Vnímavost plemen kapra obecného k onemocnění způsobenému kapřím edémovým virem
BALOCH, Ali Asghar
2023 - English Nemoci ryb se týkají jakéhokoli stavu, který ovlivňuje zdraví a pohodu ryb, ať už ve volné přírodě, nebo v zajetí. Ryby jsou náchylné k různým onemocněním způsobeným bakteriemi, viry, plísněmi, parazity a dalšími patogeny. Výskyt a závažnost těchto onemocnění se značně liší v závislosti na druhu ryb, podmínkách prostředí a způsobech chovu. Ryby mají složitý imunitní systém, který jim umožňuje reagovat na různé choroby. Jejich imunitní systém zahrnuje jak vrozené, tak adaptivní reakce, které spolupracují na jejich ochraně před infekcemi. Vrozená imunita je první linií obrany a zahrnuje fyzické bariéry, jako je kůže, šupiny a hlen, a také buněčné a humorální reakce, které dokáží rychle rozpoznat patogeny a reagovat na ně. Tyto reakce zahrnují aktivaci fagocytujících buněk, jako jsou makrofágy a neutrofily, uvolňování antimikrobiálních peptidů a produkci reaktivních forem kyslíku. Adaptivní imunita je naproti tomu specifičtější a cílenější odpověď, kterou zprostředkovávají T a B lymfocyty. Tyto buňky dokáží rozpoznat a reagovat na specifické patogeny a mohou si vytvořit imunologickou paměť, což umožňuje rychlejší a silnější reakci na následné infekce. Když se ryba setká s patogenem, aktivuje se její imunitní systém a spustí se řada reakcí. Přesná reakce závisí na patogenu a druhu ryby, ale obecně zahrnuje nábor imunitních buněk do místa infekce, aktivaci fagocytárních buněk, které pohltí a zničí patogen, a produkci cytokinů, které stimulují imunitní odpověď. Cytokiny speciálně pomáhají koordinovat imunitní odpověď a zajišťují aktivaci vhodných mechanismů pro boj s infekcí. Úvodní šetření této práce poskytuje komplexní přehled cytokinových reakcí u kapra obecného vystaveného infekcím CEV, CyHV-3, SVCV a Aeromonas hydrophila. Jeho cílem je shrnout dosavadní literaturu o imunitních reakcích, zejména o expresi cytokinů, a zdůraznit zásadní úlohu cytokinů jako mediátorů zánětu a jejich mechanismů v reakci na patogenní i nepatogenní imunostimulátory u kapra obecného. Produkce těchto cytokinů může vést k různým příznakům a projevům infekcí, což může vést k náboru zánětlivých buněk, které hrají důležitou roli při odstraňování různých infekcí. Kromě toho tato studie přináší poznatky o způsobech, jakými lze cytokiny využít k diagnostice a potírání nemocí u kapra obecného. Dále bylo provedeno zkoumání imunitní odpovědi kaprů na infekci CEV pomocí profilování genové exprese a qPCR. U čtyř různých kmenů kaprů byly sledovány expresní vzorce jedenácti genů souvisejících s imunitou. Bylo zjištěno, že expresní vzorce několika genů souvisejících s imunitou jsou podobné u všech kmenů a genových skupin kaprů, zatímco u kaprů koi infikovaných oběma genovými skupinami CEV byly pozorovány některé významné rozdíly. Kromě toho byla pozorována podobnost ve vzorci exprese několika genů mezi kmenem AS odolným vůči KSD a kmenem koi. Kromě toho pozorované zvýšení exprese mRNA několika genů souvisejících s imunitou naznačuje širší slizniční imunitní odpověď vyvolanou CEV. Celkově tyto výsledky poskytují zásadní poznatky o imunologické reakci kaprů na infekční onemocnění a mohou pomoci při vývoji účinných strategií řízení pro prevenci a kontrolu onemocnění CEV v akvakultuře. Fish diseases refer to any condition that affects the health and well-being of fish, whether in the wild or in captivity. Fish are vulnerable to a variety of diseases caused by bacteria, viruses, fungi, parasites, and other pathogens. The prevalence and severity of these diseases vary widely, depending on the species of fish, the environmental conditions, and the management practices. Fish have a complex immune system that allows them to respond to a variety of diseases. Their immune system includes both innate and adaptive responses, which work together to protect them from infections. Innate immunity is the first line of defense and includes physical barriers such as the skin, scales, and mucus, as well as cellular and humoral responses that can quickly recognize and respond to pathogens. These responses include the activation of phagocytic cells such as macrophages and neutrophils, the release of antimicrobial peptides, and the production of reactive oxygen species. Adaptive immunity, on the other hand, is a more specific and targeted response that is mediated by T and B lymphocytes. These cells can recognize and respond to specific pathogens, and can develop immunological memory, allowing for a faster and stronger response to subsequent infections. When a fish encounters a pathogen, its immune system is activated, and a series of responses are initiated. The exact response depends on the pathogen and the fish species, but generally involves the recruitment of immune cells to the site of infection, the activation of phagocytic cells to engulf and destroy the pathogen, and the production of cytokines to stimulate the immune response. Cytokines specially help to coordinate the immune response and ensure that the appropriate mechanisms are activated to fight the infection. The initial investigation of the thesis provides a comprehensive review of cytokine responses in common carp exposed to CEV, CyHV-3, SVCV and Aeromonas hydrophila infections. It aims to synthesize existing literature on immune responses, particularly cytokine expression, and highlights the essential role of cytokines as inflammatory mediators and their mechanisms in response to both pathogenic and non-pathogenic immunostimulants in common carp. The production of these cytokines may result in various symptoms and signs of infections, which can lead to the recruitment of inflammatory cells that play an important role in clearing up different infections. Furthermore, this study provides insights into the ways by which cytokines can be used to diagnose and combat disease in common carp. Further, the examination of the immune response of carp to CEV infection using gene expression profiling and qPCR was carried out. The expression patterns of eleven immune-related genes were monitored in four different carp strains. The expression patterns of several immune-related genes were found to be similar across all carp strains and genogroups, while some significant differences were observed in koi carp infected with both CEV genogroups. Additionally, a resemblance was observed in the expression pattern of several genes between KSD-resistant AS strain and koi. Furthermore, the observed increase in mRNA expression of several immune related genes indicates a broader mucosal immune response triggered by CEV. Overall, these results provide essential insights into the immunological response of carp to infectious diseases and may help to develop effective management strategies for preventing and controlling CEV disease in aquaculture. Keywords: nemoci ryb; virus edému kapra; imunitní reakce; kapr obecný; cytokiny; genová exprese; geny související s imunitou Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Vnímavost plemen kapra obecného k onemocnění způsobenému kapřím edémovým virem

Nemoci ryb se týkají jakéhokoli stavu, který ovlivňuje zdraví a pohodu ryb, ať už ve volné přírodě, nebo v zajetí. Ryby jsou náchylné k různým onemocněním způsobeným bakteriemi, viry, plísněmi, ...

BALOCH, Ali Asghar
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Využívání dlouhodobého uvolňování léčiv v reprodukci ryb
KNOWLES, Jindřiška
2023 - English Cílem této disertační práce bylo vyvinout a ověřit inovativní metodu hormonální stimulace za použití mikročástic PLGA pro trvalé uvolňování syntetického analogu savčího hormonu uvolňujícího gonadotropin u několika hospodářsky významných druhů ryb. Vzhledem k tomu, že se jedná o první záznam o použití mikročástic PLGA u ryb, bylo cílem stanovit optimální dávku účinné látky, kvantifikovat steroidní odezvu na hormonální stimulaci a posoudit kvalitu a množství získaných pohlavních produktů. Teoretická část diplomové práce byla zaměřena na vypracování studie o metodách hormonální léčby u ryb a diskuzi zaměřenou na potenciál užití PLGA mikročástic v reprodukci ryb. Experimentální část práce byla zaměřena na hodnocení vlivu mikročástic PLGA u druhů ryb běžně chovaných v intenzivní a rybniční akvakultuře. Ryby obou pohlaví byly zahrnuty pro stanovení vlivu hormonální stimulace na produkci a kvalitu jiker a také na kvalitu a množství spermií. The PhD thesis was aimed to develop and validate an innovative method of hormone stimulation using PLGA microparticles for sustained release of a synthetic analogue of mammalian gonadotropin-releasing hormone in several economically important fish species. Since this is the first record of the use of PLGA microparticles in fish, the focus was to establish the optimal dose of the active substance, quantify the steroid response of the broodstock, and to assess the quality and quantity of obtained sex products. The theoretical part of the thesis was focused on elaborating a study reviewing methods of hormonal treatment in fish, and discuss the potential of PLGA microparticles in fish reproduction. While, the experimental part of the work was focused on evaluation of the effect of PLGA microparticles in those fish species commonly reared in intensive and pond aquaculture. Fish of both sexes were included to determine the effect of the treatment on the production and quality of eggs as well as on the quality and quantity of sperm. Keywords: reprodukční dysfunkce; protrahované uvolňování; gamety; pohlavní steroidy; mikročástice Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Využívání dlouhodobého uvolňování léčiv v reprodukci ryb

Cílem této disertační práce bylo vyvinout a ověřit inovativní metodu hormonální stimulace za použití mikročástic PLGA pro trvalé uvolňování syntetického analogu savčího hormonu uvolňujícího ...

KNOWLES, Jindřiška
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Mykotoxikologická kvalita ovsa
PEJSAROVÁ, Hana
2023 - Czech Cílem práce bylo porovnat 10 odrůd ovsa, pěstovaných v letech 2009 až 2012 na pokusném pozemku Jihočeské Univerzity v Českých Budějovicích, z hlediska mykotoxikologické kvality a jednotlivých faktorů, které na ni působí (ročník, předplodina). Byla sledována přítomnost houbových patogenů, obzvláště Fusarium sp. a hladina vybraných mykotoxinů (HT-2 a T-2 toxinu, deoxynivalenolu, nivalenolu a D3G) u 4 odrůd nahého a 6 odrůd pluchatého ovsa. Porovnávána byla citlivost jednotlivých odrůd k napadení, hladina jednotlivých mykotoxinů v zrnu, růstové charakteristiky ovsa hodnocené v průběhu vegetace a parametry technologické kvality. The aim of this work was comparison of ten varieties of oat, grown from 2009 to 2012 on the experimental plot of the University of South Bohemia in České Budějovice and obtain knowledge about the influence of factors (variety, season and pre-crop) on the mycotoxicological quality of oats. The presence of fungal pathogens, mainly from the genus Fusarium, and the level of selected mycotoxins (HT-2 and T-2 toxin, deoxynivalenol, nivalenol and D3G) were observed on four naked varieties and six hulled varieties. The susceptibility of individual varieties to infestation, the level of individual mycotoxins in the grain, the growth characteristics of oats evaluated during vegetation and the parameters of technological quality were compared. Keywords: oves; Fusarium; předplodina; odrůda; oat; Fusarium; pre-crop; variety Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Mykotoxikologická kvalita ovsa

Cílem práce bylo porovnat 10 odrůd ovsa, pěstovaných v letech 2009 až 2012 na pokusném pozemku Jihočeské Univerzity v Českých Budějovicích, z hlediska mykotoxikologické kvality a jednotlivých faktorů, ...

PEJSAROVÁ, Hana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Computational modeling of biomolecular interactions in proteins using MD simulations.
ZARA, Zeenat
2023 - English Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Computational modeling of biomolecular interactions in proteins using MD simulations.

ZARA, Zeenat
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Možnosti hodnocení změn u žen v období klimakteria a jejich vliv na kvalitu života
BELEŠOVÁ, Romana
2023 - Czech Klimakterium je období, které je vnímáno jako přirozená součást životního cyklu ženy. Prožívání tohoto období je individuální, liší se i intenzitou prožitku, na kterém se podílí řada faktorů. K těm nejvýznamnějším faktorům lze přiřadit faktory biologické, genetické, životního stylu, rodinného prostředí, vzájemné vztahy mezi lidmi, zaměstnání a také etnické a kulturní vlivy. Uvedené faktory se podílí na výskytu symptomů a změn v životě žen. K posouzení a hodnocení kvality života a kvality zdraví u žen jsou zdravotníkům k dispozici měřící nástroje. Cílem disertační práce bylo zmapovat využití hodnotících nástrojů u žen v období klimakteria, analyzovat symptomy ovlivňující kvalitu života, vytvořit edukační program pro ženy a zjistit, zda edukace ovlivní znalosti žen o problematice klimakteria. Výzkum byl realizován v kombinaci dvou výzkumných metod - kvantitativní a kvalitativní. Design výzkumu byl smíšený, zpočátku byl proveden kvantitativní výzkum a následně byl aplikován výzkum kvalitativní, jehož součástí bylo vytvoření intervenčního programu pro ženy. U kvantitativního výzkumu se jednalo o design deskriptivní průřezové studie. Design popisné kvalitativní studie byl využit pro kvalitativní výzkum. Pro metodiku kvalitativního výzkumu posloužily Standardy pro kvalitativní výzkum. Pro kvantitativní výzkum byl stanoven výzkumný soubor I, který tvořily ženy s trvalým bydlištěm v Jihočeském kraji a byly ve věku 45-65 let. Pro tyto respondentky byly určeny standardizované dotazníky WHOQOL-BREF a WHQ a nestandardizovaný dotazník. Analýza dat byla zhotovena pomocí programů SASD (Statistická analýza dat) a SPSS (Statistical Package for the Social Sciences). Kvalitativní výzkum byl realizován ve dvou etapách. První část výzkumu proběhla před realizací edukačního programu a druhá část výzkumu se uskutečnila 3 měsíce po absolvování edukačního programu. Pro analýzu kvalitativního výzkumu byly aplikovány prvky zakotvené teorie za využití otevřeného a axiálního kódování. Výzkumné soubory kvalitativního výzkumu byly dva. Výzkumný soubor II byl tvořen ženami ve věku 45-55 let. Výzkumný soubor III se skládal z porodních asistentek pracujících v primární péči. V porodní asistenci v klinické praxi nejsou využívány měřící nástroje za účelem vyhodnocení kvality života a kvality zdraví žen v období klimakteria. V naší kvantitativní studii ženy hodnotily kvalitu života převážně jako dobrou. Při posuzování jednotlivých domén za využití nástroje WHOQOL-BREF ženy nejlépe hodnotily jejich fyzický stav na rozdíl od prostředí, ve kterém žily, to hodnotily nejhůře. Při klasifikaci zdraví na základě porovnání jednotlivých dimenzí při uplatnění standardizovaného nástroje WHQ ženy zmiňovaly jako obtěžující vasomotorické symptomy oproti úzkosti/obavám, které je tolik nezatěžovaly. V kvalitativní části výzkumu posuzovaly ženy jako nejčastější symptomy návaly horka, noční pocení, změny nálad, narušený spánek, přibývání na tělesné hmotnosti, psychické a kognitivní změny. Závěr: V rámci studie byla na základě výsledků vytvořena edukační brožura pro ženy, která poskytla ženám informace o problematice klimakteria, o příznacích, o diagnostice, možnostech léčby a režimových opatřeních. Zároveň byl jako součást výzkumného šetření připraven pro ženy edukační program, zaměřený na podrobnější informace, cílené na klimakterické symptomy, na diagnostiku, terapii a na využití režimových opatření, nefarmakologických možností k mírnění klimakterických obtíží. V této oblasti zastává významnou roli porodní asistentka, která by v rámci svých kompetencí měla ženy vést k tomu, aby akceptovaly pozitivní postoje k problematice klimakteria, využívaly získaných znalostí k ovlivnění změn, které s sebou klimakterium přináší. Menopause is a period, which is perceived as a natural part of female lifecycle. The way how women experience this period is individual, it differs in the intensity of the experience which is influenced by a variety of factors. Among the most important factors belong the biological as well as genetic factors, lifestyle, family environment, relationships between people, job as well as ethnical and cultural influences. The above-mentioned factors contribute to the occurrence of symptoms and changes connected in the life of a female. Standardised tools that are used and helpful in the clinical practice should be reliable, sensitive, and specific to certain symptoms. The objective of this doctoral theses is to map the use of evaluating tools with women in the period of menopause, to analyse symptoms influencing the quality of life, to create educational program for women and to find out if education has an impact on the knowledge of women on the menopause issues. The research was carried out in combination of two research methods - quantitative and qualitative. The quantitative research was designed as a descriptive cross-sectional study. The design of the descriptive qualitative study was used for the qualitative research. For the methodology of the qualitative research the Standards for qualitative research were applied. For the quantitative research a research sample I was set up. It was composed of women with a permanent residence in the southbohemian region in the ages of 45-65. For these respondents three types of questionnaires were designed, the standardised WHOQOL-BREF, WHQ and the unstandardised questionnaire. The data analyses were executed via SASD programmes (Statistical data analyses) and SPSS (Statistical Package for the Social Sciences). The qualitative research was realised in two phases. The first part of the research was carried out before the educational programme was realised and the second part took place 3 month after finishing the educational programme. For the purposes of the qualitative research analyses elements of embedded theory using open and axial coding were applied. There were two research samples that were subject to the qualitative study. The research sample II was composed of women in the ages 45-55. The research sample III composed of midwives working in the primary care. In midwifery in the clinical practice no measuring tools are used to evaluate the quality of life and health of women in menopause. Nowadays the evaluating scales are applied in research studies rather than in the clinical practice. In our quantitative study women evaluated the quality of life primarily as good. While evaluating the individual domains via the WHOQOL-BREF tool, women rated their physical condition the best and on the contrary the environment they live in the worst. When qualifying their health condition based on comparison of individual dimensions using the standardised WHQ tool, women mentioned the vasomotor symptoms as bothering and on the contrary, they rated anxieties/worries as not so bothering. In the qualitative part of the research women qualified the following symptoms as the most frequent: hot flashes, night sweats, mood swings, corrupted sleep, gaining weight, mental and cognitive changes. Conclusion: In the framework of the study based on the results an educational brochure for women was created. The aim of this brochure is to provide information about the problematic of the menopause period, about the symptoms, about the diagnostics, about the therapy and about the regime precautions. At the same time as a part of the research an educational programme for women was prepared. This programme focused on climacteric symptoms, diagnoses, therapy and the use of regime precautions leading to relief from the menopause difficulties. In this field, midwives still play a significant role. Midwives should lead women to accept the positive approach to the issues of menopause period. Keywords: Klimakterium; kvalita života; kvalita zdraví; měřící nástroje; symptom; WHOQOL-BREF; WHQ; žena; Climacteric; evaluating tools; quality of life; quality of health; symptom; WHQ; WHOQOL- BREF; woman Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Možnosti hodnocení změn u žen v období klimakteria a jejich vliv na kvalitu života

Klimakterium je období, které je vnímáno jako přirozená součást životního cyklu ženy. Prožívání tohoto období je individuální, liší se i intenzitou prožitku, na kterém se podílí řada faktorů. K těm ...

BELEŠOVÁ, Romana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Archeobotanická charakteristika rostlinných makrozbytků z uloženin doby bronzové a železné z jihočeských sídlištních a pohřebních kontextů
ŠÁLKOVÁ, Tereza
2023 - Czech Práce se zabývá archeobotanickou analýzou a jejím možným přínosem v různých typech archeologických kontextů doby bronzové a železné. Využitím této metody na vybraných výzkumech sledovaného období v jižních Čechách se podařilo zachytit druhovou strukturu pěstovaných rostlin a její vývoj během sledovaného období. V kontextu střední Evropy starší a střední doby bronzové byly jižní Čechy složením pěstovaných rostlin blíže alpské oblasti. V mladší a pozdní době bronzové bylo druhové složení ekonomicky stěžejních pěstovaných rostlin v jižních Čechách specifické, bližší však bylo spíše jádrovým oblastem Čech. V době železné byly jednotlivé jihočeské soubory variabilní, což bylo ovšem typické i pro oblast Alp a alpského podhůří stejně jako pro jádrové oblasti Čech. Oba porovnávané regiony i jižní Čechy se ale lišily od východních regionů (především malým množstvím pšenice jednozrnky). Archeobotanika také umožnila rekonstruovat otevřenou zemědělskou krajinu s velkou mírou odlesnění jak v zázemí jihočeských hradišť a rovinných sídlišť starší a střední doby bronzové, tak v zázemí modelových sídlišť mladší doby bronzové na Bechyňsku - Hvožďan a Březnice. Odlesněná krajina se odrážela i v pohřbu v mohyle na samém okraji osídleného území starší doby železné v Zahrádce na Českokrumlovsku. Během sledovaného období bylo doložené čerpání rostlinných zdrojů a ekonomický význam sběru rostlin v zázemí sídlišť a okolí pohřebišť. Archeobotanika umožnila rovněž rekonstruovat detaily v procesech, které souvisely s ukládáním kovových depotů v době bronzové, procesy související s pohřebním ritem a využíváním krajiny v okolí pohřebišť i procesy ukládání odpadu na sídlištích. The thesis deals with archaeobotanical analysis and its possible contribution in different types of Bronze Age and Iron Age archaeological contexts. Using this method on selected excavations of the period under study in southern Bohemia, it was possible to capture the species structure of cultivated plants and its development during the studied period. In the context of central Europe, the composition of the plants cultivated in southern Bohemia was closer to the Alpine region in the Early and Middle Bronze Age. In the Late and Final Bronze Age, the composition of the spectrum of cultivated plants in southern Bohemia was distinctive, but closer to the core areas of Bohemia. In the Iron Age, the individual South Bohemian assemblages were different, which was, however, also typical for the Alpine and core areas of Bohemia. However, both of these regions differed from the eastern regions. Archaeobotany made it possible to reconstruct open agricultural landscapes with a high deforestation in the hinterland of hillforts and settlements of the Early and Middle Bronze Age, as well as in the hinterland of model settlements of the Late Bronze Age in the Bechyně region - Hvožďany and Březnice. The deforested landscape was also reflected in the burial on the fringe of the Iron Age settled area in Zahrádka by Český Krumlov. During the period under study the use of plant resources and the economic importance of plant foraging in the hinterland of settlements and around burial sites has been documented. Archaeobotany allowed reconstructing details of the processes related to the deposition of metal hoards in the Bronze Age, processes related to the burial rite and the use of the landscape in the vicinity of the burial sites, as well as processes of waste disposal in the settlements. Keywords: archeobotanika; doba bronzová; doba železná; jižní Čechy; užitkové rostliny; archaeobotany; Bronze Age; Iron Age; South Bohemia; crops Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Archeobotanická charakteristika rostlinných makrozbytků z uloženin doby bronzové a železné z jihočeských sídlištních a pohřebních kontextů

Práce se zabývá archeobotanickou analýzou a jejím možným přínosem v různých typech archeologických kontextů doby bronzové a železné. Využitím této metody na vybraných výzkumech sledovaného období v ...

ŠÁLKOVÁ, Tereza
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities
LISNER, Aleš
2023 - English This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different perspectives using large-scale observational studies and small-scale manipulative experiments to better understand which mechanism create observed patterns. High emphasis is put on the methodological aspects and potential theoretical or practical issues arising from experimental setting and data collection. More specifically, the thesis starts with description and critical evaluation of patterns observed at bigger spatial scales and across multiple sites (Chapter I). Then continue with detailed small-scale experimental approaches and assessment of mechanism driving relationship between diversity, productivity and stability of communities (Chapter II and III). Further, the thesis digs into bigger detail focusing on which plant characteristics define abundance patterns of individual species, which translates into productivity (Chapter IV). Finally, it elaborates on common issues related to vegetation data collection and their subsequent analysis (Chapter V). Keywords: diversity; productivity; ecosystem functioning; traits; stability; sampling error Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Mechanisms behind diversity and ecosystem functioning relationships - the insights from observational and manipulative studies in grassland communities

This thesis focuses on the relationship between diversity and two commonly used ecosystem functions - productivity and its stability. The thesis tries to assess the problematics from different ...

LISNER, Aleš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs
GHAZNAVI, Ali
2023 - English Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical steps in microscopy image analysis. Analysing microscopy images allows us to extract vital information about the cells, including their morphology, size, and life cycle. On the other hand, living cell segmentation is challenging due to the complexity of these datasets. This research focused on developing Artificial Intelligence/Machine Learning methods of single- and multi-class segmentation of living cells. For this study, the Negroid cervical epithelioid carcinoma HeLa line was chosen as the oldest, immortal, and most widely used model cell line. Several time-lapse image series of living HeLa cells were captured using a high-resolved wide-field transmitted/reflected light microscope (custom-made for the Institute of Complex System, Nové Hrady, Czech Republic) to observe micro-objects and cells. Employing a telecentric objective with a high-resolution camera with a large sensor size allows us to achieve a high level of detail and sharper borders in large microscopy images. The collected time-lapse images were calibrated and denoised in the pre-processing step. The data sets collected under the transmission microscope setup were analyzed using a simple U-Net, Attention U-Net, and Residual Attention U-Net to achieve the best single-class semantic segmentation result. The data sets collected under the reflection microscope setup were analyzed using hybrid U-Net methods, including Vgg19-Unet, Inception-Unet, and ResNet34-Unet, to achieve the most precise multi-class segmentation result. Keywords: Categorical segmentation; Neural network; Cell detection; Microscopy image segmentation; U-Net; Tissue segmentation; Semantic segmentation; Bright-Field Microscopy cell segmentation; Cell analysis Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Cell segmentation from wide-field light microscopy images using CNNs

Image object segmentation allows localising the region of interest in the image (ROI) and separating the foreground from the background. Cell detection and segmentation are the primary and critical ...

GHAZNAVI, Ali
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Sémantická pole a vztahy mezi právními koncepty: kontrastivní studie z oblasti českého a francouzského práva
HODKOVÁ, Kateřina
2023 - Czech Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi lingvistickým jednotkami v doméně práva. Úvodní kapitoly, věnované vybraným oblastem sémantiky a odbornému jazyku, přinášejí vhled do zkoumané problematiky a představují teoretický základ pro vlastní výzkum. Pro účely práce byly sestaveny korpusy vážící se k tematicky identické doméně, která existuje v české i francouzském právu. Konkrétně byla zvolena doména v českém právu a v právu francouzském. Zmíněné korpusy slouží jako zdroj jednotek, mezi nimiž existují v rámci domény vztahy nejrůznějšího typu. Tyto jednotky, blíže představené a definované v rámci práce, jsou: koncepty, termíny a propoziční struktury. Pozornost je věnována zejména vztahům významovým. Ty podle jejich povahy lze rozdělit na tři skupiny: vztahy sémantické, vztahy vycházející z právního textu a sémantické role. Každý vztah je definován, jsou k němu uvedeny příklady, četnost ve zkoumaných korpusech a případně další informace. Jelikož se práce zabývá tematicky stejnou doménou ve dvou systémech národního práva, je možné rovněž kontrastivní srovnání výsledků analýzy. V závěru práce je na sebraná data aplikovaný nástroj zvaný lexikální funkce za účelem snazší orientace, lepší přehlednosti a systematického zápisu získaných výsledků. Je rovněž vytvořen návrh databáze, díky níž by se získaná data mohla uplatnit prakticky. Součástí této práce jsou na přiloženém CD nosiči mj. mapy zobrazující strukturu obou zkoumaných domén. This study concerns relations existing between linguistical units in the domain of law. The first chapters, focused on selected semantic theories and specialized texts, give insight into the problematics and represent the theoretical foundation for the research. We established corpora for the purposes of this study and they cover a thematically identical domain which exist in both Czech et French law. The domain is in Czech law and in French law. The aforementioned corpora are used as the sources of linguistical units which hold various relationships among themselves. The units are concepts, terms and propositional structures and we define them over the course of this study. As for the relations, we focus mainly on relations of sense. We can distinguish three groups based on the nature of the relations: semantic relations, relations based on legal text and semantic roles. Every relation is defined and we mention illustrative examples, frequency and possibly other information. Given that we study the identical domain in two systems of national law, it is possible to compare the data in a contrastive way. At the end of the study we attempt to apply of a formal tool called lexical functions on our set of data in order to make them easier to naviguate and to present them in a systematic and coherent way. As a practical outcome of our study, we also propose a database based on our data. CD with, among other things, graphs portraying the structure of the examined domains is part of this study. Keywords: sémantická pole; právní koncepty; právní termíny; významové vztahy; sémantické vztahy; sémantické role; lexikální funkce; semantic fields; legal concepts; legal terms; relations of sens; semantic relations; semantic roles; lexical functions Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Sémantická pole a vztahy mezi právními koncepty: kontrastivní studie z oblasti českého a francouzského práva

Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi lingvistickým jednotkami v doméně práva. Úvodní kapitoly, věnované vybraným oblastem sémantiky a odbornému jazyku, přinášejí vhled do zkoumané problematiky a ...

HODKOVÁ, Kateřina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023

Vybrané aspekty biologie invazního druhu \kur{Pectinatella magnifica}
JEŽKOVÁ, Eva
2023 - Czech Bochnatka americká (Pectinatella magnifica) je invazní organismus, který se do Evropy dostal lodní přepravou ze Severní Ameriky a představuje mnohá potencionální rizika pro naše původní druhy a vodní technická zařízení. Jedná se o druh sladkovodní mechovky tvořící kolonie, které mohou dosáhnout značných velikostí. Povrch gelovité matrix tvoří jedinci zvaní zooidi, kteří jsou schopni pohlavního i nepohlavního rozmnožování a díky tomu mají velký konkurenční potenciál. Nepohlavní dormantní stádia, tzv. statoblasty, mají mimořádnou odolnost vůči podmínkám prostředí a díky svým vlastnostem jsou schopné šíření na velké vzdálenosti. Tato práce si kladla za cíl identifikovat a popsat vybrané aspekty života tohoto organismu, zejména strategii šíření a rozmnožování. Toho bylo docíleno jak pozorováním ve volné přírodě, tak kultivačními experimenty. Podařilo se úspěšně přenést kolonie bochnatky americké z jejich přirozeného prostředí do speciálně konstruovaného akvarijního systému v laboratoři. Při experimentální kultivaci se z 80 % statoblastů během pěti až osmi dnů v závislosti na teplotě vody vylíhli zooidi, kteří žili po dobu osm týdnů, a byly u nich pozorovány další životní projevy. Získaná foto - a videodokumentace zachycuje detaily sexuálního rozmnožování tohoto druhu a potvrzuje, že k němu v našich vodách dochází. V přírodních podmínkách se jeví jako nejvhodnější prostředí pro tento druh často mezotrofní zaplavené pískovny a rybníky s ochranným statutem, rybníky pro rekreační využití a rybníky s nízkou intenzitou rybářského využití (bez tvorby masivních vodních květů sinic, kolísání kyslíkového režimu atd.). Nebylo jednoznačně prokázáno, že by bochnatka americká představovala pro naše druhy mechovek významné kompetiční nebezpečí. Pectinatella magnifica, invazní organismus, statoblast, rozmnožování, laboratorní kultivace SUMMARY Pectinatella magnifica is an invasive organism transfered to Czech republic from the USA with the international boat transport. Here it poses a lot of potencial threats toour native species, as well as to submerged technical constructions. It is a species of freshwater Bryozoan that is able to create colonies of considerable sizes. On the surface of a gelatinuous matrix there are small living indiviuals called the zooids. These can reproduce both sexually and asexually, which gives them a huge competitive potential. The dormant asexual spores, e.g. statoblasts, are extremely resistant towards various natural conditions and have characteristics enabling them to spread to substantial distances. This thesis aimed to identify and describe several life aspects of Pectinatella magnifica, especially reproduction and spreading strategy. I monitored the organism in the nature, as well as in a number of laboratory experiments. I was able to succesfully transfer the colonies of Pectinatella from the ponds into a special aquarium system. Under the laboratory conditions, 80 % of statoblasts germinated within five to eight days, depending on the water temperature. Then the zooids emerged and survived for around eight weeks, enabling me to observe different development and behaviour. Obtained photo and viceodocumentation shows details of a sexual reproduction of zooids, proving that it occurs even in our environment. The most prefered natural conditions seem to be the flooded mezotrophic sand quarries and protected and recreational ponds with a low fishing stock (without a massive algeae presence, fluctuating oxygen levels, etc.) The results do not suggest that Pectinatella magnifica is currently a significant competitor to our native Bryozoan species. Keywords: Pectinatella magnifica; invazní organismus; statoblast; rozmnožování; laboratorní kultivace; Pectinatella magnifica; invasive organism; statoblast; reproduction; laboratory cultivation Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Vybrané aspekty biologie invazního druhu \kur{Pectinatella magnifica}

Bochnatka americká (Pectinatella magnifica) je invazní organismus, který se do Evropy dostal lodní přepravou ze Severní Ameriky a představuje mnohá potencionální rizika pro naše ...

JEŽKOVÁ, Eva
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2023