Number of found documents: 356
Published from to

Comparison of molecular diagnostic approaches for the detection and differentiation of the intestinal protist Blastocystis sp. in humans
ŠLOUFOVÁ, Martina
2022 - English
Blastocystis sp. je v současné době nejrozšířenějším střevním prvokem na světě. Přesná diagnostika a určení jednotlivých subtypů je zásadní pro pochopení epidemiologie Blastocystis sp. jeho a role v lidském zdraví. V této práci byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a qPCR v souboru 288 vzorků DNA získaných ze vzorků lidské stolice. Dále byla posuzována diverzita subtypů na základě dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Blastocystis is the most commonly found intestinal protist in the world. Accurate detection and differentiation of Blastocystis including its subtypes (arguably species) is essential for understanding its epidemiology and role in human health. We compared the sensitivity of conventional PCR (cPCR) and qPCR in a set of 288 DNA samples obtained from stool samples of gut-healthy individuals and subtype diversity as detected by next-generation sequencing (NGS) versus Sanger sequencing. Keywords: Blastocystis; konvenční PCR; qPCR; senzitivita; kvantifikace; NGS Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Comparison of molecular diagnostic approaches for the detection and differentiation of the intestinal protist Blastocystis sp. in humans

Blastocystis sp. je v současné době nejrozšířenějším střevním prvokem na světě. Přesná diagnostika a určení jednotlivých subtypů je zásadní pro pochopení epidemiologie Blastocystis sp. jeho a role v ...

ŠLOUFOVÁ, Martina
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Evolutionary Analysis of Cystatins of Early-Emerging Metazoans Reveals a Novel Subtype in Parasitic Cnidarians
KYSLÍK, Jiří
2022 - English
The evolutionary aspects of cystatins are greatly underexplored in early-emerging metazoans. Thus, we surveyed the gene organization, protein architecture, and phylogeny of cystatin homologues mined from 110 genomes and the transcriptomes of 58 basal metazoan species, encompassing free-living and parasite taxa of Porifera, Placozoa, Cnidaria (including Myxozoa), and Ctenophora. We found that the cystatin gene repertoire significantly differs among phyla, with stefins present in most of the investigated lineages but with type 2 cystatins missing in several basal metazoan groups. Similar to liver and intestinal flukes, myxozoan parasites possess atypical stefins with chimeric structure that combine motifs of classical stefins and type 2 cystatins. Other early metazoan taxa regardless of lifestyle have only the classical representation of cystatins and lack multi-domain ones. Our comprehensive phylogenetic analyses revealed that stefins and type 2 cystatins clustered into taxonomically defined clades with multiple independent paralogous groups, which probably arose due to gene duplications. The stefin clade split between the subclades of classical stefins and the atypical stefins of myxozoans and flukes. Atypical stefins represent key evolutionary innovations of the two parasite groups for which their origin might have been linked with ancestral gene chimerization, obligate parasitism, life cycle complexity, genome reduction, and host immunity. Keywords: cystatins; Myxozoa; stefins; evolution; Metazoa Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Evolutionary Analysis of Cystatins of Early-Emerging Metazoans Reveals a Novel Subtype in Parasitic Cnidarians

The evolutionary aspects of cystatins are greatly underexplored in early-emerging metazoans. Thus, we surveyed the gene organization, protein architecture, and phylogeny of cystatin homologues mined ...

KYSLÍK, Jiří
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Telomeric DNA sequences in beetle taxa vary with species richness
PRUŠÁKOVÁ, Daniela
2022 - English
(TTAGG)n je běžnou telomerickou sekvencí u hmyzu, ale není univerzální, což platí zejména u brouků. Tato studie ukazuje, že tato sekvence byla opakovaně ztracena a nahrazena buďto dvěma známými alternativními telomerickými sekvencemi, (TCAGG)n a (TTAGGG)n, nebo zcela jinými neznámými alternativami. Sekvence (TTGGG)n nalezená v jednom taxonu brouků byla navržena jako nová kandidátní sekvence. Telomerické motivy u mnoha dalších druhů brouků však zůstávají neobjevené. Celkově naše rozsáhlé mapování telomerických motivů ukázalo, že diverzita pozitivně koreluje s druhovou bohatostí taxonů bez ohledu na stáří taxonů. (TTAGG)n sequence is an ancestral common telomere motif in insects, yet not ubiquitous, especially in beetle lineage. This study indicates that this sequence has been repeatedly lost and replaced by two known alternative telomeric motifs, the (TCAGG)n and (TTAGGG)n, or other unknown alternatives. (TTGGG)n found in one taxa has been proposed as a novel candidate sequence. However, telomeric motifs in many other beetle species remain still undiscovered. Taken together, our extensive mapping of telomeric motifs showed that the diversity is positively related to the species richness of taxa, regardless of the age of the taxa. Keywords: coleoptera; beetles; telomeres; diversity Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Telomeric DNA sequences in beetle taxa vary with species richness

(TTAGG)n je běžnou telomerickou sekvencí u hmyzu, ale není univerzální, což platí zejména u brouků. Tato studie ukazuje, že tato sekvence byla opakovaně ztracena a nahrazena buďto dvěma známými ...

PRUŠÁKOVÁ, Daniela
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Ravens respond to unfamiliar corvid alarm calls
DAVÍDKOVÁ, Marika
2022 - Czech
Tato práce zahrnuje výzkum v oblasti chování krkavce velkého (Corvus corax). Testovali jsme reakce krkavce na heterospecifické varovné hlasy různých ptačích druhů, které se vůči krkavcům liší taxonomickou příbuzností a známostí. Byly prezentovány varovné hlasy dvou sojek jako zástupců krkavcovitých a dvou racků jako zástupců z jiné čeledi. Krkavcům byly pouštěny nahrávky jednoho známého (evropského) racka a jednoho pro ně neznámého (amerického) racka a stejně tak jedné známé (evropské) sojky a jedné pro krkavce neznámé (americké) sojky. Výsledky naznačují, že známost hlasů není tak důležitá jako náležitost do stejné čeledi (Corvidae). The following work encompasses a research in the behaviour of the common raven (Corvus corax). I tested the responses of the common raven to heterospecific alarm calls of various bird species that differ in familiarity and taxonomical relatedness to ravens. Two other corvid species (jays) and two non-corvids (gulls) were presented. The ravens were given stimuli from one jay and one gull - one of which was always familiar to the tested ravens (European) and one unfamiliar (American). The results suggest that familiarity is not as important as the membership to the Corvidae family. Keywords: krkavcovití; heterospecifický varovný hlas; konspecifický varovný hlas; krkavec; sojka; racek; corvid; heterospecific alarm call; conspecific alarm call; raven; jay; gull Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Ravens respond to unfamiliar corvid alarm calls

Tato práce zahrnuje výzkum v oblasti chování krkavce velkého (Corvus corax). Testovali jsme reakce krkavce na heterospecifické varovné hlasy různých ptačích druhů, které se vůči krkavcům liší ...

DAVÍDKOVÁ, Marika
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Genetic analysis of dicyemid infrapopulations suggests sexual reproduction and host colonization by multiple individuals is common
FLEGROVÁ, Tereza
2022 - Czech
This study explores the infrapopulation structure of Dicyema moschatum in its host Eledone moschata with the use of microsatellite markers. In order to assess the infrapopulation diversity, set of eight microsatellite markers was selected and respective oligonucleotides were designed for this population genetics study. Fragmentation method was used to analyze various microsatellite markers and the results were analyzed in bioinformatic programs that focus on standard population genetic metrics. Obtained results proved to provide new information about D. moschatum mating system and infection strategy. Keywords: mikrosatelity; populační diverzita; dicyemida; eledone moschata; dicyema; populační genetika; microsatellites; population diversity; dicyemida; eledone moschata; dicyema; population genetics Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Genetic analysis of dicyemid infrapopulations suggests sexual reproduction and host colonization by multiple individuals is common

This study explores the infrapopulation structure of Dicyema moschatum in its host Eledone moschata with the use of microsatellite markers. In order to assess the infrapopulation diversity, set of ...

FLEGROVÁ, Tereza
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Znormalizované muzeum. Ideologie v dokumentaci a prezentaci muzea v Písku
DUDA, Zdeněk
2022 - Czech
Práce vychází z institucionálního přístupu ke studiu muzeálního fenoménu v minulosti. Soustředí se na vykreslení jednoho konkrétního místa ve světě českých muzeí v době státního socialismu a jeho podoby za Pražského jara a v prvních letech normalizace. Tímto místem je někdejší Oblastní/Okresní a dnes Prácheňské muzeum v Písku, které právě tehdy napsalo jednu z nejzajímavějších kapitol své historie. Cílem práce je vymezit a popsat obsahy dokumentační a prezentační činnosti píseckého muzea v předmětném období. Zohledňována je přitom dobová normativní a metodická literatura i vztah této činnosti k dobové politice a ideologii. Práce se opírá o rozbor zejména dobových výročních zpráv muzea, různých příležitostných tisků a publikací, novinových zpráv, muzejní dokumentace a evidence, ale také příslušné dobové odborné a metodické literatury. Záměrem je přiblížit nejen osudy jednoho konkrétního muzea, ale prostřednictvím případové studie se vyslovit k roli a místu českých muzeí ve společnosti, která sebe samu označovala za socialistickou. Předmětem zájmu v této práci je především oblast těch aktivit muzea, které souvisely s plněním vymezené úlohy a funkce. Stranou až na pár výjimek zůstaly otázky řízení a kontroly muzea ze strany nadřízených orgánů, recepce muzea a jeho aktivit širší veřejností, stejně jako vztah muzea a jeho produkce a činnosti k naplňování muzeálního fenoménu. The thesis is based on an institutional approach to the study of museum phenomena in the past. It focuses on depicting one specific place in the landscape of Czech museums during the period of state socialism and its appearance during the Prague Spring and in the first years of normalization. This place is the former Regional / District and today Prácheň Museum in Písek, which just then wrote one of the most interesting chapters in its history. The aim of the work is to define and describe the contents of documentation and presentation activities of the Písek Museum. The contemporary normative and methodological literature as well as the relation of this activity to contemporary politics and ideology are taken into account. The work is based on the analysis of the period's annual reports of the museum, various occasional prints and publications, newspaper reports, museum documentation and records, but also the relevant period and professional literature. The intention is not only to approach the fate of one particular museum, but also to comment on the role and place of Czech museums in a society that called itself socialist through a case study. The subject of interest in this work is mainly the area of those activities of the museum, which were related to the fulfillment of the defined task and function. With a few exceptions, the issues of management and control of the museum by superior bodies, the reception of the museum and its activities by the general public, as well as the relationship of the museum and its production and activities to the fulfillment of the museum phenomenon remained aside. Keywords: československá muzea; normalizace; ideologie; politika dějin; dokumentace; prezentace; Písek; czechoslovak museums; normalization; ideology; politics of memory; documentation; presentation; Písek Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Znormalizované muzeum. Ideologie v dokumentaci a prezentaci muzea v Písku

Práce vychází z institucionálního přístupu ke studiu muzeálního fenoménu v minulosti. Soustředí se na vykreslení jednoho konkrétního místa ve světě českých muzeí v době státního socialismu a jeho ...

DUDA, Zdeněk
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Disentangling the nonlinear effects of habitat complexity on functional responses
SOUKUP, Pavel
2022 - Czech
Habitat structural complexity modifies trophic interactions by providing refuges and altering predator and prey behavior. The quality and intensity of predator prey interactions can be described by functional responses, that is by the relationship between the number of preys consumed by a predator and initial prey density. We combine two complementary methods of functional response estimation to examine the effects of habitat complexity on the predation of Aeshna cyanea dragonfly larva on Chaoborus obscuripes glassworm larvae. We show that habitat complexity has nonlinear effects on functional response parameters (attack rate and handling time), despite the prevalence of stepwise responses reported in literature. Our results suggest that detailed understanding of habitat complexity effects on food webs requires complementary experimental approaches across a gradient of habitat complexity and should also consider predator and prey behavior. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Disentangling the nonlinear effects of habitat complexity on functional responses

Habitat structural complexity modifies trophic interactions by providing refuges and altering predator and prey behavior. The quality and intensity of predator prey interactions can be described by ...

SOUKUP, Pavel
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Střevní mykobiom asociovaný s diagnózou zánětlivého střevního onemocnění založený na tkáňových biopsiích
CIMICKÁ, Jana
2022 - Czech
Tato práce odhaluje výsledky NGS analýzy mykobiomu z FFPE vzorků pacientů s Crohnovo chorobou, ulcerózní kolitidou a zdravých kontrol. Rozděluje fungální rody do tří experimentálních skupin, určuje jejich příslušnost ke zdraví a nemoci, navrhuje interakce mezi fungálními rody a ukazuje specifické fungální rody související s určitou diagnózou. This thesis reveals results of NGS mycobiome analysis from formalin-fixed, paraffin-embedded samples of Crohn's disease, ulcerative colitis patients and healthy controls, divides fungal genera into three experimental groups, determines their affiliation to health and disease, suggests fungal genera interactions, and shows specific fungal genera related to the diagnosis. Keywords: mykobiom; FFPE vzorky; ulcerózní kolitida; Crohnova choroba; NGS.; mycobiome; FFPE samples; ulcerative colitis; Crohn's disease; NGS. Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Střevní mykobiom asociovaný s diagnózou zánětlivého střevního onemocnění založený na tkáňových biopsiích

Tato práce odhaluje výsledky NGS analýzy mykobiomu z FFPE vzorků pacientů s Crohnovo chorobou, ulcerózní kolitidou a zdravých kontrol. Rozděluje fungální rody do tří experimentálních skupin, určuje ...

CIMICKÁ, Jana
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2022

Studium prevalence a subtypové diverzity střevního prvoka rodu Blastocystis sp. ve zdravé lidské populaci v České republice
BROŽOVÁ, Kristýna
2021 - English
Blastocystis sp. je běžný střevní prvok kolonizující lidské střevo. Jeho role v ekosystému lidského střeva zůstává nejasná. Zde jsme se zaměřili na rozšíření znalostí o epidemiologii Blastocystis sp. ve střevě zdravých lidí v České republice, včetně distribuce jeho podtypů, korelace mezi jeho výskytem a několika faktory, jako je životní styl, kontakt se zvířaty, věk a pohlaví. Celkem bylo získáno 288 vzorků stolice od asymptomatických dobrovolníků a 136 vzorků od zvířat, se kterými byli lidé v častém kontaktu. Všechny vzorky byly vyšetřeny paralelně pomocí PCR a xenické in vitro kultury. Blastocystis sp. is a common intestinal protist colonizing the human intestine. Its role in the human gut ecosystem remains unclear. Here, we aimed to expand the knowledge of the epidemiology of Blastocystis sp. in the gut-healthy humans in the Czech Republic, including the distribution of its subtypes, the correlation between its occurrence and several factors such as lifestyle, contact with animals, age, and sex. A total of 288 stool samples were obtained from asymptomatic individuals over the entire age-range and 136 samples from animals with which the volunteers were in frequent contact. All samples were examined in parallel by PCR and xenic in vitro culture. Keywords: Blastocystis; Česká republika; demografie; genetická rozmanitost; prevalence; průzkum Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Studium prevalence a subtypové diverzity střevního prvoka rodu Blastocystis sp. ve zdravé lidské populaci v České republice

Blastocystis sp. je běžný střevní prvok kolonizující lidské střevo. Jeho role v ekosystému lidského střeva zůstává nejasná. Zde jsme se zaměřili na rozšíření znalostí o epidemiologii Blastocystis sp. ...

BROŽOVÁ, Kristýna
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Green and blue infrastructure: means of reducing surface temperatures in the urban environment
SEDLÁČEK, Jan
2021 - English
Climate change may accelerate the Urban Heat Island (UHI) effect with many consequences for the well-being of human populations in cities. Green and blue infrastructures (GBI) are presented as a way to mitigate the UHI effect. In our study, the influence of GBI (primarily less studied types) on surface temperature (ST) was tested using a thermal camera. Various types of GBI (e. g. tree shade and lawn) and their combination were compared. Climate change may accelerate the Urban Heat Island (UHI) effect with many consequences for the well-being of human populations in cities. Green and blue infrastructures (GBI) are presented as a way to mitigate the UHI effect. In our study, the influence of GBI (primarily less studied types) on surface temperature (ST) was tested using a thermal camera. Various types of GBI (e. g. tree shade and lawn) and their combination were compared. Keywords: surface temperature; urban climate; microclimate; urban heat island; UHI; green infrastructure; blue infrastructure; greenery; vegetation; green roof; green wall fountain; well-being; tree shade; climate change; thermal amplitudes Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Green and blue infrastructure: means of reducing surface temperatures in the urban environment

Climate change may accelerate the Urban Heat Island (UHI) effect with many consequences for the well-being of human populations in cities. Green and blue infrastructures (GBI) are presented as a way ...

SEDLÁČEK, Jan
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases