Nutriční aspekty v dermatologii
Mihu, Ecaterina; Maruna, Pavel; Horová, Eva
2024 - Czech Keywords: Klíčová slova: nutrice; dermatologie; psoriáza; pelagra; kurděje; akné; růžovka; dna; Keywords: nutrition; dermatology; psoriasis; pellagra; scorbut; acne vulgaris; rosacea; gout Available in a digital repository NRGL Nutriční aspekty v dermatologii

Mihu, Ecaterina; Maruna, Pavel; Horová, Eva
Univerzita Karlova, 2024

Generování textů českých coververzí anglických písní
Štěpánková, Barbora; Rosa, Rudolf; Mareček, David
2024 - Czech This thesis explores the topic of generating Czech lyrics to English cover songs. Songs are often adapted to different languages to make them more available to people who do not necessarily speak the language of the original song. During the translation process, however, it is essential to preserve the singability of the text in relation to the melody of the original song, as well as the meaning of the song, so that the translated text fits the context of the original. Currently, such translations are done by hand. We analyze and present the first approaches to solve this problem for Czech through automatic generation using NLP methods. In our work, we create and provide a dataset consisting of pairs of English song lyrics and their official Czech translations. We also provide a dataset of pure Czech song lyrics. We compare the quality of several generative language models. To thoroughly evaluate and analyze their quality, we introduce several automatic metrics and take into account the results of manual evaluation. We find that smaller trained models perform better than larger untrained models. In addition, context is important for the generation of good covers. Finally, we show that our task can be approached from both the translation and generation point of view. 1 Tato práce se zabývá tvorbou českých textů k anglickým originálním písním. Písně jsou často překládány do různých jazyků, aby byly přístupné i lidem, kteří nerozumějí původnímu jazyku. Během procesu překladu je však nezbytné zachovat zpěvnost textu vzhledem k melodii půvdní písně, stejně tak jako význam písně, aby i přeložený text seděl do kontextu originálu. V současné době se takové překlady provádějí ručně. Provádíme analýzu a představujeme první přístupy k řešení tohoto problému pro češtinu prostřed- nictvím automatického generování pomocí NLP metod. V naší práci vytváříme a poskytu- jeme dataset sestávající se z dvojic Anglických písňových textů a jejich oficiálních Českých překladů. Také poskytujeme dataset z čistě Českých písňových textů. Porovnáváme kval- itu několika generativních jazykových modelů. Pro důkladné zhodnocení a analýzu jejich kvality zavádíme několik automatických metrik a bereme v úvahu i výsledky od lidských hodnotitelů. Zjistili jsme, menší natrénované modely mají lepší výsledky než větší ne- natrénované modely.. Kromě toho je pro kvalitní generování coververzí důležitý kontext. Nakonec ukazujeme, že k našemu úkolu lze přistupovat jak prostřednictvím přístupu založeném na překladu, tak prostřednictvím generativních modelů. 1 Keywords: zpracování přirozeného jazyka|generování textu|literární NLP|strojový překlad; natural language processing|text generation|literary NLP|machine translation Available in a digital repository NRGL Generování textů českých coververzí anglických písní

This thesis explores the topic of generating Czech lyrics to English cover songs. Songs are often adapted to different languages to make them more available to people who do not necessarily speak the ...

Štěpánková, Barbora; Rosa, Rudolf; Mareček, David
Univerzita Karlova, 2024

Generování proteinových sekvencí s danou charakteristikou
Hrbáň, Hugo; Hoksza, David; Lokoč, Jakub
2024 - Czech Proteins are essential for life as they play a fundamental role in many biological processes. Designing novel proteins with a desired function is an important problem in drug development and biological research. Large databases of protein sequences can be used to train large language models adapted from natural language processing on the language of proteins, written in the alphabet of amino acids. In this work, we demonstrate how large language models based on pretrained deep neural networks can be effectively finetuned for controllable generation of protein sequences from several distinct protein families. Using bioinformatic and deep learning-based methods, we show that the model is able to generate high-quality protein sequences that exhibit low similarity to existing proteins. Proteiny jsou nezbytné pro život, protože hrají zásadní roli v mnoha biologických procesech. Navrhování nových proteinů s požadovanou funkcí je důležitým problémem ve vývoji léků a biologickém výzkumu. Velké databáze proteinových sekvencí lze použít k trénování velkých jazykových modelů převzatých ze zpracování přirozeného jazyka na řeči proteinů zapsané v abecedě aminokyselin. V této práci demonstrujeme, jak lze velké jazy- kové modely založené na předtrénovaných hlubokých neuronových sítích efektivně vyladit pro kontrolovatelné generování proteinových sekvencí z několika odlišných proteinových rodin. Pomocí bioinformatických metod a metod založených na hlubokém učení ukazu- jeme, že model je schopen generovat vysoce kvalitní proteinové sekvence, které vykazují nízkou podobnost s existujícími proteiny. Keywords: bioinformatika|velké jazykové modely|proteinové inženýrství; bioinformatics|large language models|protein engineering Available in a digital repository NRGL Generování proteinových sekvencí s danou charakteristikou

Proteins are essential for life as they play a fundamental role in many biological processes. Designing novel proteins with a desired function is an important problem in drug development and ...

Hrbáň, Hugo; Hoksza, David; Lokoč, Jakub
Univerzita Karlova, 2024

Návrh LLM promptu pro iterativní data exploraci
Fromm, Mikoláš; Petříček, Tomáš; Nečaský, Martin
2024 - Czech Keywords: velký jazykový model|LLM prompting|iterativní data explorace|asistované generování dotazů|porovnání promptovacích strategií; large language model|LLM prompting|iterative data exploration|assisted query generation|prompting strategies comparison Available in a digital repository NRGL Návrh LLM promptu pro iterativní data exploraci

Fromm, Mikoláš; Petříček, Tomáš; Nečaský, Martin
Univerzita Karlova, 2024

Srovnání stravování pracovníků v třísměnném provozu ve zdravotnictví vs. doporučení Zdravá třináctka
Hladíková, Barbora; Starnovská, Tamara; Vojtová, Markéta
2024 - Czech Keywords: Třísměnný provoz; směnný provoz; stravování; stravovací návyky; stravovací režim; zdravotníci; výživová doporučení; stravovací návyky; výživa; třísměnný provoz; zdraví; Three-shift operation; shift operation; diet; dietary habits; dietary regime; health; health professionals; nutritional recommendations; dietary habits; nutrition; three- shift operation; health Available in a digital repository NRGL Srovnání stravování pracovníků v třísměnném provozu ve zdravotnictví vs. doporučení Zdravá třináctka

Hladíková, Barbora; Starnovská, Tamara; Vojtová, Markéta
Univerzita Karlova, 2024

Abstract interpretation of pandas
Hrubý, Jan; Petříček, Tomáš; Parízek, Pavel
2024 - Czech Pandas is a Python library widely used for data-manipulation. The code written with Pandas lacks any type-safety and everything is decided at runtime. This can potentially be a source of errors and crashes at runtime. One way to deal with that is to use another, type-safe, language and a library with better safety guarantees and compile-time checks. This approach is not widely used as it is not very user-friendly. An alternative approach could be to use program verification method Abstract Interpretation to perform some checks before the run of the program. The goal of this thesis is to design a framework for analyzing data-manipulation programs and implement an analyzer for the Pandas library. The framework will be based on the Abstract Interpretation. The capabilities of the resulting analyzer will be evaluated on a set of small but realistic case studies. Pandas je oblíbená knihovna pro manipulaci a analýzu dat v Pythonu. Kód napsaný s Pandas nemá žádné typové kontroly a vše je rozhodováno za běhu programu. To může být zdrojem chyb a pádu celého programu za běhu. Jeden ze způsobů jak tento problém řešit je použít jiný, staticky typovaný, jazyk a knihovnu se silnějšími bezpečnostními záru- kami a kompilačními kontrolami. Takové řešení se však nerozšířilo kvůli horší uživatelské přívětivosti. Alternativní cesta by mohla být použítí metody Abstraktní Interpretace ke kontrole programu před jeho během. Cílem této práce je navrhnout způsob jak vyu- žít Abstraktni Interpretaci k analýze programů pro manipulaci s daty, a implementovat analyzátor pro knihovnu Pandas. Schopnosti implementovaného analyzátoru budou zhod- noceny na několika malých avšak realistických případových studiích. Keywords: pandas|python|program analysis|abstract interpretation; pandas|python|program analysis|abstract interpretation Available in a digital repository NRGL Abstract interpretation of pandas

Pandas is a Python library widely used for data-manipulation. The code written with Pandas lacks any type-safety and everything is decided at runtime. This can potentially be a source of errors and ...

Hrubý, Jan; Petříček, Tomáš; Parízek, Pavel
Univerzita Karlova, 2024

Systém pro správu šachových soutěží
Sezemský, Josef; Kliber, Filip; Kofroň, Jan
2024 - Czech We live in a time when digitalization is taking place in all sectors. Yet for chess tournament organisers and participants, there is no modern software to satisfy their requirements. In this thesis we will analyze the individual steps related to the organization of a chess tournament. At the same time, we will also analyze the programs that are currently used to tackle these difficulties. According to the results of the analysis, we will design and develop a web application that will facilitate the chess tournament for all participants. Žijeme v době, kdy probíhá digitalizace ve všech odvětvích. Přesto pro organizátory šachových turnajů ani jejich účastníky neexistuje moderní software, který by uspokojil jejich požadavky. V této práci provedeme analýzu problémů, které souvisí s organizací ša- chového turnaje. Současně též zanalyzujeme programy, které jsou v současnosti na řešení této problematiky používány. Dle výsledků analýzy navrhneme a vytvoříme webovou aplikaci, která usnadní průběh šachového turnaje všem zúčastněným. Keywords: systém|šachy|turnaj|soutěž|web|aplikace; system|chess|tournament|competition|web|application Available in a digital repository NRGL Systém pro správu šachových soutěží

We live in a time when digitalization is taking place in all sectors. Yet for chess tournament organisers and participants, there is no modern software to satisfy their requirements. In this thesis we ...

Sezemský, Josef; Kliber, Filip; Kofroň, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Vybrané statistické úlohy pro procesy s diskrétními stavy
Kahudová, Eliška; Hlubinka, Daniel; Lachout, Petr
2024 - Czech In this thesis we are concerned with the description of Poisson processes. Firstly, we define the basic terminology and state the fundamental theorems, which we then supplement by explanatory remarks. We present methods for estimating the parameters of a homogeneous Poisson process, statistical tests for comparing two homogeneous Poisson processes, and derive a test for tracking the trend over time for an non-homogeneous Poisson process. Finally, the obtained estimates and test statistics are applied to real data. 1 V této práci se zabýváme popisem Poissonových procesů. Nejprve jsou definovány základní pojmy a vysloveny fundamentální věty, které jsou doplněny o poznámky přibli- žující jejich význam. Následně jsou uvedeny metody pro odhad parametrů homogenního Poissonova procesu, statistické testy zaměřené na srovnání dvou homogenních Poissono- vých procesů a odvozen test pro sledování trendu v čase u nehomogenního Poissonova procesu. Na závěr jsou získané odhady a testové statistiky aplikovány na reálná data. 1 Keywords: Poissonův proces|procesy obnovy|odhady parametrů|testy dobré shody; Poisson process|renewal process|estimates of parameters|goodness of fit Available in a digital repository NRGL Vybrané statistické úlohy pro procesy s diskrétními stavy

In this thesis we are concerned with the description of Poisson processes. Firstly, we define the basic terminology and state the fundamental theorems, which we then supplement by explanatory remarks. ...

Kahudová, Eliška; Hlubinka, Daniel; Lachout, Petr
Univerzita Karlova, 2024

Strojové učení pro rozpoznávání jednoduchých fyzikálních systémů
Benda, Jan; Pavelka, Michal; Congreve, Scott
2024 - Czech The rise of machine learning, particularly through the use of neural networks, has begun to change how we solve problems, including understanding simple physical systems. This thesis focuses on the Direct Poisson Neural Network (DPNN), a network that uses the structure of Hamilton's equations of motion to learn from data. This method allows us to extract the Hamiltonian and Poisson bivector from the data, helping to identify the type of physical systems. We explore how DPNN works with noisy data and when data is limited, checking its ability to make predictions in challenging conditions. Moreover, we have implemented Energy Ehrenfest regularisation to the model, which helps it recognise and simulate dissipative systems better. 1 Rozvoj strojového učení, zejména prostřednictvím neuronových sítí, začal měnit způ- sob, jak řešíme problémy - jedním z nich je i analýza a simulace fyzikálních systémů. V této práci se budeme zabývat tvz. Direct Poisson Neural Network (DPNN), neuronovou sítí, jejíž architektura vychází z Hamiltonových pohybových rovnic. Tato metoda nám umožňuje extrahovat z dat Hamiltonián a Poissonův bivektor, díky nimž můžeme iden- tifikovat typ a vlastnosti fyzikálního systému, na kterém jsme pořídili trénovací data. Budeme zkoumat, jak DPNN funguje na zašuměných datech a v situacích, kdy jich nemáme dostatek. Kromě toho jsme do modelu implementovali energetickou Ehren- festovu regularizaci, která mu umožňuje lépe rozpoznávat a simulovat systémy s disipací. 1 Keywords: strojové učení|hamiltonovské systémy|rozpoznávání modelů|neuronové sítě; machine learning|Hamiltonian systems|model recognition|neural networks Available in a digital repository NRGL Strojové učení pro rozpoznávání jednoduchých fyzikálních systémů

The rise of machine learning, particularly through the use of neural networks, has begun to change how we solve problems, including understanding simple physical systems. This thesis focuses on the ...

Benda, Jan; Pavelka, Michal; Congreve, Scott
Univerzita Karlova, 2024

Rezonance pro modelové potenciály v kvantové mechanice
Rašek, Petr; Houfek, Karel; Čížek, Martin
2024 - Czech Resonance phenomena appear in various areas of physics. A case of shape resonance is associated with the scattering of particles on a potential barrier, through which particles pass due to tunneling effect. The energy spectrum is the output of solving the eigenvalue problem with a modified Hamiltonian operator which enables calculation of the reso- nances. The eigenvalues corresponding to resonances are complex and are located in the fourth quadrant of the complex plane. Numerical methods such as Finite Element Me- thod (FEM), Discrete Variable Representation (DVR), Exterior Complex Scaling (ECS), and the QR algorithm are used for their computation. The thesis focuses on numerical simulations of the method properties with an emphasis on the precision of resonances cal- culation and coverage of the complex plane for several one-dimensional model potentials. The utilization of potentials is also illustrated by resonance data for electron scattering on selected diatomic molecules. For these purposes, an open-source program in Python has been created. 1 Rezonanční jevy se vyskytují v řadě oblastí fyziky. Případ tvarové rezonance je spojený s rozptylem částic na potenciálové bariéře, skrze kterou částice prochází díky tunelovému jevu. Energetické spektrum je výstupem řešení vlastního problému s modifikovaným Ha- miltonovým operátorem, ze kterého již lze určit rezonance. Vlastní čísla odpovídající re- zonancím jsou komplexní a nachází se ve čtvrtém kvadrantu komplexní roviny. Pro jejich výpočet jsou použity numerické metody konečných prvků (FEM), reprezentace pomocí diskrétní proměnné (DVR), externího komplexního škálování (ECS) a QR algoritmus. Práce se zaměřuje na numerické simulace vlastností metod s ohledem na přesnost vý- počtu rezonancí a pokrytí komplexní roviny pro několik jednorozměrných modelových potenciálů. Využití potenciálů je také ilustrováno na datech rezonancí pro rozptyl elek- tronu na vybraných dvouatomových molekulách. Pro tyto účely byl vytvořen open-source program v Pythonu. 1 Keywords: kvantová mechanika|rezonance; quantum mechanics|resonance Available in a digital repository NRGL Rezonance pro modelové potenciály v kvantové mechanice

Resonance phenomena appear in various areas of physics. A case of shape resonance is associated with the scattering of particles on a potential barrier, through which particles pass due to tunneling ...

Rašek, Petr; Houfek, Karel; Čížek, Martin
Univerzita Karlova, 2024