Dopad behaviorálních biasů na získávání informací a důvěru v průběhu pandemie COVID-19
Leloup, Pablo Nicolas Louis Marcel; Špecián, Petr; Zakreski, Ellen
2023 - anglický Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Dopad behaviorálních biasů na získávání informací a důvěru v průběhu pandemie COVID-19

Leloup, Pablo Nicolas Louis Marcel; Špecián, Petr; Zakreski, Ellen
Univerzita Karlova, 2023

Každodenní život a přídělové válečné hospodářství ve Slaném za Protektorátu Čechy a Morava (1939-1945): Správa a každodenní život místního obyvatelstva
Ryjáčková, Marie; Vondráček, Jan; Wohlmuth, Petr
2023 - anglický Klíčová slova: Lokální historie; Každodenní život; Přídělové hospodářství; Administrativa; Černý trh; Protektorát Čechy a Morava; Local history; Everyday Life; Rationed Economy; Administration; Black Market; Protectorate of Bohemia and Moravia Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Každodenní život a přídělové válečné hospodářství ve Slaném za Protektorátu Čechy a Morava (1939-1945): Správa a každodenní život místního obyvatelstva

Ryjáčková, Marie; Vondráček, Jan; Wohlmuth, Petr
Univerzita Karlova, 2023

Analýza genové exprese na subgenové úrovni
Kloda, František; Fišer, Karel; Novotný, Marian
2023 - anglický RNA sequencing allows investigation of expression of singular genes in cells. It is possible to interpret the arisen data on multiple levels, each level providing a different type of information. Apart from measuring expression of whole genes, it is possible to quantify expression of singular exons, or transcripts (gene isoforms), which allows more detailed study of regulatory mechanisms. The main difference between approaches is in determining the origin of short reads. This step is significantly more complex in analysis of expression of transcripts, as transcripts derived from the same gene have typically larger rate of sequential similarity. In this thesis, we describe eleven tools for subgene level expression analysis a as comparison we have tested three of these tools on real patient data. The results provided by all three tools proved to be very similar with the greatest difference being the time needed for the analysis. RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy. Klíčová slova: bioinformatika; RNA-seq; analýza exprese; transkriptom; sekvenování; bioinformatics; RNA-seq; expression analysis; transcriptome; sequencing Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Analýza genové exprese na subgenové úrovni

RNA sequencing allows investigation of expression of singular genes in cells. It is possible to interpret the arisen data on multiple levels, each level providing a different type of information. ...

Kloda, František; Fišer, Karel; Novotný, Marian
Univerzita Karlova, 2023

Vyhodnocení přesnosti potenciálů neuronových sítí pro simulace platinových nanoklastrů na hydroxylovaných křemičitých površích
Pokorná, Kristýna; Erlebach, Andreas; Vázquez Melis, Héctor
2023 - anglický Supported platinum nanoparticles are important heterogeneous catalysts in many industrial processes, but their activity is strongly affected by particle diffusion and sintering mechanisms which lead to deactivation of the catalyst. To stabilise Pt nanoparticles, it is necessary to understand the reactive interactions of Pt with its support material, e.g., hydroxylated silica and defect-containing zeolites. Realistic simulations of such catalysts at the relevant timescales can be achieved with Neural Network Potentials (NNP) which retain ab initio accuracy at about 103 times lower computational costs compared to density functional theory (DFT) calculations. However, NNPs have only limited transferability to systems not included in the training database. Therefore, in this work recently developed SchNet NNPs were thoroughly tested. These NNPs were trained on a diverse set of Pt and defect-containing zeolites and hydroxylated silica surfaces. Firstly, the DFT database was extended by an active learning approach to accurately model the surfaces of α-quartz, MWW as well as the 2D zeolite layer IPC-1P (hydrolysis product of UTL). The NNPs trained on the new DFT database were then tested using MD simulations of systems unseen during the training procedure. These systems include a silanol nest containing... Podepřené platinové nanočástice jsou důležité heterogenní katalyzátory pro velkou řadu průmyslových procesů, nicméně jejich aktivita je velmi ovlivněna difúzí částic a slinováním, které vedou k deaktivaci katalyzátoru. Pro stabilizaci platinových nanočástic je potřeba detailní znalost reakčních interakcí mezi platinou a jejím podpírajícím materiálem, jako je např. hydroxylované křemičité povrchy a defektní zeolity. Realistických simulací těchto katalyzátorů relevantních časových úseků může být dosaženo pomocí potenciálů neuronových sítí (NNP), které zachovávají přesnost ab initio metod za zhruba 103 krát menší výpočetní cenu v porovnání s výpočty za pomoci teorie funkcionálu hustoty (DFT). Ačkoliv mají NNP jen omezenou přenosnost na systémy, které nebyly zahrnuty v tréninkové databázi. Proto, v této práci jsou důkladně testovány nově vyvinuté SchNet NNP. Tyto potenciály byly trénovány na rozmanité sadě platiny a defektních zeolite a hydroxylovaných křemičitých površích. Nejprve byla DFT databáze rozšířena pomocí aktivního učení pro přesné modelování povrchů α-quartz, MWW a 2D zeolitové vrstvy IPC-1P (produkt hydrolýzy zeolite UTL). Potenciály vytrénované na nové DFT databázi byly poté testovány pomocí simulací molekulové dynamiky systémů, které byly dosud neviděné během trénovacího procesu. Tyto... Klíčová slova: Machine Learning; Molecular Dynamics; Metal nanocluster; Catalysis Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Vyhodnocení přesnosti potenciálů neuronových sítí pro simulace platinových nanoklastrů na hydroxylovaných křemičitých površích

Supported platinum nanoparticles are important heterogeneous catalysts in many industrial processes, but their activity is strongly affected by particle diffusion and sintering mechanisms which lead ...

Pokorná, Kristýna; Erlebach, Andreas; Vázquez Melis, Héctor
Univerzita Karlova, 2023

Vazebné a nevazebné interakční potenciály pro studium struktury proteinů pomocí zhrubených modelů
Pavlíková, Markéta; Nová, Lucie; Bačová, Petra
2023 - anglický Protein folding involves the transformation of an amino acid chain to a unique 3D structure. The conformation of a protein is determined by its amino acid sequence. Understanding the process of protein folding and dynamics is crucial since protein function is closely related to its structure and dynamics. These processes can be investigated by means of molecular simulations. Coarse- grained models, which are used in molecular simulations, provide a favorable trade-off between computational efficiency and accuracy. To employ such mod- els, a reasonable force field is necessary. The force field includes both bonding and non-bonding interaction potentials, which are derived either from atomistic simulations or from known, experimentally determined protein structures. We derived such potentials using dataset of more than 4,500 structures from PDB database. 1 Skládáníproteinůje proces transformace aminokyselinového řetězce do unikátní 3D struktury. Struktura proteinu je dána jeho aminokyselinovou sekvencí. Porozuměníprocesu skládáníproteinůa proteinové dynamiky je klíčové, protože funkce proteinu je úzce spjata s jeho strukturou a dynamikou. Tyto procesy lze zkoumat pomocí molekulárních simulací. Zhrubené modely, které se používají v molekulárních simulacích, nabízejí výhodný kompromis mezi výpočetní efektiv- itou a přesností. Pro použití těchto modelů je nezbytný dobře nastavený force field neboli silové pole. Silové pole zahrnuje jak vazebné, tak nevazebné inter- akčnípotenciály, které jsou odvozeny z atomistických simulacínebo ze známých, experimentálně určených proteinových struktur. V rámci této bakalářské práce byly takové potenciály získány z více než 4500 struktur z databáze PDB. 1 Klíčová slova: protein; zhrubený model; interakční potenciály; silové pole; molekulové simulace; protein; coarse-grained model; interaction potentials; force field; molecular simulations Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Vazebné a nevazebné interakční potenciály pro studium struktury proteinů pomocí zhrubených modelů

Protein folding involves the transformation of an amino acid chain to a unique 3D structure. The conformation of a protein is determined by its amino acid sequence. Understanding the process of ...

Pavlíková, Markéta; Nová, Lucie; Bačová, Petra
Univerzita Karlova, 2023

Ženy na manažerských pozicích a jejich mediace hegemonní pracovní kultury v Praze
Schönová, Karolína; Lorenz - Meyer, Dagmar; Pavlík, Petr
2023 - anglický Klíčová slova: women managers; work culture; workplace organization; gender inequalities; work-life balance; women managers; work culture; workplace organization; gender inequalities; work-life balance Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Ženy na manažerských pozicích a jejich mediace hegemonní pracovní kultury v Praze

Schönová, Karolína; Lorenz - Meyer, Dagmar; Pavlík, Petr
Univerzita Karlova, 2023

Vliv války na ukrajinské uprchlice
Stepanenko, Anastasiia; Lorenz - Meyer, Dagmar; Verbuč, David
2023 - anglický Klíčová slova: Vina přeživších; ženy uprchlice; důsledky války; duševní zdraví; válka na Ukrajině; Survivor guilt; women refugees; consequences of war; mental health; war in Ukraine Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Vliv války na ukrajinské uprchlice

Stepanenko, Anastasiia; Lorenz - Meyer, Dagmar; Verbuč, David
Univerzita Karlova, 2023

Materialistická fenomenologie: Trần Đức Thảova interpretace Edmunda Husserla
Juřica, David; De Santis, Daniele; Petříček, Miroslav
2023 - anglický Post-war France saw many attempts to reconcile the phenomenological project with Marxism. One of those endeavours is represented by Tran Duc Thao's work Phénoménologie et Matérialisme Dialectique. Thao was one of the first to gain access to Husserl's unpublished works in Leuven, and in his evaluation of Husserl's phenomenology found himself facing an unsurpassable contradiction between the theoretical principles of the Husserlian method and the results of his concrete analyses. Although admittedly not satisfied with his own solution to the problems of Husserlian phenomenology, Thao's account of the latter was influential among the thinkers of his time and laid the groundwork for future attempts at overcoming these problems. The present theses will try to follow Thao's reading of Husserl in the first part of Phénoménologie et Matérialisme Dialectique and the reasons that led him to assume a standpoint from which the only way to overcome the difficulties of phenomenology was the path of dialectical materialism. The thesis will further try to carve out Thao's own conception of phenomenology and what, despite the criticism he had for Husserl's work, led him to regard it as a starting point for all his further theoretical endeavours. Poválečná Francie zažila mnoho pokusů o propojení fenomenologické filosofie a marxismu. Představitelem jednoho z těchto pokusů je Tran Duc Thao se svou knihou Phénoménologie et Matérialisme Dialectique. Byl jedním z prvních, kdo mohl v Lovani studovat Husserlovo nevydané dílo, a při svých zkoumáních narazil na rozpory mezi teoretickými principy Husserlovy filosofie a konkrétními výsledky svých analýz. Ačkoli sám nebyl se svým řešením problémů Husserlovy fenomenologie spokojen, jeho pojetí se stalo vlivným mezi filosofy jeho doby a položilo základy k možnému překonání těchto problémů v budoucnu. Tato práce se pokusí sledovat Thaovu interpretaci Husserla v první části jeho knihy Phénoménologie et Matérialisme Dialectique a najít důvody, které ho vedly k názoru, že jediným východiskem z obtíží fenomenologie je dialektický materialismus. Práce se dále pokusí nastínit Thaovo vlastní pojetí fenomenologie, a co jej, i přes jeho kritické stanovisko, vedlo k zaujmutí fenomenologického hlediska jako výchozího bodu. Klíčová slova: fenomenologie|Tran Duc Thao|Edmund Husserl|marxismus|materialismus; phenomenology|Tran Duc Thao|Edmund Husserl|Marxism|materialism Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Materialistická fenomenologie: Trần Đức Thảova interpretace Edmunda Husserla

Post-war France saw many attempts to reconcile the phenomenological project with Marxism. One of those endeavours is represented by Tran Duc Thao's work Phénoménologie et Matérialisme Dialectique. ...

Juřica, David; De Santis, Daniele; Petříček, Miroslav
Univerzita Karlova, 2023

Tělesná situovanost a subjektivita v dílech Simone de Beauvoir a Luce Irigara
Čuříků, Saša; Švec, Ondřej; Čapek, Jakub
2023 - anglický 1 Abstract: This thesis is concerned with the topic of embodiment and subjectivity in the works of two key authors of the French feminist theory - Simone de Beauvoir and Luce Irigaray. Its goal is to both elucidate the positions of both of the philosophers, as well as attempt to find a common ground between their respective positions, that is the positions of existential feminism and psychoanalysis-influenced feminism. In doing so this work likewise deals with a number of varying interpretations of both of the authors and discussed their respective merits. 1 Abstrakt: Tato práce se zabývá problematikou tělesné situovanosti a subjektivity v dílech dvou klíčových autorek francouzské feministické teorie - Simone de Beauvoir a Luce Irigaray. Jejím cílem je jednak osvětlit pozice obou filozofek, ale také se pokusit o nalezení společných bodů těchto pozic, tedy pozic existenciálního feminismu a feminismu ovlivněného psychoanalýzou. V tomto projektu se nutně potýká s množstvím různých interpretací obou autorek, a tudíž diskutuje i různost těchto přístupů. Klíčová slova: Simone de Beauvoir|Luce Irigaray|feministická filozofie|tělesnost|subjektivita|psychoanalýza|fenomenologie; Simone de Beauvoir|Luce Irigaray|feminist theory|embodiment|subjecthood|psychoanalysis|phenomenology Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Tělesná situovanost a subjektivita v dílech Simone de Beauvoir a Luce Irigara

1 Abstract: This thesis is concerned with the topic of embodiment and subjectivity in the works of two key authors of the French feminist theory - Simone de Beauvoir and Luce Irigaray. Its goal is to ...

Čuříků, Saša; Švec, Ondřej; Čapek, Jakub
Univerzita Karlova, 2023

Sebevraždy v Indii na historickém maximu v kontextu pandemie Covid-19 a post-pandemického období
Gupta, Jayesh; Kasal, Alexandr; Nekola, Martin
2023 - anglický The entire globalized world became victims of the covid 19 pandemic, however, a number of other significant social problems like suicides got impacted by it and the lockdown. In India, the suicide rate and annual number of suicides were already at a rising trend prior to the pandemic and reached an all-time high during the covid 19 pandemic in 2020. Emile Durkheim in his book on suicide called Le suicide identifies 4 types of suicides, they were also occurring in India mainly due to the covid 19 lockdown and its impacts and caused a significant damage along with mismanagement of the pandemic and bad government policies. The large-scale internal migration of helpless migrant workers due to the lockdown and the government's failure in arranging a solution for them to travel back to home is evident to the bad government planning and the mismanagement of the covid 19 pandemic, resulting in a number of suicides by migrant workers, daily wage earners, alcoholics suffering from withdrawals. While many Indians stepped up to volunteer and help the people affected by lockdown and suicidal tendencies, the major donations went to the government which failed to reach the ones that needed it. The results of thesis suggests that the two most common suicides happening in indian society during covid pandemic were... Celý globalizovaný svět se stal obětí pandemie covid 19 a souvisejících opatření (lockdown), které ovlivnily i řadu významných sociálních problémů, jako jsou sebevraždy. V Indii měla míra sebevražednosti a roční počet sebevražd rostoucí tendenci již před pandemií a během pandemie covid 19 v roce 2020 dosáhla historického maxima. Emile Durkheim ve své knize Le suicide identifikuje 4 typy sebevražd, k nimž docházelo i v Indii především v důsledku lockdownů a které spolu se špatným řízením pandemie a špatnou vládní politikou způsobily značné škody. Rozsáhlá vnitřní migrace bezmocných migrujících pracovníků v důsledku lockdownu a neschopnost vlády zajistit pro ně řešení pro cestu zpět domů svědčí o špatném vládním plánování a špatném řízení pandemie covid 19, což mělo za následek řadu sebevražd migrujících pracovníků, dělníků závislých na denní mzdě nebo alkoholiků trpících abstinenčními příznaky. Zatímco mnoho Indů se zapojilo do dobrovolnické činnosti a pomáhalo lidem postiženým lockdownem a potýkajícími se se sebevražednými sklony, vláda nebyla schopná nasměrovat finanční pomoc těm nejpotřebnějším. Výsledky práce naznačují, že dvě nejčastější sebevraždy v indické společnosti během pandemie covid-19 byly anomické a fatalistické sebevraždy. Výsledky dále zdůrazňují význam vládních opatření v takových... Klíčová slova: Suicides; Students; Farmers; Housewives; Suicides; Students; Farmers; Housewives Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL Sebevraždy v Indii na historickém maximu v kontextu pandemie Covid-19 a post-pandemického období

The entire globalized world became victims of the covid 19 pandemic, however, a number of other significant social problems like suicides got impacted by it and the lockdown. In India, the suicide ...

Gupta, Jayesh; Kasal, Alexandr; Nekola, Martin
Univerzita Karlova, 2023