Number of found documents: 9753
Published from to

Legitimní očekávání jako součást standardu spravedlivého zacházení v investiční arbitráži
Chochelová, Adriana; Balaš, Vladimír; Urbanová, Kristýna
2024 - English
Legitimate Expectations as Part of the Fair and Equitable Treatment Standard in Investment Arbitration Abstract This thesis introduces the conceptual overview of the fair and equitable treatment standard in international investment arbitration with focus on its protection of legitimate expectations. The first part of the thesis is divided into five chapters. Firstly, the standard is introduced and set into historical context. In the second chapter the author explains the relationship between the FET standard of treatment and the minimum standard of treatment of foreigners under international customary law. The third chapter showcases the different formulations of FET provisions and the effects of the wording on the application of the norm. The fourth chapter deals with the substantive contents of the standard, introducing them in separate subchapters. These contents are stability and consistency, legitimate expectations, transparency, judicial propriety, and other contents are also briefly introduced. The last chapter introduces the other standards of treatment, existing next to the FET and the relationship among them. These standards are protection from expropriation without due compensation, full protection and security, protection from discriminatory and arbitrary measures and the national or MFN... Zásada legitimního očekávání jako součást standardu spravedlivého zacházení v investiční arbitráži Abstrakt Tato práce nabízí přehled standardu spravedlivého zacházení v mezinárodní investiční arbitráži s důrazem na ochranu legitimního očekávání investorů. První část práce je rozdělena do pěti kapitol. V první je standard představen a zasazen do historického kontextu. Ve druhé kapitole autorka vysvětluje vztah mezi standardem spravedlivého zacházení a minimálním standardem zacházení s cizinci podle mezinárodního obyčejového práva. Třetí kapitola představuje různé formulace ustanovení o spravedlivém zacházení v mezinárodních smlouvách a jejich dopady praktickou aplikaci normy. Čtvrtá kapitola se zabývá obsahem standardu, představuje jeho jednotlivé náležitosti v samostatných podkapitolách. Těmito náležitostmi jsou zejména stabilita, legitimní očekávání, transparentnost, právo na spravedlivý proces, ale jsou zmíněny i další. Poslední kapitola představuje další standardy zacházení, které existují vedle standardu spravedlivého zacházení, a vztah mezi nimi. Tyto standardy jsou ochrana před vyvlastněním bez náležité kompenzace, plná ochrana a bezpečnost, ochrana před diskriminačními a svévolnými opatřeními a jako poslední je představeno národní zacházení a zacházení dle doložky nejvyšších výhod. Druhá část se... Keywords: Investiční arbitráž; Řešení sporů mezi investory a státy; Standard spravedlivého a rovnoprávného zacházení; Zásady zacházení; Zásada legitimního očekávání; Investment arbitration; Investor-state dispute settlement; FET; Standards of Treatment; Legitimate Expectations Available in a digital repository NRGL
Legitimní očekávání jako součást standardu spravedlivého zacházení v investiční arbitráži

Legitimate Expectations as Part of the Fair and Equitable Treatment Standard in Investment Arbitration Abstract This thesis introduces the conceptual overview of the fair and equitable treatment ...

Chochelová, Adriana; Balaš, Vladimír; Urbanová, Kristýna
Univerzita Karlova, 2024

Distančně magické očíslování
Pfeiffer, Hayden; Gregor, Petr; Pangrác, Ondřej
2024 - English
Title: Distance Magic Labelings Author: Hayden Pfeiffer Department: Dept. of Theoretical Computer Science and Mathematical Logic Supervisor: doc. Mgr. Petr Gregor, Ph.D., KTIML, MFF UK Abstract: A distance magic labeling of a graph G is a bijection f : V (G) → {1, 2, . . . , |V (G)|} such that the sum of labels on the neighbourhood of each vertex is constant. A framework based on linear algebra has been developed using the notion of neighbour balance to determine whether there exists a distance magic labeling for a hypercube with dimension n. In this thesis, we extend this framework to all Cayley graphs on Zn 2 . We use this framework to reprove some known results from recent literature. We also use this framework to introduce the notion of component-wise distance magic labelings on Cayley graphs of Zn 2 . Keywords: distance magic labeling, Cayley graph, hypercube, neighbour balance iii Keywords: distančně magické očíslování|Cayleyho graf|hyperkrychle; distance magic labeling|Cayley graph|hypercube Available in a digital repository NRGL
Distančně magické očíslování

Title: Distance Magic Labelings Author: Hayden Pfeiffer Department: Dept. of Theoretical Computer Science and Mathematical Logic Supervisor: doc. Mgr. Petr Gregor, Ph.D., KTIML, MFF UK Abstract: A ...

Pfeiffer, Hayden; Gregor, Petr; Pangrác, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Dvoufázové rozvrhování s neznámými rychlostmi
Minařík, Josef; Sgall, Jiří; Eberle, Franziska
2024 - English
Speed-robust scheduling is a two-stage scheduling problem with a makespan objective. We are given processing times of n jobs, number of machines m and number of bags b. We have to group the jobs into bags that are to be scheduled on machines of currently unknown speed. The goal is to minimize the worst-case ratio of our makespan and makespan of an adversary who does not have to create bags and assigns jobs directly to machines. So far, the problem has been mostly studied for b = m. We generalize previously known results for infinitesimal jobs (called sand) and prove that the best achievable competitive ratio is mb mb−(m−1)b . We present an algorithm for the case of identical jobs (called bricks) with competitive ratio at most 1.6 in the case b = m, improving the best previously known value of 1.8. We introduce a new category called p-pebbles, those are jobs with processing time at most p times the average load of a machine. Pebbles are half way between sand and the general case (called rocks). We present an algorithm for pebbles that has better robustness factor than the best known algorithm for rocks for small values of p (for p less than 2 − e e−1 in the case b = m). 1 Rychlostně robustní rozvrhování je dvoufázový rozvrhovací problém. Na vstupu je dána doba běhu pro každý z n úkolů, počet strojů m a počet balíčků b. Naším úkolem je rozdělit úkoly do balíčků, které budou následně zpracovány na strojích, které mají v tomto okamžiku neznámé rychlosti. Naším cílem je minimalizovat poměr délky našeho rozvrhu a délky optimáního rozvrhu, který by vznil umisťováním úkolů rovnou na stroje. Nejpodrobněji studovaný případ doposud byl b = m. V této práci zobecňujeme známé výsledky pro infinitizemálně malé úkoly (tento případ se nazývá písek) a dokážeme, že nejlepší kompetitivní poměr, kterého je možné dosáhnout, je mb mb−(m−1)b . Dále formulujeme algoritmus řešící případ s identickými úkoly (nazývaný cihly) za podmínky b = m s kompetitivním poměrem 1.6, což zlepšuje nejlepší doposud známou hodnotu 1.8. Zavedeme nový speciální případ, který budeme nazývat p-oblázky. V tomto případě jsou doby běhu jednotlivých úkolů nejvýše p-násobky průměrné zátěže stroje. Oblázky jsou vlastnostmi i obtížností na půl cesty mezi pískem a obecným případem (nazývaným kameny). Popíšeme algoritmus pro oblázky, který je pro malé hodnoty p lepší než nejlepší známý algoritmus pro kameny (pro p menší než 2 − e e−1 v případě b = m). 1 Keywords: rozvrhování|aproximační algoritmy|délka rozvrhu|uniformní rychlosti; scheduling|approximation algorithms|makespan|uniform speeds Available in a digital repository NRGL
Dvoufázové rozvrhování s neznámými rychlostmi

Speed-robust scheduling is a two-stage scheduling problem with a makespan objective. We are given processing times of n jobs, number of machines m and number of bags b. We have to group the jobs into ...

Minařík, Josef; Sgall, Jiří; Eberle, Franziska
Univerzita Karlova, 2024

Odhad 6D polohy objektů v obrazech
Cífka, Martin; Šivic, Josef; Šikudová, Elena
2024 - English
The 6D pose estimation is an important computer vision task with applications in robotics, e.g. for manipulation or grasping, but also in computer graphics and augmented reality. Given an image, the task is to estimate the 3D rotation and 3D translation of the known object with respect to the camera. The task is even more challenging in an uncontrolled environment, e.g. when we do not have proper camera calibration. In that case, the focal length also needs to be estimated with the 6D pose. In this work, we address the issues of methods that work in such uncontrolled environments. First, we focus on FocalPose, a state-of-the-art method for joint estimation of object 6D pose and camera focal length. We review the method and propose several improve- ments. These include (i) re-deriving and improving the 6D pose and focal length update rule, (ii) replacing the model retrieval method, and (iii) changing the distribution of 6D poses and focal lengths used for synthetic training data rendering. These changes lead to improved results compared to the state-of-the-art FocalPose method. Second, to avoid often costly retraining of models for 6D pose estaimation, it is ben- eficial to consider methods with the ability to generalize to novel objects that have not been seen during training. These methods require a 2D... Odhad 6D polohy objektů je důležitou úlohou počítačového vidění s možným vyu- žitím například při robotické manipulaci, ale také v počítačové grafice a augmentované realitě. Cílem je odhadnout polohu známého objektu relativně vůči kameře, tedy 3D rotaci a 3D translaci, ze vstupního obrazu. Tento problém je ještě komplikovanější v ne- kontrolovaném prostředí, například v situacích, kdy neznáme správnou kalibraci kamery. V takovém případě je také nutné odhadnout ohniskovou vzdálenost kamery spolu s 6D polohou objektu. V této práci se věnujeme problémům metod pracujících v takových nekontrolovaných prostředích. V první části se konkrétně zaměřujeme na metodu FocalPose - state-of-the-art me- todu pro odhad 6D polohy objektu a ohniskové vzdálenosti kamery. Tuto metodu nejprve shrnujeme a poté navrhujeme několik vylepšení. Mezi ně patří: (i) odvození a vylepšení vzorce pro aktualizaci 6D polohy a ohniskové vzdálenosti, (ii) nahrazení metody pro vy- hledávání objektů v databázi 3D modelů, a (iii) změna distribuce 6D poloh a ohniskových vzdáleností používaných pro generování syntetických trénovacích dat. Tyto změny vedou k lepším výsledkům v porovnání s metodou FocalPose. Nevýhodou metod pro odhadování 6D poloh objektů je výpočetně velmi náročné tré- nování. Vyhnout se přetrénovávání pro nové objekty je možné s... Keywords: Počítačové vidění|Odhad 6D polohy|Nekalibrovaná kamera|Detekce nových objektů|Vizuální rozpoznávání|Hluboké učení; Computer vision|6D pose estimation|Uncalibrated camera|Novel object detection|Visual recognition|Deep learning Available in a digital repository NRGL
Odhad 6D polohy objektů v obrazech

The 6D pose estimation is an important computer vision task with applications in robotics, e.g. for manipulation or grasping, but also in computer graphics and augmented reality. Given an image, the ...

Cífka, Martin; Šivic, Josef; Šikudová, Elena
Univerzita Karlova, 2024

Validátor CSV souborů dle W3C doporučení CSV on the Web
Janda, Jan; Klímek, Jakub; Svoboda, Martin
2024 - English
The comma-separated values (CSV) format is a popular format for tabular data on the web. It stores tables of data in a very simple textual way, but it stores only the values of the table without their meaning and structure. Users of a table must remove the ambiguity and guess the exact meaning of data. The standard called CSV on the Web provides recommendations for metadata about CSV tables on the web. The metadata can describe a CSV table, its structure, and the meaning of its values in the JSON-LD format. The standard allows a creator of a table to remove ambiguity, increase certainty, and create confidence. There are CSV tables together with their JSON-LD metadata descriptions, and each table should match its particular description. In this thesis, we develop a CSV file validator. The validator is a computer program which checks whether tables actually match their metadata descriptions. It reads a table with its description, compares them, and searches for discrepancies. This text describes the development process and its result. Formát comma-separated values (CSV) je populárním formátem pro tabulková data na webu. Tento formát ukládá tabulky dat velmi jednoduchým textovým způsobem, ale ukládá jen hodnoty tabulky bez jejich významu a struktury. Uživatelé tabulky musí odstranit nejednoznačnost a hádat přesný význam dat. Standard CSV on the Web poskytuje doporučení pro metadata o CSV tabulkách na webu. Metadata mohou pop- sat CSV tabulku, její strukturu a význam jejích hodnot v JSON-LD formátu. Tento standard umožňuje tvůrci tabulky odstranit nejednoznačnost, zvýšit jistotu a vytvořit důvěru. Máme CSV tabulky spolu s jejich metadatovými popisy v JSON-LD a každá tabulka by se měla shodovat se svým konkrétním popisem. V této práci vyvíjíme validátor CSV souborů. Tento validátor je počítačový program, který zkontroluje, zda se tabulky skutečně shodují se svými popisy. Validátor přečte tabulku s jejím popisem, porovná je a vyhledá nesrovnalosti. Tento text popisuje proces vývoje a jeho výsledek. Keywords: CSV|JSON-LD|W3C|web|validátor|OTAVA; CSV|JSON-LD|W3C|web|validator|OTAVA Available in a digital repository NRGL
Validátor CSV souborů dle W3C doporučení CSV on the Web

The comma-separated values (CSV) format is a popular format for tabular data on the web. It stores tables of data in a very simple textual way, but it stores only the values of the table without their ...

Janda, Jan; Klímek, Jakub; Svoboda, Martin
Univerzita Karlova, 2024

Zlepšení použitelnosti a výkonu analýzy datových toků programů v jazyce C#
Kleprlík, Jan; Parízek, Pavel; Bednárek, David
2024 - English
The Manta Flow is a highly automated static analysis platform producing data lineage over its input and representing it in a graph. The platform performs analysis on various technologies and programming languages via specialised scanners. One of the scanners performs analysis of C# code, or rather its compiled alternative Common Intermediate Language. While the scanner was already capable of analysing non-trivial scenarios, it lacked in some aspects that held it up from its broader adoption by customers. The main issues are low support for analysis of real-life scenarios such as web applications or embedded code in other technologies, sub-optimal performance and imprecise lineage output. As a part of this thesis, we improved the precision, scalability and performance of the scanner on multiple levels of abstractions, from analysis of the CIL to modifications of core high-level analysis algorithms. We added support for analysis of the ASP.NET web endpoints and enabled the C# scanner to be used as a service for analysis of embedded code in other technologies. We improved the precision of the resulting lineage for existing scenarios by modifying the core algorithms used throughout the analysis and optimized the analysis process to lift its performance. 1 Manta Flow je vysoce automatizovaná platforma pro statickou analýzu datových toků, které jsou následně zobrazeny v přehledném grafu. Tato platforma provádí analýzu mnoha technologií a programovacích jazyků pomocí takzvaných skenerů. Jeden z těchto skenerů provádí analýzu C# kódu, respektive jeho zkompilované alternativy Common Intermedi- ate Language. Tento skener byl již dříve schopný analyzovat netriviální aplikace, ovšem některé jeho aspekty stále zabraňovaly jeho rozšířenému použití a adopci ze strany uživa- telů. Mezi hlavní problémy patří nedostatečná podpora analýzy reálných aplikací z pro- dukčního prostředí, jako například webové aplikace nebo krátké úryvky kódu embedované v jiných technologiích, pomalá analýza a její nepřesný výstup. V této práci bylo dosa- ženo celkového zlepšení přesnosti, využitelnosti a výkonu skeneru na několika úrovních abstrakce od analýzy CIL kódu po modifikace celkového designu. Byla přidána podpora analýzy webových rozhraní vytvořených pomocí frameworku ASP.NET a embedovaného kódu v jiných technologiích. Zároveň byla vylepšena přesnost a výkon datové analýzy u dříve podporovaných aplikací úpravou klíčových algoritmů použitých během analýzy. 1 Keywords: statická analýza|data lineage|C#|embedded code; static analysis|data lineage|C#|embedded code Available in a digital repository NRGL
Zlepšení použitelnosti a výkonu analýzy datových toků programů v jazyce C#

The Manta Flow is a highly automated static analysis platform producing data lineage over its input and representing it in a graph. The platform performs analysis on various technologies and ...

Kleprlík, Jan; Parízek, Pavel; Bednárek, David
Univerzita Karlova, 2024

Reprezentační neuronové sítě pro diferencovatelné renderování objemu
Nejedlý, Jaroslav; Rittig, Tobias; Antolík, Ján
2024 - English
This thesis investigates the possibility of using a representation neural network as a data structure for an appearance prediction model. We present the representation network as an adaptation of the popular neural radiance field network. The representation network is studied on 2D images as well as volumetric data. This thesis also evaluates the outputs of the appearance prediction network which uses the representation network. Our analysis shows a decent quality of the representation network for 2D images and simple volumetric data. However, the outputs of the appearance prediction network are suboptimal. We conclude that the representation network presented in this thesis should be im- proved and the appearance prediction model should be fine-tuned to the representation network as its input. 1 Tato práce prozkoumává možnost použití reprezentačních neuronových sítí jako dato- vých struktur pro modely předpovídající vzhled. Představujeme representační síť, která je adaptací populární NeRF sítě. Tato reprezentační síť je studována na 2D obrázcích i trojrozměrných volumetrických datech. Tato práce také vyhodnocuje výstupy modelu, který předpovídá vzhled, do kterého je použita reprezentační síť jako zdroj dat. Naše analýza ukazuje, že reprezentace 2D obrázků a jednoduchých volumetrických útvarů je realizováno s obstojnou kvalitu. Nicméně, výstupy vzhled předpovídající sítě jsou suboptimální. Vyvodili jsme, že reprezentační sítě představené v této práci by měli být vylepšeny a že model předpovídající vzhled by měl být doladěn s použitím reprezentační sítě na vstupu. 1 Keywords: reprezentační neuronové sítě|neuronové renderování|MLP|NeRF; representation network|neural rendering|MLP|NeRF Available in a digital repository NRGL
Reprezentační neuronové sítě pro diferencovatelné renderování objemu

This thesis investigates the possibility of using a representation neural network as a data structure for an appearance prediction model. We present the representation network as an adaptation of the ...

Nejedlý, Jaroslav; Rittig, Tobias; Antolík, Ján
Univerzita Karlova, 2024

Reprezentace gay and bisexuálních žen ve videohrách a hráčské postoje: Empirická studie
Petrova, Alexandra; Kolek, Lukáš; Pešková, Klára
2024 - English
The aim of this empirical study was to examine how players' explicit and implicit attitudes towards content depicted in a video game influence their interaction with the game and their game experience. In order to do so, this study examined a particular case of a video game representing gay and bisexual women. The primary aim was to investigate how players' game engagement is influenced by the topic portrayed and by their attitudes towards gay and bisexual women. The secondary aim was to explore the players' implicit and explicit attitude change towards gay and bisexual women as a result of playing the game. This study used an experimental and a control condition, with two versions of one game differing only in the identity of one character - in the experimental version she is a lesbian and in the control version a heterosexual woman. The modification of the game was a part of the thesis. Participants' implicit and explicit pretest and posttest attitudes were measured, and their game engagement was measured in the posttest. Results showed lower game engagement in the experimental compared to the control group, however, no link between initial attitudes and game engagement was found. There was no significant explicit or implicit attitude change. This study brings new data to the areas of game research... Cílem této empirické studie bylo prozkoumat, jak explicitní a implicitní postoje hráčů vůči tématům zobrazeným ve videohře ovlivní jejich interakci se hrou a jejich hráčský zážitek. Tato studie pro ten účel zkoumala konkrétní případ videohry reprezentující gay a bisexuální ženy. Primárním cílem studie bylo zjistit, zda je herní prožitek ovlivněn zobrazeným tématem nebo hráčskými postoji vůči gay a bisexuálním ženám. Sekundárním cílem bylo zjistit, zda dojde důsledkem hraní hry ke změně hráčských implicitních nebo explicitních postojů vůči gay a bisexuálním ženám. Byla použita experimentální a kontrolní skupina, obě skupiny hrály verzi jedné hry s rozdílem pouze v identitě jedné postavy - v experimentální verzi je to lesba, v kontrolní heterosexuální žena. Modifikace hry byla součástí práce. Měřeny byly implicitní a explicitní postoje účastníků v pretestu a posttestu, herní prožitek byl měřen v posttestu. Výsledky ukázaly nižší hodnotu herního prožitku v experimentální ve srovnání s kontrolní skupinou, nicméně nebyla zjištěna souvislost mezi herním prožitkem a hráčskými postoji. Studie nezjistila změnu implicitních ani explicitních postojů. Tato studie přináší nové poznatky do oblastní herního výzkumu, jež definují jaké elementy videoher mají vliv na hráčský zážitek a hráčské postoje. Keywords: HCI|videohry|explicitní postoje|implicitní postoje|LGBT|empirická studie|Game User Research|herní prožitek; HCI|video games|explicit attitudes|implicit attitudes|LGBT|empirical study|Game User Research|game engagement Available in a digital repository NRGL
Reprezentace gay and bisexuálních žen ve videohrách a hráčské postoje: Empirická studie

The aim of this empirical study was to examine how players' explicit and implicit attitudes towards content depicted in a video game influence their interaction with the game and their game ...

Petrova, Alexandra; Kolek, Lukáš; Pešková, Klára
Univerzita Karlova, 2024

Rozšíření analýzy datových toků pro jazyk Python o podporu běhových typů
Luňák, Václav; Parízek, Pavel; Petříček, Tomáš
2024 - English
There is an increasing demand in the domain of data science for auto- mated tools analyzing the data lineage of software systems. In situations where general-purpose programming languages are used, Python is among the most popular choices. It is also one of the most challenging to analyze. Manta Flow is an automated data lineage analysis platform that contains a scanner for Python. In this work, we developed an extension of this scanner. Its purpose is to statically determine the types of expressions in an analyzed application. We achieved this by expanding the concept of data flows to carry type information and we appropriately refactored the internals of the scanner. This information was then used to implement an improved method for finding the targets of function invocations during the analysis of data flows. V oboru data science je rostoucí poptávka po automatizované analýze da- tových toků v softwarových systémech. V případech, kde se používají univer- zální programovací jazyky, bývá Python jednou z nejpopulárnějších a zároveň nejsložitěji analyzovatelných voleb. Manta Flow je automatizovaná platforma pro analýzu datových toků, která obsahuje scanner pro Python. V této práci jsme vytvořili rozšíření scanneru pro Python v Manta Flow, které je schopné pomocí statické analýzy určit typy výrazů v analyzované aplikaci. Dosáhli jsme toho rozšířením konceptu datových toků o schopnost přenášet infor- mace o typech a adekvátním refaktorováním vnitřností scanneru. Toto rozší- ření bylo posléze použito na implementaci vylepšené metody pro identifikaci volaných funkcí během další analýzy. Keywords: Python|datové toky|typová inference|Manta; Python|data flow|data lineage|type inference|Manta Available in a digital repository NRGL
Rozšíření analýzy datových toků pro jazyk Python o podporu běhových typů

There is an increasing demand in the domain of data science for auto- mated tools analyzing the data lineage of software systems. In situations where general-purpose programming languages are used, ...

Luňák, Václav; Parízek, Pavel; Petříček, Tomáš
Univerzita Karlova, 2024

Vývoj protokolu využívajícího farmakoforové a dokovací přístupy pro vývoj inhibitorů hlavní proteasy viru SARS-CoV-2
Klenor, Mikuláš; Lepšík, Martin; Riedlová, Kamila
2024 - English
Covid-19 is a highly contagious potentially life-threatening disease caused by the SARS-CoV-2 coronavirus. The virus is responsible for a global pandemic and has claimed over 6 million human lives between years 2020 and 2022. To limit the spread of SARS-CoV-2, numerous vaccines have been developed and applied. For already infected individuals, antiviral drugs are applied. An important validated target is the main protease of SARS-CoV-2 (Mpro ). Although thousands of inhibitors have been prepared and one is used in clinical practice (sold under the name of Paxlovid), improved computational protocols to design new active compounds are needed. The computational approach used here is based on pharmacophores. By curating and inspecting 298 structures of Mpro /inhibitors complexes retrieved from the Protein Data Bank (PDB), we have generated six distinct pharmacophores featuring different binding modes. With their aid, we have carried out molecular docking, whose effectiveness was evaluated by measuring root-mean-square deviation (RMSD) of the generated poses with respect to the native conformations. The routine captured 177 out of 213 ligands naturally binding to the active site of the protein with 127 (72% of the captured) generated with RMSD within 2 Å relative to the native conformation.... Covid-19 je vysoce nakažlivé onemocnění, jehož původcem je koronavirus SARS-CoV-2. Tato nemoc způsobila globální pandemii a mezi lety 2020 a 2022 si vyžádala přes 6 milionů lidských životů. Vedle očkování proti SARS-CoV-2 přispívajícímu k prevenci vážných průběhů onemocnění představuje použití antivirotik důležitý přístup k léčbě Covid-19. Ověřeným terapeutickým cílem vývoje antivirotik je hlavní proteáza viru SARS-CoV-2 označovaná jako Mpro . Ačkoli bylo navrženo mnoho inhibitorů, z nichž jeden (prodávaný jako Paxlovid) se již používá v klinické praxi, stále přetrvává potřeba vývoje nových výpočetních metodologií pro učinnější návrh nových látek. Tato práce používá pro návrh inhibitorů tzv. farmakofory. Nejprve jsme prozkoumali 298 struktur komplexů Mpro s inhibitory, které byly získány z databáze proteinových struktur (Protein Data Bank; PDB). Definovali jsme 6 skupin látek vázajících se do aktivního místa proteinu odlišnými vazebnými módy. Na základě těchto skupin jsme vytvořili 6 unikátních farmakoforových hypotéz. Ty jsme využili při molekulárním dokování, jehož účinnost byla kvantifikována měřením směrodatné odchylky (angl. root-mean-square deviation, RMSD) generovaných konformací vůči nativním konformacím. Prezentovaný protokol zachytil 177 z 213 ligandů, které se přirozeně vázaly do... Keywords: krystalová struktura; molekulární dokování; skórování; crystal structure; molecular docking; scoring Available in a digital repository NRGL
Vývoj protokolu využívajícího farmakoforové a dokovací přístupy pro vývoj inhibitorů hlavní proteasy viru SARS-CoV-2

Covid-19 is a highly contagious potentially life-threatening disease caused by the SARS-CoV-2 coronavirus. The virus is responsible for a global pandemic and has claimed over 6 million human lives ...

Klenor, Mikuláš; Lepšík, Martin; Riedlová, Kamila
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases