Struktura plůdkového společenstva ryb v podélném profilu řeky Labe
Švanyga, J.; Janáč, Michal; Jurajda, Pavel
2008 - Czech V pozdím létě v roce 2007 byla provedena ichtyologická studie na české části řeky Labe. Jednalo se o vzorkování plůdkového společenstva na celkem 177 km dlouhém úseku mezi obcí Verdek a městem Brandýs nad Labem. Vzorkováno bylo 36 lokalit tří různých typů biotopů (9 slepých ramen, 13 přirozených úseků včetně pláží a 14 kanalizovaných úseků). Celkem bylo získáno 4521 ks 0+ juvenilních ryb z 26 druhů. Mezi jednotlivými typy prostředí byly nalezeny signifikantní rozdíly v druhové diverzitě a abundanci. Druhově nejbohatší a nejvíce diverzifikovaná společenstva byla nalezena v přirozených a plážových úsecích. Naopak nejchudší byla společenstva plůdku v kanalizovaných částech toku (zjm. pak kolem Hradce Králové). Hodnoty abundance vykazovaly vysokou rozkolísanost. Obecně lze říci, že jak diverzita tak abundance se v podélném profilu výrazně měnily. Z dalších ekologických parametrů byly vyhodnoceny také dominance, frekvence, reprodukční a ekologické skupiny a faunistická podobnost. During the late summer 2007 a juvenile fish assemblage of the Elbe river was surveyed. Using electrofishing, 36 localities were sampled along a 177 km long segment between Verdek and Brandýs nad Labem. These localities consisted of nine backwaters, 14 channelized localities and 13 beach like localities with natural riverbeds. Altogether 4521 individuals of 0+ juvenile fishes were caught, belonging to 26 species. Significant differences in species diversity and fish fry abundance were found among the three types of environment. The most species-rich fish populations with the highest abundance were confirmed at the natural and beach like localities. On the contrary, the least species-rich and abundance were channelized localities near Hradec Králové. Generally, both the abundance and the diversity changed markedly along the studied stretch. The other ecological parametres like dominance, frequency, reproduction and ecological groups and faunistic similarity were evaluated too. Keywords: Young of the year fish; Elbe River Available at various institutes of the ASCR Struktura plůdkového společenstva ryb v podélném profilu řeky Labe

V pozdím létě v roce 2007 byla provedena ichtyologická studie na české části řeky Labe. Jednalo se o vzorkování plůdkového společenstva na celkem 177 km dlouhém úseku mezi obcí Verdek a městem Brandýs ...

Švanyga, J.; Janáč, Michal; Jurajda, Pavel
Ústav biologie obratlovců, 2008

Sekundární rybí pásma a výskyt lipana podhorního (Thymallus thymallus) v České republice
Halačka, Karel; Lusk, Stanislav; Vetešník, Lukáš
2008 - Czech V práci je sledován vztah mezi vznikem sekundárním pstruhovým pásmem pod údolními nádržemi a rozšířením lipana podhorního ve vodách České republiky. Lipan podhorní byl již v minulosti uváděn jako potenciálně perspektivní ryba pro naše toky. To bylo potvrzeno obrovským nárůstem jeho úlovků v 70. a 80. letech minulého století. Velký význam pro tento nárůst měl prostor vzniklý vytvořením sekundárních pstruhových pásem pod řadou v té době vznikajících vodních děl. Na přelomu století však došlo ke zlomu a početní stavy klesly opět na úroveň 50. let minulého století. Lze konstatovat, že tyto lokality se jeví za určitých podmínek jako velmi vhodné pro tento druh, je však ještě třeba sledovat celkovou dynamiku tohoto biotopu, aby bylo možno nastolit optimální režim vhodný pro v něm zastoupené organismy a tak i vznik stabilní rovnováhy. In this paper, the relationship between emergence of secondary trout zones below dams, and occurence of the grayling in the waters of the Czech Republic, is studied. The grayling was mentioned as a potentially perspective fish for our waters. This was confirmed by colossal growth of its catches in 1970s and 1980s. The space formed by creation of the secondary trout zones below series of dams, which were built at that time, was very significant for this growth. However, at the turn of the century, a breakpoint was observed, and the numbers of catches decreased to the level of the 1950s. It can be stated that these locaties appear very suitable for this species under specific conditions. However it is necessary to monitor the general dynamics of this biotope, in order to possibly establish an optimal regime fit for present organisms and therefore to form a stable equilibrium. Keywords: secondary trout zone; grayling; dams; anglers catches Available at various institutes of the ASCR Sekundární rybí pásma a výskyt lipana podhorního (Thymallus thymallus) v České republice

V práci je sledován vztah mezi vznikem sekundárním pstruhovým pásmem pod údolními nádržemi a rozšířením lipana podhorního ve vodách České republiky. Lipan podhorní byl již v minulosti uváděn jako ...

Halačka, Karel; Lusk, Stanislav; Vetešník, Lukáš
Ústav biologie obratlovců, 2008

Ploidní a sexuální status komplexu "Carassius auratus" ve vodách České republiky
Lusková, Věra; Lusk, Stanislav; Halačka, Karel; Vetešník, Lukáš; Papoušek, Ivo
2008 - Czech V České republiky nepůvodní komplex „Carassius auratus“ zahrnuje formy: C.a. auratus (okrasná forma), C.a. gibelio (dominantní forma), C.a. langsdorfii (japonská forma). Všechny vyskytující formy mají východoasijský původ. Forma C.a. gibelio je hodnocena jako „nepůvodní invazivní druh“. Tato forma pronikla do vod ČR okolo roku 1975 z povodí Dunaje a postupně s pomocí člověka se rozšířila. Původní okupační jedinci byly pouze triploidní samice rozmnožující se gynogeneticky. První samci se objevili v povodí Dyje po roce 1990 a začala transformace samičího unisexuálního typu populace (3n) na typ smíšený, kdy se mění jak sexuální tak i ploidní status populací C.a.gibelio. V současnosti se u C.a. gibelio globálně zastoupení samců pohybuje okolo 30 %, při čemž většina jsou diploidi a pouze ojediněle se vyskytují triploidi. U samic, které v populaci stále převažují, větší část (60%) jsou triploidi a menší část diploidi. Zcela ojediněle se vyskytnou u obou pohlaví jedinci tetraploidní. The "Carassius auratus" complex, non-indigenous in the Czech Republic, comprises several forms: C. a. auratus (decorative form), C. a. gibelio (predominant), and C. a. langsdorfii (Japanese form). C. a. gibelio is considered a "non-indigenous invasive species". Around 1975, the form invaded the waters of the Czech Republic from the Danube drainage area. The first invasive individuals were triploid females reproducing gynogenetically. The first males occurred in the Dyje River drainage area after 1990 and began transforming to a mixed type, both the sexual and ploidy status of C. a. gibelio populations changing. At present, the overall percentage representation of males in C. a. gibelio populations varies around 30 %, most of them being diploids, triploids occurring only occasionally. A larger part (60 %) of the females, which still predominate in the population, are triploids, the rest being diploids. Tetraploid individuals of both sexes occur quite singly. Keywords: Carassius auratus Available at various institutes of the ASCR Ploidní a sexuální status komplexu "Carassius auratus" ve vodách České republiky

V České republiky nepůvodní komplex „Carassius auratus“ zahrnuje formy: C.a. auratus (okrasná forma), C.a. gibelio (dominantní forma), C.a. langsdorfii (japonská forma). Všechny vyskytující formy mají ...

Lusková, Věra; Lusk, Stanislav; Halačka, Karel; Vetešník, Lukáš; Papoušek, Ivo
Ústav biologie obratlovců, 2008

Chování a prostorová aktivita jelenovitých (jelen lesní, srnec obecný) v Národním parku Šumava ve vztahu ke škodám na lesních porostech
Šustr, P.; Jirsa, A.; Krojerová, Jarmila; Barančeková, Miroslava
2008 - Czech Na území Národního parku Šumava probíhá studie prostorového chování a aktivity obou druhů jelenovitých, jelena lesního a srnce obecného. Doposud bylo zjištěno, že v rámci jelení populace část jedinců migruje do vrcholových partií, zatímco druhá část zůstává v nižších polohách. Nejvyšší aktivita byla zjištěna v červnu a v průběhu října, nejnižší v zimním období. Součástí studie je i potravní ekologie obou druhů. V rámci ní byl zjištěn poměrně vysoký obsah jehličí v potravě v zimním období a na některých lokalitách také vysoký obsah listnatých dřevin. Oba druhy mají tedy potenciálně vysoký vliv na obnovu keřového patra. The research of spatial behaviour and activity of red and roe deer has been carried out in the Šumava National park. Preliminary results show that one part of red deer population regularly migrates to higher altitudes during vegetation season, whereas the others stay in lower altitudes. Further, the activity of red deer was the highest during June and October, and the lowest during winter. A part of this study is also the research of feeding ecology of both species. We detected a relatively large proportion of needles in the diet of both species. Also the proportion of deciduous trees was relatively high in some parts of the study area. This indicates a relatively high influence of both species on natural forest regeneration Keywords: GPS telemetry; activity patterns; diet composition Available at various institutes of the ASCR Chování a prostorová aktivita jelenovitých (jelen lesní, srnec obecný) v Národním parku Šumava ve vztahu ke škodám na lesních porostech

Na území Národního parku Šumava probíhá studie prostorového chování a aktivity obou druhů jelenovitých, jelena lesního a srnce obecného. Doposud bylo zjištěno, že v rámci jelení populace část jedinců ...

Šustr, P.; Jirsa, A.; Krojerová, Jarmila; Barančeková, Miroslava
Ústav biologie obratlovců, 2008

Basic phylogenetic methods
Vallo, Peter
2008 - English This volume comprises contributions of a team of lecturers, who held their speeches at a course for undergraduate students on computational biology. The particular topic of phylogenetic methods is briefly introduced, covering basics of DNA sequence evolution and tree nomenclature. Methods of tree reconstructions are further explained; both general tree searching algorithms and particular reconstruction methods i.e. distance, parsimony, likelihood and Bayesian approaches. Tento svazek zahrnuje příspěvky týmu autorů, kteří přednášeli na kurzu výpočetní biologie pro pregraduální studenty. Téma fylogenetických metod je stručne uvedeno, pokrývajíc základy evoluce sekvencí DNA a názvosloví stromů. Dále jsou vysvětlovány metody rekonstrukce stromů; jak obecné algoritmy pro hledání stromů, tak i jednotlivé metody rekonstrukce t.j. distanční, parsimonický, věrohodnostní a Bayesiánský přístup. Keywords: molecular phylogeny; distance methods; maximum parsimony; maximum likelihood; Bayesian analysis Available at various institutes of the ASCR Basic phylogenetic methods

This volume comprises contributions of a team of lecturers, who held their speeches at a course for undergraduate students on computational biology. The particular topic of phylogenetic methods is ...

Vallo, Peter
Ústav biologie obratlovců, 2008

Populační a genetická struktura pstruha obecného a lipana podhorního jako základ úspěšného rybářského obhospodařování
Halačka, Karel; Papoušek, Ivo; Kohout, Jan; Vetešník, Lukáš; Lusk, Stanislav; Mendel, Jan; Šlechta, Vlastimil
2008 - Czech Cílem práce bylo poznání dynamiky populací lososovitých ryb. Pozornost byla zaměřena zejména na genetickou diverzitu populací pstruha obecného a lipana, dále pak na vybrané morfologické znaky (struktura pokožky). Genetické analýzy pomocí D-loop a cytochromu b ukázaly extrémní uniformitu našich populací v rámci všech třech úmořích. Vlivem antropogenních zásahů (umělé reprodukce spojená s převozy násad či generačních ryb) byl zcela narušen výsledek přirozené diverzifikace vedoucí ke vzniku místních, daným podmínkám přizpůsobených subpopulací (naprostá většina jedinců byla jednotného (atlantského) holotypu). Srovnávací studie zabývající se strukturou a dynamikou pokožky pstruha obecného, duhového, sivena amerického a lipana ukázala výrazné rozdíly zejména v zastoupení sekrečních buněk. Jejich nižší podíl v lipana může souviset citlivostí k zaplísnění v povýtěrovém období. The aim of the study is to contribute to knowledge about population dynamics of our salmonids. The study concentrated particularly on the genetic diversity of Salmo trutta and Thymallus thymallus populations, and also on selected morphological characters. Genetic analyses of the mitochondrial DNA have shown an existence of an extreme uniformity of populations in all three sea-drainage areas. Due to anthropogenic interventions, structure local subpopulations adapted to given local subpopulations, resulting from the natural diversification spanning thousands of years, has been disrupted. All other individuals carried a uniform (Atlantic) haplotype. A comparison study dealing with structure and dynamics of epidermis in S. trutta, O. mykiss, S. fontinalis and T. thymallus has shown significant differences particularly in fraction of the secretory cells. Lower proportion of the secretory cells in T. thymallus could be related to its sensitivity to molds in the post-spawning period. Keywords: genetic diversity; trout; grayling Available at various institutes of the ASCR Populační a genetická struktura pstruha obecného a lipana podhorního jako základ úspěšného rybářského obhospodařování

Cílem práce bylo poznání dynamiky populací lososovitých ryb. Pozornost byla zaměřena zejména na genetickou diverzitu populací pstruha obecného a lipana, dále pak na vybrané morfologické znaky ...

Halačka, Karel; Papoušek, Ivo; Kohout, Jan; Vetešník, Lukáš; Lusk, Stanislav; Mendel, Jan; Šlechta, Vlastimil
Ústav biologie obratlovců, 2008

Tutorial in phylogenetic analyses
Martínková, Natália
2008 - English Reconstruction of phylogeny plays an important role in presentday science. Aim of this paper is to introduce basic methods of phylogenetic analysis using DNA sequences. In a brief manner, approaches to phylogenetic inference, commonly used methods of tree reconstruction, and models of DNA evolution are presented. This compendium may serve as an introduction to this exciting discipline of biological science. Fylogenetické analýzy se rychle vyvíjejí a často se objevují nové metody nebo pokročilá vylepšení stávajících metod. Školení poskytne návod, jak určit důležité kroky ve fylogenetické analýze sekvencí DNA, které mohou být aplikovány na další výpočtové techniky. Tyto kroky zahrnují alignment sekvencí, identifikace alel a haplotypů, výběr substitučního modelu a rekonstrukce fylogenetických stromů. Keywords: phylogenetic DNA sequence analysis Available at various institutes of the ASCR Tutorial in phylogenetic analyses

Reconstruction of phylogeny plays an important role in presentday science. Aim of this paper is to introduce basic methods of phylogenetic analysis using DNA sequences. In a brief manner, approaches ...

Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2008

Indikační význam rybího společenstva v případě chronického chemického znečištění toku
Jurajda, Pavel; Janáč, Michal; Valová, Zdenka; Streck, G.
2008 - Czech Studie se zabývá vlivem chemického znečištění toků na společenstvo ryb. V této práci jsem se zaměřili na střední tok Labe u Pardubic a Bílinu. Většina sledovaného úseku Labe je kanalizovaná. Bílina je silně ovlivněna vysokou koncentrací průmyslové výroby, důlní činností, výrobou energie a petrochemickým průmyslem. I když došlo k útlumu výše uvedených činností a k zavedení moderních technologií čištění vod, stále je řeka Bílina jedním z nejznečištěnějších toků v ČR. Průzkum Labe probíhal v červenci 2005 a 2006 a Bíliny v červnu a červenci 2006 a 2007. Rybí společenstvo se ukázalo špatným indikátorem chemického znečištění. V Labi u Pardubic nebyl zjištěn vliv odpadní vody na strukturu rybího společenstva, ale naopak jako rozhodující činitel se jeví technické úpravy toku. Na Bílině, kde je vzorkování rybího společenstva efektivnější, byl zjištěn jednoznačný vliv odpadních vod ČOV (deficit kyslíku) i přítomnosti nádrží na strukturu rybího společenstva. The aim of the study was to evaluate indicative capability of fish community in chronically polluted rivers. Fish were studied in the Elbe River in four inter-weir sections in July 2005 and 2006. Sixteen sites in Bílina stream were sampled in June 2006 and 2007. Twenty two species were registered in two seasons in selected sites of the Elbe River. However generalists form a majority of the fish community in all sections. There was no significant difference in fish species richness between polluted and unpolluted sections. Channelization of the Elbe River seems to be the most important determinant of fish community structure. Fish community in the Bílina stream is strongly influenced by anthropogenic impact. Presence of reservoir changed fish community and point source pollution affected water quality up to complete fish absence. Fish were not a good biological indicator of chemical pollution. Keywords: chemical pollution in rivers; fish community; Elbe River Available at various institutes of the ASCR Indikační význam rybího společenstva v případě chronického chemického znečištění toku

Studie se zabývá vlivem chemického znečištění toků na společenstvo ryb. V této práci jsem se zaměřili na střední tok Labe u Pardubic a Bílinu. Většina sledovaného úseku Labe je kanalizovaná. Bílina je ...

Jurajda, Pavel; Janáč, Michal; Valová, Zdenka; Streck, G.
Ústav biologie obratlovců, 2008

Nezbytnost cílených zásahů v záplavových územích pro rozvoj a stabilizaci rybí bioty
Lusk, Stanislav; Hartvich, P.; Lojkásek, B.; Lusková, Věra; Pražák, O.; Halačka, Karel; Sovíková, L.
2008 - Czech Původní záplavová území větších řek se zachovala v omezeném rozsahu a s výrazně pozměněným hydrologickým režimem. To postihuje negativně vodní biotu, především ryby. Prezentované poznatky byly získány při výzkumech autorů v záplavových území Odry, Dyje a Lužnice. Nejvýraznější změny: vznik rybníků, regulace toků, protipovodňové hráze, zánik lučního a pastevního hospodaření, změna dynamiky průtoků. Důsledky: omezení až zánik krajinotvorné funkce toku, zazemňování a zánik aluviálních biotopů, jejich úplné vysýchání během suchých roků, omezování až zánik populací původních charakteristických druhů ryb (zejména Misgurnus fossilis, Rhodeus amarus, Cobitis sp., Carassius carassius, Leucaspius delineatus, aj.). Náprava: aktivní zásahy a udržování optimálního stavu vodních biotopů, nové umělé mokřady, restaurace a posilování původních populací chráněných a ohrožených druhů ryb při zohlednění aspektů "ochrany genetické diverzity". Pasivní ochrana biotopů i druhů již není řešením. The preserved extent of the initial floodplains along major rivers is limited and has been distinctly altered by hydrological dynamics. The results exert a negative impact on aquatic biota, above all, fishes (the floodplains of Odra, Dyje, Lužnice rivers). The most marked changes include construction of ponds, canalization of streams with levees, absence of meadow management. The consequences: absent landscape formation activity of streams, expansion of wetland vegetation, gradual silting and downfall of alluvial habitats, their total drying, destruction of elements such as channels, ditches, river arms and other habitats, a limitation or disappearance of populations of Misgurnus fossilis, Rhodeus amarus, Cobitis spp., Carassius carassius, Leucaspius delineatus. Retrieval: maintenance of optimum condition of aquatic habitats, creation of artificial wetlands, restoration populations of protected fish species. Passive protection of habitat and species is no solution any longer. Keywords: floodplain; fish biota; Odra, Lužnice and Dyje rivers Available at various institutes of the ASCR Nezbytnost cílených zásahů v záplavových územích pro rozvoj a stabilizaci rybí bioty

Původní záplavová území větších řek se zachovala v omezeném rozsahu a s výrazně pozměněným hydrologickým režimem. To postihuje negativně vodní biotu, především ryby. Prezentované poznatky byly získány ...

Lusk, Stanislav; Hartvich, P.; Lojkásek, B.; Lusková, Věra; Pražák, O.; Halačka, Karel; Sovíková, L.
Ústav biologie obratlovců, 2008

Proceedings of the 4th International Summer School on Computational Biology
Dušek, L.; Haruštiaková, D.; Martínková, Natália
2008 - English Keywords: International Summer School; Computational Biology Available at various institutes of the ASCR Proceedings of the 4th International Summer School on Computational Biology

Dušek, L.; Haruštiaková, D.; Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2008