Number of found documents: 6995
Published from to

Vylepšení distribuovaného dotazovacího systému pro velká grafová data
Faltín, Tomáš; Yaghob, Jakub; Tommasini, Riccardo; Vora, Keval
2023 - English
Graph pattern matching queries enable flexible graph exploration, similar to what SQL provides for relational databases. In this thesis, we design and improve key compo- nents of a distributed in-memory graph querying engine. First, we optimize a distributed depth-first search (DFS) asynchronous pattern matching algorithm by combining it with breadth-first search (BFS), thus improving the overall engine performance by leveraging strengths of both approaches: ability to strictly bound the consumed memory of DFS and better parallelization, locality, and load balancing of BFS. Second, we further ex- tend the distributed pattern matching with a novel solution for reachability regular path queries (RPQs) that supports variable-length patterns based on regular expressions. Our design retains the underlying runtime characteristics, allowing for efficient memory con- trol during path exploration with great performance and scalability. Third, we improve query planning, which is one of the most crucial aspects impacting the performance of any querying system. Choosing the "best" query plan is challenging due to the many aspects influencing the performance, especially in a distributed system. We present a lightweight mechanism for gathering runtime information, which can be used to select the most effective query plan... Grafové dotazy sloužící k vyhledávání vzorů v grafech dovolují flexibilní zkoumání grafů podobně jako SQL relačním datům. V této práci navrhujeme a vylepšujeme klíčové komponenty distribuovaného grafového dotazovacího systému běžícího pouze v hlavní paměti. Zaprvé jsme optimalizovali vyhledávání vzorů, které používá distribuované asyn- chronní vyhledávání do hloubky (DFS) za pomocí prohledávání do šířky (BFS). Chytrou kombinací obou přístupů jsme využili jejich předností. DFS umožňuje striktně omezit spotřebovanou paměť a BFS zase umožňuje dosahovat lepších výkonů díky lepší par- alelizovatelnosti, vyvažování zátěže a lepší lokalitě přístupů. Zadruhé jsme představili originální algoritmus pro distribuované vyhledávání dosažitelných cest za pomocí reg- ulárních výrazů (anglicky RPQ). Tyto dotazy dovolují vyhledávat cesty libovolné délky za pomocí syntaxe podobné regulárním jazykům. Náš návrh zachovává vlastnosti DFS algoritmu, nad kterým je algoritmus postaven. Dovoluje efektivně kontrolovat spotřebu paměti během vyhledávání, a taktéž dosahuje skvělého výkonu a škálovatelnosti. Zatřetí jsme vylepšili plánování dotazů, což je jedna z nejdůležitějších součástí každého dota- zovacího systému, jelikož velkou měrou ovlivňuje jeho výkon. Ovšem vybrat "nejlepší" plán je velmi složité, jelikož výkon systému,... Keywords: distribuované grafové databáze|distribuované zpracování grafů|distribuované dotazování v grafech; distributed graph databases|distributed graph processing|distributed graph querying Available in a digital repository NRGL
Vylepšení distribuovaného dotazovacího systému pro velká grafová data

Graph pattern matching queries enable flexible graph exploration, similar to what SQL provides for relational databases. In this thesis, we design and improve key compo- nents of a distributed ...

Faltín, Tomáš; Yaghob, Jakub; Tommasini, Riccardo; Vora, Keval
Univerzita Karlova, 2023

Vzájemné působení islámského hnutí v rámci arabských povstání: Vliv vzájemného působení islámských hnutí na proces demokratizace a úroveň radikalizace
Saad, Mohamed; Salamon, Janusz; Esposito, John L; Muhammad Mady, Abdel-Fattah
2023 - English
CHARLES UNIVERSITY FACULTY OF SOCIAL SCIENCES Institute of Political Studies Department of Political Science Dissertation Abstract The Islamist Movement Interactions within the Arab Uprisings The Impact of the Islamist Movements' Interactions on the Democratization Process and the Level of Radicalization Author: Mohamed Saad Supervisor: Janusz Salamon, Ph.D. Year of the defense: 2023 Abstract The Islamist movements played a socio-political role in many Arab and Middle Eastern countries. They provided social services and a resistance ideology, either for the West or local political regimes. They mobilized their supporters in a large social movement that crystallized the Islamic Ummah's relative deprivation and common grievances. In some cases, Islamism was used as a justification ideology to legitimize the ruling regime. Also, it has been used as an ideology to justify the use of radical and jihadist violence. The Islamism involvement in the Arab Spring raised the classic dilemma in a new shape, either to integrate the Islamists in an open political process; however, this integration may undermine democracy and individual rights in the long term, or to exclude the Islamists from the political life in a way that may encourage more Islamists to resort to violence to achieve their goals. The dissertation tests... Keywords: Islamismus; sociální hnutí; umírněnost; radikalizace; moderní islamismus; Muslimské bratrstvo; salafismus; mobilizace zdrojů; politické příležitosti; arabské jaro; Súdán; Maroko; Tunisko; Egypt; Islamism; Social movements; Moderation; Radicalization; Modern Islamism; Muslim Brotherhood; Salafism; Resource Mobilization; Political Opportunity; Arab Spring; Sudan; Morocco; Tunisia; Egypt Available in a digital repository NRGL
Vzájemné působení islámského hnutí v rámci arabských povstání: Vliv vzájemného působení islámských hnutí na proces demokratizace a úroveň radikalizace

CHARLES UNIVERSITY FACULTY OF SOCIAL SCIENCES Institute of Political Studies Department of Political Science Dissertation Abstract The Islamist Movement Interactions within the Arab Uprisings The ...

Saad, Mohamed; Salamon, Janusz; Esposito, John L; Muhammad Mady, Abdel-Fattah
Univerzita Karlova, 2023

Vývoj metodologie pro velmi přesné určování geometrie molekul
Socha, Ondřej; Dračínský, Martin; Munzarová, Markéta; Hrabal, Richard
2023 - English
This thesis employs the combined strengths of Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and computational methodologies to investigate chemical phenomena that influence molec- ular structure across the solid, liquid, and gas states. In the solid phase, the research focuses on chlorine quadrupole couplings, and their use in structure analysis, highlight- ing the advantages of NMR in conjunction with Density Functional Theory for data interpretation. In the liquid state, the tautomeric conversion of isocytosine is examined, underlining the role of NMR in analyzing intricate chemical exchanges. The gas phase study explores the dimerization of acetic acid using NMR, addressing previous inconsis- tencies and evaluating calculations of molecular structure and properties. The combined use of NMR and computational techniques has been instrumental in resolving existing discrepancies and providing a deeper understanding of these chemical systems. The find- ings underscore the importance of careful data interpretation and emphasise the strengths and constraints of the combined methodologies. 1 Práce využívá kombinaci přístupů jaderné magnetické rezonance (NMR) a výpočet- ních metod ke zkoumání chemických jevů, které ovlivňují strukturu molekul v pevném, kapalném a plynném stavu. V pevné fázi se výzkum zaměřuje na kvadrupólové kaplingy chlóru a jejich využití při strukturní analýze, přičemž se opírá o metody NMR v kom- binaci s teorií funkcionálu hustoty (DFT) pro interpretaci dat. V kapalné fázi je analy- zována tautomerní přeměna isocytosinu, kde NMR nachází uplatnění při analýze složitých chemických výměn. Studie v plynné fázi zkoumá dimerizaci kyseliny octové, objasňuje dříve publikované nesrovnalosti a zhodnocuje výpočetní přístupy z hlediska predikce molekulárních struktur a vlastností molekul. Kombinace NMR a výpočetních technik byla klíčová pro vyřešení stávajících rozporů a pro hlubší pochopení chemických systémů. Výsledky vyzdvihují význam pečlivé interpretace dat a zdůrazňují silné stránky, ale i omezení kombinovaných technik. 1 Keywords: NMR|struktura molekul|DFT|kvadruplární kaplingy|chemická výměna; NMR|molecular structure|DFT|quadrupole couplings|chemical exchange v Available in a digital repository NRGL
Vývoj metodologie pro velmi přesné určování geometrie molekul

This thesis employs the combined strengths of Nuclear Magnetic Resonance (NMR) and computational methodologies to investigate chemical phenomena that influence molec- ular structure across the solid, ...

Socha, Ondřej; Dračínský, Martin; Munzarová, Markéta; Hrabal, Richard
Univerzita Karlova, 2023

Anglická přirovnání v korpusových datech
Emmer, Jaroslav; Klégr, Aleš; Kopřivová, Marie; Malá, Markéta
2023 - English
This thesis presents a corpus-based investigation that focuses on adjectival similes. As similes are often overshadowed by metaphors, the existing research on similes using empirical evidence is relatively scarce. The presented work provides a complex account of adjectival similes in corpora using data from multiple heterogeneous sources. The methodology for mining adjectival similes from corpora is thoroughly described, along with the associated pitfalls. As every corpus requires a different approach, the CQL query designs are presented individually for each researched corpus. The corpus-based mining yielded a list of 309 unique adjectival similes. The obtained data are subjected to meticulous scrutiny in the form of both formal and content analyses. Following a statistical overview of the data collected from each corpus, the 60 most frequent similes are presented in detail, including their meanings and functions, typical targets, related similes, and frequencies. These similes are then searched in respected online dictionaries, and the findings suggest that dictionaries struggle to keep up with corpus evidence. The formal analysis shows a strong preference for monosyllabic constituting elements. Regarding their content, adjectival similes can be divided into five general ground- centred groups... Tato práce se věnuje korpusovému zkoumání adjektivních přirovnání. Jelikož přirovnání jsou často zastíněna metaforou, dosavadní výzkum přirovnání na základě empirických dat není příliš rozsáhlý. Předkládaná práce přináší komplexní rozbor adjektivních přirovnání v korpusových datech, přičemž pracuje s různorodými korpusy. Metodologie získávání adjektivních přirovnání z korpusů je detailně popsána včetně souvisejících úskalí. Vzhledem k tomu, že každý korpus vyžaduje jiný způsob dotazování, jsou CQL dotazy prezentovány pro jednotlivé korpusy zvlášť. Korpusové šetření vyústilo v seznam 309 adjektivních přirovnání, a získaná data jsou podrobena formální a obsahové analýze. Po statistickém přehledu dat v rámci jednotlivých korpusů následuje detailní výklad 60 nejfrekventovanějších přirovnání zahrnující jejich význam a funkci, typická komparanda, související přirovnání a dílčí frekvence. Tato přirovnání jsou poté vyhledána v renomovaných online slovnících. Výsledky ukazují, že slovníky opomíjejí mnoho přirovnání, která jsou v korpusových datech frekventovaná. Formální analýza dokládá, že nejčastější anglická adjektivní přirovnání preferují jednoslabičné komponenty. Z obsahové analýzy vyplývá, že přirovnání lze členit do širších skupin podle tertia comparationis (pět podskupin), nebo komparáta (tři... Keywords: CQL dotazy|frazeologie|frekvence|idiomatičnost|korpusy|přirovnání|slovníky; corpora|CQL queries|dictionaries|frequency|idiomaticity|phraseology|simile Available in a digital repository NRGL
Anglická přirovnání v korpusových datech

This thesis presents a corpus-based investigation that focuses on adjectival similes. As similes are often overshadowed by metaphors, the existing research on similes using empirical evidence is ...

Emmer, Jaroslav; Klégr, Aleš; Kopřivová, Marie; Malá, Markéta
Univerzita Karlova, 2023

O měnících a odlišujících se typech těl a jejich vztahu k duši a/nebo mysli v západní kultuře
Jakešová, Markéta; Ritter, Martin; Morin, Marie-Eve; Weidtmann, Niels
2023 - English
On Changing and Differing Types of Bodies and Their Relationships to Their Souls or/and Minds in Western Culture Markéta Jakešová Abstract: On Changing and Differing Types of Bodies and Their Relationships to Their Souls or/and Minds in Western Culture is a collection of loosely connected chapters that answer the question of how to make Merleau-Ponty's phenomenology more inclusive. The first chapter, devoted to Jean-Luc Nancy, serves as an introduction to the topic of alternative embodiments and the question of the soul in the body. In the following chapters, Merleau-Ponty is confronted with selected authors associated with Actor-Network Theory (ANT). First, the comparison with Bruno Latour shows that the integrity of all beings and entities, including the most privileged humans, is not to be taken for granted. The pathologies in the Phenomenology of Perception and Annemarie Mol's depiction (enactment) of atherosclerosis are then used as an analogy for the inferior status of women in our society, while the fourth chapter shows the empowerment that can grow out of it through an interpretation of Elfriede Jelinek's novel The Piano Teacher. The last two chapters focus on unconventional modes of intersubjectivity and kinships as ways of being in the world. The confrontation with Eduardo Viveiros de Castro... O měnících a odlišujících se typech těl a jejich vztahu k duši a/nebo mysli v západní kultuře Markéta Jakešová Abstrakt: O měnících a odlišujících se typech těl a jejich vztahu k duši a/nebo mysli v západní kultuře je sbírkou volně navazujících kapitol, které odpovídají na otázku, jak učinit Merleau-Pontyho fenomenologii inkluzivnější. První kapitola, věnovaná Jeanu-Lucu Nancymu, slouží jako úvod do tématu alternativních tělesných existencí a otázce duše v těle. V následujících kapitolách je Merleau- Ponty konfrontován s vybranými autory spojenými s Teorií sítí aktérů (ANT). Nejdříve se ve srovnání s Brunem Latourem ukáže, že integrita všech jsoucen a entit (včetně nejprivilegovanějších lidí) není samozřejmostí. Patologie ve Fenomenologii vnímání a pojetí aterosklerózy Annemarie Mol jsou pak použity jako analogie pro podřadné postavení žen v naší společnosti, příčemž čtvrtá kapitola ukazuje zmocňování (empowerment), které z něj může vyrůst, prostřednictvím interpretace románu Pianistka od Elfriede Jelinek. Poslední dvě kapitoly se zaměřují na nekonvenční způsoby intersubjektivity a příbuzenství (kinship) jako způsoby bytí ve světě. Konfrontace s Eduardem Viveirosem de Castro destabilizuje zavedené ontologické kategorie a zároveň se pokouší začlenit alternativní pohledy na svět původních obyvatel (dnešních)... Keywords: fenomenologie; teorie sítí aktérů; antropologie; sociologie vědy; studium původních obyvatel; plochá ontologie; ontologický obrat; vtělení; subjektivita; intersubjektivita; příbuzenství; materiální sémiotika; praxiografie; Maurice Merleau-Ponty; Jean-Luc Nancy; Bruno Latour; Annemarie Mol; Eduardo Viveiros de Castro; Donna Haraway; Helen Verran; Anna Tsing; Déborah Danowski; Elfriede Jelinek; phenomenology; actor-network theory; anthropology; science studies; Indigenous studies; flat ontology; ontological turn; embodiment; subjectivity; intersubjectivity; kinship; material semiotics; praxiography; Maurice Merleau-Ponty; Jean-Luc Nancy; Bruno Latour; Annemarie Mol; Eduardo Viveiros de Castro; Donna Haraway; Helen Verran; Anna Tsing; Déborah Danowski; Elfriede Jelinek Available in a digital repository NRGL
O měnících a odlišujících se typech těl a jejich vztahu k duši a/nebo mysli v západní kultuře

On Changing and Differing Types of Bodies and Their Relationships to Their Souls or/and Minds in Western Culture Markéta Jakešová Abstract: On Changing and Differing Types of Bodies and Their ...

Jakešová, Markéta; Ritter, Martin; Morin, Marie-Eve; Weidtmann, Niels
Univerzita Karlova, 2023

Mezi Dao 道 a fa 法: intertextuální rozbor kosmologických textů z doby Válčících států
Gajdošová, Kateřina; Zádrapa, Lukáš; Vávra, Dušan; Burik, Steven Victor
2023 - English
CHARLES UNIVERSITY, FACULTY OF ARTS, DEPARTMENT OF SINOLOGY HISTORY AND CULTURE OF ASIAN AND AFRICAN COUNTRIES DOCTORAL DISSERTATION BETWEEN DAO 道 AND FA 法: INTERTEXTUAL ANALYSIS OF THE WARRING STATES PERIOD COSMOLOGICAL TEXTS MEZI DAO 道 A FA 法: INTERTEXTUÁLNÍ ANALÝZA KOSMOLOGICKÝCH TEXTŮ Z OBDOBÍ VÁLČÍCÍCH STÁTŮ MGR. BC. KATEŘINA GAJDOŠOVÁ DISSERTATION SUPERVISOR: DOC. LUKÁŠ ZÁDRAPA PHD. YEAR OF SUBMISSION: 2023 ABSTRACT: The cosmologies contained in excavated texts from the Warring States period, such as Taiyi Sheng Shui 太 一生水, Heng Xian 恆先, or Fan Wu Liu Xing 凡物流形, shed new light on the landscape of early Chinese thought. The work seeks to build a coherent argument through which the previously disconnected elements of the texts in question would come together in a logical way. It starts from the reconstruction of the main features of the cosmologies contained in these texts and, on their basis, proposes the reformulation of the basic concepts used in early Chinese texts. Using process philosophy as a conceptual arsenal, the work traces new connections between fundamental ontological concepts in Chinese texts. Building of this newly proposed interpretive framework starts from the exposition of the specific features of early Chinese cosmology, as captured in the texts of the corpus and supported by the... UNIVERZITA KARLOVA, FILOZOFICKÁ FAKULTA, KATEDRA SINOLOGIE DĚJINY A KULTURY ZEMÍ ASIE A AFRIKY DIZERTAČNÍ PRÁCE BETWEEN DAO 道 AND FA 法: INTERTEXTUAL ANALYSIS OF THE WARRING STATES PERIOD COSMOLOGICAL TEXTS MEZI DAO 道 A FA 法: INTERTEXTUÁLNÍ ANALÝZA KOSMOLOGICKÝCH TEXTŮ Z OBDOBÍ VÁLČÍCÍCH STÁTŮ MGR. BC. KATEŘINA GAJDOŠOVÁ VEDOUCÍ: DOC. LUKÁŠ ZÁDRAPA PHD. ROK ODEVZDÁNÍ: 2023 ABSTRAKT: Kosmologie obsažené ve vykopaných textech z období Válčících států jako Taiyi Sheng Shui 太一生水, Heng Xian 恆先, nebo Fan Wu Liu Xing 凡物流形, vrhají nové světlo na myšlenkové prostředí rané čínské filosofie. Tato dizertační práce se pokouší vystavět souvislé výkladové schéma, které umožní logickým způsobem propojit doposud zdánlivě nesouvisející prvky raných čínských filosofických textů. Vychází z rekonstrukce hlavních rysů kosmologií v těchto spisech obsažených a nabízí přehodnocení a novou formulací základních konceptů nejstarší čínské filosofie. S využitím pojmového arzenálu procesuální filosofie se dizertace pokouší zmapovat nové souvislosti mezi základními ontologickými kategoriemi v čínských textech. Na těchto základech pak staví alternativní interpretační rámec. Vychází přitom z rozvedení implikací dané kosmologie, na základě vykopaných i dochovaných textových dokladů, a pokračuje přezkoumáním role pojmenování v rámci... Keywords: čínská filosofie|ontologie|cosmologie|procesuální filosofie|vykopané rukopisy|pojmenování; Chinese philosophy|ontology|cosmology|process philosophy|excavated manuscripts|naming Available in a digital repository NRGL
Mezi Dao 道 a fa 法: intertextuální rozbor kosmologických textů z doby Válčících států

CHARLES UNIVERSITY, FACULTY OF ARTS, DEPARTMENT OF SINOLOGY HISTORY AND CULTURE OF ASIAN AND AFRICAN COUNTRIES DOCTORAL DISSERTATION BETWEEN DAO 道 AND FA 法: INTERTEXTUAL ANALYSIS OF THE WARRING STATES ...

Gajdošová, Kateřina; Zádrapa, Lukáš; Vávra, Dušan; Burik, Steven Victor
Univerzita Karlova, 2023

Hybridizace a polyploidizace jako významné evoluční aspekty v tribu Triticeae
Urfusová, Romana; Mahelka, Václav; Escudero, Marcial; Štech, Milan
2023 - English
Hybridization and polyploidization, two vastly important evolutionary mechanisms, have been well studied experimentally within the Triticeae, but the specific consequences of both phenomena under natural conditions remain poorly defined. This is due to the variability of natural populations, whether in species composition, genetic and cytogenetic diversity, abiotic conditions, or their interaction. Each population is thus unique in its own way, with specific parameters of hybridization, polyploidization or reproductive mode. The latter mechanism is both influenced by and influences the former. For example, it is known that self-incompatibility can be broken by the presence of foreign pollen (a phenomenon known as the mentor effect). To study these processes, I chose Central European species of the genus Elymus: E. hispidus, E. repens, and marginally also E. caninus. All three species are allopolyploid. Whereas E. hispidus and E. repens are predominantly allohexaploid, E. caninus is allotetraploid. The former two have been found to hybridize and produce higher polyploid cytotypes. The role of E. caninus has not yet been studied. Methodologically, I have used flow cytometry (analysis of absolute and relative genome size), morphometrics, experimental hybridization, cytology (chromosome counting) and... Hybridizace a polyploidizace, jakožto významné evoluční mechanismy, jsou v rámci Triticeae dobře experimentálně prozkoumány, ale konkrétní důsledky obou jevů v přírodních podmínkách zůstávají nedostatečně definovány. Důvodem je proměnlivost přírodních populací, ať už v druhové skladbě, genetické a cytogenetické diverzitě, abiotických podmínkách, nebo v jejich interakci. Každá populace je tak svým způsobem unikátní, se specifickými parametry hybridizace, polyploidizace, nebo reprodukčního způsobu. Ten je předchozími mechanismy ovlivněn, a zároveň je ovlivňuje. Například je známo, že self-incompatibilita může být prolomena přítomností cizího pylu (mentor efekt). Pro studium těchto procesů jsem si vybrala středoevropské druhy pýrů rodu Elymus: E. hispidus a E. repens, a okrajově také E. caninus. Všechny tři druhy jsou allopolyploidní. Zatímco E. hispidus a E. repens jsou převážně allohexaploidní, E. caninus je allotetraploid. U prvních dvou bylo zjištěno, že se kříží a vytvářejí vyšší polyploidní cytotypy. Role E. caninus nebyla zatím studována. Po metodické stránce jsem použila průtokovou cytometrii (analýzu absolutní a relativní velikosti genomu), morfometriku, experimentální hybridizaci, cytologii (počítání chromozomů) a cytogenetiku (genomovou in situ hybridizaci). V rámci rozsáhlé studie... Available in a digital repository NRGL
Hybridizace a polyploidizace jako významné evoluční aspekty v tribu Triticeae

Hybridization and polyploidization, two vastly important evolutionary mechanisms, have been well studied experimentally within the Triticeae, but the specific consequences of both phenomena under ...

Urfusová, Romana; Mahelka, Václav; Escudero, Marcial; Štech, Milan
Univerzita Karlova, 2023

Úloha CRL4 ubiquitin-ligázového komplexu při homeostáze a regeneraci gastro-intestinálního traktu
Daněk, Veronika; Procházka, Jan; Janečková, Lucie; Čermák, Lukáš
2023 - English
Ubiquitination represents a central regulatory mechanism for protein function utilization. Dysfunction of ubiquitin ligases is associated with the development of various pathological conditions. However, the full complexity of the ubiquitinating network in tissue homeostasis and carcinogenesis remains to be elucidated, limiting its potential as a therapeutic target. In my PhD project, I aimed to reveal the role of E3 ubiquitin ligases, particularly CUL4A, in the alteration of regulatory pathways that result in gastrointestinal (GIT) homeostasis disorders and tumor expansion. By using a novel semantic biclustering technique, we performed expression profiling of the E3 ubiquitin ligases and uncovered the potentially redundant features of GIT-specific ubiquitin ligases based on their tissue-specific expression and ontological relationships. Testing the identified compensatory network on the mouse model showed that genes from the same ontology group simultaneously altered their expression pattern after induced epithelial damage, exposing their complementary role during tissue regeneration. Next, I focused on CUL4A, a scaffold of the Cullin4-RING E3 ubiquitin ligase complex (CRL4). We described that CUL4A is expressed by populations of secretory cells in the small intestine and colon. CUL4A deficiency... Ubikvitinace představuje důležitý regulační mechanismus ovlivnění funkce proteinů. Aberantní funkce Ub-ligáz je spojena s rozvojem různých patologických stavů. Úplná komplexnost ubikvitinační sítě v homeostáze tkání a karcinogenezi však stále není objasněna, což snižuje potenciál Ub-ligáz stát se terapeutickými cíli. Ve svém doktorském projektu jsem se zaměřila na odhalení role E3 ubikvitinových ligáz, zejména CUL4A, ve změnách regulačních drah, které vedou k poruchám homeostázy trávicího traktu a nádorové expanzi. Pomocí nové techniky sémantického biklastrování jsme provedli profilování exprese E3 ubikvitin ligáz a navrhli dosud nepopsané funkce Ub-ligáz specifických pro trávicí trakt na základě jejich tkáňově specifické exprese a ontologických vztahů. Testování identifikované kompenzační sítě na myším modelu ukázalo, že geny ze stejné ontologické skupiny současně mění svůj expresní vzorec po indukovaném poškození epitelu, což odhaluje jejich pomocnou roli při regeneraci tkáně. Dále jsem se zaměřila na funkci CUL4A jakožto kotvy v rámci komplexu Cullin4-RING E3 ubikvitin ligázy (CRL4). Popsali jsme, že CUL4A je exprimován populacemi sekrečních buněk v tenkém a tlustém střevě. Deficit CUL4A narušuje rovnováhu mezi jednotlivými buněčnými typy podél transverzální struktury střevního epitelu a a vede... Keywords: ubiquitin-ligáza; gastrointestinální trakt; regenerace; knockoutní myš; ubiquitin ligase; gastrointestinal tract; regeneration; knockout mouse Available in a digital repository NRGL
Úloha CRL4 ubiquitin-ligázového komplexu při homeostáze a regeneraci gastro-intestinálního traktu

Ubiquitination represents a central regulatory mechanism for protein function utilization. Dysfunction of ubiquitin ligases is associated with the development of various pathological conditions. ...

Daněk, Veronika; Procházka, Jan; Janečková, Lucie; Čermák, Lukáš
Univerzita Karlova, 2023

Regulace buněčného cyklu a ochrana integrity genomu u raných savčích embryí
Knoblochová, Lucie; Drutovič, David; Carr, Antony M.; Fulková, Helena
2023 - English
(English version) Infertility is a major health problem, as it affects one in every six people worldwide (Njagi et al., 2023). One of the major reasons for infertility are aneuploidies, additions or losses of an entire or partial chromosome during cell division. Aneuploidies thus negatively influence cellular processes and potentially lead to developmental problems or embryo loss. It has been thought for a long time that aneuploidies arise mostly during oocyte development, and these mechanisms have been well studied. However, recent evidence has shown that aneuploidies arise also de novo after fertilisation and during the early embryonic development; but the molecular mechanisms of these abnormalities still remains elusive. Aneuploidies often originate during cell cycle division from unrepaired DNA damage in mitosis. DNA damage is sensed by DNA damage response (DDR) signalling pathways, which slow down or arrest cell cycle progression until it is resolved. An essential DDR factor during typical cell cycle progression is checkpoint kinase 1 (CHK1). However, the role of DDR factors in the early embryos, and especially CHK1, have not been well studied. Early embryonic development is regulated by maternal factors stored in the oocyte until the transcription of the embryonic genome begins. To study... (česky) Neplodnost patří mezi závažný zdravotní problém, který celosvětové postihuje každého šestého člověka (Njagi et al., 2023). Jednou z hlavních příčin neplodnosti jsou aneuploidie neboli změny v počtu jednotlivých chromozomů, případně velké chromosomové přestavby, kdy je část chromozomu ztracena nebo naopak přidána. Aneuploidie mají nepříznivý dopad na buněčné funkce a mohou vyústit až ve vývojové vady neslučitelné se životem embrya. Vznik aneuploidií v embryích byl dlouhodobě spojován zejména se špatným vývojem vajíčka ještě před jeho oplozením. Nedávné studie nicméně ukázaly, že embryonální aneuploidie mohou vznikat i jiným způsobem, a sice až po oplození vajíčka a během raného embryonálního vývoje. I když detailní popis tohoto procesu není dosud znám, ukazuje se, že aneuploidie vznikající tímto způsobem jsou následkem předčasné mitózy, do níž buňka vstupuje s neopravenou vážně poškozenou DNA. Za běžných podmínek je poškození DNA zachyceno specializovanými signálními drahami (DNA damage response, DDR), které zpomalí nebo zcela zastaví průběh buněčného cyklu, dokud není poškozená DNA opravena. DDR signální dráhy jsou dobře popsány v kontextu již vyvinutého organismu, nicméně jejich role v embryonálním vývoji je dosud nejasná. Tato práce je zaměřena na studium ochrany integrity genomu a... Keywords: embryo; buněčný cyklus poškození DNA; embryo; cell cycle; DNA damage Available in a digital repository NRGL
Regulace buněčného cyklu a ochrana integrity genomu u raných savčích embryí

(English version) Infertility is a major health problem, as it affects one in every six people worldwide (Njagi et al., 2023). One of the major reasons for infertility are aneuploidies, additions or ...

Knoblochová, Lucie; Drutovič, David; Carr, Antony M.; Fulková, Helena
Univerzita Karlova, 2023

Eseje o strategickém poskytování informací
Senkov, Maxim; Zápal, Jan; Ivanov, Maxim; Matysková, Ludmila
2023 - English
In the first chapter, we show that a biased principal can strictly benefit from hiring an agent with misaligned preferences or beliefs. We consider a ``delegated expertise'' problem in which the agent has an advantage in acquiring information relative to the principal. We show that it is optimal for a principal who is ex ante biased towards one action to select an agent who is less biased. Such an agent is more uncertain ex ante about what the best course of action is and would acquire more information. The benefit to the principal of a better-informed decision always outweighs the cost of a small misalignment. In the second chapter, I study a game between an agent and a principal in a dynamic information design framework. A principal funds a multistage project and retains the right to cut the funding if it stagnates at some point. An agent wants to convince the principal to fund the project as long as possible, and can design the flow of information about the progress of the project in order to persuade the principal. If the project is sufficiently promising ex ante, then the agent commits to providing only the good news that the project is accomplished. If the project is not promising enough ex ante, the agent persuades the principal to start the funding by committing to provide not only good... V první kapitole ukážeme, že zaujatý principál může mít prospěch z najmutí agenta s neshodnými preferencemi nebo přesvědčením. Zkoumáme problém "delegované expertízy", ve kterém má agent oproti principálovi výhodu při získávání informací. Ukazujeme, že pro principála, který je ex ante zaujatý vůči jedné akci, je optimální vybrat agenta, který je méně zaujatý. Takový agent je ex ante více nejistý ohledně toho, jaký postup je nejlepší, a získá tak více informací. Přínos z lépe informovaného rozhodnutí pro principála vždy převáží náklady na malou neshodu v preferencích. Ve druhé kapitole studuji hru mezi agentem a principálem v rámci dynamického informačního designu. Principál financuje vícefázový projekt a ponechává si právo omezit financování, pokud v určitém okamžiku začne projekt stagnovat. Agent chce přemluvit principála, aby financoval projekt tak dlouho, jak je to možné, a může navrhnout tok informací o průběhu projektu, aby principála přesvědčil. Pokud je projekt dostatečně slibný ex ante, pak se agent zavazuje poskytovat pouze dobré zprávy, že projekt je dokončen. Pokud projekt není dostatečně slibný ex ante, agent přesvědčí principála, aby zahájil financování tím, že se zaváže poskytovat nejen dobré, ale i špatné zprávy ohledně nedosažení milníku projektu v prozatímním termínu. Ve třetí... Available in a digital repository NRGL
Eseje o strategickém poskytování informací

In the first chapter, we show that a biased principal can strictly benefit from hiring an agent with misaligned preferences or beliefs. We consider a ``delegated expertise'' problem in which the agent ...

Senkov, Maxim; Zápal, Jan; Ivanov, Maxim; Matysková, Ludmila
Univerzita Karlova, 2023

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases