Yes (5126)
No (23)
Used filters
(3)
Number of found documents:
5149
Published from
to
Propojování proteomických dat s fenotypy
Jelínek, Tomáš; Stopka, Pavel; Vrbacký, Marek
2024 - English
Proteins, as the main functional molecules of the cell, play a critical role in shaping phenotypic traits. This thesis investigates the application of proteomics data, obtained via LC-MS/MS, to understand the link be- tween protein expression and resulting phenotypes. Various bioinformatic approaches are discussed, including data preprocessing, normalization tech- niques, and missing value imputation methods, to ensure the reliability and accuracy of downstream analyses. Furthermore, this work describes how one can gain insights into phenotypic traits across species or medical conditions by employing differential expression analysis, evolutionary modeling using the Ornstein-Uhlenbeck process, and machine learning algorithms. Proteiny, jakožto hlavní aktéři v buněčných procesech, mají zásadní roli ve formování fenotypových znaků. Tato práce zkoumá aplikaci proteomic- kých dat, získaných pomocí LC-MS/MS, pro pochopení vztahů mezi expresí proteinů a výslednými fenotypy. Diskutuje různé bioinformatické postupy, od předzpracování dat po techniky normalizace a metod imputace chybě- jících hodnot, pro zajištění co nejvyšší kvality dat pro následující analýzy. Dále tato práce popisuje, jak lze získat vhled do oněch fenotypových znaků u různých druhů zvířat či patologických stavů za užití analýzy diferenciální exprese, evolučního modelování pomocí Ornstein-Uhlenbeckova procesu nebo algoritmů strojového učení.
Keywords:
proteomika; fenotyp; evoluce; bioinformatika; proteomics; phenotype; evolution; bioinformatics
Available in a digital repository NRGL
Propojování proteomických dat s fenotypy
Proteins, as the main functional molecules of the cell, play a critical role in shaping phenotypic traits. This thesis investigates the application of proteomics data, obtained via LC-MS/MS, to ...
Biofyzikální podmínky spouštějící depolarizační blok v excitačních neuronech.
Tobiáš, Marek; Berling, David Maximilian; Korvasová, Karolína
2024 - English
Optogenetics is an increasingly popular neuronal stimulation technique used for study- ing neural circuits and controlling brain activity. However, when applied without suffi- cient knowledge, it can cause unintentional silencing of the targeted neurons by inducing a state termed depolarization block (DpB), in which neurons cease to fire action poten- tials. The susceptibility to silencing is not consistent among neurons, and the relationship between their biophysical properties and their vulnerability to DpB remains poorly un- derstood. In this thesis, we investigate how the densities of voltage-gated sodium (Nav) and potassium (Kv) channels, which are known to govern DpB dynamics, influence the neuron's ability to resist this phenomenon. We also examine the impact of neuronal size on DpB susceptibility. Using a computational model of a layer V pyramidal neuron, which we simplify to a single compartment to represent the behavior of a generic excita- tory neuron, we introduce an automatic classifier consistently identifying DpB through voltage trace analysis. This allows us to systematically assess the influence of varying Nav or Kv channel densities in the neuron's membrane. We discover that increasing these densities enhances the neuron's resistance to DpB. Contrary to previous studies, neu- ronal size... Optogenetika je stále oblíbenější technikou stimulace neuronů používanou ke studiu nervových obvodů a k řízení mozkové aktivity. Nicméně, pokud je aplikována bez dostatečných znalostí, může neúmyslně umlčet aktivitu stimulovaných neuronů tím, že v nich spustí de- polarizační blok (DpB) - stav, při kterém neurony ztrácí schopnost vést vzruchy, a proto i komunikovat. Mezi neurony se náchylnost k umlčení liší, a navíc je stále málo zmapo- vané, jak jejich biofyzikální vlastnosti ovlivňují citlivost ke spuštění DpB. V této práci zkoumáme, jak hustota napěťově řízených sodíkových (Nav) a draselných (Kv) kanálů, stojících za mechanismem způsobujícím DpB, ovlivňuje schopnost neuronu tomuto jevu odolávat. Dále zkoumáme i vliv velikosti neuronu. Pomocí simulace výpočetního mod- elu pyramidového neuronu páté vrstvy, který jsme zredukovali pouze na tělo neuronu, reprezentujeme chování obecného excitačního neuronu. Vytvoříme automatický klasifiká- tor, identifikující DpB ze simulovaných napěťových stop, který nám umožní systematicky vyhodnotit vliv specifických kombinací hustot Nav a Kv kanálů v membráně neuronu. Zjistili jsme, že zvýšení těchto hustot zvyšuje odolnost neuronu vůči DpB. Na rozdíl od předchozích studií zjišťujeme, že náchylnost k světlem indukovanému DpB není ovlivněna velikostí neuronu. Naše analýza...
Keywords:
simulace; neuronový model; optogenetická stimulace; depolarizační blok; Simulation; Neuron model; Optogenetic stimulation; Depolarization block
Available in a digital repository NRGL
Biofyzikální podmínky spouštějící depolarizační blok v excitačních neuronech.
Optogenetics is an increasingly popular neuronal stimulation technique used for study- ing neural circuits and controlling brain activity. However, when applied without suffi- cient knowledge, it can ...
Permutohedrální variety jakožto Chowovy kvocienty
Mišinová, Magdaléna; Šťovíček, Jan; Monin, Leonid
2024 - English
We fix a specific action of the multiplicative group of complex numbers on a product of projective lines and examine the structure of its orbits. It turns out that the Chow quotient is isomorphic to permutohedral variety. We do not show this in the full extent, but we find a set-theoretical bijection and describe the isomorphism for a product of two lines. In the introduction, we sum up the necessary definitions and theorems from both toric geometry and the theory of Grassmannians and Chow varieties. Vezmeme si konkrétní akci multiplikativní grupy komplexních čísel na součinu projek- tivních přímek a budeme zkoumat strukturu jejích orbit. Ukazuje se, že Chowův kvocient této akce je izomorfní permutohedrální varietě. Toto nedokážeme v plné šíři, ale najdeme množinovou bijekci a popíšeme izomorfismus pro součin dvou přímek. V úvodu shrneme potřebné definice a věty jak z torické geometrie, tak z teorie týkající se Grassmannianů a Chowových variet.
Keywords:
Chowův kvocinet|Chowovy variety|permutohedrální varieta|torická geometrie; Chow quotient|Chow varieties|permutohedral variety|toric geometry
Available in a digital repository NRGL
Permutohedrální variety jakožto Chowovy kvocienty
We fix a specific action of the multiplicative group of complex numbers on a product of projective lines and examine the structure of its orbits. It turns out that the Chow quotient is isomorphic to ...
Rekonstrukce ultrarychlých spinových proudů pomocí terahertzové spektroskopie
Dvořák, Matěj; Nádvorník, Lukáš; Leiviskä, Miina
2024 - English
We describe a method by which it is possible to find the dynamics of a spin current in a spintronic terahertz emitter or other emitters derived from it. This method takes an ex- perimental emission measurement from time-domain terahertz spectroscopy and removes the effects of the experimental setup, providing direct access to studying phenomena in the emitter. We implement it by simulating the process of optical rectification in a nonlinear crystal and measuring reference signals for a variety of emitters and setups. The transfer functions thus obtained for different emitters have good agreement among themselves and with theory, though the process is sensitive to the crystal refractive index. We then use the transfer function to reconstruct the dynamics of spin currents in two spintronic emitters, finding good agreement with previous measurements. We can discern multiple stages of the current dynamics: a sharp rise and fall, a dip into negative values and a slow relaxation. For further measurements, we recommend the use of thin crystals as references and detectors and the use of a dry air atmosphere, and we provide a Python script that automates the method. V předložené práci popisujeme metodu, pomocí níž je možné určit dynamiku spino- vého proudu ve spintronickém emitoru. Metoda funguje tak, že odstraní vliv detekční aparatury na změřený emisní signál z terahertzové spektroskopie v časové doméně, čímž získáme přístup přímo k jevům probíhajícím v emitoru. Implementujeme ji simulací pro- cesu optického usměrnění v nelineárním krystalu a měřením referenčních signálů pro řadu různých emitorů a experimentálních uspořádání. Přenosové funkce systémů, které takto získáme, jsou v dobré shodě jak mezi sebou, tak s teoretickým očekáváním. Proces je cit- livý na index lomu použitého referenčního nelineárního krystalu. Přenosovou funkci dále používáme k rekonstrukci dynamiky spinových proudů ve dvou spintronických emitorech. Získané výsledky tvoří replikaci výsledků získaných skupinou ve Svobodné univerzitě v Berlíně. V získané dynamice lze rozlišit několik fází: prudký nárůst a pokles, propad do záporných hodnot, a pomalá relaxace. Pro další měření doporučejeme využití suché at- mosféry a tenkých referenčních i detekčních krystalů. Výstupem práce je také program v Pythonu automatizující metodu rekonstrukce.
Keywords:
spinový proud|terahertzová spektroskopie v časové doméně|ultrarychlá spintronika|přenosová funkce; spin current|time-domain terahertz spectroscopy|ultrafast spintronics|transfer function
Available in a digital repository NRGL
Rekonstrukce ultrarychlých spinových proudů pomocí terahertzové spektroskopie
We describe a method by which it is possible to find the dynamics of a spin current in a spintronic terahertz emitter or other emitters derived from it. This method takes an ex- perimental emission ...
Kongruentní čísla, eliptické křivky a L-funkce
Kotyk, Jan; Kala, Vítězslav; Příhoda, Pavel
2024 - English
The main goal of this thesis is to connect the ideas surrounding the congruent number problem. At first we define congruent numbers and elliptic curves which naturally emerge from this problem. We then define the addition law on points lying on such curves and show that it actually defines an abelian group structure on the set of those points. We then focus on the study of elliptic curves and their groups over finite fields to give us new insight on the congruent number problem. With this we then later define Zeta-functions and L-functions. At the end we see a connection between the property of being a congruent number and the rank of the corresponding elliptic curve which is then used to classify first few congruent and non-congruent numbers. 1 Hlavním cílem této práce je propojení výsledků týkající se problému kon- gruentních čísel. Nejprve zadefinujeme pojmy kongruentních čísel a eliptických křivek, které z tohoto problému přirozeně vyplývají. Následně zadefinujeme op- eraci sčítání bodů na eliptické křivce a ukážeme, že tato operace tvoří strukturu abelovské grupy na množině těchto bodů. Poté se zaměříme na eliptické křivky a jejich grupy definované nad konečnými tělesy abychom získaly nový pohled do problému kongruentních čísel. Díky němu později definujeme Zeta-funkce a L- funkce. Ke konci bude prezentován souvislost mezi vlastností být kongruentním číslem a hodností korespondující eliptické křivky, což bude využito v klasifikaci několika prvních kongruentních čísel. 1
Keywords:
kongruentní čísla|eliptické křivky|Zeta-funkce|L-funkce; congruent numbers|elliptic curves|Zeta-functions|L-functions
Available in a digital repository NRGL
Kongruentní čísla, eliptické křivky a L-funkce
The main goal of this thesis is to connect the ideas surrounding the congruent number problem. At first we define congruent numbers and elliptic curves which naturally emerge from this problem. We ...
O svazu multisortových relačních klonů na dvouprvkové množině
David, Vojtěch; Zhuk, Dmitrii; Barto, Libor
2024 - English
In this thesis, we study relational clones on a two-element domain (here- inafter just "relational clones"). Firstly, we provide an alternative, elementary, and purely relational proof of the famous characterization of all (relational) clones published by E. Post in 1941. Secondly, we study the lattice of multi- sorted (relational) clones, providing an alternative proof of its countability - a result originally due to V. Taimanov from 1983, the proof of which was, how- ever, never published in a journal nor translated from Russian until 2022. We also provide an insight into applying the developed ideas to study the 2-sorted clones. We approach the problems mainly using the notion of key relations (and the description thereof) introduced by D. Zhuk in 2017, and the well-known Galois connection between operations and relations. Besides providing alterna- tive proofs of these facts, we establish additional tools to simplify the study of relational clones further. Tato práce se zabývá relačními klony na dvouprvkové množině (dále jen " relační klony"). Zaprvé poskytujeme alternativní a elementární důkaz slavné charakterizace (relačních) klonů pocházející od E. Posta z roku 1941, přičemž využíváme pouze relačního formalismu. Zadruhé se zabýváme svazem multi- sortových (relačních) klonů a nabízíme alternativní důkaz jeho spočetnosti - výsledku, jehož původní důkaz pochází od V. Taimanova z roku 1983, ale do roku 2022 nebyl publikován v žádném časopise ani přeložen z ruštiny. Dále také poskytujeme vhled do užití vybudovaných myšlenek pro studium 2-sortových klonů. Při řešení těchto problémů využíváme především koncept klíčových relací (spolu s jejich popisem) představený D. Zhukem v roce 2017 a známou Galoisovu korespondenci mezi operacemi a relacemi. Kromě alternativních důkazů těchto faktů též budujeme několik dalších nástrojů k dalšímu studiu relačních klonů.
Keywords:
relační klon|klon|Galoisova korespondence|svaz klonů; Relational clone|clone|Galois connection|lattice of clones
Available in a digital repository NRGL
O svazu multisortových relačních klonů na dvouprvkové množině
In this thesis, we study relational clones on a two-element domain (here- inafter just "relational clones"). Firstly, we provide an alternative, elementary, and purely relational proof of the famous ...
Detekce podobných vazebných míst v databázích proteinových struktur
Telčer, Jakub; Hoksza, David; Galgonek, Jakub
2024 - English
The evaluation of protein-ligand binding site similarity is crucial in many fields, from drug repurposing trials to evolutionary studies. Current state-of-the- art methods achieve good results on the benchmarking datasets. However, the current approaches operate over pairs of binding sites and are not applicable for searching databases of unprocessed protein structures. In cases when the binding sites are unknown, they have to be firstly located by using binding site prediction algorithms. That significantly increases the upfront costs of creating large databases of similar binding sites. This work covers the current methods for assessing binding site similarity and explores the possibility of fast searching of large databases of related structures by presenting a simple method that allows faster than linear search without the need for identification of the precise locations of the putative binding sites. The proposed approach shows promising preliminary results that merit further investigation, although more insight is still needed. Vyhodnocování podobnosti protein-ligand vazebných míst je důležité v mnoha oblastech, jako je výzkum nových využití stávajících léčiv nebo evoluční studie. Nejmodernější současné přístupy dosahují dobrých výsledků, ale pracují pouze s definovanými vazebnými místy, což není možné v nepředzpracovaných pro- teinových databázích. Pokud tato místa nejsou známá, je nejprve nutné prohledat proteinové struktury nástroji pro jejich predikci. To významně navyšuje cenu velkých databází podobných vazebných míst. Tato práce se zaměřuje na popis stávajících metod pro hodnocení podobnosti protein-ligand vazebných míst a zkoumá možnosti rychlého vyhledávání podobných míst ve velkých databázích příbuzných struktur. Je zde navržena jednoduchá metoda umožňující rychlejší než lineární vyhledávání bez nutnosti predikce potenciálních vazebných míst. Předběžné výsledky naznačují, že tento přístup je hoden další pozornosti, ačkoliv je stále zapotřebí více vhledu do dané problematiky.
Keywords:
protein-ligandové interakce; vazebná místa; podobnost; databázovévyhledávání; protein-ligand interaction; binding site; similarity; database searching
Available in a digital repository NRGL
Detekce podobných vazebných míst v databázích proteinových struktur
The evaluation of protein-ligand binding site similarity is crucial in many fields, from drug repurposing trials to evolutionary studies. Current state-of-the- art methods achieve good results on the ...
Kurgany a pohřby Jámové kultury v jihovýchodním Bulharsku
Polívka, Daniel; Tušlová, Petra; Valchev, Todor
2024 - English
(in English): This thesis explores the significance and influence of the Yamnaya culture, focusing specifically on its presence and impact within the Middle Tundzha Valley. The Yamnaya culture, emerging at the end of the 4th millennium BC, played a crucial role in the development of a vast region across Eurasia, possibly contributing to the spread of Proto- Indo-Europeans. Through an examination of burial practices, particularly the use of ochre in graves, this study investigates the cultural and societal implications of Yamnaya customs in the region. (česky): Tato práce se zabývá významem a vlivem Jámové kultury, konkrétně se zaměřením na její přítomnost a vliv v údolí středního toku řeky Tundžy. Jámová kultura, která vznikla na konci 4. tisíciletí př. n. l., sehrála klíčovou roli ve vývoji rozsáhlého regionu v Eurasii a patrně přispěla k rozšíření takzvaných Praindoevropanů. Prostřednictvím zkoumání pohřebních praktik, zejména používání okru v hrobech, tato studie zkoumá kulturní a společenské důsledky zvyků Jámové kultury v regionu jihovýchodního Bulharska.
Keywords:
kurgany|Jámová kultura|Bulharsko|řeka Tundža|pohřby; kurgans|Yamnaya culture|Bulgaria|Tundzha River|burials
Available in a digital repository NRGL
Kurgany a pohřby Jámové kultury v jihovýchodním Bulharsku
(in English): This thesis explores the significance and influence of the Yamnaya culture, focusing specifically on its presence and impact within the Middle Tundzha Valley. The Yamnaya culture, ...
Simulace obtékání pohoří pomocí smoothed particle hydrodynamics
Belán, Kamil; Pavelka, Michal; Klika, Václav
2024 - English
The method of Smoothed Particle Hydrodynamics is applied to the phenomenon of mountain waves - atmospheric internal gravity waves generated by flows over topogra- phy. General aspects of the method and the alternative derivations of the theory using Hamiltonian continuum mechanics are discussed. The basic explanation of the physical mechanisms that generate the internal gravity waves and the review of the current state of the numerical simulation of the matter are provided. A code in the Julia programming language is written to simulate the phenomenon of mountain waves using the symplec- ticity of the SPH equations by utilizing a symplectic integrator. The results obtained are compared to those from the literature, and the applicability of the SPH method in meteorology is also discussed. 1 Numerická metoda Smoothed Particle Hydrodynamics je aplikována na zkoumání fenoménu atmosférických vnitřních gravitační vln generovaných při proudění přes horský terén. Kromě obecných aspektů této metody je v text uvedeno alternativní odvození řidicích rovnic pomocí Hamiltonovské formulace mechaniky kontinua. Základní fyzikální podstata vzniku vnitřních gravitačních vln je doplněna přehledem současného stavu nu- merických simulací atmosférických gravitačních vln. Kód simulací je napsán v pro- gramovacím jazyce Julia a při implementaci je využito symplektičnosti SPH rovnic v podobě použití symplektického integrátoru. Získané výsledky jsou porovnány s dostup- nou literaturou a závěr je věnován diskuzi použití metody SPH v kontextu meteorologie. 1
Keywords:
smoothed particle hydrodynamics|meteorologie|vnitřní gravitační vlny; smoothed particle hydrodynamics|meteorology|internal gravity waves
Available in a digital repository NRGL
Simulace obtékání pohoří pomocí smoothed particle hydrodynamics
The method of Smoothed Particle Hydrodynamics is applied to the phenomenon of mountain waves - atmospheric internal gravity waves generated by flows over topogra- phy. General aspects of the method ...
Zdrojové oblasti slunečních radiových emisí typu III
Formánek, Tomáš; Santolík, Ondřej; Krupař, Vratislav
2024 - English
Investigating the source regions of solar type III radio emissions, this thesis focuses on understanding the generation and properties of Langmuir waves. Beginning with an introduction to solar wind dynamics and kinetic plasma theory, we lay the theoretical groundwork for numerically solving the hot plasma dispersion relation. Utilizing obser- vational electron velocity distribution data collected by the Solar Orbiter spacecraft, we develop models of the electron velocity distribution function. We explore the stability of the electron distributions using the ALPS dispersion relation solver. We investigate the properties of observed electric waveforms by performing a Hilbert transformation, revealing the presence of multiple wave modes and their frequency distributions. This thesis contributes to our understanding of the mechanisms underlying the generation of type III radio emissions in the solar wind, particularly studying the growth of Langmuir waves. 1 V této práci se zabýváme výzkumem zdrojových oblastí slunečních rádiových emisí typu III se zaměřením na růst a vlastnosti Langmuirových vln. Počínaje přehledem dy- namiky slunečního větru a kinetické teorie plazmatu uvádí-me teoretický základ pro num- erické řešení disperzní relace v horkém plazmatu. S využitím naměřených částicových dat ze sondy Solar Orbiter vyvíjíme modely rychlostní rozdělovací funkce elektronů. Pomocí numerického řešiče disperzní relace ALPS dále zkoumáme stabilitu rozdělení elektronů. Pomocí Hilbertovy transformace provádíme analýzu vlastností pozorovaných elektrick- ých vln. Odha-lujeme přítomnost více vlnových módů a jejich frekvenční rozložení. Tato práce přispívá k pochopení mechanismů, které hrají roli ve vzniku rádiových emisí typu III ve slunečním větru, se zaměřením na růst Langmuirových vln. 1
Keywords:
sluneční vítr|vlny a nestability v plazmatu|sluneční radiové emise; solar wind|waves and instabilities in plasmas|solar radio emissions
Available in a digital repository NRGL
Zdrojové oblasti slunečních radiových emisí typu III
Investigating the source regions of solar type III radio emissions, this thesis focuses on understanding the generation and properties of Langmuir waves. Beginning with an introduction to solar wind ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases