Základy proteomiky
Harant, K.; Křenková, Alena
2023 - Czech Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat. The first part of the course will be an introduction to proteomics with the aim to show current methods and tools used for proteomic data acquisition and evaluation. In the first part, we will discuss in abbreviated form all steps of the experimental procedure from 1) designing the experiment to be suitable for subsequent LC/MS analysis, 2) sample preparation using examples of immunoprecipitation and complex lysate, to 3) measurement options using Data Dependent or Data Independent acquisition. The course will also include a critical evaluation of the quality of the measured data. The evaluation will focus on the possibilities of data processing in freeware software such as MaxQuant and DIAnn. We will also briefly introduce you to commercial programs - Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut. The second part of the course will include an introduction to statistical processing of quantitative proteomic data in Perseus software. Emphasis will be placed on understanding important statistical concepts (data distribution, t-test, ANOVA, p-value, FDR, etc.) and understanding all necessary steps of statistical analysis such as data filtering, data normalization, statistical testing, etc. There will be model data that participants will process during the course. Keywords: mass spectrometry; proteomics; data analysis Available on request at various institutes of the ASCR Základy proteomiky

Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny ...

Harant, K.; Křenková, Alena
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

Ekosystémové služby lesa: vybrané poznatky
Melichar, J.; Horváthová, Eva
2023 - Czech Hodnocení ekosystémových služeb (ES) se v průběhu posledních dvou dekád stalo důležitým koncepčním a modelovým nástrojem využívaným při kvantifikaci příspěvku jednotlivých ekosystémů (včetně globálního)\na biologické rozmanitosti k lidskému blahobytu. I když existuje celá řada koncepčních rámců a široká škála empirických aplikací, chybí podrobnější teoretická vymezení opírající se o ekologické a ekonomické teorie a rovněž\npřetrvává nejednoznačnost v definování pojmu ekosystémová služba. Ad hoc vymezení a obecná formulace tohoto pojmu je pak limitující v interpretaci dosažených výsledků, možnosti srovnání napříč studiemi, včetně provádění přenosu hodnot a funkcí hodnot, či při koncipování ekonomických nástrojů jakým jsou např. platby za ekosystémový služby. V tomto příspěvku proto diskutujeme pojmy jako je konečný produkt, meziprodukt, ekologická produkční funkce a funkce užitku, tedy pojmy, které jsou určující pro korektní vymezení ES z pohledu ekonomické teorie. The assessment of ecosystem services (ES) has become an important concept during the last two decades and a model tool used to quantify the contribution of individual ecosystems (including the global one)\nand biodiversity to human well-being. Although there are a number of conceptual frameworks and a wide variety empirical applications, there is a lack of more detailed theoretical definitions based on ecological and economic theories as well ambiguity persists in defining the term ecosystem service. Ad hoc delineation and general formulation of this the concept is then limiting in the interpretation of the achieved results, the possibility of comparison across studies, including implementation transfer of values and functions of values, or when designing economic instruments such as payments for ecosystem services. Therefore, in this paper we discuss terms such as final product, intermediate product,\necological production function and utility function, i.e. concepts that are decisive for the correct definition of ES from the point of view economic theory. Keywords: ecosystem service; forest ecosystem; ecological function; utility function; social benefits Available at various institutes of the ASCR Ekosystémové služby lesa: vybrané poznatky

Hodnocení ekosystémových služeb (ES) se v průběhu posledních dvou dekád stalo důležitým koncepčním a modelovým nástrojem využívaným při kvantifikaci příspěvku jednotlivých ekosystémů (včetně ...

Melichar, J.; Horváthová, Eva
Ústav výzkumu globální změny , 2023

Novel embedding resins for 3D-SEM II
Šlouf, Miroslav; Pavlova, Ewa; Strachota, Beata; Strachota, Adam; Nebesářová, Jana; Týč, Jiří; Krzyžánek, Vladislav; Skoupý, Radim
2023 - English Research report for Thermo Fisher Scientific s. r. o., based on common project awarded by TA CR (program: National center of competence, TN01000008). Keywords: novel embedding resins; 3D-SEM microscopy; higher e-beam resistance Available at various institutes of the ASCR Novel embedding resins for 3D-SEM II

Research report for Thermo Fisher Scientific s. r. o., based on common project awarded by TA CR (program: National center of competence, TN01000008).

Šlouf, Miroslav; Pavlova, Ewa; Strachota, Beata; Strachota, Adam; Nebesářová, Jana; Týč, Jiří; Krzyžánek, Vladislav; Skoupý, Radim
Ústav makromolekulární chemie, 2023

Metodika určování falz a kopii miniaturní malby
Sondej, A.; Hradilová, J.; Hradil, David
2023 - Czech Metodika popisuje znaky, pomocí kterých je možno rozlišovat mezi originální malbou miniaturního portrétu a dalšími typy napodobenin, ať už byly vyrobeny jednotlivě nebo jde o sériovou reprodukci. Pro tuto klasifikaci využívá metodika jak nástroje dostupné rutinně (např. lupa nebo stereomikroskop) tak i specializované zobrazovací a analytické přístroje, bez jejichž pomoci se přesné určení nemůže obejít. Ve všech případech se jedná o postupy neinvazivní, nevyžadující žádný odběr materiálu z malby. Analytické postupy využívané k určování původu díla jsou v některých případech zcela nové. The methodology describes the signs by which it is possible to distinguish between an original miniature portrait painting and other types of imitations, whether they were produced individually or in serial reproduction. For this classification, the methodology uses both routinely available tools (e.g. a magnifying glass or a stereomicroscope) as well as specialized imaging and analytical instruments, without the help of which accurate determination cannot be done. In all cases, these are non-invasive procedures that do not require any material removal from the painting. The analytical procedures used to determine the provenance of a work are in some cases completely new. Keywords: Copies, Forgeries; Portrait miniature; Non-invasive research; X-ray fluorescence scanning (MA-XRF); Graphics; Photographs; Decorative art; Ivory; Artificial imitation of ivory Available at various institutes of the ASCR Metodika určování falz a kopii miniaturní malby

Metodika popisuje znaky, pomocí kterých je možno rozlišovat mezi originální malbou miniaturního portrétu a dalšími typy napodobenin, ať už byly vyrobeny jednotlivě nebo jde o sériovou reprodukci. Pro ...

Sondej, A.; Hradilová, J.; Hradil, David
Ústav anorganické chemie, 2023

An Enzymatic Biosensor with Amperometric Detection in a Flow Injection Analysis for the Determination of L-lactic Acid: Development and Application
Tvorynska, Sofiia; Barek, J.; Josypčuk, Bohdan
2023 - English An amperometric biosensor consisting of an enzymatic mini-reactor (lactate oxidase covalently\nattached to −NH2 functionalized mesoporous silica powder SBA−15 using glutaraldehyde) and\na silver amalgam-based screen-printed electrode acting as a transducer was developed for the\ndetermination of L-lactic acid (LA) in FIA. The detection potential of −0.9 V vs. Ag pseudoreference\nelectrode was applied for cathodic detection of enzymatically consumed oxygen.\nUnder the optimized conditions, the constructed biosensor enabled selective determination of\nLA with a micromolar limit of detection. Importantly, the proposed biosensor represented\nexcellent operational stability after ≥350 measurements. Finally, it was successfully applied to\nreal sample analysis. Keywords: L-lactic acid; Lactate oxidase; Amperometric biosensor; silver amalgam Available on request at various institutes of the ASCR An Enzymatic Biosensor with Amperometric Detection in a Flow Injection Analysis for the Determination of L-lactic Acid: Development and Application

An amperometric biosensor consisting of an enzymatic mini-reactor (lactate oxidase covalently\nattached to −NH2 functionalized mesoporous silica powder SBA−15 using glutaraldehyde) and\na silver ...

Tvorynska, Sofiia; Barek, J.; Josypčuk, Bohdan
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského, 2023

24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. KURZ B - Základy ICP-MS
Cvačka, Josef; Vlk, Mikuláš; Vrkoslav, Vladimír; Hubálek, Martin
2023 - Czech Keywords: mass spectrometry; ICP-MS; speciation analysis Available on request at various institutes of the ASCR 24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. KURZ B - Základy ICP-MS

Cvačka, Josef; Vlk, Mikuláš; Vrkoslav, Vladimír; Hubálek, Martin
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. KURZ A - Interpretace spekter EI
Cvačka, Josef; Vlk, Mikuláš; Vrkoslav, Vladimír; Hubálek, Martin
2023 - Czech Keywords: mass spectrometry; EI; data analysis Available on request at various institutes of the ASCR 24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie. KURZ A - Interpretace spekter EI

Cvačka, Josef; Vlk, Mikuláš; Vrkoslav, Vladimír; Hubálek, Martin
Ústav organické chemie a biochemie, 2023

Metodika pro rychlé, komplexní, nezávislé rozhodování o potřebnosti, efektivitě a interakci adaptačních opatření v povodích v podmínkách změny klimatu
Fischer, Milan; Zeman, Evžen; Vizina, A.; Hanel, M.; Bernsteinová, Jana; Tachecí, P.; Štěpánek, Petr; Pavlík, P.; Máca, P.; Ghisi, Tomáš; Rapantová, N.; Bláhová, Monika; Janál, P.; Trnka, Miroslav
2023 - Czech Cílem metodiky je představit metody, jak kvantifikovat dopady předpokládané klimatické změny na vodní bilanci při užití adaptačních opatření v podmínkách ČR na několik příštích dekád. Adaptační opatření mají přispívat k udržitelnosti vodní bilance při ve všech hlavních uživatelských segmentech užití a nakládání s vodami v povodí. Hlavním principem je využití hydrologických modelů, prostřednictvím nichž lze scénáře změny klimatu transformovat do časových řad hydrologických poměrů a kvantifikovat celkovou vodní bilanci povodí s užitím adaptačních opatření různých typů a jejich realizace v čase. Speciální důraz je kladen na hodnocení kombinace adaptačních opatření, které nelze analyzovat zjednodušenými metodami. Metodika je navržena tak, aby bylo možné hledat optimální kombinaci adaptačních opatření v posuzovaném povodí. Navrhovaný postup eliminuje nedostatky hodnocení účinnosti z pohledu výlučného uživatele vodního zdroje, protože vyhodnocení účinnosti adaptačních opatření je realizováno formou multikriteriální analýzy vyhodnocení výstupů simulačního modelu predikce vodní bilance v celém povodí. Touto metodikou lze posuzovat různá adaptační opatření ve všech základních segmentech uživatelů vody: zemědělský, lesnický, energetický, vodohospodářský a další. The aim of the methodology is to present methods for quantifying the impacts of projected climate change on the water balance when applying adaptation measures in the Czech Republic for the next few decades. Adaptation measures should contribute to the sustainability of the water balance in all major user segments of water use and management in the basin. The main principle is the use of hydrological models to transform climate change scenarios into time series of hydrological conditions and to quantify the overall water balance of the basin using different types of adaptation measures and their implementation over time. Special emphasis is placed on the evaluation of combinations of adaptation measures that cannot be analysed by simplified methods. The methodology is designed to search for the optimal combination of adaptation measures in the assessed catchment. The proposed approach eliminates the shortcomings of effectiveness assessment from the perspective of the exclusive user of the water resource, as the evaluation of the effectiveness of adaptation measures is carried out in the form of a multi-criteria analysis of the evaluation of the outputs of the simulation model for predicting the water balance in the whole basin. This methodology can be used to assess different adaptation measures in all basic segments of water users: agriculture, forestry, energy, water management and others. Keywords: water balance; climatic research; hydrological model; water resources; water management Available at various institutes of the ASCR Metodika pro rychlé, komplexní, nezávislé rozhodování o potřebnosti, efektivitě a interakci adaptačních opatření v povodích v podmínkách změny klimatu

Cílem metodiky je představit metody, jak kvantifikovat dopady předpokládané klimatické změny na vodní bilanci při užití adaptačních opatření v podmínkách ČR na několik příštích dekád. Adaptační ...

Fischer, Milan; Zeman, Evžen; Vizina, A.; Hanel, M.; Bernsteinová, Jana; Tachecí, P.; Štěpánek, Petr; Pavlík, P.; Máca, P.; Ghisi, Tomáš; Rapantová, N.; Bláhová, Monika; Janál, P.; Trnka, Miroslav
Ústav výzkumu globální změny , 2023

Structural analysis of polysaccharides from mushroom hericium Erinaceus mftccb 134
Bleha, R.; Čopíková, J.; Sushytskyi, Leonid; Vannucci, Luca; Sinica, A.; Jozífek, M.; Jablonský, I.; Klouček, P.
2023 - English The aim of this research was the structural characterisation of polysaccharides isolated from fruiting bodies of the cultivating medicinal mushroom Hericium erinaceus MFTCCB 134. Cold and hot water extracts (CWE, HWE) were obtained and purified, and followed by alkali extraction from the reminder solids. The composition and structure of the fractions were analysed by FTIR spectroscopy, and neutral sugars/linkage analyses were determined by GC/FID and GC/MS, respectively. Galactose, fucose and glucose were found in purified CWE,\nwhile glucose predominated in purified HWE. Keywords: Hericium erinaceus; polysaccharides; mushrooms Available at various institutes of the ASCR Structural analysis of polysaccharides from mushroom hericium Erinaceus mftccb 134

The aim of this research was the structural characterisation of polysaccharides isolated from fruiting bodies of the cultivating medicinal mushroom Hericium erinaceus MFTCCB 134. Cold and hot water ...

Bleha, R.; Čopíková, J.; Sushytskyi, Leonid; Vannucci, Luca; Sinica, A.; Jozífek, M.; Jablonský, I.; Klouček, P.
Mikrobiologický ústav, 2023

Zpráva z ichtyologického průzkumu bobřích tůní v jižní části CHKO Šumava a VÚ Boletice
Blabolil, Petr
2023 - Czech Zpráva shrnuje výsledky průzkumu ryb a mihulí v tůních vytvořených činností bobra evropského a kontrolních lokalit elektrickým agregátem. Je vyhodnocena struktura společenstva a charakteristiky populací (početnost, biomasa, velikostní složení). The report summarizes the results of a survey of fish and lamprey in pools created by European beaver activity and control sites by electric aggregate. Community structure and population characteristics (abundance, biomass, size composition) are assessed. Keywords: fish; diversity; community Available at various institutes of the ASCR Zpráva z ichtyologického průzkumu bobřích tůní v jižní části CHKO Šumava a VÚ Boletice

Zpráva shrnuje výsledky průzkumu ryb a mihulí v tůních vytvořených činností bobra evropského a kontrolních lokalit elektrickým agregátem. Je vyhodnocena struktura společenstva a charakteristiky ...

Blabolil, Petr
Biologické centrum, 2023