Yes (6367)
No (1584)
Number of found documents:
7951
Published from
to
Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
2024 - English
(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data provided by X-ray crystallography, NMR, or cryo-EM, they excel in providing insights into analyte dynamics, structure, and interactions with other components, such as ligands. This doctoral thesis presents a contribution to the field of structural biology employing and extending covalent labelling approaches, namely Fast Photochemical oxidation of Proteins (FPOP) and oxidation by singlet oxygen (1 O2). These approaches were followed to study the structure, dynamics, and interaction of proteins, nucleic acids, and protein-DNA complexes in solution. Initially, FPOP was used to investigate the interaction interface of FOXO4 and DAF16-DNA response element and to show the possibilities of analyzing such a complex using both 'bottom- up' and 'top-down' approaches. Furthermore, an isotope depletion strategy combined with multiCASI-ECD proved effective in delivering structural information with the highest possible resolution for mapping protein-DNA interfaces. This research showcases how information derived from structural proteomic methods can guide the construction of in-silico models for protein-DNA complexes with... (In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž...
Keywords:
Vodík-deuteriová výměna; rychlá foto-chemická oxidace bílkovin; hmotnostní spektrometrie; strutura bílkovin; komplexy bílkovin; Hydrogen-deuterium exchange; fast photo-chemical oxidation of proteins; mass spectrometry; protein structure; prottein complexes
Available in a digital repository NRGL
Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data ...
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
2024 - English
(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention and became drug targets. However, the design of specific PPI and their modulation is challenging. Cytokine-receptor interactions are especially important in the regulation of the immune system. Interleukin-10 (IL-10) over-production results in excessive immunosuppressive effects, tumor growth and infection. The interaction between interferon gamma receptor 2 (IFN- γR2) and interferon gamma (IFN-γ) leads to activation of downstream signaling pathways but the mechanism of such interaction is elusive. Interleukin-24 (IL-24) is another cytokine that signals through receptors sharing the interleukin-20 receptor two (IL-20R2) subunit and has important roles in autoimmunity and cancer. The aims of this Ph.D. thesis are to study PPI from several aspects emphasizing their specificity. The first goal is to develop a novel protein scaffold and subsequently evolve it into a high-affinity binder specific for human IL-10. The second goal is to understand the structural basis for receptor specificity of human IFN-γ. The third goal is to modulate the binding affinity between human IL- 24 and its receptor IL-20R2 by... (CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních...
Keywords:
proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure
Available in a digital repository NRGL
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention ...
Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.
RIBEIRO DE MORAES, Karlos
2024 - English
This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting freshwater ecosystems due to human population growth and industrial expansion, it is crucial to study environmental changes, their impacts, and ways to mitigate damage. As many biotic and abiotic factors can influence the health and diversity of the community, for our study, we focused on habitat definition and complexity, and the effect of fishery management. Paper (I) focuses on the transition between littoral (shallow areas) and pelagic (open water) habitats and their impact on fish communities. The littoral zone, typically the most intricate segment of a water body, serves as the primary habitat for a significant portion of the fish community and species diversity. However, its spatial extent is very limited. Littoral delimitation is important for obtaining a true picture of the fish community composition and for its sustainable management decisions. Paper (II) investigated the impact of protected areas on fish populations in the Lipno reservoir in the Czech Republic, specifically focusing on the abundance, biomass, standard length, and diversity indices. Protected areas have legislation that reduces or stops certain anthropological impacts to help recover the ecosystem. These areas are normally linked to spawning areas, feeding grounds, or rare species and are vital for the restoration and proliferation of specific environments. In our case, we revealed more and larger predatory fish in protected and low anthropological impact areas. Paper (III) tests the introduction of artificial habitats, which are man-made structures or environments created to provide additional habitats and support for various organisms. Despite efforts to restore habitats to their natural states, there are instances where complete restoration is challenging. In particular, water bodies are subjected to significant anthropogenic alterations, such as reservoirs. In such instances, the introduction of artificial habitats has emerged as a solution to rapidly enhance the complexity of these environments. In Lipno reservoir, artificial floating islands attracted young-of-the-year of common species.
Keywords:
Fish management; Anthropogenic impact; Spatial distribution; Habitat use; Habitat restoration; Stock enhancement; Protected areas; Artificial Habitat
Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.
This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting ...
The role of ecological gradients and host-parasitoid interaction in tropical insect communities
FINNIE, Sam Cameron
2024 - English
The thesis explores the various biotic and abiotic factors that drive change in insect communities with particular emphasis on host-parasitoid interactions. These factors range from ecological gradients to defensive traits and host specialisation. The aim of the first chapter was to determine how the assemblage of an ecologically and anthropocentrically significant group of insects changed in response to altitude. This study highlighted the elevational limit of fruit flies and discovered that a new and promising attractant lure used in agriculture was particularly useful at higher altitudes, potentially opening new avenues for pest management in mountainous regions. The aim of the second chapter was to ascertain the physiological and phylogenetic traits of galling insects that alter the diversity and host specificity of their parasitioids. This research not only uncovered a remarkably specialist community of gall parasitoids, and found significant physiological drivers of parasitoid assemblage, it also broached the possibility of a latitudinal gradient in gall parasitoid host specificity, that warrants further exploration due to its potential implications for biodiversity patterns. The final chapter, aimed to uncover patterns in the vertical stratification of a caterpillar-parasitoid community, and whether any potential patterns and interactions are driven by the defensive traits of the caterpillar hosts. This study provided further evidence that the defensive traits of caterpillars influence their vulnerability to parasitism, and discovered distinct patterns in the vertical stratification of caterpillar communities. Overall, this holistic research expands upon the existing literature on tropical insect ecology and advances our understanding on the complex interactions between insects and their environment. The thesis explores the various biotic and abiotic factors that drive change in insect communities with particular emphasis on host-parasitoid interactions. These factors range from ecological gradients to defensive traits and host specialisation. The aim of the first chapter was to determine how the assemblage of an ecologically and anthropocentrically significant group of insects changed in response to altitude. This study highlighted the elevational limit of fruit flies and discovered that a new and promising attractant lure used in agriculture was particularly useful at higher altitudes, potentially opening new avenues for pest management in mountainous regions. The aim of the second chapter was to ascertain the physiological and phylogenetic traits of galling insects that alter the diversity and host specificity of their parasitioids. This research not only uncovered a remarkably specialist community of gall parasitoids, and found significant physiological drivers of parasitoid assemblage, it also broached the possibility of a latitudinal gradient in gall parasitoid host specificity, that warrants further exploration due to its potential implications for biodiversity patterns. The final chapter, aimed to uncover patterns in the vertical stratification of a caterpillar-parasitoid community, and whether any potential patterns and interactions are driven by the defensive traits of the caterpillar hosts. This study provided further evidence that the defensive traits of caterpillars influence their vulnerability to parasitism, and discovered distinct patterns in the vertical stratification of caterpillar communities. Overall, this holistic research expands upon the existing literature on tropical insect ecology and advances our understanding on the complex interactions between insects and their environment.
Keywords:
Vertical stratification; elevational gradient; defensive traits; caterpillars; galls; tephritidea; parasitism rates; parasitoid richness
Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
The role of ecological gradients and host-parasitoid interaction in tropical insect communities
The thesis explores the various biotic and abiotic factors that drive change in insect communities with particular emphasis on host-parasitoid interactions. These factors range from ecological ...
Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí
Pyrlik, Vladimir; Anatolev, Stanislav; Volkov, Vladimir; Prokhorov, Artem
2024 - English
Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstract High dimensionality is a popular contemporary setting in applied statistical analysis of various types of data. Growing dimensionality of the data challenges precise and well-conditioned estimates of statistical models. We address selected high-dimensional methods and their applications to financial market analysis. First, we consider modeling flexible joint distributions using copulas. In Chapter 1, we address estimation of Gaussian and t copulas in ultra-high dimensions, up to thousands of variables that use up to 30 times shorter sample lengths. We employ large covariance matrix shrinkage tools to obtain precise and well-conditioned estimates of the matrix parameters of the copulas. In Chapter 2, we present a new method for estimating the skew-t copula, known for its advantageous properties in characterizing joint distributions, including asymmetry, heavy tails, and asymmetric tail dependence. Our approach involves a two-step procedure based on the simulated method of moments and analytical non-linear shrinkage estimator for large covariance matrices. In both chapters, we also illustrate the benefits of the copula approach in a large stock portfolio allocation. Our analysis shows that copula-based models deliver better portfolios... Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstrakt Zkoumání dat s vysokou dimenzionalitou jsou oblíbenou statistickou analýzou aplikovanou na různorodé typy dat. Rostoucí dimensionalita dat představuje vyzvu pro správnou podmíněnost matic a přesný odhad modelů. V této práci se zaměřujeme na vybrané metody pro data s vysokou dimenzí a jejich aplikace na analýzu finančních trhů. Prvně zkoumáme modelování sdruženého rozdělení s využitím kopulí. V první kapitole se věnujeme odhadu Gaussovských a t kopulí v kontextu dat s ultra-vysokou dimenzionalitou, kde pracujeme řádově až s tisíci proměnnými a odhady na časových řadách s délkou až 30krát kratší než počet proměnných. Využíváme metod zmenšení (z anglického shrinkage) pro velké kovarianční matice k přesnému odhadu a správnému podmínění matic pro parametry kopulí. V druhé kapitole prezentujeme novou metodu pro odhad skew-t kopule, která má výhodu ve vyšší flexibilitě popisu sdruženého rozdělení. Vyšší flexibilita zahrnuje asymetrii, těžké konce a asymetrickou závislost v koncích rozdělení. Náš přístup využívá dvoukrokovou metodu založenou na simulované metodě momentů a analytickém nelineárním zmenšeném odhadu pro velké kovariační matice. V obou prvních dvou kapitolách ilustrujeme přínos využití kopulí na alokaci velkého akciového...
Available in a digital repository NRGL
Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí
Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstract High dimensionality is a popular contemporary setting in applied statistical analysis of various types of data. Growing ...
Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C
Sülzen, Hagen; Zoll, Sebastian; Bařinka, Cyril; Šilhán, Jan
2024 - English
Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti strukturální podstaty mechanismů obcházení imunitního systému lidskými infekčními patogeny, mají zásadní význam pro vývoj účinných léků a terapií. V této práci je na příkladu invariantního povrchového glykoproteinu 65 (ISG65) z krevní formy lidského infekčního parazita Trypanosoma brucei gambiense (Tbg) představen protokol pro zlepšení rekombinantní exprese proteinů s komplexním složením a pro vytvoření minimálního konstruktu vhodného pro strukturní charakterizaci. Kromě toho zde uvedené poznatky odhalují biologickou funkci ISG65 jako receptoru pro složku lidského komplementu C3b, popisují jeho úlohu jako selektivního inhibitoru alternativní cesty komplementového systému a představují první struktury TbgISG65 v komplexu s lidským C3 a C3b. K objasnění toho, jak mohou další invariantní povrchové receptory parazita vykonávat svou funkci v rámci ochranného štítu tvořeného okolními variantními povrchovými glykoproteiny (VSGs), byla hodnocena konformační flexibilita povrchového pláště parazita v krevním řečišti. Zatímco infekce africkými trypanosomami má pro zdraví pacienta závažné následky, infekce rozšířeným...
Available in a digital repository NRGL
Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C
Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti ...
Reverse Janzen-Connell effects in New Guinean ant-plants
ZAHRA, Shafia
2024 - English
In this thesis, I investigate the presence of reverse Janzen-Connell effects in ant-plant communities in Papua New Guinea. Janzen-Connell effects help to explain species diversity maintenance by focusing on natural enemies' role in controlling plant distributions. It is postulated that spillover of enemies near adult plants reduces seedling survival, promoting coexistence and diversity. Conversely, reverse Janzen-Connell effects occur when mutualists enhance survival near conspecific adults, potentially creating larger recruitment zones leading in the extreme to species monodominance. I use a combination of observation and ant exclusion experiments, as well as spatial analysis to explore reverse Janzen-Connell effects. Ant-plant interactions, particularly myrmecophytic ones, show moderate species specificity, a key assumption of classic Janzen-Connell effects. Mutualistic ants enhance plant viability by eliminating herbivores and pathogens, reducing damage, and optimizing photosynthesis. I also explore the specificity of myrmecophytic systems compared to other ant-plant interactions across environments using a data collation approach. I speculate that reverse Janzen-Connell effects can be observed in ant-plant mutualisms, ectomycorrhizal fungi, and plants. I also found through a global meta-analysis that myrmecophytic networks are the most specialized, with specialisation being driven by network type rather than environmental factors. Thus, myrmecophytes are a suitable system to explore the presence of reverse Janzen-Connell effects. Spatial analysis showed the presence of reverse Janzen-Connell effects in plants in seedlings of Meliaceae family and less strongly in adults. In the ant exclusion experiments, conspecific saplings exhibited higher survival and growth, but this was not related to the treatment itself meaning the plants are potentially benefiting from root fungi from adult conspecifics. Saplings with ant patrolling had better survival, although caution is needed due to small sample size. Lastly, I found that ant inhabitation positively influenced growth in older ant-plants, but this was not linked to local ant-plant density, and leaf loss from herbivory was lower when saplings were near adult conspecifics, possibly due to protective volatiles. Taken together this suggests some weak evidence for reverse JanzenConnell effects in the lowland rainforest of Papua New Guinea.
Keywords:
Ant-plants interaction; Papua New Guinea; Rypasora amplifolia; network specialization; Janzen-Connell effect; Reverse Janzen Connell effect; meta-analysis; Myrmecophytic.
Available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Reverse Janzen-Connell effects in New Guinean ant-plants
In this thesis, I investigate the presence of reverse Janzen-Connell effects in ant-plant communities in Papua New Guinea. Janzen-Connell effects help to explain species diversity maintenance by ...
Racionální syntéza zeolitických materiálů a jejich charakterizace pomocí pokročilých metod elektronové mikroskopie
Li, Ang; Mazur, Michal; Chmielarz, Lucjan; Zima, Vítězslav
2024 - English
Supported metal nanoparticles are a prominent class of catalysts due to their high activity in redox reactions and wide applications in numerous industrial processes. They often suffer from deactivation by sintering. One of the recognized and effective strategies to prevent sintering is to confine them into a zeolite matrix thus improving the stability of metal nanoparticles. The aim of my Ph. D. thesis was the rational design and synthesis of zeolite-supported metal nanoparticles (metal@zeolite materials). I have put my main focus on the interactions of nanoparticles with the zeolite supports. The essential experimental tool utilized in this work was advanced electron microscopy. I used this method for the investigation of the structure, location, and stability of supported metal species. Synthesized novel metal@zeolite materials were used as model systems for detailed investigation of metal-zeolite interactions. Prepared materials were investigated as heterogeneous catalysts in the hydrogenation of benzonitrile and dry reforming of methane. My thesis covered the following aspects: i) Rh nanoparticles were incorporated into hierarchical zeolitic materials (Rh@IPCs) via swelling of layered zeolite precursor IPC-1P. The final morphology and porosity of prepared materials were tuned by differing the... I Abstrakt Stabilizované kovové nanočástice jsou významnou skupinou katalyzátorů, díky jejich vysoké aktivitě v redoxních reakcích a širokému uplatnění v mnoha průmyslových procesech. Nanočástice nicméně často trpí deaktivací v důsledku shlukování za reakčních podmínek, tzv. sintraci. Jednou z uznávaných a účinných strategií pro prevenci sintrování je nanesení nanočástic na zeolitové matrice, čímž se zvyšuje jejich stabilita. Cílem mé doktorské práce bylo navrhnout a syntetizovat kovové nanočástice stabilizované zeolitem (příprava materiálů metal@zeolit). Základní experimentální metodou v této práci byla elektronová mikroskopie. Tuto metodu jsem použil k prozkoumání struktury, umístění a stability kovových částic. Syntetizované materiály typu metal@zeolit byly použity jako modelové systémy pro podrobné zkoumání interakcí mezi kovem a zeolitovými nosiči. Připravené materiály byly také zkoumány jako heterogenní katalyzátory při hydrogenaci benzonitrilu a suché reformaci metanu. Moje práce pokrývala následující aspekty: i) Rh nanočástice byly inkorporovány do hierarchických zeolitových materiálů (Rh@IPCs) prostřednictvím swellingu (bobtnání) vrstevnatého zeolitového prekurzoru IPC-1P. Morfologie a porozita připravených materiálů byly laděny změnou délky použitých surfaktantů. Překvapivě, použití surfaktantu s...
Keywords:
Electron microscopy; zeolites; synthesis; zeolitic materials; porous materials; Electron microscopy; zeolites; synthesis; zeolitic materials; porous materials
Available in a digital repository NRGL
Racionální syntéza zeolitických materiálů a jejich charakterizace pomocí pokročilých metod elektronové mikroskopie
Supported metal nanoparticles are a prominent class of catalysts due to their high activity in redox reactions and wide applications in numerous industrial processes. They often suffer from ...
Poruchy srdečního rytmu u plicní hypertenze
Dusík, Milan; Havránek, Štěpán; Petrák, Ondřej; Honěk, Jakub
2024 - English
Pulmonary hypertension (PH) is defined by the elevation of the mean pulmonary artery pressure above 20 mmHg. PH affects about 1% of population. Based on the similar pathophysiological mechanisms, clinical and hemodynamic characteristics, and therapeutic possibilities, PH is classified into 5 groups. Right heart catheterization is a crucial assessment to establish the diagnosis. Supraventricular tachycardias (SVTs), including atrial fibrillation (AF) and other atrial tachycardias (AT), are frequently found in patients with PH with a reported cumulative incidence of 10-36 %. The presence of an SVT in a PH patient leads to further deterioration and worsens the prognosis. This thesis is based on four distinct analyses focused on the SVTs in PH. The first analysis described the arrhythmias in patients with chronic thromboembolic pulmonary hypertension. The prevalence of AF/AT reached 29% and their presence was associated with reduced functional capacity. Despite the improved hemodynamics, the incidence of arrhythmias rose significantly after the pulmonary endarterectomy. The second analysis retrospectively studied the SVT prevalence and its association with PAWP values in patients with pre-capillary PH. Patients with PAWP above 11mmHg had higher arrhythmia prevalence, possibly because of the involvement... v českém jazyce Plicní hypertenze (PH) je definována zvýšením středního tlaku v plicnici nad 20 mmHg a postihuje asi 1 % celosvětové populace. Běžně se PH dělí na 5 skupin s ohledem na rozdílnou patofyziologii, klinické a hemodynamické charakteristiky a možnosti terapie. Klíčovým vyšetřením v rámci diagnostiky PH je pravostranná srdeční katetrizace. Supraventrikulární arytmie (SVT) včetně fibrilace síní (AF) a jiných síňových tachykardií (AT) jsou u pacientů s PH časté. Jejich kumulativní incidence se udává v rozmezí 10-36 %. Přítomnost SVT zhoršuje prognózu pacientů s PH a vede k jejich klinickému zhoršení. Tato disertace je založena na výsledcích čtyř prací zaměřených na téma SVT u plicní hypertenze. První studie se zabývala analýzou výskytu arytmií u pacientů s chronickou tromboembolickou plicní hypertenzí. Celková prevalence SVT dosáhla 29 % a přítomnost arytmie vedla ke zhoršení funkční kapacity nemocných. Navzdory zlepšení hemodynamických parametrů po provedení endarterektomie plicnice incidence SVT po operaci významně narostla. Druhá práce se zaměřila na souvislost mezi hodnotou tlaku v zaklínění (PAWP) a výskytem SVT u prekapilární PH. U pacientů s PAWP nad 11 mmHg byla prevalence arytmií významně vyšší. Možným vysvětlením je současný výskyt arytmogenního substrátu v levé síni. V rámci...
Keywords:
Plicní hypertenze; supraventrikulární arytmie; katetrizační ablace; Pulmonary hypertension; supraventricular arrhythmia; catheter ablation
Available in a digital repository NRGL
Poruchy srdečního rytmu u plicní hypertenze
Pulmonary hypertension (PH) is defined by the elevation of the mean pulmonary artery pressure above 20 mmHg. PH affects about 1% of population. Based on the similar pathophysiological mechanisms, ...
Nekovalentní interakce biologicky aktivních molekul
Osifová, Zuzana; Dračínský, Martin; Lyčka, Antonín; Sýkora, Jan
2024 - English
This thesis deals with the employment of nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy in the studies of non-covalent interactions of biologically active compounds. The introduction serves as a brief overview of the literature, pointing out the milestones in determining and studying the most common non-covalent interactions - hydrogen bonding, π-π stacking and halogen bonding - by NMR spectroscopy. This part also includes the basics of this method to ensure that the results presented and the principles used will also be understandable for readers outside the field. Similarly, the employment and limitations of theoretical calculations are shortly discussed. The thesis aimed to determine the role of non-covalent interactions in biologically active compounds, including hydrogen bonding of modified nucleobases, interactions influencing ketoenol-diketo tautomerism of pharmacologically active curcuminoids, and the role of hydrogen bonding and amino acid sequence in the adoption of secondary structure in short peptides. Methylation and oxidation are nucleobases' most common natural modifications, causing changes in their hydrogen bonding pattern and preferences. We found that N-methylation of adenine residue stabilises its hydrogen-bonded base pairs with thymine and that these base pairs tend to adopt... Předkládaná disertační práce se zabývá studiem nekovalentních interakcí biologicky aktivních molekul pomocí spektroskopie nukleární magnetické rezonance (NMR spektroskopie) a teoretických výpočtů. Teoretický úvod práce slouží jako základní přehled literatury vyzdvihující nejdůležitější spektroskopické studie nekovalentních interakcí. Současně tato část představuje NMR spektroskopii i širšímu publiku. Téměř učebnicový text o fyzikálních aspektech této metody tak čtenáři zajišťuje snazší orientaci v experimentální části. Obdobně jsou v práci představeny i základy výpočetní chemie. Cílem disertační práce bylo popsat roli nekovalentních interakcí v systémech biologicky aktivních molekul. Experimentální část práce se detailně zabývá vodíkovými vazbami modifikovaných nukleových bází, interakcemi ovlivňujícími keto-enol tautomerii farmakologicky aktivních molekul a vlivem primárních struktur v krátkých peptidových sekvencích na jejich schopnost adaptovat konformační motivy obdobné sekundárním strukturám proteinů. Methylace a oxidace se řadí mezi nejčastější přirozené modifikace nukleových bází. Jejich vlivem dochází ke změnám v základní schopnosti nukleových bází tvořit vodíkové vazby se svými partnery. V rámci disertační práce bylo například objeveno, že methylace dusíku aminoskupiny, která se v molekule...
Keywords:
NMR spektroskopie; vodíková vazba; nekovalentní interakce; deriváty nukleobazí; tautomerie; DFT výpočty; NMR spectroscopy; hydrogen bond; noncovalent interactions; nucleobase derivatives; tautomerism; DFT calculations
Available in a digital repository NRGL
Nekovalentní interakce biologicky aktivních molekul
This thesis deals with the employment of nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy in the studies of non-covalent interactions of biologically active compounds. The introduction serves as a brief ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases