Number of found documents: 30250
Published from to

Systémové hodnocení kvality paliativní péče v ČR
Žáčková, Lucie; Loučka, Martin; Vosečková, Alena; Dobríková, Patricia
2024 - Czech
In both the social work and health sector, there is an increasing emphasis on monitoring and improving the quality of care and services provided. In both areas, quality standards are already established in wider practice and attention is therefore focused on monitoring the quality of services and care at a system level. However, this requires the availability of appropriate tools. This also applies to palliative care, which is developing rapidly in the Czech Republic and whose need will continue to increase as a result of the prolongation of life expectancy. The theoretical part of this dissertation shows, through the example of palliative care, the deeper interconnection of the social and health spheres. It occurs thanks to its holistic approach to the patient and the irreplaceable role of social workers in a multidisciplinary team. There is also a growing demand in palliative care for systematic quality monitoring and improvement of care and services. The theoretical part summarizes knowledge regarding the development and use of quality indicators, presents examples of systematic quality measurement in palliative care abroad and compares their strengths and weaknesses. The empirical part deals with the creation and subsequent pilot implementation of a methodology for assessing the quality of... Jak v sociální práci, tak ve zdravotní oblasti je kladen stále větší důraz na monitorování a zlepšování kvality poskytované péče a služeb. V obou oblastech jsou již do širší praxe zavedeny standardy kvality, pozornost se proto zaměřuje na sledování kvality služeb a péče na systémové úrovni. K tomu je však potřeba disponovat vhodnými nástroji. To platí rovněž pro paliativní péči, která se v ČR rychle rozvíjí, a jejíž potřebnost se bude v důsledku prodlužování naděje dožití dále zvyšovat. Teoretická část této dizertační práce ukazuje na příkladu paliativní péče hlubší propojování sociální a zdravotní oblasti, k němuž dochází díky jejímu holistickému přístupu k pacientovi a nezastupitelné roli sociálních pracovníků v multidisciplinárním týmu. Také v paliativní péči roste poptávka po systémovém sledování kvality a zlepšování péče a služeb. Teoretická část sumarizuje znalosti ohledně tvorby a využití indikátorů kvality, přináší příklady systémového měření kvality paliativní péče v zahraniční a porovnává jejich silné a slabé stránky. Empirická část se zabývá tvorbou a následnou pilotní implementací metodiky pro hodnocení kvality hospicové a paliativní péče, která byla vyvinuta speciálně pro české prostředí v úzké spolupráci s koncovými uživateli (domácími a lůžkovými hospici). Hlavním cílem výzkumně... Keywords: měření kvality péče; paliativní péče; indikátory kvality; zlepšování kvality; implementace; hospicová péče; RE-AIM rámec; sociální práce; quality of care measurement; palliative care; quality indicators; quality improvement; implementation; hospice care; RE-AIM framework; social work Available in a digital repository NRGL
Systémové hodnocení kvality paliativní péče v ČR

In both the social work and health sector, there is an increasing emphasis on monitoring and improving the quality of care and services provided. In both areas, quality standards are already ...

Žáčková, Lucie; Loučka, Martin; Vosečková, Alena; Dobríková, Patricia
Univerzita Karlova, 2024

Problematika začlenění ekosystémových služeb do rozhodovacích procesů a tvorby politik
Daněk, Jan; Vačkářová, Davina Elena; Mederly, Peter; Schneider, Jiří
2024 - Czech
The ecosystem services (ES) framework enables a better understanding of the benefits of nature to people and society. Thus it can help to inform decision-making and promote a more sustainable use of nature and landscape. Although the number of scientific publications on ES is steadily increasing, the actual application of ES knowledge in policy, decision-making and practice by actors is still very limited. The dissertation examines through several sub-studies whether and how the ES framework is already implemented in policies and in the real decision-making practice of various actors in the Czech Republic, and what the possibilities are of using this framework. The methods used include policy content analysis, semi-structured interviews, participatory workshops, focus groups, questionnaire survey with participatory mapping and a systematic literature review. The individual studies are then embedded in a conceptual framework of impact assessment for policy and decision-making. The results show that although the ES framework is relatively abundant in key national environmental policies, its application in decision-making is minimal. The identified gap between the existing level of implementation in policies and the very limited use in decision-making and practice can be explained by a number of... Koncept ekosystémových služeb (ES) umožňuje lépe porozumět přínosům přírody pro člověka a společnost a tím napomoci informovanějšímu rozhodování a udržitelnějšímu využívání přírody a krajiny. Přestože množství vědeckých publikací s tématem ES neustále roste, reálné využití znalostí o ES v politikách, rozhodování a praxi aktérů je stále velmi omezené. Disertační práce prostřednictvím několika dílčích studií zkoumá, zdali a jak je koncept ES již implementován v politikách i v reálné rozhodovací praxi různých aktérů v ČR, a jaké jsou možnosti využití tohoto konceptu. Použité metody zahrnují obsahovou analýzu národních politik, polostrukturované rozhovory, participativní semináře, focus group, dotazníkové šetření s participativním mapováním a systematickou literární rešerši. Jednotlivé dílčí studie jsou pak zasazeny do konceptuálního rámce hodnocení dopadu na politiku a rozhodování. Z výsledků vyplývá, že přestože je koncept ES poměrně hojně zastoupen v klíčových národních environmentálních politikách ČR, jeho aplikace v rozhodování je minimální. Zjištěnou mezeru mezi existující úrovní implementace v politikách a velmi omezeným využitím v rozhodování a praxi různých institucí, je možné vysvětlit řadou identifikovaných překážek. Představené dílčí studie demonstrují vybrané možnosti, jak lze podpořit... Keywords: ekosystémové služby; přínosy přírody lidem; implementace; rozhodování; politiky; participace aktérů; národní platforma; rozhraní vědy a politiky; chráněná území; ecosystem services; nature's contributions to people; implementation; decision-making; policy; stakeholder participation; national platform; science-policy interface; protected areas Available in a digital repository NRGL
Problematika začlenění ekosystémových služeb do rozhodovacích procesů a tvorby politik

The ecosystem services (ES) framework enables a better understanding of the benefits of nature to people and society. Thus it can help to inform decision-making and promote a more sustainable use of ...

Daněk, Jan; Vačkářová, Davina Elena; Mederly, Peter; Schneider, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Eseje o Mezinárodní Migraci
Adunts, Davit; Mittag, Nikolas Karl; Elsner, Benjamin; Dinkelman, Taryn
2024 - English
This thesis explores the effects of international migration on human capital formation in countries of origin. The first chapter investigates the short-run effect of paternal absence due to circular migration on the perseverance skills of children left behind. Using exogenous variation in the timing of return migration induced by bilateral migration laws between Ukraine and Poland, I show that current paternal absence due to circular migration negatively affects the perseverance skills of children left behind. This result is not explained by cognitive skills and is robust to including school and classroom fixed effects. The second chapter (jointly with Bohdana Kurylo) examines the impact of international migration opportunities on origin-country skills composition by exploiting changes in migration opportunities induced by visa liberalization between EU countries and Ukraine. Our results suggest that greater opportunities to emigrate to EU countries increased the probability students will choose subjects that are more likely to lead to internationally transferable skills in Ukraine. We find no evidence that greater opportunities to emigrate to the EU significantly affect student performance or the probability of failing exams in subjects that are likely to lead to more internationally transferable... Tato práce zkoumá vliv mezinárodní migrace na tvorbu lidského kapitálu v zemích původu. První kapitola zkoumá krátkodobý vliv nepřítomnosti otců v důsledku cirkulační migrace na vytrvalostní schopnosti dětí, které zůstaly v zemi původu. Na základě exogenní variability v načasování návratové migrace vyvolané bilaterálními migračními zákony mezi Ukrajinou a Polskem ukazuji, že nepřítomnost otců v důsledku cirkulační migrace negativně ovlivňuje vytrvalostní dovednosti dětí, které zůstaly na Ukrajině. Tento výsledek není vysvětlen kognitivními dovednostmi a je robustní při zahrnutí fixních efektů školy a třídy. Druhá kapitola (společně s Bohdanou Kurylovou) zkoumá dopad mezinárodních migračních příležitostí na složení kvalifikací v zemích původu na základě změn migračních příležitostí vyvolaných liberalizací vízového režimu mezi zeměmi EU a Ukrajinou. Naše výsledky naznačují, že větší možnosti emigrace do zemí EU zvýšily pravděpodobnost, že si ukrajinští středoškoláci zvolí předměty, které s větší pravděpodobností povedou k mezinárodně přenositelným dovednostem. Nenašli jsme žádné důkazy o tom, že by větší možnosti emigrace do EU významně ovlivňovaly výsledky studentů nebo pravděpodobnost neúspěšného složení zkoušek z předmětů, které povedou k mezinárodně přenositelnějším dovednostem. To naznačuje, že... Keywords: Migrační příležitosti; Lidský kapitál; Výkonnost studentů; Cirkulační migrace; Děti ponechánybez rodičů; Schopnost vytrvat; Formování sociálně-emocionálních dovedností; Remitence,Efekty přelévání; Migration opportunities; Human capital; Student performance; Circular migration; Childrenleft behind; Perseverance skills; Formation of socio-emotional skills; Remittances; Spillovereffects Available in a digital repository NRGL
Eseje o Mezinárodní Migraci

This thesis explores the effects of international migration on human capital formation in countries of origin. The first chapter investigates the short-run effect of paternal absence due to circular ...

Adunts, Davit; Mittag, Nikolas Karl; Elsner, Benjamin; Dinkelman, Taryn
Univerzita Karlova, 2024

Reaktivní modifikace RNA pro biokonjugace s proteiny a nové enzymové metody pro syntézu RNA s modifikovanými bázemi
Brunderová, Mária; Hocek, Michal; Míšek, Jiří; Vaňáčová, Štěpánka
2024 - English
This doctoral thesis focuses on the enzymatic synthesis of base-modified RNA probes with diverse functional groups, including reactive cross-linking, hydrophobic and fluorescent moieties, or affinity tags. The construction of nucleobase-modified oligonucleotides is accomplished either through conventional in vitro transcription with T7 RNA polymerase or by an innovative approach leveraging engineered mutant DNA polymerases and primer extension reaction (PEX). In the first section of the thesis, a novel ribonucleoside triphosphate building block with reactive chloroacetamide functionality was synthesised using an aqueous Pd-catalysed Sonogashira cross- coupling reaction, directly applied on iodinated nucleotide. The chloroacetamide modified triphosphate was then tested as a putative substrate for T7 RNA polymerase in in vitro transcription reaction, aiming to construct RNA probes with one or multiple reactive groups. The selectivity of chloroacetamide- modified RNA for thiol-, or cysteine-, and histidine-containing (bio)molecules was demonstrated by model bioconjugation reactions and cross-linking experiments with three RNA-binding proteins of diverse structures and functions. The efficient formation of RNA-protein covalent adducts was confirmed by western blot or gel, and mass spectrometry analyses... Tato disertační práce je zaměřena na enzymovou syntézu na bázi modifikovaných RNA s různými funkčními skupinami, včetně reaktivních pro síťování proteinů, hydrofobních a fluorescenčních skupin nebo afinitních značek. Konstrukce oligonukleotidů modifikovaných na bázi je zabezpečena buď konvenční in vitro transkripcí s T7 RNA polymerázou, nebo inovativním přístupem využívajícím upravené mutantní DNA polymerázy a reakci prodlužování primerů (PEX). V první části práce byl nasyntetizován nový ribonukleosid trifosfátový stavební blok s reaktivní chloracetamidovou funkční skupinou pomocí Sonogashirovy kaplingové reakce ve vodní fázi katalyzované Pd, přímo aplikované na jodovaný nukleotid. Chloracetamidem modifikovaný trifosfát byl poté testován jako vhodný substrát pro in vitro transkripci s T7 RNA polymerázou s cílem zkonstruovat RNA sondy s jednou nebo více reaktivními skupinami. Selektivita chloracetamidem modifikovaných RNA pro thiol, nebo cystein a histidin obsahující (bio)molekuly byla ukázána modelovými biokonjugačními reakcemi a experimenty pro síťování se třemi RNA-vazebnými proteiny s různými strukturami a funkcemi. Účinná tvorba kovalentních RNA-protein aduktů byla potvrzena western blotem, gelovou elektroforézou a hmotnostní analýzou, které byly prováděny za denaturačních podmínek.... Keywords: RNA; nukleotidy; biokonjugace; RNA; nucleotides; bioconjugations Available in a digital repository NRGL
Reaktivní modifikace RNA pro biokonjugace s proteiny a nové enzymové metody pro syntézu RNA s modifikovanými bázemi

This doctoral thesis focuses on the enzymatic synthesis of base-modified RNA probes with diverse functional groups, including reactive cross-linking, hydrophobic and fluorescent moieties, or affinity ...

Brunderová, Mária; Hocek, Michal; Míšek, Jiří; Vaňáčová, Štěpánka
Univerzita Karlova, 2024

Suverenita, právo a moc v raných a výmarských spisech Carla Schmitta
Kollert, Lukáš; Jinek, Jakub; Gümplová, Petra; Chotaš, Jiří
2024 - Czech
v anglickém jazyce In my thesis, I scrutinize reflection of the relationship between sovereignty, law and power, and the problem of realizing law in the decisionist theory of Carl Schmitt (1888-1985), as presented in his early and Weimar writings, i.e. in the texts published before 1933. Following introductory remarks on the subject, scope and methodology of the thesis, I open it with a few observations on the relationship between law and power in general. Afterwards, I present basic features of the order typical for modern state, which plays an essential role for Schmitt's philosophy, and outline key attributes of the main theoretical approaches in the 19th century jurisprudence. Subsequently, I examine the problem of the realization of law in connection with the concepts of state, dictatorship and sovereignty in The Value of the State and the Significance of the Individual, Dictatorship and Political Theology and argue that it forms the central axis of Schmitt's decisionism. Dealing with the question of how to distinguish a sovereign from a mere wielder of power, I further analyse Schmitt's concepts of representation and office. Given that it is not clear in Political Theology whom to designate as sovereign in a modern democratic state, I put forward an answer to the question of whether,... v českém jazyce Práce se zaměřuje na reflexi vztahu suverenity, práva a moci a problému uskutečnění práva v decisionistické teorii Carla Schmitta (1888-1985) v podobě, v níž byla představena v jeho raných a výmarských spisech, tj. v textech publikovaných do roku 1933. V práci se po úvodním představení tématu, rozsahu a metodologie práce zaměřuji na otázku po vztahu práva a moci obecně, předvádím základní specifika řádu moderního státu, jenž hraje pro Schmittovu filosofii podstatnou roli, a načrtávám klíčové znaky hlavních směrů na poli právní vědy v 19. století. Následně zkoumám problém uskutečnění práva jako základní osu Schmittova decisionismu v souvislosti s pojmy státu, diktatury a suverenity v Hodnotě státu a významu jednotlivce, Diktatuře a Politické theologii. V souvislosti s tázáním, jak odlišit suveréna od pouhého držitele moci, dále zaměřuji pozornost na pojmy reprezentace a úřadu. V kontextu nejasnosti, kdo je vlastně suverénem v moderním demokratickém státě, načrtávám odpověď na otázku, zda je jím podle Schmitta populus, multitudo nebo suverénní diktátor. V další části se soustředím na Pojem politična, sociální předpoklady decise, dialektiku politického a společenských antagonismů a Schmittovu kritiku procesu depolitizace a argumentuji, že hlavním bodem Schmittova programu na začátku... Keywords: Carl Schmitt|suverenita|právo|stát|moc|diktatura|výjimečný stav|uskutečnění práva|reprezentace|lid|masa; Carl Schmitt|sovereignty|law|state|power|dictatorship|state of exception|realization of law|representation|people|multitude Available in a digital repository NRGL
Suverenita, právo a moc v raných a výmarských spisech Carla Schmitta

v anglickém jazyce In my thesis, I scrutinize reflection of the relationship between sovereignty, law and power, and the problem of realizing law in the decisionist theory of Carl Schmitt (1888-1985), ...

Kollert, Lukáš; Jinek, Jakub; Gümplová, Petra; Chotaš, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Komunita a (ne)individualizovaný jedinec. Případ fanouškovství
Hásová, Veronika; Buriánek, Jiří; Sekot, Aleš; Numerato, Dino
2024 - Czech
This dissertation examines sports fandom through the lens of sociology of community. The aim of the thesis is to verify the functionality of the concept of community in contemporary Czech individualized society and to propose a possible grasp of the concept for analytical research. Thus, the theoretical part focuses on aspects that can be helpful to define, explore and compare communities in today's society. The empirical part is based on a qualitative case study combined with an ethnographic approach, where the focus is on one particular community, the community of hockey fans. The findings show that the fan community has undergone two generational changes in the period under study and that social relationships are a very important element for all processes in the community to ensure a sense of belonging to the community and the very survival of the community over time. Community is still a functional term that dynamically changes in response to social change and should certainly not be neglected by sociological research, for example because of its unclear conceptualisation. That is, it is possible to think of individuation and community as parallel processes that form a dialectical relationship with each other, rather than as mutually exclusive. Key words: community, individualization, fandom,... Disertační práce se věnuje sportovnímu fanouškovství skrze optiku sociologie komunit. Cílem práce je ověřit funkčnost konceptu komunity v současné české individualizované společnosti a navrhnout možné uchopení konceptu pro analytické zkoumání. V teoretické části se tak zaměřuje na aspekty, které mohou pomoci komunity v dnešní společnosti definovat, zkoumat a porovnávat. Empirická část je založena na kvalitativní případové studii v kombinaci s etnografickým přístupem, kdy se zaměřuje na jednu konkrétní komunitu, komunitu hokejových fanoušků. Ze zjištění vyplývá, že fanouškovská komunita prošla ve sledovaném období dvěma generačními obměnami a že velmi důležitým prvkem pro všechny procesy v komunitě jsou sociální vztahy, které mají zajistit pocit přináležení do komunity a samotné přetrvání komunity v čase. Komunita je nadále funkčním termínem, který se dynamicky proměňuje v závislosti na společenských změnách a rozhodně by neměla být sociologickým zkoumáním opomíjená například kvůli nejasné konceptualizaci. A tedy, že lze uvažovat o individualizaci a komunitě spíše jako o paralelních procesech, které spolu utvářejí dialektický vztah, než že by se vzájemně vylučovaly. Klíčová slova: komunita, individualizace, fanouškovství, sportovní socializace, etnografie, případová studie Keywords: komunita|individualizace|fanouškovství|sportovní socializace|etnografie|případová studie; community|individualization|fandom|sport socialization|ethnography|case study Available in a digital repository NRGL
Komunita a (ne)individualizovaný jedinec. Případ fanouškovství

This dissertation examines sports fandom through the lens of sociology of community. The aim of the thesis is to verify the functionality of the concept of community in contemporary Czech ...

Hásová, Veronika; Buriánek, Jiří; Sekot, Aleš; Numerato, Dino
Univerzita Karlova, 2024

Vlastnosti druhů půdní fauny a funkce ekosystémů během obnovy po velkých disturbancích
Salazar Fillippo, Andres Alberto; Frouz, Jan; Tajovský, Karel; Józefowska, Agnieszka
2024 - English
Growing evidence indicates that interactions between above and belowground communities are essential for healthy and functioning ecosystems. This, however, has exposed a disproportionate knowledge gap in soil communities, which remain poorly understood both at a taxonomic and ecological level when compared to their aboveground counterpart. Studying assembly processes of communities along with structuring forces driving these changes facilitate observing key dynamics within the ecosystem. For this reason, three out of four manuscripts included in the current thesis focus on chronosequences in different successional stages after restoration of major disturbances. The first chronosequence consisted of four sites (10 years, 30 years, 50 years, and a >100 years reference site) in heathlands restored using top-soil removal from North- East Belgium. Here I studied trait assemblages of oribatid mite communities that revealed different ecomorphological groups changing with time during succession, and we also quantitatively assessed the contribution of phoresy via rodents to the dispersal of oribatid mites between restored sites. In the second chronosequence on spoil heaps from the mining district of Sokolov (Czech Republic) with sites ranging from 1 to 41 years, I identified explicit relationships between... Stále více důkazů naznačuje, že interakce mezi nadzemními a podzemními společenstvy jsou nezbytné pro zdravé a fungující ekosystémy. To však odhalilo neúměrnou mezeru ve znalostech o půdních společenstvech, která jsou ve srovnání se svými nadzemními protějšky stále nedostatečně prozkoumána jak na taxonomické, tak na ekologické úrovni. Studium procesů při vzniku společenstev spolu se strukturními silami, které změny ve společenstvech pohánějí, usnadňuje pozorování klíčové dynamiky v ekosystému. Z tohoto důvodu se tři ze čtyř rukopisů zahrnutých do této práce zaměřují na chronosekvence v různých sukcesních stadiích po obnově velkých disturbancí. První chronosekvence se skládala ze čtyř lokalit (10 let, 30 let, 50 let a referenční lokalita >100 let) ve vřesovištích obnovených odstraněním ornice ze severovýchodní Belgie. Zde jsem studoval znaky společenstev pancířníků (Oribatida), které odhalily různé ekomorfologické skupiny měnící se s časem během sukcese, a také jsem kvantitativně hodnotil podíl foresie prostřednictvím hlodavců na šíření pancířníků mezi obnovenými lokalitami. Ve druhé chronosekvenci na výsypce v těžební oblasti Sokolov (Česká republika) s lokalitami o stáří v rozmezí od 1 do 41 let jsem identifikoval explicitní vztahy mezi specifickými znaky pancířníků a parametry prostředí, což dále... Keywords: Soil fauna; post-mining chronosequences; community assembly; traits; belowground interactions; bioindication; microarthropods Available in a digital repository NRGL
Vlastnosti druhů půdní fauny a funkce ekosystémů během obnovy po velkých disturbancích

Growing evidence indicates that interactions between above and belowground communities are essential for healthy and functioning ecosystems. This, however, has exposed a disproportionate knowledge gap ...

Salazar Fillippo, Andres Alberto; Frouz, Jan; Tajovský, Karel; Józefowska, Agnieszka
Univerzita Karlova, 2024

Důkazová složitost CSP
Gaysin, Azza; Krajíček, Jan; Kolokolova, Antonina; Kompatscher, Michael
2024 - English
In this thesis we formalize Zhuk's decision algorithm solving in p-time tractable con- straint satisfaction problems (CSPs) in a weak theory of bounded arithmetic W1 1 . As a consequence, we show that tautologies that express the negative instances of such CSPs have polynomial proofs in the quantified propositional calculus G. 1 V této práce formalizujeme Zhukův polynomiální algoritmus rozhodující řešitelnost problémů splňování podmínek (CSPs), které nejsou NP-úplné, ve slabé teorii omezené aritmetiky W1 1 . Jako důsledek odvodíme, že tautologie odpovídající negativním instancím oněch CSP mají polynomiální důkazy v kvantifikovaném výrokovém počtu G. 1 Keywords: omezená aritmetika|problém splňování podmínek|důkazová složitost|univerzální algebra; bounded arithmetic|constraint satisfaction problem|proof complexity|universal algebra Available in a digital repository NRGL
Důkazová složitost CSP

In this thesis we formalize Zhuk's decision algorithm solving in p-time tractable con- straint satisfaction problems (CSPs) in a weak theory of bounded arithmetic W1 1 . As a consequence, we show that ...

Gaysin, Azza; Krajíček, Jan; Kolokolova, Antonina; Kompatscher, Michael
Univerzita Karlova, 2024

Strukturní studie vybraných proteinových komplexů účastnících se přenosu signálu v buňce
Honzejková, Karolína; Obšil, Tomáš; Bouřa, Evžen; Pavlíček, Jiří
2024 - English
Protein-protein interactions are critical for most physiological and pathophysiological processes. Detailed characterization of these interactions is therefore essential not only to understand the nature of these events, but also to design strategies to target these interactions. This work focuses on the study of the structure and interactions of several proteins and their complexes. Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) is a mitogen-activated protein kinase kinase kinase (MAP3K) that activates the p38/JNK protein kinase pathways, thereby directing cells toward an inflammatory response or apoptosis. ASK1 interacts with thioredoxin (TRX), a small dithiol oxidoreductase, which inhibits ASK1, but the mechanism of this inhibition has not been clarified. CaMKK1 and CaMKK2 are Ca2+ /calmodulin (CaM)-dependent protein kinases that regulate cellular energy balance, memory, and inflammation, among others. Both are inhibited by 14-3-3 proteins, but despite their domain and sequence similarities, the extent of 14-3-3 protein- mediated inhibition is different. Estrogen receptor alpha (ERα) is a nuclear receptor involved in breast cancer. Tamoxifen, an ERα antagonist, is used to treat this disease, but resistance often develops. 14-3-3 proteins interact with ERα and inhibit its transcriptional activity,... Protein-proteinové interakce jsou klíčové pro většinu fyziologických i patofyziologických dějů. Detailní charakterizace těchto interakcí je proto nezbytná nejen k porozumění podstaty těchto dějů, ale i pro návrh strategií, jak tyto interakce cíleně ovlivňovat. Tato práce se zaměřuje na studium struktury a interakcí několika proteinů a jejich komplexů. ASK1 (z anglického "apoptosis signal-regulating kinase 1") je mitogeny aktivovaná proteinkinasa kinasa kinasa (MAP3K), která aktivuje dráhy proteinkinas p38/JNK, čímž směruje buňky k zánětlivé reakci nebo apoptóze. ASK1 interaguje s thioredoxinem (TRX), malou dithioloxidoreduktasou, která inhibuje ASK1, nicméně mechanismus této inhibice je nejasný. CaMKK1 a CaMKK2 jsou Ca2+ /kalmodulin (CaM)- dependentní proteinkinasy, které regulují např. energetickou rovnováhu buňky, paměť či zánět. Obě jsou inhibovány proteiny 14-3-3, ale navzdory svým doménovým a sekvenčním podobnostem je rozsah inhibice zprostředkovaný proteiny 14-3-3 odlišný. Estrogenový receptor alfa (ERα) je jaderný receptor, který se podílí na vzniku rakoviny prsu. Pro léčbu tohoto onemocnění se používá tamoxifen, antagonista ERα, který však často způsobuje vznik rezistence. Proteiny 14-3-3 interagují s ERα a inhibují jeho transkripční aktivitu, povaha této interakce je však stále nejasná.... Keywords: ASK1; CaMKK1; CaMKK2; proteinkinasa; apoptosa; 14-3-3; ER alfa; ASK1; CaMKK1; CaMKK2; protein kinase; apoptosis; 14-3-3; ER alpha Available in a digital repository NRGL
Strukturní studie vybraných proteinových komplexů účastnících se přenosu signálu v buňce

Protein-protein interactions are critical for most physiological and pathophysiological processes. Detailed characterization of these interactions is therefore essential not only to understand the ...

Honzejková, Karolína; Obšil, Tomáš; Bouřa, Evžen; Pavlíček, Jiří
Univerzita Karlova, 2024

Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA
Landová, Barbora; Bouřa, Evžen; Bařinka, Cyril; Schneider, Bohdan
2024 - English
DNA damage refers to any alteration or modification in the DNA structure that deviates from its natural state. Abasic site (Ap site) is one of the most common DNA lesions resulting from spontaneous depurination/depyrimidination or enzymatic base excision. When left unrepaired it can lead to a cascade of genetic mutations, potentially causing diseases like cancer. Understanding DNA repair mechanisms is vital for medical research and applications. Bacterial MutM is a DNA repair glycosylase, removing DNA damage generated by oxidative stress and preventing mutations and genomic instability. MutM belongs to the Fpg/Nei family of procaryotic enzymes, sharing structural and functional similarities with their eukaryotic counterparts, such as NEIL1-NEIL3. Here, I present two crystal structures of MutM from pathogenic Neisseria meningitidis: MutM holoenzyme and MutM bound to DNA. The free enzyme exists in an open conformation, while upon binding to DNA, both the enzyme and DNA undergo substantial structural changes and domain rearrangement. One of the DNA lesion repaired by MutM is the Ap site, which, if not repaired, may spontaneously lead to the formation of an abasic site interstrand crosslink (Ap-ICL) with an adjacent adenine in the opposite strand. NEIL3 glycosylase is known to remove Ap-ICL. With a... Poškozením DNA se rozumí jakákoli změna nebo modifikace struktury DNA, která se odchyluje od jejího přirozeného stavu. Abasické místo (Ap místo) je jedním z nejčastějších poškození DNA, které vzniká spontánní depurinací/depyrimidinací nebo enzymatickým odstraněním báze. Pokud se neopraví, může vést ke genetické mutaci a potenciálně způsobit onemocnění, jako je například rakovina. Pochopení mechanismu opravy DNA je zásadní pro lékařský výzkum a aplikaci. Bakteriální MutM je glykosyláza opravující DNA, která odstraňuje poškození DNA vzniklé oxidačním stresem a zabraňuje mutacím a genomové nestabilitě. MutM patří do rodiny prokaryotických enzymů Fpg/Nei a je strukturně i funkčně podobná se svým eukaryotickým protějškům, jako jsou NEIL1-NEIL3. Zde prezentuji dvě krystalové struktury MutM z patogenní Neisseria meningitidis: MutM holoenzym a MutM vázaný na DNA. Volný enzym existuje v otevřené konformaci, zatímco po vazbě na DNA, dochází k podstatným strukturním změnám a přeskupení domén enzymu i ohybu DNA. Jednou z poškození DNA opravovaných MutM je Ap místo, které, pokud není opraveno, může spontánně vést k vytvoření mezivláknového kovanetního prokřízení DNA (Ap-ICL) se sousedním adeninem na opačném vlákně DNA. Je známo, že glykosyláza NEIL3 odstraňuje Ap-ICL. Pomocí série různých oligonukleotidů jsme... Keywords: poškození DNA; oprava DNA; glykosylásy; struktura; DNA damage; DNA repair; glycosylases; structure Available in a digital repository NRGL
Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA

DNA damage refers to any alteration or modification in the DNA structure that deviates from its natural state. Abasic site (Ap site) is one of the most common DNA lesions resulting from spontaneous ...

Landová, Barbora; Bouřa, Evžen; Bařinka, Cyril; Schneider, Bohdan
Univerzita Karlova, 2024

About project

NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web

Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz

Provider

http://www.techlib.cz

Facebook

Other bases