Vývoj feministické identity žen žijících v turecké Ankaře
Kaymak, Kadriye Melis; Helman, Ivy; Knotková - Čapková, Blanka
2024 - English Keywords: feminist identity; feminist identity development; feminist women; feminism in Turkey; feminist identity; feminist identity development; feminist women; feminism in Turkey Available in a digital repository NRGL Vývoj feministické identity žen žijících v turecké Ankaře

Kaymak, Kadriye Melis; Helman, Ivy; Knotková - Čapková, Blanka
Univerzita Karlova, 2024

Empirické zhodnocení relativní ekonomické suverenity EU: důsledky pro politiku ochrany před ekonomickým nátlakem
Kovalchuk, Olha; Semerák, Vilém; Schwarz, Jiří
2024 - English Zvýšené geopolitické napětí v posledním desetiletí odhalilo řadu hrozeb, které by mohly ohrozit relativní ekonomickou suverenitu Evropské unie. Pokusy velkých mocností, jako jsou USA, Čína a Rusko, ovlivnit politickou integritu EU prostřednictvím ekonomicky donucovacích opatření, ukázaly zásadní význam pro zajištění odolných dodavatelských řetězců. Tato práce poskytuje analýzu možných zranitelností dodavatelských řetězců EU v letech 1995-2020 na základě analýzy vstupů a výstupů a analýzy přímých dovozních závislostí na základě dat BACI. Modifikovaná metoda hypotetické extrakce, metoda globální extrakce, byla použita k měření účinků simulovaných šoků na ekonomiku EU ze zákazů dovozu ze strany hlavních světových mocností a naopak. Klíčové závislosti mezi EU a Ruskem, Čínou a USA byly zjištěny z hlediska přímých dovozních závislostí, meziproduktů a celkových vstupů, konečné poptávky a přidané hodnoty. Klíčová zjištění práce odhalují, že i když existuje vysoká míra vzájemné závislosti mezi EU a dalšími hlavními aktéry, důležitost obrany její ekonomické suverenity zůstává zásadní pro ochranu politické integrity EU před zahraničními donucovacími opatřeními. Keywords: ekonomická suverenita; hospodářská politika; input-output analýza; interdependence; economic sovereignty; economic coercion; economic policies; input-output analysis; economic interdependence Available in a digital repository NRGL Empirické zhodnocení relativní ekonomické suverenity EU: důsledky pro politiku ochrany před ekonomickým nátlakem

Zvýšené geopolitické napětí v posledním desetiletí odhalilo řadu hrozeb, které by mohly ohrozit relativní ekonomickou suverenitu Evropské unie. Pokusy velkých mocností, jako jsou USA, Čína a Rusko, ...

Kovalchuk, Olha; Semerák, Vilém; Schwarz, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Empirický výzkum faktorů ovlivňujících modernizaci průmyslové struktury v zemích střední a východní Evropy
You, Muchen; Jeřábek, Petr; Chondrogiannis, Ilias; Svoboda, Karel
2024 - English Available in a digital repository NRGL Empirický výzkum faktorů ovlivňujících modernizaci průmyslové struktury v zemích střední a východní Evropy

You, Muchen; Jeřábek, Petr; Chondrogiannis, Ilias; Svoboda, Karel
Univerzita Karlova, 2024

Jít s hrou až na hranu: videohry a trans gramotnost
Andriushchenko, Tatiana; Lorenz - Meyer, Dagmar; Jiroutová Kynčlová, Tereza
2024 - English Keywords: countergaming; transgender; video games; ludology Available in a digital repository NRGL Jít s hrou až na hranu: videohry a trans gramotnost

Andriushchenko, Tatiana; Lorenz - Meyer, Dagmar; Jiroutová Kynčlová, Tereza
Univerzita Karlova, 2024

Formy kapitalismu zaměřené na sociální podniky: Jak varianty kapitalismu ovlivňují sektor sociálních podniků?
Lopinski, Justin James; Schwarz, Jiří; Baxa, Jaromír
2024 - English Sociální podniky představují způsob, jak využít již existující instituce a trhy k řešení sociálních potřeb, které nejsou dostatečně pokryty soukromým sektorem nebo státem. Sociální problémy, které se snaží řešit, jejich institucionální rámec a trhy na kterých operují jsou jedinečné v rámci svého národního nebo dokonce regionálního kontextu. To vytváří problémy s rozšiřováním a implementací úspěšných modelů do nových komunit. Tato diplomová práce definuje tyto institucionální kontexty pomocí teoretického rámce odvozeného z literatury o Modelech kapitalismu na základě srovnání ukazatelů ekonomické koordinace a vládní intervence v různých zemích. Pomocí regresních technik nejmenších čtverců na průřezovém souboru dat ze 49 zemí byly posuzovány následující tři výzkumné otázky. Zaprvé, má model kapitalismu vliv na sektor sociálních podniků? Za druhé, mají cílené snahy zaměřené na podporu podnikání vedlejší účinky, které prospívají sociálnímu podnikání? Za třetí, poskytují společnosti ve kterých převládají postmaterialistické hodnoty příznivější prostředí pro rozvoj sociálních podniků? Výsledky této analýzy ukazují, že zatímco komerční podnikatelská aktivita je pozitivně ovlivněna ekonomickou koordinací a negativně ovlivněna vládní intervencí, neexistuje důkaz, že by podobný vztah existoval i v případě... Keywords: Sociální podnikání; modely kapitalismu; kulturní hodnoty; vládní intervence; Global Entrepreneurship Monitor; institucionální teorie; Social Entrepreneurship; Varieties of Capitalism; Cultural Values; Government Intervention; Global Entrepreneurship Monitor; Institutional Theory Available in a digital repository NRGL Formy kapitalismu zaměřené na sociální podniky: Jak varianty kapitalismu ovlivňují sektor sociálních podniků?

Sociální podniky představují způsob, jak využít již existující instituce a trhy k řešení sociálních potřeb, které nejsou dostatečně pokryty soukromým sektorem nebo státem. Sociální problémy, které se ...

Lopinski, Justin James; Schwarz, Jiří; Baxa, Jaromír
Univerzita Karlova, 2024

Intersekcionální analýza klimatického hnutí: Rakouské vize klimatické spravedlnosti
Nebeská, Véronique Ananké; Kolářová, Kateřina; Jiroutová Kynčlová, Tereza
2024 - English Intersectional Analysis of the Climate Justice Movement: Austrian Visions for Climate Justice Abstract This thesis examines the underlying concepts behind climate justice as perceived by the members of the Austrian climate justice movement, as well as to what extent these concepts are intersectional. The goal of the research was to unravel the activists' understanding of climate justice, both as a theoretical concept and as a lived reality. It applies an intersectional perspective while drawing on feminist research when ascertaining how the category of gender as well as other social categorisations such as those of class, social status, race etc. are approached by the movement. Ultimately, visions and utopias for a climate just world are employed as a tool to outline how climate justice would look like on the individual, the collective, and the global level. Keywords: climate justice, intersectionality, gender, ecofeminism Intersectional Analysis of the Climate Justice Movement: Austrian Visions for Climate Justice Abstrakt Tato práce zkoumá koncepty klimatické spravedlnosti tak, jak je vnímají členové*ky rakouského hnutí za klimatickou spravedlnost, a také to, do jaké míry jsou tyto koncepty intersekcionální. Cílem výzkumu bylo odhalit, jak aktivisté*ky chápou klimatickou spravedlnost, jednak jako teoretický koncept, ale také jako žitou realitu. Při analýze toho, jak klimatické hnutí přistupuje ke kategorii genderu a dalším sociálním kategoriím, jako je třída, sociální status, rasa atd., uplatňuji intersekcionální perspektivu a čerpám z feministického výzkumu. Vize a utopie klimaticky spravedlivého světa jsou zde použity jako nástroj k nastínění toho, jak by klimatická spravedlnost vypadala na individuální, kolektivní a globální úrovni. Klíčová slova: klimatická spravedlnost, intersekcionalita, gender, ekofeminismus Keywords: climate justice; intersectionality; gender; ecofeminism; climate justice; intersectionality; gender; ecofeminism Available in a digital repository NRGL Intersekcionální analýza klimatického hnutí: Rakouské vize klimatické spravedlnosti

Intersectional Analysis of the Climate Justice Movement: Austrian Visions for Climate Justice Abstract This thesis examines the underlying concepts behind climate justice as perceived by the members ...

Nebeská, Véronique Ananké; Kolářová, Kateřina; Jiroutová Kynčlová, Tereza
Univerzita Karlova, 2024

Predikce lokálních strukturních vlastností ze sekvence protilátek
Beňo, Roman; Příhoda, David; Hoksza, David
2024 - English Predicting local structural properties of antibodies at residual level is vital for detecting the presence of post-translational modifications (PTMs), which often induce structural change in the antibody, negatively impact its shelf-life and possibly lead to the loss of the therapeutic potential. In this work, we predict relative solvent accessibility (RSA) of individual residues. This property is, alongside with the type of amino acid in question, the key indicator for presence of methionine oxidations and other types of PTMs. Due to the conservation of the antibody structure, we identified that different classes of prediction methods yield almost interchangeable results - total mean absolute error (MAE) of 5.64 RSA percentage units measured for the best performing machine learning pipeline compared to the 5.96 measured for the best performing statistical pipeline. The significant prediction quality improvement observed within comparison to the random prediction method with MAE of 35.996 may be as well attributed to the sequence conservancy. In CDR regions, RSA values are harder to predict. Although the range of methods and procedures employed throughout this work is by far not able to yield complex structure predictions, it might constitute a modular, high-throughput tool to support one's choices when... Predikce lokálních strukturních vlastností protilátek na reziduální úrovni je hodně důležitá pro detekci přítomnosti posttranslačních modifikací (PTM), které často indukují strukturální změny v protilátce, negativně ovlivňují její dlouhodobou skladovatelnost a vedou ke ztrátě jejího terapeutického potenciálu. V této práci predikujeme u jednotlivých reziduí relativní povrchovou dostupnost pro rozpouštědla (RSA). Tato vlastnost je spolu s typem dotyčné aminokyseliny klíčovým indikátorem přítomnosti oxidací methioninu a dalších typů PTM. Díky konzervovanosti struktury protilátek jsme zjistili, že různé třídy predikčních metod produkují téměř zaměnitelné výsledky - celková průměrná absolutní chyba (MAE) 5,64 procentních jednotek RSA pro nejvýkonnější z odzkoušených metod založených na strojovém učení, ve srovnání s hodnotou 5,96 naměřenou pro nejvýkonnější statistickou metodu. Výrazné zlepšení kvality predikce pozorované ve srovnání s metodou náhodné predikce s MAE 35,996 lze také připsat zachování struktury sekvence. V CDR oblastech je předpovědět hodnoty RSA obtížnější. Přestože metody a postupy, které v této práci používáme, zdaleka nejsou schopny poskytnout komplexní předpověď struktury, můžou se stát modulárním nástrojem s vysokou propustností pro návrh vhodných terapeutických protilátek. Klíčová slova:... Keywords: protilátka; post-translační modifikace; relativní povrchová dostupnost pro rozpouštědla; strojové učení; lokální struktura; predikce; antibody; post-translational modification; relative solvent accessibility; machine learning; local structure; prediction Available in a digital repository NRGL Predikce lokálních strukturních vlastností ze sekvence protilátek

Predicting local structural properties of antibodies at residual level is vital for detecting the presence of post-translational modifications (PTMs), which often induce structural change in the ...

Beňo, Roman; Příhoda, David; Hoksza, David
Univerzita Karlova, 2024

Detekce pozitivní selekce v reprodukčních genech pěvců
Cakl, Lukáš; Reifová, Radka; Těšický, Martin
2024 - English Reproductive genes are assumed to play an important role in adaptive evolution and speciation, yet little is known about the patterns of molecular evolution in these genes within avian species. This thesis is focused on identifying reproductive genes under positive selection and analyzing their function in songbirds, the largest and most diverse suborder of modern birds. Using existing bioinformatic approaches and published genomic data of 14 songbird species, we have first constructed 12000 groups of orthologous genes and detected significant traces of recurrent positive selection within 385 of them. Using proteomic data, this genome wide set of genes was then filtered to obtain genes expressed within songbird spermatozoa and fluids from the female reproductive tract. Within spermatozoa 22 out of 940 expressed genes were positively selected, while female fluids were found to be more conserved, as only 6 out of 529 expressed genes have shown traces of positive selection. We have then computed the enrichment of gene ontology terms within the positively selected genes. The enriched terms suggest evolutionary pres- sures acting on spermatozoa cytoskeleton, molecular motors and energetic metabolism, highlighting the importance of sperm morphology and swimming speed. Furthermore, the enrichment results... Předpokládá se, že geny ovlivňující reprodukci hrají důležitou roli jak v adaptivní evoluci, tak ve speciaci. U ptáků však zatím neexistuje mnoho informací o molekulární evoluci těchto genů. Tato práce se zabývá identifikací reprodukčních genů podléhajících pozitivní selekci v genomech pěvců a analýzou jejich funkcí. Ze 14 pub- likovaných genomů jsme nejdříve sestavili 12000 skupin ortologních genů a v 385 z nich existujícími metodami detekovali stopy dlouhodobé pozitivní selekce. Díky publikovaným proteomickým datům jsme celogenomový soubor genů mohli zúžit na geny exprimované ve spermiích a v tekutinách ze samičího pohlavního traktu. Ve spermiích pozitivní selekce působila na 22 z 940 exprimovaných genů, zatímco v samičích tekutínách jen na 6 z 529, což poukazuje na konzervativnější chování proteinů v samičích tekutinách. Následně jsme detekovali nadměrné zastoupení jednotlivých funkcí proteinů tak, jak jsou popsané v gene ontology. U spermií naše výsledky poukázaly na evoluční tlak působící zejména na je- jich cytoskelet, molekulární motory a energetický metabolismus, což naznačuje důležitost morfologie spermií a rychlosti jejich pohybu. Napříč celým genomem pak výsledky nejen potvrzovaly výsledky získané u spermií, ale též poukazovaly na pozitivní selekci procesů spjatých s mitózou a meiózou.... Keywords: evoluce; selekce; pěvci; spermie; samičí pohlavní trakt; evolution; selection; songbirds; spermatozoa; female reproductive tract Available in a digital repository NRGL Detekce pozitivní selekce v reprodukčních genech pěvců

Reproductive genes are assumed to play an important role in adaptive evolution and speciation, yet little is known about the patterns of molecular evolution in these genes within avian species. This ...

Cakl, Lukáš; Reifová, Radka; Těšický, Martin
Univerzita Karlova, 2024

Kovalentní geometrie nukleových kyselin
Schramlová, Barbora; Černý, Jiří; Dohnálek, Jan
2024 - English IV Abstract Nucleic acids (NA) are substances that play a fundamental role in all living organisms. They store genetic information and control the process of protein synthesis. These macromolecules are composed of chains of nucleotides. According to the type of sugar in the nucleotides, nucleic acids are divided into DNA (Deoxyribonucleic acid) and RNA (Ribonucleic acid). Nucleotide sequences also determine the spatial conformations of nucleic acids. At the level of dinucleotides, conformations are described by classes of dinucleotide conformers - NtC. To study nucleic acids, it is crucial to determine their spatial arrangement. The most common method of three-dimensional observations is X-ray crystallography, which uses the interaction of X-rays with the electron cloud of atoms in the crystal. The result is crystallographic data, which further goes through the process of refinement and validation. One of the essential requirements for reliable refinement and validation are stereochemical standards. These are vocabularies that characterize specific bond lengths, bond angles, torsion angles, planes, and chirality. These parameters were last updated in 2020, but their quality still needs to be improved. This work focuses on the detailed characterization and description of the covalent geometry of nucleic... V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších... Keywords: kovalentní geometrie NA; strukturní databáze; stereochemické standardy; rafinace; validace; covalent geometry of NA; structure database; stereochemical restraints; refinement; validation Available in a digital repository NRGL Kovalentní geometrie nukleových kyselin

IV Abstract Nucleic acids (NA) are substances that play a fundamental role in all living organisms. They store genetic information and control the process of protein synthesis. These macromolecules ...

Schramlová, Barbora; Černý, Jiří; Dohnálek, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Mezinárodní přesuny osobních údajů mimo Evropskou unii
Pechová, Tereza; Svobodová, Magdaléna; Exner, Jan
2024 - English Cross-border data flows from the EU: Data protection and the right to privacy Abstract This thesis discusses the legal concepts of privacy and personal data protection, the EU legal framework, specifically the relevant primary law and secondary EU law such as the Data Protection Directive and the General Data Protection Regulation. The thesis further examines the concept of international transfers of personal data outside the European Union and the legal basis for such transfers, as regulated by the GDPR, its different methods and their comparison in relation to their scope and specific use. The author considered the definition of the adequacy decision, the process of granting such a decision and its criteria to be essential. Subsequently, the thesis dealt with the presentation of appropriate safeguards as alternative methods of international transfers of personal data under EU law. The focus of the thesis is to introduce the third country regime using the example of the United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland as a former EU Member State. In this respect, the thesis examines the development of UK data protection law in terms of international data transfers after Brexit. The thesis has looked into the negotiations between the UK and the EU on their trade and cooperation agreement. Particular... Mezinárodní předávání osobních údajů mimo Evropskou unii Abstrakt Tato práce rozebírá právní koncepty ochrany soukromí a osobních údajů, právní rámec EU, konkrétně relevantní primární právo a sekundární právo EU, jako jsou směrnice o ochraně údajů a obecné nařízení o ochraně údajů. Práce se dále zabývá konceptem mezinárodního předávání osobních údajů mimo Evropskou Unii a právním základem tohoto předávání, upraveným v obecném nařízení o ochraně údajů, jeho jednotlivými metodami a jejich srovnáním ve vztahu k jejich oblasti působnosti a konkrétnímu využívání. Za zásadní považovala autorka vymezení rozhodnutí o odpovídající ochraně, proces udělení takového rozhodnutí a jeho kritéria. Následně se práce zabývala představením vhodných záruk, jako alternativních metod mezinárodního předávání osobních údajů dle práva EU. Těžištěm práce je představit režim třetí země na příkladu Spojené království Velké Británie a Severního Irska, jakožto bývalého členského státu EU. Práce se v tomto směru zabývá vývojem britského práva na ochranu osobních údajů z hlediska mezinárodního předávání údajů po brexitu. Práce se věnovala jednáním mezi Spojeným královstvím a EU na téma jejich dohody o obchodu a spolupráci. Zvláštní pozornost byla věnována vymezení podmínek zachování adekvátní ochrany osobních údajů, poté co se Spojené... Keywords: Ochrana údajů; právo EU; mezinárodní předávání údajů; ochrana osobních údajů ve Spojeném království; Brexit; odpovídající úroveň ochrany údajů; rozhodnutí o odpovídající ochraně; Data protection; EU law; international data transfers; Brexit; personal data protection in the UK; Brexit; data protection adequacy; adequacy decision Available in a digital repository NRGL Mezinárodní přesuny osobních údajů mimo Evropskou unii

Cross-border data flows from the EU: Data protection and the right to privacy Abstract This thesis discusses the legal concepts of privacy and personal data protection, the EU legal framework, ...

Pechová, Tereza; Svobodová, Magdaléna; Exner, Jan
Univerzita Karlova, 2024