Mezijazykový transfer pro anotaci SynSemClass ontologie
Kašpárek, Petr; Hajič, Jan; Štěpánek, Jan
2024 - English This work compares two approaches to automatic preannotation of semantic class to verbs in a sentence for the purpose of adding a new language to the SynSemClass ontology. Both approaches rely on a multilingual deep learning classification model fine-tuned on already annotated English, Czech and German data of the ontology. The first, more classical, approach is annotation projection. It uses a parallel corpus and the aforementioned model to make predictions on a source language already present in the ontology and projects the predictions onto the target language using automated word alignment. The second approach, zero-shot cross-lingual transfer, assumes that the multilingual properties of the underlying model are sufficient and that we can make reasonable predictions directly on the target language, even though the model was never trained for that specific task on the specific target language. For the purpose of evaluation, we manually build and annotate a small Korean language dataset to test the performance on a language significantly different from English, Czech and German. We conclude that the zero-shot approach performs notably better than the alignment approach (p < 0.005) obtaining 0.54 both in recall and precision, compared to 0.37 and 0.41 in recall and precision respectively of the alignment... Tato práce porovnává dva přístupy k automatické předanotaci sémantických tříd sloves ve větách za účelem přidání nového jazyka do ontologie SynSemClass. Oba přístupy vycházejí z vícejazyčného deep learning klasifikačního modelu, který byl fine-tunovaný na již anotovaných anglických, českých a německých datech z ontologie. První, více tradiční, přístup je annotation projection. Používá paralelní korpus a výše zmíněný model k vytvoření predikcí na zdrojovém jazyce, který je již obsažen v ontologii, a tyto predikce projektuje na cílový jazyk pomocí automatického word alignmentu. Druhý přístup, zero-shot cross-lingual transfer, předpokládá, že vícejazykové schopnosti deep learning modelu jsou dostatečné a že můžeme vytvořit kvalitní predikce přímo na cílovém jazyce, i když model nebyl nikdy trénován pro danou úlohu na daném cílovém jazyce. Pro účely vyhodnocení ručně vytváříme a anotujeme malý korejský dataset za účelem otestování výsledků na jazyce, který se významně liší od angličtiny, češtiny a němčiny. Dospíváme k závěru, že zero-shot transfer vykazuje výrazně lepší výkon než annotation projection (p < 0,005), s hodnotami recall a precision 0,54, ve srovnání s 0,37 recall a 0,41... Keywords: annotation projection|zero-shot cross-lingual transfer|ontologie|vícejazyčné zpracování přirozeného jazyka|lexikální sémantika; annotation projection|zero-shot cross-lingual transfer|ontology|multilingual natural language processing|lexical semantics Available in a digital repository NRGL Mezijazykový transfer pro anotaci SynSemClass ontologie

This work compares two approaches to automatic preannotation of semantic class to verbs in a sentence for the purpose of adding a new language to the SynSemClass ontology. Both approaches rely on a ...

Kašpárek, Petr; Hajič, Jan; Štěpánek, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Identifikace úzkých hrdel pro relaxaci podmínek v rozvrhování projektů
Nedbálek, Lukáš; Švancara, Jiří; Bulín, Jakub
2024 - English In modern manufacturing systems, production planners create schedules by iteratively obtaining proposed schedules and adjusting input parameters to satisfy multiple, often competing, optimization goals. The goal of this thesis is to address the problem of reduc- ing the tardiness of a particular manufacturing order in an obtained schedule, which is a practical problem commonly arising in production scheduling. We do this by identifying bottlenecks in the schedule and proposing relaxations to constraints related to the iden- tified bottlenecks. We develop two methods for this purpose, both utilizing constraint programming. The first baseline method adapts existing approaches from the literature and proposes general relaxations. The second method identifies potential improvements in relaxed versions of the problem and proposes relaxations targeting the specific man- ufacturing order. Numerical experiments show that the baseline method achieves great improvements for small costs. while the second method is more reliable in achieving improvements across various problem instances. Plánovači výroby často sestavují rozvrh výroby tak, že iterovavaně získávájí návrhy na rozvrh a upravují vstupní parametry za účelem vyhovět mnohým, často protichůdným, optimalizačním cílům. Cílem této práce je zaměřit se na problém snižování zpoždění, tzv. tardiness, vybrané zakázky v obdrženém rozvrhu, jakožto běžně řešený problém při plánování výroby. Zaměříme se na identifikaci tzv. úzkých hrdel daných rozvrhů za úče- lem relaxace omezujících podmínek souvisejících s těmito úzkými hrdly. Pro tento účel představíme dvě metody. První adaptuje existující přístupy z literatury v kombinaci s návrhy obecných relaxací podmínek. Druhá identifikuje potenciální zlepšení v relaxova- ných verzích problému a navrhuje relaxace zaměřující se na konkrétní zpožděnou zakázku. Numerické experimenty ukazují, že zatímco první metoda nachází dobrá zlepšující řešení za nízké ceny, druhá metoda je v nacházení zlepšujících řešení více konzistentní. Keywords: plánování výroby|RCPSP|úzká hrdla|relaxování omezujících podmínek; scheduling|RCPSP|bottlenecks|constraint relaxation Available in a digital repository NRGL Identifikace úzkých hrdel pro relaxaci podmínek v rozvrhování projektů

In modern manufacturing systems, production planners create schedules by iteratively obtaining proposed schedules and adjusting input parameters to satisfy multiple, often competing, optimization ...

Nedbálek, Lukáš; Švancara, Jiří; Bulín, Jakub
Univerzita Karlova, 2024

Význam různých zdrojů a sekvenančních protokolů při zvyšování přesnosti NGS analýz v diagnostických aplikacích
Kvapilová, Kateřina; Kozmik, Zbyněk; Piherová, Lenka; Slabý, Ondřej
2024 - English 1 ABSTRACT Continued advances in next-generation sequencing (NGS) technology, such as capacity, speed, and reduced cost per sequenced base, revolutionize personalized medicine and bring genomics into routine clinical practice. Nevertheless, NGS is still under rapid development, and the variability of sequencing protocols and validation procedures is one of its current bottlenecks. This thesis aimed to study the influence of different sample sources and NGS protocols (NGS library construction-sequencing-data analysis) on the accuracy of NGS analysis in diagnostic applications. In the first study, performed during the COVID-19 pandemic outbreak, we developed NGS protocols suitable for a whole genome analysis of the SARS-CoV-2 virus. Subsequently, in the second study, we examined the suitability of human saliva-derived gDNA for genomic/genetic analysis of selected variant types compared to traditional blood-derived gDNAusing validated NGS protocol and statistical comparison of the obtained data. Whole genome analysis of the SARS-CoV-2 genome was performed using two captured- based approaches and one amplicon-based approach to study the quality and effectivity of the respective NGS protocols. Synthetic controls were employed to verify the accuracy and specificity of the developed NGS protocols. We proved that... 1 Souhrn Neustálé pokroky v technologii sekvenování nové generace (NGS), jakými jsou kapacita, rychlost a snížené náklady na sekvenovaní, vedou k revoluci v personalizované medicíně, tím, jak postupně přináší genomiku do rutinní klinické praxe. NGS se stále rychle vyvíjí, avšak variabilita sekvenačních protokolů a validačních postupů je jedním z jeho problematických rysů. Cílem této práce bylo zhodnotit význam různých zdrojů vzorků a sekvenačních protokolů (od přípravy sekvenační knihovny-sekvenování-analýzi dat) pro zvýšení přesnosti NGS analýzy v diagnostických aplikacích. V první studii, provedené během vypuknutí pandemie COVID-19, jsme vyvinuli NGS protokoly vhodné pro analýzu celého genomu viru SARS-CoV-2. Následně jsme ve druhé studii zkoumali vhodnost lidské genomické DNA (gDNA) pocházející ze slin pro genomickou/genetickou analýzu vybraných variantních k tradiční gDNApocházející z krve pomocí validovaného NGS protokolu a statistického srovnání získaných dat. K ověření účinnosti sekvenačních protokolů pro analýzu celého genomu SARS-CoV-2 byly použity dva sekvenační přístupy založené na zachycení části genomu a jeden sekvenanční přístup založený na amplifikaci částí genomů. K ověření přesnosti a specifičnosti vyvinutých NGS protokolů byly použity syntetické kontroly. Prokázali jsme, že kvantifikace... Keywords: NGS; WGS; WES; analýza variant; slinná gDNA; validace NGS protokolu; NGS; WGS; WES; genomics variant analysis; saliva-derived gDNA; validation guideline Available in a digital repository NRGL Význam různých zdrojů a sekvenančních protokolů při zvyšování přesnosti NGS analýz v diagnostických aplikacích

1 ABSTRACT Continued advances in next-generation sequencing (NGS) technology, such as capacity, speed, and reduced cost per sequenced base, revolutionize personalized medicine and bring genomics into ...

Kvapilová, Kateřina; Kozmik, Zbyněk; Piherová, Lenka; Slabý, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Gabrielova-Roiterova míra v teorii reprezentací
Krasula, Dominik; Šťovíček, Jan
2024 - English The Gabriel-Roiter measure is a module-theoretic invariant, defined in 1972 by P. Gabriel. It is an order-preserving function that refines a composition length of a module by also taking lengths of indecomposable submodules into account. We calculate all Gabriel-Roiter measures for finite-length representa- tions of an orientation of a Dynkin graph D4 and an orientation of a Euclidean graph ˜A3. In 2007, H. Krause proposed a combinatorial definition of the Gabriel-Roiter measure based on other length functions instead of composition length. We study these alternative Gabriel-Roiter measures on thin representations of quiv- ers whose underlying graph is a tree. 1 Gabriel-Roiterova míra je invariant na modulech, definovaný v roce 1973 P. Gabrielem. Je to uspořádání-zachovávajicí funkce, která zjemňuje kompoziční délku modulu tím, že bere v potaz též délky nerozložitelných podmodulů. Spočí- táme všechny Gabriel-Roiterovi míry pro reprezentace konečné délky pro konkrét- ní orientaci Dynkinova grafu D4 a Euklidovského grafu ˜A3. V roce 2007 H. Krause navrhl kombinatorickou definici Gabriel-Roiterovi míry založenou na jiných funkcích než kompoziční délce. Tyto alternativní Gabriel- Roiterovi míry studujeme na tenkých reprezentacích toulců, které neobsahují neorientované cesty. 1 Keywords: Gabriel-Roiter measure|representations of quivers|thin representations; Gabriel-Roiterova míra|reprezentace toulců|tenké reprezentace Available in a digital repository NRGL Gabrielova-Roiterova míra v teorii reprezentací

The Gabriel-Roiter measure is a module-theoretic invariant, defined in 1972 by P. Gabriel. It is an order-preserving function that refines a composition length of a module by also taking lengths of ...

Krasula, Dominik; Šťovíček, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Optimální prostory funkcí pro vážená Sobolevova vnoření s monomiální vahou
Drážný, Ladislav; Mihula, Zdeněk
2024 - English In this thesis we study a weighted Sobolev-type inequality for functions from a certain Sobolev-type space that is built upon a rearrangement-invariant space. Considered rear- rangement-invariant spaces are defined on the space Rn endowed with the measure that is given by a monomial weight. We prove a so-called reduction principle for the Sobolev- type inequality. The reduction principle represents a method of how to characterize the rearrangement-invariant spaces that satisfy the Sobolev-type inequality by means of one- dimensional inequalities. Next, for a fixed domain rearrangement-invariant space, we describe the optimal, i.e. the smallest target rearrangement-invariant space such that the Sobolev-type inequality holds. Finally, we describe some concrete examples. We describe the optimal spaces for Lorentz-Karamata spaces. 1 V této práci studujeme jistou váženou Sobolevovu nerovnost pro funkce z daného Sobolevova prostoru, jenž je vybudován nad prostorem s normou nezávisející na pře- rovnání. Uvažované prostory s normou nezávisející na přerovnání jsou zavedeny na pro- storu Rn s váženou mírou, jež je definována pomocí monomiální váhy. V práci dokážeme redukční princip pro danou Sobolevovu nerovnost. Redukční princip představuje metodu, jak za použití nerovností zahrnujících funkce pouze jedné proměnné charakterizovat pro- story s normou nezávisející na přerovnání, jež splňují zkoumanou Sobolevovu nerovnost. Pro pevně zvolený prostor s normou nezávisející na přerovnání dále nalezneme optimální, tedy nejmenší, prostor s normou nezávisející na přerovnání, jenž splňuje Sobolevovu ne- rovnost. Nakonec odvodíme charakterizaci těchto optimálních prostorů pro Lorentzovy- Karamatovy prostory. 1 Keywords: prostory funkcí s normou invariantní k přerovnání|Sobolevova vnoření|monomiální váhy|optimální prostory funkcí|Lorentzovy-Karamatovy prostory; rearrangement-invariant function spaces|Sobolev embeddings|monomial weights|optimal function spaces|Lorentz-Karamata spaces Available in a digital repository NRGL Optimální prostory funkcí pro vážená Sobolevova vnoření s monomiální vahou

In this thesis we study a weighted Sobolev-type inequality for functions from a certain Sobolev-type space that is built upon a rearrangement-invariant space. Considered rear- rangement-invariant ...

Drážný, Ladislav; Mihula, Zdeněk
Univerzita Karlova, 2024

Za zvukem literatury. Zkoumání inherentního hlasu literárních děl
Navrátilová, Eva; Bílek, Petr; Kaplický, Martin; Kroča, David
2024 - English Charles University Faculty of Arts Department of Czech and Comparative Literature Philology (P7310) - General and Comparative Literature (P0232D090050) Abstract (EN) Towards the Sound of Literature Examining the Inherent Voice of Literary Works Za zvukem literatury Zkoumání inherentního hlasu literárních děl Mgr. & MgA. Eva Navrátilová Prague, 2024 Supervisor: Prof. PhDr. Petr A. Bílek, CSc. The dissertation strives for a comprehensive and at the same time universal con- cept of the topic of sound and literature. It is done so in various ways and in diverse contexts. The text relies on the inseparability of the auditory perception from the reading process itself (with certain exceptions, of course), both in the sense of un- derstanding the content through its sound, and in perceiving the sound structure of the text as the reader's individual implicit and immediate interpretation of the work. The concept of sound is in the vast majority of cases specified to the phenomenon of voice and speech, i.e. sounds that are eminently human. For the sake of systematic argumentation, the dissertation is divided into three parts. The first one in a form of a "cycle" deals with basic literary-theoretical concepts such as narrator and speech of the characters, to which actual speech is added as well as the concept of... Univerzita Karlova Filozofická fakulta Ústav české literatury a komparatistiky Filologie (P7310) - Obecná a srovnávací literatura (P0232D090050) Abstrakt (CZ) Za zvukem literatury Zkoumání inherentního hlasu literárních děl Towards the Sound of Literature Examining the Inherent Voice of Literary Works Mgr. & MgA. Eva Navrátilová Praha, 2024 Školitel: Prof. PhDr. Petr A. Bílek, CSc. Disertace se snaží o komplexní a zároveň univerzální pojetí tématu zvuku a lite- ratury. Činí tak různými způsoby a v rozmanitých kontextech. Text se spoléhá na neoddělitelnost sluchového vjemu od samotného procesu čtení (samozřejmě až na ur- čité výjimky) a to jak ve smyslu porozumění obsahu skrze jeho ozvučení, tak při pojímání zvukové struktury textu jako čtenářova individuální implicitního a bezpro- střední výkladu díla. Pojem zvuku je v naprosté většině případů zúžen na fenomén hlasu a řeči, tj. zvuků výsostně lidských. Pro systematičnost argumentace je disertace rozdělena do tří částí. První se ve formě "cyklu" vyrovnává se základními literárně-teoretickými pojmy jako vypravěč a řeč postav, ke kterým se přidává skutečná řeč a také pojem ticha v literatuře. Druhá část je pojata jako čtyři epizodní ozvěny prvotního nástinu "cyklu" a jedná se o dílčí separované náměty související se zvukem a literaturou, která dotvářejí... Keywords: zvuk v literatuře|proces čtení|hlas|ozvěna|čtení nahlas|tiché čtení|audiální potenciál|naratologie|psycholingvistika|multioborovost v literatuře; sound in literature|process of reading|voice|echo|oral reading|silent reading|auditory potential|narratology|psycholinguistics|multidisciplinarity in literature Available in a digital repository NRGL Za zvukem literatury. Zkoumání inherentního hlasu literárních děl

Charles University Faculty of Arts Department of Czech and Comparative Literature Philology (P7310) - General and Comparative Literature (P0232D090050) Abstract (EN) Towards the Sound of Literature ...

Navrátilová, Eva; Bílek, Petr; Kaplický, Martin; Kroča, David
Univerzita Karlova, 2024

Manželský život a televizní dramata: Zobrazení a vliv na vnímání manželství a nesezdané publikum
Masood, Muhammad Mujtaba; Jeřábek, Hynek; Remr, Jiří
2024 - English Keywords: TV dramata; vnímání; manželský život; neženatí diváci; mediální dopad; rodinné struktury; společenské hodnoty; disparity; pohlaví; nerealistická očekávání; posvátnost manželství; zdravější mediální prostředí; TV dramas; perceptions; married life; unmarried audience; media impact; family structures; societal values; disparities; gender; unrealistic expectations; marriage sanctity; healthier media environments Available in a digital repository NRGL Manželský život a televizní dramata: Zobrazení a vliv na vnímání manželství a nesezdané publikum

Masood, Muhammad Mujtaba; Jeřábek, Hynek; Remr, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Základní vlastnosti víceúrovňových metod
Minarovičová, Anna Marie; Papež, Jan; Pultarová, Ivana
2024 - English Multigrid methods are among the most effective iterative methods for the numerical solution of partial differential equations (PDEs). In the thesis, we consider Poisson's equation as the model problem and present its discretization by the finite difference method. Discretization of PDEs gives typically large algebraic systems of linear equations. Various iterative methods can struggle to find an enough accurate approximation within the allocated time. In particular, relaxation methods such as Jacobi or Gauss-Seidel effectively reduce oscillating parts of the error but are inefficient in reducing smooth error components. Multigrid methods combine relaxation methods with correction on a coarser grid to overcome this deficiency. The problem discretized on a coarser grid is smaller and easier to solve. Typically, a recursive error correction is considered using a hierarchy of grids until the coarsest problem is small enough to get a solution quickly by a direct solver. The purpose of this thesis is to discuss the main principles and thoughts behind the multigrid methods, alongside some practical examples and numerical experiments. Víceúrovňové metody patří mezi nejefektivnější iterační metody pro numerické ře- šení parciálních diferenciálních rovnic (PDR). V práci uvažujeme jako modelový problém Poissonovu rovnici a její diskretizaci metodou konečných diferencí. Obecně diskretizace PDR vede na velké soustavy lineárních rovnic. Různé iterační metody mohou mít potíže s nalezením dostatečně přesné aproximace v daném čase. Zejména relaxační metody, jako je Jacobi nebo Gauss-Seidel, účinně redukují oscilující části chyby, ale jsou neefektivní v redukci hladkých chybových složek. Multigridní metody kombinují relaxační metody s korekcí na hrubší síti, aby překonaly tento nedostatek. Problém diskretizovaný na hrubší síti je menší a snáze řešitelný. Oprava na hrubší síti se obvykle realizuje rekurzivně pomocí hierarchie sítí, dokud nejhrubší problém není dostatečně malý na to, aby jej bylo možné řešit přímým řešičem. Cílem této práce je diskutovat hlavní principy a myšlenky, které stojí za multigridními metodami, spolu s některými praktickými příklady a numerickými experimenty. Keywords: víceúrovňové metody|numerické metody|řešení soustav lineárních rovnic|hierarchie diskretizací; multigrid methods|numerical methods|solution of linear algebraic systems|discretization hierarchy Available in a digital repository NRGL Základní vlastnosti víceúrovňových metod

Multigrid methods are among the most effective iterative methods for the numerical solution of partial differential equations (PDEs). In the thesis, we consider Poisson's equation as the model problem ...

Minarovičová, Anna Marie; Papež, Jan; Pultarová, Ivana
Univerzita Karlova, 2024

Proč Romové nejsou teroristé: Přehodnocení sporných faktorů radikalizace
Kocmanová, Markéta; Aslan, Emil; Droogan, Julian; Lakhani, Suraj
2024 - English Research on radicalisation is characterised by an excessive emphasis on risk factors that lead to manifestations of different forms of extreme political violence. This dissertation presents the results of research focused on factors that make communities resilient against behavioural radicalisation. The empirical basis draws on extensive data from 139 research participants from six countries, obtained primarily from in-depth interviews and other ethnographic data collection techniques. Utilising Grounded Theory in Ethnography as the overarching methodological framework, I provide robust empirical evidence to build a unique case of group resilience against radicalisation among the Romani ethnic group. I identified five main factors of resilience that complement each other and work as brakes on behavioural radicalisation in mutual synergy. The factors of resilience are grounded in the organisational ontology of the group, their strong sense of belonging to a community, their propensity to avoid conflict, their ability to forgive rather than seek revenge, and a category of complex flexibility that includes present-time orientation, effective emotional regulation, and cognitive adaptability. I also identify risk factors related to potential radicalisation in the community, mainly the risk of continued... Výzkum radikalizace se vyznačuje nadměrným důrazem na rizikové faktory, které vedou k projevům různých forem extrémního politického násilí. Tato disertační práce představuje výsledky výzkumu zaměřeného na faktory, které činí komunity odolnými vůči behaviorální radikalizaci. Empirický základ vychází z rozsáhlých dat od 139 účastníků výzkumu ze šesti zemí, získaných především z hloubkových rozhovorů a dalších etnografických technik sběru dat. Jako obecný metodologický rámec využívám postupů zakotvené teorie v etnografii, která umožňuje na robustních empirických základech vystavět přesvědčivou a unikátní případovou studii skupinové odolnosti vůči radikalizaci mezi romskou etnickou menšinou. Identifikovala jsem pět hlavních faktorů odolnosti, které se vzájemně doplňují a synergicky působí jako brzda proti behaviorální radikalizaci. Faktory odolnosti spočívají v organizační ontologii skupiny, silném pocitu sounáležitosti s komunitou, sklonu vyhýbat se konfliktu, schopnosti odpouštět spíše než hledat pomstu a kategorii komplexní flexibility, která zahrnuje orientaci na přítomný okamžik, účinnou emoční regulaci a kognitivní adaptabilitu. Identifikuji také rizikové faktory související s potenciální radikalizací v komunitě, které spatřuji především v pokračující erozi tradičních romských hodnot. Keywords: kvalitativní rozhovory; marginalizované skupiny; násilný extremismus; odolnost vůči radikalizaci; radikalizace; terénní výzkum; terorismus; zakotvená teorie; Fieldwork; Grounded Theory; Marginalised Groups; Qualitative Interviews; Radicalisation; Resilience Against Radicalisation; Violent Extremism; Terrorism Available in a digital repository NRGL Proč Romové nejsou teroristé: Přehodnocení sporných faktorů radikalizace

Research on radicalisation is characterised by an excessive emphasis on risk factors that lead to manifestations of different forms of extreme political violence. This dissertation presents the ...

Kocmanová, Markéta; Aslan, Emil; Droogan, Julian; Lakhani, Suraj
Univerzita Karlova, 2024

Propojení transkripční regulace lipidového metabolismu a katastrofické mitózy u poltivé kvasinky
Marešová, Anna; Převorovský, Martin; Čáp, Michal; Veverka, Václav
2024 - English Linking regulation of lipid metabolism with nuclear division has recently become a thoroughly investigated phenomenon. It has been shown that an undisturbed lipid metabolism is required for proper mitotic division from yeasts to mammals. In my doctoral project, I focused on the transcriptional regulation of lipid metabolism genes with respect to mitotic fidelity in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Cbf11 and Mga2 are two transcriptional regulators of lipid metabolism genes. For a long time, it was assumed that they act as two independently functioning units. However, we have identified a novel regulatory partnership between Cbf11 and Mga2. Our results show that Cbf11 and Mga2 work closely together. In addition to regulating lipid metabolism, Cbf11 was known to be involved in cell cycle progression and a range of other processes. We have now determined that all known functions of Cbf11 require its canonical DNA-binding ability. Interestingly, we have identified novel roles for both Cbf11 and Mga2 and found that Mga2 mirrors the functions of Cbf11, including cell cycle control. Furthermore, we have shown that lipid metabolism has a pronounced impact on chromatin structure and the proper regulation of gene expression, and we have suggested how fatty acid synthesis contributes to mitotic... Propojení regulace metabolismu lipidů s jaderným dělením se v poslední době stalo předmětem intenzivního studia. Ukázalo se, že pro správné mitotické dělení je nutný nenarušený metabolismus lipidů, a to od kvasinek až po savce. Ve svém doktorském projektu jsem se zaměřila na transkripční regulaci genů lipidového metabolismu s ohledem na průběh mitózy u poltivé kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Cbf11 a Mga2 jsou dva transkripční regulátory genů metabolismu lipidů. Dlouho se předpokládalo, že působí jako dvě nezávisle fungující jednotky. My jsme však identifikovali nové regulační partnerství mezi Cbf11 a Mga2. Naše výsledky ukazují, že Cbf11 a Mga2 spolu úzce spolupracují. Kromě regulace metabolismu lipidů bylo známo, že se Cbf11 podílí na regulaci průchodu buněčným cyklem a na řadě dalších procesů. Nyní jsme zjistili, že všechny známé funkce proteinu Cbf11 vyžadují jeho schopnost kanonické vazby na DNA. Identifikovali jsme také nové role pro Cbf11 i Mga2 a zjistili jsme, že Mga2 zrcadlí funkce Cbf11, včetně regulace buněčného cyklu. Dále jsme ukázali, že metabolismus lipidů má výrazný vliv na strukturu chromatinu a správnou regulaci genové exprese, a popsali jsme, jak syntéza mastných kyselin přispívá ke správnému průběhu mitózy. Kromě toho jsme popsali nová propojení mezi metabolismem lipidů a... Keywords: Cbf11; Mga2; transkripční faktory; vazba na DNA; metabolismus lipidů; uzavřená mitóza; integrita genomu; poltivá kvasinka; Cbf11; Mga2; transcription factors; binding to DNA; lipid metabolism; closed mitosis; genome integrity; fission yeast Available in a digital repository NRGL Propojení transkripční regulace lipidového metabolismu a katastrofické mitózy u poltivé kvasinky

Linking regulation of lipid metabolism with nuclear division has recently become a thoroughly investigated phenomenon. It has been shown that an undisturbed lipid metabolism is required for proper ...

Marešová, Anna; Převorovský, Martin; Čáp, Michal; Veverka, Václav
Univerzita Karlova, 2024