Number of found documents: 30511
Published from to

Evoluce interakcí mezi proteiny a kofaktory/RNA
Sanchez Rocha, Alma Carolina; Hlouchová, Klára; Lepšík, Martin; Berka, Karel
2024 - English
Genetický kód je překládán do bílkovin s využitím abecedy 20 proteinogenních aminokyselin. Přes současnou dominanci kanonicke abecedy je pravděpodobné, že primordiální proteiny byly složeny pouze z části tohoto aminokyselinového repertoáru. V této práci jsme prozkoumali soubor peptidů a proteinů s cílem objasnit, jak vyvíjející se repertoár aminokyselin ovlivnil jejich fyzikálně-chemické a biologické vlastnosti a sklon k interakci s evolučně konzervovanými molekulami, jako jsou kofaktory a RNA. V první části jsme prozkoumali soubor nejkonzervovanejších protoribozomálních peptidů s cilem odhalit jejich strukturní a funkční charakteristiky. Pomocí experimentálních a bioinformatických analýz jsme potvrdili převážně nestrukturovanou povahu těchto peptidů a odhalili jejich úlohu při stabilizaci peptidyltransferázového centra a ochraně RNA před degradací. Tyto procesy odráží nejstarší pochody koevoluce RNA a peptidů jež předcházely zrodu posledního univerzálního společného předka (LUCA z angl. Last Universal Common Ancestor). Dále jsme se zaměřili na pre-ribozomálni peptidy s potenciálním prebiotickým významem. Pomocí bioinformatických metod jsme prozkoumali strukturní charakteristiky kompletních knihoven peptidů zahrnujících kanonické a prebioticky přípustné nestandardní aminokyseliny. Predikce... Keywords: proteinové knihovny; evoluce genetického kódu; reverzní evoluce; Protein libraries; genetic code evolution; reverse evolution Available in a digital repository NRGL
Evoluce interakcí mezi proteiny a kofaktory/RNA

Genetický kód je překládán do bílkovin s využitím abecedy 20 proteinogenních aminokyselin. Přes současnou dominanci kanonicke abecedy je pravděpodobné, že primordiální proteiny byly složeny pouze z ...

Sanchez Rocha, Alma Carolina; Hlouchová, Klára; Lepšík, Martin; Berka, Karel
Univerzita Karlova, 2024

Syntéza nových heteroanelovaných 7-deazapurinových nukleosidů a nukleotidů s potenciální biologickou aktivitou a pro modifikace DNA a RNA
Fleuti, Marianne Heidi; Hocek, Michal; Míšek, Jiří; Hlaváč, Jan
2024 - English
Doctoral Thesis Abstract Marianne Fleuti Synthesis of novel hetero-fused 7-deazapurine nucleosides and nucleotides with potential biological activity or for modifications of DNA and RNA In medicinal chemistry, 7-deazapurine ribonucleosides are important analogues to purine nucleosides and represent a privileged scaffold in the research for new treatments against cancer, leukemia, and diseases caused by viruses. This thesis discusses the synthesis of new heteroaryl-fused 7-deazapurine ribonucleosides and reports on the biological activity of the target nucleosides against different cancer cell lines and viruses in vitro. In the first part of the thesis, the focus lies on the comparison of strategies for the synthesis of different methylpyrazolo-fused 7-deazapurine ribonucleosides. The tricyclic nucleobase was furnished by (i) a six-step classical heterocyclization approach starting from 5-chloro-1-methyl- 4-nitropyrazole, and by (ii) a three-step cross-coupling and cyclization approach starting from the zincated 4,6-dichloropyrimidine and 5-iodo-1-methylpyrazole. Both strategies resulted in comparable yields overall. Then, three different glycosylation methods were explored to give the β-anomeric nucleoside intermediate. Only the Vorbrüggen glycosylation yielded the intermediate as a pure β-anomer.... Dizertační práce Abstrakt Marianne Fleuti Syntéza nových heteroanelovaných 7-deazapurinových nukleosidů a nukleotidů s potenciální biologickou aktivitou a pro modifikace DNA a RNA V medicinální chemii jsou 7-deazapurinové ribonukleosidy důležitými analogy purinových nukleosidů a představují výsadní strukturu ve výzkumu nových léčebných přípravků na rakovinu, leukémii a virová onemocnění. Tato práce diskutuje syntézu nových heteroaryl- fúzovaných 7-deazapurinových ribonukleosidů a uvádí biologickou aktivitu cílových nukleosidů proti různým liniím rakovinných buněk a virům in vitro. První část práce se zaměřuje na porovnání strategií pro syntézu různých methylpyrazolo- fúzovaných 7-deazapurinových ribonukleosidů. Tricyklická nukleobáze byla připravena (i) šestikrokovým klasickým heterocyklizačním přístupem vycházejícím z 5-chlor-1-methyl-4- nitropyrazolu a (ii) tříkrokovým přístupem s využitím cross-couplingu a cyklizace vycházejícím ze zinkovaného 4,6-dichloropyrimidinu a 5-jod-1-methylpyrazolu. Obě strategie vedly celkově ke srovnatelným výtěžkům. Poté byly prozkoumány tři různé metody glykosylace pro získání β-anomerního nukleosidového intermediátu. Pouze glykosylace podle Vorbrüggena poskytla intermediát jako čistý β-anomer. Derivatizace a deprotekce poskytly sérii osmi různých pyrazolo-fúzovaných... Keywords: nukleosidy; nukleotidy; DNA; RNA; nucleosides; nucleotides; DNA; RNA Available in a digital repository NRGL
Syntéza nových heteroanelovaných 7-deazapurinových nukleosidů a nukleotidů s potenciální biologickou aktivitou a pro modifikace DNA a RNA

Doctoral Thesis Abstract Marianne Fleuti Synthesis of novel hetero-fused 7-deazapurine nucleosides and nucleotides with potential biological activity or for modifications of DNA and RNA In medicinal ...

Fleuti, Marianne Heidi; Hocek, Michal; Míšek, Jiří; Hlaváč, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Organokatalytická redukce aminů pomocí trichlorsilanem
Popov, Kirill; Kočovský, Pavel; Baszczyňski, Ondřej; Starý, Ivo
2024 - English
Reductive amination and its stepwise variant stands as a cornerstone in the synthesis of amines, crucial molecules in both natural and synthetic chemistry, especially in pharmaceutical industry. Trichlorosilane-mediated reductive amination emerges as a particularly attractive method, offering simplicity, efficacy, and versatility across various functional groups. This thesis explores the application and enhancement of this method, aiming to expand its utility, particularly focusing on the synthesis of cholesterol-lowering compounds exemplified by Ezetimibe. The research begins with an investigation into the stability of diverse functional groups under HSiCl3-mediated reductive amination conditions with dimethylformamide as a catalyst, establishing a fundamental understanding of the reaction scope. Among the stable functional groups identified is the pentafluorosulfanyl (SF5) moiety, known for its distinct properties and potential in medicinal chemistry. The investigation delves into the applicability of this method to aldehydes and prochiral ketones, demonstrating its versatility. Building upon this groundwork, the study progresses towards the development and application of an asymmetric version of reductive amination, targeting Ezetimibe and its analogues. The synthetic pathway involves the... Reduktivní aminace je základním kamenem syntézy aminů, klíčových molekul v přírodní i syntetické chemii, zejména ve farmaceutickém průmyslu. Reduktivní aminace zprostředkovaná trichlorosilanem se jeví jako obzvláště atraktivní metoda, která nabízí jednoduchost, účinnost a univerzálnost pro různé funkční skupiny. Tato práce se zabývá použitím a zdokonalením této metody s cílem rozšířit její využití, zejména se zaměřením na syntézu sloučenin snižujících hladinu cholesterolu na příkladu ezetimibu. Výzkum začíná zkoumáním stability různých funkčních skupin za podmínek reduktivní aminace zprostředkované HSiCl3 s dimethylformamidem jako katalyzátorem, čímž se vytváří základní představa o rozsahu reakce. Mezi identifikovanými stabilními funkčními skupinami je i pentafluorosulfanylový (SF5) fragment, známý svými výraznými vlastnostmi a potenciálem v medicinální chemii. Výzkum se zabývá použitelností této metody na aldehydy a prochirální ketony, což ukazuje její všestrannost. Na základě těchto poznatků studie směřuje k vývoji a použití asymetrické verze reduktivní aminace zaměřené na ezetimib a jeho analogy. Syntetická cesta zahrnuje katalytické využití dříve syntetizovaného chirálního katalyzátoru Kenamid ve spojení s trichlorsilanem, který nabízí výhody oproti tradičním metodikám z hlediska... Available in a digital repository NRGL
Organokatalytická redukce aminů pomocí trichlorsilanem

Reductive amination and its stepwise variant stands as a cornerstone in the synthesis of amines, crucial molecules in both natural and synthetic chemistry, especially in pharmaceutical industry. ...

Popov, Kirill; Kočovský, Pavel; Baszczyňski, Ondřej; Starý, Ivo
Univerzita Karlova, 2024

Radiologický vyšetřovací algoritmus při podezření na týrané dítě
Popelová, Eliška; Kynčl, Martin; Burgetová, Andrea; Jezberová, Michaela
2024 - Czech
Imaging algorithm in suspected non-accidental injury Abstract This thesis focuses on radiologic investigations in children with suspected non-accidental injury (NAI) with emphasis on children below two years of age. It is the first Czech ori- ginal and review work on this topic. The aim of this work is to evaluate current practise in Czech hospitals and to assess benefits of skeletal imaging in children younger than two years with suspected NAI. The theoretical part of the thesis presents a summary of up-to- -date information on radiologic imaging of children with suspected NAI and provides an overview of international expert literature. The empirical part of the thesis presents four scientific projects: a survey among Czech radiologists and three studies aimed at skeletal imaging in children with trauma suggestive of NAI. The results of these works show that evaluation of children with suspected NAI is not standardized and that skeletal imaging is not performed in all appropriate situations. At the same time, the results show that skele- tal imaging may show clinically occult fractures, while the effective dose is reasonably low. The thesis also brings suggestions for improvements and topics for further research. The appendices to this work include the recommendations Postavme se na stranu dětí.... Radiologický vyšetřovací algoritmus při podezření na týrané dítě Abstrakt Práce se věnuje radiologickému vyšetřování dětských pacientů s podezřením na fyzické týrání, s důrazem na děti mladší dvou let. Jedná se o první souhrnnou a původní českou práci na toto téma. Jejím cílem je zmapovat současnou praxi v českých nemocnicích a zhodnotit přínos radiologického vyšetření skeletu u dětí do dvou let s podezřením na týrání. Teoretická část poskytuje přehled dosavadního poznání v oblasti radiologických postupů při péči o týrané děti a přináší přehled zahraniční literatury k tématu. V empi- rické části jsou prezentovány čtyři výzkumné projekty - dotazníkové šetření mezi českými radiology a tři retrospektivní studie zaměřené na cílené rentgenové vyšetření skeletu u pacientů s traumaty, která mohou poukazovat na týrání. Výsledky těchto prací ukazují, že v případech podezření na týrání se mnohdy nepostupuje standardizovaně a cílené rent- genové vyšetření se neprovádí ve všech indikovaných případech. Současně práce demon- struje přínosy tohoto vyšetření v podobě záchytu klinicky němých zlomenin a ukazuje, že efektivní dávka vyšetření je poměrně nízká. Práce... Available in a digital repository NRGL
Radiologický vyšetřovací algoritmus při podezření na týrané dítě

Imaging algorithm in suspected non-accidental injury Abstract This thesis focuses on radiologic investigations in children with suspected non-accidental injury (NAI) with emphasis on children below ...

Popelová, Eliška; Kynčl, Martin; Burgetová, Andrea; Jezberová, Michaela
Univerzita Karlova, 2024

Identifikace a funkční studie imunitních genů flebotomů
Vomáčková Kykalová, Barbora; Loza Telleria, Erich; Panicucci Zíková, Alena; Louradour, Isabelle
2024 - English
Phlebotomine sand flies (Diptera, Psychodidae) from genera Phlebotomus and Lutzomyia are proven vectors of Leishmania (Kinetoplastea, Trypanosomatida), causative agent of leishmaniases, tropical neglected diseases. To contribute on creating new control strategies we investigated the molecular aspects of interaction between the vector and pathogen on the immunity level. Sand fly innate immunity is based on cellular and humoral events which work synergistically to secure effective protection against pathogens. Here we present our research on humoral aspects of sand fly immunity, specifically on main humoral pathways (Toll, Imd, and Jak- STAT), their genes and function under different conditions especially during Leishmania development in sand fly midgut. We have described gene expression profiles of Toll and Imd - related genes in Phlebotomus papatasi larvae fed with different microbe loads and in adult females infected with Leishmania major. We have identified three antimicrobial peptides (AMPs) in P. papatasi and followed their expression profiles during parasite infection and described a gut-specific defensin upregulated by Leishmania infection. We have proven that the knockdown of defensin genes in P. papatasi supports Leishmania infection and negatively affects sand fly survival. Moreover, we... - CZ Flebotomové (Diptera, Psychodidae) z rodů Phlebotomus a Lutzomyia jsou přenašeči parazitů Leishmania (Kinetoplastea, Trypanosomatida), původců leishmaniózy. Ve snaze přispět k vytvoření nových strategií kontroly přenosu tohoto onemocnění, jsme se zaměřili jsme se na molekulární aspekty interakce mezi imunitou vektoru a patogenem. Imunita flebotomů se skládá z buněčné a humorální složky, které fungují synergicky, aby zajistily účinnou ochranu proti patogenům. Náš výzkum byl zaměřený na humorální složku imunity flebotomů, konkrétně na její hlavní dráhy (Toll, Imd a Jak-STAT), jejich geny a fungování za různých podmínek, zejména během parazitární infekce. U Phlebotomus papatasi jsme popsali profily exprese genů Toll a Imd drah během různé bakteriální zátěže u larev a během infekce Leishmania major u dospělých samic. Dále jsme identifikovali geny pro tři antimikrobiální peptidy (AMP) a sledovali jejich expresi při parazitární infekci. To umožnilo identifikaci, defensinu, který byl specifický pro střevo a jehož exprese byla zvýšena během leishmaniové infekce. Prokázali jsme, že umlčení defensinových genů u P. papatasi vede k silnější infekci leishmaniemi a negativně ovlivňuje přežití flebotomů. Popsali jsme korelaci mezi Imd dráhou a expresí AMP pomocí umlčení transkripčního faktoru, relish.... Keywords: Phlebotomus; Leishmania; imunita; RNA interference; CRISPR-Cas9; Phlebotomus; Leishmania; immunity; RNA interference; CRISPR-Cas9 Available in a digital repository NRGL
Identifikace a funkční studie imunitních genů flebotomů

Phlebotomine sand flies (Diptera, Psychodidae) from genera Phlebotomus and Lutzomyia are proven vectors of Leishmania (Kinetoplastea, Trypanosomatida), causative agent of leishmaniases, tropical ...

Vomáčková Kykalová, Barbora; Loza Telleria, Erich; Panicucci Zíková, Alena; Louradour, Isabelle
Univerzita Karlova, 2024

Diagnostika patologických změn na cévním řečišti a nové metody intervenční léčby
Novák, Matěj; Lambert, Lukáš; Křivánek, Jiří; Cihlář, Filip
2024 - Czech
Purpose. The objective of the first study was to compare the results of primary patency of failing dialysis arterio-venous fistulas and grafts when using drug-coated balloon catheters in comparison with simple balloon catheters. The aim of the second study was to quantify perfusion changes on CT pulmonary angiography (CTPA) in patients with chronic thromboembolic pulmonary hypertension (CTEPH). Methods. In the first study, a total of 76 patients were randomized to the study - 38 patients were treated with percutaneous transluminal angioplasty using a drug-coated balloon catheter, and 38 patients were treated with percutaneous transluminal angioplasty using a simple balloon catheter. Follow-up DSAs were performed at 3, 6, 9, and 12 months after baseline intervention. In the second study, CTPA in 58 patients with CTEPH were evaluated. The volume of the hypoperfused part of the lungs was measured using density thresholding in semi-automatically segmented lung volume and compared with hemodynamic parameters from catheterization. Results. In the first study, the primary patency in the PTA group with a drug-coated balloon catheter versus the PTA group with a simple balloon catheter was 86.7 ± 5.6% vs. 74.2 ± 7.4% at 3 months, 52.8 ± 8.4% vs. 25.6 ± 7.9% at 6 months, 21.8 ± 8.1% vs. 11.0 ± 5.9% at 9... Souhrn Účel. Cílem první práce bylo porovnat výsledky primární průchodnosti selhávajících dialyzačních zkratů při použití lékových balonkových katetrů ve srovnání s prostými balonkovými katetry. Cílem druhé práce bylo kvantifikovat perfúzní změny na CT angiografii plicnice (CTPA) u pacientů s chronickou tromboembolickou plicní hypertenzí (CTEPH). Metodika. Do první studie bylo randomizováno 76 pacientů - 38 pacientů bylo léčeno perkutánní transluminální angioplastikou s použitím lékového balonkového katetru, 38 pacientů bylo léčeno perkutánní transluminální angioplastikou s použitím prostého balonkového katetru. Kontrolní DSA byly prováděny 3, 6, 9 a 12 měsíců po vstupním intervenčním zákroku. Ve druhé práci bylo retrospektivně zhodnoceno CTPA u 58 pacientů s CTEPH. Pomocí denzitního prahování v poloautomaticky segmentovaném objemu plic byl stanoven objem hypoperfundované části plic a výsledky srovnány s hemodynamickými parametry z pravostranné srdeční katetrizace. Výsledky. V první studii byla primární průchodnost ve skupině PTA s lékovým balonkovým katetrem oproti skupině PTA s prostým balonkovým katetrem byla 86,7 ± 5,6% vs. 74,2 ± 7,4% ve 3 měsících, 52,8 ± 8,4% vs. 25,6 ± 7,9% v 6-ti měsících, 21,8 ± 8,1% vs. 11,0 ± 5,9% v 9-ti měsících a 17,4 ± 7,5% vs. 11,0 ± 5,9% ve 12- ti měsících. Medián času... Keywords: dialyzační zkrat; perkutánní transluminální angioplastika; lékový balonkový katetr; chronická trombembolická plicní hypertenze; CT angiografie plicnice; dialysis shunt; percutaneous transluminal angioplasty; drug-coated balloon catheter; chronic thromboembolic pulmonary hypertension; CT pulmonary angiography Available in a digital repository NRGL
Diagnostika patologických změn na cévním řečišti a nové metody intervenční léčby

Purpose. The objective of the first study was to compare the results of primary patency of failing dialysis arterio-venous fistulas and grafts when using drug-coated balloon catheters in comparison ...

Novák, Matěj; Lambert, Lukáš; Křivánek, Jiří; Cihlář, Filip
Univerzita Karlova, 2024

Charakterizace tumor supresorové dráhy indukované pomocí LACTB
Escudeiro Lopes, Sara Eliana; Kečkéšová, Zuzana; Brábek, Jan; Eriksson-Rosenberg, Ove
2024 - English
(English) Tumor suppressors genes are capable of repressing the growth of neoplastic cells; therefore, their inactivation is an important hallmark of cancer. The novel tumor suppressor Serine beta-lactamase-like protein (LACTB), highly expressed in normal tissues but often downregulated in cancer cells, is a ubiquitously expressed mitochondrial protein with an active serine catalytic site and unknown substrates. In this project we show that LACTB possesses autoproteolytic activity which, in cancer cells, is enhanced by the MRPS34 (Mitochondrial Ribosomal Protein S34) protein thus leading to post-translational downregulation of LACTB. This process can be partially reverted by "A4" chemical compound that has the ability to reactivate LACTB. Our results reveal a novel and previously unknown regulatory mechanism by which cancer cells downregulate a potent tumor suppressor and offer promising new avenues for its therapeutic reactivation and cancer treatment. We further elucidate the biology of LACTB through uncovering binding partners and additional substrate candidates of LACTB and uncover the requirements for salts and ions in LACTB's filament formation and enzymatic activity. Furthermore, we unveiled the mechanistic circuitries of LACTB-induced cell death, revealing that LACTB can induce... Nádorové supresorové geny jsou schopny potlačit růst neoplastických buněk; proto je jejich inaktivace důležitým znakem rakoviny. Nový tumor supresorový protein podobný serin-beta-laktamáze (LACTB), vysoce exprimovaný v normálních tkáních, ale často downregulovaný v rakovinných buňkách, je všudypřítomný mitochondriální protein s aktivním serinovým katalytickým místem a neznámými substráty. V tomto projektu ukazujeme, že LACTB má autoproteolytickou aktivitu, která je v rakovinných buňkách zesílena proteinem MRPS34 (mitochondriální ribozomální protein S34), což vede k posttranslační downregulaci LACTB. Tento proces lze částečně zvrátit chemickou sloučeninou "A4", která má schopnost reaktivovat LACTB. Naše výsledky odhalují nový a dříve neznámý regulační mechanismus, kterým rakovinné buňky downregulují silný nádorový supresor a nabízejí slibné nové cesty pro jeho terapeutickou reaktivaci a léčbu rakoviny. Dále objasňujeme biologii LACTB prostřednictvím odhalování vazebných partnerů a dalších potenciální substrát LACTB a odhalujeme požadavky na soli a ionty při tvorbě filament a enzymatické aktivitě LACTB. Dále jsme odhalili mechanismy buněčné smrti indukované LACTB a ukázali jsme, že LACTB může vyvolat buněčnou smrt nezávislou na kaspázách, zejména prostřednictvím zvýšení kyslíkových radikálů (ROS) v... Available in a digital repository NRGL
Charakterizace tumor supresorové dráhy indukované pomocí LACTB

(English) Tumor suppressors genes are capable of repressing the growth of neoplastic cells; therefore, their inactivation is an important hallmark of cancer. The novel tumor suppressor Serine ...

Escudeiro Lopes, Sara Eliana; Kečkéšová, Zuzana; Brábek, Jan; Eriksson-Rosenberg, Ove
Univerzita Karlova, 2024

Simultánní překlad řeči z více zdrojů
Macháček, Dominik; Bojar, Ondřej; Yvon, Francois; Niehues, Jan
2024 - English
Neural machine translation has the capability to translate from several parallel in- puts into different languages. Current simultaneous speech translation sometimes faces issues with quality, especially when the source is noisy. We investigate the opportunity to use multiple parallel speech signals - the original and simultaneous interpreting - as sources for translation to achieve higher quality. We create an evaluation set ESIC (Europarl Simultaneous Interpreting Corpus). We analyze the challenges of simultane- ous interpreting when used as an additional parallel source. Then, we investigate the robustness of multi-sourcing to transcription errors and assess the reliability of machine translation metrics when evaluating simultaneous speech translation. Last but not least, we implement Whisper-Streaming, a tool that enables real-time processing of large offline speech-to-text models and demonstrates the state of the art. 1 Neuronový strojový překlad má schopnost překládat z několika paralelních vstupů v různých jazycích. Kvalita současného automatického simultánního překladu řeči trpí zejména když je zdroj zašumněný. Zkoumáme možnost využití více paralelních řečových signálů - originál a simultánní tlumočení - jako zdroje překladu s cílem dosáhnout vyšší kvality. Proto jsme vytvořili evaluační dataset ESIC (Europarl Simultaneous Interpreting Corpus). Dále analyzujeme aspekty simultánního tlumočení jako doplňkového paralel- ního zdroje. Poté zkoumáme odolnost vícezdrojového překladu proti chybám v přepisu a hodnotíme spolehlivost metrik strojového překladu na hodnocení simultánního překladu řeči. V neposlední řadě implementujeme Whisper-Streaming, nástroj na simultánní re- žim velkých offline modelů pro převod z řeči na text, který demonstruje současný stav poznání. 1 Keywords: simultánní překlad řeči|překlad řeči|překlad z řeči do textu|strojový překlad|vícejazyčnost|vícezdrojovost|simultánní tlumočení|zpracování přirozeného jazyka; simultaneous speech translation|speech translation|speech-to-text translation|machine translation|multilinguality|multi-sourcing|simultaneous interpreting|natural language processing Available in a digital repository NRGL
Simultánní překlad řeči z více zdrojů

Neural machine translation has the capability to translate from several parallel in- puts into different languages. Current simultaneous speech translation sometimes faces issues with quality, ...

Macháček, Dominik; Bojar, Ondřej; Yvon, Francois; Niehues, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Imunofenotypové a funkční charakteristiky lymfocytů pacientů s primární imunodeficiencí
Bakardjieva, Marina; Kalina, Tomáš; Balounová, Jana; Stříž, Ilja
2024 - English
Primary immunodeficiencies (PIDs) are a heterogeneous group of over 480 genetically inherited disorders of the immune system that result from a block in leukocyte development or functional defects in the immune response. PIDs have a wide range of symptoms including increased susceptibility to infections but also autoimmunity or malignancy. Detailed knowledge of PIDs is essential not only in the clinical/diagnostic field, but also in basic research, as they can serve as model systems for the study of the immune system. The first part of the thesis focuses on the use of the SCID-RTE cytometric test, which we developed within the EuroFlow consortium, as a diagnostic tool for detection of patients suspected of severe PID. Based on the parameters studied (levels of naive CD4+ and CD8+ T cells, recent thymic emigrants and the activation status), we have demonstrated that the SCID-RTE tube is a sensitive test suitable for patients clinically suspected of PID, identified within the broader EuroFlow diagnostic algorithm, or the national newborn screening program. Next, within EuroFlow, we provided a sensitive immunophenotypic evaluation of B cell subset alterations in patients with predominantly antibody deficiencies (PADs), including the expression of distinct immunoglobulin subclasses on memory B cells... (CZ) Primární imunodeficience (PID) jsou heterogenní skupinou více než 480 geneticky podmíněných poruch imunitního systému, které vznikají v důsledku bloku ve vývoji leukocytů nebo funkčních defektů v imunitní odpovědi. PID mají širokou škálu příznaků, včetně zvýšené náchylnosti k infekcím, ale také k autoimunitě nebo malignitám. Podrobné znalosti o PID jsou nezbytné nejen v klinické/diagnostické oblasti, ale také v základním výzkumu, protože mohou sloužit jako modelové systémy pro studium imunitního systému. První část práce se zabývá využitím cytometrického testu SCID-RTE, který jsme vyvinuli v rámci EuroFlow konsorcia, jako diagnostického nástroje pro včasnou detekci pacientů s podezřením na závažný PID. Na základě studovaných parametrů (hladiny naivních CD4+ a CD8+ T buněk, tzv. recent thymic emigrant (RTE) buněk a aktivačního stavu) jsme prokázali, že SCID-RTE je senzitivním testem vhodným pro pacienty s klinickým podezřením, detekované v rámci širšího EuroFlow PID diagnostického algoritmu nebo novorozeneckého screeningového programu. Dále jsme v rámci EuroFlow poskytli detailní imunofenotypizaci alterací B buněčných subsetů pacientů s primárními protilátkovými imunodeficiencemi, včetně exprese různých imunoglobulinových subtypů na paměťových B buňkách a plazmatických buňkách. Rozčlenění... Available in a digital repository NRGL
Imunofenotypové a funkční charakteristiky lymfocytů pacientů s primární imunodeficiencí

Primary immunodeficiencies (PIDs) are a heterogeneous group of over 480 genetically inherited disorders of the immune system that result from a block in leukocyte development or functional defects in ...

Bakardjieva, Marina; Kalina, Tomáš; Balounová, Jana; Stříž, Ilja
Univerzita Karlova, 2024

Vliv nanomateriálů na mezenchymální kmenové buňky a na regeneraci tkání
Echalar, Barbora; Holáň, Vladimír; Hubálek Kalbáčová, Marie; Buchtová, Marcela
2024 - English
Nanomaterials (NMs) are widely used in medicine for their antimicrobial properties. They are part of antibacterial coatings, creams, pharmaceutical vehicles or additives in drugs and other medical products. However, the impact of NMs on human organism is still not completely established. Nanoparticles (NPs) penetrate the cell membrane and enter to intracellular compartments including the nuclei. Different types of NPs could have various side effects on cell functions. These side effects include the damage of stem cells (SCs) or immune cells lead to slower regeneration and impaired wound healing. Therefore, the simultaneous application of NPs during SC therapy could decrease the therapeutic abilities of SCs. One type of SCs tested in clinical therapies nowadays are mesenchymal stem cells (MSCs). Therefore, we studied the impact of metal NPs (i.e. silver, copper oxide, zinc oxide and titanium dioxide) on characteristics and functional properties of mouse MSCs. Additionally, the effect of NPs on the expression of phenotypic markers, metabolic activity, differentiation potential, expression of genes for immunoregulatory molecules and on production of cytokines and growth factors was analyzed. We found that all types of tested NPs had a negative impact on the activity of MSCs and thus could alter tissue... Nanomateriály (NMs) jsou široce používány v lékařství pro své antimikrobiální vlastnosti. Jsou součástí antibakteriálních krytí, krémů, farmaceutických přípravků nebo přísad do léků a dalších zdravotnických produktů. Dopad NMs na lidský organismus však stale není zcela znám. Nanočástice (NPs) pronikají buněčnou membránou a vstupovat do intracelulárních kompartmentů včetně jádra. Různe typy NPs mohou mít odlišné vedlejší účinky na buněčné funkce. Poškození kmenových buněk nebo buněk imunitního systému může vést k pomalejší regeneraci a horšímu hojení ran. Současná aplikace NPs během terapie kmenovými buňkami by mohla snížit terapeutické schopnosti kmenových buněk. Jedním druhem kmenových buněk testovaných v současné době v klinických terapiích jsou mezenchymální kmenové buňky (MSCs). Proto jsme studovali vliv kovových nanočástic (tj. stříbra, oxidu mědnatého, oxidu zinečnatého a oxidu titaničitého) na charakteristiky a funkční vlastnosti myších MSCs. Analyzovali jsme vliv NPs na expresi fenotypových markerů, metabolickou aktivitu, diferenciační potenciál, expresi genů pro imunoregulační molekuly a na produkci cytokinů a růstových faktorů. Zjistili jsme, že všechny typy testovaných NPs měly negativní dopad na aktivitu MSCs a mohly tak ovlivnit regeneraci tkání. Zkoumali jsme také vliv NPs na produkci... Keywords: mezenchymální kmenové buňky; cytokíny; růstové faktory; nanomateriály; regenerace tkání; mesenchymal stem cells; cytokines; growth factors; nanomaterials; tissue regeneration Available in a digital repository NRGL
Vliv nanomateriálů na mezenchymální kmenové buňky a na regeneraci tkání

Nanomaterials (NMs) are widely used in medicine for their antimicrobial properties. They are part of antibacterial coatings, creams, pharmaceutical vehicles or additives in drugs and other medical ...

Echalar, Barbora; Holáň, Vladimír; Hubálek Kalbáčová, Marie; Buchtová, Marcela
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases