Národní úložiště šedé literatury

Osobnostní rysy chování hraboše polního: Jejich behaviorální plasticita a vliv na rozmnožování
URBÁNKOVÁ, Gabriela
2021 - anglický This thesis is focused on development of individual behavioural tendencies (i.e. animal personality), behavioural plasticity and its influence on reproduction succes in common voles (Microtus arvalis). Because common vole is one of our most common rodent species with huge impact in agriculture, we investigated still not studied aspects of common vole's life. The definition of personality traits implies their relative temporal stability as well as, stability under different environmental conditions. In two studies, this personality traits stability/plasticity is approached as phenotypic plasticity using behavioural reaction norm. The first study presents the result of lifelong testing of voles using four open field tests with two-month intervals. The second study, on the other hand, provides insights into the development of personality traits during three days of placing a vole in a new monitoring box environment. The third study analyses one of the possible mechanisms for maintaining personality traits in the vole population. Whether greater similarity in the behavioural personality traits of parental pairs leads to a higher number of offspring. Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Osobnostní rysy chování hraboše polního: Jejich behaviorální plasticita a vliv na rozmnožování

This thesis is focused on development of individual behavioural tendencies (i.e. animal personality), behavioural plasticity and its influence on reproduction succes in common voles (Microtus ...

URBÁNKOVÁ, Gabriela
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Chromera velia heme pathway localization
RICHTOVÁ, Jitka
2021 - anglický Práce se zaměřuje na lokalizaci hemové dráhy u řasy Chromera velia, která je nejbližším známým fotosyntetizujícím příbuzným parazitů ze skupiny Apicomplexa. Hemová dráha je jednou z esenciálních biochemických drah většiny žijících organismů. Organismy používají pro syntézu hemu enzymu lišící se svým evolučním původem, který odráží jejich složitou evoluční historii. Základem této práce je kombinace in výpočetních a experimentálních lokalizací enzymů hemové dráhy řasy Chromera velia. Ukázali jsme, že lokalizace hemové dráhy v rámci buňky je řízena vícero faktory zahrnující poptávku po produktech dráhy, potřebu přísné regulace a v neposlední řadě i evolučním původem enzymů. This thesis is focused on the localization of the heme pathway in Chromera velia - the closest known photosynthetic relative of apicomplexan parasites. The heme pathway belongs to essential processes in most living organisms. Organisms use enzymes of various evolutionary origins, reflecting their complex evolutionary history. The core of this study represents the combination of computational and experimental localization of the C. velia heme pathway. We showed that the localization of the heme pathway in the cell is driven by multiple factors, including the demand for pathway products, the need for tight regulation of the pathway, and the evolutionary origin of the enzymes Klíčová slova: Heme pathway; Chromera velia; protein targeting; protein predictions Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Chromera velia heme pathway localization

Práce se zaměřuje na lokalizaci hemové dráhy u řasy Chromera velia, která je nejbližším známým fotosyntetizujícím příbuzným parazitů ze skupiny Apicomplexa. Hemová dráha je jednou z esenciálních ...

RICHTOVÁ, Jitka
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Role of queuosine tRNA modification in the parasitic protist \kur{Trypanosoma brucei}
KULKARNI, Sneha Sunil
2021 - anglický This study analyzes the queuosine (Q) tRNA modification and the enzyme responsible for Q formation, the tRNA guanine transglycosylase (TGT), in the parasitic protist \kur{Trypanosoma brucei}. We describe the interdependence of Q modification and tRNA subcellular trafficking, and how these two factors regulate codon biased translation. The effect of Q on translation has serious implications in the virulence of the parasite inside the mammalian host. This study analyzes the queuosine (Q) tRNA modification and the enzyme responsible for Q formation, the tRNA guanine transglycosylase (TGT), in the parasitic protist \kur{Trypanosoma brucei}. We describe the interdependence of Q modification and tRNA subcellular trafficking, and how these two factors regulate codon biased translation. The effect of Q on translation has serious implications in the virulence of the parasite inside the mammalian host. Klíčová slova: Queuosine; tRNA guanine transglycosylase; tRNA modifications; tRNA traficking; mitochondria; synonymous codon usage Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Role of queuosine tRNA modification in the parasitic protist \kur{Trypanosoma brucei}

This study analyzes the queuosine (Q) tRNA modification and the enzyme responsible for Q formation, the tRNA guanine transglycosylase (TGT), in the parasitic protist \kur{Trypanosoma brucei}. We ...

KULKARNI, Sneha Sunil
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Psychoaktivní sloučeniny ve vodním prostředí a jejich účinky na ryby
SANCHO SANTOS, Maria Eugenia
2021 - anglický Psychoaktivní látky patří do skupiny nových kontaminantů životního prostředí a díky jejich všudypřítomnosti a možným účinkům jsou stále častějším předmětem zájmu ekotoxikologických studií. Tyto látky byly detekovány ve vnitrozemských vodách v koncentracích od nanogramů po mikrogramy na litr. Řada z nich není efektivně odstraňována v procesech čištění odpadních vod. Pro experimenty realizované v rámci této disertační práce byly z široké skupiny psychoaktivních látekvybrány metamfetamin a tramadol, a to zejména z důvodu minimálního množství dosud realizovaných ekotoxikologických studií týkajících se působení těchto látek na organismy v životním prostředí a také z důvodu poměrně významných koncentrací těchto látek nalézaných v povrchových vodách. Metamfetamin, užívaný hlavně jako nelegální droga, je návykovým psychostimulantem, který je zejména ve střední Evropě nejčastěji užívanou tzv. "tvrdou" drogou. V rámci práce testované environmentálně relevantní a vyšší koncentrace metamfetaminu ve vodě vedly u pstruha obecného (Salmo trutta m. fario) k histopatologickým změnám v srdci a v játrech. Hlavní změnami pozorovanými v srdci byly mikrovaskulární poranění, infiltrace a fibróza, v játrech pak cytoplazmatická vakuolizace hepatocytů. Kromě toho byly v játrech pozorovány apoptotické změny. Nálezy byly velmi podobné nálezům popisovaným u lidí a laboratorních zvířat. Původní sloučenina a její hlavní metabolit amfetamin byly detekovány ve tkáních pstruhů v pořadí ledviny> játra> mozek> sval> plazma. Koncentrace amfetaminu byly evidentně vyšší ve srovnání s metamfetaminem. Proto lze předpokládat, že histologické nálezy částečně vznikají také působením amfetaminu. U pstruhů vystavených působení metamfetaminu byly v poexpoziční době pozorovány rozdíly v chování mezi exponovanou a kontrolní skupinou. Jednalo se o preference aktivity a místa výskytu a o změny metabolomu mozku, které byly dávány do souvislosti se zbytkovým obsahem metabolitu testované látky v mozku exponovaných jedinců. Tramadol je hojně užívané analgetikum, jehož singulární způsob účinku poskytuje přidané antidepresivní a anxiolytické účinky. Bylo zjištěno, že reálně se vyskytující koncentrace tramadolu ve vodě mění základní způsoby chování jelce tlouště (Squalius cephalus), který je ve střední Evropě původním rybím druhem. Úroveň změn chování korelovala u testovaných jedinců s koncentrací tramadolu v jejich mozku. U exponovaných ryb byly pozorovány anxiolytické účinky, např. menší odvaha a odlišné sociální chování ve srovnání s kontrolními jedinci. V testu smělosti exponované ryby setrvávaly déle v úkrytech a pohybovaly se na kratší vzdálenost, proto prozkoumávaly nové prostředí méně než kontrolní ryby. Experiment zaměřený na schopnost rozpoznávání nových objektů naznačil, že ačkoliv exponovaní jedinci odlišili novou položku, jejich aktivita byla snížena a nový objekt prozkoumávali méně. Zvýšená vzdálenost mezi jedinci naznačovala, že je narušena soudržnost hejna. S expozicí byly spojeny i změny chování, což naznačuje vliv znečišťující látky na osobnost ryb. Biokoncentrační faktory pro tramadol a metamfetamin byly ve všech případech nízké, takže pravděpodobnost biokoncentrace je v případě těchto látek velmi nízká. Tyto sloučeniny se však kontinuálně dostávají do vody, což vede k jejich pseudo-perzistenci a následné přítomnosti ve tkáních. Výskyt u ryb a paralelismus v cílové signalizaci vedou k podobným reakcím v těchto organismech jako jsou pozorovány u lidských a dalších živočišných modelů. V našich experimentech jsme prokázali, že znečištění vody testovanými neuroaktivními látkami může vést k neočekávaným účinkům na faunu a následným změnám v celém vodním ekosystému. Psychoactive substances are emerging compounds that have received an increasing interest in ecotoxicology as a result of their ubiquitous presence in the environment, and the possible effects over non-targeted fauna. They have been detected in continental waters at concentrations ranging from nanograms to micrograms per litre, mainly as a consequence of the ineffective removal in the sewage treatment plants. Within this group of substances, methamphetamine and tramadol were selected in this dissertation due to the lack of research about their potential effects despite of the high amounts reported in water. Methamphetamine, mainly consumed as an illicit drug, is an addictive psychostimulant with special relevance in Central Europe. Environmental relevant and higher concentrations of methamphetamine in water leaded to histopathological alterations in heart and liver in brown trout (Salmo trutta m. fario). The major changes in heart were microvascular injuries, infiltration and fibrosis; and cytoplasmatic vacuolation of hepatocytes in liver. In addition, apoptotic changes were observed in liver. The findings were very similar to those reported in human and experimental animals. The parent compound and the main metabolite, amphetamine, were detected in trout tissues following the order kidney > liver > brain > muscle > plasma. The concentrations of the metabolite were evidently higher comparing to the parent compound; therefore, the histological findings could be suspected to partially derivate from amphetamine. Behaviour - i.e. activity and place preference - and metabolome changes for the period of withdrawal were observed in trouts, linked to remnants of the parent compound and the metabolite in brain. Tramadol is an extensively used analgesic which singular mode of action provides added antidepressant and anxiolytic effects. Realistic concentration of tramadol in water was found to impair essential behavioural traits in the chub (Squalius cephalus) - a native fish species in Central Europe. The degree of the outcomes was correlated with the individual amounts of tramadol in brain. Exposed fish exhibited anxiolytic-like effects, illustrated by lesser bold and social individuals comparing to controls. In the boldness test, exposed fish were less frequently out of the shelter and moved a shorter distance, therefore, they explored the new environment less than control fish. The novel object recognition experiment indicated that, although they distinguished the new item, their activity was reduced, and they explored the new object less. The increased interindividual distance indicated that the shoal cohesion was disturbed. The behavioural traits were associated to the treatment, suggesting the influence of the pollutant over fish personality. Bioconcentration factors for tramadol and methamphetamine were low in all cases, thus, the probability of bioconcentration for these substances is very low. However, these compounds are continuously released into water, leading to their pseudo-persistence and the consequent presence in tissues. The occurrence in fish, and the parallelism in the target signalization result in similar actions in these organisms comparing to human and experimental models. Here we evidenced that the water pollution with the tested neuroactive substances in the aquatic compartment could lead to unexpected effects over fauna, and subsequent changes in the whole aquatic ecosystem. Klíčová slova: chování; biokoncentrace; droga; ryba; farmaceutika; znečištění Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Psychoaktivní sloučeniny ve vodním prostředí a jejich účinky na ryby

Psychoaktivní látky patří do skupiny nových kontaminantů životního prostředí a díky jejich všudypřítomnosti a možným účinkům jsou stále častějším předmětem zájmu ekotoxikologických studií. Tyto látky ...

SANCHO SANTOS, Maria Eugenia
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Hlubší náhled do genetických a fenotypových korelací mezi kvantitativními znaky se vztahem k produkci u kapra obecného
ZHAO, Jinfeng
2021 - anglický Selekce má velký potenciál pro genetické zlepšování produkčních znaků v akvakultuře. Úspěšný rozvoj programů zaměřených na selekční šlechtění v chovu kapra obecného čelí řadě výzev. V mnoha případech stále chybí základní informace o fenotypových a genetických parametrech ekonomicky významných znaků. Proto se tato práce hlouběji zaměřuje na genetické a fenotypové korelace mezi produkčními kvantitativními znaky u amurského lysce (AL), plemene kapra obecného, chovaného v rybničních podmínkách. Zvýšení rychlosti růstu je obvykle hlavním cílem ve šlechtitelských programech většiny druhů zvířat. U AL bylo zjištěno, že selekcí na rychlejší růst můžeme ovlivnit i) obsah svalového tuku, ale skutečná změna obsahu tuku bude záviset na určitých podmínkách a dále ii) výtěžnosti (podíly) jedlých částí těla. Naopak selekcí na rychlejší růst pravděpodobně neovlivníme přežívání ryb a jejich odolnost vůči koi herpes viróze (KHV). Doporučuje se, aby dosažená hmotnost byla zahrnuta jako váha do selekčního indexu v případě realizace selekce na zvýšení podílu jateční výtěžnosti. Obsah svalového tuku je další produkční znak, který hraje důležitou roli v biologických a fyziologických procesech kapra obecného. U AL bylo zjištěno, že svalový tuk kapra obecného by se nepřímo zvýšil ve všech následujících obdobích při selekci ryb na vyšší hmotnost po druhém roce odchovu. Zajímavé bylo, že výše obsahu tuku ve svalovině není úměrná schopnosti přezimování kaprů, neboť byla nalezena negativní genetická korelace mezi obsahem svalového tuku a přežitím během druhého a třetího vegetačního období. Selekce na nižší obsah tuku by paradoxně mohla zvýšit přežití ryb bez ovlivnění rychlosti jejich růstu. Přežití je dalším důležitým užitkovým znakem u kapra obecného. Podpora zvyšování množství tuku ve svalovině, a s tím související zvyšování obsahu tuku a bílkovin v hepatopankreatu (HP) může být pro přežití kapra nevýhodné, a to přinejmenším za podmínek, kdy je výhodnější udržovat si v HP vyšší hladinu glykogenu a s tím související vyšší hodnoty hepatosomatického indexu (HSI). Přežívání AL bychom mohli nepatrně zlepšit selekcí ryb na vyšší Fultonův kondiční koeficient (FK) po druhém zimním období. KHV je v současné době asi nejzávažnější virové onemocnění v chovu kaprů. Odolnost ryb vůči KHV lze zvýšit i selekcí. Bylo zjištěno, že většina genetických korelací mezi odolností ryb vůči KHV a dalšími produkčními znaky (růst, obsah tuku, zimní přežití a energetické zásoby) byla zanedbatelná. Selekce na důležité produkční znaky by tedy neměla zhoršit odolnost AL vůči KHV. Naopak při selekci na nižší FK, relativní délku hlavy, relativní výšku těla a relativní šířku těla nebo naopak na vyšší podíly jedlých částí těla bychom mohli odolnost vůči KHV ovlivnit v pozitivním směru. Z tohoto pohledu je zajímavý ukazatel FK. Při selekci na vyšší FK u AL bychom mohli zlepšit celkovou vitalitu a užitkovost růstu ryb. Odolnosti AL vůči KHV bychom ale spíše snížily. Ukazatele jateční výtěžnosti jsou znaky zajímavé u druhů ryb, které se prodávají ve zpracovaném stavu (opracovaný trup či filety). Bylo zjištěno, že pro selekci na vyšší podíly jedlých částí lze kromě odhadu těchto podílů s využitím 2D a 3D dokumentačních a zobrazovacích metod a ultrazvuku využít i poměrně jednoduché ukazatele měřitelné jen ultrazvukem a měrnou deskou. Vzhledem k dobrým genetickým korelacím mezi těmito jednoduchými prediktory ve věku ryb dvou a tří let je možné provádět selekci na vyšší podíly jedlých částí těla u AL u ryb ve dvou letech. To by snížilo potřebu krátkodobých skladovacích kapacit a usnadnilo vlastní selekci (čas a potřeba lidských zdrojů). Je však třeba mít na paměti, že při selekci na vyšší podíly jedlých částí těla můžeme ovlivnit tvar těla a obsah svalového tuku. Selective breeding has large potential for genetic improvement of production traits in the aquaculture. However, basic knowledge is lacking about phenotypic and genetic parameters for economically important traits for development of selective breeding programs of common carp. Thus, genetic and phenotypic relationships of production-related quantitative traits were investigated in Amur mirror breed of common carp under the pond management condition. Growth is usually the first goal in breeding programs of different species. Selection for faster growth, may affect muscle fat content but the real change will depend on conditions and slaughter yields and it would not affect survival, susceptibility of fish to koi herpesvirus disease (KHVD). In addition, body weight should be integrated in a selection index to avoid a negative impact on growth when selecting for slaughter yields. Muscle fat content is a production trait playing an important role in biological functions of common carp. Muscle fat of common carp would indirectly increase in all subsequent periods by selection on higher body weight in all periods before the second winter. High muscle fat might not be the best for good overwintering in common carp due to negative genetic correlation between muscle fat content and survival during the second and third growing season and that selective breeding for restricted fat content may increase survival without affecting harvest weight. Survival is an important economic trait related to performance of common carp. Keeping excessive muscle fat, hepatopancreas (HP) fat and protein might be disadvantageous for carp survival, at least under conditions where ability of keeping higher level of HP glycogen and hepato-somatic index (HSI) is better. In addition, selection for higher Fulton's condition factor (FC) after the second overwintering should lead to slight increase of survival. KHVD is currently the most serious threat to global carp farming. Improvement of genetic resistance of carp strains through selection can be the most effective method. Most genetic correlations between KHVD resistance and important production traits (e.g., growth, muscle fat content, winter survival and energy reserves) were insignificant, showing that selective breeding program for important production traits would not affect the KHVD resistance of carp and vice versa. Selection for lower FC, relative head length, relative body height or relative body width, with a more prolonged body shape of Amur mirror carp being associated with higher KHVD resistance and selection for improved slaughter yields could positively affect resistance to KHVD and vice versa. Including FC into selection program of common carp could be advantageous for general fish vitality and performance but may have reverse effect on resistance of fish to KHVD. Slaughter yields are traits of high interest especially for fish species sold in processed form like headless carcass or fillet. Slaughter yields predicting models as well as some simple predictors in common carp recorded using combination of 3D landmarks and ultrasound imagery or ultrasound only were highly heritable and strongly genetically related to real yields and may be used in indirect selection program. Due to good genetic correlations between simple predictors in age of two and three years, selection of Amur mirror carp could be done at size of fish that requires less storage capacity and time. However, it should be remembered that selection for slaughter yields may affect body shape, muscle fat content and resistance of fish to KHVD. Klíčová slova: selekční programy; genetické parametry; růst; energetické zásoby; svalový tuk; přežití; KHV; jateční výtěžnost Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Hlubší náhled do genetických a fenotypových korelací mezi kvantitativními znaky se vztahem k produkci u kapra obecného

Selekce má velký potenciál pro genetické zlepšování produkčních znaků v akvakultuře. Úspěšný rozvoj programů zaměřených na selekční šlechtění v chovu kapra obecného čelí řadě výzev. V mnoha případech ...

ZHAO, Jinfeng
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Koktejl invazivních druhů ve vnitrozemských vodách - ekologická charakteristika, vzájemné působení a následky
ROJE, Sara
2021 - anglický Tato práce je rozdělena do čtyř hlavních kapitol: 1) obecné shrnutí současných poznatků o vlivu vodních invazních druhů v Evropě, jejich ekologické charakteristiky, hlavní představitelé, jejich interakce a důsledky šíření; 2-3) dvě studie zabývající se vzájemnými interakcemi invazivních druhů vyskytujícími se společně v jednom habitatu; a 4) porovnání rozdílů mezi chováním původního a nepůvodního druhu ryb. Kapitola 1 se zabývá teoretickým konceptem dopadů vodních invazivních druhů skládajících se ze čtyř vybraných skupin, s přehledem konkrétně vybraných druhů a jejich souvisejícím dopadem a popisem druhů použitých v experimentální práci. Kapitola 2 se věnuje dopadu blešivců ježatých na raná vývojová stadia raků mramorovaných a signálních. Tato studie potvrzuje, že blešivci ježatí jsou jako invazivní druh téměř nezastavitelní, protože byli schopni se živit různými vývojovými stádii větších sladkovodních korýšů, i když byly chráněny svými matkami. Kapitola 3 sledovala interakce dvou invazivních druhů: hlaváče černoústého a raka mramorovaného. Hlaváč vykazoval vyšší agresivitu a dokázal přijímat všechny nabízené velikosti juvenilních raků jako svou potravu. Studie také potvrdila, že hlaváč se dokáže skrýt před rakem zahrabán v písku a poté na něj zaútočit. Jediným omezujícím faktorem může být větší velikost raků. Rozhodně oba druhy navzájem ovlivňují své chování, což může mít oboustranné negativní důsledky. Kapitola 4 se zabývá individuálním chováním obou druhů během dne a noci v laboratorních podmínkách v nádržích se simulovaným prouděním. Oba druhy vykazovaly velmi podobné chování, pouze s mírnými rozdíly vůči přizpůsobivosti a činnosti související se stresem. Celkově byla potvrzena role hlaváče jako agresivního predátora vázaného na dno vodních ekosystémů. Díky tomu hlaváč černoústý sdílí stanoviště s mnoha dalšími bentickými druhy, jako jsou různonožci, raci a další ryby, ať již původní nebo nepůvodní. Obecně platí, že všechny invazivní druhy představují hrozbu pro všechny původní populace, v případě podobných preferencí na habitat, kde dochází ke konkurenci o úkryty a následně i útokům a predaci. Podobně mohou různonožci a raci negativně ovlivňovat invadované ekosystémy. Jeden druh může omezit druhý, nebo slabší druh hledá alternativní niku, což může v důsledku vést ke změně v ekosystému. Tato práce překládá některé nové informace především o interakcích invazivních druhů, ale také formuje základy pro budoucí experimenty, které se mohou zaměřit na složitější nastavení jednotlivých experimentů. This thesis combines four main chapters: 1) a general summary of the current knowledge of the impact of aquatic invasive species in Europe, ecological characteristics, main representatives, their interaction and the consequences of spread; 2-3) two studies addressing mutual species impacts between invaders co-occurring together in the same habitat; and 4) investigating the differences between the behaviour of native and alien fish species. Chapter 1 looks at the theoretical concept and impacts of aquatic invasive species and in particular, four chosen groups of invaders with a review on specifically chosen high-profile aquatic invasive species in freshwaters, their associated impacts and detailed descriptions of the species used in experiments. Chapter 2 focuses on the predatory impact of killer shrimp on the early developmental stages of marbled and signal crayfish, concluding that killer shrimp are almost unstoppable. They were able to feed on different developmental stages of larger freshwater crustaceans even if they were protected by their mothers. Chapter 3 observes the interactions of two invaders: the round goby and the marbled crayfish. The round goby showed dominant aggressiveness consuming all the juvenile crayfish sizes offered. The study also confirmed that the round goby was able to predate on, attack and take shelters from crayfishes. The only limiting factor in this interaction was the larger size of the crayfish. When interacting, both tested species negatively influenced each other, which can mean mutual consequences for both species. In Chapter 4, the individual behaviour during day and night activity under laboratory conditions in a flow simulator was studied. Both species showed very similar behaviour, with only slight differences towards adaptability and stress-related activity. Despite the similarities, the round goby was confirmed to be an aggressive, bottom-dwelling predator sharing a habitat with a lot of other benthic animals like amphipods, crayfish, and other fish - native or other aliens. In general, all alien species are present a threat to all populations sharing similar characteristics in their habitat, taking their shelters, attacking them, and predating on them with invasive amphipods and crayfish being no exception. One species can limit the other, or the outcompeted species can be displaced forcing it to find an alternative niche and therefore increase the overall pressure on the ecosystem. The presented thesis is submitting some new findings mainly about the interactions between invaders and also represents a baseline for future experimental work focused on more complex setups that will enable us to increase our understanding of invasive species. Klíčová slova: biologické invaze; invazivní druhy; Evropské vnitrozemské vody; druhová interakce; predace druhů; konkurence o úkryt; blešivec velkohrbý; rak mramorovaný; rak signální; hlaváč černoústý; vranka obecná Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Koktejl invazivních druhů ve vnitrozemských vodách - ekologická charakteristika, vzájemné působení a následky

Tato práce je rozdělena do čtyř hlavních kapitol: 1) obecné shrnutí současných poznatků o vlivu vodních invazních druhů v Evropě, jejich ekologické charakteristiky, hlavní představitelé, jejich ...

ROJE, Sara
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Zhodnocení odpadu z akvakultury
LUNDA, Roman
2021 - anglický Technologie pro úpravu vody, prošly v posledních letech dynamickým vývojem, spolu s novými objevy a metodami. Uměle vybudované mokřady, aerobní kompostování, anaerobní čištění, enzymatická nebo chemická hydrolýza a akvaponie jsou dnes již dobře známé technologie používané při snižování, zhodnocování a recyklaci odpadu z akvakultury. Veškerý odpad z akvakultury lze zhodnotit pomocí několika technologií. Nové technologie se používají hlavně k recyklaci zdrojů nebo k produkci cenných vedlejších produktů, včetně biopaliv, rybí siláže, biouhlí, kyseliny mléčné, vodíku a kalu jako média pro růst larev hmyzu, stejně tak jako technologie fytoremediace a bioflok pro zpracování kalů z akvakultury. Kapitola 2 uvádí složení kalů a odpadních vod z několika různých akvakulturních systémů RAS. Výsledky obsažené v Kapitole 2 prokazují možnost využití odpadních vod pro rostlinnou výrobu ve formě akvaponických nebo hydroponických systémů. Výhody akvaponie se netýkají pouze efektivního využívání půdy, vody a zdrojů živin, ale také umožňují větší integraci inteligentních energetických možností, jako je bioplyn a solární energie. V tomto ohledu, představuje akvaponie slibnou technologií pro produkci ryb a zeleniny za pomocí způsobů, které nejsou náročné na množství půdy, vyžadují méně energie a vody - a zároveň minimalizují chemické přísady a hnojivové doplňky, které se používají při konvenční výrobě potravin. Kapitola 2 také hodnotí koncentraci živin podle jednotlivých typů úpravy RAS a problém nadměrného množství sodíku v systémech. Neexistuje však dokonalé složení kalu či odpadní vody pro úplnou potřebu rostlin. Ovšem živiny obsažené v kalu a odpadní vodě, mohou snížit náklady na výrobu živných roztoků v hydroponii. Vytváření hodnotného substrátu pro hnojení pomocí vermikompostování, představuje velmi slibnou techniku pro budoucnost využití kalu. Tato technologie nevyžaduje zbytečně vysoké náklady a je vysoce ekologická. Kapitola 3 dokumentuje složení a využití kalů z akvakultury pro využití ve vermikompostování. Tato kapitola zahrnuje další možnosti využití kalů z akvakultury jako například přímé použití na pole včetně nezávadnosti v oblasti toxicity. To dává kalu ze standardního sladkovodního RAS velkou příležitost pro jeho přímé použití v odvětví vermikompostování. Je dobře známo, že zpracování pevných látek v akvakultuře může být díky využití technologii bioflok, velice výhodné. Tato technologie představuje pilíř zhodnocování odpadu z akvakultury. Využití biomasy bohaté na živiny z technologie bioflok jako potenciálního zdroje krmiva je obsaženo v Kapitole 4. Bylo prokázáno, že téměř 33 % krmiva pro chov raků může být nahrazeno bioflok biomasou. Největší překážkou při zhodnocování odpadu z akvakultury je nepřeberné množství všech možných technologií a jejich variabilita. K dosažení ideálního složení je nutné zvolit správný přístup v akvakulturních systémech. Je však zapotřebí dalšího výzkumu a vývoje, jak dokazují výzvy popsané v této práci. Water treatment technology has undergone a dynamic development in recent years with new treatment methods rapidly emerging. Constructed wetlands, aerobic composting, anaerobic treatment, enzymatic or chemical hydrolysis, and aquaponics are conventional and well-known technologies used in aquaculture waste reduction, valorisation, and recycling. All aquaculture waste can be valorised by several technologies. Novel technologies are mainly applied to recycle resources or produce valuable by-products, including biodiesel, fish silage, biochar, lactic acid, hydrogen, and insect larvae growth from aquaculture sludge, as well as phytoremediation and biofloc technology for aquaculture sludge treatment. Chapter 2 documented the composition of sludge and wastewater from several RASs. The results show a possibility of wastewater utilization for plant production in the form of aquaponic or hydroponic systems. The benefits of aquaponics relate not only to the efficient uses of land, water and nutrient resources, but also allow for the increased integration of smart energy opportunities such as biogas and solar power. In this regard, aquaponics is a promising technology for producing both high-quality fish protein and vegetables in ways that can use substantially less land, less energy and less water - while also minimizing chemical and fertilizer inputs that are used in conventional food production. Chapter 2 also evaluated nutrient concentration according to RAS adjustment and the problem of high sodium concentrations. There is no perfect composition of sludge or wastewater for the requirements of plants. But its nutrient value can reduce costs for hydroponics nutrient solution production. Creating valuable fertilizer matter by vermicomposting represents a very promising technique for the future. This technology does not require unnecessarily high costs and its environment friendly. Chapter 3 documents aquaculture sludge composition and utilization for earthworm vermiculture. This chapter also includes toxicity and other possibilities for aquaculture sludge utilization as direct field application. This gives sludge from standard freshwater RAS a great opportunity and opens the doors for its direct use in the vermicomposting sector. It is well known that aquaculture solids treatment can be profitable thanks to biofloc technology. This technology presents a pillar in aquaculture waste valorisation. Leveraging nutrient rich biomass from biofloc technology as a potential feed source was presented in Chapter 4. It has been proven that almost 33% of feed could be replaced by biofloc meal for crayfish culture. The biggest problems of aquaculture waste valorisation by plenty of possible technologies is its variability. To achieve the ideal composition, it is necessary to choose the right approach in the aquaculture system. However, further research and developments are needed, as demonstrated by the challenges described in this thesis. Klíčová slova: akvakulturní odpad; RAS; akvaponie; vermikompostování; biofloc moučka Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Zhodnocení odpadu z akvakultury

Technologie pro úpravu vody, prošly v posledních letech dynamickým vývojem, spolu s novými objevy a metodami. Uměle vybudované mokřady, aerobní kompostování, anaerobní čištění, enzymatická nebo ...

LUNDA, Roman
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Metodické přístupy k vyšetření lymfoidních tkání jeseterů
ŠÁLKOVÁ, Eva
2021 - anglický Předkládáme výsledky studií, které byly získány v průběhu doktorského studia a jsou shrnuty v disertační práci. Výzkum se zaměřil se posouzení různých metodických přístupů při vyšetřování lymfoidních tkání u jeseterů. Jeseteři se na Zemi vyskytují již více než 200 milionů let. Přežití do současnosti jim umožnil dobře vyvinutý a fungující obranný systém, zajišťující odolnost vůči mnohým negativním faktorům. Jeseteři jsou známí poměrně velkým genomem a náchylností k polyploidizačním událostem. Je známo, že v evoluci jeseterovitých ryb se uskutečnily tři celogenomové duplikace, označované jako 3R hypotéza (3 rounds hypothesis). Na základě této znalosti je možno jeseterovité ryby členit do různých ploidních skupin, s tím pak souvisí i rozdílné počty chromozómů u zástupců jednotlivých skupin. V naší práci jsme vyšetřili hematopoetické a lymfoidní tkáně u jeseterů. Studie byly prováděny na zástupcích jednotlivých ploidních úrovní: jeseter malý (Acipenser ruthenus) byl vybrán jako zástupce diploidní skupiny (2n), jeseter ruský (Acipenser gueldenstaedtii) jako zástupce tetraploidní (4n) a jeseter krátkorypý (Acipenser brevirostrum) jako představitel hexaploidní skupiny jeseterů (6n). U jesetera malého a jesetera krátkorypého jsme provedli histologické vyšetření hematopoetických a lymfoidních tkání. Tkáně byly klasicky zpracovány a obarveny hematoxylinem a eozinem. K bližší typizaci jednotlivých typů buněk jsme následně u vybraných tkání použili doplňující histologická barvení. Při vyšetření thymu jsme ve dřeni objevili Hassallova tělíska. Podle dostupných informací je naše sdělení považováno za první popis Hassallových tělísek v thymu jeseterů. Následovala studie, která se zabývala imunohistochemickým vyšetřením thymu juvenilního jesetera malého. K vyšetření jsme použili komerčně dostupné protilátky, běžně používané v humánní medicíně a diagnostice, konkrétně pak širokospektrý cytokeratin, vimentin, S-100 protein, leukocyte common antigen (LCA, CD45), CD3. Pozitivní výsledky jsme zaznamenali při vyšetření širokospektrého cytokeratinu, vimentinu a S-100 proteinu, zatímco vyšetření LCA a CD3 přineslo negativní nebo neprůkazné výsledky. Výsledky ukazují na možnost použití některých komerčně dostupných protilátek při vyšetřování tkání ryb, zároveň však poukazují na nutnost vývoje druhově a tkáňově specifických rybích protilátek. Hematologické vyšetření, především pak stanovení parametrů bílého krevního obrazu, představuje další z přístupů umožňující posouzení lymfoidních tkání u jeseterů. Odběr krve je ve srovnání s histologickým vyšetřením technicky jednodušší a dostupnější. Stanovení celkového počtu bílých krvinek a diferenciálního rozpočtu pak přináší důležité ukazatele celkového zdravotního stavu ryb. Naše studie se zaměřila na sledování parametrů bílého krevního obrazu a jejich změn v průběhu jednoho roku u zástupců tří různých ploidních úrovní jeseterů. Měsíčně jsme u deseti jedinců různých ploidních úrovní vyšetřili parametry bílého krevního obrazu. Získaná data ukázala, že ploidní úroveň ovlivňuje celkový počet leukocytů a podílí se na morfologických jaderných změnách granulocytů a lymfocytů. Naopak sezónní změny bílého krevního obrazu jsou závislé více na druhu jesetera a vlivech vnějšího prostředí než na ploidní úrovni. Vyšetření bílého krevního obrazu (stanovení celkového počtu leukocytů a diferenciálního rozpočtu) a histologické vyšetření tkání, a to včetně technicky náročnější imunohistochemie, představuje hlavní metodické přístupy při posuzování lymfoidních orgánů a imunitního stavu jeseterů. Metody mohou být používány v ichtyologických laboratoří a výstupy jednotlivých vyšetření představují důležité ukazatele při posuzování celkového zdravotního stavu ryb. We present material, data and results that were encountered in doctoral study and summarized in dissertation thesis. Our research was focused on methodical approaches to examination of lymphoid tissues in sturgeons. Sturgeons live on Earth for a long period of time. Well-developed immune system enabled sturgeons to face and deal with different attacks, and thus played an important and crucial role in sturgeon survival until present days. Sturgeons exhibit large genomes among fishes and are well known for their polyploidy origin. Acipenseriformes have a high tolerance for hybridization as well as for spontaneous doubling of chromosome sets. In their evolution, at least three independent polyploidization events have taken place, in the literature known as 3R hypothesis (three rounds hypothesis). Therefore, the present research focused on the haematopoietic and lymphoid tissues examination. Representatives of different ploidy level groups were encountered in the study: sterlet (Acipenser ruthenus) represented diploid (2n) group, Russian sturgeon (Acipenser gueldenstaedtii) was chosen as tetraploid group representative (4n), and finally shortnose sturgeon (Acipenser brevirostrum) served as hexaploid group representative (6n). Haematopoietic and lymphoid tissues were conventionally histologically processed, obtained sections were stained using haematoxylin and eosin. Advanced histological staining methods were applied when examining tissues to map and recognize particular cell types involved in haemato- and lymphopoiesis. Hassall's corpuscles were detected in thymi, particular in the thymic medulla; to our knowledge, it was the first description of Hassall's corpuscles in sturgeons. Subsequently, the thymus of juvenile sterlet (Acipenser ruthenus) was examined immunohistochemically. The wide range cytokeratin, vimentin, S-100 protein, leukocyte common antigen LCA (CD45) and CD3 were selected as the markers to map the thymic microenvironment. Commercially available human antibodies were applied on fish tissue, and wide range cytokeratin, vimentin, S-100 protein brought conclusive results and distinguished nature of different microenvironmental components. Contrarily, LCA and CD3 application was negative or inconclusive, and failed. Study confirmed the possibility of human antibody application on fish tissue, together with the need to generate fish and species specific antibodies, mostly when examining lymphoid tissues. Except for the histological and immunohistochemical examination, respectively, the lymphoid or immune system should be tested when using the determination of white blood cell parameters. Generally, the blood is more easily accessible (vessel puncture), and the determination of the total number of leukocytes and the differential counts represent important fish health and physiology status. Under the study, representatives of three different ploidy level groups were tested and white blood cell parameters were monitored monthly during a period of one year. Data suggested the significant effect of ploidy level on total number of leukocytes and morphological nuclear changes in granulocytes and lymphocytes. Annual variation in differential leukocyte counts depended on the species and influence of various external conditions rather than ploidy level. Examination of white blood cell parameters (total number of leukocyte and differential count), as well as histological and immunohistochemical examination, respectively, represent the main methodical approaches for lymphoid organs and immune system assessment in sturgeons. Methods should be applied in an ichthyological practise. Obtained results contribute to fish health status evaluation. Klíčová slova: Acipenser brevirostrum; Acipenser gueldenstaedtii; Acipenser ruthenus; Hassallova tělíska; histologické vyšetření; imunohistochemie; lymfatická tkáň; thymus; ukazatele bílého krevního obrazu Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Metodické přístupy k vyšetření lymfoidních tkání jeseterů

Předkládáme výsledky studií, které byly získány v průběhu doktorského studia a jsou shrnuty v disertační práci. Výzkum se zaměřil se posouzení různých metodických přístupů při vyšetřování lymfoidních ...

ŠÁLKOVÁ, Eva
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

Selected proteolytic aspects as targets to combat ticks and tick borne pathogens
HARTMANN, David
2021 - anglický Ticks and tick-borne diseases (TBD) represent a growing global burden for both human and animal health. Tick-host-pathogen interactions have evolved through dynamic processes that accommodated the genetic traits of the hosts, pathogens transmitted, and the vector tick species that mediate their development and survival. As in other parasites, proteases and proteolysis have been found as one of the key factors in this interaction triangle. This thesis is focused on selected proteolytic aspects of tick and tick-borne diseases: (i) processing of host blood as a source of nutrients and energy (hematophagy) as a continuum of the long-term goal of the Laboratory of Vector Immunology, that established the currently accepted model of multienzyme degradation of host blood proteins by ticks (ii) proteases in innate immunity (iii) validation of Babesia proteasome as a potential therapeutic target against the tick transmitted apicomplexan parasites. Ticks and tick-borne diseases (TBD) represent a growing global burden for both human and animal health. Tick-host-pathogen interactions have evolved through dynamic processes that accommodated the genetic traits of the hosts, pathogens transmitted, and the vector tick species that mediate their development and survival. As in other parasites, proteases and proteolysis have been found as one of the key factors in this interaction triangle. This thesis is focused on selected proteolytic aspects of tick and tick-borne diseases: (i) processing of host blood as a source of nutrients and energy (hematophagy) as a continuum of the long-term goal of the Laboratory of Vector Immunology, that established the currently accepted model of multienzyme degradation of host blood proteins by ticks (ii) proteases in innate immunity (iii) validation of Babesia proteasome as a potential therapeutic target against the tick transmitted apicomplexan parasites. Klíčová slova: klíště; proteázy; trávení krve; parazit; babesia; ixodes ricinus; ixodes scapularis; proteázom Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. Selected proteolytic aspects as targets to combat ticks and tick borne pathogens

Ticks and tick-borne diseases (TBD) represent a growing global burden for both human and animal health. Tick-host-pathogen interactions have evolved through dynamic processes that accommodated the ...

HARTMANN, David
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021

The breeding and foraging ecology of the House Sparrow in rural and urban environments
HAVLÍČEK, Jan
2021 - anglický This study describes the effect of farming practices, farmland utilization, and habitat composition in farmland settlements on the distribution and population density of the House Sparrow. Another goal of this study was to describe food availability for offspring and habitat use in rural and urban settlements. The results imply the importance of farms, their surroundings, small-scale farming, and the presence of natural habitats (shrubs, trees, ruderal vegetation) for the local House Sparrow populations. Increased home range size and flight distance were found in urban breeding pairs, implying the absence or lower availability of critical food sources in the urban environment. Future perspectives, threats, and management recommendations to prevent negative factors affecting House Sparrows and the entire bird community inhabiting similar habitats are discussed in this study. This study describes the effect of farming practices, farmland utilization, and habitat composition in farmland settlements on the distribution and population density of the House Sparrow. Another goal of this study was to describe food availability for offspring and habitat use in rural and urban settlements. The results imply the importance of farms, their surroundings, small-scale farming, and the presence of natural habitats (shrubs, trees, ruderal vegetation) for the local House Sparrow populations. Increased home range size and flight distance were found in urban breeding pairs, implying the absence or lower availability of critical food sources in the urban environment. Future perspectives, threats, and management recommendations to prevent negative factors affecting House Sparrows and the entire bird community inhabiting similar habitats are discussed in this study. Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU. The breeding and foraging ecology of the House Sparrow in rural and urban environments

This study describes the effect of farming practices, farmland utilization, and habitat composition in farmland settlements on the distribution and population density of the House Sparrow. Another ...

HAVLÍČEK, Jan
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2021