Reflexivní klitiky v češtině
HUDOUSKOVÁ, Andrea
2010 - English Available in the UPOL Library. Reflexivní klitiky v češtině

HUDOUSKOVÁ, Andrea
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Mezimolekulové interakce v nanomateriálech
KOCMAN, Mikuláš; JUREČKA, Petr; JUREČKA, Petr
2014 - English Graphene is a novel two-dimensional material consisting of carbon atoms arranged in a honeycomb lattice. The aim of the first part of my PhD thesis is to describe the mechanism of exfoliation process in various solvents with the tools of molecular modelling, investigate the role of (often neglected) electrostatic interactions and propose the way these interactions should be treated in molecular dynamics simulations involving graphene. Second part of this thesis will focuse on obtaining accurate intermolecular interaction energies of graphene and its derivatives with molecular hydrogen and assessment of accuracy of current DFT functionals including empirical and nonempirical dispersion corrections. Understanding adsorption properties of graphene may be important in various nanotechnological and sensing applications. In the third part of my thesis I will focus on describing intermolecular interactions of graphene with small organic molecules and possibility of accurate predictions of adsorption enthalpies by means of theoretical calculations. V první části disertační práce byl popsán mechanismus procesu exfoliace grafenu v různých rozpouštědlech. Pomocí nástrojů molekulového modelování byla vyšetřena role (často opomíjených) elektrostatických interakcí s návrhem, jak by tyto interakce měly být zahrnuty v molekulární dynamice simulacích molekul na bázi grafenu. Druhá část práce se zaměřuje na získání přesných mezimolekulových energií mezi grafenem a jeho deriváty s molekulárním vodíkem a následné hodnocení přesnosti současných DFT funkcionálů včetně empirických a neempirických disperzních korekcí. Třetí část disertační práce byla zaměřena na popis mezimolekulových interakcí grafenu s malými organickými molekulami s důrazem na srovnání experimentálních hodnot adsorpčních entalpií a možnost jejich přesných předpovědí prostřednictvím teoretických výpočtů. Keywords: Metody funkcionálu husoty; interakční energie; grafen; adsorpce; molekulové modelování; silové pole; Density Functional Theory; interaction energy; graphene; adsorption; molecular modeling; force field Available in digital repository of UPOL. Mezimolekulové interakce v nanomateriálech

V první části disertační práce byl popsán mechanismus procesu exfoliace grafenu v různých rozpouštědlech. Pomocí nástrojů molekulového modelování byla vyšetřena role (často ...

KOCMAN, Mikuláš; JUREČKA, Petr; JUREČKA, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2014

Regulace G1 fáze v myších embryonálních kmenových buňkách v kontextu poškození DNA a sebeobnovy
KOLEDOVÁ, Zuzana; DIVOKÝ, Vladimír
2010 - English Mouse embryonic stem cells (mESCs) have been known for their special cell cycle characteristics, including rapid cell cycle progression, a very short G1 phase and lack of G1 arrest after DNA damage, for years. However, the mechanisms driving mESC cycle, underlying G1 checkpoint non-functionality and their relationship to mESC self-renewal have been poorly understood. In this thesis, the results of our studies are presented, which both point to the high CDK2 activity to be crucial in regulation of mESC-specific cell cycle, rapid G1 phase progression and G1 escape after DNA damage, as well as in the machinery, which establishes self-renewal in mESCs. Downregulation of CDK2 activity induces increase in G1 phase cell number, establishes somatic cell-like cell cycle and induces morphology changes and expression of genes associated with differentiation. Also, our model of G1 checkpoint non-functionality, based on ESC-specific localization and cellular compartmentalization of checkpoint and cell cycle regulatory proteins, is presented. We propose that mESCs do not stop in G1 phase after DNA damage due to centrosomal CDK2, which escapes from activated G1 checkpoints pathways and drives G1-S transition even in the conditions of DNA damage. Furthermore, we uncover a new mechanism of CDC25A regulation in response to DNA damage, which is governed by GSK-3b. Finally, we propose a role for centrosomes in cell fate decisions in mESCs. Myšie embryonálne kmeˇnové (mEK) bunky vynikajú unikátnym bunkovým cyklom, ktorý sa vyznaˇcuje vysokou rýchlost?ou, vel?mi krátkou fázou G1 a nefunkˇcným G1-kontrolným bodom. V tejto práci prezentujem výsledky našich štúdií, ktoré mali za ciel? odhalit? mechanizmy stojace za týmito jedineˇcnými charakteristikami bunkového cyklu mEK buniek. Obe štúdie poukazujú na centrálnu úlohu CDK2, ktorej vysoká aktivita je kritická pre rýchlu progresiu bunkovým cyklom, krátku fázu G1 a rýchly únik z G1 fázy po poškodení DNA, ako aj pre sebaobnovu mEK buniek. Downregulácia aktivity CDK2 zvyšuje poˇcet buniek vo fáze G1, nastol?uje bunkový cuklus podobný bunkovému cyklu somatických buniek a indukuje zmeny morfológie a expresiu génov asociovaných s diferenciáciou. Prezentovaný je aj náš model nefunkˇcnosti G1-kontrolného bodu, ktorý sa zakladá na bunkovej kompartmentalizácii a špecifickej lokalizácii proteínov kontrolného bodu a bunkového cyklu v mEK bunkách. Tento model navrhuje, že mEK bunky sa nezastavujú v G1 po poškodení DNA kvôli centrozomálne lokalizovanej CDK2, ktorá uniká regulácii aktivovaným G1-kontrolným bodom a poháˇna prechod z fázy G1 do fázy S aj v podmienkach poškodenia DNA. Naviac odhal?ujeme i nový mechanizmus regulácie CDC25A v odpovedi na poškodenie DNA prostredníctvom GSK-3b. Vychádzajúc z našich pozorovaní navrhujeme možnú úlohu centrozómov v osudových rozhodnutiach mEK buniek. Keywords: CDK2; bunkový cyklus; centrozóm; poškodenie DNA; embryonálne kmeňové bunky; G1 kontrolný bod; G1 fáza; ožiarenie; olomoucín II; sebaobnova; prenos signálu; CDK2; cell cycle; centrosome; DNA damage; embryonic stem cells; G1 checkpoint; G1 phase; irradiation; olomoucine II; self-renewal; signal transduction Available in digital repository of UPOL. Regulace G1 fáze v myších embryonálních kmenových buňkách v kontextu poškození DNA a sebeobnovy

Myšie embryonálne kmeˇnové (mEK) bunky vynikajú unikátnym bunkovým cyklom, ktorý sa vyznaˇcuje vysokou rýchlost?ou, vel?mi krátkou fázou G1 a nefunkˇcným G1-kontrolným bodom. V tejto práci ...

KOLEDOVÁ, Zuzana; DIVOKÝ, Vladimír
Univerzita Palackého v Olomouci, 2010

Subcelulární distribuce cytokininů v rostlinách
JISKROVÁ, Eva; FRÉBORT, Ivo
2016 - English This thesis is focused on uncovering cytokinin distribution at cellular level for model plant Arabidopsis thaliana and Hordeum vulgare. The theoretical part deals with the general characterization of cytokinins, their metabolism and biological effects. The special attention is paid to the cellular localization of cytokinins and enzymes involved in their metabolism. The experimental part shows the results of the isolation of intact protoplasts and vacuoles obtained from leaves of A. thaliana and barley and the subsequent determination of cytokinin contents. Two genotypes of A. thaliana (wild type and wat1-1) and three genotypes of barley (wild type, AtCKX1, HvCKX1) were used for protoplasts and vacuoles isolations based on enzymatic removal of cell walls and separation of cell compartments at the Ficoll density gradient. Then, totally 25 unique cytokinin types were determined by UHPLC-MS/MS in the leaves and obtained protoplasts and vacuoles. Cytokinin quantities in extracellular space, cytosol and vacuoles were compared using tonoplast V-ATPase as a marker. The highest portion of cytokinins, almost 90 %, was located outside the cell in both plant species, with majority of O- and N-glycosides, while cytosol and vacuoles held approx. 5 % of total cytokinins each. In Arabidopsis matured leaves, the most abundant cytokinins were the inactive forms, especially tZ7G, tZ9G and iP7G. The wat1-1 mutant differed from the wild type by a significantly higher content of extracellular tZ and intracellular iP and iPR while the content of tZ and iP glucosides were unchanged. The levels of DHZ and cZ types were comparable for wild type and wat1-1, except the 5-fold and 3-fold increase of extracellular cZROG and cytosolic cZR in wat1-1. In barley young leaves, the total content of cytokinins was for AtCKX1 and HvCKX1 mutant lines comparable to each other and, in the same time, slightly lower than a wild type. The highest divergence was detected for the extracellular tZ9G with more than 50% decline in both transgenic lines. The AtCKX1 mutant showed about 4-fold decreased content of tZ in the extracellular space while intracellular tZ was virtually absent. Contrary to that, the 2-fold increase of extracellular iP and vacuolar iPR was detected in both mutants. Approx. 10% rise was also found for cZOG occurring in extracellular space of mutant lines. The developed experimental method can be applied to hormone analysis in general; the ability to separate some cellular compartments can help to understand to their localization, transport and perception in plants. Tato práce je zaměřena na stanovení obsahu cytokininů na buněčné úrovni u modelových rostlin Arabidopsis thaliana a Hordeum vulgare (ječmen). Rešerše v teoretické části se věnuje základní charakteristice cytokininů, jejich metabolismu a biologickým účinkům. Větší důraz je kladen na výskyt a metabolismus cytokininů uvnitř buňky. Praktická část obsahuje výsledky izolace protoplastů a vakuol z listů A. thaliana a ječmene, ve kterých byla následně stanovena hladina cytokininů. Pro izolaci protoplastů a vakuol, založené na enzymatickém odstranění buněčné stěny a následné separaci organel pomocí hustotního gradientu, byly použity 2 genotypy A. thaliana (wild type a mutantní forma wat1-1) a 3 genotypy ječmene (wild type, AtCKX1, HvCKX1). Ve vzorcích listů a získaných protoplastů a vakuol byla následně stanovena koncentrace 25 jednotlivých typů cytokininů pomocí UHPLC-MS/MS. Zjištěné množství cytokininů bylo porovnáno pomocí obsahu tonoplastové V-ATPasy a hodnoty byly následně vztaženy na extracelulární prostor, cytosol a vakuoly. Nejvyšší podíl cytokininů byl v případě Arabidopsis i ječmene mimo buňku, až 90 %, s majoritním zastoupením O- a N-glykosidů; přibližně 5 % cytokininů bylo poté obsaženo v cytosolu a ve vakuolách. V listech Arabidopsis byly nejpočetnější inaktivní formy cytokininů, převážně tZ7G, tZ9G and iP7G. Mutantní linie wat1-1 vykazovala oproti wild type formě výrazně vyšší obsah extracelulárního iP a iPR, obsah tZ glukosidů a iP glukosidů zůstal nezměněn. U obou linií A. thaliana byly porovnatelné hladiny derivátů DHZ a cZ, pouze v případě extracelulárního cZROG a cytosolárního cZR byl u wat1-1 detekován 5-násobný a 3-násobný nárůst. V případě ječmene byly pro stanovení hladiny cytokininů použity mladé listy. Celkový obsah cytokininů byl pro obě transgenní linie srovnatelný a v porovnání k wild type formě byl o trochu nižší. Nejvyšší rozdíl byl nalezen u extracelulárního tZ9G, kdy došlo u AtCKX1 i HvCKX1 k více než 50% poklesu. Linie AtCKX1 také vykázala 4x nižší obsah tZ mimo buňku a virtuálně žádný tZ uvnitř buňky. Oproti tomu obě transgenní linie obsahovaly dvakrát vyšší obsah extracelulárního iP a vakuolárního iPR. Přibližně 10% nárůst byl také detekován u cZOG mimo buňku. Metodu pro stanovení obsahu cytokininů popsanou v této práci je možné použít i pro analýzu dalších rostlinných hormonů možnost oddělit buněčné organely lze využít při studiu lokalizace, transportu a percepce fytohormonů v rostlinách. Keywords: Arabidopsis thaliana; cytokininy; ječmen; protoplasty; vakuola; V-ATPáza; wat1-1; Arabidopsis thaliana; barley; cytokinins; protoplasts; vacuoles; V-ATPase; wat1-1 Available in digital repository of UPOL. Subcelulární distribuce cytokininů v rostlinách

Tato práce je zaměřena na stanovení obsahu cytokininů na buněčné úrovni u modelových rostlin Arabidopsis thaliana a Hordeum vulgare (ječmen). Rešerše v teoretické části se věnuje základní ...

JISKROVÁ, Eva; FRÉBORT, Ivo
Univerzita Palackého v Olomouci, 2016

Interpersonální dimenze v novinové zprávě
MOLNÁR, Ondřej; TÁRNYIKOVÁ, Jarmila
2017 - English The present dissertation deals with the interpersonal dimension in the hard news story genre. However, There is no doubt the interpersonal metafunction pervades all human communication and can be studied from different perspectives. Thus, the following areas of interest delimit the scope of the present research project. They include: 1. The rhetoric of newsworthiness both in the verbal and visual modality. 2. The rhetorical organization and meaning-making of news images. 3. The rhetoric of headlines as well as the textual rhetoric of news texts as interactive devices. While Chapter one offers the methodological framework and concepts of the present study, Chapter two deals with the rhetoric of newsworthiness. The notion of newsworthiness is understood here as the ability of news values to make an event worthy of being news. As such it represents an interpersonally-oriented phenomenon, the aim of which is to draw the readers' attention. Chapter three presents a metafunctional approach to the analysis of news images in the hard news story genre. Its primary aim is to contribute to a better understanding of meaning-making processes of news storytelling (viewed simultaneously through representational, interactional and compositional meanings). In addition to that, all images in the data set are analysed for their compositional configurations following the Balance network, which takes into account the balance of each news image. Chapter four deals with the pragmatic category of deixis as one of the many above mentioned aspects of communication. The aim of the chapter is to show how temporality is encoded in news stories and how shifts of grammatical tense are pragmatically motivated by the need to negotiate a shared temporal context with the readers. Předložená disertační práce se věnuje interpersonální dimenzi v novinové zprávě z pohledu žánrové analýzy. Interpersonální metafunkce je součástí každé lidské komunikace a může být studována z mnoha hledisek. Záběr předložené disertační práce byl vymezen následujícími oblastmi zájmu, které byly rozpracovány v jednotlivých kapitolách práce: 4. rétorika zpravodajských hodnot (news values) jak v psaném textu, tak v obrazovém vyjádření (tedy ve fotografiích novinové zprávy); 5. rétorika a významy obrazového materiálu v novinové zprávě; 6. rétorika titulků a novinové zprávy z pohledu textové struktury a jejich potenciál interaktivnosti. První kapitola disertační práce představuje metodologický rámec výzkumu. Druhá kapitola se zabývá problematikou zpravodajských hodnot, které jsou autorem práce chápány jako hodnoty, které jednotlivé proběhnuvší události posouvají do oblasti zpravodajství. Z tohoto pohledu zpravodajské hodnoty jsou interpersonálně laděné, protože si kladou za cíl přitáhnout pozornost čtenáře ke konkrétní novinové zprávě. Třetí kapitola představuje metafunkční přístup k analýze obrazového materiálu (fotografií) v novinové zprávě, přičemž si klade za cíl přispět k hlubšímu pochopení procesů a významů ve fotografiích tohoto žánru (optikou reprezentačních [representational], interakčních [interactional] a kompozičních [compositional] významů). Vedle analýzy kompozice dle Kressa a van Leeuwena (2006), kterou autor práce hodnotí jako zastaralou a nefunkční, jsou navíc všechny fotografie analyzovány perspektivou tzv. systému rovnováhy (the Balance network; Caple [2013]), která analyzuje obrazový material i z pohledu obrazové rovnováhy (symetrie, asymetrie, etc.). Kapitola čtvrtá se zabývá časovou deixí a její úlohou v novinové zprávě. Klade si za cíl ukázat, jakým způsobem je časovost "kódována" v novinové zprávě a do jaké míry jsou posuny v kategorii času (přítomný prostý čas v nadpise zprávy [headline], předpřítomný čas v první větě zprávy [lead] a minulý prostý v těle zprávy [body copy]) pragmaticky motivovány snahou sdílet časový kontext se čtenáři. Keywords: zpravodajské hodnoty; mediální diskurs; žánr novinové zprávy; žánrová analýza; multimodalita; pragmatika; časová deixe.; news values; media discourse; hard news story genre; genre analysis; multimodality; pragmatics; temporal deixis. Available in digital repository of UPOL. Interpersonální dimenze v novinové zprávě

Předložená disertační práce se věnuje interpersonální dimenzi v novinové zprávě z pohledu žánrové analýzy. Interpersonální metafunkce je součástí každé lidské komunikace a může být studována ...

MOLNÁR, Ondřej; TÁRNYIKOVÁ, Jarmila
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Jazykový kontakt španělštiny a angličtiny v USA
JOHNSON, Eva; ČERNÝ, Jiří; ČERNÝ, Jiří
2011 - English Available in digital repository of UPOL. Jazykový kontakt španělštiny a angličtiny v USA

JOHNSON, Eva; ČERNÝ, Jiří; ČERNÝ, Jiří
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Expresní profilování vybraných imunitních molekul v periprotetické tkáni v okolí asepticky odloučených totálních endoprotéz
DÝŠKOVÁ, Tereza; KRIEGOVÁ, Eva; ČERMÁKOVÁ, Zuzana; BUCOVÁ, Mária
2015 - English Periprosthetic osteolysis (PPOL) and aseptic loosening (AL) are major long-term complications of total knee (TKA) and hip (THA) arthroplasty. Although the exact pathomechanism of PPOL/AL is still unknown, there is growing body of evidence that the wear particles, deliberating from the implant surface, stimulate the surrounding tissue cells to release pro-inflammatory cytokines and other regulatory factors, which in turn promote osteoclast differentiation and subsequent bone resorption. To date, there is still limited information on the molecules/pathways contributing to various stages of PPOL/AL, especially in TKA. Our study thus aimed to investigate the expression pattern of a comprehensive set of inflammatory and osteoclastogenic molecules in periprosthetic tissues from aseptically loosened TKA, THA, knee and hip osteoarthritis. The gene expression profiles were assessed using quantitative RT-PCR, the protein expression of candidate molecules was assessed using immunohistochemistry, ELISA, and novel Antibody-based Proximity Extension Assay. In order to get more insight into the individual predisposition to PPOL/AL, the cytokine expression pattern of pro-inflammatory cytokines produced by stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) was investigated using Luminex and ELISA in patients with various stages of osteolysis and in patient subgroups according to the presence of TNF-238*A, an allele associated with severe osteolysis. When comparing the expression pattern in TKA and THA, we revealed a difference in expression of CCL3, a chemoattractant crucial for the initial stages of TKA complications, and DC-STAMP, a critical regulator of cell-cell fusion and differentiation of osteoclasts into multinucleated giant cells. Comparing tissues from aseptically failed knee and hip arthroplasty, we discovered differences in number, size and number of nuclei in osteoclast-like giant cells, a population responsible for bone resorption. Further, our data nominated NF-kB as possible regulator of processes leading to the development of osteolysis, as shown by more pronounced role in earlier preosteolytic stages of aseptic osteolysis comparing to late osteolytic stages, thus suggesting this transcription factor as a potential therapeutic or prophylactic target for patients with TKA and THA. Our study also showed that late stages of PPOL/AL in TKA are characterized by higher expression of certain immune-related proteins, such as Amphiregulin, sTNF-R2, BAFF and Kallikrein-6, when comparing to early-osteolysis. In addition, the alteration in cytokine-expression pattern was observed in stimulated PBMCs obtained from THA patients with severe osteolysis comparing to mild osteolysis as well as in subgroups of patients according to the presence of a risk TNF-238*A allele. In conclusion, our study revealed different expression profiles in TKA and THA, with decreased levels of CCL3 and DC-STAMP expression in TKA. Moreover, our data nominated NF-kB as possible regulator of early preosteolytic stages of PPOL/AL, suggesting it as a potential therapeutic/prophylactic target for patients with TKA and THA. Further, our study revealed upregulation of certain immune-related proteins in late stages of PPOL/AL, which deserves further investigation. In addition, we reported altered cytokine-expression signature between severe/mild osteolysis and carriers/non-carriers of TNF-238*A, an allele associated with high risk of aseptic osteolysis. Periprotetická osteolýza (PPOL) a aseptické uvolnění (AU) patří mezi nejzávažnější pozdní komplikace totální endoprotézy (TEP) kolena a kyčle. Přestože patomechanismus PPOL/AU není stále popsán, ukazuje se, že klíčovou roli hrají otěrové částice, jež se uvolňují z povrchů kloubních náhrad a stimulují buňky okolních tkání k produkci pro-zánětlivých cytokinů a dalších regulačních molekul, které následně podporují diferenciaci osteoklastů a resorpci kosti. V současné době existují stále omezené informace o molekulách/dráhách, které přispívají k různým stádiím PPOL/AU, zvláště u TEP kolena. V naší studii jsme se tedy zaměřili na vyšetření expresního profilu souboru zánětlivých a osteoklastogenních molekul v periprotetických tkáních v okolí asepticky odloučených TEP kolena a kyčle, a osteoartritid kolena a kyčle. Genový expresní profil byl studován pomocí kvantitativní RT-PCR, k vyšetření proteinové exprese kandidátních molekul pak byla využita imunohistochemie, ELISA a nová technologie "Antibody-based Proximity Extension Assay". Abychom získali více znalostí o individuální predispozici k PPOL/AU, vyšetřili jsme expresní profil zánětlivých cytokinů produkovaných mononukleárními buňkami periferní krve po stimulaci zánětlivým lipopolysacharidem pomocí metody Luminex a ELISA u pacientů se závažnou a mírnou osteolýzou a u podskupin pacientů dle přítomnosti TNF-238*A, alely asociované se závažnou osteolýzou. Při porovnání expresních profilů u TEP kolena a kyčle jsme pozorovali rozdíl v expresi CCL3, chemoatraktantu klíčového při iniciálních stádiích komplikací TEP kolena, a DC-STAMP, důležitého regulátoru fúze buněk a diferenciace osteoklastů do obrovských mnohojaderných buněk, zodpovědných za resorpci kosti. Dále byl na základě našich dat nominován NF-kB jako možný regulátor procesů vedoucích k rozvoji osteolýzy; výraznější role tohoto transkripčního faktoru v časných stádiích aseptické osteolýzy v porovnání s pozdními stádii osteolýzy naznačuje potenciální využití NF-kB jako terapeutického a profylaktického cíle u pacientů s TEP kolena a kyčle. Naše studie také ukázala, že pozdní stádia PPOL/AU u TEP kolena jsou charakterizována vyšší proteinovou expresí některých imunitních molekul, jako jsou Amphiregulin, sTNF-R2, BAFF and Kallikrein-6, ve srovnání s časnou osteolýzou. Dále jsme pozorovali rozdílný cytokinový expresní profil u stimulovaných mononukleárních buněk periferní krve získaných u pacientů s TEP kyčle se závažnou osteolýzou při porovnání s mírnou osteolýzou, a také při porovnání podskupin pacientů dle přítomnosti rizikové TNF-238*A alely. Závěrem tedy můžeme říci, že naše studie ukázala rozdíly v expresních profilech u TEP kolena a kyčle, přičemž byly pozorovány snížené hladiny CCL3 a DC-STAMP u TEP kolena. Dále byl na základě našich dat nominován NF-kB jako možný regulátor časných stádií PPOL/AU, což naznačuje jeho potenciální využití jako terapeutického/profylaktického cíle u pacientů s TEP kolena a kyčle. Naše studie dále ukázala zvýšenou expresi některých imunitních molekul v pozdních stádiích PPOL/AU; tyto molekuly budou jistě předmětem dalšího studování. Navíc jsme pozorovali pozměněný cytokinový expresní profil u pacientů s TEP kyčle se závažnou/mírnou osteolýzou a při porovnání nosičů/nenosičů TNF-238*A alely, asociované se závažnou osteolýzou. Keywords: totální endoprotéza kolena/kyčle; osteolýza; aseptické uvolnění; expresní profilování; cytokiny; genetická predispozice; total knee/hip arthroplasty; osteolysis; aseptic loosening; expression profiling; cytokines; genetic predisposition Available in digital repository of UPOL. Expresní profilování vybraných imunitních molekul v periprotetické tkáni v okolí asepticky odloučených totálních endoprotéz

, jež se uvolňují z povrchů kloubních náhrad a stimulují buňky okolních tkání k produkci pro-zánětlivých cytokinů a dalších regulačních molekul, které následně podporují diferenciaci osteoklastů a ...

DÝŠKOVÁ, Tereza; KRIEGOVÁ, Eva; ČERMÁKOVÁ, Zuzana; BUCOVÁ, Mária
Univerzita Palackého v Olomouci, 2015

Metabolismus a funkce cytokininů v houbách z řádu Hypocreales a identifikace transportéru auxinu v Claviceps purpurea
VRABKA, Josef; FRÉBORTOVÁ, Jitka
2019 - English Presented thesis is focused on plant hormones cytokinins and auxins in filamentous fungi from order Hypocreales and consists of four parts. The first part of the work is introduces studied fungal organisms and summarizes current information about the metabolism, transport and signaling of cytokinins and auxins, concurrently describing their role in interaction with microorganisms. The aim of the second part is to study the role of cytokinins in Claviceps purpurea. Response in expression of selected genes involved in cytokinin metabolism in rye host plant (Secale cereale) was followed using quantitative real-time PCR (qPCR), and cytokinin levels were measured at various stages of infection in infected and control plants. Genes with putative function in cytokinin biosynthesis were detected in the C. purpurea genome. Their function was confirmed using heterologous expression in Escherichia coli and subsequent purification by affinity chromatography followed by biochemical characterization. The rate of enzymatic reaction and substrate preference was determined. For further verification, the genes were transformed into Arabidopsis thaliana under the control of constitutive promotor and the change in phenotype was observed. The third part is focused on the expression of de novo cytokinin biosynthesis genes in selected Fusarium species during infection of maize seedlings (Zea mays). At the same time, the change in cytokinin biosynthesis and degradation genes in infected plants was also followed. The last part is devoted to identification of putative auxin transporter in C. purpurea. Deletion mutants were prepared by homologous recombination and auxin levels were determined. Subcellular localization was observed with the GFP fusion protein by fluorescence microscopy. The predicted function was verified by transformation of A. thaliana and subsequent phenotyping of homozygous lines. Předkládaná disertační práce je zaměřena na rostlinné hormony cytokiny a auxiny u vláknitých hub z řádu Hypocreales a sestává ze čtyř částí. První část práce slouží k seznámení se zkoumanými houbovými organismy a shrnuje současné informace o metabolismu, transportu a signalizaci cytokininů a auxinů, zároveň je popsána jejich role v interakci s mikroorganismy. Cílem druhé části práce je studium role cytokininů u houby Claviceps purpurea. Byla sledována odezva v expresi vybraných genů zapojených do metabolismu cytokininů u hostitelského rostliny žita (Secale cereale) pomocí kvantitativní real-time PCR (qPCR), zároveň byly změřeny hladiny cytokininů v různých fázích infekce u napadených a kontrolních rostlin. V genomu C. purpurea byly odhaleny geny s předpokládaným zapojením do biosyntézy cytokininů. Jejich funkce byla potvrzena heterologní expresí v Escherichia coli, purifikací pomocí afinitní chromatografie a biochemickou charakterizací. Byla stanovena rychlost enzymatické reakce a substrátová preference. Pro další ověření byly geny transformovány do rostlin Arabidopsis thaliana s expresí řízenou konstitutivním promotorem a sledována změna fenotypu. Třetí část je zaměřena na sledování exprese genů de novo biosyntézy cytokininů u vybraných druhů rodu Fusarium během infekce semenáčků kukuřice (Zea mays). Zároveň byla hodnocena i změna exprese genů biosyntézy a degradace cytokininů u napadených rostlin. Poslední část je věnována identifikaci předpokládaného auxinového transportéru u C. purpurea. Homologní rekombinací byli připraveni deleční mutanti, u kterých byly stanoveny hladiny auxinů. Pro určení subcelulární lokalizace bylo využito pozorování fúzního proteinu s GFP pomocí fluorescenční mikroskopie. Pravděpodobná funkce byla ověřena transformací A. thaliana a následnou fenotypizací homozygotních linií. Keywords: Cytokininy; auxiny; Claviceps; Fusarium; metabolismus; transport; Cytokinins; auxins; Claviceps; Fusarium; metabolism; transport Available in the UPOL Library. Metabolismus a funkce cytokininů v houbách z řádu Hypocreales a identifikace transportéru auxinu v Claviceps purpurea

metabolismu, transportu a signalizaci cytokininů a auxinů, zároveň je popsána jejich role v interakci s mikroorganismy. Cílem druhé části práce je studium role cytokininů u houby Claviceps ...

VRABKA, Josef; FRÉBORTOVÁ, Jitka
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019

Subverzivní techniky a postavy v Shakespearových historických hrách
LIVINGSTONE, David Verwer Coltman; PEPRNÍK, Michal; PEPRNÍK, Michal
2011 - English Available in digital repository of UPOL. Subverzivní techniky a postavy v Shakespearových historických hrách

LIVINGSTONE, David Verwer Coltman; PEPRNÍK, Michal; PEPRNÍK, Michal
Univerzita Palackého v Olomouci, 2011

Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii
MOŤKA, Libor; ŘEHÁČEK, Jaroslav; ŘEHÁČEK, Jaroslav
2019 - English This Thesis is focused on a theoretical research in the field of tomographic techniques aiming to reconstruct difficult to measure light properties. Particular attention is paid to the Shack-Hartmann wavefront tomography and corresponding coherence measurement. Data-pattern technique is analyzed along with the standard detector tomography. The efficient algorithm for optimizing data-pattern tomography is proposed and tested on a relevant numerical simulation. We also present the reconstruction of a nonclassical light measured by a time multiplexed detection. The thesis also includes a completeness analysis of some reconstruction approaches. Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a příslušnému měření částečně koherentního signálu. V práci je rovněž analyzována metoda data-pattern společně se standardní tomografií detektoru. Dále je popsán algoritmus optimalizující metodu data-pattern, jehož efektivita byla testována na odpovídající numerické simulaci. Metoda data-pattern byla využita v rámci rekonstrukce neklasického stavu světla z dat zaznamenaných časově multiplexovaným měřením. Práce rovněž obsahuje analýzu úplnosti některých rekonstrukčních technik. Keywords: Kvantová tomografie; rekonstrukce kvantového stavu; Shack-Hartmannův senzor; detekce vlnoplochy; Fisherova informce; data-pattern metoda.; Quantum tomography; quantum state reconstruction; Shack-Hartmann sensor; wavefront measurement; Fisher information; data-pattern method. Available in digital repository of UPOL. Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii

Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a ...

MOŤKA, Libor; ŘEHÁČEK, Jaroslav; ŘEHÁČEK, Jaroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2019