Number of found documents: 7698
Published from to

Reorganizace in vitro rekonstituovaných aktinových sítí
Sabó, Ján; Lánský, Zdeněk; Varga, Vladimír; Cifra, Michal
2024 - English
The cytoskeleton provides living organisms with machinery to move. On the molecular scale, the same cytoskeletal components undergo constant reorganization to contribute to distinct cellular processes, such as the navigation of neuronal growth cones in brain development or the creation of chiral actin flows during cellular division. During brain development, neuronal growth cones navigate by employing cytoskeletal crosstalk between actin filament networks and microtubules. Crosstalk in the growth cones between these cytoskeletal components was linked with known microtubule polymerase human cytoskeleton associated protein 5 (CKAP5; homolog of XMAP215, MSPS, Zyg9), while the details of the direct molecular mechanism of CKAP5-provided remodeling of both microtubules and actin networks are lacking. Therefore, we used total internal reflection fluorescence (TIRF) microscopy together with state- of-the-art in vitro reconstituted assays combining microtubules, actin filament networks, and recombinant proteins to understand cytoskeleton-provided molecular mechanisms underlying cellular motion. In this thesis, we show that CKAP5 alone bundles both supposedly randomly oriented and parallel actin filaments, crosslinks actin filaments to microtubules regardless of their polarity, positions prevailing actin... Cytoskelet poskytuje živým organismům nástroje k pohybu. V molekulárním měřítku procházejí stejné složky cytoskeletu neustálou reorganizací, aby přispívaly k různým buněčným procesům, jako je například navigace neuronálních růstových kónů v procesu vývoje mozku nebo vytváření chirálních aktinových toků během buněčného dělení. Během vývoje mozku je navigace neuronálních růstových kónů umožňena vzájemými interakcemi mezi sítěmi aktinových vláken a mikrotubuly (v angličtině "cytoskeletal crosstalk"). V růstových kónech byla část těchto intra-cytoskeletálních interakcí spojena s významnou mikrotubulární polymerázou CKAP5 (homolog XMAP215, MSPS, Zyg9). Nicméně role CKAP5 v molekulárním mechanismu remodelace mikrotubulů i aktinových sítí zatím nebyla objasněna. K lepšímu pochopení molekulárího mechanismu jsme použili fluorescenční mikroskopii s úplným vnitřním odrazem (TIRF, z angl. "total internal reflection fluorescence") v kombinaci s in vitro rekonstituovanými mikrotubuly a sítěmi aktinových vláken, které jsme pozorovali v přítomnosti rekombinantních proteinů. V této práci ukazujeme, že CKAP5 vytváří svazky z aktinových vláken (jak náhodně, tak paralelně orientovaných), propojuje aktinová vlákna s mikrotubuly bez ohledu na jejich polaritu, a dále umožňuje umístění aktinových svazků podél "šablon" z... Keywords: aktinová vlákna; mikrotubuly; mezimolekulární interakce cytoskeletu; CKAP5; XMAP215; chirální aktinové toky; actin filaments; microtubules; cytoskeletal-crosstalk; CKAP5; XMAP215; chiral actin flows Available in a digital repository NRGL
Reorganizace in vitro rekonstituovaných aktinových sítí

The cytoskeleton provides living organisms with machinery to move. On the molecular scale, the same cytoskeletal components undergo constant reorganization to contribute to distinct cellular ...

Sabó, Ján; Lánský, Zdeněk; Varga, Vladimír; Cifra, Michal
Univerzita Karlova, 2024

Strukturní charakterizace materiálů vhodných pro energetické aplikace pomocí NMR spektroskopie
Mahun, Andrii; Kobera, Libor; Hrabal, Richard; Lebl, Tomas
2024 - English
Development of new, safe, highly efficient, and environmentally friendly energy storage and conversion devices is demanded in today's world. This includes the synthesis, characterization, and application of new advanced materials. Promising materials such as polymer electrolytes, conductive polymers, and perovskites have drawn the great attention of scientists worldwide and are under intensive investigation. These substances are believed to be capable of solving some issues and improving the existing energy storage and conversion technologies. The presented thesis is dedicated to the investigation of above-mentioned materials for energy applications. The research was focused on the elucidation of structure-properties relation in the compounds of interest and optimization of their composition to get better properties in terms of potential application in the energy field. Among all experimental techniques used within the thesis, NMR spectroscopy was comprehensively employed and chosen as the main tool for the structural characterization of the investigated samples. Various liquid-state as well as solid-state NMR techniques were used, and some of them were optimized for specific purposes of the research. During the investigation of polymer electrolyte systems, NMR spectroscopy was utilized to study... Vývoj nových, bezpečných, vysoce účinných a ekologicky šetrných zařízení pro skladování a přeměnu energie je v dnešním světě velmi žádaný. Tento vývoj zahrnuje syntézu, charakterizaci a následné použití pokročilých materiálů. Slibné materiály, jako jsou polymerní elektrolyty, vodivé polymery a perovskity, přitahují velkou pozornost nejen vědců po celém světě a proto jsou intenzivně zkoumány a zdokonalovány. Předpokládá se, že tyto látky budou schopny vyřešit některé současné energetické problémy se skladováním a získáváním elektrické energie. Předkládaná práce se věnuje strukturní analýze výše uvedených materiálů vhodných pro energetické aplikace. Výzkum byl zaměřen na objasnění vztahu struktura-vlastnosti u vybraných sloučenin a optimalizaci jejich složení za účelem získání lepších požadovaných vlastností z hlediska potenciální aplikace v oblasti energetiky. Ze všech experimentálních technik použitých v této práci byla převážně využívána NMR spektroskopie, která byla zvolena jako hlavní analytický nástroj pro strukturní charakterizaci zkoumaných systémů. Pro popis jednotlivých materiálů byly použity různé techniky NMR spektroskopie jak v kapalném, tak i pevném stavu a některé z nich byly speciálně optimalizovány pro konkrétní účely výzkumu. Při zkoumání polymerních elektrolytových systémů byla... Keywords: NMR spektroskopie; energetické materiály; polymerní materiály pro skladování a konverzi energie; NMR spectroscopy; energy materials; polymeric materials for energy storage and conversion Available in a digital repository NRGL
Strukturní charakterizace materiálů vhodných pro energetické aplikace pomocí NMR spektroskopie

Development of new, safe, highly efficient, and environmentally friendly energy storage and conversion devices is demanded in today's world. This includes the synthesis, characterization, and ...

Mahun, Andrii; Kobera, Libor; Hrabal, Richard; Lebl, Tomas
Univerzita Karlova, 2024

Studium molekulárních systémů na površích pomocí rastrovací mikroskopie
Pinar Solé, Andrés; Jelínek, Pavel; Bae, Yujeong; Kocán, Pavel
2024 - English
Keywords: STM|SPM; STM|SPM Available in a digital repository NRGL
Studium molekulárních systémů na površích pomocí rastrovací mikroskopie

Pinar Solé, Andrés; Jelínek, Pavel; Bae, Yujeong; Kocán, Pavel
Univerzita Karlova, 2024

Nové metody pro rozpoznávání rozmazaných obrazů
Lébl, Matěj; Flusser, Jan; Chung, Julianne; Chum, Ondřej
2024 - English
Blur is among the most common degradations encountered in image acquisition. In computer vision tasks, it greatly reduces the success rate of any recognition method. In the handcrafted methods space blur is mostly handled by restoration - via deblurring, blur-invariant descriptors or blur invariant distances. In deep learning, degradations are almost exclusively dealt with by augmenting the training dataset. This doctoral Thesis covers three out of the four areas - it expands and generalize moment-based blur invariants, introduces new blur invariant measure and proposes a novel convolutional network architecture which is invariant to degradations alleviating the need for dataset augmentation. 1 Rozmazání patří mezi nejčastější degradace vznikající při pořizování digitálních obrazů. Pro účely strojového vidění, rozmazání významně snižuje rozpoznávací shopnosti a přes- nost klasifikace. Klasické metody se s rozmazáním typicky vypořádávají trojím způ- sobem - rekonstrukcí, invariantním popisem obrazu nebo invariantní metrikou. Hluboké učení řeší problém kvality vstupních dat povětšinou rozšířením trénovací množiny. Tato práce pokrývá tři ze čtyř zmíněných oblastí - rozšiřuje a zobecňuje momentové invarianty, představuje novou metriku invariantní vůči rozmazání a navrhuje novu architekturu neu- ronových sítí, která je invariantní vzhledem k různým degradacím a eliminuje nutnost expandovat trénovací množinu. 1 Keywords: Rozmazání|Zpracování obrazu|Invarianty vůči rozmazání|počítačové vidění|hluboké učení; Blur|Digital Image Processing|Blur Invariants|Computer Vision|Deep Learning Available in a digital repository NRGL
Nové metody pro rozpoznávání rozmazaných obrazů

Blur is among the most common degradations encountered in image acquisition. In computer vision tasks, it greatly reduces the success rate of any recognition method. In the handcrafted methods space ...

Lébl, Matěj; Flusser, Jan; Chung, Julianne; Chum, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Neenzymatické role kináz a fosfatáz na příkladu MTMR9 a AAK1
Knop, Filip; Macůrková, Marie; Harnoš, Jakub; Soukup, Vladimír
2024 - English
Enzymatic roles of kinases and phosphatases in almost every aspect of cellular life are well described in a wide variety of examples. Lately the role of the same proteins independent of their catalytic activity is being increasingly appreciated. In this work, we focus on two proteins, mammalian MTMR9, and Caenorhabditis elegans SEL-5/AAK1. MTMR9 belongs to the myotubularin-related family of lipid phosphatases (MTMR) and is known to be a pseudophosphatase, a catalytically inactive member of the MTMR group. SEL-5/AAK1, on the other hand, is characterized by its kinase activity with at least two putative substrates identified so far. We described the localization of MTMR9 to early secretory pathway and its colocalization with known ER-to-GA compartment (ERGIC) markers. We also identified several possible MTMR9-interacting partners, such as RAB1 and MTMR6, whose localization and/or activity could be potentially regulated by MTMR9 binding. Disruption of proper MTMR9 levels led to an alteration in WNT3A secretion and subsequently to a reduced activity of the Wnt signaling pathway. Similarly, we identified SEL-5/AAK1 role in two separate Wnt-regulated developmental processes in C. elegans. Firstly, SEL-5 along with other members of the retromer complex regulate a proper QL.d migration. Secondly, excretory... Enzymatické role kináz a fosfatáz v regulaci buněčných procesů byly popsány na mnoha příkladech. V posledních letech se objevuje rostoucí počet případů postradatelnosti katalytické aktivity těchto enzymů. Tato práce se soustředí na dva konkrétní proteiny, savčí MTMR9 a SEL-5/AAK1 v háďátku obecném. MTMR9 z rodiny lipidových fosfatáz příbuzných myotubularinu (MTMR) patří do skupiny pseudofosfatáz, které jsou charakteristické nepřítomností enzymatické aktivity. Na druhou stranu, SEL-5/AAK1 je typickou aktivní kinázou s nejméně dvěma známými substráty. Podařilo se nám zjistit důležitost MTMR9 v časné sekretorní dráze buňky, kde kolokalizuje s markery intermediálního kompartmentu mezi endosomálním retikulem a Golgiho aparátem (ERGIC). Dále jsme identifikovali několik možných interakčních partnerů, například RAB1 a MTMR6, jejíchž lokalizaci a/nebo aktivitu by mohla vazba na MTMR9 regulovat. Změna úrovně MTMR9 způsobila narušení WNT3A sekrece a následně vedla k redukci aktivity Wntové signální dráhy. Pro SEL-5/AAK1 se nám podařilo identifikovat dva procesy, oba taktéž regulované Wntovou signální dráhou, které jsou důležité ve vývoji háďátka obecného. Jednak je SEL-5 společně s několika členy retromerového komplexu zodpovědný za regulaci správné QL.d migrace, a jednak SEL-5 reguluje růst exkretorních... Keywords: kináza; fosfatáza; MTMR9; AAK1; SEL-5; Wnt signální dráha; Caenorhabditis elegans; kinase; phosphatase; MTMR9; AAK1; SEL-5; Wnt signalling; Caenorhabditis elegans Available in a digital repository NRGL
Neenzymatické role kináz a fosfatáz na příkladu MTMR9 a AAK1

Enzymatic roles of kinases and phosphatases in almost every aspect of cellular life are well described in a wide variety of examples. Lately the role of the same proteins independent of their ...

