No (490)
Number of found documents:
490
Published from
to
Identification of parentage in chamois (Rupicapra rupicapra) from NP Gran Paradiso
Poláková, Radka
2013 - English
We analysed 47 faecal samples of chamois (32 samples of kids and 15 samples of females). The remaining DNA samples comprised 28 tissue samples of males and other females. Tissue samples were stored in 96% ethanol and faecal samples were placed straight into silicagel. DNA from faecal and tissue samples was extracted using commercial kits. Parentage was determined using the likelihood-based approach in CERVUS 3.0 and these results were confirmed by the program ML-Relate. We found parentage in the case of seven males that sired ten kids.
Keywords:
paternity analysis; microsatellites; Rupicapra rupicapra; conservation genetic
Available at various institutes of the ASCR
Identification of parentage in chamois (Rupicapra rupicapra) from NP Gran Paradiso
We analysed 47 faecal samples of chamois (32 samples of kids and 15 samples of females). The remaining DNA samples comprised 28 tissue samples of males and other females. Tissue samples were stored in ...
Metodika pro zjišťování početnosti hlodavců v lesním prostředí
Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
2012 - Czech
Metodika poskytuje návod na provádění monitoringu početnosti hlodavců v lesním prostředí se zaměřením na druhy, které způsobují škody na výsadbě listnatých dřevin. Data o početnosti hlodavců jsou základním předpokladem pro racionální opatření na ochranu výsadeb. Metodika je doplněna základními daty o ekologii cílových druhů. Příručka přispívá k porozumění problematiky vzniku poškození stromků v širších souvislostech a může přispět k efektivnímu vynakládání prostředků na prevenci škod. Metodika je určena především pro pracovníky v lesnické praxi. This methodology provides us with instruction how to monitor rodent densities in forest environment and is concentrated on the species causing damage to broad-leaved forest plantings. Principle presumption for effective plantings protection control is to know rodent’s population density. Basic ecological informations about the target species are also included. This methodology book contribute to better understanding of young tree damage origin in broader connections and contribute to more effective input on damage prevention. Methodology is addressed above all to forest practices workers.
Keywords:
rodents; young tree damage
Available at various institutes of the ASCR
Metodika pro zjišťování početnosti hlodavců v lesním prostředí
Metodika poskytuje návod na provádění monitoringu početnosti hlodavců v lesním prostředí se zaměřením na druhy, které způsobují škody na výsadbě listnatých dřevin. Data o početnosti hlodavců jsou ...
Ichtyologický a hydrobiologický průzkum VN Hamry
Jurajda, Pavel; Adámek, Zdeněk; Konečná, Markéta; Jurajdová, Zdenka; Janáč, Michal; Ondračková, Markéta; Chaloupková, Lucie; Štěpina, Jan; Šlapanský, Luděk
2012 - Czech
Cílem celé studie, která probíhá již od roku 2008, je využití VN Hamry jako modelového objektu pro biomanipulační zásahy s rybím společenstvem v rámci zlepšení kvality vody v nádrži. Prvotním zájmem správce VN, podniku Povodí Labe, s.p., je vysoká kvalita vody pro pitné účely, takže zde nedochází ke konfliktu zájmů více zainteresovaných stran. Cílem bylo rovněž zjistit, zda je vůbec reálné v podmínkách VN provádět efektivní biomanipulace s rybím společenstvem. This study, which has been running since 2008, examines the use of the Hamry Water Reservoir as a model for fish community biomanipulation studies with the aim of improving water quality. Of primary interest to the Reservoir administrators, the Elbe River Basin authority s.p., is the maintenance of high water quality for drinking purposes, thereby preventing conflict of interest with multiple stakeholders. In addition, the study aims to determine whether biomanipulation of fish communities can be undertaken effectively in a reservoir.
Keywords:
ichthyological monitoring; water reservoir Hamry
Available at various institutes of the ASCR
Ichtyologický a hydrobiologický průzkum VN Hamry
Cílem celé studie, která probíhá již od roku 2008, je využití VN Hamry jako modelového objektu pro biomanipulační zásahy s rybím společenstvem v rámci zlepšení kvality vody v nádrži. Prvotním zájmem ...
Multilocus phylogeny of Sciurini tree squirrels
Pečnerová, P.; Martínková, Natália
2012 - English
Phylogenetic relationships inside the tribe Sciurini produce conflict between older morphological research and modern molecular studies. We provided a detailed phylogenetic analysis by incorporating eight loci and various methods of data processing. We used prevailing and user-friendly software packages (Geneious, BioEdit, MrBayes, ModelTest). Evolutionary history of Sciurini squirrels was examined by means of Bayesian inference of concatenated data set and six supertree construction methods. The concatenated data and supertrees generated by SuperTriplets, modified MinCut, standard MRP and veto supertree (without source tree correction) yielded similar results with taxa grouped according to their zoogeographic distribution. The genus Tamiasciurus formed a separate evolutionary lineage at the base of our trees and the other taxa gradually diverged into Palaearctic/Indomalayan, Nearctic and Neotropical groups. The other used methods, MinCut, Purvis-MRP and veto (with source tree correction) showed deviations from this pattern.
Keywords:
phylogeny; supermatrix; supertree; squirrels
Available at various institutes of the ASCR
Multilocus phylogeny of Sciurini tree squirrels
Phylogenetic relationships inside the tribe Sciurini produce conflict between older morphological research and modern molecular studies. We provided a detailed phylogenetic analysis by incorporating ...
Reconstructing phylogeny from patchy data of rodents
Martínková, Natália; Moravec, J.
2012 - English
To reveal phylogeny of sparsely sequenced taxa, standard methods could not be successfully used due to patchy character of data and new methods had to be developed. We summarize such methods and present their funcionality on phylogeny of Arvicolini voles. Analyzing tree space with terraces, we have found that supermatrix approach is superior to supertree approach in extracting signal from data and determining a resolved and well-supported phylogeny. The most widely used program from Bayesian phylogeny inference fails to determine the correct lengths of branches in a large supermatrix with a lot of missing data, it still successfully determines the true tree topology.
Keywords:
phylogeny; supermatrix; supertree; arvicolini; Bayesian inference
Available at various institutes of the ASCR
Reconstructing phylogeny from patchy data of rodents
To reveal phylogeny of sparsely sequenced taxa, standard methods could not be successfully used due to patchy character of data and new methods had to be developed. We summarize such methods and ...
Vyhodnocení druhového složení a početnosti společenstev juvenilních ryb ve vazbě na hodnocení dobrého stavu vod na zadaných profilech v povodí Odry
Jurajda, Pavel; Janáč, Michal; Jurajdová, Zdenka; Konečná, Markéta; Vašek, Mojmír
2012 - Czech
Cílem této zprávy je vyhodnocení druhového složení a početnosti společenstev juvenilních ryb na zadaných profilech v povodí Odry ve vazbě na hodnocení dobrého stavu vod, jako podklad pro aktualizaci Plánu dílčího povodí Horní Odry dle platných metodik Ministerstva životního prostředí ČR. The aim of this report is to evaluate species composition and abundance of juvenile fish communities along specified profiles along the Oder in relation to the assessment of good water status, as a basis for updating the "Plan for the Upper Odra River sub-basin" in accordance with appropriate methodologies laid down by the Ministry of the Environment.
Keywords:
juvenile fish; River Oder
Available at various institutes of the ASCR
Vyhodnocení druhového složení a početnosti společenstev juvenilních ryb ve vazbě na hodnocení dobrého stavu vod na zadaných profilech v povodí Odry
Cílem této zprávy je vyhodnocení druhového složení a početnosti společenstev juvenilních ryb na zadaných profilech v povodí Odry ve vazbě na hodnocení dobrého stavu vod, jako podklad pro aktualizaci ...
Metodika pro odhad poškození způsobeného hlodavci ohryzem kůry na obnově lesa
Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
2012 - Czech
Metodika poskytuje návod, jak na základě jednoduchých kritérií odhadovat rozsah ohryzu kůry, který působí hlodavci ve výsadbách listnatých dřevin. Získaná data lze využít pro objektivní zjišťování rozsahu poškození stromků i pro vyčíslování škod, které tím hlodavci působí. Exaktní data o ohryzu kůry mohou být využita jako zpětná vazba pro ověřování účinnosti opatření podniknutá na ochranu kultur před hlodavci i pro racionální posuzování vztahu mezi náklady vynaloženými na ochranu kultur a náklady na dosadbu poškozených porostů. This methodology provides us with instructions, how to estimate extent of bark damage by gnawing caused by rodents on forest plantings based on a simple criterions. Data obtained may be used for objective assessment of rodent origin tree damage extent and its total value calculation. Exact data on tree damage can be used as a back coupling for damage prevention effectiveness. Relation between the rodent damage prevention costs and damaged area replanting costs may be retrospectively considered.
Keywords:
rodents; tree damage; forest regeneration
Available at various institutes of the ASCR
Metodika pro odhad poškození způsobeného hlodavci ohryzem kůry na obnově lesa
Metodika poskytuje návod, jak na základě jednoduchých kritérií odhadovat rozsah ohryzu kůry, který působí hlodavci ve výsadbách listnatých dřevin. Získaná data lze využít pro objektivní zjišťování ...
Tree of life in a gappy genomic era
Martínková, Natália
2012 - English
Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and computational infrestructure. I present the character of DNA sequence matrices for multilocus datasets, which contain large portions of missing data. A condition critical for analysis of multilocus data is that datasets for all loci or genes need to have partially overlapping taxon sets. The work-flow for analysing such data differs between supermatrix and supertree estimation of species trees. In the supermatrix approach, aligned sequences for all genes are concatenated and the species tree is estimated directly from a partitioned matrix. In the supertree approach, gene sequence alignments are used for inference of gene trees. Those are then combined into a species supertree. Smaller projects could benefit from utilising all available information in the supermatrix. Larger projects should rely on supertree methods for computational optimisation.
Keywords:
DNA sequence evolution; phylogeny; multilocus genotyping; supermatrix; supertree
Available at various institutes of the ASCR
Tree of life in a gappy genomic era
Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and ...
Monitoring velkých šelem v EVL Beskydy v roce 2012
Koubek, Petr
2012 - Czech
Cílem projektu je s použitím různých metod monitoringu zhodnotit stav populací velkých šelem (rys, vlk, medvěd) na území EVL Beskydy a vypracovat doporučení pro jejich ochranu. The aim of the project is to evaluate the status of large carnivores’ populations (European lynx, wolf, and brown bear) in SCI Beskydy using different monitoring methods.
Keywords:
large carnivores; Beskydy Mts.
Available at various institutes of the ASCR
Monitoring velkých šelem v EVL Beskydy v roce 2012
Cílem projektu je s použitím různých metod monitoringu zhodnotit stav populací velkých šelem (rys, vlk, medvěd) na území EVL Beskydy a vypracovat doporučení pro jejich ochranu....
Genetic diversity in populations
Martínková, Natália; Zemanová, Barbora
2011 - English
Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is often the first indication of detrimental processes affecting populations, such as reduction in the number of breeding individuals or breeding of close relatives. Nucleotide diversity shows how different the sequences of a given gene are in a population. Gene diversity estimates how likely two individuals are to share the same sequence of a gene. Number of alleles is the count of different versions of a gene with differing sequences, and this is corrected for sample size in estimation of allelic richness. Heterozygosity is the average frequency that an individual will have two different copies of a gene.
Keywords:
nucleotide diversity; haplotype diversity; heterozygosity; Hardy-Weinberg equilibrium
Available at various institutes of the ASCR
Genetic diversity in populations
Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases