Kultivace bakterií z netopýřího guána
Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
2009 - český Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid). The bat guano represents an important source of organic matter in the oligotrophic caves. The high content of chitin from the remains of digested insect in bat diet causes the slow decomposition of the guano. The bat guano deposits can be auccumulated near the bat colonies during hundreds of years. The bat guano represents unique environment with specific conditions and appropriate composition of bacterial community. In this study, the bacterial communities of the guano from Domica and Ardovská Caves (NP Slovak Karst) were investigated using plate method with six different growing media. Total numbers of cultivable aerobic bacteria in guano were determined on the solid complex medium TSBA (Becton & Dickinson]. Total numbers of cultivable anaerobic bacteria were determined on the DifcoTM Anaerobic agar and blood agar (Schaedler agar with 5% sheep blood). Klíčová slova: caves; bat guano; bacteria Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Kultivace bakterií z netopýřího guána

Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano ...

Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Kováč, L.
Biologické centrum, 2009

Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
2009 - český Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria. CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biology tool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (.i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i. included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, Sphingobacteria). Klíčová slova: cave; bat guano; fluorescence microscopy Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová ...

Krištůfek, Václav; Kasalický, Vojtěch; Chroňáková, Alica; Elhottová, Dana; Němec, Jan
Biologické centrum, 2009

Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?
Straškrábová, Viera
2009 - český Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Dlouhodobý ekologický výzkum jezer a nádrží – k čemu je dobrý?

Straškrábová, Viera
Biologické centrum, 2009

Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování
Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
2009 - český Klíčová slova: water framework directive; fish communities; trophic status Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Monitorování rybích obsádek údolních nádrží v České republice – výsledky prvního roku sledování

Peterka, Jiří; Čech, Martin; Frouzová, Jaroslava; Draštík, Vladislav; Vašek, Mojmír; Prchalová, Marie; Matěna, Josef; Kubečka, Jan; Jůza, Tomáš; Kratochvíl, Michal
Biologické centrum, 2009

Cultivated and wild growing forage crops – reservoirs of viruses and phytoplasmas
Fránová, Jana; Petrzik, Karel; Jakešová, H.; Bečková, M.; Sarkisova, Tatiana
2009 - anglický Symptoms of mosaic, yellowing/reddening, phyllody, necrosis and dwarf have been observed in cultivated as well as wild growing forage crops. Red clover mottle virus (RCMV, Comovirus), clover yellow vein virus (Potyvirus), potato virus X, white clover mosaic virus (WClMV, Potexvirus), alfalfa latent and pea streak viruses (Carlavirus), new members of genus Cytorhabdovirus and Carlavirus were identified by sequencing. Bacilliform particles (ca 213 – 533 nm by 44 – 58 nm) of the genus Cytorhabdovirus, WClMV, alfalfa mosaic virus (Alfamovirus) and particles resembling members of the genus Badnavirus were observed on negatively stained preparations and ultrathin sections by electron microscopy and mechanically transmitted to host plants. WClMV, RCMV, bean yellow mosaic virus and new member of Potyviridae family were determined in wild growing plants. The occurrence of phytoplasmas belonging to different 16S ribosomal subgroups was confirmed (16SrI-B, 16SrI-C, 16SrX-A, 16SrXII-A). Klíčová slova: symptoms; electron microscopy; biological and molecular identification Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Cultivated and wild growing forage crops – reservoirs of viruses and phytoplasmas

Symptoms of mosaic, yellowing/reddening, phyllody, necrosis and dwarf have been observed in cultivated as well as wild growing forage crops. Red clover mottle virus (RCMV, Comovirus), clover yellow ...

Fránová, Jana; Petrzik, Karel; Jakešová, H.; Bečková, M.; Sarkisova, Tatiana
Biologické centrum, 2009

Koncentrace a formy fosforu v odtoku z malých zemědělských povodí v povodí nádrže Orlík
Richtr, J.; Hejzlar, Josef; Semančíková, E.
2009 - český Během jednoho ročního cyklu byly sledovány koncentrace hlavních forem P v odtocích z 21 malých zemědělských povodí s ornou půdou a trvalými travními porosty (TTP) v povodí nádrže Orlík. Průměrné koncentrace rozpuštěného reaktivního P (RRP) a rozpuštěného nereaktivního P (RNP) byly z hlediska eutrofizace vod nízké a mezi povodími s ornou půdou a TTP se nelišily (RRP 32 a 24 μg/l, RNP 8 a 9 μg/l). Koncentrace P v částicích (PP) se mezi typy povodí lišily průkazně (77 a 20 μg/l). PP v odtocích zjevně nepocházel z eroze půdy v okamžiku odběru, ale z resuspenze sedimentu ve vodotečích, popř. břehové eroze. Byly nalezeny statisticky významné lineární korelace mezi koncentracemi P v oxalátovém výluhu ze svrchních (0-15 cm) a spodních (50-70 cm) půdních vrstev a mezi fosforečnanovým saturačním indexem půdní vrstvy 50-70 cm a koncentrací RRP v odtoku z povodí, což indikuje existenci závislosti koncentrace P v podpovrchovém a podzemním odtoku z povodí na obsahu přístupného P v půdě. Concentrations of major P forms were monitored in the runoff from 21 small agricultural catchments with dominant arable land or grassland within the basin of Orlík Reservoir during one seasonal cycle. Mean concentrations of dissolved reactive P (DRP) and dissolved non-reactive P (DNP) were low and not differed at the arable land and grassland catchments (DRP 32 and 24 μg/l, DNP 8 and 9 μg/l, respectively). Particulate P (PP) concentrations varied significantly between these two types of catchments (77 and 20 μg/l, respectively). Apparently, PP did not originated from recent erosion of land surface but from sediment resuspension or bank erosion in streams. Significant relationships between P concentrations in oxalate extracts of upper (0–15 cm) and deep (50–70 cm) soil layers and between the phosphate saturation index in the 50–70 cm soil layer and the DRP concentration in runoff demonstrated existence of relationship between soil available P and P concentration in catchment runoff. Klíčová slova: P transport; eutrophication; agriculture Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Koncentrace a formy fosforu v odtoku z malých zemědělských povodí v povodí nádrže Orlík

Během jednoho ročního cyklu byly sledovány koncentrace hlavních forem P v odtocích z 21 malých zemědělských povodí s ornou půdou a trvalými travními porosty (TTP) v povodí nádrže Orlík. Průměrné ...

Richtr, J.; Hejzlar, Josef; Semančíková, E.
Biologické centrum, 2009

Sedimenty údolní nádrže Orlík
Borovec, Jakub; Hejzlar, Josef; Jan, Jiří; Mošnerová, P.
2009 - český Cílem příspěvku je shrnutí informací o vlastnostech a živinovém režimu sedimentů v podélném profilu nádrže v průběhu vegetační sezóny. Jsou ukázány rozdíly v jejich základním složení a ovlivňování vodního sloupce. Zejména je věnována pozornost rozdílu složení sedimentujících částic a sedimentu, teoretickému uvolňování živin ze sedimentů a jejich potenciálu zadržovat fosfor. Klíčová slova: fractionation; phosphorus; sediments Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Sedimenty údolní nádrže Orlík

Cílem příspěvku je shrnutí informací o vlastnostech a živinovém režimu sedimentů v podélném profilu nádrže v průběhu vegetační sezóny. Jsou ukázány rozdíly v jejich základním složení a ovlivňování ...

Borovec, Jakub; Hejzlar, Josef; Jan, Jiří; Mošnerová, P.
Biologické centrum, 2009

Přísun a transformace znečištění v podélném profilu vltavského ramene nádrže Orlík
Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
2009 - český Ve vltavském rameni Orlíka je v přítoku řeky do nádrže opakovaně nalézána nejvyšší koncentrace nejen živin (zejména fosforu), ale také největší množství bakterií, řas a sinic. Tyto parametry se podél vltavského ramene směrem k hrázi snižují, což indikuje významnou samočisticí schopnost nádrže. Problémem však je, že (1) přísun fosforu a biomasy je tak vysoký, že bez jejich významného snížení opatřeními v povodí řek Vltavy a Lužnice nelze docílit zlepšení kvality vody v hlavním tělese nádrže, a navíc (2) odstraněný fosfor končí v sedimentech odkud se v budoucnu může uvolňovat. In the Vltava inflow to the Orlík reservoir there are recurrently detected not only highest phosphorus concentrations, but also largest amount of bacteria, algae and cyanobacteria. These parameters showed a downstream decreasing trend indicating efficient self-purification processes. However, the key reservoir problem is the fact that (1) the current phosphorus and biomass loads in the inflow river are so high that without their effective reduction in the Vltava and Lužnice watersheds no real improvement in water quality in the main reservoir body can be expected and, moreover, (2) phosphorus accumulating in sediments could release. Klíčová slova: phosphorus; reservoir remediation; microbial activity Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Přísun a transformace znečištění v podélném profilu vltavského ramene nádrže Orlík

Ve vltavském rameni Orlíka je v přítoku řeky do nádrže opakovaně nalézána nejvyšší koncentrace nejen živin (zejména fosforu), ale také největší množství bakterií, řas a sinic. Tyto parametry se ...

Nedoma, Jiří; Šimek, Karel; Hejzlar, Josef
Biologické centrum, 2009

Ochrana brouků vázaných na staré stromy
Vodka, Štěpán; Čížek, Lukáš
2009 - český Klíčová slova: old trees Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Ochrana brouků vázaných na staré stromy

Vodka, Štěpán; Čížek, Lukáš
Biologické centrum, 2009

Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal
Němcová, Anna; Pižl, Václav; Elhottová, Dana
2009 - český Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní mikrobiální biomasy. Počet kultivovatelných bakterií přítomných ve střevě žížaly průkazně nevzrůstá ve srovnání s okolním půdním prostředím, ale dochází ke změnám v druhové bohatosti. Obvykle se během pasáže částečně mění také zastoupení mikrobiálních skupin. Pasáž trávicím traktem a exkrece do půdy může dlouhodobě ovlivnit i funkci významných mikrobiálních skupin. Cílem příspěvku je shrnout přehled kvantitativních a kvalitativních charakteristik doprovodné mikroflóry těchto významných zástupců půdní makrofauny. Selective effect of earthworm gut conditions is participating in the reduction or stimulation of individual microbial groups. In general, the passage through the earthworm digestive tract leads to an increase of total active microbial biomass. The numbers of cultivable bacteria present in earthworm gut are not shifted significantly in comparison with surrounding environment but their species richness changes. Usually some bacterial groups are partially changed during the passage. The long-lasting effect of the passage and animal excretion into the soil can involve the function of important microbial groups. The aim of this study was to summarize current knowledge about both quantitative and qualitative characteristics of the microflora connected with these significant representatives of soil macrofauna. Klíčová slova: cultivable bacteria; earthworm digestive tract Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal

Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní ...

Němcová, Anna; Pižl, Václav; Elhottová, Dana
Biologické centrum, 2009