční frekvence má protektivní efekt; bradykardie zvyšuje koronární průtok


Low heart rate is maybe cardioprotective; bradycardia increases myocardial blood flow

Ošťádal, Bohuslav
Fyziologický ústav, 2008

Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
Three-dimensional images of biological objects or structures recorded by modern acquisition tools like a confocal laser scanning microscope are visualized for their evaluation, analysis and measurement. We report about possibilities for three-dimensional visualization which are offered by either our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of bio-medical images or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (ViDiTo company, Slovakia) 3D obrazy biologických objektů nebo struktur jsou získávány pomocí moderních zobrazovacích zařízení jako je například konfokální laserový rastrovací mikroskop pro jejich ohodnocení, analýzu nebo měření. Reportujeme o možnostech vizualizace 3D skalárních obrazů pomocí našeho programového prostředí Rapid3D určeného pro objemovou rekonstrukci a vizualizaci biomedicínských obrazů nebo pomocí modulárního softwaru Ellipse určeného pro zpracování biologických obrazů Keywords: 3D visualization; confocal microscopy Available at various institutes of the ASCR
Tools for visualization of large three-dimensional objects in biology

Three-dimensional images of biological objects or structures recorded by modern acquisition tools like a confocal laser scanning microscope are visualized for their evaluation, analysis and ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2007

LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
2007 - English
Laser scanning confocal microscopes are capable to focus a laser beam into a layer of an investigated biological specimen, and by the gradual scanning of this layer they acquire an optical section. By consecutive scanning of all preset layers of the specimen we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. In the presented study we focus on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of a confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. 3D visualization is offered either by our Rapid3D software package suited for three-dimensional reconstruction and visualization of biomedical images, or Ellipse modular software package devoted to biological image processing (created by ViDiTo company, Slovakia) Článek popisuje přístupy k objemové rekonstrukci a vizualizaci 3D biologických struktur nasnímaných konfokálním mikroskopem Keywords: confocal microscopy; volume visualization Available at various institutes of the ASCR
LP-12 Approaches to visualization of 3D structures captured by a confocal microscope

Laser scanning confocal microscopes are capable to focus a laser beam into a layer of an investigated biological specimen, and by the gradual scanning of this layer they acquire an optical section. By ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
Fyziologický ústav, 2007

Individuální psychologická a historická přítomnost – v čase a pronásledování i odveta Židů v době druhé světové války
Radil, Tomáš
2007 - Czech
Nově definovaný psychologický jev „Individuální psychologické a historické přítomnosti v čase“ je odvozen z poznatků o mozkovém časování. Přispívá k vysvětlení trvání paměťových stop týkajících se historických katastrof The newly defined psychological phenomenon of „Individual Psychological Presence in Time“ is derived from knowledge concerning brain timing. It contributes to the explanation of duration of memory traces of historical catastrophes Keywords: psychological presence; historical timing Available at various institutes of the ASCR
Individuální psychologická a historická přítomnost – v čase a pronásledování i odveta Židů v době druhé světové války

Nově definovaný psychologický jev „Individuální psychologické a historické přítomnosti v čase“ je odvozen z poznatků o mozkovém časování. Přispívá k vysvětlení trvání paměťových stop týkajících se ...

Radil, Tomáš
Fyziologický ústav, 2007

Tools for 3D Visualization of Structures in Biology
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2007 - English
By consecutive scanning of layers of the biological specimen by a confocal microscope we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. Our research focuses, on volume reconstruction of large biological tissues, i.e. tissues greater than field of view and/or thicker than maximal depth of scanning of the confocal microscope. As a result of volume reconstruction we obtain a high resolution 3D image of the biological specimen. In order to visualize 3D objects on 2D computer screens we developed several tools including visualization by a specialized VolumePro board and by using consumer graphics cards supporting DirectX and OpenGL Článek popisuje prostředky pro vizualizaci trojrozměrných skalárních dat získaných laserovým konfokálním mikroskopem z velkých biologických vzorků. Těmito prostředky jsou programy využívající PC kartu VolumePro firmy Terarecon, USA a běžné grafické karty podporující DirectX a OpenGL Keywords: 3D visualization; OpenGL; DirectX Available at various institutes of the ASCR
Tools for 3D Visualization of Structures in Biology

By consecutive scanning of layers of the biological specimen by a confocal microscope we obtain a stack of optical sections, i.e. a 3D digital representation of the specimen. Our research focuses, on ...

Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
Fyziologický ústav, 2007

Analýza konfokálních snímků vláknitých struktur
Janáček, Jiří; Saxl, Ivan; Mao, X. W.; Kubínová, Lucie
2007 - Czech
Příspěvek se zabývá analýzou 3D konfokálních snímků krevních vlásečnic pomocí digitálních filtrů, segmentace a mediální osy Aim of the paper is analysis of 3D confocal images of blood capillaries by digital filters, segmentation and medial axis extraction Keywords: capillaries; confocal microscopy; image analysis Available at various institutes of the ASCR
Analýza konfokálních snímků vláknitých struktur

Příspěvek se zabývá analýzou 3D konfokálních snímků krevních vlásečnic pomocí digitálních filtrů, segmentace a mediální osy...

Janáček, Jiří; Saxl, Ivan; Mao, X. W.; Kubínová, Lucie
Fyziologický ústav, 2007

Volume visualization of large biological tissue specimens
Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Hána, K.; Smrčka, P.
2006 - English
We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens are cut into thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice using a registration algorithm based on a mutual information and translation. The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices using an elastic registration algorithm based on B-splines. The resulting large digital volumes are visualized by a VolumePro hardware board that provides volume rendering in real-time. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney. Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware Keywords: confocal microscopy; volume reconstruction Available at various institutes of the ASCR
Volume visualization of large biological tissue specimens

We apply volume reconstruction for visualization of a biological specimen greater than the field of view of a confocal laser scanning microscope. Prior to the volume reconstruction, large specimens ...

Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Hána, K.; Smrčka, P.
Fyziologický ústav, 2006

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases