Number of found documents: 9753
Published from to

Studie odezvy dráhového detektoru a měření neutrin v experimentu FASER
Zahorec, Samuel; Boyd, James; Kodyš, Peter
2024 - English
Performance studies of the tracking detector and measurement of collider neutrinos with FASER Bc. Samuel Zahorec May 2024 Abstract FASER started its operations in 2022 as one of the newest experiments at CERN. The main objective of the experiment is the search for rarely interacting neutri- nos and particles from the dark sector beyond the currently established Stan- dard Model. For this purpose, careful performance studies and calibration of the semiconductor tracking detector are inevitable to yield the correct track reconstruction results. The studies of the residuals and hit efficiencies of the semiconductor modules presented in this thesis show an improvement in the tracking with the progression of the data-taking and overall stability of the tracker performance. In addition, the thesis includes a description of the latest analysis of the neutrinos interacting in the target tungsten medium in front of the FASER, focusing mainly on the estimation of the systematic uncertainties originating from the detector response. Studie odezvy dráhového detektoru a měření neutrin v experimentu FASER Bc. Samuel Zahorec Květen 2024 Abstrakt FASER zahájil svou činnost v roce 2022 jako jeden z nejnovějších experimentů v CERNu. Hlavním cílem experimentu je hledání vzácně interagujících neu- trin a částic z temného sektoru nad rámec současného Standardního Modelu. Pro tento účel jsou nezbytné pečlivé studie odezvy a kalibrace polovodičového dráhového detektoru, aby byla dosažená co největší přesnost rekonstrukce tra- jektorií částic. Studie reziduí a efektivity polovodičových modulů prezentované v této práci ukazují zlepšení rekonstrukce s napředujícím sběrem dat a celkovou stabilitu odezvy dráhového detektoru. Dále práce obsahuje popis nejnovější analýzy neutrin interagujících v cílovém wolframovém médiu před FASERem, se zaměřením především na určení systematických nejistot pocházejících z odezvy detektoru. Keywords: FASER experiment|dráhový detektor|LHC|CERN; experiment FASER|tracking detector|LHC|CERN Available in a digital repository NRGL
Studie odezvy dráhového detektoru a měření neutrin v experimentu FASER

Performance studies of the tracking detector and measurement of collider neutrinos with FASER Bc. Samuel Zahorec May 2024 Abstract FASER started its operations in 2022 as one of the newest experiments ...

Zahorec, Samuel; Boyd, James; Kodyš, Peter
Univerzita Karlova, 2024

Vznik a regulace intraepiteliálních CD4+CD8a+ T buněk indukované SFB bakteriemi
Pacáková, Iva; Dobeš, Jan; Štěpánek, Ondřej
2024 - English
Segmented filamentous bacteria (SFB) are member of mice intestinal microbiota with very unique life strategy involving tight interaction with the host's intestinal epithelium. This association with intestinal epithelial cells (IECs) induces strong immune response characterized by Th17-mediated immune response. However, recent findings revealed that SFB induce also huge accumulation of CD4+ intraepithelial lymphocytes (IELs) by the upregulation of MHCII expression on IECs in an IFN-dependent manner. Likewise to SFB, Lactobacillus reuteri was recently found to have a similar capacity of IELs induction. In contrast to SFB, L.reuteri induces IELs through the activation of the Aryl hydrocarbon receptor (AhR) by its ligands, which originate from the metabolism of tryptophan amino acid. Moreover, L.reuteri cannot induce IELs by itself and needs a complex microbiota for this induction. However, if these two bacteria can cooperate in the induction of IELs remains unknown. This thesis focuses on the interaction of SFB and L.reuteri in the context of IELs induction and investigates the contribution of each bacteria to the IELs phenotype. Data presented in my thesis indicate that SFB induce accumulation of IELs, however, interaction of SFB and L.reuteri induce full cytotoxic activation and vesicle secretion... SFB bakterie jsou součástí myšího střevního mikrobiomu a vynikají unikátní životní strategií, která spočívá v těsné interakci se střevním epitelem hostitele. Tato asociace s epiteliálmními buňkami střeva indukuje silnou imunitní odpověď charakterizovanou indukcí Th17 lymfocytů. Nicméně, v nedávné době se ukázalo, že SFB indukují také obrovskou akumulaci CD4+ intraepiteliálních lymfocytů (IEL) pomocí indukce MHCII na epiteliálních buňkách, která je závislá na cytokinu IFN. Kromě toho bylo ukázáno, že Lactobacillus reuteri má podobnou schopnost indukovat IEL, podobně jako SFB. Na rozdíl od SFB však L.reuteri indukuje IEL přes aktivaci AhR pomocí jeho ligandu, který vzniká metabolismem tryptofanu. L.reuteri však neumí indukovat IEL sám a potřebuje k tomu širší kompozici mikrobiomu. Jestli tyto dvě bakterie spolupracují v indukci IEL však není známé. Tato diplomová práce se zabývá interakcí mezi SFB a L.reuteri v kontextu indukce IEL a podílem těchto bakterií na vzniku IEL. Předložená data naznačují, že SFB indukují akumulaci IEL, avšak společná interakce SFB a L.reuteri vyvolává plnou aktivaci a vezikulární sekreci efektorových molekul z indukovaných IEL. Další část mé diplomové práce se zabývá vlivem IFN a aktivace AhR na SFB-specifické IEL. Předložená data dále naznačují na základě vyšší akumulace... Keywords: SFB; Lactobacillus reuteri; intraepiteliální lymfocyty; AHR; imunitní systém střeva; Segmented filamentous bacteria; Lactobacillus reuteri; intraepithelial lymphocytes; aryl hydrocarbon receptor; intestinal immune system Available in a digital repository NRGL
Vznik a regulace intraepiteliálních CD4+CD8a+ T buněk indukované SFB bakteriemi

Segmented filamentous bacteria (SFB) are member of mice intestinal microbiota with very unique life strategy involving tight interaction with the host's intestinal epithelium. This association with ...

Pacáková, Iva; Dobeš, Jan; Štěpánek, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Vysokoteplotní LC-MS metoda pro bottom-up proteomické analýzy se sníženým výskytem artefaktů
Starovoit, Mykyta; Lenčo, Juraj; Sklenářová, Hana
2024 - English
Charles University, Faculty of Pharmacy Department of Analytical Chemistry Candidate: Mykyta Starovoit Supervisor: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Title of diploma thesis: A high-temperature LC-MS method for bottom-up proteomic analyses with reduced artifacts Proteomic bottom-up LC-MS analyses need more efficient chromatographic separation to keep up with the advances in mass spectrometry and fully exploit the potential of state-of- the-art MS instruments. Elevation of column temperature represents one of the most powerful and cost-effective means for improvement of separation performance. However, high temperature also promotes in-column modification of peptides, putting a spoke in the wheel of sophisticated proteomic analyses. The current method aims to minimize the formation of temperature-related artifacts via a novel high-flow trap-elute setup with differential column heating. The trap-elute setup reduces the time peptides spend in the heated separation column, resulting in fewer generated artifacts. This mitigates an important drawback of the high column temperature. At the same time, it does not diminish its positive effect on the separation performance. Consequently, the utilization of the elevated column temperature becomes more profitable. The proposed method reduced the artifact abundance... Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra analytické chemie Kandidát: Mykyta Starovoit Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Vysokoteplotní LC-MS metoda pro bottom-up proteomické analýzy se sníženým výskytem artefaktů Proteomické bottom-up LC-MS analýzy vyžadují účinnější chromatografickou separaci, aby udržely krok s rozvojem hmotnostní spektrometrie a plně tak využily potenciál i těch nejmodernějších MS přístrojů. Zvýšení teploty separační kolony představuje jedno z nejefektivnějších a nejdostupnějších řešení, jak separaci peptidů v proteomických aplikacích zlepšit. Vysoká teplota však zároveň vede ke vzniku nežádoucích modifikací v chemické struktuře peptidů, což proteomické analýzy významně komplikuje. Tato metoda je zaměřená na snížení výskytu artefaktů vznikajících na koloně za vysoké teploty. Řešením je zavedení nového vysokoprůtokového trap-elute systému za použití rozdílného vyhřívání kolon. Vyvinuté trap-elute uspořádání zkracuje čas, který peptidy stráví na vyhřívané separační koloně, což snižuje počet vzniklých modifikovaných peptidů. Zmirňuje to jeden z negativních následků využití zvýšené teploty, avšak neomezuje její pozitivní vliv na separační účinnost. Ve výsledku se použití vysoké teploty kolony stává výhodnější cestou ke zlepšení... Available in a digital repository NRGL
Vysokoteplotní LC-MS metoda pro bottom-up proteomické analýzy se sníženým výskytem artefaktů

Charles University, Faculty of Pharmacy Department of Analytical Chemistry Candidate: Mykyta Starovoit Supervisor: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Title of diploma thesis: A high-temperature LC-MS method ...

Starovoit, Mykyta; Lenčo, Juraj; Sklenářová, Hana
Univerzita Karlova, 2024

Návrh, příprava a strukturní studie biologicky relevantních variant enzymu karbonát lyáza IX
Fejfarová, Adéla; Maloy Řezáčová, Pavlína; Novotný, Marian
2024 - English
3 Abstract Carbonic anhydrase IX (CA IX) represents an attractive target for the development of anticancer drugs as it is overexpressed in various types of solid tumors. By its catalytic activity, CA IX assists the cancer cells to maintain the optimal intracellular pH and to acidify the extracellular milieu promoting tumor development. There are twelve enzymatically active carbonic anhydrases (CAs) present in human body, all sharing a high sequence identity and a typical β-sheet structural fold of the well-studied catalytic domain. Although, the activity of CAs is efficiently inhibited by sulfonamide-containing compounds, the design of inhibitor selective to the cancer-related CA IX has been hampered by the high sequence conservation. CA IX has several unique features compared to other members of the family, which investigation may help in the development of selective drug compounds. Namely, it is a type I transmembrane dimeric protein with unique N-terminal proteoglycan-like (PG) domain, extracellular catalytic domain, and short cytoplasmic C-terminal segment. The above denoted traits make CA IX subject of structure-based drug design efforts. However, the expression and purification in high yield as well as crystallization experiments has been challenging. Therefore, protein variant bearing six amino acid... 4 Abstrakt Lidská karbonát lyáza IX (CA IX) je enzym nadměrně produkovaný v různých typech nádorů, díky čemuž představuje atraktivní cíl pro vývoj protinádorových léčiv. Nádorovým buňkám tento enzym pomáhá udržovat optimální intracelulární pH a okyselováním vnějšího prostředí podporuje růst nádoru. V lidském těle existuje 12 enzymaticky aktivních izoforem karbonát lyáz, které sdílejí sekvenčně a strukturně konzervovanou katalytickou doménu tvořenou převážně β-listy. Přestože je aktivita těchto enzymů účinně inhibovaná látkami obsahující sulfonamidovou funkční skupinu, vysoká sekvenční konzervovanost katalytické domény znesnadňuje návrh inhibitorů selektivních pro CA IX. K vývoji selektivních léčiv by mohl pomoc výzkum specifických vlastností CA IX. CA IX je transmembránový protein typu I tvořící dimer a obsahující unikátní N-koncovou "proteoglycan-like" doménu, mimobuněčnou katalytickou doménu a krátký cytoplazmatický C-koncovým segment. Z výše popsaných důvodů je karbonát lyáza IX předmětem pro strukturou-inspirovaný návrh léčiv. Avšak exprese a purifikace tohoto proteinu ve vysokých výtěžcích, stejně jako jeho krystalizace se ukázala být komplikovaná. Z tohoto důvodu byla připravena varianta CA IX obsahující šest aminokyselinových záměn pro rekombinantní expresi v E. coli. Některé z těchto šesti... Keywords: Rakovina; nádor; karbonát lyáza; strukturní studie; RTG krystalografie; NMR spektroskopie; Cancer; tumor; carbonic anhydrase; structural study; X-ray crystallography; NMR spectroscopy Available in a digital repository NRGL
Návrh, příprava a strukturní studie biologicky relevantních variant enzymu karbonát lyáza IX

3 Abstract Carbonic anhydrase IX (CA IX) represents an attractive target for the development of anticancer drugs as it is overexpressed in various types of solid tumors. By its catalytic activity, CA ...

Fejfarová, Adéla; Maloy Řezáčová, Pavlína; Novotný, Marian
Univerzita Karlova, 2024

Role CKAP5 v zprostředkování interakce mezi aktinovým a mikrotubulárním cytoskeletem
Dujava Ždímalová, Michaela; Lánský, Zdeněk; Middelkoop, Teije Corneel
2024 - English
Dynamic changes in cytoskeletal architecture are essential for many crucial events throughout lives of all cells. One of the examples is neuronal pathfinding, ensured by specialized axonal structures enriched in actin and microtubule cytoskeleton, known as neuronal growth cones. Growth cones act as motile sensors and navigators, as the tight regulation of their actin and microtubule cytoskeleton results in directed axonal outgrowth guided towards the proper targets, which is crucial for processes such as synaptogegnesis or regeneration. Recently, protein CKAP5 (previously described as a microtubule + tip polymerase) has been proposed to facilitate actin-microtubule crosstalk in growth cones, indispensable for their proper functioning. Here, we combine the power of in vitro reconstitution assays with total internal reflection fluorescence microscopy to explore the underlying mechanism of CKAP5 actions. Our findings confirm that CKAP5 also associates with actin filaments and indeed, recruits them to the microtubule lattice. Furthermore, we describe a remarkable behavior of dynamic system containing CKAP5 and both, microtubules and actin filaments, wherein actin bundles are templated along dynamic microtubules by CKAP5. Importantly, upon microtubule depolymerization, the corresponding actin bundle can... Dynamické zmeny v usporiadaní cytoskeletu sú nevyhnutné pre mnoho dôležitých udalostí v živote buniek. Jedným z príkladov je navigácia rastu neurónov k ich správnym cieľom. K tomuto procesu slúžia špeciálne axonálne štruktúry známe ako neurónové rastové kužele, ktoré slúžia ako dynamické senzory a navigátory. Regulácia dynamiky ich aktínového a mikrotubulárneho cytoskeletu vedie k riadenému rastu axónov smerom k hľadaným cieľom, čo je kľúčové pre procesy ako tvorba synapsií alebo ich regenerácia. Proteín CKAP5 bol nedávno navrhnutý ako potenciálny regulátor komunikácie medzi aktínom a mikrotubulami v rastových kužeľoch, pričom táto komunikácia je nevyhnutá pre ich správne fungovanie. V tejto práci kombinujeme in vitro rekonštitučné experimenty s TIRF mikroskopiou za cieľom detailne preskú- mať mechanizmus tejto interakcie. Naše výsledky demonštrujú, že CKAP5 (pôvodne známy hlavne ako mikrotubulárna polymeráza) je tiež schopný interagovať s aktínovými vláknami a navyše ich prepájať s mikrotubulami. Ďalej popisujeme pozoruhodné správanie dynamického systému obsahujúceho CKAP5, mikrotubuly a aktínové vlákna, kedy CKAP5 formuje aktínové zväzky pozdĺž dynamických mikrotubúl. Zaujímavé je, že aj po depolymer- izácii mikrotubulu sa príslušný aktínový zväzok nerozpadá, ale pretrváva a slúži ako "koľajnica"... Keywords: neuronálne rastové kužele; medzi-cytoskeletálna interakca; aktín; mikrotubuly; CKAP5; in vitro rekonštitúcie; TIRF mikroskopia; neuronal growth cones; cytoskeletal crosstalk; actin filaments; microtubules; CKAP5; in vitro reconstitution; TIRF microscopy Available in a digital repository NRGL
Role CKAP5 v zprostředkování interakce mezi aktinovým a mikrotubulárním cytoskeletem

Dynamic changes in cytoskeletal architecture are essential for many crucial events throughout lives of all cells. One of the examples is neuronal pathfinding, ensured by specialized axonal structures ...

Dujava Ždímalová, Michaela; Lánský, Zdeněk; Middelkoop, Teije Corneel
Univerzita Karlova, 2024

Optineurin jako regulátor vnitrobuněčného transportu
Ondrúšková, Denisa; Lánský, Zdeněk; Štěpánek, Luděk
2024 - English
Intracellular transport of mitochondria and other cell components along microtubules is fundamental in all cells, especially in neurons. The anterograde mitochondrial transport is driven by molecular motor kinesin-1 (KIF5), which is connected to mitochondria through the adaptor protein TRAK1. Recently, a less explored protein, optineurin (OPTN), has emerged as a novel regulator of this transport. Together with our collaborators, we show in our recent study that anterograde mitochondrial transport in mice is regulated by OPTN. Additionally, we show that OPTN is a microtubule-associated protein (MAP) that can interact with the KIF5B-TRAK1 complex, enhancing its run length, run time, and landing rate on microtubules. Since OPTN was just discovered as a new MAP, little is known about its interaction with microtubules. In this work, we show how OPTN interacts with differently post-translationally modified microtubules and different microtubule isoforms. Using an in vitro reconstitution assay, we show that OPTN prefers unmodified over highly post-translationally modified microtubules and forms regions of high affinity (patches) on them. Furthermore, OPTN shows isoform specific binding with significantly higher affinity to the α1β4 isoform compared to the α1β3 isoform. Unlike its interaction with... Vnútrobunkový transport mitochondrií a ďalších bunkových komponentov pozdĺž mikrotubulov je nevyhnutný pre všetky bunky a najmä pre neuróny. Anterográdny mitochondriálny transport je poháňaný molekulárnym motorom, kinezínom-1 (KIF5), ktorý je cez adaptorový proteín TRAK1 prepojený s mitochondriou. Optineurín (OPTN) bol iba nedávno objavený ako nový regulátor tohto mitochondriálneho transportu. V našej nedávnej štúdii sme spolu s našimi spolupracovníkmi ukázali, že anterográdny mitochondriálny transport u myší je regulovaný Optineurínom. Taktiež sme ukázali, že OPTN je proteín associovaný s mikrotubulami (MAP), ktorý môže interagovať s KIF5B-TRAK1 komplexom, a tým predĺžiť jeho prejdenú vzdialenosť, čas zotrvania a množstvo dopadov na mikrotubuly. Keďže OPTN je novým proteínom asociovaným s mikrotubulami iba veľmi málo sa vie o jeho spôsobe interakcie s mikrotubulami. V tejto práci ukazujeme ako OPTN interaguje s rôzne post- translačne modifikovanými mikrotubulami a rôznymi izoformami mikrotubulov. Pomocou in vitro rekonštitúcie sme ukázali, že OPTN uprednostňuje nemodifikované pred vysoko post- translačne modifikovanými mikrotubulmi a vytvára na nich oblasti s vysokou afinitou (patches). Okrem toho sa ukázalo, že OPTN má výrazne vyššiu afinitu k α1β4 izoforme v porovnaní s α1β3 izoformou. Avšak, na... Available in a digital repository NRGL
Optineurin jako regulátor vnitrobuněčného transportu

Intracellular transport of mitochondria and other cell components along microtubules is fundamental in all cells, especially in neurons. The anterograde mitochondrial transport is driven by molecular ...

Ondrúšková, Denisa; Lánský, Zdeněk; Štěpánek, Luděk
Univerzita Karlova, 2024

tRNA syntetázy jako potenciální RNA čepičkovací enzymy
Říha, Jan; Macíčková Cahová, Hana; Brázdovič, Filip
2024 - English
(EN) A novel type of non-canonical 5′ RNA caps, dinucleoside polyphosphate RNA caps, has recently been discovered in our laboratory. To elucidate the physiological role of these caps, more detailed information about their synthesis is essential. It has been already described that dinucleoside polyphosphate RNA caps (NpnN-RNA caps) can be accepted by RNA polymerase during transcription as a non-canonical initiating nucleotide (NCIN). However, the possibility that NpnN-RNA caps are created post- transcriptionally cannot be ruled out. The best candidates for post-transcriptional capping enzymes are aminoacyl-tRNA synthetases, which, besides their crucial role in translation, are responsible for the synthesis of free dinucleoside polyphosphates. In this thesis, four E. coli tRNA synthetases have been selected, cloned into plasmids, and purified using fast protein liquid chromatography (FPLC). Subsequently, selected tRNA synthetases have been tested for the production of free dinucleoside polyphosphate. These experiments have identified the optimal conditions for production of free dinucleoside polyphosphates, diadenosine tetraphosphate (Ap4A) particularly. The tRNA synthetases were then tested for their capabilities to form an RNA cap on in vitro transcribed radioactively labelled RNA. We found that... (CZ) V naší laboratoři byl nedávno objeven nový typ nekanonických RNA čepiček, obsahujících dinukleosid polyfosfáty. Abychom mohli objasnit jejich fyziologickou roli, je potřeba získat více informací o jejich syntéze v buňkách. Na základě nedávno publikovaných výsledků, dinukleosid polyfosfátové RNA (NpnN-RNA) mohou vznikat při transkripci přímou inkorporací dinukleosid polyfosfátů pomocí RNA polymerázy na počátek nově vznikajícího transkriptu (takzvaný nekanonický iniciační nukleotid). Nelze vyloučit i jiné možnosti syntézy NpnN čepičkované RNA, především jejich enzymatickou post-transkripční syntézu. Jedny z nejpravděpodobnějších kandidátů pro enzym vytvářející NpnN-RNA jsou aminoacyl-tRNA syntetázy. Tyto enzymy jsou, kromě své esenciální role v translaci, odpovědny za syntézu volných dinukleosid polyfosfátů v buňce. V této práci jsme vybrali čtyři tRNA syntetázy, klonovali je do plazmidů a purifikovali pomocí proteinové kapalinové chromatografie (fast protein liquid chromatography - FPLC). Následně byly tRNA syntetázy testovány pro syntézu volných dinukleosid polyfosfátů, díky čemuž jsme zjistili optimální reakční podmínky. Za daných reakčních podmínek jsme následně testovali, zda jsou tRNA syntetázy schopny vytvořit NpnN-RNA, a to pomocí reakce tRNA syntetáz s radioaktivně značenou RNA. Získané... Keywords: tRNA syntetázy; RNA čepičkování; prokaryotická RNA; RNA modifikace; tRNA synthetase; RNA capping; prokaryotic RNA; RNA modifications Available in a digital repository NRGL
tRNA syntetázy jako potenciální RNA čepičkovací enzymy

(EN) A novel type of non-canonical 5′ RNA caps, dinucleoside polyphosphate RNA caps, has recently been discovered in our laboratory. To elucidate the physiological role of these caps, more detailed ...

Říha, Jan; Macíčková Cahová, Hana; Brázdovič, Filip
Univerzita Karlova, 2024

Molekulární mechanizmy Bardet-Biedlova syndromu
Mašková, Kristýna; Huranová, Martina; Doubravská, Lenka
2024 - English
Bardet-Biedl Syndrome (BBS) is a rare genetic disease categorized under ciliopathies; a group of diseases linked to primary cilia dysfunction. Primary cilia, also known as cellular antennae, play a vital role in sensing extracellular stimuli and transducing them through various signalling cascades. Proper cilia function and signalling depends on multiple ciliary proteins, with eight of them forming a BBSome complex. The BBSome is involved in the transport of proteins into and out of the cilia. Mutations in genes encoding BBSome complex lead to BBS. Among these genes, BBS1, which encodes the BBS1 subunit of the BBSome, is notably highly mutated compared to others. This thesis focuses on the BBS1 subunit and aims to investigate the molecular mechanisms underlying three specific BBS patients' mutation located in BBS1: M390R, E224K, R160Q. In the first part, we validated the expression of these selected BBS1 variants and examined their effects on the expression of other BBSome subunits. We observed decreased expression levels of BBS4 and BBS5 subunits in the presence of M390R and E224K mutations. Secondly, we assessed BBSome assembly in the context of these mutations, showing that R160Q mutation did not impair BBSome assembly, whereas assembly was severely disrupted in the presence of M390R variant,... Bardet-Biedlův syndrom (BBS) je vzácné genetické onemocnění řazené mezi ciliopatie, což je skupina onemocnění souvisejících s primární dysfunkcí cilií. Primární cilie, také známé jako buněčné antény, hrají zásadní roli při vnímání extracelulárních podnětů a jejich přenosu prostřednictvím různých signálních kaskád. Správná funkce cilií signalizace závisí na mnoha ciliárních proteinech, přičemž osm z nich formuje komplex BBSome. BBSome se podílí na transportu proteinů do a z cilií. Mutace v genech kódujících BBSome vedou k BBS. Mezi těmito geny je i BBS1, který kóduje podjednotku BBS1, která je ve srovnání s ostatními podjednotkami výrazně mutována. Tato práce se zaměřuje na podjednotku BBS1 a jejím cílem je pak prozkoumat molekulární mechanismy, které jsou základem tří specifických pacientských mutací lokalizovaných v BBS1: M390R, E224K, R160Q. V první části práce jsme ověřili expresi těchto vybraných variant BBS1 a zkoumali jejich účinky na expresi dalších podjednotek BBSomu. Pozorovali jsme snížené hladiny exprese podjednotek BBS4 a BBS5 v přítomnosti mutací M390R a E224K. Za druhé jsme hodnotili formování BBSomu v kontextu těchto mutací. Popsali jsme, že mutace R160Q nenarušila sestavení BBSomu, zatímco formování BBSomu bylo vážně narušeno v přítomnosti varianty M390R a pak částečně narušeno u... Keywords: Bardet-Biedlův syndrom; ciliopatie; cilie; BBSome; BBS1; transport proteinů; BBS1-R160Q; BBS1-E224K; BBS1-M390R; Bardet-Biedl Syndrome; ciliopathy; cilia; BBSome; BBS1; protein transport; BBS1-R160Q; BBS1-E224K; BBS1-M390R Available in a digital repository NRGL
Molekulární mechanizmy Bardet-Biedlova syndromu

Bardet-Biedl Syndrome (BBS) is a rare genetic disease categorized under ciliopathies; a group of diseases linked to primary cilia dysfunction. Primary cilia, also known as cellular antennae, play a ...

Mašková, Kristýna; Huranová, Martina; Doubravská, Lenka
Univerzita Karlova, 2024

Regulace hladiny intracelulárního vápníku jako nástroj kontroly cytotoxicity NK buněk.
Graman, Vojtěch; Frič, Jan; Šimíček, Michal
2024 - English
NK cells, a subset of innate lymphoid cells, play a crucial role in recognizing and eliminating virally infected or cancerous cells, making them a promising cell-based immunotherapy for AML patients. However, NK cell-based immunotherapies face unforeseen efficacy problems. Intracellular Ca2+ signalling was shown to play a crucial part in NK cell cytotoxicity. Maintaining the intricate balance of intracellular Ca2+ signalling is vital for NK cell-mediated target cell killing. In the complex microenvironment of the patient's body, NK cells encounter various stimuli, which can potentially disrupt the balance of intracellular Ca2+ signalling. Stimulation of PRRs was shown to affect intracellular Ca2+ , further influencing overall NK cell cytotoxicity. This study investigated the impact of TLR stimulation on Ca2+ signalling and NK cell functions. The effect of TLR stimulation was assessed using Ca2+ influx measurement, functional cytotoxicity, and degranulation assay, as well as gene expression analysis. Exposure to TLR ligands resulted in elevation of intracellular Ca2+ levels, accompanied by a reduction of cytotoxic activity at low effector-to-target ratios. An increasing trend in degranulation was observed. Furthermore, gene expression analysis unveiled upregulation of NFAT and Orai1 in NK cells... NK buňky, podskupina přirozených lymfoidních buněk, hrají klíčovou roli při rozpoznávání a eliminaci virem infikovaných a rakovinných buněk, což z nich činí slibnou buněčnou imunoterapii pro pacienty trpící AML. Imunoterapie založené na NK buňkách však čelí nepředvídaným problémům s účinností. Ukázalo se, že intracelulární Ca2+ signalizace hraje klíčovou roli pro cytotoxicitu NK buněk. Udržování složité rovnováhy intracelulární Ca2+ signalizace je životně důležité pro NK buňkami zprostředkované zabíjení cílových buněk. V komplexním mikroprostředí těla pacienta se NK buňky setkávají s různými podněty, které mohou potenciálně narušit rovnováhu intracelulární Ca2+ signalizace. Ukázalo se, že stimulace PRR ovlivňuje intracelulární Ca2+ a tak i celkovou cytotoxicitu NK buněk. Tato studie zkoumala dopad stimulace TLR na signalizaci Ca2+ a funkce NK buněk. Účinek stimulace TLR byl hodnocen měřením influxu intracelulárního Ca2+ , funkčního cytotoxicitckého a degranulačního testu, stejně jako analýzy genové exprese. Expozice TLR ligandům měla za následek zvýšení intracelulárních hladin Ca2+ , doprovázené snížením cytotoxické aktivity v nízkých poměrech efektorů k cílovým buňkám. Byl pozorován rostoucí trend v degranulaci. Kromě toho analýza genové exprese odhalila zvýšení exprese NFAT a Orai1 u NK buněk... Keywords: NK buňka; buněčná cytotoxicita; imunoterapie; akutní myeloidní leukemie; NK cells; cytotoxicity; immunotherapy; acute myeloid leukemia Available in a digital repository NRGL
Regulace hladiny intracelulárního vápníku jako nástroj kontroly cytotoxicity NK buněk.

NK cells, a subset of innate lymphoid cells, play a crucial role in recognizing and eliminating virally infected or cancerous cells, making them a promising cell-based immunotherapy for AML patients. ...

Graman, Vojtěch; Frič, Jan; Šimíček, Michal
Univerzita Karlova, 2024

Zkušenostní a interpersonální významy v textech nabízejících zboží: analýza komerčních webových stránek zaměřených na muže a ženy
Dombajová, Helena; Pípalová, Renata; Lancová, Klára
2024 - English
The present diploma thesis investigates meanings in product-related texts found on brands' online shopping websites. The thesis aims to identify the meanings which are communicated in relation to the products offered and additionally, attempt to uncover potential differences in communication with male and female customers. To fulfil these objectives, a specialized corpus was assembled, comprising product-related texts from nine brands grouped around three product types - sport shoes, body lotions along with creams, and luxury watches. The texts were subsequently analysed employing Halliday's Systemic Functional Grammar (SFG) as the analytical framework. Two types of meanings, experiential and selected interpersonal meanings, were analysed, with the former being the focus of the analysis and the latter playing a complementary role. In order to offer functional explanations for observed patterns, the findings were contextualised with brand identity information. Results indicate a close interconnection between the selection of experiential and interpersonal meanings and brand identity characteristics. Furthermore, the study identifies subgenres of the examined product-related texts as well as gender-specific communication strategies related to the presented brand image, the depiction of product's positive... Tato diplomová práce zkoumá výběr významů v průvodních textech k produktům zveřejněných na e-shopech vybraných značek. Cílem práce je určit, které významy jsou komunikovány zákazníkům v souvislosti s nabízenými produkty a odhalit potenciální rozdíly v komunikaci se zákazníky mužského a ženského pohlaví. Pro splnění těchto cílů byl sestaven specializovaný korpus, který obsahuje texty devíti značek seskupených kolem tří typů produktů - sportovní obuvi, tělových mlék spolu s krémy a luxusních hodinek. Texty byly analyzovány s využitím Hallidayovy systémové funkční gramatiky (SFG) jako analytického rámce. Analyzovány byly dva typy významů, zkušenostní a vybrané interpersonální významy, přičemž první z nich byl těžištěm analýzy a druhý hrál doplňkovou roli. Zjištění byla usouvztažněna s informacemi o identitě značky, aby bylo možné nabídnout funkční vysvětlení zjištěných vzorců. Výsledky naznačují úzké propojení mezi výběrem zkušenostních a interpersonálních významů a charakteristikami identity značky. Studie dále identifikuje subžánry zkoumaných textů, jakož i komunikační strategie specifické pro jednotlivá pohlaví, které souvisejí s prezentovanou image značky, zobrazováním kladných vlastností produktů a cílením na zákazníky. Tato práce rovněž nastiňuje pozorovanou strategii genderového cílení v souvislosti s... Keywords: zkušenostní významy; interpersonální významy; korpus; značky; marketing; gender; průvodní texty k produktům; experiential meanings; interpersonal meanings; corpus; brands; marketing; gender; product-related texts Available in a digital repository NRGL
Zkušenostní a interpersonální významy v textech nabízejících zboží: analýza komerčních webových stránek zaměřených na muže a ženy

The present diploma thesis investigates meanings in product-related texts found on brands' online shopping websites. The thesis aims to identify the meanings which are communicated in relation to the ...

Dombajová, Helena; Pípalová, Renata; Lancová, Klára
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases