Yes (2240)
No (4)
Number of found documents:
2244
Published from
to
Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
Ivancová, Ivana
2023 - English
In the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate bearing squaramate moiety tethered to the position 5 via propargylamine linker. The monophosphate was used as a model compound to test the reactivity of this mixed squaramate in cross-linking reactions with lysine and short lysine containing peptides. Squaramate modified 2'-deoxycytidine 5'-O-triphosphate was found to be suitable substrate for KOD XL polymerase in both PEX and PCR synthesis of modified DNA. Squaramate modified DNA forms stable diamide linkage with primary amines. I tested the reactivity of this DNA probe in bioconjugation reactions with sulfo-Cy5-amine and lysine containing peptides. Afterwards, squaramate-linked DNA was successfully cross-linked with lysine rich histone proteins. This reactive squaramate modified nucleotide showed potential for following bioconjugation reactions of nucleic acids with amines or lysine containing peptides and proteins without the need of external reagent. Based on positive results of experiments with squaramate modified DNA, in the second part of the thesis I developed and synthesized squaramate modified ribonucleotide to study cross- linking with RNA... V první části dizertační práce jsem vyvinula reaktivní DNA sondu pro selektivní cross- linkování s lysinovými zbytky DNA vazebních proteinů. Připravila jsem 2'-deoxycytidin 5'-O- monofosfát a trifosfát nesoucí v poloze 5 squramátovou skupinu navázanou přes propargylaminovou spojku. Monofosfát byl použit jako modelová sloučenina na testování reaktivity tohoto smíšeného squaramátu v cross-linkových reakcích s lysinem a krátkými peptidy obsahujícími lysin. Squaramátem modifikovaný 2'-deoxycytidin 5'-O-trifosfát byl dobrým substrátem pro KOD XL polymerázu pro enzymovou syntézu DNA metodou extenze primeru (PEX) a taky metodou polymerázové řetězové reakce (PCR). Squaramátem modifikovaná DNA tvoří stabilní diamidové vazby s primárními aminy. Reaktivitu modifikované DNA jsem testovala v biokonjugačních reakcích se sulfo-Cy5- aminem a s peptidy obsahujícími lysin. Poté byla squaramátem modifikovaná DNA úspěšně kovalentně připojena k histonovým proteinům bohatým na lysin. Reaktivní, squaramátem modifikovaný nukleotid vykazoval potenciál pro další biokonjugační reakce nukleových kyselin s aminy nebo lysin obsahujícími peptidy a proteiny bez potřeby externího činidla. Na základě pozitivních výsledků experimentů se squaramátem modifikovanou DNA, jsem v druhé části práce vyvinula a připravila squaramátem...
Keywords:
DNA; RNA; biokonjugace; DNA; RNA; bioconjugation
Available in a digital repository NRGL
Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
In the first part of this thesis, I developed reactive DNA probe for selective cross-linking with lysine residues of DNA-binding proteins. I synthesized 2'-deoxycytidine 5'-O-mono- and triphosphate ...
Inženýrství a selekce vazebných proteinů rozpoznávajících medicínsky důležité cytokiny
Huličiak, Maroš
2023 - English
Protein engineering attracts more attention as a powerful tool of biotechnology and medicine. Small, engineered proteins derived from protein molecules of stable fold, the so called scaffolds, are potential replacements of supplements of more widely used antibodies. In this thesis, I introduce utilization of two scaffold molecules designed in our laboratory for development of stable and specific protein binders of high affinity. This thesis discusses the development of binders interacting with medically important human cytokines and their cellular receptors, interleukin-10, interleukin-28 receptor, and interleukin-9 receptor alpha. Recombinant cytokine and receptor proteins were expressed in eukaryotic cells in high yields and quality and served as molecular targets for selections using various display methods of directed evolution. We demonstrated that application of ribosome and yeast display methods or their unconventional combination in a newly developed integrated pipeline leads to successful generation of high affinity and specificity binders based on newly designed protein scaffolds called 57aBi and 57bBi. in Czech Proteinovému inženýrství se dostává čím dál tím více pozornosti jakožto užitečnému nástroji v oblasti biotechnologií a moderní medicíny. Malé, uměle vytvořené molekuly odvozené ze stabilních proteinů, tzv. skafoldů, jsou potenciální náhradou široce používaných protilátek. V této práci představuji využití dvou takovýchto skafoldů navržených v naší laboratoři pro vývoj stabilních vazebných proteinů s vysokou vazebnou afinitou i specifitou. Tato práce pojednává konkrétně o vývoji dvou vazebných molekul interagujících s lékařsky důležitými lidskými cytokiny a jejich buněčnými receptory - jmenovitě s interleukinem-10, receptorem interleukinu- 28 a alfa receptorem interleukinu-9. Rekombinantní cytokiny i oba receptory byly ve vysoké kvalitě a s vysokými výtěžky produkovány v eukaryotických buňkách a sloužily jako molekulární cíle pro selekci pomocí displejových metod řízené evoluce. Prokázali jsme, že aplikace ribozomálního a kvasinkového displeje, nebo jejich nekonvenční kombinace vede k úspěšnému generování vysoce afinitních a specifických vazebných molekul založených na nově navržených proteinových skafoldech nazvaných 57aBi a 57bBi.
Keywords:
proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; biofyzika; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure; biophysics
Available in a digital repository NRGL
Inženýrství a selekce vazebných proteinů rozpoznávajících medicínsky důležité cytokiny
Protein engineering attracts more attention as a powerful tool of biotechnology and medicine. Small, engineered proteins derived from protein molecules of stable fold, the so called scaffolds, are ...
Účinky Carotuximabu na expresi a signalizaci endoglinu při fibróze jater
Mohammadi, SeyedehNiloufar; Nachtigal, Petr; Rathouská, Jana
2023 - English
CHARLES UNIVERSITY Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical science Carotuximab effect on endoglin expression and signaling in liver fibrosis Diploma thesis Seyedehniloufar Mohammadi Hradec Králové 2022 Supervisor: Prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D. Consultant: M.Sc. Samira Eissazadeh Abstract Charles University, Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical Sciences Supervisor: Prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D Student: Seyedehniloufar Mohammadi Title of the thesis: Carotuximab effects on endoglin expression and signaling in liver fibrosis Objective of the thesis Endoglin is a 180 kDa transmembrane glycoprotein that acts as a coreceptor for binding to the Transforming growth factor β (TGFβ) superfamily and is found in two forms in the blood: membrane endoglin (Eng) and soluble endoglin (sEng) circulating in the blood. It has been demonstrated that Eng might play an important role in the process of liver fibrosis, inflammation, and endothelial dysfunction. According to different studies, Eng can have prefibrotic or antifibrotic activity. The precise impact of Eng expression and signalling changes, and sEng levels during liver disorders are still unknown. Carotuximab, TRC105 (chimeric IgG1), is a therapeutic monoclonal antibody that binds to... CHARLES UNIVERSITY Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical science Carotuximab effect on endoglin expression and signaling in liver fibrosis Diploma thesis Seyedehniloufar Mohammadi Hradec Králové 2022 Supervisor: Prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph.D. Consultant: M.Sc. Samira Eissazadeh Abstrakt Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Školitel: prof. PharmDr. Petr Nachtigal, Ph. D Student: Seyedehniloufar Mohammadi Název diplomové práce: Účinky karotuximabu na expresi a signalizaci endoglinu u jaterní fibrózy Cíl práce Endoglin je 180 kDa transmembránový glykoprotein, který působí jako koreceptor pro vazbu na superrodinu TGFβ a nachází se ve dvou formách v krvi: jako membránový endoglin (Eng) a rozpustný endoglin (sEng) cirkulující v krvi. Bylo prokázáno, že Eng může hrát důležitou roli v procesu jaterní fibrózy, zánětu a endotrlové dysfunkce. Podle různých studií může mít Eng profibrotickou nebo antifibrotickou aktivitu. Přesný dopad exprese Eng a změn signalizace a hladin sEng během jaterních poruch stále není znám. Carotuximab, TRC105 (chimerický IgG1), je monoklonální protilátka, která se váže na Eng a ovlivňuje jeho expresi, signalizaci a hladiny sEng. Hypotézou této práce je, že carotuximab zabraňuje jaterním...
Available in a digital repository NRGL
Účinky Carotuximabu na expresi a signalizaci endoglinu při fibróze jater
CHARLES UNIVERSITY Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biological and Medical science Carotuximab effect on endoglin expression and signaling in liver fibrosis Diploma thesis ...
Variabilita velikosti genomu u mikrořas a její evoluční důsledky
Čertnerová, Dora
2023 - English
Eukaryotic organisms exhibit tremendous variability in genome size with no apparent connection to their biological complexity. Although this variation is known to correlate with numerous phenotypic traits, its evolutionary consequences remain widely unknown. This particularly applies to microalgae, where the genome size estimation is often methodologically challenging. Yet, microalgae represent a promising model group to study genome size evolution owing to their lower body complexity, short generation time and large population sizes, the latter two allowing them to quickly respond to environmental challenges. The main aim of this thesis was to enhance our understanding of genome size variation in microalgae and its evolutionary consequences. To do so, together with my co-authors, I summarized the flow cytometry (FCM) protocols used for microalgae and microorganisms possessing small genomes and addressed their limitations resulting mainly from insufficient amounts of biomass, difficulties with nuclei extraction and prominent background noise due to presence of various pigments and secondary metabolites. Further, I provided best practice recommendations that include, among others, analysing young cultures, avoiding long-term cultivation, and testing different isolation buffers and nuclei isolation... Eukaryotic organisms exhibit tremendous variability in genome size with no apparent connection to their biological complexity. Although this variation is known to correlate with numerous phenotypic traits, its evolutionary consequences remain widely unknown. This particularly applies to microalgae, where the genome size estimation is often methodologically challenging. Yet, microalgae represent a promising model group to study genome size evolution owing to their lower body complexity, short generation time and large population sizes, the latter two allowing them to quickly respond to environmental challenges. The main aim of this thesis was to enhance our understanding of genome size variation in microalgae and its evolutionary consequences. To do so, together with my co-authors, I summarized the flow cytometry (FCM) protocols used for microalgae and microorganisms possessing small genomes and addressed their limitations resulting mainly from insufficient amounts of biomass, difficulties with nuclei extraction and prominent background noise due to presence of various pigments and secondary metabolites. Further, I provided best practice recommendations that include, among others, analysing young cultures, avoiding long-term cultivation, and testing different isolation buffers and nuclei isolation...
Keywords:
velikost genomu; průtoková cytometrie; variabilita obsahu DNA; zlativky; adaptivní potenciál; genome size; flow cytometry; DNA content variation; microalgae; golden-brown algae; adaptive potential
Available in a digital repository NRGL
Variabilita velikosti genomu u mikrořas a její evoluční důsledky
Eukaryotic organisms exhibit tremendous variability in genome size with no apparent connection to their biological complexity. Although this variation is known to correlate with numerous phenotypic ...
Evoluční procesy formující rod Urtica L. (Urticaceae) v Evropě a přilehlých oblastech
Rejlová, Ludmila
2023 - English
Although European flora belongs among the best explored, there are still several marginally studied groups. One striking example is the polyploid complex of Urtica dioica, with multiple rare diploid taxa, which are often found in remote and partly relict geographic ranges, in contrast to cosmopolitan tetraploid individuals, which occur in a variety of synanthropic habitats and have an unknown evolutionary history. The thesis primarily deals with the evolution of diploid taxa recognized in Europe and contiguous areas of Southwest Asia (Urtica dioica subsp. kurdistanica, U. d. subsp. pubescens, U. d. subsp. sondenii, U. d. subsp. subinermis). This can lay the foundation for understanding phylogenetic relationships and revealing the evolutionary history of polyploids (U. d. subsp. dioica). The study also concerns itself with other related species outside of the complex U. dioica, especially from the Mediterranean area. An extensive dataset of 7012 samples from 1317 populations in a cytogeographical study has been analyzed, which covers most of the currently accepted diploid subspecies of U. dioica. From the entire dataset, a set of 279 plants (evenly representing the geographical and morphological variation) was used to estimate the extent of phylogenetic and morphological differentiation. The... Přestože evropská flóra patří mezi vůbec nejlépe probádané, můžeme v ní i tak nalézt řadu jen okrajově studovaných skupin. Jedním z takových příkladů je i polyploidní komplex kopřivy dvoudomé (Urtica dioica), ve kterém lze nalézt řadu vzácných diploidních taxonů, které se často vyskytují v nepřístupných a částečně reliktních oblastech, na rozdíl od kosmopolitně rozšířených tetraploidních jedinců, kteří vyhledávají především rozličná synantropní stanoviště a jejichž evoluční historie zatím nebyla zcela objasněna. Předkládaná disertační práce pojednává zejména o evoluci diploidních taxonů, rozeznávaných na území Evropy a v přilehlých oblastech jihozápadní Asie (Urtica dioica subsp.kurdistanica, U. d. subsp. pubescens, U. d. subsp. sondenii, U. d. subsp. subinermis). Poznání evoluce na diploidní úrovni může položit základ k pochopení fylogenetických vztahů a odhalit tak evoluční historii polyploidů (U. d. subsp. dioica). Studie se zabývá i dalšími příbuznými druhy vně komplexu U. dioica, a to zejména z oblasti Středomoří. V rámci cytogeografické studie byl zpracován rozsáhlý soubor 7012 vzorků z 1317 populací, zahrnující většinu v současnosti uznávaných diploidních poddruhů U. dioica. Z celého souboru vzorků bylo následně vybráno 279 rostlin (rovnoměrně pokrývajících geografickou i morfologickou...
Available in a digital repository NRGL
Evoluční procesy formující rod Urtica L. (Urticaceae) v Evropě a přilehlých oblastech
Although European flora belongs among the best explored, there are still several marginally studied groups. One striking example is the polyploid complex of Urtica dioica, with multiple rare diploid ...
Časově závislé narušení CP symetrie v rozpadech B0 → ηc KS0 na experimentu Belle, Alignment detektoru Belle II
Bilka, Tadeáš; Doležal, Zdeněk
2023 - English
This thesis deals with two independent yet closely related topics. In the first part, a measurement of branching fraction and time-dependent CP violation in B0 → ηcK0 S, ηc → K0 SK± π∓ decays is performed. This decay allows access to sin 2ϕ1, where ϕ1 is an angle of the unitary triangle of the Cabibbo-Kobayashi- Maskawa quark mixing matrix. The measurement is based on the entire dataset of the Belle experiment, which consists of 772 × 106 B meson pairs collected at the KEKB e+ e− collider. The extracted mixing-induced and direct CP- violation parameters read sin 2ϕ1 ≃ S = 0.59 ± 0.17 (stat) ± 0.07 (syst) and A = 0.16 ± 0.12 (stat) ± 0.06 (syst), respectively. The measured product of branching fractions B(B0 → ηcK0 S) × B(ηc → K0 SK± π∓ ) is (9.8 ± 0.6 (stat) ± 0.4 (syst)±2.3 (int))×10−6 , where the last uncertainty accounts for interference with non-resonant background. The second part deals with the alignment of the vertex detector and the central drift chamber of the Belle II experiment at the SuperKEKB collider, which is a next-generation Super-B-Factory. With the new pixel detector and the presented alignment method, Belle II achieves approximately twice better impact parameter resolutions than Belle. The presented alignment procedure involves a simultaneous determination of about sixty thousand... Tato práce se zabývá dvěma nezávislými, avšak úzce souvisejícími tématy. V první části se je změřen větvící poměr a časově závislé narušení CP syme- trie v rozpadech B0 → ηcK0 S, ηc → K0 SK± π∓ . Tento rozpad umožňuje získat přístup k sin 2ϕ1, kde ϕ1 je úhel unitárního trojúhelníku Cabibbo-Kobayashi- Maskawovy kvarkové směšovací matice. Měření je založeno na celém souboru dat z experimentu Belle, který se skládá ze 772 × 106 párů B mezonů získaných na e+ e− urychlovači KEKB. Extrahované parametry časově závislého a přímého CP narušení jsou sin 2ϕ1 ≃ S = 0.59 ± 0.17 (stat) ± 0.07 (syst) a A = 0.16 ± 0.12 (stat) ± 0.06 (syst). Změřený součin větvících poměrů B(B0 → ηcK0 S) × B(ηc → K0 SK± π∓ ) je (9.8±0.6 (stat)±0.4 (syst)±2.3 (int))×10−6 , kde poslední nejistota zohledňuje interferenci s nerezonančním pozadím. Druhá část se zabývá alignmentem vrcholového detektoru a centrální drif- tové komory experimentu Belle II na urychlovači SuperKEKB, který je Super- B-Továrnou nové generace. S novým pixelovým detektorem a prezentovanou metodou alignmentu dosahuje Belle II přibližně dvakrát lepšího rozlišení im- paktních parametrů než Belle. Předložená alignmentovací procedura zahrnuje simultánní určení...
Keywords:
Belle|CP narušení|B-fyzika|sin 2ϕ1|sin 2β|ηc charmonium|Belle II|alignment|kalibrace|vrcholový detektor|driftová komora|Millepede II; Belle|CP violation|B-physics|sin 2ϕ1|sin 2β|ηc charmonium|Belle II|alignment|calibration|vertex detector|drift chamber|Millepede II
Available in a digital repository NRGL
Časově závislé narušení CP symetrie v rozpadech B0 → ηc KS0 na experimentu Belle, Alignment detektoru Belle II
This thesis deals with two independent yet closely related topics. In the first part, a measurement of branching fraction and time-dependent CP violation in B0 → ηcK0 S, ηc → K0 SK± π∓ decays is ...
Fyziologické interakce а stabilita komplexů vnitřní membrány mitochondrií.
Kafková, Anežka; Trnka, Jan; Mráček, Tomáš; Vaňhara, Petr
2023 - English
Inner mitochondrial membrane (IMM) is composed of a phospholipid bilayer with a typically high ratio of protein complexes forming different complexes which execute different functions being reflected into the physiology of the whole organism. To maintain all these functions, as well as to have an ability to respond to various stress stimuli, the individual complexes of the respiratory chain interact, most likely to enhance the electron flow between these complexes, allowing the respiration steps from electron transfer from NADH to molecular oxygen to occur more efficiently. Other interactions between the complexes of the respiratory chain and other IMM complexes have been suggested. However, the underlying molecular details and functional relevance of such interactions are far from being elucidated. One of these many uncharacterised interactions involves the cytochrome c oxidase (COX), the terminal oxidase complex of the respiratory chain, and mitochondrial calcium uniporter complex (MCUC), the main gate to calcium entry into the mitochondrial matrix. Perhaps surprisingly, preliminary data from a systematic unbiased BioID analysis of MCUC subunits has consistently revealed an interaction between MCUC and COX subunits and assembly factors. In addition, SILAC-based quantitative proteomics also showed... Souhrn Vnitřní membrána mitochondrií je zcela zásadní z hlediska funkčnosti mitochondrie. Typicky je složena z fosfolipidové dvojvrstvy a obrovského množství proteinových komplexů. Tyto komplexy mají řadu různých funkcí nezbytných pro správnou fyziologii nejen mitochondrie samotné, ale i organismu jako celku. Aby byly membránové proteiny schopny správně tyto funkce zajistit, a navíc zvládly včasně reagovat na případné stimuly vnějšího prostředí, musí mezi sebou vzájemně interagovat. Avšak molekulární podstata a přesný funkční význam mnohých těchto interakcí, stejně tak jako jejich možná farmakologická regulace stále nejsou s přesností objasněny. Jednou z těchto doposud neobjasněných interakcí je interakce mezi komplexem dýchacího řetězce cytochrom c-oxidázou (komplex IV, COX) a vápníkovým kanálem vnitřní membrány mitochondrie (MCUC), jehož klíčovou funkcí je regulace vstupu vápníku do mitochondriální matrix. Na možnou interakci těchto dvou komplexů poukázaly překvapivé výsledky ze dvou na sobě nezávisle provedených experimentů, konkrétně BioID analýzy podjednotek MCUC a proteomické metody SILAC dělané pro COX deficientní buňky. Na základě těchto výsledků se naše práce zaměřovala na detailní strukturální identifikaci a funkční charakterizaci této interakce, přičemž jako hlavní nástroj byla využita technika...
Available in a digital repository NRGL
Fyziologické interakce а stabilita komplexů vnitřní membrány mitochondrií.
Inner mitochondrial membrane (IMM) is composed of a phospholipid bilayer with a typically high ratio of protein complexes forming different complexes which execute different functions being reflected ...
Placentární homeostáza monoaminů v průběhu těhotenství
Mahrla, Filip; Štaud, František; Vokřál, Ivan
2023 - English
Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmacology and Toxicology Student: Filip Mahrla Supervisor: Prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D. Consultant: PharmDr. Rona Karahoda, Ph.D. Title of diploma thesis: Placental homeostasis of monoamines; effect of gestation age Catecholamines norepinephrine and dopamine have been implicated in numerous physiological processes within the central nervous system. Emerging evidence suggests their involvement in placental development and functions and a crucial role in fetal development and programming. Nonetheless, a comprehensive characterization of catecholamine synthesis, degradation, and transport in the fetoplacental unit is still lacking. Thus, in this thesis, we aimed to provide a comprehensive evaluation of catecholamine metabolism and transport in the fetoplacental unit. Gene and protein expression was evaluated using quantitative polymerase chain reaction (PCR) and Western blot analysis, respectively. Firstly, using several placental cell models (BeWo, JEG-3, primary trophoblast cells), we identified components of cellular catecholamine handling associated with the trophoblast cells. Next, we determined the effect of advancing gestation on the placental catecholamine system in humans (first trimester vs. term placenta) and... Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Filip Mahrla Školitel: Prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D. Konzultant: PharmDr. Rona Karahoda, Ph.D. Název diplomové práce: Placentární homeostáza monoaminů v průběhu těhotenství Katecholaminy noradrenalin a dopamin se podílejí na řadě fyziologických procesů v centrálním nervovém systému. Objevující se důkazy naznačují jejich zapojení do vývoje a funkcí placenty a klíčovou roli ve vývoji a programování plodu. Komplexní charakterizace syntézy, degradace a transportu katecholaminů ve fetoplacentární jednotce však stále chybí. V této diplomové práci jsme se tedy zaměřili na komplexní hodnocení metabolismu a transportu katecholaminů ve fetoplacentární jednotce. Exprese genů a proteinů byla hodnocena pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (PCR) a analýzy Western blot. Nejprve jsme pomocí několika modelů placentárních buněk (BeWo, JEG-3, primární trofoblastové buňky) identifikovali komponenty buněčného řízení katecholaminů spojené s buňkami trofoblastu. Dále jsme určili účinek postupující březosti na placentární katecholaminový systém u lidí (první trimestr vs. termální placenta) a potkanů (15., 18. a 21. den březosti). Nakonec jsme se zabývali expresí katecholaminové dráhy ve fetálních...
Keywords:
placenta; monoaminy; těhotenství; placenta; monoamines; pregnancy
Available in a digital repository NRGL
Placentární homeostáza monoaminů v průběhu těhotenství
Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmacology and Toxicology Student: Filip Mahrla Supervisor: Prof. PharmDr. František Štaud, Ph.D. Consultant: PharmDr. Rona ...
Syntéza a hodnocení sond pro fluorescenční mikroskopii založených na kyanopyridinových a merocyaninových derivátech a lanthanoidových komplexech
Bajnok, Juraj; Kučerová, Marta; Zimčík, Petr
2023 - English
Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Student: Juraj Bajnok Supervisor: PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. Consultant: Assist. prof. Stane Pajk, M. Pharm., Ph.D. Title of diploma thesis: Synthesis and evaluation of probes for fluorescent microscopy based on cyanopyridines and merocyanine scaffolds and lanthanide complexes Fluorescence as part of luminescence is a process, which describes how electrons of suitable materials are excited by the energy absorption of a photon, followed by the immediate emission of a photon with less energy compared to the absorbed photon. Suitable compounds must contain a system of conjugated double bonds. In this thesis, we present the synthesis and evaluation of fluorescence on derivates of cyanopyridines, merocyanine-type fluorescent probes, and lanthanide complexes of terbium, dysprosium, and europium. Lanthanide ions have low molar extinction coefficients, therefore they cannot be excited directly, without a proper ligand. We explored the influence of pH on the emission of synthesized derivates of cyanopyridines. We synthesized two merocyanine dyes with new alkyl moieties, which should change their emission spectra. Then, the merocyanine dyes could serve as new fluorescent probes for... Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Student: Juraj Bajnok Školitel: PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. Konzultant: Assist. prof. Stane Pajk, M. Pharm., Ph.D. Název diplomové práce: Syntéza a hodnocení sond pro fluorescenční mikroskopii založených na kyanopyridinových a merocyaninových derivátech a lanthanoidových komplexech Fluorescence jako součást luminiscence je proces, při kterém se elektrony molekul excitují, čímž se dostávají na vyšší energetickou hladinu díky absorpci energie fotonu. Následně elektrony vyzařují foton o nižší energii, čímž se vrácí zpět na nižší energetickou hladinu. Aby byla látka schopná vykazovat fluorescenci, musí obsahovat konjugovaný systém dvojných vazeb. V této práci představujeme syntézu a hodnocení fluorescence látek založených na derivátech merocyaninového a kyanopyridinové strukturního typu a komplexech s vybranými lanthanoidy, jako je terbium, europium a dysprosium. Lanthanoidové ionty nemohou být excitované přímo bez vhodného ligandu, což je způsobeno jejich nízkým molárním extinkčním koeficientem. Po syntéze kyanopyridinových derivátů jsme měřili vliv pH prostředí na jejich výsledná emisní spektra. Naším dalším cílem byla syntéza merocyaninových barviv s novými alkylovými substituenty ve...
Available in a digital repository NRGL
Syntéza a hodnocení sond pro fluorescenční mikroskopii založených na kyanopyridinových a merocyaninových derivátech a lanthanoidových komplexech
Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Pharmaceutical Chemistry and Pharmaceutical Analysis Student: Juraj Bajnok Supervisor: PharmDr. Marta Kučerová, Ph.D. Consultant: ...
Úloha T lymfocytů a makrofágů v experimentálních modelech rejekce alo a xenoštěpů
Pindjaková, Jana
2023 - English
Rejection of organs and tissues by recipient's immune system remains a major obstacle in further development of clinical transplantations. Critical shortage of allotransplants enhanced an interest in xenografts as a potential source of donor material in clinical medicine. In immunology research, as experimental models, skin and cornea transplantation are frequently used. Corneal transplantation became one of the most successful forms of tissue allotransplantation. The extraordinary success has been related to various features of the cornea and ocular microenvironment that together account for its immune-privilege status of anterior chamber. The rejection of skin and corneal allo- and xenografts in untreated recipients is primarily studied as a model of acute rejection. This process begins after the first week of transplantation. Predominant cells infiltrating rejected grafts are both T cell subsets CD4+ and CD8+ but some studies brought evidence that macrophages are the key cytotoxic cell population in graft rejection. The nature of cellular and humoral responses to xenogeneic tissues appears to differ from allograft immunity and is less understood. Majority of studies demonstrated that xenoreactive cellular response in acutely rejected xenograft is associated with production of both Th1 and Th2... Rejekce orgánů a tkání imunitním systémem příjemce zůstává hlavní překážkou v rozvoji klinických transplantací. Kritický nedostatek alotransplantátů zvýšil zájem o xenoštěpy jako potenciální zdroj dárcovského materiálu v klinické medicíně. V imunologickém výzkumu se často používají jako experimentální modely transplantace kůže a rohovky. Transplantace rohovky se stala jednou z nejúspěšnějších forem tkáňové alotransplantace. Mimořádný úspěch souvisí s vlastnostmi samotné rohovky a očního mikroprostředí, které společně vytvářejí tzv. imunitní privilegium přední oční komory. Rejekce kožních a rohovkových alo- a xenoštěpů u neléčených příjemců je primárně studována jako model akutní rejekce. Tento proces začíná už v prvním týdnu po transplantaci. Převládající buňky infiltrující štěp jsou především CD4+ a CD8+ T lymfocyty. Některé studie rovněž přinesly důkazy, že i makrofágy představují klíčovou cytotoxickou buněčnou populaci podílející se na rejekci štěpu. Zdá se, že povaha buněčných a humorálních odpovědí u xenotransplantátů se liší od reakce probíhající v alotransplantátě a je méně objasněna. Většina studií prokázala, že xenoreaktivní buněčná odpověď u akutně rejekovaného xenogenního tkaniva je spojena s produkcí cytokinů Th1 a Th2. Hlavním cílem této práce bylo objasnit roli adaptivní imunitní...
Available in a digital repository NRGL
Úloha T lymfocytů a makrofágů v experimentálních modelech rejekce alo a xenoštěpů
Rejection of organs and tissues by recipient's immune system remains a major obstacle in further development of clinical transplantations. Critical shortage of allotransplants enhanced an interest in ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases