Kovalentní geometrie nukleových kyselin
Schramlová, Barbora; Černý, Jiří; Dohnálek, Jan
2024 - English IV Abstract Nucleic acids (NA) are substances that play a fundamental role in all living organisms. They store genetic information and control the process of protein synthesis. These macromolecules are composed of chains of nucleotides. According to the type of sugar in the nucleotides, nucleic acids are divided into DNA (Deoxyribonucleic acid) and RNA (Ribonucleic acid). Nucleotide sequences also determine the spatial conformations of nucleic acids. At the level of dinucleotides, conformations are described by classes of dinucleotide conformers - NtC. To study nucleic acids, it is crucial to determine their spatial arrangement. The most common method of three-dimensional observations is X-ray crystallography, which uses the interaction of X-rays with the electron cloud of atoms in the crystal. The result is crystallographic data, which further goes through the process of refinement and validation. One of the essential requirements for reliable refinement and validation are stereochemical standards. These are vocabularies that characterize specific bond lengths, bond angles, torsion angles, planes, and chirality. These parameters were last updated in 2020, but their quality still needs to be improved. This work focuses on the detailed characterization and description of the covalent geometry of nucleic... V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších... Keywords: kovalentní geometrie NA; strukturní databáze; stereochemické standardy; rafinace; validace; covalent geometry of NA; structure database; stereochemical restraints; refinement; validation Available in a digital repository NRGL Kovalentní geometrie nukleových kyselin

IV Abstract Nucleic acids (NA) are substances that play a fundamental role in all living organisms. They store genetic information and control the process of protein synthesis. These macromolecules ...

Schramlová, Barbora; Černý, Jiří; Dohnálek, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Mezinárodní přesuny osobních údajů mimo Evropskou unii
Pechová, Tereza; Svobodová, Magdaléna; Exner, Jan
2024 - English Cross-border data flows from the EU: Data protection and the right to privacy Abstract This thesis discusses the legal concepts of privacy and personal data protection, the EU legal framework, specifically the relevant primary law and secondary EU law such as the Data Protection Directive and the General Data Protection Regulation. The thesis further examines the concept of international transfers of personal data outside the European Union and the legal basis for such transfers, as regulated by the GDPR, its different methods and their comparison in relation to their scope and specific use. The author considered the definition of the adequacy decision, the process of granting such a decision and its criteria to be essential. Subsequently, the thesis dealt with the presentation of appropriate safeguards as alternative methods of international transfers of personal data under EU law. The focus of the thesis is to introduce the third country regime using the example of the United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland as a former EU Member State. In this respect, the thesis examines the development of UK data protection law in terms of international data transfers after Brexit. The thesis has looked into the negotiations between the UK and the EU on their trade and cooperation agreement. Particular... Mezinárodní předávání osobních údajů mimo Evropskou unii Abstrakt Tato práce rozebírá právní koncepty ochrany soukromí a osobních údajů, právní rámec EU, konkrétně relevantní primární právo a sekundární právo EU, jako jsou směrnice o ochraně údajů a obecné nařízení o ochraně údajů. Práce se dále zabývá konceptem mezinárodního předávání osobních údajů mimo Evropskou Unii a právním základem tohoto předávání, upraveným v obecném nařízení o ochraně údajů, jeho jednotlivými metodami a jejich srovnáním ve vztahu k jejich oblasti působnosti a konkrétnímu využívání. Za zásadní považovala autorka vymezení rozhodnutí o odpovídající ochraně, proces udělení takového rozhodnutí a jeho kritéria. Následně se práce zabývala představením vhodných záruk, jako alternativních metod mezinárodního předávání osobních údajů dle práva EU. Těžištěm práce je představit režim třetí země na příkladu Spojené království Velké Británie a Severního Irska, jakožto bývalého členského státu EU. Práce se v tomto směru zabývá vývojem britského práva na ochranu osobních údajů z hlediska mezinárodního předávání údajů po brexitu. Práce se věnovala jednáním mezi Spojeným královstvím a EU na téma jejich dohody o obchodu a spolupráci. Zvláštní pozornost byla věnována vymezení podmínek zachování adekvátní ochrany osobních údajů, poté co se Spojené... Keywords: Ochrana údajů; právo EU; mezinárodní předávání údajů; ochrana osobních údajů ve Spojeném království; Brexit; odpovídající úroveň ochrany údajů; rozhodnutí o odpovídající ochraně; Data protection; EU law; international data transfers; Brexit; personal data protection in the UK; Brexit; data protection adequacy; adequacy decision Available in a digital repository NRGL Mezinárodní přesuny osobních údajů mimo Evropskou unii

Cross-border data flows from the EU: Data protection and the right to privacy Abstract This thesis discusses the legal concepts of privacy and personal data protection, the EU legal framework, ...

Pechová, Tereza; Svobodová, Magdaléna; Exner, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Vliv posttranslačních modifikací na aktivaci a modulaci iontového kanálu TRPC5
Mitro, Michal; Zímová, Lucie; Dolejší, Eva
2024 - English Transient Receptor Potential Canonical 5 (TRPC5), a calcium-permeable ion channel, acts as a versatile receptor in sensory neurons, kidneys, and the brain, impacting inflammatory responses and various types of pain. While post-translational modifications influence TRPC5 gating and membrane trafficking, only a few have been described so far. The identification of phosphorylation sites was based on available high-throughput bioinformatics and mass spectrometry data. Subsequently, functional characterization of these sites was conducted by introducing phospho-mimicking aspartate or phospho-null alanine mutations using site-directed mutagenesis. Utilizing patch-clamp in whole-cell configuration, membrane currents evoked by voltage or agonist stimuli were examined. The results revealed that individual substitutions at the N-terminal S193 and S195 with aspartates significantly slowed the gating kinetics. Additionally, a gain-of-function phenotype was observed with S193A. Molecular dynamics simulations provided insight into how phosphorylation at S193 induces changes in interactions among neighboring subunits. Moreover, biotinylation experiments indicated that the alterations in the activity of the S193 mutations are not due to increased targeting of the channels to the plasma membrane. Taken together,... Transientní receptorový potenciálový kanonický kanál 5 (TRPC5), propustný pro vápenaté ionty, se uplatňuje jako receptor v senzorických neuronech, ledvinách a mozku, kde ovlivňuje zánětlivé procesy a různé typy bolesti. Přestože se předpokládá, že posttranslační modifikace významně ovlivňují vrátkování TRPC5 a jeho transport na membránu, bylo těchto procesů dosud popsáno poměrně málo. Za využití dostupných bioinformatických databází a dat z hmotnostní spektrometrie byla identifikována v rámci předložené práce fosforylační místa. Následně byla provedena funkční charakterizace těchto míst zavedením aspartátových (napodobujících fosfát) nebo alaninových (neumožňujících vazbu fosfátu) mutací pomocí cílené mutageneze. Technikou terčíkového zámku v uspořádání snímání aktivity z celé buňky byly zkoumány membránové proudy vyvolané napětím nebo působením agonisty. Výsledky ukázaly, že individuální záměny S193 a S195 z N-koncové domény za aspartáty významně zpomalují kinetiku vrátkování. Kromě toho byl u S193A pozorován fenotyp zesílení funkce kanálu. Molekulárně dynamické simulace naznačily, že fosforylace S193 způsobuje změny v interakcích mezi sousedními podjednotkami. Biotinylace navíc potvrdila, že změny aktivity mutací S193 nejsou způsobeny zvýšeným transportem proteinu na plazmatickou membránu.... Keywords: tranzientní receptorový potenciálový kanál; TRP kanál; post-translační modifikace; vrátkování; fosforylace; transient receptor potential channel; TRP channel; post-translation modification; gating; phosphorylation Available in a digital repository NRGL Vliv posttranslačních modifikací na aktivaci a modulaci iontového kanálu TRPC5

Transient Receptor Potential Canonical 5 (TRPC5), a calcium-permeable ion channel, acts as a versatile receptor in sensory neurons, kidneys, and the brain, impacting inflammatory responses and various ...

Mitro, Michal; Zímová, Lucie; Dolejší, Eva
Univerzita Karlova, 2024

Plánování rodiny v rozvojové politice Spojených států: Posílení postavení žen, nebo instrumentalizace ženských těl?
Pelikánová, Kristýna; Plechanovová, Běla; Kotvalová, Anna
2024 - English Looking at the critical literature regarding family planning in the development policy many authors argue that population control is not a thing of the past but is present in the contemporary discourse and policies regarding population. The thesis identifies the main concerns associated with population growth and examines to what extent they determine the policy and aid allocation toward family planning programs of the United States over the period of 2010-2020. Using the panel data concerning developing countries through the OLS and fixed effect methods of estimation, the thesis examines to what extent is the aid allocation in the selected case determined by the recipient's income, bilateral trade with the donor country, recipient's political stability, maternal mortality, and stress on the water resources, used as a proxy for environmental degradation. The thesis finds certain evidence of the influence of environmental degradation and trade with the donor country on the allocation of support for family planning, but not the influence of maternal mortality, the reduction of which is proclaimed as one of the main goals of family planning programs. The conclusions of the thesis indicate the prevalence of strategic considerations in the allocation of foreign aid by the United States and the... Při pohledu na kritickou literaturu týkající se programů rodinného plánování v rozvojové politice mnozí autoři tvrdí, že kontrola populace není věcí minulosti, ale zůstává přítomna v současném diskurzu a politice týkající se populace. Práce identifikuje hlavní obavy, spojené s populačním růstem, a zkoumá politiku a způsob alokace finančních prostředků na programy rodinného plánování Spojenými státy v období 2010-2020. Na panelových datech týkajících se rozvojových zemí prostřednictvím OLS a metody odhadu fixního efektu práce zkoumá, do jaké míry je alokace pomoci ve vybraném případě určena finanční situací přijímající země, bilaterálním obchodem s donorskou zemí, politickou stabilitou příjemce, mateřskou úmrtností a tlakem na vodní zdroje, který byl zvolen jako ukazatel zhoršování životního prostředí. Práce nachází důkaz pro vliv zhoršování životního prostředí a obchodu s dárcem na přidělování podpory na plánování rodičovství, nikoliv však vliv mateřské úmrtnosti, jejíž snížení je proklamováno jako jeden z hlavních cílů programů rodinného plánování. Závěry práce indikují převahu strategických úvah při přidělování zahraniční pomoci Spojenými státy a skrze programy rodinného plánování instrumentalizaci těl žen z globálního jihu pro strategické cíle. Keywords: Rodinné plánování; regulace populace; rozvojová politika; zahraniční pomoc; posílení postavení žen; reprodukční práva; Family planning; population control; development policy; foreign aid; women's empowerment; reproductive rights Available in a digital repository NRGL Plánování rodiny v rozvojové politice Spojených států: Posílení postavení žen, nebo instrumentalizace ženských těl?

Looking at the critical literature regarding family planning in the development policy many authors argue that population control is not a thing of the past but is present in the contemporary ...

Pelikánová, Kristýna; Plechanovová, Běla; Kotvalová, Anna
Univerzita Karlova, 2024

Identifikace nových tkáňově specifických interakčních partnerů chromatin remodelační ATPázy Smarca5
Arishaka, Yuliia; Kokavec, Juraj; Děd, Lukáš
2024 - English The regulation of chromatin structure is fundamental to a wide range of cellular processes, including transcriptional regulation, cell division, differentiation and DNA damage repair, and ATP-dependent chromatin remodeling complexes have been established as essential components of this regulatory network. Smarca5, as an ATPase/Helicase enzyme, has been shown to regulate chromatin structure by interacting with bromodomain and DDT-WHIM domain-containing partners to control the binding of chromatin-associated proteins and transcription factors to their specific DNA target sequences. In this work we identify a previously undescribed protein with a conserved N-terminal bromodomain and ISWI protein binding DDT-WHIM domain through co-immunoprecipitation and mass spectrometry in mammalian cell lines and establish it as a novel interaction partner of chromatin remodeling ATPase Smarca5. Furthermore, we have pinpointed the region required for Smarca5 interaction that corresponds to DDT-WHIM domain. We have furthermore attempted to identify additional interaction partners which may hint on the potential function of this novel chromatin complex and validated its expression in embryonic and postnatal tissues. This discovery represents a unique opportunity for further investigation into its potential function in... Regulace struktury chromatinu je zásadní pro širokou škálu buněčných procesů, včetně regulace transkripce, buněčného dělení, diferenciace a opravy poškození DNA, a ATP-závislé remodelační komplexy chromatinu byly identifikovány jako základní složky této regulační sítě. Bylo ukázáno, že Smarca5, jako enzym ATPáza/Helikáza, reguluje strukturu chromatinu v interakci s partnery obsahujícími bromo- a DDT-WHIM domény, což umožňuje kontrolovat vazbu proteinů a transkripčních faktorů na specifické DNA sekvence spojené s chromatinem. V této práci byl identifikován dosud nepopsaný protein s konzervovanou N-terminální bromodoménou a ISWI protein vázající DDT-WHIM doménou pomocí ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie v buněčných liniích savčího typu. Tento protein byl potvrzen jako nový interakční partner ATPázy pro remodelaci chromatinu, Smarca5. Navíc, byla lokalizována oblast nezbytná pro interakci se Smarca5, která odpovídá oblasti DDT-WHIM domény. Navíc jsme se pokusili identifikovat další interakční partnery, kteří by mohli naznačovat potenciální funkci tohoto nového chromatin remodelačního komplexu, a ověřili jsme jeho expresi v embryonálních a postnatálních tkáních. Tento objev představuje jedinečnou příležitost pro další zkoumání jeho potenciální role v interakci s ATPázou Smarca5 a rozšíření... Keywords: remodelace chromatinu; Smarca5; bromodoména; BRD10; KIAA2026; western blot; ko-imunoprecipitace; hmotnostní spektroskopie; chromatin remodelling; Smarca5; bromodomain; BRD10; KIAA2026; western blot; co-immunoprecipitation; mass spectrometry Available in a digital repository NRGL Identifikace nových tkáňově specifických interakčních partnerů chromatin remodelační ATPázy Smarca5

The regulation of chromatin structure is fundamental to a wide range of cellular processes, including transcriptional regulation, cell division, differentiation and DNA damage repair, and ...

Arishaka, Yuliia; Kokavec, Juraj; Děd, Lukáš
Univerzita Karlova, 2024

Beze slov: Zachycení duality politické korektnosti (PK)
Djokićova, Eliška; Parízek, Michal; Földes, Kristián
2024 - English This thesis examines the concept of political correctness (PC). This social phenomenon has recently become a political tool used widely by right-wing politicians to describe the divide between the ruling "elites" and the "ordinary people." More generally, PC acts as an indicator of a broader cultural turn toward "post-material values" in the West. However, despite its prevalence, there is a lack of consensus on its definition and underlying purposes. This thesis wishes to contribute to the PC debate by 1) outlining the historical development of PC, 2) reviewing and synthesizing existing literature, 3) proposing a conceptualization of PC, and 4) developing a measurement tool for PC at the individual level. It is argued that PC has a dual nature: it is comprised of a normative (adherence to social norms and values) and a behavioral dimension (prescription of designated behaviors meant to be their expression). Moreover, it is hypothesized that a gap exists between these dimensions that can be influenced by reputational concerns (social desirability), perceived threats to freedom (psychological reactance), and political orientation. In this context, three pilot studies were conducted to validate the new measurement tools and examine the associations between PC's two dimensions and social desirability,... Tato práce zkoumá koncept politické korektnosti (PK). Tento sociální fenomén se v poslední době stal převážně pravicovým politickým nástrojem popisujícím rozdělení mezi vládnoucími "elitami" a "obyčejnými lidmi." Obecněji řečeno, PK slouží jako ukazatel širšího kulturního obratu směrem k "postmaterialistickým hodnotám" na Západě. Navzdory rozšířenosti tohoto konceptu však stále neexistuje shoda ohledně jeho definice a základních účelů. Tato práce má za cíl přispět k diskuzím o PK 1) nastíněním jejího historického vývoje, 2) přehledem a syntézou stávající literatury, 3) navržením konceptualizace PK a 4) vyvinutím nástroje pro měření PK na individuální úrovni. V práci uvádím, že PK má duální povahu: skládá se z normativní dimenze (dodržování společenských norem a hodnot) a behaviorální dimenze (předpisy určitých chování, jež mají být jejich projevem). Nadále uvádím, že mezi těmito dimenzemi existuje odchylka, která může být ovlivněna obavami o reputaci (sociální desirabilita), vnímaným ohrožením svobody (reaktance) a politickou orientací. V tomto kontextu byly provedeny tři pilotní studie, jejichž záměrem byla validace nových měřících nástrojů PK a zkoumání souvislosti mezi dvěma dimenzemi PK a sociální desirabilitou, reaktancí a politickou orientací. Kombinací konstruktivistického pohledu s poznatky... Keywords: Politická Korektnost (PK); Sociální konstrukce znalostí; Identity; Postmaterialistické Hodnoty; Political Correctness (PC); Social Construction of Knowledge; Identities; Post-material Values Available in a digital repository NRGL Beze slov: Zachycení duality politické korektnosti (PK)

This thesis examines the concept of political correctness (PC). This social phenomenon has recently become a political tool used widely by right-wing politicians to describe the divide between the ...

Djokićova, Eliška; Parízek, Michal; Földes, Kristián
Univerzita Karlova, 2024

Politické strany v současných rámcích procesu tvorby veřejných politik: Unitární kolektivní aktér, nebo dynamická organizace?
Roskam, Kim; Novotný, Vilém; Jusić, Mirna
2024 - English Keywords: Public Policy Frameworks; Political Parties; Three Party Faces; Parliamentary Democracy;Advocacy Coalition Framework; Institutional Analysis and Development Framework,Multiple Streams Framework; Narrative Policy Framework; Policy Feedback Theory,Punctuated Equilibrium Theory Available in a digital repository NRGL Politické strany v současných rámcích procesu tvorby veřejných politik: Unitární kolektivní aktér, nebo dynamická organizace?

Roskam, Kim; Novotný, Vilém; Jusić, Mirna
Univerzita Karlova, 2024

Krize legitimity a její dopady na výkonnost mezinárodních organizací
Michalak, Yohann; Parízek, Michal; Dostál, Jan
2024 - English Keywords: Legitimita; globální řízení; mezinárodní organizace; výstup politik; krize legitimity; Legitimacy; Global Governance; International Organizations; Policy Output; Legitimacy Crises Available in a digital repository NRGL Krize legitimity a její dopady na výkonnost mezinárodních organizací

Michalak, Yohann; Parízek, Michal; Dostál, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Zájmové skupiny věnující se uprchlíkům a rámování tohoto tématu v České republice ve světle války na Ukrajině
Condran, Jacob; Parízek, Michal; Kazharski, Aliaksei
2024 - English Available in a digital repository NRGL Zájmové skupiny věnující se uprchlíkům a rámování tohoto tématu v České republice ve světle války na Ukrajině

Condran, Jacob; Parízek, Michal; Kazharski, Aliaksei
Univerzita Karlova, 2024

Nevládní organizace a vnímání role Japonska v režimu jaderného odzbrojení
Naumov, Danila; Smetana, Michal; Martinková, Viera
2024 - English This Master's thesis analyses the perceptions international disarmament NGOs have on Japan's role in the nuclear disarmament regime. The research aims to examine the positions of the leading nuclear disarmament NGOs on various points in their relationship to Japan, but also to the Treaty on Prohibition of Nuclear Weapons, which serves as the framework of interaction for between NGOs and Japan. For the purpose of drafting conclusions based on comparison and analysis of it, several variables are operationalised - such as strategies NGOs employ in their advocacy efforts, their expectations of Japan's ratification of the TPNW or the factors they believe prevent Japan from ratifying the treaty - and elaborated upon through scholarly literature on the topic of international norms and NGOs in general. Interviews and official documents, such as annual reports or proclamations of the NGOs, are used as the main source of data for analysis. In the conclusion, the author outlines the findings and how they contradict original expectations or confirm them. He drafts a few possible scenarios for the further development of NGOs strategies within the TPNW, based on the study of Japan's case. Tato diplomová práce analyzuje vnímání NGOs v oblasti odzbrojení roli Japonska v rámci globálního jaderného odzbrojení. Cílem výzkumu je prozkoumat postoje předních NGOs v oblasti jaderného odzbrojení v různých bodech jejich vztahu k Japonsku, ale také ke Smlouvě o zákazu jaderných zbraní, která slouží jako rámec interakce mezi nevládními organizacemi a Japonskem. Pro účely vypracování závěrů založených na jejím srovnání a analýze je operacionalizováno několik proměnných - například strategie, které NGO ve svém úsilí o obhajobu, jejich očekávání od potenciální ratifikace TPNW Japonskem nebo faktory, o kterých se domnívají, že brání Japonsku smlouvu ratifikovat - které jsou zpracovány prostřednictvím odborné literatury na téma mezinárodních norem a NGOs obecně. Hlavním zdrojem dat pro analýzu jsou rozhovory a oficiální dokumenty, jako jsou výroční zprávy nebo NGO. V závěru autor nastiňuje zjištění a jak jsou v rozporu s původními očekáváními nebo je potvrzují. Na základě studie japonského případu navrhuje několik možných scénářů dalšího rozvoje strategií nevládních organizací v rámci TPNW. Keywords: Smlouva o zákazu jaderných zbraní; jaderné zbraně; Mezinárodní nevládní organizace; Japan; stigmatizace; jaderné odzbrojování; Treaty on the Prohibition of Nuclear Weapons; nuclear weapons; International non-governmental organisations; Japan; stigmatisation; nuclear disarmament Available in a digital repository NRGL Nevládní organizace a vnímání role Japonska v režimu jaderného odzbrojení

This Master's thesis analyses the perceptions international disarmament NGOs have on Japan's role in the nuclear disarmament regime. The research aims to examine the positions of the leading nuclear ...

Naumov, Danila; Smetana, Michal; Martinková, Viera
Univerzita Karlova, 2024