Ano (283)
Použitá omezení
(3)
Počet nalezených dokumentů:
283
Publikováno od
do
Dung beetles of Central Europe: Diversity and conservation
AMBROŽOVÁ, Lucie
2023 - anglický
Tato disertační práce se skládá ze tří ochranářsky orientovaných studií, které se zabývají zejména faktory určujícími diverzitu koprofágních brouků ve střední Evropě. První studie hodnotila vliv rutinního odčervování hospodářských zvířat ivermektinem na druhovou diverzitu a funkční výkonnost společenstva koprofágních brouků. Druhá studie zkoumala vliv alternativních lesních managementů pařazení a odstranění svrchní vrstvy půdy na druhovou a funkční diverzitu lesních koprofágních brouků a drabčíků. Poslední studie se zabývala environmentálními a managementovými faktory, které určují -diverzitu koprofágních brouků, s cílem identifikovat prioritní oblasti druhové ochrany středoevropských Koprofágů. The thesis consists of three conservation-oriented studies, mainly focusing on the factors determining dung beetle diversity in Central Europe. We assessed the role of routine ivermectin treatment on diversity and functional performance of dung beetle community. Alternative forest managements of coppicing and additional topsoil removal were evaluated in terms of their suitability for increasing diversity of dung-inhabiting dung and rove beetles. Further, we examined environmental and management-related factors driving dung beetle beta-diversity to facilitate conservation prioritization of Central European dung beetles.
Klíčová slova:
ivermektin; beta-diverzita; ochrana přírody; chráněné druhy; koprofágní brouci; Scarabaeidae; Geotrupidae; pastevní management
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Dung beetles of Central Europe: Diversity and conservation
Tato disertační práce se skládá ze tří ochranářsky orientovaných studií, které se zabývají zejména faktory určujícími diverzitu koprofágních brouků ve střední Evropě. První studie hodnotila vliv ...
Isolation and characterisation of extracellular vesicles of parasitic helminths
MAZANEC, Hynek
2023 - anglický
Exkrečně sekreční produkty (ESP) slouží jako důležití mediátoři mezibuněčných a mezidruhových komunikací. Původně se předpokládalo, že jsou vylučovány hlavně v rozpustné formě, ale nedávné objevy naznačují i jejich vylučování za pomoci extracelulárních vezikul (EV). Tyto membránové částice poskytují svému obsahu ochranu před degradací a zároveň i cílený transport skrz specifických receptorů na svém povrchu. Díky tomu jsou studovány jako silné imunomodulátory vztahů mezi hostitelem a patogenem. S ohledem na parazitické helminty, EV jsou studovány jako prostředky pro diagnostiku, vakcinaci či terapii. Nicméně jejich obecná biologie, zejména pak jejich biogeneze, je stále špatně prostudována v porovnání s jejich potenciální funkců. Cílem této práce je tedy podrobněji prozkoumat sekreční aktivitu EV u různých zástupců tasemnic a jejich životních stádií. Životní cyklus tasemnice Schistocephalus solidus byl založen v laboratorních podmínkách za účelem studia sekrece EV napříč jednotlivými stádii. Zároveň jsme prozkoumali hlavní cesty biogeneze EV u tasemnice Hymenolepis diminuta za pomoci ultrastrukturních a proteomických analýz. Oba směry zároveň umožnily porovnání tvorby EV u tasemnic s různými typy hostitelů. Excretory-secretory products (ESP) serve as important mediators of intercellular and inter-species communication. They were originally thought to be secreted mainly in a soluble form, but recent discoveries indicate their delivery through extracellular vesicles (EVs). These membraneous particles provide protection from degradation for some of their components, as well as targeted delivery through various receptors on their surface. As such they have been studied as potent immunomodulators in host-pathogen relationships. With respect to parasitic helminths, EVs are being studied as agents for diagnosis, vaccination or therapeutics. However, their general biology, especially their biogenesis patterns, is still poorly understood compared to their functional role.Therefore, the goal of this thesis is to investigate in more detail the secretion activity of EVs in different tapeworms and their life-cycle stages. Under laboratory conditions, the life cycle of Schistocephalus solidus, a tapeworm with an aquatic life cycle, was established to explore EVs secretion at different developmental stages. Moreover, we used proteomic analyses and ultrastructural observations to identify the main biogenesis pathways behind EVs secretion in a terrestrial tapeworm Hymenolepis diminuta. This also allowed for the comparison of EVs generation in tapeworms with different host types.
Klíčová slova:
Extracelulární vezikuly; parazit; tasemnice; Schistocephalus solidus; Hymenolepis diminuta; elektronová mikroskopie; proteomika
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Isolation and characterisation of extracellular vesicles of parasitic helminths
Exkrečně sekreční produkty (ESP) slouží jako důležití mediátoři mezibuněčných a mezidruhových komunikací. Původně se předpokládalo, že jsou vylučovány hlavně v rozpustné formě, ale nedávné objevy ...
Microbial and Viral Genomic Diversity in Freshwater Environments
SILVA KAVAGUTTI, Vinicius
2022 - anglický
Most abundant microbes from natural environments remain uncultured as traditional culture approaches fail to sufficiently simulate native conditions. Moreover, the efforts to obtain axenic cultures are also hampered due to inter-microbial dependencies. The absence of cultured representatives has several downstream effects, e.g., little chance of experimentation and creating genetic models or hypothesis testing, phage isolation, or even producing complete, closed reference genomes. Lack of all these maintains severe gaps in our abilities to understand microbes in appropriate phylogenetic and ecological contexts and also their habitat at large. This thesis tries to circumvent these issues through a meticulous investigation of freshwater microbes and their viruses using a metagenomic approach in the Římov reservoir. Most abundant microbes from natural environments remain uncultured as traditional culture approaches fail to sufficiently simulate native conditions. Moreover, the efforts to obtain axenic cultures are also hampered due to inter-microbial dependencies. The absence of cultured representatives has several downstream effects, e.g., little chance of experimentation and creating genetic models or hypothesis testing, phage isolation, or even producing complete, closed reference genomes. Lack of all these maintains severe gaps in our abilities to understand microbes in appropriate phylogenetic and ecological contexts and also their habitat at large. This thesis tries to circumvent these issues through a meticulous investigation of freshwater microbes and their viruses using a metagenomic approach in the Římov reservoir.
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Microbial and Viral Genomic Diversity in Freshwater Environments
Most abundant microbes from natural environments remain uncultured as traditional culture approaches fail to sufficiently simulate native conditions. Moreover, the efforts to obtain axenic cultures ...
W chromosomes in Lepidoptera: evolution, diversity and molecular features
HEJNÍČKOVÁ, Martina
2022 - anglický
Sex chromosome evolution is a fascinating and very dynamic process, which is best to be studied on diverse groups of organisms. Moths and butterflies (Lepidoptera) are known for their species diversity and female heterogamety, which makes them an ideal research model. Most species of Lepidoptera have a WZ/ZZ (female/male) system, although some species lack the W chromosome. The first part of this thesis discusses possible mechanisms and points of its origin in terms of phylogeny. Specifically, it focuses on the lack of W chromosome in the group of bagworms (Psychidae), supporting recent theory about the independent origin of W chromosomes in Lepidoptera. The second part of the thesis provides valuable information about the W chromosome variability and molecular content within the group of loopers (Geometridae). Finally, the third part describes the accumulation of retrotransposons on the W chromosome in Peribatodes rhomboidaria and emphasizes their importance in the process of sex chromosome differentiation.
Klíčová slova:
W chromosome; sex chromosomes; Lepidoptera; moths and butterflies; sex chromosome evolution; sex determination; retrotransposons; Geometridae; Psychidae; sex chromatin; repetitive DNA
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
W chromosomes in Lepidoptera: evolution, diversity and molecular features
Sex chromosome evolution is a fascinating and very dynamic process, which is best to be studied on diverse groups of organisms. Moths and butterflies (Lepidoptera) are known for their species ...
Conservation genetics of Galápagos mockingbirds: from immune genes to genomes
VLČEK, Jakub
2022 - anglický
In this thesis I have dealt with the population genetic processes of mockingbirds in the Galápagos Islands ( Mimus ) in relation to the limited island area, from the perspective of two types of immune genes and the genome-wide approach. The thesis starts with an introduction to population genetic concepts relevant to conservation genetics followed by description of immune genes: the major histocompatibility complex (MHC) and the Toll-like receptors (TLR). In the final part of the introduction, I address how genetic drift, selection and inbreeding shape genome-wide genetic patterns in small populations. The introduction is followed by four chapters, beginning with an examination of MHCII polymorphism in populations of mockingbirds in the Galápagos Islands. The study of the relationship between MHCII and the abundance of ectoparasites is the content of the second chapter. The third chapter shows how polymorphism of TLRs is shaped by interaction of genetic drift and natural selection. The last chapter deals with the effects of limited island size on inbreeding and genetic load, supported by inferences of the past demography of mockingbirds. The thesis concludes with a summary of the results and their potential implications in the field of conservation genetics. In this thesis I have dealt with the population genetic processes of mockingbirds in the Galápagos Islands ( Mimus ) in relation to the limited island area, from the perspective of two types of immune genes and the genome-wide approach. The thesis starts with an introduction to population genetic concepts relevant to conservation genetics followed by description of immune genes: the major histocompatibility complex (MHC) and the Toll-like receptors (TLR). In the final part of the introduction, I address how genetic drift, selection and inbreeding shape genome-wide genetic patterns in small populations. The introduction is followed by four chapters, beginning with an examination of MHCII polymorphism in populations of mockingbirds in the Galápagos Islands. The study of the relationship between MHCII and the abundance of ectoparasites is the content of the second chapter. The third chapter shows how polymorphism of TLRs is shaped by interaction of genetic drift and natural selection. The last chapter deals with the effects of limited island size on inbreeding and genetic load, supported by inferences of the past demography of mockingbirds. The thesis concludes with a summary of the results and their potential implications in the field of conservation genetics.
Klíčová slova:
population genetics; birds; inbreeding; genetic drift; immunogenetics; conservation; MHC; TLR; major histocompatibility complex; Toll-like receptors; genome; genetic load; extinction; effective population size; island size
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Conservation genetics of Galápagos mockingbirds: from immune genes to genomes
In this thesis I have dealt with the population genetic processes of mockingbirds in the Galápagos Islands ( Mimus ) in relation to the limited island area, from the perspective of two types of ...
Drivers of karyotype evolution in Lepidoptera
PROVAZNÍKOVÁ, Irena
2022 - anglický
Research of lepidopteran karyotypes and their evolution has been challenging for decades due to their many peculiar characteristics. However, this field has advanced thanks to modern cytogenetic techniques and sequencing technologies. We combined explored possibilities how to detect chromosomal rearrangements, and cytogenetic and genomic approaches to explore evolutionary forces shaping karyotypes of non-model Lepidoptera including representatives of early diverging species. Results obtained in the present thesis point to a possible role of satellite DNA and sexual antagonistic selection in mobilisation of rDNA and sex chromosome turnover, respectively.
Klíčová slova:
Lepidoptera; karyotype evolution; sex chromosomes; repetitive sequences; chromosomal rearrangements; gene families; FISH
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Drivers of karyotype evolution in Lepidoptera
Research of lepidopteran karyotypes and their evolution has been challenging for decades due to their many peculiar characteristics. However, this field has advanced thanks to modern cytogenetic ...
Role of adenosine pathway on cell growth and stress response in Drosophila
MAAROUFI, Houda Ouns
2022 - anglický
The thesis surveyed the effects of the adenosine pathway on cell growth and stress response. We described the effects of mutation of the concentrative nucleoside transporter cnt1 on male fertility, particularly spermatogenesis, using a Drosophila melanogaster model. We also described the effects of the adenosine pathway on the cytotoxicity of mHTT. The thesis surveyed the effects of the adenosine pathway on cell growth and stress response. We described the effects of mutation of the concentrative nucleoside transporter cnt1 on male fertility, particularly spermatogenesis, using a Drosophila melanogaster model. We also described the effects of the adenosine pathway on the cytotoxicity of mHTT.
Klíčová slova:
cell growth; stress response; cnt1; adenosine pathway; metabolism; mHTT
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Role of adenosine pathway on cell growth and stress response in Drosophila
The thesis surveyed the effects of the adenosine pathway on cell growth and stress response. We described the effects of mutation of the concentrative nucleoside transporter cnt1 on male fertility, ...
Ecology of alpine plants at their uppermost limit in the Himalayas
CHLUMSKÁ, Zuzana
2022 - anglický
This dissertation studies the key abiotic factors and plant characteristics that influence the performance of the highest growing herbaceous alpine plants in Ladakh, Western Himalayas, and examines vegetation changes likely associated with climate change. The study site, located in the Rupshu region of eastern Ladakh, hosts some of the world´s highest-growing angiosperm plant species that occur above 6000 m a.s.l. The gentle slopes characteristic for the region, resulting in long elevational gradients, are particularly suitable for studying plant adaptations to the harsh dry and cold environment typical of whole Ladakh. The study presents novel insights into the causes of plant elevation limits and the direction of the vegetation shifts related to climate change at the very edge of the existence of angiosperms.
Klíčová slova:
alpine plants; herbaceous plants; Western Himalayas; high elevation; elevational distribution limits; climate change; nonstructural carbohydrates
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Ecology of alpine plants at their uppermost limit in the Himalayas
This dissertation studies the key abiotic factors and plant characteristics that influence the performance of the highest growing herbaceous alpine plants in Ladakh, Western Himalayas, and examines ...
Anti-inflammatory and immunomodulatory activities of Ixodes ricinus salivary proteins
CHLASTÁKOVÁ, Adéla
2022 - anglický
Ticks are highly specialized obligate ectoparasites whose life cycle is fully dependent on obtaining a blood meal from a host. To prevent blood clotting and counteract the host's immune and wound healing responses, ticks secrete saliva, containing hundreds to thousands of proteins and non-proteins, into the feeding cavity. This thesis focuses on deciphering the function of three serpins (inhibitors of serine proteases) expressed in the salivary glands of the European tick Ixodes ricinus. Iripin-1, Iripin-3, and Iripin-8 were produced in the Escherichia coli expression system, and their effects on the immune response were evaluated using various in vitro assays and a mouse model of acute inflammation. Furthermore, the thesis involves one review article that summarizes the role of serpins in tick physiology and tick-host interaction.
Klíčová slova:
tick saliva; Ixodes ricinus; serpin; immune response; inflammation
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Anti-inflammatory and immunomodulatory activities of Ixodes ricinus salivary proteins
Ticks are highly specialized obligate ectoparasites whose life cycle is fully dependent on obtaining a blood meal from a host. To prevent blood clotting and counteract the host's immune and wound ...
Kvalita spermatu ovlivňuje oplození u sladkovodních ryb
CHENG, Yu
2022 - anglický
Krátkodobé uchování spermatu v líhňařské praxi ryb je hojně využívanou technikou při umělém oplození, a to díky své výhodnosti, nízké ceně a praktičnosti. V kapitole 2 byly porovnány tři techniky inkubace jiker s cílem ověřit jednoduchou a účinnou metodu inkubace oplozených jiker u jesetera malého. Bylo sledováno procento oplození, neurulace, líhnutí embryí a larev tak, aby bylo možné porovnat účinky inkubačních systémů umístění Petriho misek 1) v nádrži líhně, 2) na stole v malém inkubačním boxu v klimatizované místnosti nebo 3) v termostatickém inkubačním boxu. Mezi těmito systémy inkubace jiker v Petriho miskách nebyly zjištěny rozdíly. Získané zkušenosti umožnily využít tento způsob inkubace v Petriho miskách u dalších druhů ryb, jako jsou kapr a zebřička. V kapitole 3 byla pozornost věnována procesům aktivace a oplození jiker. U jesetera malého, jakožto modelového druhu jeseterovitých ryb bylo zásadní standardizovat postupy oplození. Byla zkoumána úroveň neurulace a míra líhnutí (%) embryí. Bylo použito více násobné ošetření spermií při oplození s různým gradientem počtu spermií a objemem aktivačního roztoku pro oplození jiker a dále stanoven minimální počet spermií při optimálním objemu aktivační vody. Pokusy s umělým oplozením ukázaly, že k úspěšnému oplození postačuje celkem 50 000 spermií v 8 ml, resp. 32 ml aktivační vody. Bylo zjištěno, že velmi nízká koncentrace 100 - 1 300 spermií v ml aktivační vody může zabezpečit účinné oplodnění při použití kvalitního spermatu. Kapitola 4 zkoumala management spermií, včetně zablokování spontánního pohybu spermií, složení umělé semenné plazmy a použití přirozené semenné plazmy z dobrého spermatu. U zebřičky se zkoumala optimalizace oplození pomocí různých metod, poměr spermie : vajíčko a minimální koncentrace spermií na ml aktivačního roztoku. Výsledky ukázaly, že extendor E400 je účinný při uchování spermií zebřiček; zkumavka s přesně definovaným množstvím 6 000 000 spermií zebřičky v extendoru E400 na 100 vajíček a 100 ?l aktivačního roztoku se ukázala být úspěšnější než použití Petriho misky. Spermie sumce velkého lze uchovat v imobilizačním roztoku po dobu až 1 týdne, přičemž si spermie zachovávají dostatečnou kvalitu pro úspěšné oplodnění a získání normálního plůdku. Bylo zjištěno, že spermie jesetera malého špatné kvality lze revitalizovat inkubací v semenné plazmě spermatu s dobrou motilitou spermií. Dosažené výsledky pomáhají stanovit metodu uchování spermií in vitro a postupy oplození u sladkovodních ryb. Kapitola 5, aktivační roztok je jedním z klíčových faktorů zabezpečující výkonnost spermiím během oplodnění. Byly použity různé aktivační roztoky, aby se otestovala praktická účinnost použití v líhni se spermiemi, které byly stárnoucí, ale zředěné v umělé semenné plazmě. Z rozsáhlých pokusů s umělým oplodněním vyplynulo, že oplození a lepivosti byly vysoké (78-87 %) po týdenním uchování spermií v umělé semenné plazmě kapra v aktivačních roztocích jako voda z líhně a roztok Perchec. Výsledky nabídly praktický základ pro další využití stárnoucího spermatu v líhni. V kapitole 6 této studie jsme použili stárnoucí sperma kapra obecného k vyhodnocení pohyblivosti a kinematiky spermií. Bylo provedeno přesné hodnocení životaschopnosti spermií, osmolality a pH semenné plazmy, aby bylo možné vyhodnotit vliv krátkodobého uchování in vitro na spermie. Byla také provedena analýza metylace DNA založená na celo genomovém bisulfitovém sekvenování k odhalení molekulárních změn stárnoucích spermií. Výsledky ukázaly, že stárnutí u spermií kapra obecného má značně negativní dopad na jejich výkonnost a na úspěšnost umělého oplodnění. Kromě toho se úroveň metylace v cytosin-fosfát-guaninových místech výrazně zvýšila u spermií 24 hodin po odběru spermatu ve srovnání se skupinou čerstvých spermií, ale poté se výrazně snížila v 96 hodinách po odběru spermatu. Výsledky přispěly k výzkumu fenotypu a funkčních změn spermií kapra obecného a k pochopení molekulárních změn při uchování spermií. Short-term storage of sperm is a widely used technique during artificial fertilization in hatchery practice due to its convenient, inexpensive and practical value. Chapter 2, three egg incubation techniques were compared to supply one simple and efficiency method to incubate fertilized sterlet eggs. The percentage of cleavage, neurulation and hatching rates of embryos and larvae were examined to compare the effects of incubation systems consisting of placing Petri dishes 1) in the hatchery tank, 2) on a table in small incubation box in an air-conditioned room or 3) in a large thermostatic incubator box. No significant differences were found among these egg incubation systems. The experience gained allowed us to practice this simple method of egg incubation in Petri dishes on other fish species such as carp or zebrafish. Chapter 3, attention was paid to processes of egg activation and fertilization, which are highly important issues in fish reproductive biology. In the sterlet, multiple treatment groups with different gradient of spermatozoa number and volume of activation solution were used to fertilize eggs and further determine the minimum number of spermatozoa with optimal volume of activation water. The artificial fertilization experiments revealed that a total of 50,000 spermatozoa in 8 ml or 32 ml of activation water was sufficient for successful fertilization. It was obtained that a very low concentration of 100-1,300 spermatozoa per ml in activation water can achieve efficient fertilization with good quality sperm. Chapter 4, sperm managements including prevent sperm spontaneous movement, artificial seminal plasma composition, use of natural seminal plasma from good sperm were explored. The fertilization optimizations with different methods, spermatozoa: egg ratio and minimum sperm concentration were also examined in zebrafish. Results indicated that extender E400 was efficient during zebrafish sperm storage; a test tube with a well-defined amount of 6,000,000 zebrafish spermatozoa in E400 extender per 100 eggs and 100 ?L of activation solution has proven to be more successful than using a Petri dish. Sperm of European catfish can be collected and stored in immobilization solution for as long as 1 week for successful fertilization. Sterlet sperm with bad quality can be revitalized by incubation with seminal plasma from good sperm. The results help to establishing a sperm in vitro storage method and fertilization procedures in freshwater fishes. Chapter 5, activation solution is one of the key factors providing sperm and egg performance during fertilization. Different activation solutions were employed to test the practical application efficiency in a hatchery jar with sperm that was aged but diluted in artificial seminal plasma. The large-scale artificial fertilization trials indicated that fertilization and hatching rate were high (78-87%) after one week of sperm storage in a carp artificial seminal plasma in activation solutions as hatchery water and Perchec solution. Results offered the practical basic for the further application of aging sperm in a hatchery. Chapter 6, in this study, aged sperm in common carp was used to evaluate the sperm motility and kinematics, sperm viability, osmolality and pH of seminal plasma sperm short-term in vitro storage. DNA methylation analysis based on the whole-genome bisulfite sequencing was also performed to reveal the molecular changes of aging sperm. The results showed that aging spermatozoa in common carp has a considerable negative impact on their performance and as well as artificial fertilization success. the level of methylation at the CpG sites increased significantly with 24 hours post stripping spermatozoa compared to the fresh group, but then reduced significantly at 96 hours post stripping. The results contribute to investigate the sperm phenotype and functional changes in common carp and providing clues for understanding the molecular changes during sperm storage
Klíčová slova:
kvalita spermatu; krátkodobé uchování spermatu; inkubace jiker; oplození; metylace DNA
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Kvalita spermatu ovlivňuje oplození u sladkovodních ryb
Krátkodobé uchování spermatu v líhňařské praxi ryb je hojně využívanou technikou při umělém oplození, a to díky své výhodnosti, nízké ceně a praktičnosti. V kapitole 2 byly porovnány tři techniky ...
NUŠL poskytuje centrální přístup k informacím o šedé literatuře vznikající v ČR v oblastech vědy, výzkumu a vzdělávání. Více informací o šedé literatuře a NUŠL najdete na webu služby.
Vaše náměty a připomínky posílejte na email nusl@techlib.cz
Provozovatel
Zahraniční báze