Studies of membrane protein structure and function using polarization microscopy
BONDAR, Alexey
2014 - Czech Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Studies of membrane protein structure and function using polarization microscopy

BONDAR, Alexey
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2014

Secondary metabolites of terrestrial cyanobacteria
KAPUŚCIK, Aleksandra
2014 - Czech Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Secondary metabolites of terrestrial cyanobacteria

KAPUŚCIK, Aleksandra
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2014

Fish sperm motility parameters and total proteins profiles in seminal plasma during in vivo and in vitro storage
KOLEŠOVÁ, Anna
2013 - Czech The effect of gamete storage on sperm quality has received considerable attention in recent years. Previous studies have shown that spermatozoa stored in vivo or in vitro for a long time can lost their motility and fertilization capacity. Moreover, it have been concluded that male fertilization potential is highly dependent, not only on spermatozoa motility parameters, but also on organic components including protein composition of seminal plasma. On the other hand, spermatozoa motility and protein profiles of seminal plasma are highly dependent on conditions of storage. Therefore, additional data about effects of in vivo and in vitro storage on quality sperm parameters and protein composition of seminal plasma are essential for development of fish artificial reproduction methods. In the current work the influence of in vitro and in vivo storage on parameters of sperm motility, DNA integrity, antioxidant defensive system and seminal plasma protein composition were studied. As a conclusion, the results of this study provide new data on sperm quality and quantity parameters of chondrostean and teleost fish species with respect to in vivo and in vitro storage capacities, which should be beneficial for the development of aquaculture of these species. The data confirmed that protein patterns in seminal plasma varied during in vivo storage, depending on time of sperm collection. Furthermore, the altered proteins are probably involved in enzymatic pathways that regulate spermatozoa movement. In practice, the results presented in this thesis should help to improve management and optimize the development of protocols for artificial reproduction. Vlivu uchování gamet na kvalitu spermatu byla věnována značná pozornost v průběhu několika předchozích let. Předchozí studie ukázaly, že spermie uchovávané po delší dobu in vivo či in vitro mohou ztrácet pohyblivost a fertilizační schopnost. Mimoto bylo dokázáno, že fertilizační potenciál samců je vysoce závislý nejen na parametrech pohyblivosti spermií, ale také na složení proteinů semenné plazmy. Pro vývoj a zdokonalení metod umělé reprodukce ryb je nezbytné získat další poznatky o vlivu in vivo a in vitro uchovávání na parametry kvality spermatu a na proteinové složení semenné plazmy. Tato práce byla zaměřena na studium vlivu in vivo a in vitro uchování na pohyblivost spermií, integritu DNA, oxidativní stres a v neposlední řadě také na složení semenné plazmy. Výsledky této studie poskytují ucelený pohled na kvalitativní a kvantitativní parametry spermatu chrupavčitých a kostnatých druhů ryb s ohledem na jeho in vivo a in vitro uchovávání. Tyto výsledky by měly být přínosem pro zdokonalení akvakulturního chovu výše zmíněných druhů. Získaná data potvrdila, že proteinové složení semenné plazmy se v průběhu uchování spermatu in vivo mění v závislosti na době jeho odběru. Dále je pravděpodobné, že na regulaci pohybu spermií se podílejí proteinové změny enzymatických drah. Výsledky prezentované v této studii by měly napomoci optimalizovat postupy a protokoly umělé reprodukce ryb. Keywords: in vivo uchován; in vitro uchování; proteinové složení semenné plazmy; spermie; in vivo storage; in vitro storage; protein composition of seminal plasma; spermatozoa Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Fish sperm motility parameters and total proteins profiles in seminal plasma during in vivo and in vitro storage

The effect of gamete storage on sperm quality has received considerable attention in recent years. Previous studies have shown that spermatozoa stored in vivo or in vitro for a long time can lost ...

KOLEŠOVÁ, Anna
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2013

Origins of bacterial endosymbionts in arthropods
CHRUDIMSKÝ, Tomáš
2014 - Czech Current bioinformatic methods such as molecular phylogenetics and phylogenomics provide us with good insight to symbiont evolution. Though modern science evolves rapidly, accelerates speed of acquiring novel discoveries and improves their quality, there is still endless row of questions waiting to be answered. This thesis focuses on origins of symbiosis between insects and Enterobacteria, and the mechanisms promoting association of bacteria with arthropods. The main emphasis is put on the secondary symbionts of the genus Sodalis (Enterobacteriaceae) and the pathogenic Anaplasma phagocytophilum (Anaplasmataceae) that seems to be undergoing first steps to become hereditary mutualist. Keywords: Sodalis; Anaplasma; endosymbionts; arthropods; symbiosis Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Origins of bacterial endosymbionts in arthropods

Current bioinformatic methods such as molecular phylogenetics and phylogenomics provide us with good insight to symbiont evolution. Though modern science evolves rapidly, accelerates speed of ...

CHRUDIMSKÝ, Tomáš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2014

The effect of pyrethroid based pesticides on fish
RICHTEROVÁ, Zuzana
2016 - Czech Pyrethroids are ones of the most used pesticides worldwides. The widespread use and high stability of pyrethroids lead to the assumption of that their occurrence in the environment could be quite frequent. They can reach water ecosystem as pollutants. Residues of pyrethroids are not only detected in the water column, but also in sediments and in fish tissues. The first study was devoted to the product Nexide containing 60 g.l-1 of active substance gamma-cyhalothrin. Tested Nexide concentrations were 5, 25, 50, 100, and 250 µg.l-1. Early life stage test was used.Common carp (Cyprinus carpio) was tested. There were significant mortalities in all concentrations except the lowest concentration during the trial. The lowest concentration tested 5 µg.l-1 only caused a slightly increased mortality. This lowest concentration influenced the growth in length and weight negatively, decelerated ontogenetic development, and made the body surface of the individuals darker. Histopathology of individuals from this concentration revealed dystrophy in liver. Examination of kidney, intestine and gills did not show significant histopathological differences compared with control. The evaluation of selected parameters of oxidative stress demonstrated a significantly higher activity of detoxification enzyme glutathione-S.transferase (GST) and a significantly lower activity of defensive enzyme glutathione peroxidase (GPx) compared with the control group. The other examined parameters of oxidative stress such as catalase (CAT), glutation reductase (GR), and lipid peroxidation determined by using the thiobarbituric acid-reactive substances (TBARs) were comparable to the control group. Changes in oxidative stress parameters suggest that exposure of the organism to the product Nexide in the given concentration leads to dysbalance of defensive enzymes. The second study was devoted to the product Cyperkill 25 EC containing 250 g.l-1. Tested Cyperkill 25 EC concentrations were 7.2, 36, 72, 144, and 360 µg.l-1. The procedure of the trial was the same as the preceded one. There were 100% mortalities in all concentrations except the lowest concentration during the trial. The lowest tested concentration 7.2 µg.l-1 allowed 90% of individuals to stay alive till the end of experiment. The lowest concentration influenced the growth in length and weight negatively and decelerated ontogenetic development compared with the control. Any individual exposed to this concentration did not reach juvenile stage until the end of the trial. Dark pigmentation was visible in 68% of these exposed individuals on the last day. Similar darkening was visible in individuals from higher concentrations shortly before death too. Histological examination did not revealed significant changes in intestine, liver, kidney, and gills compared with the control group. Evaluation of selected parameters of oxidative stress demonstrated significantly lower activities of GST, GR, and GPx. Activities of CAT and TBARS were comparable with the control group. Changes in oxidative stress parameters suggest that exposure of the organism to the product Cyperkill 25 EC in the given concentration could induce oxidative stress and interfere with the activities of antioxidant enzymes. The presented thesis summarises actual data about pyrethroids and their influence on fish. The demonstrated effects confirm high susceptibility of early developmental stages of fish to tested pesticides. When interpreting the results, we have to take into account the fact that studies showed this risk even on single pyrethroid substances. But water organisms are exposed to many other more or less toxic products and substances in a real environment. These xenobiotics could react with each other and their mixture could even potentiate negative effects. The performed studies also clearly show the significant differences in the sensitivity of embryonic and embryolarval tests. Pyrethroidy patří mezi celosvětově nejčastěji používané pesticidy. Jejich široké použití a poměrně vysoká stabilita dávají předpoklad pro jejich výskyt v životním prostředí. Jako polutanty se následně mohou dostat až do vodního ekosystému. Vyskytují se nejen ve vodách a sedimentech, ale i v tkáních ryb. V prvním testu jsme sledovali vliv přípravku Nexide s účinnou látkou gamma-cyhalothrin v koncentraci 60 g.l-1. Testovaným koncentracím Nexide 5, 25, 50, 100 a 250 µg.l-1 byly vystaveny oplozené jikry a raná vývojová stadia kapra obecného (Cyprinus carpio) po dobu 35 dní. V průběhu testu došlo ve všech koncentracích s výjimkou nejnižší k výraznému úhynu pokusných organismů. Mortalita embryí a larev v nejnižší testované koncentraci byla zvýšená minimálně. Nejnižší testovaná koncentrace 5 µg.l-1 výrazně negativně ovlivnila délkový i hmotnostní růst a vyvolala zpomalení ontogenetického vývoje a ztmavnutí povrchu těla. U přeživších jedinců bylo provedeno histologické vyšetření, při kterém byly v játrech zaznamenány změny dystrofického charakteru. Histologické vyšetření vzorků ledvin, střev a žaber neprokázalo patologické změny. Vyšetřením vybraných parametrů oxidativního stresu byla prokázána statisticky významně vyšší aktivita detoxifikačního enzymu glutathion-S-transferásy (GST) a nižší aktivita obranného enzymu glutathionperoxidásy (GPx) ve srovnání s kontrolní skupinou. Další sledované parametry oxidativního stresu, katalása (CAT), glutathionreduktása (GR) a oxidace lipidů vyjádřená thiobarbiturovým číslem (TBARS), byly beze změn. Změny parametrů oxidativního stresu naznačují, že expozice organismu přípravku Nexide může v dané koncentraci vést k dysbalanci obranných enzymů. V testu s přípravkem Cyperkill 25 EC s účinnou látkou alpha-cypermethrin v koncentraci 250 g.l-1 bylo postupováno stejným způsobem jako v předešlém testu. Testované koncentrace byly 7,2; 36; 72; 144 a 360 µg.l-1. S výjimkou nejnižší testované koncentrace došlo ke 100 % úhynu embryí a larev ve všech ostatních koncentracích. V nejnižší testované koncentraci 7,2 µg.l-1 dosáhlo přežití v závěru testu 90 %. Nejnižší testovaná koncentrace však výrazně negativně ovlivnila délkový i hmotnostní růst jedinců ve srovnání s kontrolou a vedla ke zpomalení ontogenetického vývoje. Žádný jedinec z této koncentrace nedosáhl v den ukončení studie juvenilního stadia. U 68 % embryí z této koncentrace byla patrná výraznější pigmentace, která byla pozorována i u jedinců z vyšších koncentrací krátce před jejich úhynem. Výsledky histologického vyšetření jater, střeva, ledvin a žaber neprokázalo žádné výrazné změny oproti kontrolním jedincům. Při vyšetření vybraných parametrů oxidativního stresu bylo prokázáno statisticky významné snížení katalytických koncentrací GST, GR a GPx ve srovnání s kontrolou. Aktivita CAT a TBARS byly srovnatelné s kontrolou. Změny parametrů oxidativního stresu naznačují, že expozice organismu přípravku Cyperkill 250 EC může v dané koncentraci indukovat oxidativní stres a zasahovat do aktivit antioxidačních enzymů. Předložená disertační práce shrnuje aktuální údaje o vlivu pyrethroidů na ryby. Zjištěné účinky potvrzují vysokou vnímavost ryb v období raného vývoje k testovaným pesticidům. Při interpretaci výsledků je nutné vzít v úvahu, že pro testování byly použity jednosložkové přípravky, které již samy toto riziko představují. V reálném prostředí jsou však vodní organismy vystaveny celé škále látek a přípravků v potenciálně toxických koncentracích. Tyto spolu mohou reagovat a jejich kombinací se mohou škodlivé účinky ještě zesilovat. Provedené testy také jednoznačně ukazují významné rozdíly v citlivosti embryonálních a embryolarválních testů. Keywords: pyrethroidy; ryby; neurotoxicita; citlivost; fyziologické změny; embryolarvální testy toxicity; Cyperkill 25 EC; Nexide; mortalita; ontogenetický vývoj; oxidativní stress; pyrethroids; fish; neurotoxicity; sensitivity; physiological disturbances; embryolarval toxicity tests; Cyperkill 25 EC; Nexide; mortality; ontogenesis; oxidative stress Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. The effect of pyrethroid based pesticides on fish

Pyrethroids are ones of the most used pesticides worldwides. The widespread use and high stability of pyrethroids lead to the assumption of that their occurrence in the environment could be quite ...

RICHTEROVÁ, Zuzana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2016

Check heredity performance test of Warmblooded horses
CIVIŠOVÁ, Hana
2016 - Czech Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Check heredity performance test of Warmblooded horses

CIVIŠOVÁ, Hana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2016

Phylogeography and conservation genetics of endangered saproxylic beetles in Europe
DRAG, Lukáš
2016 - Czech This thesis introduces the use of molecular methods for the conservation of several species of endangered saproxylic beetles in Europe. It focuses on the questions related to the DNA preservation and microsatellites development, as well as the evolutionary history and conservation of threatened species. Using the combination of mitochondrial and nuclear markers, the genetic diversity and reintroduction history of Cerambyx cerdo was assessed and the phylogeography of Rosalia alpina from the whole range of its distribution was studied. This information is valuable for designing more efficient conservation strategies. This thesis introduces the use of molecular methods for the conservation of several species of endangered saproxylic beetles in Europe. It focuses on the questions related to the DNA preservation and microsatellites development, as well as the evolutionary history and conservation of threatened species. Using the combination of mitochondrial and nuclear markers, the genetic diversity and reintroduction history of Cerambyx cerdo was assessed and the phylogeography of Rosalia alpina from the whole range of its distribution was studied. This information is valuable for designing more efficient conservation strategies. Keywords: insect ecology; Natura 2000; Coleoptera; Osmoderma barnabita; Europe; mtDNA; cytochrom c oxidase; beech forest; Fagus sylvatica; population genetics; insect ecology; Natura 2000; Coleoptera; Osmoderma barnabita; Europe; mtDNA; cytochrom c oxidase; beech forest; Fagus sylvatica; population genetics Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Phylogeography and conservation genetics of endangered saproxylic beetles in Europe

This thesis introduces the use of molecular methods for the conservation of several species of endangered saproxylic beetles in Europe. It focuses on the questions related to the DNA preservation and ...

DRAG, Lukáš
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2016

Monitoring of nest parameters and a eggs predation of Reed Warbler (\kur{Acrocephalus scirpaceus}) at selected localities in PLA Třeboňsko
ZÁRUBOVÁ, Marie
2016 - Czech Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Monitoring of nest parameters and a eggs predation of Reed Warbler (\kur{Acrocephalus scirpaceus}) at selected localities in PLA Třeboňsko

ZÁRUBOVÁ, Marie
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2016

Schopnost šíření a uchycování rostlin a jejich vliv na druhové složení lučních společenstev
VÍTOVÁ, Alena
2016 - Czech Mechanisms maintaining species diversity in managed meadows are not still well understood. To assess the effect of several important factors on species composition of meadow communities, species regeneration abilities were studied in the course of several years. The research was based on manipulative experiments, where species establishment and survival in seed addition experiments as well as during natural regeneration was observed. By comparison of species establishment in intact and disturbed vegetation, effect of dispersal limitation, abiotic conditions and competition was assessed as well as regeneration ability of different functional groups. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Schopnost šíření a uchycování rostlin a jejich vliv na druhové složení lučních společenstev

Mechanisms maintaining species diversity in managed meadows are not still well understood. To assess the effect of several important factors on species composition of meadow communities, species ...

VÍTOVÁ, Alena
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2016

Biosystematic revision of the Spergularia echinosperma complex
KÚR, Pavel
2017 - Czech This thesis is focused on the biosystematic study of the Central-European endemic Spergularia echinosperma. With the combined use of morphometric analyses, genome size measurements and molecular tools, the taxonomic issues associated with this species have been clarified. The existence of S. kurkae, a stable allotetraploid hybrid between diploid S. echinosperma and tetraploid S. rubra, has been proven. Based on several lines of evidence, including distinct morphological separation and frequent occurrence in the absence of the parental species, treating S. kurkae as a separate species is proposed. In addition, two infraspecific taxa within S. echinospermaS. echinosperma subsp. echinosperma and S. echinosperma subsp. albensisdiffering in distributions and ecology have been described. A complete revision of the localities of S. echinosperma, S. kurkae and S. rubra in the Czech Republic is also presented. Furthermore, the development of 16 polymorphic microsatellite loci for S. echinosperma is reported. Práce se zabývá biosystematickou studií středoevropského endemita Spergularia echinosperma. S použitím morfometrických analýz, měření velikosti genomu a molekulárních nástrojů byla osvětlena taxonomická problematika tohoto druhu. Byla potvrzena existence taxonu S. kurkae, což je stabilní allotetraploidní hybrid mezi diploidním druhem S. echinosperma a tetraploidním druhem S. rubra. Na základě vícero důkazů, včetně jednoznačné morfologické odlišitelnosti a častého výskytu bez přítomnosti rodičovských druhů, je navrženo uznání S. kurkae jako samostatného druhu. Navíc byly popsány dva vnitrodruhové taxony uvnitř druhu S. echinosperma - S. echinosperma subsp. echinosperma a S. echinosperma subsp. albensis - lišící se rozšířením a ekologií. Rovněž je předložena kompletní revize lokalit druhů S. echinosperma, S. kurkae a S. rubra v České republice. Nadto práce obsahuje příspěvek zabývající se vývojem 16 mikrosatelitních markerů pro druh S. echinosperma. Keywords: allopolyploidie; endemit; hybridizace; morfometrika; průtoková cytometrie; Spergularia; taxonomie; allopolyploidy; endemism; hybridization; morphometrics; flow cytometry; Spergularia; taxonomy Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Biosystematic revision of the Spergularia echinosperma complex

This thesis is focused on the biosystematic study of the Central-European endemic Spergularia echinosperma. With the combined use of morphometric analyses, genome size measurements and molecular ...

KÚR, Pavel
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017