Knop, Filip; Macůrková, Marie; Harnoš, Jakub; Soukup, Vladimír
Univerzita Karlova, 2024

Složitost klasifikačních problémů v topologii
Dudák, Jan; Vejnar, Benjamin; Krupski, Pawel; Zelený, Miroslav
2024 - English
This thesis consists of three articles. The first article focuses on compact metrizable spaces homeomorphic to their respective squares, the main result being that there ex- ists a family of size continuum of pairwise non-homeomorphic compact metrizable zero- dimensional spaces homeomorphic to their respective squares. This result answers a question of W. J. Charatonik. In the second article we prove that there exists a Borel measurable mapping assigning to each Peano continuum X a continuous function from [0, 1] onto X. We also show that there exists a Borel measurable mapping assigning to each triple (X, x, y), where X is a Peano continuum and x, y are distinct points in X, an arc in X with endpoints x, y. In the third article we prove that the homeomorphism relation for absolute retracts in R2 is Borel bireducible with the isomorphism relation for countable graphs. Moreover, we prove that neither the homeomorphism relation for Peano continua in R2 nor the homeomorphism relation for absolute retracts in R3 is clas- sifiable by countable structures. We also show that the homeomorphism relation (as well as the ambient homeomorphism relation) for compacta in [0, 1]n is Borel reducible to the homeomorphism relation for continua in [0, 1]n+1 . 1 Tato práce sestává ze tří článků. V prvním z nich se zabýváme kompaktními metri- zovatelnými prostory homeomorfními se svými čtverci, přičemž hlavním výsledkem je, že existuje systém mohutnosti kontinua po dvou nehomeomorfních kompaktních metrizo- vatelných nuldimenzionálních prostorů homeomorfních se svými čtverci. Tímto výsled- kem je zodpovězena otázka W. J. Charatonika. Ve druhém článku je dokázáno, že existuje borelovsky měřitelné zobrazení přiřazující každému Peanovu kontinuu X spojitou funkci z [0, 1] na X. Také je ukázáno, že existuje borelovsky měřitelné zobrazení přiřazující každé trojici (X, x, y), kde X je Peanovo kontinuum a x, y jsou dva různé body v X, oblouk v X s koncovými body x, y. Ve třetím článku je dokázáno, že relace homeomorfismu mezi absolutními retrakty v R2 je borelovsky bireducibilní s relací isomorfismu mezi spočet- nými grafy. Dále je ukázáno, že relace homeomorfismu mezi Peanovými kontinuy v R2 ani relace homeomorfismu mezi absolutními retrakty v R3 nejsou klasifikovatelné spočetnými strukturami. Rovněž je ukázáno, že relace homeomorfismu (a také relace vnějšího home- omorfismu) mezi kompakty v [0, 1]n je borelovsky reducibilní do relace homeomorfismu mezi kontinuy v [0, 1]n+1 . 1 Keywords: borelovská redukce|relace homeomorfismu|metrizovatelný kompaktní prostor|Peanovo kontinuum; Borel reduction|homeomorphism relation|metrizable compact space|Peano continuum Available in a digital repository NRGL
Složitost klasifikačních problémů v topologii

This thesis consists of three articles. The first article focuses on compact metrizable spaces homeomorphic to their respective squares, the main result being that there ex- ists a family of size ...

Dudák, Jan; Vejnar, Benjamin; Krupski, Pawel; Zelený, Miroslav
Univerzita Karlova, 2024

Syntéza steroidních modulátorů pro receptory žlučových kyselin
Kašpar, Miroslav; Kudová, Eva; Drašar, Pavel; Kvasnica, Miroslav
2024 - English
The Thesis comprises three major projects. The first project is concerned with the creation of a pregnane compound library that can be used to explore the structure-activity relationship with the TGR5 and FXR receptors. The project draws structural inspiration from Sato's work and involves the compound characterization, digitization, computational methods, and biochemical analysis of a historic group collection of steroids. The second project focuses on the synthesis of modified bile acids using Grignard, Wittig, cross-coupling, or cycloaddition reactions. The synthesized compounds were tested for their TGR5 and FXR activity, leading to the discovery of (E)-7-ethylidene-3α-hydroxy-5β- cholan-24-oic acid, which is known to be the only bile acid with TGR5/FXR dual action. In the last part of the Thesis, 16 oxidizing agents were tested on 5 substrates for their selectivity in oxidizing axial or equatorial hydroxyl groups. Disertační práce je rozdělena na tři projekty. První projekt se zabývá tvorbou knihovny sloučenin steroidních pregnanů, která byla použita k strukturně-aktivitní studii s receptory TGR5 a FXR. Projekt čerpá inspiraci z práce Satoa a zahrnuje charakterizaci sloučenin, digitalizaci, výpočetní metody a biochemickou analýzu historické kolekce steroidů. Druhý projekt se zaměřuje na syntézu analogů žlučových kyselin pomocí Grignardových, Wittigových, cross-coupling nebo cykloadičních reakcí. Syntetizované sloučeniny byly testovány na na receptorech TGR5 a FXR, což vedlo k objevu kyseliny (E)-7-ethyliden-3α-hydroxy-5β-cholan-24-ové, která je zatím jedinná žlučová kyselina s dvojitým účinkem na TGR5/FXR. V poslední části práce bylo na 5 substrátech testováno 16 oxidačních činidel pro jejich selektivitu v schopnosti oxidace axiálních nebo ekvatoriálních hydroxylových skupin. Výsledky ukazují, že u molekul obsahující obě hydroxylové skupiny jsou pro oxidaci ekvatoriálních hydroxylů optimální činidla na bázi nitroxidových radikálů, zatímco činidla Stevens nebo Dess−Martin jsou lepší pro oxidaci axiálních hydoxylů. Keywords: steroid; strukturně-aktivitní studie; TGR5 receptor; steroid; structure-activity relationship; TGR5 receptor Available in a digital repository NRGL
Syntéza steroidních modulátorů pro receptory žlučových kyselin

The Thesis comprises three major projects. The first project is concerned with the creation of a pregnane compound library that can be used to explore the structure-activity relationship with the TGR5 ...

Kašpar, Miroslav; Kudová, Eva; Drašar, Pavel; Kvasnica, Miroslav
Univerzita Karlova, 2024

Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability
Ehrenbergerová, Dominika; Havránek, Tomáš; Fungáčová, Zuzana; Jašová, Martina; Fidrmuc, Jarko
2024 - English
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstract This dissertation thesis consists of three empirical essays focusing on monetary policy, macroprudential policy, financial stability, and quantitative research synthesis of literature on a key economic parameter. The first essay presents a meta-analysis of the elasticity of substitution between capital and labor. We identify factors responsible for large values of the elasticity estimated in the literature-on average, 0.9-and find that the mean elasticity conditional on the absence of these factors is 0.3. To obtain this result, we collect 3,186 elasticity estimates reported in 121 studies and codify 71 variables that reflect the context in which researchers produce their estimates. We find publication bias is responsible for at least half of the overal reduction in the mean elasticity from 0.9 to 0.3. The empirical literature thus rejects the Cobb-Douglas specification. The second essay collects 1,555 estimates of the impact of short-term monetary policy rates on house prices from 37 individual studies. Several central banks have leaned against the wind in the housing market by increasing the policy rate preemptively to prevent a bubble. Yet, we show that the empirical literature provides mixed... Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstrakt Táto dizertačná práca pozostáva z troch empirických esejí zameraných na menovú politiku, makroprudenčnú politiku, finančnú stabilitu a kvantitatívnu syntézu literatúry o kľúčovom ekonomickom parametri. Prvá esej predstavuje metaanalýzu elasticity substitúcie medzi kapitálom a prácou. Identifikujeme faktory zodpovedné za vysoké hodnoty elasticity odhadovanej v literatúre - v priemere 0,9 - a zisťujeme, že priemerná elasticita podmienená absenciou týchto faktorov je 0,3. Na získanie tohto výsledku sme zhromaždili 3 186 odhadov elasticity uvedených v 121 štúdiách a nakódovali sme 71 premenných, ktoré odrážajú kontext, v ktorom výskumníci vytvárajú svoje odhady. Zistili sme, že publikačné skreslenie je zodpovedné za najmenej polovicu celkového zníženia priemernej elasticity z 0,9 na 0,3. Empirická literatúra teda odmieta Cobb-Douglasovu špecifikáciu. Druhá esej zhromažďuje 1 555 odhadov vplyvu krátkodobých menovopolitických sadzieb na ceny nehnuteľností z 37 samostatných štúdií. Niekoľko centrálnych bánk využilo politiku "leaning against the wind" na trhu s nehnuteľnosťami tým, že preventívne zvýšili úrokovú sadzbu, aby zabránili cenovej bubline. Ukazujeme však, že empirická literatúra poskytuje... Available in a digital repository NRGL
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability

Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstract This dissertation thesis consists of three empirical essays focusing on monetary ...

Ehrenbergerová, Dominika; Havránek, Tomáš; Fungáčová, Zuzana; Jašová, Martina; Fidrmuc, Jarko
Univerzita Karlova, 2024

Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
2024 - English
(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data provided by X-ray crystallography, NMR, or cryo-EM, they excel in providing insights into analyte dynamics, structure, and interactions with other components, such as ligands. This doctoral thesis presents a contribution to the field of structural biology employing and extending covalent labelling approaches, namely Fast Photochemical oxidation of Proteins (FPOP) and oxidation by singlet oxygen (1 O2). These approaches were followed to study the structure, dynamics, and interaction of proteins, nucleic acids, and protein-DNA complexes in solution. Initially, FPOP was used to investigate the interaction interface of FOXO4 and DAF16-DNA response element and to show the possibilities of analyzing such a complex using both 'bottom- up' and 'top-down' approaches. Furthermore, an isotope depletion strategy combined with multiCASI-ECD proved effective in delivering structural information with the highest possible resolution for mapping protein-DNA interfaces. This research showcases how information derived from structural proteomic methods can guide the construction of in-silico models for protein-DNA complexes with... (In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž... Keywords: Vodík-deuteriová výměna; rychlá foto-chemická oxidace bílkovin; hmotnostní spektrometrie; strutura bílkovin; komplexy bílkovin; Hydrogen-deuterium exchange; fast photo-chemical oxidation of proteins; mass spectrometry; protein structure; prottein complexes Available in a digital repository NRGL
Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.

(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data ...

Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
Univerzita Karlova, 2024

Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
2024 - English
(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention and became drug targets. However, the design of specific PPI and their modulation is challenging. Cytokine-receptor interactions are especially important in the regulation of the immune system. Interleukin-10 (IL-10) over-production results in excessive immunosuppressive effects, tumor growth and infection. The interaction between interferon gamma receptor 2 (IFN- γR2) and interferon gamma (IFN-γ) leads to activation of downstream signaling pathways but the mechanism of such interaction is elusive. Interleukin-24 (IL-24) is another cytokine that signals through receptors sharing the interleukin-20 receptor two (IL-20R2) subunit and has important roles in autoimmunity and cancer. The aims of this Ph.D. thesis are to study PPI from several aspects emphasizing their specificity. The first goal is to develop a novel protein scaffold and subsequently evolve it into a high-affinity binder specific for human IL-10. The second goal is to understand the structural basis for receptor specificity of human IFN-γ. The third goal is to modulate the binding affinity between human IL- 24 and its receptor IL-20R2 by... (CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních... Keywords: proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure Available in a digital repository NRGL
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace

(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention ...

Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases