Yes (2005)
No (4)
Used filters
(3)
Number of found documents:
2009
Published from
to
Populační struktura a evoluční historie středoevropských zvonků z okruhu Campanula rotundifolia agg.
Šemberová, Kristýna
2023 - English
6 Abstract For understanding extant species diversity, knowledge about processes acting at the population level is crucial. Besides mutations generating de novo genetic variation, three major processes, i.e., polyploidy, hybridization and local adaptation, notably impact population structure and cause evolutionary novelty. Campanula rotundifolia agg. was chosen as a model group for the joint study of these processes because it represents a polyploid complex with three major cytotypes (2x, 4x, 6x), a hitherto unknown ability to hybridize, and a pleiad of putative species that have undergone local adaptation to different conditions. In particular, polyploidization in the complex is acknowledged for generating morphological variation, facilitating long-distance dispersal and shifts in the environmental niche. It also creates a reproductive barrier, thus enabling sympatric speciation. Prerequisites for local adaptation are morphological variation and strong selection pressures leading to adaptive divergence and the rise of many endemic taxa, mainly at the extremes of environmental gradients. On the other hand, for locally adapted or endemic taxa, hybridization with a widespread taxon is one of the main existential threats. Here, I focused on C. rotundifolia agg. populations in Central Europe its hypothetical... 7 Abstrakt zace novinky. Campanula rotundifolia agg.) byl vy studium a . polyploidizace zdroj komplexu a a ved k posunu klady pro i jsou k ke v hybridizace s V C. rotundifolia a alopatrii. a o na a tetraploid , a to jak v mi ami, studovala jsem morfologickou v v by variabilita ve velikosti genomu, v gneice a morfoligii. Vysok variabilita, s m vysok C. rotundifolia m ch ch model ne y rekonstruovanou , jsem porovnala genetickou a morfologickou variabilitu a variabilitu ve velikosti genomu u rostlin z C. rotundifolia s. str. Morfologick podobnost a genetick C. bohemica a C. scheuchzeri z Alp byl C. gelida ve v C. rotundifolia subsp. sudetica. Campanula rotundifolia subsp. sudetica C. rotundifolia s. str. Campanula rotundifolia fenotypovou taxonomy : Campanula rotundifolia agg,
Available in a digital repository NRGL
Populační struktura a evoluční historie středoevropských zvonků z okruhu Campanula rotundifolia agg.
6 Abstract For understanding extant species diversity, knowledge about processes acting at the population level is crucial. Besides mutations generating de novo genetic variation, three major ...
Mikrobiota hostitele, zánětlivá imunitní odpověď a fyziologická senescence u volně žijících ptáků
Těšický, Martin
2023 - English
Triggered by microbial ligands, inflammation serves as a "double-edged sword" to fight infections on the one hand, but on the other hand causing tissue damage due to oxidative stress if it is dysregulated. For example, chronic inflammation can contribute to inflammaging, which is now widely regarded as one of the causes of ageing. In my interdisciplinary dissertation, my colleagues and I investigated three interrelated aspects of inflammation, using an evolutionary framework and various free-living birds as models: (1) ecological and evolutionary determinants of gut microbiota (GM) composition and diversity, a driver of wild bird immunity, (2) diversity in immune genes affecting inflammatory responses in wild birds and (3) inflammation-related physiological senescence in a free-living passerine bird, the great tit (Parus major). Firstly, using 16S rRNA gene metabarcoding, we revealed high intra- and interspecific variation in passerine gut microbiota (GM) dominated by the major phyla Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. Although in mammals GM depends strongly on host phylogeny and diet, in birds we found only moderate effects of phylogeny and very limited effects of host geography and ecology on GM composition. While microbiota diverged between the upper and lower... Mikrobiálními ligandy vyvolaný zánět je klíčový imunologický proces, který na jedné straně zajišťuje obranyschopnost proti infekčním onemocněním, ale jeho dysregulace může vést také k oxidačnímu poškození tkání. K tomu dochází např. během chronického zánětu, který může způsobovat tzv. inflammaeging, o němž se nyní uvažuje jako o možné příčině stárnutí. Ve své multidisciplinární disertaci jsem za využití evolučně-komparativních přístupů a ptáků jako modelové skupiny zkoumal tři vzájemně propojené aspekty zánětu: (1) evoluční a ekologické determinanty vnitro- a mezidruhové variability střevní mikrobioty (SM), které ovlivňují evoluci ptačí imunity, (2) genetickou diverzitu imunitních genů ovlivňující zánětlivou imunitní odpověď u ptáků a (3) stárnutí ve fyziologických znacích spojených s tzv. inflammagingem na modelu volně žijícího pěvce, sýkory koňadry (Parus major). (1) Pomocí sekvenování bakteriální 16S rRNA jsme zjistili značnou vnitro- i mezidruhovou diverzitu ve složení SM u pěvců a dominanci taxononů z kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. V porovnání se savčí SM, které je do velké míry determinována fylogenezí hostitele a jeho stravou, naše výsledky u pěvců ukazují pouze na středně silný vliv fylogeneze hostitele a velmi slabý vliv ekologických faktorů (potrava a...
Keywords:
ptáci; adaptivní konvergence; genová ztráta; vrozená imunita; positivní selekce; strukturní bioinformatika; mikrobiota hostitele; mikrobiom; pěvci; pattern-recognition receptory; senescence; stárnutí; inflammaging; zánět; oxidativní stress; antioxidanty; redoxní rovnováha; sýkora koňadra; Parus major; birds; adaptive convergence; gene loss; innate immunity; positive selection; structural bioinformatics; host microbiota; microbiome; passerines; pattern-recognition receptors; senescence; ageing; inflammaging; inflammation; oxidative stress; antioxidants; redox balance; great tit; Parus major
Available in a digital repository NRGL
Mikrobiota hostitele, zánětlivá imunitní odpověď a fyziologická senescence u volně žijících ptáků
Triggered by microbial ligands, inflammation serves as a "double-edged sword" to fight infections on the one hand, but on the other hand causing tissue damage due to oxidative stress if it is ...
Strukturní charakterizace komplexů domén PA podjednotky chřipkové polymerasy s novými inhibitory
Radilová, Kateřina
2023 - English
Influenza RNA-dependent RNA polymerase is a heterotrimeric complex and has an essential role in the life cycle of the virus. It is responsible for viral replication and transcription. One of its subunits, the polymerase acidic protein, interacts with the PB1 subunit via a crucial protein- protein interaction at its C-terminal domain. This 310 helix-mediated intersubunit interaction is required for the whole heterotrimer assembly. The N-terminal domain carries the endonuclease active site with two manganese ions. Both domains are considered promising drug targets. Current strategies to fight the influenza virus are limited to seasonal vaccines, and there are only a few anti-influenza drugs targeting mostly other viral proteins. Many used antivirals are susceptible to rapid resistance mutations development or cause severe side effects. This thesis provides structural insights into the two domains of the PA subunit. The first part is devoted to the characterization and optimization of a PB1-derived minimal peptide interacting with the C-terminal domain. Results from this part may be considered as a starting point for the rational design of first-in-class anti-influenza inhibitors of the PA-PB1 protein-protein interaction. In the other half, we have explored the inhibitory potency of flavonoids and... RNA-dependentní RNA polymerasa viru chřipky je heterotrimerický komplex, který má zásadní roli v životním cyklu viru. Je zodpovědná za virovou replikaci a transkripci. Jedna z jejích podjednotek, PA podjednotka, interaguje s PB1 podjednotkou prostřednictvím důležité protein-proteinové interakce na své C-koncové doméně. Tato interakce, která je zprostředkovaná 310 helixem, je nutná k utvoření celého heterotrimerického komplexu. N-koncová doména navíc obsahuje místo s endonukleasovou aktivitou se dvěma manganatými ionty. Obě tyto domény jsou považovány za slibné terapeutické cíle. V současnosti jsou přístupy v léčbě a prevenci chřipkového onemocnění limitované na sezónní očkování a existuje pouze několik léků, které ve velké většině cílí na jiné proteiny viru chřipky. U řady z nich však dochází k rychlému vývoji rezistentních mutací, nebo mají závažné vedlejší účinky. Tato práce nabízí strukturní náhledy na dvě domény PA podjednotky. První část se věnuje charakterizaci a optimalizaci minimálního peptidu odvozeného z PB1 podjednotky, který interaguje s C-koncovou doménou PA podjednotky a brání jejich dimerisaci. Výsledky z této části mohou být považovány za počáteční bod pro racionální vývoj prvních inhibitorů PA-PB1 protein-proteinové interakce proti viru chřipky. V druhé polovině jsme zkoumali...
Available in a digital repository NRGL
Strukturní charakterizace komplexů domén PA podjednotky chřipkové polymerasy s novými inhibitory
Influenza RNA-dependent RNA polymerase is a heterotrimeric complex and has an essential role in the life cycle of the virus. It is responsible for viral replication and transcription. One of its ...
Nanočástice citlivé na vnější podněty obsahující fenylboronové spojky jako potenciální nosiče léčiv
Hlavatovičová, Eva
2023 - English
This thesis deals with the post-polymerization functionalization of a pH-responsive poly(styrene)-b-poly(4-vinyl pyridine)-b-poly(ethylene oxide) triblock terpolymer with stimuli responsive and diol-binding 2-bromomethyl-4-fluorophenylboronic acid and 2- bromomethyl-phenylboronic acid suitable for biomedical applications. A reproducible method of quaternization of poly(4-vinyl pyridine) block with prescriptible quaternization ratio was developed and the reaction yield was analyzed by 11 B, 1 H NMR and infrared spectroscopy. A reproducible self-assembly protocol for stable nanoparticles from functionalized stimuli-responsive triblock terpolymer was found, and the nanoparticles were studied by static, dynamic and electrophoretic light scattering, and cryogenic transmission electron microscopy. Fluorescence and UV-VIS spectroscopy measurements were performed for description of boron-ester linkages formation and hydrolysis with model drug Alizarin as a study of encapsulation and release reactions together with sugar sensing reactions for potential drug delivery. Diplomová práce se zabývá přípravou polymerních systémů citlivých na vnější podněty pro medicínské aplikace založených na postpolymerizační funkcionalizaci trojblokového terpolymeru poly(styren)-b-poly(4-vinyl pyridin)-b-poly(ethylen oxid) pomocí funkčních skupin schopných vázat dioly 2-bromethyl-4-fluorofenylboronovou kyselinou a 2-bromethyl-fenylboronovou kyselinou. Byl vyvinut plně reprodukovatelný a kontrolovatelný postup kvaternizace N-skupiny 4-pyridinylového kruhu uvedenými funkčními skupinami a výtěžek kvaternizační reakce byl určen pomocí 11 B a 1 H NMR a infračervené spektroskopie. Dále byl vypracován protokol reprodukovatelné přípravy stabilních polymerních nanočástic ve vodných pufrech o různém pH vzniklých samoskládáním těchto funkcionalizovaných trojblokových terpolymerů. Struktura a chování připravených nanočástic byly studovány pomocí statického, dynamického a elektroforetického rozptylu světla a kryogenní transmisní elektronové mikroskopie. S ohledem na možné aplikace byl pomocí absorpční a fluorescenční spektroskopie zkoumána vazba modelového léčiva Alizarinu na fenylboronové funkční skupiny připravených nanočástic. Byla důkladně studována vazba Alizarinu na polymerní částice a jeho uvolňování vlivem změny vnějších podmínek jako pH a koncentrace cukrů a příbuzných diolů
Keywords:
trojblokové terpolymery; micely; kyselina fenylboronová; nosiče léčiv; fluorescence; rozptyl světla; triblock terpolymer; micelles; boronic acid; drug delivery; fluorescence; light scattering
Available in a digital repository NRGL
Nanočástice citlivé na vnější podněty obsahující fenylboronové spojky jako potenciální nosiče léčiv
This thesis deals with the post-polymerization functionalization of a pH-responsive poly(styrene)-b-poly(4-vinyl pyridine)-b-poly(ethylene oxide) triblock terpolymer with stimuli responsive and ...
Poplatky za přestupy fotbalových hráčů optikou soutěžního práva EU
Subhan, Adam; Šmejkal, Václav
2023 - English
EU Competition Law analysis of football transfer fees Abstract: In this master's thesis, I assess the compliance of the transfer fees used in football with EU Competition law. I submit that the transfer fee system in its current state is a decision of an association of undertakings that is not compliant with Article 101 TFEU due to the restriction it imposes on the player supply market. This restriction prevents small market clubs to recruit good players and compete with large market clubs. I argue that the restriction cannot be justified under the Meca-Medina framework since it does not achieve the alleged objectives. The system is not inherent in pursuit of improvement of competitive balance at all. Even though it is inherent to promotion of youth development, it goes beyond what is necessary, and as such is disproportionate to the restriction is causes. The system neither qualifies for the exception of Article 101(3) TFEU, since it does not result in any efficiencies. However, I suggest that the effects of the transfer fee system cannot be assessed in isolation, but rather in the context with other football regulation, especially revenue redistributive mechanisms and limits on spending. In this context, I found the transfer fee system to have an aggravating negative impact on competitive balance because.... Poplatky za přestupy fotbalových hráčů optikou soutěžního práva EU Abstrakt: V této diplomové práci posuzuji soulad jevu poplatků za přestupy fotbalových hráčů se soutěžním právem EU. Docházím k závěru, že systém fotbalových přestupů ve své současné podobě porušuje právo EU, a jako takový je zakázaným rozhodnutím sdružení podniků ve smyslu článku 101 Smlouvy o fungování Evropské Unie. Důvodem je, že systém představuje omezení přístupu na trh s hráči. Důsledkem je stav, ve kterém si kluby bez dostatečného finančního zázemí nemohou dovolit kvalitní hráče, kteří jsou předpokladem pro skutečnou konkurenceschopnost klubů jako soutěžitelů. Toto omezení není ospravedlnitelné testem souladu sportovních pravidel s právem EU z rozsudku Soudního dvora Meca-Medina, jelikož pravidla nedosahují cílů, které sledují. Systém není inherentní pro zlepšení soutěžní rovnováhy. Pro podporu rozvoje mládeže systém je inherentní existence určitých poplatků. Současná podoba systému poplatků za přestupy hráčů však překračuje meze toho, co je nezbytné, a je tedy disproporčním omezením. Systém zároveň nesplňuje podmínky pro udělení výjimky na základě článku 101 odst. 3 Smlouvy o fungování Evropské Unie. Dopady systému poplatků za přestupy hráčů však nemohou být posuzovány samostatně. Měly by být posuzovány v kontextu s ostatními prvky...
Available in a digital repository NRGL
Poplatky za přestupy fotbalových hráčů optikou soutěžního práva EU
EU Competition Law analysis of football transfer fees Abstract: In this master's thesis, I assess the compliance of the transfer fees used in football with EU Competition law. I submit that the ...
BUSE: Blokové zařízení v uživatelském prostoru
Aschenbrenner, Vojtěch; Desnoyers, Peter
2023 - English
Implementation of block device drivers in userspace of modern general-purpose operating systems, although possible, is fairly uncommon, poorly supported and usually achieves only low performance. Being able to implement high- performance drivers in userspace with ease would allow for faster iterations in storage research and would make it possible to design block devices which operate in radically different ways. In this thesis, we present Block Device in Userspace (BUSE), a Linux ker- nel module and communication protocol which makes it easy to develop userspace block-device drivers. Compared to the existing approaches, BUSE can scale on modern multicore architectures and provides at least 7x higher throughput with significantly simpler setup. Furthermore, the kernel module communicates with the userspace driver through shared memory, eliminating an extraneous memory copy. BUSE also solves the write-after-write and read- after-write consistency issues which stem from the use of multiple hardware queues in the Linux storage stack, allowing the implementation to focus on the domain of the problem. As a proof-of-concept, we implemented Block Device in S3 (BS3), a userspace block device implementation backed by Amazon S3 (or any other S3-compatible storage) on top of BUSE. BS3 can be used as a generic disk... Ačkoliv je implementace ovladače blokového zařízení v uživatelském prostoru mo- derního operačního systému možná, je velmi neobvyklá a často dosahuje velmi nízkého výkonu. Možnost snadno implementovat vysoce výkonný ovladač bloko- vého zařízení v uživatelském prostoru by dovolila rychlejší ověřování vědeckých poznatků z oblasti datových úložišť a umožnila by navrhovat bloková zařízení, která fungují velmi odlišně od těch tradičních. V této práci představujeme "Block Device in Userspace" (BUSE), což je linuxový modul a komunikační protokol, který umožňuje vývoj vysoce výkonného ovla- dače blokového zařízení v uživatelském prostoru. V porovnání s dosud existují- cími přístupy BUSE výborně škáluje na moderních vícejádrových architekturách, poskytuje nejméně 7x vyšší propustnost a nabízí výrazně jednodušší nastavení. Modul komunikuje s ovladačem v uživatelském prostoru přes sdílenou paměť, což eliminuje nadbytečné kopírování paměti. BUSE dále řeší případné konziste- nční problémy typu zápis po zápisu či čtení po zápisu, které jsou způsobeny více frontami bez synchronizace v příslušné části operačního systému. Tím je výrazně usnadněna implementace ovladače v uživatelském prostoru, která se může plně věnovat problémové doméně. Jako demonstraci použití BUSE práce dále představuje "Block Device in S3" (BS3). Jedná...
Keywords:
linux|zařízení|ovladač; linux|device|driver
Available in a digital repository NRGL
BUSE: Blokové zařízení v uživatelském prostoru
Implementation of block device drivers in userspace of modern general-purpose operating systems, although possible, is fairly uncommon, poorly supported and usually achieves only low performance. ...
Optimální řízení stochastických rovnic s Lévyho procesy v Hilbertových proctorech
Kadlec, Karel; Maslowski, Bohdan
2023 - English
Controlled linear stochastic evolution equations driven by Lévy processes are studied in the Hilbert space setting. The control operator may be unbounded which makes the results obtained in the abstract setting applicable to parabolic SPDEs with boundary or point control. The first part contains some preliminary technical results, notably a version of Itô formula which is applicable to weak/mild solutions of controlled equations. In the second part, the ergodic control problem is solved: The feedback form of the optimal control and the formula for the optimal cost are found. The control problem is solved in the mean-value sense and, under selective conditions, in the pathwise sense. As examples, various parabolic type controlled SPDEs are studied. 1 Řízené lineární stochastické evoluční rovnice s Lévyho procesy jsou studovány v prostředí Hilbertových prostorů. Operátor řízení může být neomezený, což umožňuje, aby výsledky získané v abstraktní podobě byly použitelné pro parabolické SPR s hraničním nebo bodovým řízením. První část obsahuje některé přípravné technické výsledky, zejména verzi Itôvy formule, která je použitelná pro slabá/mild řešení řízených rovnic. Ve druhé části je vyřešen problém s ergodickým řízením: Nalezeno optimálního řízení ve "feedback" podobě a vzorec pro optimální cenu. Řídicí problém je řešen ve smyslu střední hodnoty a za speciálních podmínek po trajektoriích. Jako příklady jsou studovány různé řízené SPR parabolického typu. 1
Keywords:
optimální řízení; stochastické evoluční rovnice; difuzní procesy; Lévyho procesy; ergodické řízení; optimal control; stochastic evolution equations; diffusion processes; Lévy processes; ergodic control
Available in a digital repository NRGL
Optimální řízení stochastických rovnic s Lévyho procesy v Hilbertových proctorech
Controlled linear stochastic evolution equations driven by Lévy processes are studied in the Hilbert space setting. The control operator may be unbounded which makes the results obtained in the ...
Vývoj kosmického zvětrávání a jeho komponent - efekt slunečního větru a mikroimpaktů na reflektanční spektra povrchu planetárních těles bez atmosféry
Flanderová, Kateřina; Ďurech, Josef
2023 - English
Our knowledge about mineralogy and physical conditions on airless planetary bodies in the Solar system is based mainly on remotely captured reflectance spectra. However, reflectance spectra are influenced by many effects, a major one is the space weathering. The term space weathering refers to a set of processes, also called space weathering agents, mainly the solar wind irradiation and micrometeoroid impacts, which on long timescales darken the surfaces and alter reflectance spectra of airless bodies. Here, I focused on finding the difference between the effect of the two, above-mentioned, space weathering agents on reflectance spectra of silicate-rich airless planetary bodies. Firstly, I studied areas of magnetic anomalies on the Moon, so-called lunar swirls. The swirls' spectra are influenced mostly by micrometeoroid impacts. I compared these spectra to spectra of surrounding areas, influenced by both the space weathering agents. The results suggested that there is a difference in the effect of micrometeoroid impacts and the combination of the two space weathering agents. There are also additional effects that contribute to the evolution of spectra on the Moon, such as the position with respect to the near and far side, which relates to the shape of Earth's magnetotail and an increased shielding of the solar wind... Naše znalosti o mineralogii a podmínkách na malých tělesech ve Sluneční soustavě po- cházejí především z naměřených reflektančních spekter, která jsou ale ovlivněna mnoha efekty. Jeden z hlavních je kosmické zvětrávání. Kosmické zvětrávání ovlivňuje povrchy, a tedy i spektra malých těles na dlouhých časových škálách. Způsobují ho dva hlavní procesy: ozařování slunečním větrem a dopady mikrometeoritů. V této práci jsem se soustředila na porovnání vlivu těchto dvou procesů na spektra asteroidů bohatých na silikáty. Nejprve jsem zkoumala spektra měsíčních swirlů, kde ve zvětrávání dominují mik- roimpakty. Porovnávala jsem spektra ze swirlů s okolními oblastmi, které ovlivňují oba zvětrávací procesy. Ukázalo se, že mikroimpakty ovlivňují spektra jinak než sluneční vítr. Kromě toho jsem objevila, že swirly na přivrácené a odvrácené straně Měsíce vykazují odlišné trendy z důvodu stínění přivrácené strany Měsíce asymetrickým magnetickým polem Země. Během laboratorních experimentů jsem, ve spolupráci s kolegy, ozařovala peletky vy- robené ze silikátů, které se běžně vyskytují ve Sluneční soustavě, tj. olivínu a pyroxenu. Vliv slunečního větru jsem simulovala ozařováním ionty H, He a Ar. Vliv mikroimpaktů byl realizován pulzy femtosekundového laseru. Z pořízených spekter bylo jasné, že v ob- lasti okolo 2 µm se tyto...
Keywords:
kosmické zvětrávání|sluneční vítr|mikroimpakty|spektra; space weathering|solar wind|micrometeoroid impacts|spectra
Available in a digital repository NRGL
Vývoj kosmického zvětrávání a jeho komponent - efekt slunečního větru a mikroimpaktů na reflektanční spektra povrchu planetárních těles bez atmosféry
Our knowledge about mineralogy and physical conditions on airless planetary bodies in the Solar system is based mainly on remotely captured reflectance spectra. However, reflectance spectra are ...
Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
Ivancová, Ivana
2023 - English
In the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate bearing squaramate moiety tethered to the position 5 via propargylamine linker. The monophosphate was used as a model compound to test the reactivity of this mixed squaramate in cross-linking reactions with lysine and short lysine containing peptides. Squaramate modified 2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate was found to be suitable substrate for KOD XL polymerase in both PEX and PCR synthesis of modified DNA. Squaramate modified DNA forms stable diamide linkage with primary amines. I tested the reactivity of this DNA probe in bioconjugation reactions with sulfo-Cy5-amine and lysine containing peptides. Afterwards, squaramate-linked DNA was successfully cross-linked with lysine rich histone proteins. This reactive squaramate modified nucleotide showed potential for following bioconjugation reactions of nucleic acids with amines or lysine containing peptides and proteins without the need of external reagent. Based on positive results of experiments with squaramate modified DNA, in the second part of the thesis I developed and synthesized squaramate modified ribonucleotide to study cross- linking with RNA... V první části dizertační práce jsem vyvinula reaktivní DNA sondu pro selektivní cross- linkování s lysinovými zbytky DNA vazebních proteinů. Připravila jsem 2'-deoxycytidin 5'-O- monofosfát a trifosfát nesoucí v poloze 5 squramátovou skupinu navázanou přes propargylaminovou spojku. Monofosfát byl použit jako modelová sloučenina na testování reaktivity tohoto smíšeného squaramátu v cross-linkových reakcích s lysinem a krátkými peptidy obsahujícími lysin. Squaramátem modifikovaný 2'-deoxycytidin 5'-O-trifosfát byl dobrým substrátem pro KOD XL polymerázu pro enzymovou syntézu DNA metodou extenze primeru (PEX) a taky metodou polymerázové řetězové reakce (PCR). Squaramátem modifikovaná DNA tvoří stabilní diamidové vazby s primárními aminy. Reaktivitu modifikované DNA jsem testovala v biokonjugačních reakcích se sulfo-Cy5- aminem a s peptidy obsahujícími lysin. Poté byla squaramátem modifikovaná DNA úspěšně kovalentně připojena k histonovým proteinům bohatým na lysin. Reaktivní, squaramátem modifikovaný nukleotid vykazoval potenciál pro další biokonjugační reakce nukleových kyselin s aminy nebo lysin obsahujícími peptidy a proteiny bez potřeby externího činidla. Na základě pozitivních výsledků experimentů se squaramátem modifikovanou DNA, jsem v druhé části práce vyvinula a připravila squaramátem...
Keywords:
DNA; RNA; biokonjugace; DNA; RNA; bioconjugation
Available in a digital repository NRGL
Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
In the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate ...
Inženýrství a selekce vazebných proteinů rozpoznávajících medicínsky důležité cytokiny
Huličiak, Maroš
2023 - English
Protein engineering attracts more attention as a powerful tool of biotechnology and medicine. Small, engineered proteins derived from protein molecules of stable fold, the so called scaffolds, are potential replacements of supplements of more widely used antibodies. In this thesis, I introduce utilization of two scaffold molecules designed in our laboratory for development of stable and specific protein binders of high affinity. This thesis discusses the development of binders interacting with medically important human cytokines and their cellular receptors, interleukin-10, interleukin-28 receptor, and interleukin-9 receptor alpha. Recombinant cytokine and receptor proteins were expressed in eukaryotic cells in high yields and quality and served as molecular targets for selections using various display methods of directed evolution. We demonstrated that application of ribosome and yeast display methods or their unconventional combination in a newly developed integrated pipeline leads to successful generation of high affinity and specificity binders based on newly designed protein scaffolds called 57aBi and 57bBi. in Czech Proteinovému inženýrství se dostává čím dál tím více pozornosti jakožto užitečnému nástroji v oblasti biotechnologií a moderní medicíny. Malé, uměle vytvořené molekuly odvozené ze stabilních proteinů, tzv. skafoldů, jsou potenciální náhradou široce používaných protilátek. V této práci představuji využití dvou takovýchto skafoldů navržených v naší laboratoři pro vývoj stabilních vazebných proteinů s vysokou vazebnou afinitou i specifitou. Tato práce pojednává konkrétně o vývoji dvou vazebných molekul interagujících s lékařsky důležitými lidskými cytokiny a jejich buněčnými receptory - jmenovitě s interleukinem-10, receptorem interleukinu- 28 a alfa receptorem interleukinu-9. Rekombinantní cytokiny i oba receptory byly ve vysoké kvalitě a s vysokými výtěžky produkovány v eukaryotických buňkách a sloužily jako molekulární cíle pro selekci pomocí displejových metod řízené evoluce. Prokázali jsme, že aplikace ribozomálního a kvasinkového displeje, nebo jejich nekonvenční kombinace vede k úspěšnému generování vysoce afinitních a specifických vazebných molekul založených na nově navržených proteinových skafoldech nazvaných 57aBi a 57bBi.
Keywords:
proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; biofyzika; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure; biophysics
Available in a digital repository NRGL
Inženýrství a selekce vazebných proteinů rozpoznávajících medicínsky důležité cytokiny
Protein engineering attracts more attention as a powerful tool of biotechnology and medicine. Small, engineered proteins derived from protein molecules of stable fold, the so called scaffolds, are ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases