Number of found documents: 9753
Published from to

Sledování oligomerizace proteinu HSP70 strukturní hmotnostní spektrometrií
Melikov, Aleksandr; Novák, Petr; Jeřábek, Petr
2024 - English
Heat shock cognate protein 70 (HSC70) is a 71 kDa chaperone protein belonging to the ubiquitous family of heat shock proteins 70 (Hsp70). The representatives of this protein family are considered as molecular machines with ATP-hydrolase activity facilitating correct folding of spatial protein structure, both in normal and stressful conditions (hypoxia, heat shock, pH fluctuations etc.) In addition, HSC70 was identified as an uncoating enzyme for triskelion meshwork on the surface of clathrin-coated vesicles. Among other roles, HSC70 prevents protein aggregation and assists the polypeptide maturation, it facilitates the protein transport into organelles, such as endoplasmic reticulum and mitochondria. It is involved in targeting proteins for lysosomal degradation and in many other dramatically important cellular processes related to protein homeostasis. Therefore, the regulation of HSC70 and other HSP70 proteins is believed to be dramatically important, especially in a context of cellular stress. Based on the experimental observation, the mechanism of inactivation through oligomerization was hypothesized. The dimer and trimer species of Hsp70 proteins were identified both in case of prokaryotic and eukaryotic homologs. It was also speculated that Hsp40 cofactors promote oligomerization to even... Příbuzný protein teplotního šoku (HSC70) je 71 kDa chaperon patřící ke všudypřítomné rodině proteinů teplotního šoku 70 (Hsp70). Zástupci této proteinové rodiny jsou považováni za molekulární stroje s ATPázovou aktivitou, které usnadňují správné sbalování prostorové struktury proteinů jak za normálních, tak i za stresových podmínek (hypoxie, tepelný šok, či kolísání pH). HSC70 navíc funguje jako enzym rozbalující vrstvu triskelionu na povrchu klatrinových váčků. Další rolí HSC70 je např. zamezení agregace proteinů, asistence při maturaci polypeptidového řetězce a usnadnění transportu proteinů do organel, jako jsou endoplazmatické retikulum a mitochondrie. HSC70 se účastní směrování proteinů určených k degradaci do lysosomů a v mnoha dalších kriticky důležitých buněčných procesech spojených s homeostází proteinů. Tudíž, regulace HSC70 a jiných proteinů HSP70 je považována za velmi důležitou, obzvlášť v kontextu buněčného stresu. Na základě experimentálních pozorování byl navržen mechanismus inaktivace za pomoci oligomerizace. Dimery a trimery proteinů Hsp70 byly identifikovány jak u prokaryotických, tak u eukaryotických homologů. Byla také diskutována role proteinového kofaktoru Hsp40 ve stimulaci oligomerizaci Hsp70 do vyšších oligomerů. Tento a jiné možné modely oligomerizace "divoké" varianty... Keywords: Strukturní biologie; hmotnostní spektrometrie; Struktura proteinů; Interakce proteinů; Alosterie; Chaperony; Proteiny teplotního šoku; HSC70; Structural biology; Mass spectrometry; Protein structure; Protein-protein interaction; Allostery; Chaperones; Heat shock proteins; HSC70 Available in a digital repository NRGL
Sledování oligomerizace proteinu HSP70 strukturní hmotnostní spektrometrií

Heat shock cognate protein 70 (HSC70) is a 71 kDa chaperone protein belonging to the ubiquitous family of heat shock proteins 70 (Hsp70). The representatives of this protein family are considered as ...

Melikov, Aleksandr; Novák, Petr; Jeřábek, Petr
Univerzita Karlova, 2024

Farmakokinetický profil, systémová toxicita a akutní účinky hexahydrokanabinolu (HHC) - animální studie.
Mallarino, Barbara; Šíchová, Klára; Svoboda, Jan
2024 - English
The emergence of semi-synthetic cannabinoids, exemplified by hexahydrocannabinol (HHC), poses a notable public health concern. Despite its growing popularity among cannabis users, HHC remains inadequately studied in both animal models and human subjects. To this day, only a few studies examining the drug's pharmacology, toxicology, and behavioral effects have been published. The present study therefore aims to delineate the pharmacokinetic profile, acute toxicity, and behavioral effects across a spectrum of dosages (1, 5, and 10 mg/kg, p.o.) in Wistar rats. Two hours after oral administration, the concentration of HHC peak in both blood serum and brain tissue. Toxicity was established according to the OECD toxicity assay, where HHC was categorized as a compound of class 4 toxicity, with an estimated lethal dose of 1 g/kg in a rat model. Further, HHC exhibited dose-dependent effects on locomotor activity and anxiety levels, since high doses induced a significant reduction in locomotor activity in the Open field test, concurrent with elevated anxiety. Moreover, HHC administration impaired sensorimotor gating, as evidenced by deficits in Prepulse Inhibition, with the severity of these effects correlating positively with dosage escalation. This thesis is one of the first studies focused on the acute... Polosyntetické kanabinoidy, jako je například hojně rozšířený hexahydrokanabinol (HHC), představují významný problém pro veřejnézdraví. I přes stále rostoucí oblibu HHC mezi uživateli konopí, vzniklo do dnešní doby jen velmi málo prací zaměřených na vliv této látky na živé organismy. Cílem magisterské práce je proto s použitím samců laboratorních potkanů kmene Wistar stanovit farmakokinetický profil, akutní toxicitu a behaviorální účinky spektra dávek HHC (1, 5 a 10 mg/kg, p.o.). Koncentrace HHC dosáhla vrcholu dvě hodiny po podání, a to jak v krevním séru, tak v mozkové tkáni. Podle OECD protokolu pro stanovení akutní orální toxicity lze HHC klasifikovat jako látku 4. třídy s odhadovanou letální dávkou 1 g/kg pro laboratorního potkana. Podání HHC dále snižuje lokomotorickou aktivitu a zvyšuje anxietu v testu Otevřeného pole, a to v závislosti na dávce. Vysoká dávka HHC také narušuje sensorimotorické zpracování informací projevující se snížením Prepulzní Inhibice Akustické Úlekové Reakce. Tato magisterská práce je jednou z prvních studií zabývajících se akutními účinky široce rozšířeného polosyntetického kanabinoidu. Výsledky studie mohou být základem pro budoucí studie zaměřené na zhodnocení HHC jakožto možného terapeutika pro zmírnění chronických bolestí a poruch spánku. Keywords:... Keywords: hexahydrokanabinol; HHC; kanabinoidy; animální model; hexahydrocannabinol; HHC; cannabinoids; animal model Available in a digital repository NRGL
Farmakokinetický profil, systémová toxicita a akutní účinky hexahydrokanabinolu (HHC) - animální studie.

The emergence of semi-synthetic cannabinoids, exemplified by hexahydrocannabinol (HHC), poses a notable public health concern. Despite its growing popularity among cannabis users, HHC remains ...

Mallarino, Barbara; Šíchová, Klára; Svoboda, Jan
Univerzita Karlova, 2024

Výzkum role antioxidační dráhy KEAP1-NRF2 v terapii sekundární akutní myeloidní leukémie
Myšáková, Michaela; Pimková, Kristýna; Suttnar, Jiří
2024 - English
The development of therapy resistance is a long-standing problem in treating cancer, particularly in the treatment of myelodysplastic syndrome (MDS) and acute myeloid leukaemia (AML), where the hypomethylating agent 5-azacytidine (AZA) is the first choice of treatment. To enhance therapeutic efficacy, AZA is often combined with other agents such as pevonedistat (Pevo), a NEDDylation inhibitor targeting the ubiquitin-proteasome system. While initial results showed a synergistic effect of the AZA and Pevo combination in treating MDS and AML, dual resistance has been described, underlining the importance of understanding the mechanisms behind the resistance development. Our previous data demonstrated an essential role of redox homeostasis and antioxidant system represented by Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2) in AZA resistance. The Kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1)-NRF2 pathway is the master regulator of antioxidative defence in cells crucial for maintaining redox balance. However, hyperactivation of NRF2 has been implicated in therapy resistance and cancer progression. We hypothesised that NRF2 is crucial in MDS/AML therapy resistance, particularly in resistance to combined AZA and Pevo therapy. We worked with cells sensitive and resistant to AZA and Pevo and monitored... Vznik rezistence na terapii je dlouhodobým problémem při léčbě nádorových onemocnění, zejména při léčbě myelodysplastického syndromu (MDS) a akutní myeloidní leukémie (AML), u nichž je hypomethylační lék 5-azacytidin (AZA) první volbou. Pro zvýšení terapeutické účinnosti se AZA často kombinuje s dalšími látkami, jako je pevonedistat (Pevo), inhibitor NEDDylace zaměřený na ubikvitin-proteazomový systém. Ačkoliv první výsledky ukázaly synergický účinek kombinace AZA a Pevo při léčbě MDS a AML, byla popsána duální rezistence, což podtrhuje důležitost pochopení mechanismů stojících za vznikem této rezistence. Naše předchozí výsledky prokázaly zásadní roli redoxní homeostázy a antioxidačního systému reprezentovaného Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2) v rezistenci na AZA. Dráha Kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1)-NRF2 je hlavním regulátorem antioxidační obrany v buňkách, která je klíčová pro udržení redoxní rovnováhy. Hyperaktivace NRF2 se však podílí na rezistenci k léčbě a progresi rakoviny. Předpokládali jsme, že NRF2 má zásadní význam v rezistenci na terapii MDS/AML, zejména v rezistenci na kombinovanou léčbu AZA a Pevo. Pracovali jsme s buňkami citlivými a rezistentními na AZA a Pevo a sledovali jejich redoxní stav a aktivitu NRF2 pomocí průtokové cytometrie a imunodetekčních... Keywords: Akutní myeloidní leukémie (AML); myelodysplastický syndrom (MDS); Kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1); Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2); Isocitrát dehydrogenáza 1 (IDH1) gen; Isocitrát dehydrogenáza 2 (IDH2) gen; mutace; redoxní homeostáza; antioxidační dráha; hmotnostní spektometrie; proteomika; průtoková cytometrie; Acute myeloid leukaemia (AML); myelodysplastic syndrome (MDS); Kelch-like ECH-associated protein 1 (KEAP1); Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2); Isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) gene; Isocitrate dehydrogenase 2 (IDH2) gene; mutations; redox homeostasis; antioxidant pathway; mass spectrometry; proteomics; flow cytometry Available in a digital repository NRGL
Výzkum role antioxidační dráhy KEAP1-NRF2 v terapii sekundární akutní myeloidní leukémie

The development of therapy resistance is a long-standing problem in treating cancer, particularly in the treatment of myelodysplastic syndrome (MDS) and acute myeloid leukaemia (AML), where the ...

Myšáková, Michaela; Pimková, Kristýna; Suttnar, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Užití češtiny v hodinách angličtiny
Hahnová, Josefina; Dvořák, Bohuslav; Uličná, Klára
2024 - English
This diploma thesis deals with the use of L1 (the first language) in L2 (the second language) lessons. The theoretical part provides insight into the differences between L1 and L2 and their acquisition, into the use of L1 in some of the selected ELT methods and approaches, and into the advantages and disadvantages of the use of L1 in L2 lessons. The practical part examines to what extent and for what purpose teachers of English use Czech in their English lessons. Tato diplomová práce se zabývá užíváním mateřského jazyka v hodinách jazyka cizího. Teoretická část nahlíží do rozdílů mezi mateřským jazykem a druhým jazykem a jejich osvojováním, do využití mateřštiny ve vybraných přístupech a metodách výuky anglického jazyka, a do výhod a nevýhod používání mateřštiny v hodinách angličtiny. Praktická část zkoumá, do jaké míry a za jakým účelem učitelé angličtiny používají český jazyk ve svých hodinách. Keywords: Mateřský jazyk; druhý jazyk; výuka anglického jazyka; angličtina jako druhý jazyk; osvojování mateřského jazyka; osvojování druhého jazyka; first language; second language; mother tongue; ESL; ELT; FLA; SLA Available in a digital repository NRGL
Užití češtiny v hodinách angličtiny

This diploma thesis deals with the use of L1 (the first language) in L2 (the second language) lessons. The theoretical part provides insight into the differences between L1 and L2 and their ...

Hahnová, Josefina; Dvořák, Bohuslav; Uličná, Klára
Univerzita Karlova, 2024

Posílení uchovávání slovní zásoby studentů angličtiny jako cizího jazyka prostřednictvím použití výukových strategií kompatibilních s mozkem
Hartinger, Daria; Mikuláš, Martin; Kacafírková, Petra
2024 - English
This thesis is aimed at researching effective teaching strategies that enhance vocabulary learning among English language students aged 13 to 16 years old, with a particular focus on vocabulary related to electricians' and mechanics' tools. Teaching this kind of vocabulary is a challenge that demands innovative teaching strategies that take into consideration the specific functioning of the adolescent brain. The study is based on a review of modern learning theories and teaching methods, as well as on the implementation of practical lessons using different vocabulary strategies. The theoretical part of the study explores the concept of Brain-based teaching and reviews previous studies that have been conducted successfully in this area. The work showed that strategies such as Frayer Model, Semantic Mapping and Chunking have a considerable positive effect on the process of vocabulary acquisition. These strategies were then employed successfully in a teaching process carried out with four different groups of students. The empirical part shows various statistics that are based on the results of a vocabulary assessment pre-test and two types of post-test, immediate and delayed. These data illustrate the effectiveness of the treatment used. Although statistically insignificant in some cases, the results... Tato práce je zaměřena na výzkum efektivních výukových strategií, které zlepšují osvojování slovní zásoby u studentů anglického jazyka ve věku 13 až 16 let, se zvláštním zaměřením na slovní zásobu týkající se elektrikářského a mechanického nářadí. Výuka tohoto druhu slovní zásoby je výzvou, která vyžaduje inovativní výukové strategie zohledňující specifické fungování mozku dospívajících. Studie je založena na přehledu moderních teorií učení a vyučovacích metod a na realizaci praktických lekcí s využitím různých strategií výuky slovní zásoby. Teoretická část práce zkoumá koncept výuky "Brain based" a podává přehled předchozích studií, které byly v této oblasti úspěšně provedeny. Práce ukázala, že strategie jako Frayerův model, sémantické mapování a chunking mají značný pozitivní vliv na proces osvojování slovní zásoby. Tyto strategie pak byly úspěšně použity ve vyučovacím procesu prováděném se čtyřmi různými skupinami studentů. V empirické části práce jsou uvedeny různé statistiky, které vycházejí z výsledků hodnocení slovní zásoby v pre-testu a dvou typů post-testu, okamžitého a opožděného. Tyto údaje ilustrují účinnost použitého postupu. Ačkoli v některých případech byly výsledky statisticky nevýznamné, ukázaly nezanedbatelné zlepšení v osvojení slovní zásoby studenty. KLÍČOVÁ SLOVA Brain-based... Keywords: Brain-based strategie; slovní zásoba; Frayerův model; chunking; sémantické mapování; nástroje; paměť; Brain-based strategies; vocabulary; the Frayer model; chunking; semantic mapping; tools; memory Available in a digital repository NRGL
Posílení uchovávání slovní zásoby studentů angličtiny jako cizího jazyka prostřednictvím použití výukových strategií kompatibilních s mozkem

This thesis is aimed at researching effective teaching strategies that enhance vocabulary learning among English language students aged 13 to 16 years old, with a particular focus on vocabulary ...

Hartinger, Daria; Mikuláš, Martin; Kacafírková, Petra
Univerzita Karlova, 2024

‚Shell nouns' v anglickém psaném a mluveném monologickém akademickém textu
Rajchartová, Sofie; Malá, Markéta; Nádraská, Zuzana
2024 - English
This thesis deals with the linguistic phenomenon of "shell nouns" and its use in English monological, academic, written and spoken texts. The main objective of the thesis is to compare the use of "shell nouns" in written and spoken texts in terms of their semantic classification, position in lexico-grammatical patterns, discourse functions, and potential frequency of occurrence. The thesis raises questions concerning the overall impact of written and spoken register, frequency of occurrence, semantic classification of shell nouns, functions in lexico-grammatical patterns, as well as anaphoric and cataphoric relations. The primary material used for the analysis of spoken academic English was the British Academic Spoken English corpus, while a custom corpus created from academic articles was used for the analysis of written text. The theoretical part defines the concept of "shell noun" and related terms, semantic classification, lexico-grammatical patterns, and discourse functions related to the phenomenon. The analytical part then describes the research, provides quantitative results regarding the potential occurrence, and analyses selected shell nouns with the aim of verifying the hypotheses of this thesis. KEYWORDS shell nouns, academic language, English, discourse functions, corpus linguistics Tato práce se zabývá lingvistickým fenoménem ,,Shell nouns" a jeho užitím v anglických, monologických, odborných, psaných a mluvených textech. Hlavním cílem práce je porovnat užití ,,shell nouns" v psaném a mluveném projevu z hlediska jejich sémantické klasifikace, pozice v lexikálně-gramatických vzorcích, diskurzních funkcí a potenciální frekvence výskytu. Práce klade otázky týkající se celkového vlivu psaného a mluveného jazyka, frekvence výskytu, sémantické klasifikace ,,shell nouns", funkce v lexikálně gramatických vzorcích a také anaforických a kataforických vazeb.Hlavním materiálem použitým k analýze mluvené odborné angličtiny byl korpus britské odborné mluvené angličtiny (,,British Academic Spoken English"), k analýze psaného textu pak byl použit vlastní korpus vytvořený z odborných článků. Teoretická část vymezuje samotný pojem ,,shell noun" a další příbuzné pojmy, sémantickou klasifikaci, lexikálně-gramatické vzorce a diskurzní funkce související s pojmem. Praktická část poté popisuje výzkum, poskytuje kvantitativní výsledky týkající se výskytu a analýzu vybraných ,,shell nouns" s cílem ověřit hypotézy této práce. KLÍČOVÁ SLOVA shell nouns, odborný jazyk, angličtina, diskurzní funkce, korpusová lingvistika Keywords: shell nouns; odborný jazyk; angličtina; diskurzní funkce; korpusová lingvistika; shell nouns; academic language; English; discourse functions; corpus linguistics Available in a digital repository NRGL
‚Shell nouns' v anglickém psaném a mluveném monologickém akademickém textu

This thesis deals with the linguistic phenomenon of "shell nouns" and its use in English monological, academic, written and spoken texts. The main objective of the thesis is to compare the use of ...

Rajchartová, Sofie; Malá, Markéta; Nádraská, Zuzana
Univerzita Karlova, 2024

Cílená proléčiva s antifungální aktivitou odvozená od azolů
Černá, Lucie; Baszczyňski, Ondřej; Sedláček, Ondřej
2024 - English
Invasive fungal infections (IFIs), mostly caused by Aspergillus or Candida species, represent a severe global threat. IFIs are serious diseases of great concern especially in immunocompromised patiens, annually leading to more than 1.7 million deaths.1 Despite its seriousness, there is insufficient amount of available antifungal therapeutics. Current antifungal treatments rely mainly on azole drugs which often suffer from increased toxicity, low bioavailability and drug resistance, among others.2 Therefore, we aim to develop novel antifungals in the form of azole prodrugs which would selectively target specific fungal enzymes and would ideally avoid undesired off-target effects. Our designed prodrugs contain selected azoles, modified by the attachement of a self-immolative (SI) linker to a specific carbohydrate through a glycosidic bond. Such glycosidic bond should undergo cleavage by extracellular fungal glycosidases, resulting in release of the azole drug directly at the site of fungal infection. Keywords: azole, antifungal, prodrug, targeted delivery Invazivní plísňové infekce, ve velké většině případů způsobené patogeny z rodu Aspergillus nebo Candida, představují závažnou globální hrozbu. Jedná se o velmi vážná onemocnění, která postihují zejména imunokompromitované pacienty, a každoročně vedou k více než 1,7 milionu úmrtí.1 Navzdory závažnosti tohoto problému jsou stále možnosti antimykotické léčby poměrně omezené. Současná antimykotická léčba je založena především na azolech, jejichž účinnost je ale často snížena v důsledku zvýšené toxicity, nízké biologické dostupnosti a fungální rezistence.2 Proto se snažíme vyvinout nová azolová antimykotika ve formě proléčiv, která by selektivně cílila na specifické fungální enzymy, čímž by ideálně došlo k zmírnění nežádoucích účinků. Námi navržená proléčiva obsahují vybrané azoly, modifikované self-immolativním linkerem připojeným ke specifickému sacharidu prostřednictvím glykosidické vazby. Taková glykosidická vazba by měla být štěpena extracelulárními fungálními glykosidázami, což by vedlo k uvolnění azolového léčiva přímo v místě houbové infekce. Klíčová slova: azol, antifungální, proléčivo, cílené doručení Keywords: azol; antifungální; proléčivo; cílené doručení; azole; antifungal; prodrug; targeted delivery Available in a digital repository NRGL
Cílená proléčiva s antifungální aktivitou odvozená od azolů

Invasive fungal infections (IFIs), mostly caused by Aspergillus or Candida species, represent a severe global threat. IFIs are serious diseases of great concern especially in immunocompromised ...

Černá, Lucie; Baszczyňski, Ondřej; Sedláček, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Rasismus v knize Bernardine Evaristové Dívka, žena, jiné
Drobiszová, Jolanta; Chalupský, Petr; Topolovská, Tereza
2024 - English
Bernardine Evaristo's book Girl, Woman, Other follows stories of twelve mainly British women throughout the 20th and the 21st centuries. This diploma thesis explores Evaristo's portrayal of British racism in this novel, its various forms and influence on identity and life experience. The first part provides a theoretical background, which presents on the notion of race, racism and its different types, postcolonial concepts of otherness, liminality and hybridity, novel's historical context, and Bernardine Evaristo and her approach to Girl, Woman, Other. The second part analyses the particular instances of race oppression. It explores the identity struggles of Black British citizens caused by feeling of non-belonging, pressure of society, clash of cultures, internalization of racism, and African heritage. Next it deals with interpersonal racism reflected in racially biased stereotyping and prejudiced comments. The analysis further addresses the complexity of oppression and privilege and discusses how racism intersects with sexism and classism. Last it looks into institutional racism, such as lack of anti-discriminatory laws in post-World War II Britain, inequality in education, abuse of power by police, and typecasting of Black actors in theatre. KEY WORDS racism, Girl, Woman, Other, postcolonialism,... Kniha Bernardine Evaristové Dívka, žena, jiné sleduje příběhy dvanácti Britek napříč 20. a 21. stoletím. Tato diplomová práce analyzuje vyobrazení britského rasismu v uvedené knize, jeho různým podobám a vlivu na identitu a život jedince. První část poskytuje teoretický rámec zaměřený na koncept rasy, rasismus a jeho formy, postkoloniální pojmy jako je jinakost, liminalita a hybridita. Dále pojednává o historickém kontextu knihy a Bernardine Evaristové a jejím postoji ke své knize. Druhá část se zabývá analýzou konkrétních případů rasismu. Zaměřuje se na krizi identity britských občanů jiné barvy pleti způsobenou pocity nepřináležitosti, tlakem společnosti, střetem kultur, internalizací rasismu a africkým dědictvím. Dále se věnuje rasismu v mezilidských vztazích, který se projevuje v rasových stereotypech a předpojatých komentářích. Práce pokračuje analýzou komplexnosti útisku a privilegii a pojednává o způsobu, jakým se rasismus prolíná se sexismem a třídní diskriminací. V neposlední řadě pohlíží na institucionální rasismus, se zaměřením na absenci antidiskriminačních zákonů v poválečné Británii, nerovnost v systému vzdělávání, zneužití moci policií a škatulkování herců jiné barvy pleti. KLÍČOVÁ SLOVA rasismus, Dívka, žena, jiné, postkolonialismus, intersekcionalita, krize identity, ženy jiné... Keywords: rasismus; Dívka; žena; jiné; postkolonialismus; intersekcionalita; krize identity; ženy jiné barvy pleti; jinakost; racism; Girl; Woman; Other; postcolonialism; intersectionality; identity struggles; women of colour; otherness Available in a digital repository NRGL
Rasismus v knize Bernardine Evaristové Dívka, žena, jiné

Bernardine Evaristo's book Girl, Woman, Other follows stories of twelve mainly British women throughout the 20th and the 21st centuries. This diploma thesis explores Evaristo's portrayal of British ...

Drobiszová, Jolanta; Chalupský, Petr; Topolovská, Tereza
Univerzita Karlova, 2024

Identifikace nových tkáňově specifických interakčních partnerů chromatin remodelační ATPázy Smarca5
Arishaka, Yuliia; Kokavec, Juraj; Děd, Lukáš
2024 - English
The regulation of chromatin structure is fundamental to a wide range of cellular processes, including transcriptional regulation, cell division, differentiation and DNA damage repair, and ATP-dependent chromatin remodeling complexes have been established as essential components of this regulatory network. Smarca5, as an ATPase/Helicase enzyme, has been shown to regulate chromatin structure by interacting with bromodomain and DDT-WHIM domain-containing partners to control the binding of chromatin-associated proteins and transcription factors to their specific DNA target sequences. In this work we identify a previously uncharacterized protein with a conserved N-terminal bromodomain and ISWI protein binding DDT-WHIM domain through co-immunoprecipitation and mass spectrometry in mammalian cell lines and establish it as a novel interaction partner of chromatin remodeling ATPase Smarca5. Furthermore, we have pinpointed the region required for Smarca5 interaction that corresponds to DDT-WHIM domain. We have furthermore attempted to identify additional interaction partners which may hint on the potential function of this novel chromatin complex and validated its expression in embryonic and postnatal tissues. This discovery represents a unique opportunity for further investigation into its potential... Regulace struktury chromatinu je zásadní pro širokou škálu buněčných procesů, včetně regulace transkripce, buněčného dělení, diferenciace a opravy poškození DNA, a ATP-závislé remodelační komplexy chromatinu byly identifikovány jako základní složky této regulační sítě. Bylo ukázáno, že Smarca5, jako enzym ATPáza/Helikáza, reguluje strukturu chromatinu v interakci s partnery obsahujícími bromo- a DDT-WHIM domény, což umožňuje kontrolovat vazbu proteinů a transkripčních faktorů na specifické DNA sekvence spojené s chromatinem. V této práci byl identifikován dosud necharakterizovaný protein s konzervovanou N-terminální bromodoménou a ISWI protein vázající DDT-WHIM doménou pomocí ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie v buněčných liniích savčího typu. Tento protein byl potvrzen jako nový interakční partner ATPázy pro remodelaci chromatinu, Smarca5. Navíc, byla lokalizována oblast nezbytná pro interakci se Smarca5, která odpovídá oblasti DDT-WHIM domény. Navíc jsme se pokusili identifikovat další interakční partnery, kteří by mohli naznačovat potenciální funkci tohoto nového chromatin remodelačního komplexu, a ověřili jsme jeho expresi v embryonálních a postnatálních tkáních. Tento objev představuje jedinečnou příležitost pro další zkoumání jeho potenciální role v interakci s ATPázou Smarca5 a... Keywords: remodelace chromatinu; Smarca5; bromodoména; western blot; ko-imunoprecipitace; hmotnostní spektroskopie; chromatin remodelling; Smarca5; bromodomain; western blot; co-immunoprecipitation; mass spectrometry Available in a digital repository NRGL
Identifikace nových tkáňově specifických interakčních partnerů chromatin remodelační ATPázy Smarca5

The regulation of chromatin structure is fundamental to a wide range of cellular processes, including transcriptional regulation, cell division, differentiation and DNA damage repair, and ...

Arishaka, Yuliia; Kokavec, Juraj; Děd, Lukáš
Univerzita Karlova, 2024

Příprava a vlastnosti enzymů transformujících kyanidy a jejich použití v analytice
Šťastná, Katarína; Martínková, Ludmila; Čermáková, Michaela
2024 - English
Cyanides are compounds that are both naturally occurring and used in various industries. Their negative effects on human health, but also on the environment, have been demonstrated and their occurrence should therefore be monitored. The aim of this master thesis is the enzymatic determination of free cyanide, focusing on the characterization and application of specific enzymes within enzymatic cascades. The main objectives include the production and purification of key enzymes involved in cyanide conversion, namely cyanide hydratase (CynH), formamidase (AmiF), and cyanide dihydratase (CynD). The enzymes' catalytic properties and effectiveness in detecting cyanide were assessed. Spectrophotometric techniques were used to measure intermediates and products enzymatic reactions. The development, testing and optimization of enzyme cascades was carried out to demonstrate their feasibility and efficiency in cyanide determination. As a result, two selective, sensitive and rapid enzymatic assays for the detection of free cyanide have been developed. The proposed assays require small amounts of samples, enzymes and other components and enable rapid cyanide determination in less than two hours. Overall, this research contributes to the advancement of methods for cyanide analysis, with potential applications... Kyanidy jsou sloučeniny, které se přirozeně vyskytují v přírodě a také se používají v různých průmyslových odvětvích. Jejich negativní účinky na lidské zdraví i na životní prostředí byly prokázány, a proto by měl být jejich výskyt sledován. Cílem této diplomové práce je enzymové stanovení volného kyanidu se zaměřením na charakterizaci a aplikaci specifických enzymů v enzymových kaskádách. Mezi hlavní cíle patří produkce a purifikace klíčových enzymů podílejících se na přeměně kyanidu, jmenovitě kyanidhydratázy (CynH), formamidázy (AmiF) a kyaniddihydratázy (CynD). Byly hodnoceny katalytické vlastnosti a posouzena účinnost těchto enzymů při detekci kyanidu. K měření reakčních meziproduktů a produktů byly použity spektrofotometrické techniky. Byly navrženy, testovány a optimalizovány enzymové kaskády, aby se prokázala jejich proveditelnost a účinnost při stanovení kyanidu. Výsledkem je vývoj dvou selektivních, citlivých a rychlých enzymových testů pro detekci volného kyanidu. Navrhované testy vyžadují malá množství vzorků, enzymů a dalších složek a umožňují rychlé stanovení kyanidu za méně než dvě hodiny. Celkově tento výzkum přispívá k rozvoji metod pro analýzu kyanidu s potenciálními aplikacemi v oblastech monitorování životního prostředí, průmyslové bezpečnosti a péče o veřejné zdraví. Klíčová... Keywords: volný kyanid; enzymové kaskády; spektrofotometrie; stanovení kyanidu; degradace kyanidu; free cyanide; enzyme cascades; spectrophotometry; cyanide determination; cyanide degradation Available in a digital repository NRGL
Příprava a vlastnosti enzymů transformujících kyanidy a jejich použití v analytice

Cyanides are compounds that are both naturally occurring and used in various industries. Their negative effects on human health, but also on the environment, have been demonstrated and their ...

Šťastná, Katarína; Martínková, Ludmila; Čermáková, Michaela
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases