Národní úložiště šedé literatury

Okrajové problémy s časovou singularitou.
ROHLEDER, Martin; RACHŮNKOVÁ, Irena
2017 - English Tato disertační práce se zabývá problematikou obyčejných diferenciálních rovnic druhého řádu s možnou časovou singularitou v počátku, studovaných obecně na neomezeném intervalu. Tyto vyšetřované rovnice jsou zobecněním singulárních diferenciálních rovnic, jež se vyskytují v mnoha oblastech vědy, obzvláště pak v hydrodynamice. V práci jsou vyšetřovány dva typy zobecnění těchto modelových rovnic, a to rovnice bez phi-Laplaciánu a s phi-Laplaciánem. Dané rovnice jsou vyšetřovány spolu s okrajovými podmínkami v nule a nekonečnu. Tyto podmínky, jakož i podmínky na datové funkce úlohy, jsou voleny s ohledem na původní hydrodynamický model a na specifický typ jeho hledaného řešení - tzv. bublinové řešení. Studium okrajové úlohy je převedeno na vyšetřování počátečních úloh. Práce se zabývá zejména otázkou existence a jednoznačnosti řešení těchto počátečních úloh a jejich asymptotickými vlastnostmi. Podstatná část práce je pak věnována vyšetřováním specifických typů řešení v závislosti na jejich supremu - tlumená, homoklinická a úniková řešení. Studuje se existence těchto jednotlivých typů řešení a jejich asymptotické vlastnosti. U rovnic bez phi-Laplaciánu je značná pozornost věnována tlumeným řešením a podmínkám zaručujícím jejich oscilatoričnost. U rovnic s phi-Laplaciánem jsou pak studována zejména úniková řešení a kritéria zaručující jejich neohraničenost. This dissertation deals with the second order ordinary differential equations with possible time singularity at the origin, which are studied in general on the unbounded interval. These investigated equations are the generalization of the singular differential equations, which are found in many sciencies, especially in hydrodynamics. This study investigates two types of generalizations of these model equations - equations without phi-Laplacian and with phi-Laplacian - together with the boundary conditions at zero and infinity. These conditions as well as conditions for the data functions of our problem are chosen with respect to the original hydrodynamic model and with respect to a specific type of searched solution - so-called bubble-type solution. The study of boundary value problem is transformed into investigation of initial value problems. The thesis investigates especially the existence and uniqueness of solutions of these initial value problems and their asymptotic properties. The essential part of the thesis is dedicated to the study of specific types of solutions depending on their supremum - damped, homoclinic and escape solutions. We study the existence of these individual types of solutions and their asymptotic properties. In the case of equations without phi-Laplacian, considerable attention is devoted to the damped solutions and conditions guaranteeing their oscillatory behaviour. In the case of equations with phi-Laplacian, we study especially the escape solutions and criteria for their unboundedness. Keywords: obyčejné diferenciální rovnice druhého řádu; časová singularita; phi-Laplacián; asymptotické vlastnosti; existence a jednoznačnost řešení; tlumené řešení; homoklinické řešení; únikové řešení; neohraničené řešení; oscilatorické řešení; neomezený interval; second order ordinary differential equations; time singularity; phi-Laplacian; asymptotic properties; existence and uniqueness of a solution; damped solution; homoclinic solution; escape solution; unbounded solution; oscillatory solution; unbounded interval Available in digital repository of UPOL. Okrajové problémy s časovou singularitou.

Tato disertační práce se zabývá problematikou obyčejných diferenciálních rovnic druhého řádu s možnou časovou singularitou v počátku, studovaných obecně na neomezeném intervalu. Tyto vyšetřované ...

ROHLEDER, Martin; RACHŮNKOVÁ, Irena
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Fyzické mapování, sekvenování a funkční analýza chromozomálního ramene 3DS pšenice
HOLUŠOVÁ, Kateřina; BARTOŠ, Jan; DOLEŽEL, Jaroslav
2017 - English Pšenice setá je pro lidstvo jednou z nejdůležitějších zemědělských plodin. Znalost jejího genomu by měla urychlit šlechtění nových odrůd a zvýšit tak její výnos, na který jsou zvyšující se požadavky. Cílem této práce je získání sekvence krátkého ramene pšeničného chromosomu 3D (3DS). Chromosomální rameno separováno pomocí průtokové cytometrie a jeho DNA byla použita pro přípravu knihovny dlouhých insertů a následně fyzické mapy. Kontigy fyzické mapy byly uspořádany podél chromosomu pomocí dvou genetických map a virtuálního pořadí genů získaného porovnáním s příbuznými druhy. Všechny klony z MTP (minimální sestavy klonů reprezentující fyzickou mapu) byly sekvenovány a sekvence pak byly poskladány do superkontigů. Celková délka sekvence z 3093 klonů pokrývá chromosomální rameno 1,1x. Získáné informace budou použity pro lokalizaci genů a jejich analýzu, studium evoluce genomu a funkce "nekodujích" oblastí DNA. Celá strategie může sloužit jako manuál pro sekvenování genomu další druhů. The bread wheat is one of the most important crops. The knowledge of its genome could accelerate breeding and increase yield to meet rising food demands. The goal of this thesis is to produce a genome sequence of wheat chromosome arm 3DS. The DNA from flow-sorted chromosome 3DS was used to create a BAC library. BAC clone fingerprinting method and FingerPrinted Contig program were utizilized for building of the physical map. Physical contigs were sorted along two genetic maps and ordered set of genes from related species using a new, sequencing-based pooling strategy. All clones from minimal tiling path (MTP) were sequenced and data were assembled to scaffolds. Total sequence length from 3,093 well sequenced MTP clones covers the chromosome arm 1.1 times. The obtained information will be used for gene localization and its analysis, study of genome evolution and function of not-coding regions. The sequence strategy could serve as a manual for other species. Keywords: pšenice setá; fyzická mapa; sekvenování; bread wheat; physical map; sequencing Available in digital repository of UPOL. Fyzické mapování, sekvenování a funkční analýza chromozomálního ramene 3DS pšenice

Pšenice setá je pro lidstvo jednou z nejdůležitějších zemědělských plodin. Znalost jejího genomu by měla urychlit šlechtění nových odrůd a zvýšit tak její výnos, na který jsou zvyšující se požadavky. ...

HOLUŠOVÁ, Kateřina; BARTOŠ, Jan; DOLEŽEL, Jaroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Proteotoxický stres, odpoveď na poškodenie DNA a rakovina
CHROMÁ, Katarína; VRZAL, Radim; KOHOUTEK, Jiří; KRAMARA, Juraj
2017 - English Signalizácia dvojvláknových zlomov DNA (DSBs) a ich oprava sú považované za nevyhnutné procesy z hľadiska udržiavania integrity genómu ako aj bunkovej homeostázy. V priebehu odpovede na DSBs dochádza ku kľúčovému momentu a to ubikvitinácii histónov prostredníctvom proteínu RNF168, ktorej výsledkom je väzba efektorových proteínov, BRCA1 a 53BP1. Zatiaľ čo proteín 53BP1 spúšťa opravu DSBs prostredníctvom spájania nehomologických koncov DNA (NHEJ), proteín BRCA1 iniciuje resekciu DNA a homologickú rekombináciu (HR). V podmienkach deficitu ubikvitínu a sprievodného proteotoxického stresu, dochádza k poklesu väzobnej schopnosti opravných proteínov k miestam poškodenia DNA. Všeobecným prejavom proteotoxického stresu je teda utlmenie opravných dráh DSBs závislých na signalizácii sprostredkovanej ubikvitínom. Napriek tomuto všeobecne akceptovanému javu sa nám podarilo identifikovať niekoľko nádorových bunkových línií s prítomnou väzbou proteínu 53BP1 k miestam DSBs za podmienok deficitu ubikvitínu, teda indukovaného proteotoxického stresu prostredníctvom inhibítora proteazómu (Bortezomib alebo MG132). Predkladaná dizertačná práca poskytuje stručný prehľad dvoch hlavných opravných dráh dvojvláknových zlomov DNA: HR a NHEJ, popisuje závislosť ich funkcie na signalizácii cez ubikvitín a komentuje novo identifikovaný fenomén prebiehajúcej opravy dvojvláknových zlomov DNA v podmienkach proteotoxického stresu. DNA double-strand breaks (DSBs) signaling and repair is crucial to preserve genomic integrity and maintain cellular homeostasis. During response to DSBs, histone ubiquitylation by RNF168 is a critical event, which orchestrates the recruitment of downstream effectors, e.g. BRCA1 and 53BP1. While 53BP1 licenses the non-homologous end joining (NHEJ), BRCA1 initiates DNA resection thus enabling homologous recombination (HR). Under conditions of ubiquitin starvation, mostly resulting from proteotoxic stress, the ubiquitin dependent accumulation of DNA damage response proteins at the sites of DNA damage is impaired. Therefore, a common manifestation of proteotoxic stress is attenuation of ubiquitin-mediated DSBs response. However, we have identified several cancer cell lines that display recruitment of 53BP1 to sites of DSBs under the conditions of proteasome inhibitor (Bortezomib or MG132) induced proteotoxic stress i.e. under substantial depletion of nuclear free ubiquitin levels. This Phd thesis brings a brief description of two major DSBs repair pathways: HR and NHEJ, their functional dependency on signaling through ubiquitin and discuss newly identified phenomenon of proteotoxic stress resistant response to DNA double-strand breaks. Keywords: dvojvláknový zlom DNA; ubikvitín; proteazóm; RNF168; 53BP1; DNA double-strand break; ubiquitin; proteasome; RNF168; 53BP1 Available in digital repository of UPOL. Proteotoxický stres, odpoveď na poškodenie DNA a rakovina

Signalizácia dvojvláknových zlomov DNA (DSBs) a ich oprava sú považované za nevyhnutné procesy z hľadiska udržiavania integrity genómu ako aj bunkovej homeostázy. V priebehu odpovede na DSBs dochádza ...

CHROMÁ, Katarína; VRZAL, Radim; KOHOUTEK, Jiří; KRAMARA, Juraj
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Fyzická mapa chromozómu 4AL pšenice a poziční klonování genu ovlivňujícího výnos.
BALCÁRKOVÁ, Barbora; VALÁRIK, Miroslav
2017 - English Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je jednou z nejdůležitějších plodin světa. Poskytu-je základní potravu pro 35 % obyvatel Země a je pěstována v širokém rozmezí prostředí, hlavně v oblastech mírného pásu. Její důležitost se může srovnávat pouze s rýží nebo kukuři-cí. Rychle rostoucí lidská populace klade stále větší nároky na produkci potravin a tedy i na pšenici. Šlechtění výnosnějších a odolnějších odrůd pšenice je hlavní výzvou současných šlechtitelských programů. Genom pšenice se skládá ze tří homeologních subgenomů (A, B a D) a obsahuje více než 80 % repetitivních sekvencí. Velká komplexita genomu pšenice je hlavní překážkou šlechtění, efektivního vývoje molekulárních markerů, selekci za pomoci markeru (MAS, Marker Assisted Selection) a sekvenaci pšeničného genomu. Jednou z možností, jak se vypořádat se složitostí pšeničného genomu, je použití jed-notlivých chromozomů nebo jejich ramen tříděných průtokovou cytometrií, které jsou ideální základnou pro vývoj markerů a mapování s velkou hustotou. Třídění chromozomů anebo jejich ramen také poskytuje dostatečné množství vysokomolekulární DNA, která je využívána pro tzv. "survey" sekvenování a konstrukci knihoven DNA dlouhých inzertů (tzv. BAC knihoven). Cílem dizertační práce byla konstrukce fyzické mapy dlouhého ramene chromozomu 4A pšenice a vysoko-hustotní radiační hybridní mapy tohoto chromosomu a jejich využití pro zahuštění genetické mapy klonování genů QPm-tut-4A zodpovědného za resistenci k padlí travnímu, Yr51 odpovědného za rezistenci ke rzi a Qyi-4A-bga gene ovlivňujícího výnos. Bread wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most important crops worldwide. Wheat provides basic food for 35% of the world population and is grown in a wide range of environments, mainly in temperate zone. Its importance can be compared only with rice or maize. Fast growing human population dramatically increases importance on food produc-tion including wheat production. Breeding of highly yielding wheat cultivars resistant to biotic and abiotic stresses is the main challenge for current breeding programs. Wheat genome is composed of three related diploid genomes (A, B and D) and contains more than 80 % of repetitive sequences. This great genome complexity makes breeding, molecular markers development, marker assisted selection (MAS) and wheat genome sequencing very complicated. Reduction of the complexity by the flow sorting of chromosomes or chromosome arms greatly facilitates marker development and mapping. The sorting also provides sufficient quantity of high molecular weight DNA for survey sequencing and BAC library construction. Development of large numbers of chromosome specific markers allows construction of high density maps creating an ideal base for map based cloning of agronomically important genes. The aim of the present Ph.D. thesis was to construct a sequencing-ready 4A chromo-some-specific physical map and high density radiation hybrid map to use them for map satu-ration and cloning of the powdery mildew-resistance gene QPm-tut-4A, rust resistance gene (Yr51) and yield related gene Qyi-4A-bga. Keywords: pšenice; Triticum aestivum; fyzická mapa; radiační hy-bridní mapa; BAC knihovna; poziční klonování; wheat; Triticum aestivum; physical map; radiation hybrid map; BAC library; positional cloning Available in digital repository of UPOL. Fyzická mapa chromozómu 4AL pšenice a poziční klonování genu ovlivňujícího výnos.

Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je jednou z nejdůležitějších plodin světa. Poskytu-je základní potravu pro 35 % obyvatel Země a je pěstována v širokém rozmezí prostředí, hlavně v oblastech mírného ...

BALCÁRKOVÁ, Barbora; VALÁRIK, Miroslav
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Legal and Economic Analysis of Discharge of Debts
SPRINZ, Petr; RICHTER, Tomáš
2017 - English Cílem disertační práce je analyzovat otázku, jaké aspekty by mělo řízení umožňující dosažení osvobození fyzické osoby od části dluhů zohlednit, a jak těmto požadavkům odpovídá česká právní úprava de lege lata. Autor argumentuje, že oddlužení přináší řadu pozitiv, přičemž jej lze odůvodnit i na základě jiných než ekonomických důvodů. Zákonodárce nicméně nesmí opomenout i stinné stránky oddlužení. Vedle popisu negativních dopadů disertační práce navrhuje, jakým způsobem by se s nimi mohl zákonodárce vypořádat. Klíčem přitom, zjednodušeně řečeno, je, že dlužník musí za osvobození od dluhů nést odpovídající břímě, jako je rozprodej majetku nebo plnění splátkového kalendáře společně s dalšími omezeními, které řízení přináší. Další kapitoly disertační práce se zaměřují na problematiku, jak se teoretická východiska promítla do českého právního řádu. Disertační práce se konkrétně zaměřuje na předpoklady oddlužení (včetně podmínek přípustnosti oddlužení u podnikatelů, požadavku poctivosti a povinného uspokojení nezajištěných pohledávek). Disertační práce v tomto ohledu zkoumá, jak jsou podmínky oddlužení vykládány soudní praxí, jaké slabiny předjímají a jak právní úprava v České republice vyvažuje zájmy jednotlivých aktérů. Disertační práce se rovněž věnuje rozhodovacímu procesu v rámci oddlužení směřujícímu k uspokojení pohledávek věřitelů, přičemž popisuje řízení od podání insolvenčního návrhu, přes rozhodování o návrhu na povolení oddlužení až po konečné osvobození od dluhů, a to společně s jednotlivými povinnostmi dlužníka v řízení. V tomto ohledu disertační práce zejména zkoumá, jak právní úprava oddlužení motivuje dlužníka k maximalizaci uspokojení věřitelů na jedné straně, a jak zabraňuje zneužití oddlužení ze strany dlužníků na straně druhé. Disertační práce dále popisuje, jakou roli jednotliví aktéři mají v procesu oddlužení. Vycházeje ze závěrů předchozích částí autor argumentuje, že role dlužníků je v oddlužení spíše omezená. Rozhodující úlohu hrají soudy jakožto strážci zákonnosti řízení. Disertační práce se nakonec zabývá tématem oddlužení i z komparativního hlediska. Kapitola sedm poukazuje na aspekty, které podle dokumentů EU a INSOL Europe jsou pro oddlužení stěžejní, a potvrzuje, že oddlužení se stalo součástí moderního insolvenčního práva. Disertační práce přitom poukazuje i na právní úpravu jiných zemí Visegrádské čtyřky. The objective of the dissertation is to identify what considerations should a debt relief procedure in general take into account from legal and economic perspective and to what extent the Czech legal framework reflects such considerations. The author argues that a debt relief procedure brings about several economic advantages on the basis of which it may be justified. Other unrelated rationales exist as well. Yet, the legislature must certainly consider also its negative implications. Apart from examining these downsides, the dissertation also outlines measures which may help to cope with the drawbacks. Subsequent parts of the dissertation shift focus on how the abovementioned aspects have been implemented in the Czech Republic. More specifically, it deals with preconditions for discharge of debts (including the eligibility of entrepreneurs, requirement of honesty and mandatory repayment of unsecured debts). The thesis observes how the respective preconditions are interpreted, what deficiencies they entail and how the Czech legal framework balances the interests of the respective stakeholders. The dissertation also examines the process of distributive decision-making within discharge of debts, thereby capturing the avenue from the submission of an insolvency motion, via rulings on motion for discharge of debts to a relief from debts, together with debtor's duties in the proceedings. In this connection, the dissertation particularly analyses how discharge of debts in the Czech Republic motivates debtors to maximize the value for creditors and prevent them from abusing discharge of debts. Moreover, the dissertation answers the question what roles the respective stakeholders play in discharge of debts. Having considered findings in previous parts, the author argues that the role of the debtor in discharge of debts is rather limited whereas the court holds the role of the gatekeeper of utmost importance. Also, it observes that with the upcoming changes, more burdens will be shifted to the insolvency trustees. Finally, the dissertation also addresses the topic of a debt relief procedure from a comparative perspective. In this connection, the dissertation focuses on what aspects the EU and INSOL Europe upholds and argues that a debt relief procedure has become an integral part of modern bankruptcy laws. Also, the thesis briefly observes how the fresh-start policy implying a debt relief has been implemented in other Visegrad countries. Keywords: oddlužení; politika nového začátku; insolvenční řízení; návrh na povolení oddlužení; poctivost; osvobození od dluhů; právo a ekonomie; discharge of debts; fresh-start policy; insolvency proceedings; motion for discharge of debts; honesty; debt relief; law and economics Available in digital repository of UPOL. Legal and Economic Analysis of Discharge of Debts

Cílem disertační práce je analyzovat otázku, jaké aspekty by mělo řízení umožňující dosažení osvobození fyzické osoby od části dluhů zohlednit, a jak těmto požadavkům odpovídá česká právní úprava de ...

SPRINZ, Petr; RICHTER, Tomáš
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Metabolomické nástroje v diagnostice dědičných metabolických poruch
NAJDEKR, Lukáš; ADAM, Tomáš; LEMR, Karel; ŠIMEK, Petr
2017 - English Enzymy jsou biologické katalyzátory schopné přeměňovat substrát na produkt s vysokou efektivitou. Tato skupina se skládá převážně z proteinů (výjimkou je několik katalyticky aktivních RNA) a ovlivňuje nespočet substrátů (aminokyseliny, cukry, organické kyseliny, mastné kyseliny, komplexní lipidy, puriny, porfyriny atd.). V lidském genomu existuje více než 5000 genů kódujících enzymy, a proto existují stovky defektů lidských enzymů tzv. enzymopatie. Tato práce se věnuje studiu nových metabolomických přístupů v diagnostice dědičných metabolických poruch, které tvoří podstatnou část těchto enzymopatií. Deficit acyl-CoA dehydrogenázy mastných kyselin se středně dlouhým řetězcem (MCADD) je defekt v beta-oxidaci mastných kyselin. V první části je uvedeno použití kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC-MS) na bázi necílené metabolomiky a cílené "flow-injection" analýzý za pomocí tandemové hmotnostní spektrometrie (FIA-TMS), které vedly k objevení sloučenin produkované oxidačním stresem. Suché krevní skvrny kontrol (n = 25) a pacientů (n = 25) byly extrahovány směsi methanol / voda (1/1, v / v), a supernatanty byly analyzovány metodou LC-MS s detekcí na Orbitrap Elite MS. Data byla zpracována v XCMS a CAMERA a následně pomocí statistických metod redukujících dimenze. V PCA analýze byli pacienti jasně odlišení od kontrol. S-plot odvozený od OPLS-DA odhalil, že oktanoyl, decenoyl a dekanoyl karnitiny, jakož i tři fosfatidylcholiny (PC (16: 0,9: 0 (COOH)), PC (18: 0,5: 0 (COOH)) a PC (16: 0,8: 0 (COOH)) byly nejvíce ovlivňují metabolity. Pro ověření biologické validity těchto fosfatidylcholinů byla analyzována druhá skupina jednotlivců (pacienti (n = 25) a kontroly (n = 250). Vzorky byly měřeny pomocí modifikované metody novorozeneckého screeningu s použitím FIA-TMS (API 4000, AB Sciex) v režimu MRM. Vypočítané p-hodnota (nemám rád p-value) pro PC(16: 0,9: 0 (COOH)), PC (18: 0,5: 0 (COOH)) a PC (16: 0,8: 0 (COOH)) byly 1,927 x 10-14, 2,391 x 10-15 a 3,354 x 10-15, postupně. V další části je popisován nový způsob pro identifikaci nových potenciálních biomarkerů. Deficit adenosin deaminázy (ADA), patří do různých skupiny dědičných poruch metabolismu purinů. Tato onemocnění projevují velké množství neurologických, imunologických, hematologických a renálních projevů. Byl použit nový přístup spektrálních stromů (www.mzcloud.org), který používá k identifikaci různých metabolických modifikací vícestupňovou fragmentaci. Tento přístup nám umožňuje pomocí MSn a tzv. "zdola-nahoru" strategii zjistit jednotlivé metabolické modifikace a získat tak kompletní strukturu molekuly. Data byla naměřena za použití cíleného metabolomického přístupu pomocí UHPLC-MS Orbitrap Elite. Údaje byly vyhodnoceny softwarem Compound Discoverer 1.0.0.692 (Thermo Fisher Scientific, USA). Počet potenciálních metabolitů adenosinu a deoxyadenosinu zjištěných Compound Discovererem byl 23 (12 jedinečných hodnoty m/z). Tři struktury metabolitů byly určeny na Level 1 MSI. Zároveň byla také dokázána důležitost multistupňové fragmentace MSn. V budoucnu by tato metoda mohla představovat významný nástroj pro identifikaci metabolitů nebo malých molekul s diagnostickým potenciálem. Cílem třetí části této práce bylo popsat vliv rozlišovací schopnosti hmotnostního spektrometru u metabolomických experimentů. In silico výpočty založené na seznamu látek složeného z databází (HMDB, KEGG, LipidMaps) vycházely 15 722 unikátních hmot bez isobarů. Počet rozlišitelných hmot byl vypočten pro rozlišení až 3840k. Vzorky lidské plazmy byly analyzovány za použití UHPLC-MS Orbitrap Elite v rozlišení až 480k. V In silico výpočtech se počet rozlišitelných hmot přestal zvyšovat při rozlišení 240k. Reálné experimenty na plazmě ukázaly stejný tvar křivky s inflexním bodem při 60 - 120K rozlišení a počet pozorovaných "features" byl více než 4k. Výsledky naznačují, že rozlišení mezi 60 - 120k je třeba pro analýzu v metabolitů v bohatých biotekutinách. Enzymes are biological catalysts capable of substrate conversion into a product with high efficiency. The group is mainly consisted of proteins (exceptions are few catalytic RNA) and it is influencing a vast number of substrates (amino acids, sugars, organic acids, fatty acids, complex lipids, purines, porphyrins, etc.). In human genome, there are over 5000 genes coding enzymes, therefore there are hundreds of human enzyme defects enzymopathies. This work is dedicated to study new metabolomic approaches for diagnosing inborn errors of metabolism which forms a major part of these enzymopathies. Medium chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (MCADD) is a defect in -oxidation of fatty acids. In the first part it is reported the use of liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) based untargeted metabolomics and targeted flow injection analysis-tandem mass spectrometry (FIA-TMS) that lead to discovery of novel compounds of oxidative stress. Dry blood spots of controls (n=25) and patients (n=25) were extracted by methanol/water (1/1, v/v) and these supernatants were analysed by LC-MS method with detection by an Orbitrap Elite MS. Data were processed by XCMS and CAMERA followed by dimension reduction methods. Patients were clearly distinguished from controls in PCA. S-plot derived from OPLS-DA indicated that octanoyl, decenoyl and decanoyl carnitines as well as three phosphatidylcholines (PC(16:0,9:0(COOH)), PC(18:0,5:0(COOH)) and PC(16:0,8:0(COOH)) were the most influencing metabolites. To biologically validate these phosphatidylcholines a second cohort of individuals were analysed (patient (n=25) and control (n=250) samples). These were measured by a modified newborn screening method using FIA-TMS (API 4000) in MRM mode. Calculated p-values for PC(16:0,9:0(COOH)), PC(18:0,5:0(COOH)) and PC(16:0,8:0(COOH)) were 1.927×10-14, 2.391×10-15 and 3.354×10-15 respectively. Next part is reporting new way for identification of novel potential biomarkers. Adenosine deaminase deficiency (ADA) belongs to the various group of inborn errors of purine metabolism. These diseases express large variety of neurological, immunological, hematological and renal manifestations. Novel approach of spectral trees (www.mzcloud.org), which uses multistage fragmentation to identify different metabolic modifications, was used. This approach allows us to see the unmodified structure of the metabolite at lower MSn level and by "bottom-up" strategy get the individual metabolic modifications thus identifying the molecule. Data were acquired using untargeted metabolomics approach by UHPLC coupled with Orbitrap Elite. Data were evaluated by Compound Discoverer 1.0.0.692 (Thermo Fisher Scientific, USA). Number of potential metabolites of adenosine and deoxyadenosine found by Compound Discoverer was 23 (12 unique m/z values). Three metabolite structures were successfully annotated according to Level 1 of MSI. The importance of MSn level was shown using spectral trees. In the future this method can represent significant tool for identification of metabolites and/or small molecules with diagnostic potential. The aim of the third part of this work was to describe influence of mass resolution on exact MS metabolomic experiments. In silico calculations based on combined peaklist (HMDB, KEGG, LipidMaps) database determined 15 722 unique masses without isobars. Number of distinguishable masses was calculated for up to 3840k resolution. Plasma samples were run LC-MS using Orbitrap Elite at up to 480k resolution. In silico, the number of unique masses plateaued at the inflection point of 240k resolution. Real plasma experiments showed - same curve shape with inflection point at 60 - 120k resolution and number of observed features above 4k. Results suggest that resolution between 60 - 120k is needed for the analyses in metabolite rich biofluids. Keywords: Metabolomika; hmotnostní spektrometrie; Orbitrap; vrozené poruchy metabolismu; MCADD; ADA; spektrální stromy; Metabolomics; mass spectrometry; Orbitrap; inborn errors of metabolism; MCADD; ADA; spectral trees Available in digital repository of UPOL. Metabolomické nástroje v diagnostice dědičných metabolických poruch

Enzymy jsou biologické katalyzátory schopné přeměňovat substrát na produkt s vysokou efektivitou. Tato skupina se skládá převážně z proteinů (výjimkou je několik katalyticky aktivních RNA) a ovlivňuje ...

NAJDEKR, Lukáš; ADAM, Tomáš; LEMR, Karel; ŠIMEK, Petr
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Regresní analýza pro kompoziční data
DONEVSKA, Sandra; FIŠEROVÁ, Eva
2017 - English Práce se zabývá regresní analýzou pro kompoziční data. Relativní charakter kompozičních dat, který je odlišuje od standardních mnohorozměrných dat, vyžaduje speciální zacházení. Jedním ze základních přístupů ke statistické analýze kompozičních dat, který je použit i v této práci, je vyjádření kompozičníchdat ve vhodném souřadnicovém systému. Nejprve je pozornost soustředěna na problematiku regresního modelu s kompoziční vysvětlovanou proměnnou. Pro kompoziční data vyjádřená v ortonormálních souřadnicích je v práci vytvořen mnohorozměrný regresní model a uvedeny explicitní vzorce pro odhady neznámých regresních parametrů a testové statistiky pro ověření jejich statistické významnosti. Dále je navržena jiná souřadnicová reprezentace kompozičních dat, která umožnuje zjednodušit výpočty pro odhady regresních parametrů a testové statistiky a vyhodnocena kvalita predikce v různých souřadnicových systémech. Druhá část této práce je věnována kalibračnímu problému pro kompoziční data. V práci je použit přístup založený na lineárním modelu s podmínkami typu II. Je zde dokázána ekvivalence mezi lineárními modely s podmínkami typu II a ortogonální regresí. Dále je zde navržena procedura pro kalibraci kompozičních měření a prezentovány testy pro shodu dvou měřích přístrojů (metod). V poslední části této práce je navržena procedura pro výběr kompozičních složek, která zaručuje, že výsledná redukce dimenze kompozice nezpůsobí podstatnouztrátu informace o mnohorozměrné variabilitě datové struktuře. Všechny teoretické výsledky jsou aplikovány při řešení reálných úloh. The thesis is focused on regression analysis for compositional data. Relative nature of compositional data that distinguishes them from the standard multivariate data call for a special treatment. Since for the most of the statistical techniques there is still not developed stay-in the simplex approach, the log-ratio methodology presents a proper statistical approach that enable to express the data in a coordinate system. Firstly, a regression model with compositional response variable is studied. A multivariate regression model is built for the compositional data expressed in orthonormal coordinates. The explicit formulas for the estimators of regression parameters and as well test statistics for the verification of their significance are provided. Further, new coordinate representation of the compositional data allowing to simplify the computation concerning regression parameters estimation and hypothesis testing is proposed and as well, the quality of prediction in different coordinate system is evaluated. The second part of this thesis is devoted to the calibration problem for compositions. Here the calibration approach based on linear models with the type-II constraints is used. The equivalence between the linear model with type-II constraints and the total least squares regression is proved. A procedure for calibration of compositional measurements is proposed and tests for conformity of two measuring devices (methods) are presented. In the last part of the thesis, a variable selection procedure for compositions that guarantees that a reduction of the original composition to a subcomposition causes only negligible change of the information is presented. All theoretical results are applied to real-world examples. Keywords: kompoziční data; regrese s kompoziční vysvětlovanou proměnnou; kalibrace; ortogonální regrese; lineární regresní model s podmínkami typu II; výběr proměnných; compositional data; regression with compositional response; calibration; total least squares; linear model with type-II constraints; variable selection Available in digital repository of UPOL. Regresní analýza pro kompoziční data

Práce se zabývá regresní analýzou pro kompoziční data. Relativní charakter kompozičních dat, který je odlišuje od standardních mnohorozměrných dat, vyžaduje speciální zacházení. Jedním ze základních ...

DONEVSKA, Sandra; FIŠEROVÁ, Eva
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Faktorová analýza dat s ordinálními atributy
TRNEČKOVÁ, Markéta; BĚLOHLÁVEK, Radim; BĚLOHLÁVEK, Radim
2017 - English The problem of matrix decomposition, also known as matrix factorization problem, is widely investigated in data mining community. Especially Boolean case, where entries of matrices are 0s and 1s. In this thesis we explore the extension of matrix decomposition problem for ordinal data, i.e. data where attributes are values from ordered scales. The replacement of the two-element set of Boolean values and Boolean operations by a multiple-valued set of grades and multiple-valued operations introduced various non-trivial problems. We examine existing algorithms for ordinal data and propose three new algorithms for matrix decomposition problem. We demonstrate that the proposed algorithms deliver decompositions with informative and easy-to-understand factors by analysing real datasets. Moreover, we also compare algorithms presented on synthetic datasets. Keywords: Matrix decomposition; Factor analysis; Ordinal data; Fuzzy logic Available in digital repository of UPOL. Faktorová analýza dat s ordinálními atributy

The problem of matrix decomposition, also known as matrix factorization problem, is widely investigated in data mining community. Especially Boolean case, where entries of matrices are 0s and 1s. In ...

TRNEČKOVÁ, Markéta; BĚLOHLÁVEK, Radim; BĚLOHLÁVEK, Radim
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Spektrální charakteristiky fotosyntetických pigmentů a jejich vztah ke strukturně-funkčním aspektům pigment-proteinových komplexů in vivo a in vitro
KARLICKÝ, Václav; ŠPUNDA, Vladimír; AAA-NEUVEDEN, --
2017 - English V této práci jsou studovány spektrální charakteristiky fotosyntetického aparátu smrku ztepilého pomocí spektroskopie cirkulárního dichroismu a nízkoteplotní fluorescenční spektroskopie a porovnány vůči vybraným modelovým rostlinám (huseníček rolní, ječmen jarní). Hlavním cílem této práce bylo získat informace o pigment-proteinových komplexech smrku, jejich makro-organizaci a stabilitě v thylakoidní membráně. In this thesis, spectral characteristics of Norway spruce photosynthetic apparatus are studied using circular dichroism and low temperature fluorescence spectroscopy and compare to those of model plants Arabidopsis thaliana and spring barley. Main goal of this thesis was to obtain new information about the pigment-protein complexes of spruce, their supramolecular organization and stability in the thylakoid membranes. Keywords: Smrk ztepilý; Ječmen jarní; Arabidopsis thaliana; Fluorescenční spektra; Cirkulární dichroismus; Organizace fotosystému II; Thylakoidní membrána; Teplotní stabilita; Norway spruce; Spring barley; Arabidopsis thaliana; Fluorescence spectra; Circular dichroism; Photosystem II organization; Thylakoid membrane; Thermal stability Available in digital repository of UPOL. Spektrální charakteristiky fotosyntetických pigmentů a jejich vztah ke strukturně-funkčním aspektům pigment-proteinových komplexů in vivo a in vitro

V této práci jsou studovány spektrální charakteristiky fotosyntetického aparátu smrku ztepilého pomocí spektroskopie cirkulárního dichroismu a nízkoteplotní fluorescenční spektroskopie a porovnány ...

KARLICKÝ, Václav; ŠPUNDA, Vladimír; AAA-NEUVEDEN, --
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017

Determinants of Czech Youths' Political Attitudes
KUDRNÁČ, Aleš; LEBEDA, Tomáš; LEBEDA, Tomáš
2017 - English Politické postoje a chování mládeže poutají zájem vědců i veřejnosti. Výzkumu vztahu mladých lidí a politiky byla dosud věnována pozornost především v zavedených demokraciích, zatímco v postkomunistických zemích má okrajové postavení. Záměrem této práce, která chce přispět k rozvoji výzkumu v této oblasti, je poskytnout vhled do role rodiny a školy při utváření politických postojů české mládeže za pomoci víceúrovňových regresních analýz čtyř datových souborů. Kauzální mechanismus spojující osobní politické postoje a společenský kontext, v němž vznikají a jsou formovány, vychází ze sociální teorie Jamese S. Colemana (1990), která nabízí způsob, jak pojímat a modelovat mikro-makro vztahy. V této disertační práci jsou v pěti empirických kapitolách zkoumány následující politické postoje mladých lidí: volební účast (kapitoly 2 a 4); stranické preference (kapitola 3); politické znalosti a politická participace (kapitola 4); pocit vnitřní politické efektivity (kapitola 5); a postoje vůči menšinám (kapitola 6). Výsledky této práce ukazují, že rodičovské postoje, chování a socio-ekonomický status mají zásadní význam pro pochopení politických postojů současné české mládeže. Vybrané kapitoly nalézají rovněž souvislost s postoji, znalostmi a socio-ekonomickým statusem spolužáků. Složení školní třídy se jeví jako důležité zejména při vysvětlování stranických preferencí, úrovně politické znalosti, pocitu politické efektivity a předsudků vůči menšinám. Žáci s nižším socio-ekonomickým statusem obklopeni vrstevníky s vyšším sociálně-ekonomickým statusem či politickou znalostí vyjadřují ceteris paribus více pro-demokratické postoje a hodnoty. Tato práce argumentuje, že třídní nebo školní vlivy mohou být ve skutečnosti rovněž ukazateli výběrového efektu školy, kdy základní rozdíly v politických postojích české mládeže vycházejí z jejich rodinného zázemí. Závěrem této práce je, že současné české školství reprodukuje již existující sociálně-ekonomické nerovnosti a prohlubuje převládající politické nerovnosti. The political attitudes and behaviour of youth are of a great interest of both scholars and the public. However, the study of youth engagement in politics has been dominated by work undertaken in established democracies. Similar research in post-communist countries remains under-developed. This dissertation addresses this gap in the scholarly literature. Using four data sets and a series of multilevel models the aim of this dissertation is to provide insight into the role of family and school contexts in shaping Czech youths' political attitudes. The causal mechanism linking youths' attitudes to their social context is derived from James S. Coleman's (1990) social theory which proposes one solution for how micro-macro relationships can be conceptualised and modelled. In five empirical chapters this dissertation on contemporary Czech youths explores voter turnout (Chapters 2 and 4); party preferences (Chapter 3); political knowledge and political participation (Chapter 4); sense of internal political efficacy (Chapter 5); and attitudes towards minorities (Chapter 6). The results of this dissertation reveal that parental attitudes, behaviour, and socio-economic status are crucial for understanding the attitudes of contemporary Czech youth. Various chapters also show classroom composition is also important: peers' attitudes, knowledge and wealth matter. This is particularly important in explaining prejudice, party preference, level of political knowledge, and confidence in politics. Poorer pupils surrounded by peers with higher socio-economic status or political knowledge express more pro-democratic attitudes and values ceteris paribus. This dissertation argues that classroom or school effects may in reality be indicators of a family selection effect where the fundamental differences between Czech students originate in the home. A key substantive conclusion of this dissertation is that participation in the contemporary Czech education system replicates pre-existing socio-economic inequalities and exacerbates prevailing political inequalities. Keywords: mladí lidé; politická socializace; politické postoje; třídní klima; politická nerovnost; youth; political socialization; political attitudes; classroom climate; political inequality Available in digital repository of UPOL. Determinants of Czech Youths' Political Attitudes

Politické postoje a chování mládeže poutají zájem vědců i veřejnosti. Výzkumu vztahu mladých lidí a politiky byla dosud věnována pozornost především v zavedených demokraciích, zatímco v ...

KUDRNÁČ, Aleš; LEBEDA, Tomáš; LEBEDA, Tomáš
Univerzita Palackého v Olomouci, 2017