Yes (5076)
No (23)
Used filters
(3)
Number of found documents:
5099
Published from
to
Detekce podobných vazebných míst v databázích proteinových struktur
Telčer, Jakub; Hoksza, David; Galgonek, Jakub
2024 - English
The evaluation of protein-ligand binding site similarity is crucial in many fields, from drug repurposing trials to evolutionary studies. Current state-of-the- art methods achieve good results on the benchmarking datasets. However, the current approaches operate over pairs of binding sites and are not applicable for searching databases of unprocessed protein structures. In cases when the binding sites are unknown, they have to be firstly located by using binding site prediction algorithms. That significantly increases the upfront costs of creating large databases of similar binding sites. This work covers the current methods for assessing binding site similarity and explores the possibility of fast searching of large databases of related structures by presenting a simple method that allows faster than linear search without the need for identification of the precise locations of the putative binding sites. The proposed approach shows promising preliminary results that merit further investigation, although more insight is still needed. Vyhodnocování podobnosti protein-ligand vazebných míst je důležité v mnoha oblastech, jako je výzkum nových využití stávajících léčiv nebo evoluční studie. Nejmodernější současné přístupy dosahují dobrých výsledků, ale pracují pouze s definovanými vazebnými místy, což není možné v nepředzpracovaných pro- teinových databázích. Pokud tato místa nejsou známá, je nejprve nutné prohledat proteinové struktury nástroji pro jejich predikci. To významně navyšuje cenu velkých databází podobných vazebných míst. Tato práce se zaměřuje na popis stávajících metod pro hodnocení podobnosti protein-ligand vazebných míst a zkoumá možnosti rychlého vyhledávání podobných míst ve velkých databázích příbuzných struktur. Je zde navržena jednoduchá metoda umožňující rychlejší než lineární vyhledávání bez nutnosti predikce potenciálních vazebných míst. Předběžné výsledky naznačují, že tento přístup je hoden další pozornosti, ačkoliv je stále zapotřebí více vhledu do dané problematiky.
Keywords:
protein-ligandové interakce; vazebná místa; podobnost; databázovévyhledávání; protein-ligand interaction; binding site; similarity; database searching
Available in a digital repository NRGL
Detekce podobných vazebných míst v databázích proteinových struktur
The evaluation of protein-ligand binding site similarity is crucial in many fields, from drug repurposing trials to evolutionary studies. Current state-of-the- art methods achieve good results on the ...
Analýza mezibuněčné komunikace v jednobuněčné a prostorové transkriptomice
Laitl, Matouš; Valihrach, Lukáš; Pfeiferová, Lucie
2024 - English
Intercellular communication orchestrates important tissue processes in all multicellular organisms. Recent advantages in single-cell and spatial transcriptomics unveil new possibilities in analysing cell-cell communica- tion. Up-to-date workflows of both revolutionary methods are described and complemented with relevant novel tools. By merging detailed genome- wide single-cell sequencing information with preserved spatial context, it is possible to capture tissue organisation in great detail. Knowledge-graph- based tool SpaTalk is used to reveal signalling pathways in mouse brain after cerebral ischaemia. The results show significant role of adhesion-related and tissue-densification-related signalling events in the intercellular communica- tion at the lesion border. Detailed signalling mechanisms among proliferating microglia, astrocytes, and oligodendrocytes ongoing in the lesion are also re- vealed. Mezibuněčná komunikace řídí důležité procesy v tkáních všech mnohobu- něčných organismů. Nedávné pokroky v oblastech jednobuněčné a prostorové transkriptomiky otevřely nové možnosti analýzy mezibuněčných komunikací. V práci jsou uvedeny současné postupy obou těchto revolučních metod do- plněny o relevantní nástroje. Spojením detailní celogenomové jednobuněčné sekvenace se zachovanou prostorovou informací je možné zachytit detaily v organizaci tkáně. Nástroj SpaTalk je použit pro analýzu signalizačních drah v myším mozku postiženém cerebrální ischemií. Výsledky analýzy ukazují význam mezibuněčné komunikace spojené s adhezí a kompaktací tkáně na hranici léze. Práce také odkrývá signalizační mechanismy mezi buňkami pro- liferujících mikroglií, astrocytů a oligodendrocytů.
Keywords:
Mezibuněčná komunikace; jednobuněčná transkriptomika; prostorová transkriptomika; datová analýza; Cell-cell communication; single-cell transcriptomics; spatial transcriptomics; data analysis
Available in a digital repository NRGL
Analýza mezibuněčné komunikace v jednobuněčné a prostorové transkriptomice
Intercellular communication orchestrates important tissue processes in all multicellular organisms. Recent advantages in single-cell and spatial transcriptomics unveil new possibilities in analysing ...
Simulace obtékání pohoří pomocí smoothed particle hydrodynamics
Belán, Kamil; Pavelka, Michal; Klika, Václav
2024 - English
The method of Smoothed Particle Hydrodynamics is applied to the phenomenon of mountain waves - atmospheric internal gravity waves generated by flows over topogra- phy. General aspects of the method and the alternative derivations of the theory using Hamiltonian continuum mechanics are discussed. The basic explanation of the physical mechanisms that generate the internal gravity waves and the review of the current state of the numerical simulation of the matter are provided. A code in the Julia programming language is written to simulate the phenomenon of mountain waves using the symplec- ticity of the SPH equations by utilizing a symplectic integrator. The results obtained are compared to those from the literature, and the applicability of the SPH method in meteorology is also discussed. 1 Numerická metoda Smoothed Particle Hydrodynamics je aplikována na zkoumání fenoménu atmosférických vnitřních gravitační vln generovaných při proudění přes horský terén. Kromě obecných aspektů této metody je v text uvedeno alternativní odvození řidicích rovnic pomocí Hamiltonovské formulace mechaniky kontinua. Základní fyzikální podstata vzniku vnitřních gravitačních vln je doplněna přehledem současného stavu nu- merických simulací atmosférických gravitačních vln. Kód simulací je napsán v pro- gramovacím jazyce Julia a při implementaci je využito symplektičnosti SPH rovnic v podobě použití symplektického integrátoru. Získané výsledky jsou porovnány s dostup- nou literaturou a závěr je věnován diskuzi použití metody SPH v kontextu meteorologie. 1
Keywords:
smoothed particle hydrodynamics|meteorologie|vnitřní gravitační vlny; smoothed particle hydrodynamics|meteorology|internal gravity waves
Available in a digital repository NRGL
Simulace obtékání pohoří pomocí smoothed particle hydrodynamics
The method of Smoothed Particle Hydrodynamics is applied to the phenomenon of mountain waves - atmospheric internal gravity waves generated by flows over topogra- phy. General aspects of the method ...
Zdrojové oblasti slunečních radiových emisí typu III
Formánek, Tomáš; Santolík, Ondřej; Krupař, Vratislav
2024 - English
Investigating the source regions of solar type III radio emissions, this thesis focuses on understanding the generation and properties of Langmuir waves. Beginning with an introduction to solar wind dynamics and kinetic plasma theory, we lay the theoretical groundwork for numerically solving the hot plasma dispersion relation. Utilizing obser- vational electron velocity distribution data collected by the Solar Orbiter spacecraft, we develop models of the electron velocity distribution function. We explore the stability of the electron distributions using the ALPS dispersion relation solver. We investigate the properties of observed electric waveforms by performing a Hilbert transformation, revealing the presence of multiple wave modes and their frequency distributions. This thesis contributes to our understanding of the mechanisms underlying the generation of type III radio emissions in the solar wind, particularly studying the growth of Langmuir waves. 1 V této práci se zabýváme výzkumem zdrojových oblastí slunečních rádiových emisí typu III se zaměřením na růst a vlastnosti Langmuirových vln. Počínaje přehledem dy- namiky slunečního větru a kinetické teorie plazmatu uvádí-me teoretický základ pro num- erické řešení disperzní relace v horkém plazmatu. S využitím naměřených částicových dat ze sondy Solar Orbiter vyvíjíme modely rychlostní rozdělovací funkce elektronů. Pomocí numerického řešiče disperzní relace ALPS dále zkoumáme stabilitu rozdělení elektronů. Pomocí Hilbertovy transformace provádíme analýzu vlastností pozorovaných elektrick- ých vln. Odha-lujeme přítomnost více vlnových módů a jejich frekvenční rozložení. Tato práce přispívá k pochopení mechanismů, které hrají roli ve vzniku rádiových emisí typu III ve slunečním větru, se zaměřením na růst Langmuirových vln. 1
Keywords:
sluneční vítr|vlny a nestability v plazmatu|sluneční radiové emise; solar wind|waves and instabilities in plasmas|solar radio emissions
Available in a digital repository NRGL
Zdrojové oblasti slunečních radiových emisí typu III
Investigating the source regions of solar type III radio emissions, this thesis focuses on understanding the generation and properties of Langmuir waves. Beginning with an introduction to solar wind ...
Hodnocení programů pro předpověď klinické významnosti mutací ve fibrinogenu
Gregušová, Anna; Sovová, Žofie; Melicherčík, Milan
2024 - English
This bachelor's thesis compares the reliability of predicting the pathogenicity of mutations in the γ chain of fibrinogen using various predictive algorithms. The work is designed as a "blind study," where we investigate the potential pathogenicity of 70 missense mutations described in the literature. To analyse the reliability of the individual programs, we used statistical metrics, specifically sensitivity, specificity, accuracy, and Matthews correlation coefficient. We tested the following programs PANTHER-PSEP, PMut, SNPs&GO, PhD-SNP, SIFT, Mutation Taster, PolyPhen2, and Provean. These are introduced in the introductory theoretical part, which also describes fibrinogen, its role in blood clotting, and diseases related to mutations in fibrinogen. The comparison showed that the quality of predictions by the various programs differs significantly. Programs more reliable predict pathogenic than benign mutations. Tato bakalářská práce porovnává spolehlivost předpovědi patogenicity mutací v γ řetězci fibrinogenu pomocí různých předpovědních algoritmů. Práce je koncipována jako tzv. "slepá studie", kde zkoumáme potenciální patogenicitu 70 missense mutací popsaných v literatuře. Pro analýzu spolehlivosti jednotlivých programů jsme použili statistické metriky, konkrétně citlivost, specificitu, přesnost a Matthewsův korelační koeficient. Jednotlivé testované programy, jmenovitě PANTHER-PSEP, PMut, SNPs&GO, PhD-SNP, SIFT, Mutation Taster, PolyPhen2 a Provean jsou představeny v úvodní, teoretické, části, která dále seznamuje čtenáře s fibrinogenem, jeho rolí při srážení krve a s chorobami souvisejícími s mutacemi ve fibrinogenu. Porovnání ukázalo, že se kvalita předpovědí pomocí jednotlivých programů velmi liší. Programy spolehlivěji předpoví patogenní než benigní mutaci.
Keywords:
Mutace v proteinech; Missense mutace; Spolehlivost předpovědi,Koagulační kaskáda; Mutations in proteins; Missense mutations; Coagulation cascade; Reliability of prediction
Available in a digital repository NRGL
Hodnocení programů pro předpověď klinické významnosti mutací ve fibrinogenu
This bachelor's thesis compares the reliability of predicting the pathogenicity of mutations in the γ chain of fibrinogen using various predictive algorithms. The work is designed as a "blind study," ...
Optická a magnetooptická spektroskopie ferimagnetických materiálů
Kos, Petr; Veis, Martin; Hamrle, Jaroslav
2024 - English
This thesis focuses on ferrimagnetic Mn4N thin films and their gallium-doped versions. Magnetooptical properties of several pure and gallium-doped Mn4N thin films were examined using spectral magnetooptical Kerr effect (MOKE) measurements and spectroscopic ellipsometry. Spectral dependencies of the di- agonal permittivity tensor elements were calculated from ellipsometry results and compared. MOKE rotation and ellipticity spectra were also measured and compared. In the case of pure Mn4N samples, MOKE spectra were compared with theoretical data from literature to determine which proposed ferrimagnetic structures may be present in the samples. The ferrimagnetic structure FIMA exhibited the best agreement with experimental data. The possibility of the presence of mixed FIMA and ncFIM phases was also explored. Temperature- dependent spectral MOKE measurements were used to study compensation tem- perature. A shift of the compensation temperature from above to below room temperature was observed between doped Mn4−xGaxN samples with x = 0.11 and x = 0.20, agreeing with literature. 1 Tato práce se zaměřuje na ferimagnetické tenké vrstvy Mn4N a jejich galiově dopované verze. Magnetooptické vlastnosti několika čistých a galiově dopo- vaných tenkých vrstev Mn4N byly zkoumány pomocí spektrálního magnetooptického Kerrova jevu (MOKE) a spektroskopické elipsometrie. Spektrální závislosti di- agonálních prvků tenzoru permitivity byly vypočteny z elipsometrických výsledků a vzájemné porovnány. Dále byly změřeny a srovnány rotační i eliptická spektra MOKE. V případě čistých vzorků Mn4N byla MOKE spektra porovnána s teo- retickými výpočty z literatury, za účelem stanovení přítomnosti přepovězených ferimagnetických struktur ve zkoumaných vzorcích. Ferimagnetická struktura FIMA vykazovala nejlepší shodu s experimentálními daty. Byla také zkoumána možnost přítomnosti smíšených fází FIMA a ncFIM. Teplotně závislá spektrální MOKE měření byla použita ke studiu kompenzační teploty. Byl pozorován přesun kompenzační teploty z nad do pod pokojovou teplotou mezi galiově dopovanými vzorky Mn4−xGaxN s x = 0.11 a x = 0.20, což je v souladu s literaturou. 1
Keywords:
MOKE|Mn4N|spektroskopická elipsometrie|kompenzační teplota; MOKE|Mn4N|spectroscopic ellipsometry|compensation temperature
Available in a digital repository NRGL
Optická a magnetooptická spektroskopie ferimagnetických materiálů
This thesis focuses on ferrimagnetic Mn4N thin films and their gallium-doped versions. Magnetooptical properties of several pure and gallium-doped Mn4N thin films were examined using spectral ...
Rosenthalovo lemma o rozkladu posloupností v L_1
Ondřej, Štěpán; Spurný, Jiří; Pyrih, Pavel
2024 - English
The aim of the thesis is to give complete and thorough proofs of some well-known results from the measure theory. Oftentimes, arguments from functional analysis will be used to prove these results. For example, we will use an enhanced version of Schur's theorem to prove the Nikodym theorem and the Vitali-Hahn-Saks theorem. Then we will focus on the weak compactness in L1 and we will present a proof of the Biting Lemma and its corollary Rosenthal's subsequence splitting lemma. 1 Hlavním cílem této práce je představit kompletní a detailně zpracované důkazy někte- rých známých tvrzení z teorie míry. K tomuto účelu budeme častokrát využívat poznatky z oblasti funkcionální analýzy. Například použijeme silnější verzi Schurovy věty, abychom dokázali Nikodýmovu větu a Vitali-Hahn-Saksovu větu. Následně se budeme zabývat slabou kompaktností v L1 a předvedeme důkaz Biting lemmatu. Nakonec dokážeme Ro- senthalovo lemma o rozkladu posloupností v L1, což bude důsledek již zmíněného Biting lemmatu. 1
Keywords:
Nikodým|Vitali-Hahn-Saks|Biting lemma|Rosenthal; Nikodym|Vitali-Hahn-Saks|Biting Lemma|Rosenthal
Available in a digital repository NRGL
Rosenthalovo lemma o rozkladu posloupností v L_1
The aim of the thesis is to give complete and thorough proofs of some well-known results from the measure theory. Oftentimes, arguments from functional analysis will be used to prove these results. ...
Studium fázových přechodů v modelech s itineratními a lokalizovanými částicemi pomocí strojového učení
Frk, Lukáš; Žonda, Martin; Pokorný, Vladislav
2024 - English
Phase diagrams in condensed-matter physics are often very complex. The development of methods that can identify distinct phases without any prior knowledge is, therefore, of great interest. In this study, we applied unsupervised machine learning methods to find phase boundaries in the Falicov-Kimball model, using principal component analysis and the prediction-based method. We showed that both methods can distinguish the ordered from the disordered phase. Moreover, these methods are able to distinguish the weakly localized phase from the Anderson insulator phase, which both exist within the disordered phase. Keywords: prediction-based method, principal component analysis, Falicov-Kimball model, unsupervised phase classification, Machine Learning Fázové diagramy ve fyzice kondenzovaných látek jsou často velmi komplexní. Vývoj nových metod, které mohou identifikovat rozdílné fáze bez jakýchkoliv předchozích znalostí je proto velmi důležitý. V této práci jsme aplikovali metody strojového učení bez dozoru, abychom našli fázové hranice ve Falicov-Kimballově modelu, za použití analýzy hlavních komponent a metody založené na předpovědi. Ukázali jsme, že obě metody umí rozlišit uspořádanou fázi od fáze neuspořádané. Navíc jsou tyto metody schopny rozlišit slabě lokalizovanou fázi od fáze Andersonova izolátoru, které obě existují uvnitř neuspořádané fáze. Klíčová slova: metoda založená na předpovědi, analýza hlavních komponent, Falicov- Kimballův model, klasifikace fází bez dozoru, strojové učení
Keywords:
metoda založená na předpovědi|analýza hlavních komponent|Falicov-Kimballův model|klasifikace fází bez dozoru|strojové učení; prediction-based method|principal component analysis|Falicov-Kimball model|unsupervised phase classification|Machine Learning
Available in a digital repository NRGL
Studium fázových přechodů v modelech s itineratními a lokalizovanými částicemi pomocí strojového učení
Phase diagrams in condensed-matter physics are often very complex. The development of methods that can identify distinct phases without any prior knowledge is, therefore, of great interest. In this ...
Vztah Hausdorffovy a kapacitární dimenze
Dolák, Martin; Hencl, Stanislav; Honzík, Petr
2024 - English
This bachelor thesis aims to prove the equality of the Hausdorff and ca- pacitary dimensions. Additionally, we establish the equivalence of Lebesgue and Hausdorff measures, which requires the Isodiametric inequality and Steiner Symmetrization. The proof of equality between Hausdorff and capacitary di- mensions relies crucially on Frostman's lemma, which we introduce alongside its proof. 1 Tato bakalářská práce má za cíl dokázat rovnost Hausdorffovy a kapacitární dimenze. Rovněž dokazujeme ekvivalenci Lebesgueovy a Hausdorffovy míry, k čemuž používáme především isodiametrickou nerovnost a Steinerovu symetrizaci. K důkazu rovnosti Hausdorffovy a kapacitární dimenze je nezbytné Frostmanovo lemma, jež uvádíme společně s důkazem. 1
Keywords:
Hausdorffova dimenze|Kapacitární dimenze|Hausdorffova míra|Lebesgueova míra|Frostmanovo lemma; Hausdorff dimension|Capacitary dimension|Hausdorff measure|Lebesgue measure|Frostman's lemma
Available in a digital repository NRGL
Vztah Hausdorffovy a kapacitární dimenze
This bachelor thesis aims to prove the equality of the Hausdorff and ca- pacitary dimensions. Additionally, we establish the equivalence of Lebesgue and Hausdorff measures, which requires the ...
Pozorovací aspekty hmotného gravitonu
Křížová, Radka; Urban, Federico; Carloni, Sante
2024 - English
The possible existence of a massive spin-2 field alongside the standard massless gravi- ton of General Relativity is a recent theoretical development in gravitational physics. If such an additional tensor field exists, it could leave potentially observable imprints in several astrophysical, cosmological and laboratory settings. This thesis studies the phe- nomenon of flavour oscillations in a nearly degenerate coupled system of photons with massive and massless spin-2 particles propagating in an external magnetic field. The framework for our calculations is provided by the ghost-free bimetric theory of gravity coupled to electromagnetism. We discuss several potentially observable manifestations of such oscillations and make numerical predictions for some relevant laboratory setups and astrophysical scenarios. Možná existence hmotného spin-2 pole vedle standardního nehmotného gravitonu obecné relativity představuje nedávný teoretický vývoj v gravitační fyzice. Pokud takové dodatečné tenzorové pole existuje, mohlo by zanechat potenciálně pozorovatelné stopy v různých astrofyzikálních, kosmologických a laboratorních podmínkách. Tato práce stu- duje flavourové oscilace v téměř degenerovaném interagujícím systému fotonů s hmotnými a nehmotnými částicemi se spinem 2 šířícími se v magnetickém poli. Rámec pro naše výpočty je poskytnut bimetrickou teorií gravitace bez duchů, která interaguje s elek- tromagnetismem. Diskutujeme několik potenciálně pozorovatelných projevů zmíněných oscilací a provádíme číselné předpovědi pro některá relevantní laboratorní uspořádání a astrofyzikální scénáře.
Keywords:
hmotné pole se spinem 2|temná hmota|přeměna fotonů na jiné částice|bigravitace; massive spin-2 field|dark matter|mixing of photons with other particles|bigravity
Available in a digital repository NRGL
Pozorovací aspekty hmotného gravitonu
The possible existence of a massive spin-2 field alongside the standard massless gravi- ton of General Relativity is a recent theoretical development in gravitational physics. If such an additional ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases