Yes (6096)
No (1494)
Number of found documents:
7590
Published from
to
Kovové nálezy v Západní Anatolii ve druhém tisíciletí, př. n. l.
Roháček, Miloš; Pavúk, Peter; Pieniążek, Magda; Kozal, Ekin
2024 - English
While recent research has started to focus more on the subject of metal finds and metallurgy in Western Anatolia in Bronze Age, there is currently no comprehensive work that provides a typological, contextual, chronological, and regional analysis of published metal finds dated to the second millennium BC. Hence, this study was undertaken with the aim of gathering all known metals from various sites and subjecting them to a comprehensive analysis. One of the objectives is to explore the potential regional variations in metal finds and attempt to identify unique types of discoveries. This premise draws from the author's previous master's thesis, which followed a similar approach along the western Anatolian coast. This doctoral dissertation contributes to advancing our knowledge of metal finds from the 2nd Millennium B.C. In total, 1,286 metal objects from across Western Anatolia were collected from the literature. This diverse collection includes a wide range of items, from prestigious weapons like swords and spears (mostly found on the coast in graves) to the smallest metal tools and simple jewellery (with accumulations in settlements and modest inland graves). Consequently, it was concluded that the finds exhibit a strong Anatolian character in the inland regions of Western Anatolia, distinct from... Přestože se v poslední době začíná tématu kovových nálezů a metalurgie v době bronzové v Západní Anatolii mezi badateli více věnovat, pro druhé tisíciletí před naším letopočtem neexistuje zatím žádná komplexní práce, která by celkově typologicky, kontextuálně, chronologicky a regionálně analyzovala publikované kovové nálezy. Proto vznikla tato práce, která si dává za cíl posbírat všechny známé kovy ze všech lokalit a podrobit je všeobecné analýze. Jedním ze záměrů je prozkoumat možnou regionalitu kovových nálezů a snažit se odhalit možné unikátní typy nálezů. Tento předpoklad vychází s z mé diplomové práce, kde author postupoval stejně na území pobřeží západní Anatolie. Tato disertační práce rozšiřuje úroveň poznání kovových nálezů z druhého tisíciletí př. n. l Celkem bylo posbíráno z literatury 1286 kovových předmětů z celé západní Anatolie. Velký počet kovů představuje ty nejrůznější výrobky od prestižních zbraní jako meče a kopí (nalezené většinou na pobřeží v hrobech) po nejdrobnější kovové nástroje a drobné šperky (jejich kumulace se nachází na sídlištích a skromný hrobech na pevnině). Tak se došlo se k závěru, že nálezy vykazují silný anatolský charakter v oblasti pevninské západní Anatolie, který je odlišný od charakteru pobřežního. Pobřeží, zejména jeho jižní část, bylo pod silný egejským...
Keywords:
Západní Anatolie|2. tisíciletí př. n. l.|kovy|typologie|metalurgie; Western Anatolia|2nd millennium BC|metals|typology|metallurgy
Available in a digital repository NRGL
Kovové nálezy v Západní Anatolii ve druhém tisíciletí, př. n. l.
While recent research has started to focus more on the subject of metal finds and metallurgy in Western Anatolia in Bronze Age, there is currently no comprehensive work that provides a typological, ...
Comparative analysis of Criminal Liability of autonomous driving and strong artificial intelligence
Nanos, Andreas; Gřivna, Tomáš; Bohuslav, Lukáš; Šcerba, Filip
2024 - English
XXV Abstract: The rapid development of artificial intelligence (AI) has raised important legal and ethical questions regarding the potential criminal liability of AI systems. This comparative analysis explores the distinctions in criminal liability between weak and strong artificial intelligence, considering their varying levels of autonomy and decision-making capabilities. The study begins by defining weak and strong AI, with weak AI referring to systems that are narrowly focused and exhibit limited autonomy, while strong AI denotes systems capable of general intelligence and independent decision-making. It then delves into the legal frameworks governing criminal liability and encompassing traditional legal principles and legislation. Drawing on relevant case law, the analysis examines the challenges of attributing criminal responsibility to weak AI. Due to their limited autonomy and reliance on human input, weak AI systems are typically treated as tools rather than independent agents. Consequently, liability is more likely to be assigned to the human actors responsible for designing, operating, or utilizing the AI system, rather than the AI system itself. In contrast, strong AI presents unique legal and ethical complexities. With their potential to exhibit cognitive abilities akin to human intelligence,... Rychlý rozvoj umělé inteligence (AI) vyvolal důležité právní a etické otázky týkající se možné trestní odpovědnosti AI systémů. Tato komparativní analýza zkoumá rozdíly v trestní odpovědnosti mezi slabou a silnou umělou inteligencí, přičemž bere v úvahu jejich různou úroveň autonomie a schopností rozhodování. Studie začíná definicí slabé a silné AI, kde slabá AI odkazuje na systémy, které jsou úzce zaměřené a projevují omezenou autonomii, zatímco silná AI označuje systémy schopné obec zabývá právními rámy upravujícími trestní odpovědnost a zahrnujícími tradiční právní principy Vycházejíc z relevantní judikatury, analýza zkoumá výzvy při přisuzování trestní odpovědnosti systémy obvykle považovány za nástroje spíše než za nezávislé agenty. V důsledku toho je pravděpodobnější, že odpovědnost bude přiřazována lidským aktérům odpovědným za provozování nebo využívání AI systému, spíše než samotnému AI systému. Naopak, silná AI představuje jedinečné právní a etické komplexity. S možností projevit kognitivní schopnosti podobné lidské inteligenci vzbuzují silné AI systémy otázky ohledně toho, zda by měly nést odpovědnost za trestné činy. Analýza zkoumá možné přístupy k určování odpovědnosti silné AI, včetně přijetí rámců podobných osobnosti nebo stanovení nových právních standardů specificky přizpůsobených AI...
Keywords:
Umělá Inteligence; Trestní Právo; Autonomní Řízení; Artificial Intelligence; Criminal Law; Autonomous Driving
Available in a digital repository NRGL
Comparative analysis of Criminal Liability of autonomous driving and strong artificial intelligence
XXV Abstract: The rapid development of artificial intelligence (AI) has raised important legal and ethical questions regarding the potential criminal liability of AI systems. This comparative analysis ...
Komplexní přístup k pochopení nových zoonotických patogenů z komplexu Trichophyton benhamiae
Čmoková, Adéla; Hubka, Vít; Buchta, Vladimír; Gené, Josepa
2024 - English
The Trichophyton benhamiae complex encompasses several zoonotic pathogens that are of increasing concern to the scientific community due to their epidemic spread among pets and their owners. Of particular concern is the sudden appearance and rapid spread of T. benhamiae yellow phenotype strains in Europe. Considerable genetic and phenotypic variability has been revealed in the pathogens from the complex, yet the species limits and host spectra have not been clearly elucidated. To explore the diversity, epidemiology, and taxonomy of the T. benhamiae complex, my colleagues and I formed an international, cross-disciplinary team and applied a holistic One Health approach. We collected a large dataset of strains from several continents, along with associated data about host, clinical picture, and locality. Due to the high level of clonality in commonly used DNA sequence markers, I developed a new typing schema based on ten microsatellite markers and four DNA sequence markers. We then used a polyphasic approach combining data from independent analyses to decide on species limits in the T. benhamiae complex, including phylogenetic and population-genetic analyses, phenotypic and physiological analyses, mating-type gene characterization, ecological data and MALDI- TOF mass spectrometry analysis. Thanks to... Komplex druhů Trichophyton benhamiae zahrnuje několik zoonotických patogenů, které vědeckou komunitu stále více znepokojují kvůli svému epidemickému šíření mezi domácími zvířaty a jejich majiteli. Zvláštní obavy vzbuzuje náhlé objevení a rychlé šíření kmenů se žlutým fenotypem druhu T. benhamiae v Evropě. U patogenů z tohoto komplexu byla zjištěna značná genetická a fenotypová variabilita, avšak druhové hranice a hostitelské spektrum nebyly dosud jasně objasněny. Abychom prozkoumali rozmanitost, epidemiologii a taxonomii komplexu T. benhamiae, vytvořili jsme s kolegy mezinárodní mezioborový tým a uplatnili holistický "One Health" přístup. Shromáždili jsme rozsáhlý set kmenů z několika kontinentů spolu se souvisejícími údaji o hostitelích, klinickém obrazu a lokalitě. Vzhledem k vysoké míře klonality u běžně používaných DNA markerů jsem vyvinula nové typizační schéma založené na deseti mikrosatelitních a čtyřech sekvenčních markerech. Pro zjištění druhových hranic v komplexu T. benhamiae jsme využili polyfázický přístup, ve kterém jsme zohlednili data z fylogenetických, a populačně-genetických, fenotypových a fyziologických analýz spolu s charakterizací příslušnosti k jedné ze dvou křížících idiomorf a s ekologickými údaji. Díky našemu přístupu se nám podařilo uvnitř komplexu popsat čtyři nové...
Keywords:
citlivost k antimykotikům; klonalita; dermatofytózy; diverzita; epidemiologie; houboví patogeni; populační genetika; taxonomie; Trichophyton; zoonotické infekce; zoofilní dermatofyty; antifungal susceptibility; clonality; dermatophytosis; diversity; epidemiology; fungal pathogens; population genetics; taxonomy; Trichophyton; zoonotic infections; zoophilic dermatophytes
Available in a digital repository NRGL
Komplexní přístup k pochopení nových zoonotických patogenů z komplexu Trichophyton benhamiae
The Trichophyton benhamiae complex encompasses several zoonotic pathogens that are of increasing concern to the scientific community due to their epidemic spread among pets and their owners. Of ...
Identifikace a charakterizace proteinů konce bičíku u prvoka Trypanosoma brucei
Pavlisková, Hana; Varga, Vladimír; Čajánek, Lukáš; Hashimi, Hassan
2024 - English
The tip of the eukaryotic flagellum is one of the most important regions of the flagellum in many eukaryotic cells. Several important functions have been associated with the flagellar tip. However, its protein composition remains largely unknown. The main aim of this thesis was to identify flagellar tip proteins and characterize them. Using the parasitic model organism Trypanosoma brucei and the TrypTag.org project, a unique resource localizing every protein encoded in the trypanosome's genome, we were able to identify, for the first time, the complete catalog of flagellar tip proteins in a eukaryotic organism. In T. brucei the full complement comprises 78 proteins localizing exclusively to the flagellar tip or being highly enriched there. To characterize these proteins, we established new reagents and approaches. First, we developed antibody markers labeling the tip of an assembling trypanosome flagellum via recognizing the flagella connector. This enabled us to study the tip-specific processes. Second, we developed a rapid and cloning-free approach for tagging and inducible overexpression of trypanosome proteins. We demonstrated that the approach is well suited for overexpression of large proteins, such as some of the flagellum tip proteins. This enables the study of overexpression phenotypes and... Distální konec eukaryotického bičíku je jednou z nejdůležitějších částí bičíku v mnoha eukaryotických buňkách. S distálním koncem bylo asociováno několik důležitých funkcí, avšak jeho proteinové složení zůstává záhadou. Hlavním cílem této dizertační práce je identifikovat a charakterizovat proteiny distálního konce eukaryotického bičíku. Využitím modelového organismu, Trypanosoma brucei, který je známý jako parazit, a TrypTag.org projektu, který má za cíl lokalizovat všechny protein-kódující geny v genomu tohoto modelového organismu, se nám podařilo identifikovat 78 proteinů, které lokalizují na distální konec bičíku T. brucei. Abychom mohli tyto kandidátní proteiny charakterizovat, bylo nutné zavést v naší laboratoři nové přístupy. Za prvé jsme vyvinuli protilátkové markery, které označují distální konec nově vznikajícího bičíku, přesněji konektor spojující bičíky. Za druhé jsme vyvinuli rychlý přístup bez klonování pro značení a inducibilní overexpresi trypanozomálních proteinů. Prokázali jsme, že tento přístup je vhodný jak pro overexpresi velkých proteinů, tak i proteinů distálního konce bičíku. To umožňuje studium fenotypů při overexpresi proteinů a generuje materiál pro purifikaci proteinů pro následnou biochemickou charakterizaci. Za třetí jsme optimalizovali ultra-expanzní mikroskopii,...
Keywords:
eukaryotický bičík; stavba axonemy; mikroskopie; imunoprecipitace; Trypanosoma; eukaryotic flagellum; axonemal construction; microscopy; immunoprecipitations; Trypanosoma
Available in a digital repository NRGL
Identifikace a charakterizace proteinů konce bičíku u prvoka Trypanosoma brucei
The tip of the eukaryotic flagellum is one of the most important regions of the flagellum in many eukaryotic cells. Several important functions have been associated with the flagellar tip. However, ...
Intertextuální vztahy mezi Dekameron Giovanni Bocaccio a Ženský dekameronem Natalie Vozněsenské
Bagozzi, Valentina; Kosáková, Hana; Andrejs, René; Discacciati, Ornella
2024 - English
This dissertation describes The Women's Decameron by Iuliia Voznesenskaia as a legitimation of women's authorship.Voznesenskaiaachievesthisgoalthroughthecreationof acommunalnarrativeact springingfrom women's nature-given generative force. This study highlights the link between motherhood and authorship by addressingthe influence of the movementMariia on the author'sideological mindset and,consequently, in the creation of The Women's Decameron. The bond between maternity and creativity is enforced by the choice of the maternity ward as the narrative space, documentsfrom Voznesenskaia'sarchival fundand the identification of maternity and creativity in the almanac Mariia. This interpretation differs fromthe author's statementson the book presenting it entirely as a deterrent tothe application of Soviet emancipatory policy in Western countries and as a piece of anticommunist satire. The author, under the appearance of social commentary literature, "concealed" a celebration of women's right to authorship, of which women were often deprived either by the regime or by the subsidiary role imposed on womenin Soviet official literature and samizdat literary circles. This study, therefore, also discusses the author's mitigation of her ideological stance by addressing her uneven status as a woman writer in her... Tato disertační práce popisuje Zhenskii Dekameron od Iulie Voznesenskaie jako legitimitu autorského písemnictví žen.Voznesenskaiatohotocíle dosáhla vytvořenímspolečného narativníhoaktu, vycházejícíhoz přirozené tvůrčí síly žen.Tato studie poukazujena spojitostmezi mateřstvíma autorskýmpůsobenímtím,že se zabývávlivem hnutí Mariia na autorkinideologický postoj a tedy i vytvořením ZhenskiiDekameron.Vazba mezi mateřstvím a tvůrčím procesem je posilována volbou porodního oddělení jako narrativního prostoru, dokumenty z archivního fondu spisovatelky a identifikací mateřství a tvůrčího procesu v almanachu Mariia. Tato interpretace se liší od tvrzení autorky o knize, kterou představuje jako pouhou odstrašující aplikaci sovětské emancipační politiky ve západních zemích a jako kus satiry. Autorka, za zjevného sociálního komentáře, "skrývá" oslavu ženského práva k písemnému projevu, které bylo často odepíráno jak režimem, tak "okrajový" rolí, kterou byla ženám v sovětské oficiální literatuře a samizdatových literárních kruzích přidělena. Tato studie se proto také zabývá způsobem, jakým autorka zmírňuje svůj ideologický postoj tím, jak se vyjadřujeo své rovnostijakospisovatelce ve veřejnýchprohlášeních, a přítomnostítextovýchvariant v edici Zhenskii Dekameron.
Keywords:
Women's literature|Russian Dissident Feminism|Authorship|Novaia Zhenskaia Proza|Decameron; Women's literature|Russian Dissident Feminism|Authorship|Novaia Zhenskaia Proza|Decameron
Available in a digital repository NRGL
Intertextuální vztahy mezi Dekameron Giovanni Bocaccio a Ženský dekameronem Natalie Vozněsenské
This dissertation describes The Women's Decameron by Iuliia Voznesenskaia as a legitimation of women's authorship.Voznesenskaiaachievesthisgoalthroughthecreationof acommunalnarrativeact springingfrom ...
Postava postmigranta: reinterpretace migrační literatury ve Skandinávii
Calvani, Emilio; Březinová, Helena; Stahr, Radka; Ciaravolo, Massimo
2024 - English
Emilio Calvani Advisor: Prof. Bruno Berni Co-Advisor: Prof. Helena Březinová Abstract Reading the Post-migrant: Reinterpreting Migration Literature in Scandinavia. Throughout the 20th and 21st centuries, migration has played an increasingly important and pervasive role in Western societies. The current globalizing network that interconnects distant places allows people, information, and images to move with greater speed and ease. This varied flow of movement has also had radical demographic repercussions over time. More and more people are moving from the Global South to the Global North in search of better prospects, thus giving rise to new generations of individuals whose life experiences fade the boundaries between local and global, nation and world. This posits the very concept of migration, in the different declinations and forms in which it manifests itself daily, as one of the cornerstones for understanding contemporaneity. At the same time, the strategies by which societies themselves interpret and modulate metanarrative processes to present themselves often relegate such realities to a secondary position. Such processes, in fact, tend to marginalize all those voices that set out to narrate intertwined cultures, languages, and identities and, consequently, to include the perspective of migration in... Emilio Calvani Poradce: Prof. Bruno Berni Spolu-vedoucí: Prof. Helena Březinová Abstrakt Čtení post-migrant: Reinterpretace literatury o migraci ve Skandinávii. Během 20. a 21. století migrace hrála stále důležitější a všudypřítomnější roli v západních společnostech. Současné globalizující se sítě, které propojují vzdálená místa, umožňují lidem, informacím a obrazům pohybovat se s větší rychlostí a snadností. Tento různorodý tok pohybu měl také radikální demografické dopady v průběhu času. Stále více lidí se přesouvá z globálního jihu do globálního severu ve snaze o lepší vyhlídky, čímž vznikají nové generace jedinců, jejichž životní zkušenosti rozmazávají hranice mezi lokálním a globálním, národem a světem. To staví samotný koncept migrace, v různých odstínech a formách, v nichž se projevuje denně, jako jeden z rohových kamenů pro porozumění současnosti. Zároveň strategie, kterými samotné společnosti interpretují a modulují metanarativní procesy, často takové reality relagují na sekundární pozici. Tyto procesy totiž tendují marginalizovat všechny ty hlasy, které se snaží vyprávět propojené kultury, jazyky a identity a tím zahrnout perspektivu migrace do popisu reality stále otevřenější k vnějším vlivům. Výsledkem takového okrajování je vytvoření paralelních společností ve stejném prostoru a polarizace...
Keywords:
postmigrační|současná skandinávská literatura|postmonolingvální|kosmopolitismus|migrační literatura; post-migration|scandinavian contemporary literature|post-monolingualism|cosmopolitanism|migration literature
Available in a digital repository NRGL
Postava postmigranta: reinterpretace migrační literatury ve Skandinávii
Emilio Calvani Advisor: Prof. Bruno Berni Co-Advisor: Prof. Helena Březinová Abstract Reading the Post-migrant: Reinterpreting Migration Literature in Scandinavia. Throughout the 20th and 21st ...
Rozšíření metody smoothed particle hydrodynamics s využitím Poissonových závorek
Kincl, Ondřej; Pavelka, Michal; Richter, Thomas; Violeau, Damien
2024 - English
The thesis aims to find a generalization of smoothed particle hydrodynamics to fluid models which are compatible with Hamiltonian formulation of physics. We develop an approach based on a particle discretization of Poisson brackets. The main advantage of this approach is easy verification of conservation laws, which are related to the degree of consistency of discrete derivatives. Firstly, we demonstrate our technique on a particle approximation of symmetric hyperbolic thermodynamically compatible equations, which allow for unified description of fluids, viscoelastic materials and solids. Secondly, we develop a novel particle approximation for superfluid helium-4. 1 Tato práce zobecňuje metodu smoothed particle hydrodynamics na méně obvyklé rovnice, které jsou kompatibilní s Hamiltonovým formalismem. Náš postup využívá diskrétní částicové aproximace Poissonových závorek. Výhoda tohoto přístupu je snadné ověření konzervativních vlastností diskrétních rovnic, jež přímo vyplývají z konzistent- nosti použitých diferenciálních operátorů. Tuto strategii nejprve aplikujeme na symet- rické hyperbolické termodynamicky kompatibilní (SHTC) rovnice, což je model, který poskytuje jednotný popis tekutých, pevných i viskoelastických látek. Za druhé vytvoříme novou částicovou aproximaci Landauových rovnic pro supratekuté helium. 1
Keywords:
smoothed particle hydrodynamics|SHTC rovnice|supratekuté helium; smoothed particle hydrodynamics|SHTC equations|superfluid helium
Available in a digital repository NRGL
Rozšíření metody smoothed particle hydrodynamics s využitím Poissonových závorek
The thesis aims to find a generalization of smoothed particle hydrodynamics to fluid models which are compatible with Hamiltonian formulation of physics. We develop an approach based on a particle ...
Vlastnosti prostorů funkcí a operátorů na nich
Turčinová, Hana; Nekvinda, Aleš; Edmunds, David Eric; Sickel, Winfried
2024 - English
The present thesis is focused on the study of properties of function spaces con- taining measurable functions, and operators acting on them. It consists of four papers. In the first paper, we establish a new characterization of the set of Sobolev functions with zero traces via the distance function from the boundary of a do- main. This characterization is innovative in that it is based on the space L1,∞ a of functions having absolutely continuous quasinorms in L1,∞ . In the second paper, we investigate properties of certain new scale of spaces governed by a functional involving the maximal nonincreasing rearrangement and powers. Motivation for studying such structures stems from a recent research of sharp Sobolev embeddings into spaces furnished with Ahlfors measures. In the third paper, we extend discretization techniques for Lorentz norms by eliminating nondegeneracy restrictions on weights. We apply the method to characterize general embeddings between classical Lorentz spaces. In the fourth paper, we characterize triples of weights for which an inequality involving the superposition of two integral operators holds. We apply results from the third paper to avoid duality and to obtain thereby a general result. 1 Tato disertační práce je věnována studiu vlastností prostorů funkcí a operátorů na nich. Práce sestává ze čtyř vědeckých článků. V prvním článku uvádíme novou charakterizaci množiny Sobolevových funkcí s nulovou stopou pomocí funkce vzdálenosti od hranice oblasti. Tato charakteri- zace nově využívá prostor L1,∞ a , který obsahuje funkce z prostoru L1,∞ s absolutně spojitou kvazinormou. Ve druhém článku zkoumáme vlastnosti jisté nové škály prostorů, které jsou definovány pomocí funkcionálu založeného na maximálním nerostoucím přerovná- ní a mocninách. Motivace pro studium těchto struktur pochází z nedávného výzkumu optimálních Sobolevových vnoření do prostorů s Ahlforsovou mírou. Ve třetím článku rozšiřujeme existující diskretizační metodu pro Lorentzovy normy tak, aby ji bylo možno uplatnit i pro degenerované váhy. Pomocí této nové techniky charakterizujeme obecné vnoření mezi klasickými Lorentzovými prostory. Ve čtvrtém článku charakterizujeme trojice vah, pro které platí nerovnosti ob- sahující superpozici dvou integrálních operátorů. Aplikace výsledků třetího článku nám dovolí vynechat techniky založené na dualitě, a získat tím obecnější výsledek. 1
Keywords:
Banachovy prostory funkcí|Sobolevovy prostory|prostory invariantní vůči nerostoucímu přerovnání|váhové nerovnosti|nulové stopy; Banach function spaces|Sobolev spaces|rearrangement-invariant spaces|weighted inequalities|zero traces
Available in a digital repository NRGL
Vlastnosti prostorů funkcí a operátorů na nich
The present thesis is focused on the study of properties of function spaces con- taining measurable functions, and operators acting on them. It consists of four papers. In the first paper, we ...
Pokročilé výpočetní metody pro detekci CNV v bakteriálních genomech
Jugas, Robin; Bystrý, Vojtěch; Šafránek,, David; Vítková, Helena
2024 - English
Hlavní pozornost v oblasti strukturálních variací je zaměřena na lidské genomy. Detekce změny variace počtu kopií (CNV) u bakterií je tedy méně rozvinutou oblastí. Běžně používané metody detekce CNV neberou v úvahu specifika bakteriálních kruhových genomů a obecně existuje prostor pro zlepšení metrik výkonnosti. Tato práce představuje metodu detekce CNV nazvanou CNproScan zaměřenou na bakteriální genomy. CNproScan implementuje hybridní přístup kombinující signály hloubky čtení a párů čtení. Bere v potaz všechny vlastnosti bakterií a využívá pouze sekvenační data. Na základě výsledků ze srovnání dosáhl CNproScan velmi dobrých výsledků v různých podmínkách. Pomocí informací z párových čtení jsou CNV klasifikovány do několika kategorií. Ve srovnání s jinými metodami může CNproScan také detekovat mnohem kratší CNV. Vzhledem k nutnosti slučovat nejen signály různých přístupů, ale také výsledky různých algoritmů, dizertační práce také představuje pipelinu nazvanou ProcaryaSV vyvinutou k detekci CNV s využitim pěti nástrojů a slučování jejich výsledků. ProcaryaSV se stará o celý postup od kontroly kvality čtení, ořezávání konců čtení, zarovnání čtení až k detekci CNV. The focus in the field of structural variations is mainly focused on human genomes. Thus, detecting copy number variation (CNV) in bacteria is a less developed field. Commonly used CNV detection methods do not consider the features of bacterial circular genomes and generally, there is a space to improve performance metrics. This thesis presents a CNV detection method called CNproScan focused on bacterial genomes. CNproScan implements a hybrid approach combining read depth and read pair signals. It considers all bacteria features and depends only on NGS data. Based on the benchmarking results, the CNproScan achieved very well in various conditions. Using the read pair information, the CNVs are classified into several categories. Also, compared with other methods, CNproScan can detect much shorter CNV events. Because of the necessity of merging not only the various feature signals but also the results of different algorithms, the thesis also introduces a pipeline called ProcaryaSV developed to easily employ five CNV detection tools and merge their results. ProcaryaSV handles the whole procedure from quality check, reads trimming, and alignment to the CNV calling.
Keywords:
Next-generation sequencing; Structural variation; Copy number variation; Bacteria; sekvenování nové generace; strukturální variace; variace počtu kopií; bakterie
Available in a digital repository NRGL
Pokročilé výpočetní metody pro detekci CNV v bakteriálních genomech
Hlavní pozornost v oblasti strukturálních variací je zaměřena na lidské genomy. Detekce změny variace počtu kopií (CNV) u bakterií je tedy méně rozvinutou oblastí. Běžně používané metody detekce CNV ...
Vývoj infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací v silných magnetických polích
Dubnická Midlíková, Jana; Marsik, Přemysl; Schnegg, Alexander; Neugebauer, Petr
2024 - English
Infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací (FTIR) v silných magnetických polích, zkráceně FTIR magnetospektroskopie, je výkonná spektroskopická technika používaná ke zkoumání mnoha důležitých jevů v materiálech, např. elektronové paramagnetické rezonance, cyklotronové rezonance a přechodů mezi Landauovými hladinami. Navzdory svému obrovskému potenciálu ve fyzice pevných látek jsou infračervené magnetospektrometry stále poměrně vzácné a vyráběné na zakázku, protože takové systémy obvykle vyžadují složitou infrastrukturu. Tato disertační práce podrobně popisuje návrh a realizaci univerzálního FTIR magnetospektroskopického zařízení pracujícího v rozsahu 50 – 10 000 cm-1, silném magnetickém poli až 16 T a teplotách mezi 2 – 320 K umístěné na Středoevropském technologickém institutu VUT v Brně. Toto zařízení nám umožňuje provádět různá magnetooptická měření v rozsahu od THz/vzdálené infračervené oblasti (FIR) až po blízkou infračervenou oblast (NIR). Skládá se z komerčního FTIR spektrometru spojeného s 16 T bezkryogenním supravodivým magnetem pomocí na míru navržené optické spojky a přenosových sond určených pro experimenty s více detektory a vzorky ve Faradayově geometrii. Novinka tohoto uspořádání spočívá v použití supravodivého magnetu bez kryogenu. Optimalizovali jsme a otestovali výkonnost FTIR magnetospektroskopického zařízení pro různé konfigurace a určili použitelný rozsah zařízení. Funkčnost FTIR magnetospektroskopického zařízení byla prokázána magnetooptickými měřeními štěpení při nulovém poli v jednoiontovém magnetu na bázi kobaltu(II) v oblasti FIR, nepřímých mezipásmových přechodů mezi Landauovými hladinami (LLs) v germániu v NIR oblasti a mezipásmových přechodů mezi LLs v grafenu v oblasti FIR. Kromě toho jsme změřili volt-ampérové charakteristiky grafenových bolometrických zařízení. Fourier-transform infrared (FTIR) spectroscopy in high magnetic fields, concisely FTIR magneto-spectroscopy, is a powerful spectroscopic technique used to investigate many important effects in materials, e.g., electron paramagnetic resonance, cyclotron resonance, and transitions between Landau levels. Despite their enormous potential in solid-state physics, infrared magneto-spectrometers are still relatively rare and custom-made since such systems generally require complex infrastructure. This doctoral thesis describes in detail the design and implementation of a versatile FTIR magneto-spectroscopic setup operating in the range of 50 – 10 000 cm-1, high magnetic field up to 16 T and temperatures between 2 – 320 K located at the Central European Institute of Technology of Brno University of Technology. This setup allows us to perform a variety of magneto-optical measurements spanning the range from THz/far-infrared (FIR) to near-infrared (NIR). It consists of a commercial FTIR spectrometer coupled to a 16 T cryogen-free superconductive magnet by the custom-designed optical coupling and transmission probes designed for experiments with multiple detectors and samples in Faraday geometry. The novelty of the setup lies in the usage of a cryogen-free superconducting magnet. We have optimized and tested the performance of the FTIR magneto-spectroscopic setup for various configurations and determined a workable setup range. The functionality of the FTIR magneto-spectroscopic setup was demonstrated by the magneto-optical measurements of the zero-field splitting in cobalt(II)-based single ion magnet in the FIR region, indirect inter-band transitions between Landau levels (LLs) in germanium in the NIR region, and inter-band transitions between LLs in graphene in the FIR region. Moreover, we measured the I-V characteristics of graphene bolometer devices.
Keywords:
Fourier-transform infrared (FTIR) magneto-spectroscopy; FTIR magneto-spectroscopic setup; cryogen-free superconducting magnet; single-molecule magnets; electron paramagnetic resonance; Landau levels; infračervená magnetospektroskopie s Fourierovou transformací (FTIR); FTIR magnetospektroskopické zařízení; supravodivý magnet bez kryogenu; jednomolekulové magnety; elektronová paramagnetická rezonance; Landauovy hladiny
Available in a digital repository NRGL
Vývoj infračervené spektroskopie s Fourierovou transformací v silných magnetických polích
Infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací (FTIR) v silných magnetických polích, zkráceně FTIR magnetospektroskopie, je výkonná spektroskopická technika používaná ke zkoumání mnoha ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases