Genome stability of human induced pluripotent stem cells
ŘEHÁKOVÁ, Daniela
2018 - English Lidské indukované pluripotentní kmenové buňky (hiPSCs) nabízejí využití v regenerativní medicíně i modelování onemocnění. Je ovšem podstatné, aby jejich genom zůstal nezměněn a jejich mechanismy opravy DNA byly funkční. V této práci se soustředím na detekci dvouřetězcových zlomů DNA (DSBs) pomocí fosforylovaného histonu H2AX a proteinu 53BP1, a to v několika liniích hiPSCs, jejich zdrojových buňkách, lidských embryonálních kmenových buňkách a buňkách diferencovaných z hiPSCs. sledovala jsem spontánně vytvořené DSB během procesů reprogramace, dlouhodobé kultivace a diferenciace. Pro porovnání reparační kapacity jsem vyvolala poškození pomocí gamma záření a sledovala snížení množství zlomů v čase. Množství ohnisek tvořených sledovanými proteiny bylo sledováno pomocí fluorescenční mikroskopie odděleně pro G1 a S/G2 fázi buněčného cyklu. Zdrojové buňky obsahovaly nízké množství DSBs nesouvisejících s replikací, jejich počet se zvýšil po reprogramaci do hiPSCs a snížil s dlouhodobou kultivací či diferenciácí. Indukce zlomů odhalila, že replikační mechanismy fungují dobře ve zdrojových buňkách a hiPSCs o nízké pasáži, ovšem částečně selhává u hiPSCs ve vysoké pasáži. Tato pozorování naznačují, že buněčné přeprogramování zvýší množství DSBs, ovšem reparační mechanismy fungují. Dlouhodobou kultivací se však schopnost opravovat DSBs snižuje. Human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) play roles in both disease modeling and regenerative medicine. It is critical that the genomic integrity of the cells remains intact and that the DNA repair systems are fully functional. I focused on the detection of DNA double-strand breaks (DSBs) by phosphorylated histone H2AX (known as H2AX) and p53-binding protein 1 (53BP1) in multiple lines of hiPSCs, their source cells, human embryonic stem cells (hESCs) and cells differentiated from hiPSCs. I measured spontaneously occurring DSBs throughout the process of reprogramming and during long-term in vitro culture and differentiation process. To assess the variations in the functionality of the DNA repair system among the samples, the number of DSBs induced by gamma irradiation and the decrease over time was analyzed. The foci number was detected by fluorescence microscopy separately for the G1 and S/G2 cell cycle phases. Source cells contained a low number of non-replication-related foci, while this number increased after reprogramming into hiPSCs and then decreased again after long-term in vitro passaging or differentiation. The artificial induction of DSBs revealed that the repair mechanisms function well in the source cells and hiPSCs at low passages but fail to recognize a substantial proportion of DSBs at high passages. Observations suggest that cellular reprogramming increases the DSB number but that the repair mechanism functions well. However, with long-term hipSCs culture reparation capacity decreases. Keywords: iPSCs; kmenové buňky; dvouřetězové zlomy; dlouhodobá kultivace; H2AX Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Genome stability of human induced pluripotent stem cells

Lidské indukované pluripotentní kmenové buňky (hiPSCs) nabízejí využití v regenerativní medicíně i modelování onemocnění. Je ovšem podstatné, aby jejich genom zůstal nezměněn a jejich mechanismy ...

ŘEHÁKOVÁ, Daniela
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Fragment analysis represents a suitable approach for the detection of hotspot c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation in chronic lymphocytic leukemia
VONKOVÁ, Barbara
2018 - English Chronic lymphocytic leukemia is the most common type of leukemia in adults in western countries. Despite the continual improvement of diagnostic methods and treatment, it still remains incurable. One of the main characteristic features of CLL is its clinical and biological variability. In present, the analysis of prognostic genetic markers is the most useful tool for understanding biology and clinical course of the disease and consequently the individual type of treatment. The presence of a NOTCH1 mutation is connected with shortened survival and resistance to conventional chemo-immunotherapy. In this thesis, we examined CLL patients with c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation and the most sensitive and specific method was identified. We compared nowadays most commonly used methods: allele-specific PCR, fragment analysis and Sanger sequencing. Chronic lymphocytic leukemia is the most common type of leukemia in adults in western countries. Despite the continual improvement of diagnostic methods and treatment, it still remains incurable. One of the main characteristic features of CLL is its clinical and biological variability. In present, the analysis of prognostic genetic markers is the most useful tool for understanding biology and clinical course of the disease and consequently the individual type of treatment. The presence of a NOTCH1 mutation is connected with shortened survival and resistance to conventional chemo-immunotherapy. In this thesis, we examined CLL patients with c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation and the most sensitive and specific method was identified. We compared nowadays most commonly used methods: allele-specific PCR, fragment analysis and Sanger sequencing. Keywords: CLL; NOTCH1 mutation; fragment analysis; sequencing; allele-specific PCR Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Fragment analysis represents a suitable approach for the detection of hotspot c.7541_7542delCT NOTCH1 mutation in chronic lymphocytic leukemia

Chronic lymphocytic leukemia is the most common type of leukemia in adults in western countries. Despite the continual improvement of diagnostic methods and treatment, it still remains incurable. One ...

VONKOVÁ, Barbara
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Procitnutí jiné lásky. Rezonance tématu sexuální jinakosti v české divadelní tvorbě.
DEMETER, Peter
2018 - Czech Předkládaná rigorózní práce se zabývá reprezentacemi sexuální jinakosti v české kultuře, zejména reprezentacemi ?jiné lásky? v tuzemském divadelním umění. Obsahem práce je analýza a komparace divadelních her, které rezonovaly v českém a československém společenském diskursu od konce 19. století do současnosti. Práce se zaměřuje na původní česká i zahraniční dramata, která byla inscenována na tuzemských divadelních scénách a v rámci výzkumu těchto her reflektuje též dobové ohlasy a další relevantní skutečnosti. Metodologicky se opírá o ?nový historismus?, performativní pojetí reprezentace a dějiny české a československé každodennosti. Výsledkem je zachycení proměn reprezentací sexuální jinakosti v české divadelní tvorbě v kontextu kulturním i historickém. The present rigorous thesis focuses on the representations of sexuality and otherness in Czech culture, mainly on representations of ?queer love? in Czech theatre. Its aims are to analyse and to compare theatre plays which have been resonating in Czech and Czechoslovak social discourse since the end of 19th century. The research focuses on Czech original plays as well as foreign plays, which have been staged in Czech theatres. The analysis and the comparation also include play reviews and other texts and facts. For that purposes, it is relevant to apply theories of ?new historicism?, the performative concept of representation and the Czech and Czechoslovak everyday history. The results of the research describe transformation of sexuality and otherness and their Czech theatre representations in cultural and historical fields. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Procitnutí jiné lásky. Rezonance tématu sexuální jinakosti v české divadelní tvorbě.

Předkládaná rigorózní práce se zabývá reprezentacemi sexuální jinakosti v české kultuře, zejména reprezentacemi ?jiné lásky? v tuzemském divadelním umění. Obsahem práce je analýza a komparace ...

DEMETER, Peter
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Závislosti jako negativní determinanta zdraví žáků na základních školách v Českobudějovicku
ŠUPLER, Josef
2018 - Czech Cílem rigorózní práce bylo zmapování zkušeností s návykovými látkami u žáků základních škol, zmapování vztahu k behaviorálním, nelátkovým závislostem a zjištění postojů žáky vnímající následky sociálně-patologických jevů závislostí na jejich zdraví. Cíle byly naplněny a prozkoumány zkušenosti, postoje a vztahy k závislostem. Empirická část je věnovaná statistickému zpracování a vyhodnocování údajů získaných z dotazníků. Bylo stanoveno deset hypotéz, které byly ve dvou případech potvrzeny a v osmi případech vyvráceny. Ke zpracování výsledků bylo provedeno kvantitativní výzkumné šetření, formou dotazníků. Dotazníky byly naprosto anonymní a dobrovolné. Následně byly zpracovávány maticovou metodou a výsledky převedeny do grafů a tabulek prostřednictvím Microsoft Office Excel 2007 technikou popisné statistiky. Testování hypotéz proběhlo v programu SPSS na hladině významnosti 95 % pomocí statistiky chí-kvadrát a v jednom případě korelace. Výzkumný soubor byl tvořen žáky osmých a devátých tříd základních škol. Tři základní školy byly přímo z krajské metropole České Budějovice a zbylé tři základní školy byly z větších obcí, popř. městysů. Poněvadž malé obce nemají většinou druhé stupně, byly právě osloveny základní školy ve větších obcích, městysech. Distribuce dotazníků probíhala osobním předáním. Celkem bylo rozdáno 250 dotazníků. Jedna základní škola přímo z Českých Budějovic se nakonec pro následný nezájem výzkumu nezúčastnila. Vyplněných dotazníků se nakonec vrátilo 173 kusů. Návratnost dotazníků byla 69, 2 %. Celkem bylo osloveno šest základních škol, ale jen pět se zúčastnilo výzkumu. The aims of the thesis were to present a survey of the experience with addictive substances in the pupils of basic schools, a survey of the relation to behavioral, non-material addictions, as well as a survey of pupils´ attitudes to the consequences of addictive social pathological phenomena on their health. The aims were fulfilled on the basis of investigating the experience, attitudes and relations of the persons in question to addictions. The empirical part was based on the statistical survey and assessment of the data obtained from the questionnaires. Ten hypotheses were determined out of which two were confirmed and eight disproved. To process the results, quantitative research in the form of questionnaires was used. The questionnaires were anonymous and optional. Subsequently they were processed by matrix method and the results were trasformed into graphs and tables by mens of Microsoft Office Excel 2007 descriptional statistics. The testing of the hypotheses was carried out in the SPSS program at the level of significance of 95 % , by means of chi-quadrate statistics, in one case of correlation. The sample involved pupils of the eighth and ninth grades of basic schools. Three schools were located directly in České Budějovice and the other three were situated in larger village communities or townships. As small communities usually have just primary schools, we addressed basic schools in townships. The questionnaires were handed out personally and there were 250 of them. One school in České Budějovice finally refused to take part in the survey due to the lack of interest among the pupils. 173 questionnaires were filled in and returned for further processing, the rate of return thus being 69,2 %. We addressed six basic schools but only five of them participated in the survey. Keywords: látkové závislosti; behaviorální závislosti; elektronická média; Material addictions; Behavioral addictions; Electronic media Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Závislosti jako negativní determinanta zdraví žáků na základních školách v Českobudějovicku

Cílem rigorózní práce bylo zmapování zkušeností s návykovými látkami u žáků základních škol, zmapování vztahu k behaviorálním, nelátkovým závislostem a zjištění postojů žáky vnímající následky ...

ŠUPLER, Josef
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Anti-tumour necrosis factor activity in saliva of various tick species and its appearance during the feeding period
REZKOVÁ, Markéta
2018 - English Tumour necrosis factor (TNF) is one of the most important pro-inflammatory cytokines of the innate immune system. We compared the presence of anti-TNF activity in saliva or salivary gland extract from 11 tick species from the family Ixodidae and demonstrated it in genera Ixodes and Haemaphysalis. We also tested dynamics of this specific activity in Ixodes ricinus saliva. The highest effect of saliva appears at the end of feeding period. Significance of anti-TNF activity for tick feeding and transmission of tick-borne pathogens is discussed. Tumour necrosis factor (TNF) is one of the most important pro-inflammatory cytokines of the innate immune system. We compared the presence of anti-TNF activity in saliva or salivary gland extract from 11 tick species from the family Ixodidae and demonstrated it in genera Ixodes and Haemaphysalis. We also tested dynamics of this specific activity in Ixodes ricinus saliva. The highest effect of saliva appears at the end of feeding period. Significance of anti-TNF activity for tick feeding and transmission of tick-borne pathogens is discussed. Keywords: ixodid ticks; cytokine; immunomodulation Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Anti-tumour necrosis factor activity in saliva of various tick species and its appearance during the feeding period

Tumour necrosis factor (TNF) is one of the most important pro-inflammatory cytokines of the innate immune system. We compared the presence of anti-TNF activity in saliva or salivary gland extract ...

REZKOVÁ, Markéta
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Klíčové faktory složení společenstva sinic dostřikové zóny na dvou chorvatských ostrovech
VONDRÁŠKOVÁ, Alžběta
2018 - English On two Croatian islands, Veruda and Ugljan, cyanobacterial communities and their composition were surveyed. The cyanobacterial composition in the splash zone was examined in horizontal and vertical directions. Statistical analysis shows the vertical gradient as the strongest one on the contrary the horizontal distribution does not reflect any pronounced differences between the islands. The species diversity and distribution is not dependent on the orientation of the locality toward the cardinal points. The study highlights the importance of high-density sampling in the vertical and also the horizontal direction for covering sufficiently the species richness of the site. Keywords: biofilm; Croatian coast; endolithic; epilithic; marine shore; zonation Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Klíčové faktory složení společenstva sinic dostřikové zóny na dvou chorvatských ostrovech

On two Croatian islands, Veruda and Ugljan, cyanobacterial communities and their composition were surveyed. The cyanobacterial composition in the splash zone was examined in horizontal and vertical ...

VONDRÁŠKOVÁ, Alžběta
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2018

Legionella Becoming a Mutualist: Adaptive Processes Shaping the Genome of Symbiont in the Louse Polyplax serrata
ŘÍHOVÁ, Jana
2017 - English Genomic modifications coupled with the first known transition of a Legionella bacterium to symbiosis with insects (louse Polyplax serrata). Apart from characteristics typical for other obligatory symbionts in insect (genome reduction), the main innovation of the genome consists in horizontal acquisition of complete biotin operon. Comparative genomic analysis with free living legionellae and other symbiotic bacteria demonstrates convergent evolution of several phylogenetically unrelated louse symbionts. Keywords: endosymbiont; Legionella polyplacis; Polyplax serrata; horizontal gene transfer; genome evolution; metabolism Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Legionella Becoming a Mutualist: Adaptive Processes Shaping the Genome of Symbiont in the Louse Polyplax serrata

Genomic modifications coupled with the first known transition of a Legionella bacterium to symbiosis with insects (louse Polyplax serrata). Apart from characteristics typical for other obligatory ...

ŘÍHOVÁ, Jana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017

New insights into the evolution of the W chromosome in Lepidoptera
HEJNÍČKOVÁ, Martina
2017 - English Obecně přijímaným tvrzením je, že chromosom W se u motýlů (Lepidoptera) vyvinul u společného předka skupin Tischeriidae a Ditrysia. Několik druhů z těchto skupin bylo prozkoumáno metodou komparativní genomové hybridizace, a byla u nich určena ne/přítomnost chromosomu W. Navíc byla otestována u pěti vybraných genů jejich vazba na chromosom Z pomoocí zPCR. Zachovalá syntenie genů společně s absencí chromosomu W u bazálních Ditrysia (Psychidae a Tineidae) naznačuje možný nezávislý vznik chromosomů W u těchto dvou linií. It is generally accepted that the W chromosome in moths and butterflies (Lepidoptera) has evolved in a common ancestor of Tischeriidae and Ditrysia. Several species of these clades were examined via comparative genomic hybridization to determine the presence of the W chromosome. In addition, in five selected genes their Z-linkage was tested by qPCR. The conserved synteny of the Z chromosome across Tischeriidae and Ditrysia, along with the W chromosome absence in the lower ditrysian families Psychidae and Tineidae, suggests a possible independent origin of the W chromosomes in these two lineages. Keywords: chromosom W; evoluce; komparativní genomová hybridizace; syntenie genů; chromosom Z; bazální Ditrysia; Lepidoptera; Tischeriidae Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. New insights into the evolution of the W chromosome in Lepidoptera

Obecně přijímaným tvrzením je, že chromosom W se u motýlů (Lepidoptera) vyvinul u společného předka skupin Tischeriidae a Ditrysia. Několik druhů z těchto skupin bylo prozkoumáno metodou komparativní ...

HEJNÍČKOVÁ, Martina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017

Predictive relevance of miR.34a, miR.224 and miR.342 in patients with advanced squamous cell carcinoma of the lung undergoing palliative chemotherapy
HOUFKOVÁ, Kateřina
2017 - English Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Predictive relevance of miR.34a, miR.224 and miR.342 in patients with advanced squamous cell carcinoma of the lung undergoing palliative chemotherapy

HOUFKOVÁ, Kateřina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017

How universal are reserve design rules? A test using butterflies and their life history traits
BARTOŇOVÁ, Alena
2017 - English Tato práce testuje platnost ustanovených "reserve design" pravidel - způsobů, jakými jsou plánovány přírodní rezervace. Použili jsme seznamy druhů denních motýlů pro 125 českých Národních přírodních rezervací a Národních přírodních památek. Analýza funkčních vlastností druhů pomocí multivariátní statistiky odhalila odezvu motýlích společenstev na různé geometrické charakteristiky rezervací a jejich heterogenitu. Práce ukazuje, že různé druhy motýlů vyžadují různé vlastnosti rezervací v závislosti na druhových funkčních vlastnostech. This thesis uses butterfly species lists for 125 Czech National Nature Reserves and Monuments to test the validity of generally agreed 'reserve design rules' using multivariate ordination analyses. We used analyses of butterfly life history traits to seek for biological mechanisms responsible for butterfly community responses to geometric and heterogeneity characteristics of the reserves. We found that different design characteristics are important for individual species, depending on their life histories. Keywords: motýli; ochrana přírody; rezervace; funkční vlastnosti; heterogenita krajiny Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. How universal are reserve design rules? A test using butterflies and their life history traits

Tato práce testuje platnost ustanovených "reserve design" pravidel - způsobů, jakými jsou plánovány přírodní rezervace. Použili jsme seznamy druhů denních motýlů pro 125 českých Národních přírodních ...

BARTOŇOVÁ, Alena
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2017