Yes (268)
No (51)
Used filters
(3)
Number of found documents:
319
Published from
to
A GROUNDED THEORY STUDY TO CREATE REFLECTIVE PRACTICE MOTIVATION MODEL FOR PRIMARY SCHOOL PRESERVICE TEACHERS IN A CHINESE NORMAL UNIVERSITY
LIANG, Mengjiao; NEUMEISTER, Pavel
2019 - English
Problems of reflective practice in teacher preparation education give rise to this qualitative research to create a model of primary school preservice teacher reflective practice motivation, aiming to explore the nature and characteristics of motivation and apply it in the better understanding of reflective practice in teacher education. Grounded theory is employed to analyze the factors consisting of motivation from 23 participants' experiences through the circular coding procedures. Modeling generating goes through the theory emergent from multiple data collection to all data analyzed in open coding, axial coding and selective coding process with nVIVO 11. Model of motivation is created in the template of Fourier Transform, including group functions of three basic themes of time course, environment influence, and interaction. It represents that motivation of reflective practice is equal to the volume of Accumulative experiences with time *Intensity of environment influence *Summation of different properties of factors involved in the specific environment influence with the reward level. In functions: Motivation: F(m) = F(t)- I- _(-)^f(f(t)-g(e)-R). Implications and recommendations are discussed as well. Dissertation consists of 32527 words,136 pages length, and 5 chapters. Chapter 1 describes the background and relevance issues of the problem, and sets the rationale of the study and debriefs the research design. Chapter 2 reviews motivation theories applied into reflective practice in literatures and other motivation related issues. Chapter 3 introduces the grounded theory employed as the methodology in this study, addresses important methods, and frames the overall main procedures including data collection, analysis protocols and trustworthiness. Chapter 4 presents the process of data analysis, explanation of the findings and results, and modeling. Chapter 5 includes the implications, conclusion, limitations of this research and recommendations for future study. Problems of reflective practice in teacher preparation education give rise to this qualitative research to create a model of primary school preservice teacher reflective practice motivation, aiming to explore the nature and characteristics of motivation and apply it in the better understanding of reflective practice in teacher education. Grounded theory is employed to analyze the factors consisting of motivation from 23 participants' experiences through the circular coding procedures. Modeling generating goes through the theory emergent from multiple data collection to all data analyzed in open coding, axial coding and selective coding process with nVIVO 11. Model of motivation is created in the template of Fourier Transform, including group functions of three basic themes of time course, environment influence, and interaction. It represents that motivation of reflective practice is equal to the volume of Accumulative experiences with time *Intensity of environment influence *Summation of different properties of factors involved in the specific environment influence with the reward level. In functions: Motivation: F(m) = F(t)- I- _(-)^f(f(t)-g(e)-R). Implications and recommendations are discussed as well. Dissertation consists of 32527 words,136 pages length, and 5 chapters. Chapter 1 describes the background and relevance issues of the problem, and sets the rationale of the study and debriefs the research design. Chapter 2 reviews motivation theories applied into reflective practice in literatures and other motivation related issues. Chapter 3 introduces the grounded theory employed as the methodology in this study, addresses important methods, and frames the overall main procedures including data collection, analysis protocols and trustworthiness. Chapter 4 presents the process of data analysis, explanation of the findings and results, and modeling. Chapter 5 includes the implications, conclusion, limitations of this research and recommendations for future study.
Keywords:
Motivation; reflective practice; preservice teacher; Fourier Transform; and grounded theory.; Motivation; reflective practice; preservice teacher; Fourier Transform; and grounded theory.
Available in digital repository of UPOL.
A GROUNDED THEORY STUDY TO CREATE REFLECTIVE PRACTICE MOTIVATION MODEL FOR PRIMARY SCHOOL PRESERVICE TEACHERS IN A CHINESE NORMAL UNIVERSITY
Problems of reflective practice in teacher preparation education give rise to this qualitative research to create a model of primary school preservice teacher reflective practice motivation, aiming to ...
Identifikace cílů protinádorových léčiv proteomickými metodami
RYLOVÁ, Gabriela; BOUCHAL, Jan; ULDRIJAN, Stepjan; DŽUBÁK, Petr
2019 - English
Tato práce je zaměřena na identifikaci cílů protinádorových léčiv. V teoretické části jsou popsány metody, které se k odhalení cílů a mechanismů účinků léčiv používají. Experimentální část je rozdělena do dvou částí podle dvou projektů. První projekt se zabývá identifikací molekulárního cíle chinolonových derivátů. Využívali jsme zde metody afinitní purifikace spojené s hmotnostní spektrometrií pro identifikaci cílů, dále pro validaci jsme použili enzymatické eseje, analýzu metabolitů a izotermální titrační miktokalorimetrii. Podařilo se nám identifikovat molekulární cíl elongační faktor 1 alfa 1 a objasnit dopady léčby touto látkou na buněčné mechanismy. Druhým projektem je identifikace molekulárního mechanismu nukleosidového analoga AB61. Cílem bylo zjistit, který proces tato molekula cílí a jaký je mechanismus účinku. Zjistili jsme, že studovaná látka AB61 není účinně fosforylována ve fibroblastech, na rozdíl od nádorových buněk. Dále jsme potvrdili, že templátová RNA s inkorporovaným cytostatikem inhibuje translaci. Při studii jsme použili metody hmotnostní spektrometrie spojené s UPLC a analýzu protoesyntézy. The thesis is focused on identification of targets of two selected anticancer compounds. In the theoretical part, methods used for drug target identification are described. Experimental part is divided into two parts corresponding to two projects. The first project is focused on identification of molecular target of quinolone derivatives. We have used affinity purification coupled to mass spectrometry for identification. Further, we have used enzymatic assays, metabolite analysis and isothermal titration microcalorimetry for validation. We have succeeded in identification of the elongation factor 1 alpha 1 as the molecular target of compound 3 and explain how these compound affect cell mechanisms. The second project was focused on identification of molecular mechanism of AB61 nucleoside analogue. The aim was to find the target process that is affected by the compound and describe the mechanism of its action. We have found inefficient phosphorylation of AB61 in fibroblasts compared to cancer cells. Further, we have described that template RNA with incorporated cytostatic inhibits translation. We have used mass spectrometry coupled to UPLC and analysis of proteosynthesis for this purpose.
Keywords:
chinolony; identifikace molekulárních cílů; elongační faktor; afinitní purifikace; translace; nukleosidová cytostatika; quinolones; molecular target identification; elongation factor; affinity purification; translation; nucleoside cytostatics
Available in digital repository of UPOL.
Identifikace cílů protinádorových léčiv proteomickými metodami
Tato práce je zaměřena na identifikaci cílů protinádorových léčiv. V teoretické části jsou popsány metody, které se k odhalení cílů a mechanismů účinků léčiv používají. Experimentální část je ...
Study of the Ligand Specificity of Cytokinin Receptors
HLUSKOVÁ, Lucia; SPÍCHAL, Lukáš; SPÍCHAL, Lukáš
2019 - English
Cytokiníny patria medzi dôležité rastlinné hormóny, ktoré sú prijímané hybridnými histidinovými kinázami. Receptory cytokinínov už boli identifikované a charakterizované medzi mnohými modelovými rastlinami. Identifikovali sme 5-člennú rodinu cytokinínových receptorov u agronomicky dôležitej plodiny repky olejnej (Brassica napus). Naklonovali sme 3 receptory (BnCHK1, 3, 5) a určili ich väzbovú špecifitu. Štruktúra cytokinín-vnímajúcej CHASE domény už bola vopred objasnená, ale ostáva nejasný mechanizmus aktivácie receptora a prenos signálu cez membránu. Dva leucíny tvoria platformu v tvare písmena C, ktorá interaguje s N9 atómom na molekule cytokinínu. Na potvrdenie dôležitosti tejto väzby sme nasyntetizovali 9-deaza analógy cytokinínov a testovali sme ich vplyv na afinitu a aktiváciu CRE1/AHK4. Vnesením bodových mutácií do vnútra CHASE domény CRE1/AHK4 sme analyzovali dôležitost konzervovaných zvyškov vo väzbovom mieste. Využili sme miestne riadenú mutagenézu za účelom zmeny preferencie ligandov špecifickejšie k vlastnostiam AHK3. The important plant hormones cytokinins are perceived by hybrid histidine kinases. The cytokinin receptors have been identified and characterised already in many model plants. Here, we have identified 5 memberfamily of cytokinin receptors in agronomically important plant Brassica napus. We have cloned three receptors (BnCHK1, 3, 5) and determined their ligand specificity. The structure of the cytokinin-sensing CHASE domain has been elucidated previously, but the mechanism of activation of the receptor and of the transfer of the signal accross the membrain is still unclear. Two leucines form a C-shaped docking platform interacting with the N9 atom of bound cytokinin. To confirm importance of this bond, we have synthesised 9-deaza-analogues of cytokinins and tested its influence on affinity and activation of CRE1/AHK4. To analyse the importance of conserved residues in the binding pocket, point mutations within the CHASE domain of CRE1/AHK4 were introduced. Side-directed mutagenesis was used to change the ligand preference to obtain an AHK3-like profile.
Keywords:
cytokiníny; viažuca doména recepora; aktívne miesto; arábkovka Thalova (Arabidopsis thaliana); repka olejná (Brassica napus); histidinkináza; Cytokinins; Receptor Binding Domain; Active Site; Arabidopsis thaliana; Brasica napus; Histidine Kinases
Available in digital repository of UPOL.
Study of the Ligand Specificity of Cytokinin Receptors
Cytokiníny patria medzi dôležité rastlinné hormóny, ktoré sú prijímané hybridnými histidinovými kinázami. Receptory cytokinínov už boli identifikované a charakterizované medzi mnohými modelovými ...
Sekvence a funkční analýza krátkého ramene chromozómu 7D pšenice
TULPOVÁ, Zuzana; ŠIMKOVÁ, Hana; ŠIMKOVÁ, Hana
2019 - English
Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je zdrojem potravy pro přibližně 40 % světové populace a patří tak společně s rýží a kukuřicí k nejvýznamnějším zemědělským plodinám. V nedávné minulosti představovalo jakékoli studium pšeničného genomu velkou výzvu, a to především díky značné velikosti genomu (~16 Gb), vysokému obsahu repetitivních sekvencí (85 %) a přítomnosti tří homeologních subgenomů. Řešení těchto problémů přinesla strategie založená na třídění jednotlivých chromozómů a jejich ramen pomocí průtokové cytometrie, z nichž byly následně tvořeny knihovny dlouhých insertů a fyzické mapy, jež představovaly základní genomové zdroje pro získání kompletní referenční sekvence. Předkládaná práce se zabývá studiem krátkého ramene chromozómu 7D pšenice. S pomocí již dříve sestavené fyzické mapy 7DS byla vybrána minimální sestava BAC klonů, která reprezentuje celé rameno 7DS (tzv. minimal tilling path, MTP). Klony MTP pak byly osekvenovány pomocí platformy Illumina a sestaveny do sekvenčních kontigů. Pro ukotvení kontigů fyzické mapy byly využity tři genetické mapy s vysokým rozlišením a mapa radiačních hybridů. Díky tomu se podařilo určit konkrétní genomovou pozici pro 73 % sestavené mapy. Jedním z přístupů pro ukotvení fyzické mapy bylo i využití integrace fyzické mapy ramene 7DS s celogenomovou fyzickou mapou Aegilops tauschii a Bionano optickou mapou ramene 7DS. Kombinace těchto zdrojů umožnila efektivní ukotvování kontigů fyzické mapy, včetně nerekombinující oblasti genetické centromery, ale i bezprostřední porovnání pšenice s jejím předchůdcem. Díky tomu se podařilo identifikovat přestavby na úrovni BAC kontigů v pericentromerické oblasti ramene 7DS. Kromě toho byly ukotvená fyzická mapa, sekvence BAC klonů a optická mapa ramene 7DS využity jako podpůrné zdroje pro sestavení a kontrolu referenční sekvence pšenice a navazující projekt pozičního klonování. Rameno 7DS je nositelem celé řady genů pro agronomicky významné znaky, mezi něž patří i gen Dn2401 podmiňující rezistenci ke mšici zhoubné. Závěrečná část dizertační práce je věnována projektu pozičního klonování tohoto genu. V předchozí studii byla pomocí genetického mapování stanovena velikost intervalu, v němž se gen Dn2401 nachází, na 0.83 cM. Současně bylo identifikováno pět BAC klonů fyzické mapy, které daný interval překlenují. V rámci předkládané práce byla zvolena strategie kombinující tradiční přístupy klonování genů, jako jsou genetické mapování a sekvenování BAC klonů na platformě Illumina, s novými technologiemi zahrnujícími optické mapování nebo sekvenování pomocí nanoporů. Takto získaná dlouhá čtení, která překlenula celý insert sekvenovaného BAC klonu, pak umožnila sestavení kontinuální sekvence celého intervalu. Optické mapování následně potvrdilo správnost sekvence a odhalilo rozdíly mezi rezistentním a citlivým genotypem. Kompletní a přesná sekvence zájmové oblasti umožnila identifikaci nových markerů a detailní anotaci, která odhalila šest genů kódujích proteiny, včetně Epoxid hydrolázy 2 jakožto nejpravděpodobnějšího kandidáta genu Dn2401. Bread wheat (Triticum aestivum L.) is a staple food for ~40 % of world's population and belongs, together with rice and corn, among the most important crop species. Until recently, any wheat genomics study was a challenge, mainly due to its huge genome size (~16 Gb), high content of repetitive sequences (85 %) and presence of three sub-genomes. Aiming to overcome these obstacles and obtain a complete wheat reference genome sequence, the International Wheat Genome Sequencing Consortium proposed a strategy involving separation of individual chromosomes and their arms by flow cytometry. These were used to construct chromosome-specific BAC libraries and BAC-based physical maps, which became the basic resources for sequencing the wheat genome. Within a framework of this thesis, I focused on the short arm of wheat chromosome 7D (7DS). A previously constructed 7DS physical map was used to select the minimal set of BAC clones covering the arm, which were sequenced by Illumina pair-end and mate-pair sequencing and assembled. Contigs of the physical map were anchored on the chromosome using one radiation hybrid map and three high resolution genetic maps. Thus we assigned 73 % of the assembly to distinct genomic positions. The process of physical-map assembly and anchoring included the integration of the 7DS physical map with a whole-genome physical map of Aegilops tauschii and a 7DS Bionano genome (BNG) map, which together enabled efficient scaffolding of physical-map contigs even in the non-recombining region of the genetic centromere. Moreover, this approach facilitated a comparison of bread wheat and its ancestor at BAC-contig level and revealed a reconstructed region in the 7DS pericentromere. The obtained 7DS physical map, BAC assemblies and the BNG map were then applied as supporting resources for assembling and validating the reference genome of bread wheat and for a gene cloning project. The chromosome arm 7DS carries multiple genes underlying agronomically important traits, including a Russian wheat aphid resistance gene Dn2401, the cloning of which was the aim of the second part of the thesis. Previously, we mapped Dn2401 into an interval of 0.83 cM and spanned it with five BAC clones. Within the framework of this thesis, we used a targeted strategy combining traditional approaches towards gene cloning, comprising genetic mapping and Illumina sequencing of BAC clones, with novel technologies, including optical mapping and long-read nanopore sequencing. The latter, with reads spanning the entire length of a BAC insert, enabled us to assemble the whole region, the task not achievable with short reads. Long-read optical mapping validated the DNA sequence in the interval and revealed a difference in the locus organization between resistant and susceptible genotypes. The complete and accurate sequence of the Dn2401 region facilitated identification of new markers and precise annotation of the interval, revealing six high-confidence genes, including Epoxide hydrolase 2 as the most likely Dn2401 candidate.
Keywords:
Pšenice setá; Triticum aestivum; fyzická kontigová mapa; BAC; mšice zhoubná; Diuraphis noxia; rezistence; poziční klonování genů; Bread wheat; Triticum aestivum; physical contig map; BAC; sequencing; Russian wheat aphid; Diuraphis noxia; resistance; gene cloning
Available in digital repository of UPOL.
Sekvence a funkční analýza krátkého ramene chromozómu 7D pšenice
Pšenice setá (Triticum aestivum L.) je zdrojem potravy pro přibližně 40 % světové populace a patří tak společně s rýží a kukuřicí k nejvýznamnějším zemědělským plodinám. V nedávné minulosti ...
Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii
MOŤKA, Libor; ŘEHÁČEK, Jaroslav; ŘEHÁČEK, Jaroslav
2019 - English
Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a příslušnému měření částečně koherentního signálu. V práci je rovněž analyzována metoda data-pattern společně se standardní tomografií detektoru. Dále je popsán algoritmus optimalizující metodu data-pattern, jehož efektivita byla testována na odpovídající numerické simulaci. Metoda data-pattern byla využita v rámci rekonstrukce neklasického stavu světla z dat zaznamenaných časově multiplexovaným měřením. Práce rovněž obsahuje analýzu úplnosti některých rekonstrukčních technik. This Thesis is focused on a theoretical research in the field of tomographic techniques aiming to reconstruct difficult to measure light properties. Particular attention is paid to the Shack-Hartmann wavefront tomography and corresponding coherence measurement. Data-pattern technique is analyzed along with the standard detector tomography. The efficient algorithm for optimizing data-pattern tomography is proposed and tested on a relevant numerical simulation. We also present the reconstruction of a nonclassical light measured by a time multiplexed detection. The thesis also includes a completeness analysis of some reconstruction approaches.
Keywords:
Kvantová tomografie; rekonstrukce kvantového stavu; Shack-Hartmannův senzor; detekce vlnoplochy; Fisherova informce; data-pattern metoda.; Quantum tomography; quantum state reconstruction; Shack-Hartmann sensor; wavefront measurement; Fisher information; data-pattern method.
Available in digital repository of UPOL.
Využití metod rekonstrukce signálu v optickém zobrazování a metrologii
Tato disertační práce je zaměřena na teoretický výzkum tomografických technik s cílem rekonstruovat těžko měřitelné vlastnosti světla. Zvláštní pozornost je věnována Shack-Hartmannově senzoru a ...
Makroekologie, životní strategie a diverzita ptáků Austrálie
HARMÁČKOVÁ, Lenka; REMEŠ, Vladimír; REMEŠ, Vladimír
2019 - English
Makroekologie studuje vztahy mezi organismy a jejich prostředím na velkých prostorových, časových a taxonomických škálách. Prostředí může ovlivnit evoluci znaků důležitých pro reprodukci a rozmnožování, tzv. life-history (životní historie) znaků. Mezi tyto znaky patří třeba velikost snůšky, tedy počet vajec snesených v jednom reprodukčním pokusu. Byl navrhnut nespočet teorií snažících se vysvětlit variabilitu a evoluci velikosti snůšky, které se soustředily třeba na produktivitu prostředí, predaci nebo gradient ve vývoji mláďat. Jedním z life-history znaků je také velikost zobáků, která je údajně závislá na potravě, ale může být také svázána s termoregulací a klimatem. Life-history znaky mohou také ovlivnit patrnosti v druhové diverzitě. Diverzita může být ovlivněna evolučními procesy, historií nebo abiotickými a biotickými podmínkami. Vlivy mohou být přímé nebo nepřímé a mohou se lišit napříč prostorovými škálami. V této práci jsem aplikovala makroekologické přístupy na studium variability a evoluce patrností v life-history znacích a diverzitě australské avifauny. Zjistila jsem, že (i) velikost snůšky australských pěvců je pravděpodobně ovlivněna jinými faktory, než jak je tomu u druhů ze severní polokoule, neboť neukázala žádný vztah k produktivitě prostředí či hnízdní predaci, ale k vývinu mláďat. (ii) Velikost zobáku australských medosavek je řízena zimními, a ne letními teplotami. Zdá se proto, že zatímco potrava ovlivňuje tvar zobáku, jeho velikost je řízena termoregulací. (iii) Zatímco je gradient v druhové bohatosti australských ptáků řízen dostupností vody, a to jak přímo (fyziologicky), tak nepřímo (komplexnost vegetace a dostupnost nik), fylogenetická a funkční diverzita se zdá být spíše spjata se stářím biomů a evoluční historii. (iv) Druhová bohatost a specializace jsou úzce spjaté s množstvím ekologických znaků a napříč prostorovými škálami. Nicméně, abiotické faktory, a ne mezidruhové interakce zřejmě hrají prim v utváření složení společenstev australských pěvců. Evoluce ptačích life history znaků se tedy zdá býti v Austrálii ovlivněna rozdílnými podmínkami, než je tomu v jiných oblastech světa. Diverzita a složení společenstev jsou řízeny především historickými vlivy spíše než současnými ekologickými podmínkami. Macroecology seeks to study relationships between organisms and their environment on large spatial, temporal, and taxonomical scales. Environment can affect the evolution of traits important for reproduction and survival, so-called life history traits. Among these traits belongs for example clutch size, i.e. number of eggs per one breeding attempt. Many theories were proposed to explain variability and evolution of clutch size, focusing for instance on the productivity of environment, predation, or nestling development. One of the life history traits is also beak size, which is thought to be driven mainly by diet, but can also be tied to thermoregulation and climate. Life history traits can affect species' diversity patterns. Diversity can be affected by evolutionary processes, history, or abiotic and biotic conditions. Effects can be direct or indirect and can differ across spatial scales. In this thesis I applied macroecological approaches to study variability and evolution of life history traits and diversity of Australian avifauna. I found that (i) clutch size of Australian songbirds was probably influenced by different factors than in Northern Hemisphere species, as it showed no relation to environmental productivity or nest predation, but instead was related to the nestling development. (ii) Beak size of Australasian honeyeaters and allies was shaped by winter, not summer temperatures. It thus appears that while diet affects beak shape, its size is driven by thermoregulation. (iii) While the gradient in species richness in Australian birds was driven by water availability both directly (physiology) an indirectly (vegetation complexity and niche availability), phylogenetic and functional diversity appeared to be more strongly related to the age of biomes and evolutionary history. (iv) Species richness and specialization were closely related across several ecological traits and spatial scales. However, abiotic factors, not interspecific interactions, were probably major drivers shaping assemblage composition of Australian songbirds. Thus, the evolution of avian life history traits appears to be under the influence of different factors in Australia than in other regions of the world. The diversity patterns and assemblage composition are mostly driven by the historic effects rather than by current ecological conditions.
Keywords:
Austrálie; diverzita; evoluce; klima; makroekologie; ptáci; velikost snůšky; velikost zobáku; životní historie; Australia; beak size; birds; climate; clutch size; diversity; evolution; macroecology; life history
Available in digital repository of UPOL.
Makroekologie, životní strategie a diverzita ptáků Austrálie
Makroekologie studuje vztahy mezi organismy a jejich prostředím na velkých prostorových, časových a taxonomických škálách. Prostředí může ovlivnit evoluci znaků důležitých pro reprodukci a ...
Studium vlastností grafenu a jeho využití v oblasti sensorů
BLECHTA, Václav; KALBÁČ, Martin; KALBÁČ, Martin
2019 - English
Disertační práce je zaměřena na přípravu sensorů na bázi grafenu a měření elektronické odezvy sensorů. Grafen a elektronická zařízení na bázi grafenu byly důkladně charakterizovany použitím spektroskopických a mikroskopických metod a elektronických měření. Dále byla studována adsorbce kyslíku na grafen a vliv adsorbovaných molekul na elektronickou strukturu grafenu. S ohledem na adsorpční místa s různou adsorpční energií bylo zkoumáno ovlivnění nábojové dopování a pohyblivosti nosičů nábojů adsorboným kyslíkem. Dále bylo využito grafenu k přípravě amperometrického senzoru NO2, který prokázal vysokou a rychlou odezvu vůči ppm koncentracím NO2 v syntetickém vzduchu za pokojové teploty a relativní vlhkosti 40 %. V další části byl grafen funkcionalizován různými atomi (vodík, fluor, kyslík) a polymery. Elektronické vlastnosti funkcionalizovaného grafenu byly zkoumány s ohledem na adsorbovaný plyn a okolní teplotu. V záverečné sekci jsou shrnuty a diskutovány výsledky experimentů se senzory kapalin na bázi grafenu. Senzorů bylo využito k elektronickému snímaní nízkých koncentrací KCl a glukózy a také k rozpoznání běžných chemických rozpouštědel. Grafen prokázal pozoruhodné vlastnosti v oblasti sensorů a 2D chemie. Dizertační práce rovněž obsahuje rozsáhlou rešerši vědeckých publikací zabývajících se tématem senzorů. Použité laboratorní metody jsou popsány v experimentální části. Graphene, a two-dimensional sheet of carbon atoms in sp2 hybridization, was used for the fabrication of electronic sensing devices. Graphene samples and graphene-based electronic devices were carefully characterized using spectroscopic and microscopic methods and electronic measurements. In the major experimental work, adsorption of oxygen onto the surface of graphene and the influence of adsorbed molecules on graphene's electronic properties were studied. The effect of adsorbed oxygen on charge carriers density and mobility was examined with respect to the adsorption sites of different adsorption energy. Graphene was also employed for the fabrication of an amperometric sensor of NO2, which showed high and fast response towards parts per million concentrations of NO2 in synthetic air at room temperature and relative humidity of 40 %. In another experimental part, graphene was functionalized with different atoms (fluorine, hydrogen, oxygen) and polymers. Electronic properties of functionalized graphene were studied with respect to adsorbed gas and the temperature of environment. In the final section, results of experiments with graphene-based fluid sensors are summarized and discussed. Sensors were employed for the sensing of low concentration of KCl and glucose and for recognition of commonly used chemical solvents. Thus, graphene showed interesting properties in sensing and 2D chemistry. This dissertation thesis contains research of scientific literature regarding graphene sensors. Laboratory methods and equipment used at this work are described in experimental part.
Keywords:
grafen; sensor; adsorbce; elektronika; graphene; sensors; adsorption; electronics
Available in digital repository of UPOL.
Studium vlastností grafenu a jeho využití v oblasti sensorů
Disertační práce je zaměřena na přípravu sensorů na bázi grafenu a měření elektronické odezvy sensorů. Grafen a elektronická zařízení na bázi grafenu byly důkladně charakterizovany použitím ...
Matematicko-fyzikální modely tekutin - vlastnosti řešení
ANDRÁŠIK, Richard; VODÁK, Rostislav; VODÁK, Rostislav
2019 - English
Základní rovnice, které reprezentují matematický popis mechaniky kontinua, mají často tři prostorové dimenze a jednu časovou. Jejich nevýhodou je, že jejich analytické řešení je často nedosažitelné a jeho numerická aproximace výpočetně velmi náročná. Z těchto důvodů jsou takovéto modely často různými způsoby zjednodušovány. Jednou z možností, jak model zjednodušit, je snížení počtu prostorových dimenzí. Otázkou ovšem zůstává, jak dimenzionální redukci provést matematicky korektně. Zabývali jsme se nestacionárními Navier-Stokesovými rovnicemi po stlačitelné nelineárně viskózní tekutiny v trojrozměrné oblasti. Nejprve jsme studovali dynamiku stlačitelných tekutin v oblastech, kde dominuje pouze jedna prostorová dimenze. Představili jsme odvození jednorozměrného modelu z trojrozměrných Navier-Stokesových rovnic. Následně jsme rozšířili současný rámec poznání tím, že jsme aplikovali dimenzionální redukci na nestacionární Navier-Stokesovy rovnice pro stlačitelné nelineárně viskózní tekutiny v deformované trojrozměrné oblasti se dvěma dominantními prostorovými dimenzemi. Zjistili jsme, že deformace oblasti netriviálně ovlivňuje výsledné limitní rovnice. Governing equations representing mathematical description of continuum mechanics have often three spatial dimensions and one temporal dimension. However, their analytical solution is usually unattainable, and numerical approximation of the solution unduly complicated and computationally demanding. Thus, these models are frequently simpli ed in various ways. One option of a simpli cation is a reduction of the number of spatial dimensions. We focused on nonsteady Navier-Stokes equations for compressible nonlinearly viscous fluids in a three-dimensional domain. These equations need a simpli cation, when possible, to be effectively solved. Therefore, we performed a dimension reduction for this type of model. First, we studied the dynamics of a compressible fluid in thin domains where only one dimension is dominant. We presented a rigorous derivation of a one-dimensional model from the three-dimensional Navier-Stokes equations. Second, we extended the current framework by dealing with nonsteady Navier-Stokes equations for compressible nonlinearly viscous fluids in a deformed three-dimensional domain. We focused on a rigorous derivation of the two-dimensional model. The deformation of a domain introduced new difficulties in the asymptotic analysis, because it affects the limit equations in a non-trivial way.
Keywords:
Navier-Stokesovy rovnice; Stlačitelné tekutiny; Nelineární viskozita; Asymptotická analýza; Redukce dimenze; Deformovaná oblast; Křivočaré souřadnice; Navier-Stokes equations; Compressible fluids; Nonlinear viscosity; Asymptotic analysis; Dimension reduction; Curved domain; Curvilinear coordinates
Available in digital repository of UPOL.
Matematicko-fyzikální modely tekutin - vlastnosti řešení
Základní rovnice, které reprezentují matematický popis mechaniky kontinua, mají často tři prostorové dimenze a jednu časovou. Jejich nevýhodou je, že jejich analytické řešení je často nedosažitelné a ...
Genetics of host-pathogen interactions in the cereals-powdery mildew fungus (Blumeria graminis) pathosystem
JANÁKOVÁ, Eva; VALÁRIK, Miroslav
2019 - English
Narůstající lidská populace spolu se změnou klimatu představují výzvu vzhledem k nutnosti uspokojit rostoucí požadavky na produkci plodin, které jsou zdrojem naší obživy. Obiloviny zahrnující i pšenici, nejrozšířenější plodinu na světě, mají pro zajištění dostatku potravin klíčový význam. Jejich produkce je ohrožena mimo jiné různými původci biotického stresu. Houbový patogen Blumeria graminis způsobuje chorobu obilovin známou jako "padlí", která může vést k významnému snížení výnosu. Dosud převažující kontrolní opatření spočívají v aplikaci fungicidů a ve využití rasově specifických genů rezistence (R geny) v pěstovaných kultivarech. Tyto strategie však úplně nesplňují požadavky na udržitelnou a trvalou ochranu plodin. Přestože je využití rezistence vůči chorobám velmi žádoucí, je nutné hledat zdroje trvalé rezistence, případně vhodně kombinovat R geny. Tato práce stručně shrnuje současné poznatky o interakcích hostitele a patogenu s důrazem kladeným na patosystém obilovin a padlí travního. V první řadě obsahuje obecné informace o studovaných organismech a zvláště o jejich genomech. Dále se práce zabývá různými typy interakcí hostitele a patogenu, které vedou k rezistenci. Kromě toho jsou zde probrány i nejdůležitější aspekty přístupů, které jsou v současnosti používány pro identifikaci interagujících komponent. Na uvedená teoretická východiska následně navazují dva prezentované výzkumné projekty. První z nich se zabývá hostitelskou rostlinou, v tomto případě pšenicí. Vzhledem ke zúžené genetické základně moderních kultivarů jsou introgrese z příbuzných druhů cenným zdrojem genetické diverzity. Za tímto účelem byl do chromozomového ramene 4AL pšenice seté přenesen lokus pocházející z tetraploidního druhu Triticum militinae poskytující kvantitativní rezistenci k padlí travnímu. Hlavním cílem tohoto projektu bylo poziční klonování zodpovědného genu/genů, které umožní objasnit mechanismus této částečné, širokospektrální rezistence a usnadní její využití při šlechtění. Druhý z projektů řešený paralelně byl pak zaměřen na genetickou diverzitu patogenu a na soubor jeho efektorů avirulence. Výsledky tohoto výzkumu nabízí slibnou perspektivu udržitelné strategie rezistence k padlí travnímu obilovin založenou na znalosti populace patogenu. Kromě toho poznatky získané v rámci obou projektů přispívají k našemu porozumění složité problematiky interakcí hostitele a patogenu a odolnosti vůči chorobám. Increasing human population along with climate change represent a challenge to meet growing demand of food crop production. Cereals including wheat, the most widely cultivated crop, have a major importance in global food security. Apart from other factors, production is threatened by diverse biotic stress agents. Fungal pathogen Blumeria graminis causes a powdery mildew disease on cereals which can result in significant yield losses. To date, control measures have consisted predominantly in application of fungicides or deployment of major resistance (R) genes in grown cultivars. However, these strategies do not fully meet requirements for sustainable and durable crop protection. Although employing disease resistance is highly desirable, it is necessary to seek durable sources of resistance or to rationally deploy appropriate combinations of R genes. This thesis presents a concise summary of state-of-the-art knowledge on plant-pathogen interactions with emphasis laid on the pathosystem of cereals and powdery mildew fungus. First, it contains general information about studied organisms and especially about their genomes. Second, it deals with different types of plant-pathogen interactions resulting in resistance and finally, the most important aspects of current approaches used for identification of interacting components are discussed. As a follow-up to the provided theoretical background, two research projects are presented. The first one was conducted on host plant represented by bread wheat. Due to the limited gene pool of modern elite cultivars, introgressions from related species have been acknowledged as a rich source of genetic diversity. A powdery mildew resistance QTL had been therefore previously introgressed from tetraploid Triticum militinae to T. aestivum chromosome arm 4AL. The main goal of this project was map-based cloning of underlying gene(s) to elucidate mechanism of this partial, broad-spectrum resistance and facilitate its deployment in breeding. Additionally, the second project focusing on the pathogen genetic diversity and the repertoire of its avirulence effectors was addressed in parallel. The results of this research offer a promising perspective of pathogen-informed strategies for sustainable powdery mildew resistance in cereals. Moreover, findings acquired within both projects contribute to our knowledge on the complex problematics of plant-pathogen interactions and disease resistance.
Keywords:
obiloviny; pšenice; ječmen; padlí travní; geny rezistence; avirulence; efektory patogenu; poziční klonování; celogenomová asociační studie; introgrese; diverzita; cereals; bread wheat; barley; powdery mildew fungus; resistance genes; avirulence; pathogen effectors; map-based cloning; genome-wide association study; introgression; diversity
Available in the UPOL Library.
Genetics of host-pathogen interactions in the cereals-powdery mildew fungus (Blumeria graminis) pathosystem
Narůstající lidská populace spolu se změnou klimatu představují výzvu vzhledem k nutnosti uspokojit rostoucí požadavky na produkci plodin, které jsou zdrojem naší obživy. Obiloviny zahrnující i ...
Studium de-etiolizace indukované modrým světlem u rajčete: úloha TFT proteinů, PHOT1 a cytokininů
HLOUŠKOVÁ, Petra; BERGOUGNOUX-FOJTIK, Véronique Hélene
2019 - English
De-etiolace je první vývojový proces pod kontrolou světla, který umožňuje heterotrofnímu semenáčku stát se autotrofním. Rostlinné hormony cytokininy (CK) velmi přispívají k tomuto procesu. Reversibilní fosforylace je klíčovou událostí buněčné signalizace, která umožňuje aktivovat proteiny nebo vytvářet vazebná místa pro specifickou interakci proteinů. 14-3-3 proteiny (TFT) regulují různé reakce rostlin. Po ozáření modrým světlem dochází ke snížení rychlosti růstu hypokotylů ve dvou fázích. Po rychlé inhibici růstu zprostředkované fototropinem 1 (PHOT1) během prvních 30 minut po osvětlení následuje ustálený růst, který je řízen kryptochromem 1 (CRY1). Zatímco de-etiolace zprostředkovaná CRY1 je prozkoumána, menší pozornost se věnuje fázi de-etiolace pod kontrolou PHOT1. Pomocí subtraktivní cDNA knihovny byly identifikovány důležité regulační mechanismy, potenciálně regulované PHOT1 u rajčete (Solanum lycopersicum L.). Indukce transkripce a translace, stejně tak jako modifikace struktury chromatinu je důležitá z hlediska skutečnosti, že zahájení fotomorfogeneze je založeno na výrazném reprogramování buňky. Modré světlo také blokuje expanzi buněk rychlou modifikací buněčné stěny. Dále byla studována exprese, hormonální regulace a proteomická síť pod kontrolou 14-3-3 proteinů při fotomorfogenezi indukované modrým světlem. TFT6 a TFT9 isoformy byly specificky zkoumány kvůli jejich vysoké expresi během de-etiolace u rajčete. Multidisciplinární přístup ukázal, že exprese TFT9, ale ne TFT6, byla regulována CK a byly identifikovány cis-regulační elementy potřebné pro tuto reakci. Následně byl zkoumán interaktom TFT6/9 spojený s de-etiolací a bylo dokázáno, že 14-3-3 proteiny by mohly být zapojeny do signalizační dráhy CK, inhibice expanze buněk, ustáleného stavu růstu a reprogramování z heterotrofie. Nakonec byla použita amiRNA interference k přípravě mutantních rostlin phot1 u rajčete. Snížená exprese PHOT1 výrazně ovlivnila fenotyp rostlin, především výšku a počet trichomů na povrchu listu i stonku. Rovněž vroubkování okraje listů a jejich zploštění bylo rozdílné, což by mohlo být spojeno se změněnou úrovní transpirace a účinností fotosyntézy. Plody mutantní rostliny byly tmavě zelené s nižším počtem semen, vykazujících zpožděné klíčení. Proteomická analýza perikarpu plodů ukázala změny v proteinech spojených s organoleptickými vlastnostmi a syntézou karotenoidů, což je v souladu s vyšším obsahem karotenoidů, důležitých složek potravy. De-etiolation is the first developmental process under light control allowing the heterotrophic seedling to become autotrophic. The phytohormones cytokinins (CKs) largely contribute to this process. Reversible phosphorylation is a key event of cell signaling, allowing proteins to become active or generating a binding site for specific protein interaction. 14-3-3 proteins regulate a variety of plant responses. Upon exposure to blue light (BL), reduction of hypocotyl growth rate occurs in two phases: a rapid inhibition mediated by phototropin 1 (PHOT1) within the first 30 min of illumination, followed by the cryptochrome 1 (CRY1)-controlled establishment of the steady-state growth rate. Although some information is available for CRY1-mediated de-etiolation, less attention has been given to the PHOT1 phase of de-etiolation. Using subtractive cDNA library, we were able to identify important regulatory mechanisms, potentially regulated by PHOT1 in tomato (Solanum lycopersicum L.). The profound induction of transcription/translation, as well as modification of chromatin structure, is relevant in regard to the fact that the entry into photomorphogenesis is based on a deep reprograming of the cell. Also, BL restrains the cell expansion by the rapid modification of the cell wall. Furthermore, the expression, hormonal regulation, and proteomic network under the control of 14-3-3s were addressed during blue light-induced photomorphogenesis. TFT9 and TFT6 isoforms were specifically investigated due to their high expression during tomato de-etiolation. The multidisciplinary approach demonstrated that TFT9 expression, but not TFT6, was regulated by CKs and identified cis-regulating elements required for this response. Subsequently, the TFT6/9 interactome linked to de-etiolation was investigated and evidenced that 14-3-3s might be involved in CK signaling pathway, cell expansion inhibition, steady-state growth rate establishment, and reprograming from heterotrophy. Finally, amiRNA interference was used to generate tomato phot1 plants. Downregulation of PHOT1 caused distinct phenotype in plant height and number of trichomes on the leaf and stem surface. Also, the serrations on the leaf margine and leaf flattening was altered which may be associated with changed level of transpiration and efficiency of photosynthesis. The fruits of mutant plant were darker green with lower number of seeds showing delayed germination. Proteomic analysis of fruit pericarp showed changes in proteins connected with organoleptic properties of fruit and carotenoid biosynthesis pathway which is in correlation with higher content of carotenoids, important components in human diet.
Keywords:
modré světlo; rajče; de-etiolizace; TFT proteiny; PHOT1; blue light; tomato; de-etiolation; TFT proteins; PHOT1
Available in the UPOL Library.
Studium de-etiolizace indukované modrým světlem u rajčete: úloha TFT proteinů, PHOT1 a cytokininů
De-etiolace je první vývojový proces pod kontrolou světla, který umožňuje heterotrofnímu semenáčku stát se autotrofním. Rostlinné hormony cytokininy (CK) velmi přispívají k tomuto procesu. ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases