Used filters (1)  Zrušit všechna omezení
Number of found documents: 42948
Published from to

Chemická a biochemická přeměna bioaktivních látek
Šimášková, Ema; Sokolová, Romana; Martínková, Markéta
2020 - English
Xenobiotics, such as pharmaceuticals, food additives, environmental pollutants, and dietary bioactive compounds in organism are metabolized by various enzymes, resulting in their bioactivation or detoxification. Identification of structure of resulting metabolites is important for their detection in bodily fluids and tissues for diagnostic and forensic purposes. This thesis reviews known biochemical processes and enzymes involved in xenobiotic metabolism, including cytochromes 450 (CYP) and flavine monooxygenases (FMO). Given that biochemical reactions are to a major extent composed of electron-transfer reactions (i.e. oxidation and reduction), the thesis includes a section dealing with the practical approaches to determination of the oxidative or reductive mechanism of bioactive compounds. Xenobiotika, jako jsou léčiva, potravinářské přídatné látky, látky znečišťujicí prostředi a bioaktivní látky v potravě, jsou v organismu metabolizovány za pomoci mnoha enzymů, v důsledku čeho jsou bioaktivovány nebo detoxifikovány. Znalost struktury výsledných metabolitů je důležité pro jejich detekci v tělních tekutinách a tkáních, čehož se využívá v diagnostické a forenzní praxi. Tato práce se zabývá známými biochemickými procesy a enzymy, jenž se účastní metabolizmu xenobiotik, včetně cytochromů (CYP) a flavinových monooxygenas (FMO). S ohledem na to, že při biochemických reakcích se do velké míry účastní oxidačně-redukční reakce, tato práce zahrnuje praktické elektrochemické přístupy k objasnění oxidativního nebo redukčního mechanismu bioaktivních látek. Keywords: Bioaktivní látky; Xenobiotika; Farmakokinetika; Oxidace; Redukce; CYP; FMO; SULT; UGT; Mikrozomy; Hepatocyty; Metabolizmus; Bioactive compounds; Xenobiotics; Pharmacokinetics; Oxidation; Reduction; CYP; FMO; SULT; UGT; Microsomes; Hepatocytes; Metabolism Available in a digital repository NRGL
Chemická a biochemická přeměna bioaktivních látek

Xenobiotics, such as pharmaceuticals, food additives, environmental pollutants, and dietary bioactive compounds in organism are metabolized by various enzymes, resulting in their bioactivation or ...

Šimášková, Ema; Sokolová, Romana; Martínková, Markéta
Univerzita Karlova, 2020

Mořští savci jako vrcholoví predátoři
Slavíčková, Tereza; Černý, Martin; Storch, David
2020 - English
Amongst marine mammals there are many predators, however only four species can be considered truly apex predators. Polar bears, killer whales, leopard seals and sperm whales all dominate their environments, moreover, killer whales and sperm whales hold their position at the top of trophic relationships globally. Apart from being generally abundant and being large in relation to their closely related species, these four predators share very little. They differ in social structure, foraging ecology, life histories and levels of intraspecific cooperation. Very few studies focus on what characteristics makes each one of them such a dominant predator. Considering how abundant these species and their prey are, there is not enough research exploring predatory and non-predatory interactions with other large mammalian predators of our oceans. Our understanding of trophic relationships, large predators' influence on species hierarchy and ecosystem balance is poor. Considering the influence human population has on the oceans and large marine predators, more future research should be focused on exploring the complex interspecific relationships. Mezi mořskými savci najdeme mnoho predátorů, nicméně pouze čtyři druhy z nich můžeme považovat za pravé vrcholové predátory. Medvědi lední, kosatky dravé, tuleni leopardí a vorvani obrovští jasně vládnou ve svých prostředích, kosatky a vorvani jsou navíc na vrcholu globálně. Kromě toho, že jsou tyto druhy obecně hojné v počtech jedinců a že jsou relativně velcí v porovnání s blízce příbuznými druhy, nesdílí tito čtyři predátoři mnoho. Liší se v tvorbě sociálních skupin, ekologii lovu, life-history znacích a úrovních vnitrodruhové spolupráce. Jen velmi málo studií se zaměřuje na zkoumání konkrétních charakteristik, které by jednotlivé predátory dělaly tak dominantními. Když zvážíme, jak hojné tyto druhy i jejich kořist jsou, je vidno, že studií, které by zkoumaly predační nebo nepredační interakce s dalšími velkými savci - predátory, bylo provedeno nedostatečné množství. Naše porozumění trofickým vztahům, vlivu velkých predátorů na hierarchii druhů a rovnováhu ekosystému je chabé. Zvážíme-li, jak velký vliv má lidská populace na naše oceány a velké mořské predátory, je zjevné, že je třeba se v budoucím výzkumu zaměřit na zkoumání komplexních mezidruhových vztahů. Keywords: vrcholoví predátoři; mořští savci; kosatka dravá; Orcinus orca; medvěd lední; Ursus maritimus; leopard seal; Hydrurga leptonyx; vorvaň obrovský; Physeter macrocephalus; apex predators; marine mammals; killer whale; Orcinus orca; polar bear; Ursus maritimus; leopard seal; Hydrurga leptonyx; sperm whale; Physeter macrocephalus Available in a digital repository NRGL
Mořští savci jako vrcholoví predátoři

Amongst marine mammals there are many predators, however only four species can be considered truly apex predators. Polar bears, killer whales, leopard seals and sperm whales all dominate their ...

Slavíčková, Tereza; Černý, Martin; Storch, David
Univerzita Karlova, 2020

Tiché zpěvy u pěvců
Belfín, Ondřej; Petrusková, Tereza; Vokurková, Jana
2020 - English
Research of bird vocalisation has been remarkably growing in the past seventy years. However, most of the published papers focused on common high-amplitude vocalisation. Despite having researchers who considered the existence of another rare low-amplitude signal more than a century ago, low-amplitude songs were overlooked until the beginning of the 20th century. Additionally, authors still using terms for the description of this scarcely recorded vocalisations inconsistently, which makes the comparison of published papers difficult. In total, I found published notes describing the existence or function of low-amplitude songs in at least 45 species, with ten species having at least two different types. This review is providing evidence that low-pitch songs might be quite widespread but overlooked signals playing a role in male- male as well as male-female interactions. Moreover, it is possible to distinguish between several types of low-amplitude songs based on their structural resemblance to the primary song. Getting all together, I am providing new terminology that might be helpful for further conclusions and could be used in future research of this hidden phenomenon. Výzkum ptačích hlasů zažívá v posledních 70 letech neuvěřitelný růst, přičemž většina prací se zaměřuje na nejčastější hlasitou komunikaci - zpěv. Ačkoli první průkopníci ve studiu ptačího hlasů zmiňovali existenci tichých zpěvů již na konci minulého století, až v poslední době přibylo článků, které se tématu věnují. Nicméně autoři často používají nejednotné názvosloví, které dost komplikuje následné porovnávání prací a pochopení celé problematiky. Během práce se mi povedlo najít záznamy tichých zpěvů u celkem 45 druhů, z nichž deset má současně dva různé typy. Je proto možné, že se jedná o poměrně častý, ale poněkud přehlížený jev. Dohledané práce ukazují, že pěvci tiché zpěvy nejčastěji používají při interakcích v páru nebo s dalšími samci. Z výsledku je zřejmé, že v dalším výzkumu musíme podle odlišné struktury vzhledem k normálnímu zpěvu rozlišovat nejméně tři typy těchto přehlížených zpěvů, které se můžou dále dělit podle konkrétní funkce. Na závěr práce navrhuji nové názvosloví, které může být užitečné pro další shrnutí a budoucí výzkum. Keywords: subsong; tichý zpěv; zpěv s nízkou amplitudou; funkce zpěvu; sub-song; whisper song; soft song; quiet song; twitter song; low-amplitude vocalisation; function of song Available in a digital repository NRGL
Tiché zpěvy u pěvců

Research of bird vocalisation has been remarkably growing in the past seventy years. However, most of the published papers focused on common high-amplitude vocalisation. Despite having researchers who ...

Belfín, Ondřej; Petrusková, Tereza; Vokurková, Jana
Univerzita Karlova, 2020

Úloha vybraných malých ribosomálních proteinů tvořících dekódující místo v translaci.
Hovorková, Zuzana; Valášek, Leoš; Hálová, Martina
2020 - English
Translation is one of the key mechanisms occurring in the cell during every second of its existence. It is a very complex process ensured by three main actors: tRNAs, mRNAs and ribosomes. Despite of being thoroughly studied over decades, the understanding of some of its functional aspects is still rather poor. This bachelor thesis focuses on four small ribosomal proteins listed below that are reaching to the decoding centre of the small ribosomal subunit. It raises awareness of the structure and function of uS12, uS19, eS25 and eS30, their evolution, role within the ribosome, and the influence they have on various stages of translation. In particular, this thesis specifically reviews the importance of these four proteins for the stop codon readthrough. This phenomenon occurs when a near-cognate aminoacyl-tRNA or a natural suppressor tRNA wins with eRF1 over the corresponding stop codon and thus protein synthesis is continued resulting in the existence of a longer protein. It summarizes our current knowledge of its origin, molecular details of its mechanism, its existence in different species, benefits and disadvantages it brings to the life of a cell or even an organism, and finally it sums up all available knowledge for potential future use of readthrough in therapeutics. Key words: translation,... Translace je jeden z klíčových mechanismů probíhajících v buňce každou sekundu po dobu celé její existence. Jde o velice složitý proces, který je zajišťován třemi hlavními aktéry: tRNA, mRNA a ribosomy. I přesto, že už studován po několik desetiletí, znalosti týkající se několika funkčních aspektů jsou stále mizivé. Tato bakalářská práce se zaměřuje na čtyři malé ribozomální proteiny vyjmenované níže, které dosahují k dekódovacímu centru malé ribozomální podjednotky. Zvyšuje povědomí o struktuře a funkci uS12, uS19, eS25 a eS30, jejich evoluci, roli v ribozomu a jejich vlivu na různé fáze translace. Konkrétně tato práce specificky zkoumá důležitost těchto čtyř ribosomálních proteinů na pročtění stop kodonu. K tomuto fenoménu dochází, když blízce příbuzná aminacylová- tRNA nebo přirozeně supresorová tRNA vyhraje s eRF1 nad příslušným stop kodonem, a tak syntéza protein pokračuje vedoucí k existence delšího protein. Shrnuje aktuální poznání jeho původu, mechanismu, existence v různých živočišných druzích, přinos i nevýhody, které buňce či dokonce organismu poskytuje, a na závěr shrnuje dostupné znalosti o potenciálním využití pročtení stop kodonu v lékařství. Klíčová slova: translace, pročtění stop kodonu, ribozom, ribozomální proteiny, uS12, uS19, eS25, eS30 Keywords: translace; pročtění stop kodonu; ribozom; ribozomální proteiny; uS12; uS19; eS25; eS30; translation; stop codon readthrough; ribosome; ribosomal proteins; uS12; uS19; eS25; eS30 Available in a digital repository NRGL
Úloha vybraných malých ribosomálních proteinů tvořících dekódující místo v translaci.

Translation is one of the key mechanisms occurring in the cell during every second of its existence. It is a very complex process ensured by three main actors: tRNAs, mRNAs and ribosomes. Despite of ...

Hovorková, Zuzana; Valášek, Leoš; Hálová, Martina
Univerzita Karlova, 2020

Imunofenotyp maligních buněk dětských akutních leukemií a jeho vývoj v průběhu onemocnění
Podolská, Tereza; Fišer, Karel; Drbal, Karel
2020 - English
Acute lymphoblastic leukaemia (ALL) is the most frequent childhood malignancy. One of the recent improvements in ALL treatment was the introduction of minimal residual disease (MRD) monitoring that enables risk stratification based treatment adaptation. The same MRD monitoring helps to choose relapse treatment, to guide indication for stem cell transplantation (SCT) and allows for a more personalized management of patients undergoing SCT. One of the main routes of MRD levels detection is characterisation of leukemic blasts using flow cytometry. However, flow cytometry is limited by its mainly manual expertise-based analysis. Such analysis is subjective and clearly insufficient for current complex data. While new computational tools are available for multidimensional flow cytometry data, there is an urgent need to test and adapt them for the use in clinical environment. The goal of this thesis is to detect immunophenotypes associated with leukaemia and their development by leveraging machine-assisted analysis of a set of diagnostic files selected based on information about more than three hundred thousand of multiparameter flow cytometry datasets. Advanced bioinformatic tools will help to detect blast and healthy haematopoietic populations, to derive their immunophenotypes and to identify individual... Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastější dětskou malignitou. K jednomu z nedávných zlepšení v léčbě ALL došlo zavedením monitoringu minimální reziduální nemoci (MRD), který umožňuje přizpůsobit léčbu na základě stratifikace rizika. Monitoring MRD rovněž umožňuje zvolit vhodnou léčbu při relapsu onemocnění, indikovat transplantaci kmenových buněk (SCT) a umožňuje personalizovaný přístup k pacientům podstupujícím SCT. Jedním ze základních způsobů detekce hladiny MRD je charakterizace leukemických blastů pomocí průtokové cytometrie. Hlavním limitem průtokové cytometrie je však to, že analýza dat je manuální a závislá na vysoce expertních znalostech. Tento postup je subjektivní a ne zcela dostatečný pro analýzu komplexních datových souborů užívaných v současnosti. Přestože jsou dostupné nové výpočetní nástroje pro zpracování multidimenzionálních dat z průtokové cytometrie, je zároveň potřeba tyto metody otestovat a přizpůsobit je klinickému prostředí. Cílem této práce je detekovat imunofenotypy asociované s leukémiemi a jejich vývojem pomocí počítačem asistované analýzy u sady diagnostických souborů vybraných na základě informací o více než třech stech tisíců datasetů z víceparametrové průtokové cytometrie. Pokročilé bioinformatické nástroje pomohou detekovat blastické a zdravé... Keywords: Akutní lymfoblastická leukémie; imunofenotyp; průtoková cytometrie; bioinformatika; Acute lymphoblastic leukaemia; immunophenotype; flow cytometry; bioinformatics Available in a digital repository NRGL
Imunofenotyp maligních buněk dětských akutních leukemií a jeho vývoj v průběhu onemocnění

Acute lymphoblastic leukaemia (ALL) is the most frequent childhood malignancy. One of the recent improvements in ALL treatment was the introduction of minimal residual disease (MRD) monitoring that ...

Podolská, Tereza; Fišer, Karel; Drbal, Karel
Univerzita Karlova, 2020

Využití spektrální metody při simulacích modelu fázového pole pro martenzitické transformace
Sejková, Klára; Tůma, Karel; Kružík, Martin
2020 - English
For some alloys martensitic transformation is responsible for the so-called shape memory effect and pseudoelasticity. These properties are used in a wide range of industry applications. Each of these materials is transformed to the shape it was manufactured in when heated to its critical temperature (austenite phase) no matter how seriously it was deformed at lower temperatures (martensite phase). Looking at the microstructure, one can observe significant change of crystalographic lattice depending on temperature and deformation. This the- sis focuses on modelling the evolution of microstructure during deformation for materials in the martensite phase. In this case, the creation of multiple variants of martensite is observed, divided by interfaces where a part of energy is stored. This behaviour can be described by the phase-field model. The numerical im- plementation of this model using the standard finite element method requires large computational costs. The aim of this thesis is to implement this model in MATLAB using a spectral method based on the fast Fourier transform, which is suitable for solving problems on a periodic domain. It is interesting to com- pare the computation using spectral method on a conventional PC with the computation written in FEniCS computed on a cluster. However, the... Martensitická transformace je u některých slitin zodpovědná za tzv. efekt tvarové paměti a efekt pseudoelasticity. Tyto vlastnosti jsou hojně využívány v nejrůznějších odvětvích průmyslu. Každý z těchto materiálů se při zahřátí nad určitou kritickou teplotu vrací do původního tvaru (fáze austenit), ve kterém byl zhotoven, nehledě na tvar, do kterého byl deformován při nižší teplotě (ve fázi martensitu). Na úrovni mikrostruktury pozorujeme při martenzitické trans- formaci výraznou změnu krystalické mřížky materiálu v závislosti na teplotě a deformaci, které je materiál vystaven. Tato práce se zaměřuje na modelování vývoje mikrostruktury při deformaci pro materiály ve fázi martenzitu. V tomto případě je možné pozorovat vznik různých variant martenzitu, mezi kterými vznikají nová rozhraní, do nichž se ukládá část energie. Toto chování může být zachyceno pomocí modelu fázového pole, jehož numerická implementace pomocí standardní metody konečných prvků je výpočetně náročná. Cílem práce je im- plementace modelu v MATLABu pomocí spektrání metody využívající rychlé Fourierovy transformace, která je vhodná pro řesení problémů na periodické oblasti. Zajímavé je porovnání výpočtu... Keywords: martenzitická transformace; model fázového pole; materiály s tvarovou pamětí; rychlá Fourierova transformace; spektrální metoda; martensitic transformation; phase-field model; shape-memory alloys; fast Fourier transform; spectral method Available in a digital repository NRGL
Využití spektrální metody při simulacích modelu fázového pole pro martenzitické transformace

For some alloys martensitic transformation is responsible for the so-called shape memory effect and pseudoelasticity. These properties are used in a wide range of industry applications. Each of these ...

Sejková, Klára; Tůma, Karel; Kružík, Martin
Univerzita Karlova, 2020

Reprezentace Chekanovových-Eliashbergových algeber
Poppr, Marián; Golovko, Roman; Le, Hong Van
2020 - English
In this thesis, we study modern invariants of Legendrian knots on R3 with a standard contact structure. We introduce the notion of Chekanov-Eliashberg algebra (DGA) and Legendrian contact homology. Then we consider representa- tions of DGA as a way how to derive some computable invariants of Legendrian knots. Finally, we will find equivalence classes of graded 2-dimensional irreducible representations for a certain Legendrian knot. i V přiložené práci se zabýváme moderními invarianty Legendreových uzlů v R3 se standardní kontaktní strukturou. Zavedeme Chekanovu-Eliashbergovu al- gebru (DGA) a Legendreovu kontaktní homologii. Poté přistoupíme ke studiu reprezentací DGA, jenž produkují řadu užitečných invariantů Legendreových uzlů. Nakonec najdeme všechny ireducibilní gradované dvoudimenzionální reprezen- tace DGA pro jistý Legendreův uzel. i Keywords: reprezentace; Chekanovova-Eliashbergova algebra; Legendréovy podvariety; representation; Chekanov-Eliashberg algebra; Legendrian submanifold Available in a digital repository NRGL
Reprezentace Chekanovových-Eliashbergových algeber

In this thesis, we study modern invariants of Legendrian knots on R3 with a standard contact structure. We introduce the notion of Chekanov-Eliashberg algebra (DGA) and Legendrian contact homology. ...

Poppr, Marián; Golovko, Roman; Le, Hong Van
Univerzita Karlova, 2020

Bezmembránové organely eukaryot
Beránková, Pavla; Libusová, Lenka; Bařinka, Cyril
2020 - English
Membraneless organelles (MLOs) are a newly described type of cellular compartments. They consist of protein and nucleic acid molecules that undergo liquid-liquid phase separation (LLPS). MLOs are able to fulfill unique biological roles, because they are highly dynamic and their composition can be effectively regulated. Composition and function of these formations are swiftly being elucidated. The work summarizes the basic principles of LLPS in living organisms and further focuses on several types of MLOs functionally connected to microtubules (MTs). Their recurrent feature is the ability to nucleate MTs. This eventual role corresponds well with their high temporal and spatial dynamics. Bezmembránové organely jsou nedávno popsaným typem buněčných kompartmentů. Jsou tvořeny molekulami proteinů a nukleových kyselin, které podstupují fázovou separaci kapalina-kapalina. Jsou schopné plnit jedinečné biologické úlohy, protože jsou vysoce dynamické a jejich složení může být efektivně regulováno. Poznatků o charakteru a funkci těchto útvarů v poslední době rychle přibývá. Práce shrnuje základní principy fázové separace kapalina-kapalina v živých organismech a dále se zaměřuje na několik typů bezmembránových organel funkčně spojených s mikrotubuly. Jejich opakující se vlastností je schopnost nukleace mikrotubulů. Tato role je zároveň ve shodě s jejich vysokou časovou a prostorovou dynamikou. Keywords: bezmembránové organely; tekuté kapénky; fázová separace kapalina-kapalina; mikrotubuly; tau protein; tau kapénky; SPD-5; Plk4; BuGZ; TPX2; membraneless organelles; liquid droplets; liquid-liquid phase separation; microtubules; tau protein; tau droplets; SPD-5; Plk4; BuGZ; TPX2 Available in a digital repository NRGL
Bezmembránové organely eukaryot

Membraneless organelles (MLOs) are a newly described type of cellular compartments. They consist of protein and nucleic acid molecules that undergo liquid-liquid phase separation (LLPS). MLOs are able ...

Beránková, Pavla; Libusová, Lenka; Bařinka, Cyril
Univerzita Karlova, 2020

Termodynamické modelování Sedláčkovy turbíny
Kincl, Ondřej; Pavelka, Michal; Hron, Jaroslav
2020 - English
in English Ondřej Kincl 21 May 2020 Rolling turbine is a small hydraulic turbine invented by Doc. Ing. Miroslav Sedláček CSc. in 1998. This turbine is bladeless, exhibits various interesting behaviour and operates on the basis of a yet unknown hydraulic principle. This thesis attempts to find an explanation using incompressible Navier- Stokes equations. We will introduce the concept of drag inversion - the idea that fluid force in rolling turbines is a positive feedback to the motion itself. This is explained in a simplified model using analytical methods. These results are then verified in a numerical simulation. v češtině Ondřej Kincl 21 května 2020 SETUR je malá vodní turbína vynalezená Doc. Ing. Miroslavem Sedláčkem CSc. v roce 1998, která nepoužívá lopatky, vykazuje některé zvláštní vlastnosti a funguje na principu dosud nepoznaného hyd- raulického jevu. Tato diplomová práce je pokusem najít vysvětlení s využitím Navier-Stokesových rovnic. Domníváme se, že fungování turbíny lze chápat jako jev, kdy odpor prostředí otočí znaménko a tekutina tak způsobuje kladnou reakci na vlastní pohyb turbíny. Tato myšlenka je prozkoumána ve zjednoduše- ném analytickém modelu. V závěru je pak vytvořen trojrozměrný numerický model, který tuto myšlenku potvrzuje. Keywords: Nerovnovážná termodynamika; Sedláčkova turbína; stabilita; vířivost; simulace; Non-equilibrium thermodynamics; Rolling fluid turbine; stability; vorticity; simulation Available in a digital repository NRGL
Termodynamické modelování Sedláčkovy turbíny

in English Ondřej Kincl 21 May 2020 Rolling turbine is a small hydraulic turbine invented by Doc. Ing. Miroslav Sedláček CSc. in 1998. This turbine is bladeless, exhibits various interesting behaviour ...

Kincl, Ondřej; Pavelka, Michal; Hron, Jaroslav
Univerzita Karlova, 2020

Termální konvekce jako klíč k pochopení vnitřního vývoje a dynamiky velkých ledových těles
Ninneman, Brendan; Kalousová, Klára; Šrámek, Ondřej
2020 - English
Titan is a unique moon in the solar system as it is the only one with a thick atmo- sphere, and surface lakes and seas. Observations made by the Cassini/Huygens probe showed the potential of a subsurface ocean hidden below the outer crust made of ice. This thesis analyzes the heat transfer through the crust of Titan to understand the long term evolution of the ocean. We developed a finite element model of the heat transfer through a thickening ice crust and investigated the effect of viscosity, internal heat flux, and ammonia concentration in the ocean. While other explanations cannot be ruled out, it was found high values of viscosity and possible ammonia presence could keep the ocean liquid for long periods. 1 Keywords: subsolidus thermal convection; volatile evolution; internal dynamics Available in a digital repository NRGL
Termální konvekce jako klíč k pochopení vnitřního vývoje a dynamiky velkých ledových těles

Titan is a unique moon in the solar system as it is the only one with a thick atmo- sphere, and surface lakes and seas. Observations made by the Cassini/Huygens probe showed the potential of a ...

Ninneman, Brendan; Kalousová, Klára; Šrámek, Ondřej
Univerzita Karlova, 2020

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases