Ano (6155)
Ne (1520)
Počet nalezených dokumentů:
7675
Publikováno od
do
Neenzymatické role kináz a fosfatáz na příkladu MTMR9 a AAK1
Knop, Filip; Macůrková, Marie; Harnoš, Jakub; Soukup, Vladimír
2024 - anglický
Enzymatic roles of kinases and phosphatases in almost every aspect of cellular life are well described in a wide variety of examples. Lately the role of the same proteins independent of their catalytic activity is being increasingly appreciated. In this work, we focus on two proteins, mammalian MTMR9, and Caenorhabditis elegans SEL-5/AAK1. MTMR9 belongs to the myotubularin-related family of lipid phosphatases (MTMR) and is known to be a pseudophosphatase, a catalytically inactive member of the MTMR group. SEL-5/AAK1, on the other hand, is characterized by its kinase activity with at least two putative substrates identified so far. We described the localization of MTMR9 to early secretory pathway and its colocalization with known ER-to-GA compartment (ERGIC) markers. We also identified several possible MTMR9-interacting partners, such as RAB1 and MTMR6, whose localization and/or activity could be potentially regulated by MTMR9 binding. Disruption of proper MTMR9 levels led to an alteration in WNT3A secretion and subsequently to a reduced activity of the Wnt signaling pathway. Similarly, we identified SEL-5/AAK1 role in two separate Wnt-regulated developmental processes in C. elegans. Firstly, SEL-5 along with other members of the retromer complex regulate a proper QL.d migration. Secondly, excretory... Enzymatické role kináz a fosfatáz v regulaci buněčných procesů byly popsány na mnoha příkladech. V posledních letech se objevuje rostoucí počet případů postradatelnosti katalytické aktivity těchto enzymů. Tato práce se soustředí na dva konkrétní proteiny, savčí MTMR9 a SEL-5/AAK1 v háďátku obecném. MTMR9 z rodiny lipidových fosfatáz příbuzných myotubularinu (MTMR) patří do skupiny pseudofosfatáz, které jsou charakteristické nepřítomností enzymatické aktivity. Na druhou stranu, SEL-5/AAK1 je typickou aktivní kinázou s nejméně dvěma známými substráty. Podařilo se nám zjistit důležitost MTMR9 v časné sekretorní dráze buňky, kde kolokalizuje s markery intermediálního kompartmentu mezi endosomálním retikulem a Golgiho aparátem (ERGIC). Dále jsme identifikovali několik možných interakčních partnerů, například RAB1 a MTMR6, jejíchž lokalizaci a/nebo aktivitu by mohla vazba na MTMR9 regulovat. Změna úrovně MTMR9 způsobila narušení WNT3A sekrece a následně vedla k redukci aktivity Wntové signální dráhy. Pro SEL-5/AAK1 se nám podařilo identifikovat dva procesy, oba taktéž regulované Wntovou signální dráhou, které jsou důležité ve vývoji háďátka obecného. Jednak je SEL-5 společně s několika členy retromerového komplexu zodpovědný za regulaci správné QL.d migrace, a jednak SEL-5 reguluje růst exkretorních...
Klíčová slova:
kináza; fosfatáza; MTMR9; AAK1; SEL-5; Wnt signální dráha; Caenorhabditis elegans; kinase; phosphatase; MTMR9; AAK1; SEL-5; Wnt signalling; Caenorhabditis elegans
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Neenzymatické role kináz a fosfatáz na příkladu MTMR9 a AAK1
Enzymatic roles of kinases and phosphatases in almost every aspect of cellular life are well described in a wide variety of examples. Lately the role of the same proteins independent of their ...
Složitost klasifikačních problémů v topologii
Dudák, Jan; Vejnar, Benjamin; Krupski, Pawel; Zelený, Miroslav
2024 - anglický
This thesis consists of three articles. The first article focuses on compact metrizable spaces homeomorphic to their respective squares, the main result being that there ex- ists a family of size continuum of pairwise non-homeomorphic compact metrizable zero- dimensional spaces homeomorphic to their respective squares. This result answers a question of W. J. Charatonik. In the second article we prove that there exists a Borel measurable mapping assigning to each Peano continuum X a continuous function from [0, 1] onto X. We also show that there exists a Borel measurable mapping assigning to each triple (X, x, y), where X is a Peano continuum and x, y are distinct points in X, an arc in X with endpoints x, y. In the third article we prove that the homeomorphism relation for absolute retracts in R2 is Borel bireducible with the isomorphism relation for countable graphs. Moreover, we prove that neither the homeomorphism relation for Peano continua in R2 nor the homeomorphism relation for absolute retracts in R3 is clas- sifiable by countable structures. We also show that the homeomorphism relation (as well as the ambient homeomorphism relation) for compacta in [0, 1]n is Borel reducible to the homeomorphism relation for continua in [0, 1]n+1 . 1 Tato práce sestává ze tří článků. V prvním z nich se zabýváme kompaktními metri- zovatelnými prostory homeomorfními se svými čtverci, přičemž hlavním výsledkem je, že existuje systém mohutnosti kontinua po dvou nehomeomorfních kompaktních metrizo- vatelných nuldimenzionálních prostorů homeomorfních se svými čtverci. Tímto výsled- kem je zodpovězena otázka W. J. Charatonika. Ve druhém článku je dokázáno, že existuje borelovsky měřitelné zobrazení přiřazující každému Peanovu kontinuu X spojitou funkci z [0, 1] na X. Také je ukázáno, že existuje borelovsky měřitelné zobrazení přiřazující každé trojici (X, x, y), kde X je Peanovo kontinuum a x, y jsou dva různé body v X, oblouk v X s koncovými body x, y. Ve třetím článku je dokázáno, že relace homeomorfismu mezi absolutními retrakty v R2 je borelovsky bireducibilní s relací isomorfismu mezi spočet- nými grafy. Dále je ukázáno, že relace homeomorfismu mezi Peanovými kontinuy v R2 ani relace homeomorfismu mezi absolutními retrakty v R3 nejsou klasifikovatelné spočetnými strukturami. Rovněž je ukázáno, že relace homeomorfismu (a také relace vnějšího home- omorfismu) mezi kompakty v [0, 1]n je borelovsky reducibilní do relace homeomorfismu mezi kontinuy v [0, 1]n+1 . 1
Klíčová slova:
borelovská redukce|relace homeomorfismu|metrizovatelný kompaktní prostor|Peanovo kontinuum; Borel reduction|homeomorphism relation|metrizable compact space|Peano continuum
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Složitost klasifikačních problémů v topologii
This thesis consists of three articles. The first article focuses on compact metrizable spaces homeomorphic to their respective squares, the main result being that there ex- ists a family of size ...
Syntéza steroidních modulátorů pro receptory žlučových kyselin
Kašpar, Miroslav; Kudová, Eva; Drašar, Pavel; Kvasnica, Miroslav
2024 - anglický
The Thesis comprises three major projects. The first project is concerned with the creation of a pregnane compound library that can be used to explore the structure-activity relationship with the TGR5 and FXR receptors. The project draws structural inspiration from Sato's work and involves the compound characterization, digitization, computational methods, and biochemical analysis of a historic group collection of steroids. The second project focuses on the synthesis of modified bile acids using Grignard, Wittig, cross-coupling, or cycloaddition reactions. The synthesized compounds were tested for their TGR5 and FXR activity, leading to the discovery of (E)-7-ethylidene-3α-hydroxy-5β- cholan-24-oic acid, which is known to be the only bile acid with TGR5/FXR dual action. In the last part of the Thesis, 16 oxidizing agents were tested on 5 substrates for their selectivity in oxidizing axial or equatorial hydroxyl groups. Disertační práce je rozdělena na tři projekty. První projekt se zabývá tvorbou knihovny sloučenin steroidních pregnanů, která byla použita k strukturně-aktivitní studii s receptory TGR5 a FXR. Projekt čerpá inspiraci z práce Satoa a zahrnuje charakterizaci sloučenin, digitalizaci, výpočetní metody a biochemickou analýzu historické kolekce steroidů. Druhý projekt se zaměřuje na syntézu analogů žlučových kyselin pomocí Grignardových, Wittigových, cross-coupling nebo cykloadičních reakcí. Syntetizované sloučeniny byly testovány na na receptorech TGR5 a FXR, což vedlo k objevu kyseliny (E)-7-ethyliden-3α-hydroxy-5β-cholan-24-ové, která je zatím jedinná žlučová kyselina s dvojitým účinkem na TGR5/FXR. V poslední části práce bylo na 5 substrátech testováno 16 oxidačních činidel pro jejich selektivitu v schopnosti oxidace axiálních nebo ekvatoriálních hydroxylových skupin. Výsledky ukazují, že u molekul obsahující obě hydroxylové skupiny jsou pro oxidaci ekvatoriálních hydroxylů optimální činidla na bázi nitroxidových radikálů, zatímco činidla Stevens nebo Dess−Martin jsou lepší pro oxidaci axiálních hydoxylů.
Klíčová slova:
steroid; strukturně-aktivitní studie; TGR5 receptor; steroid; structure-activity relationship; TGR5 receptor
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Syntéza steroidních modulátorů pro receptory žlučových kyselin
The Thesis comprises three major projects. The first project is concerned with the creation of a pregnane compound library that can be used to explore the structure-activity relationship with the TGR5 ...
Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.
RIBEIRO DE MORAES, Karlos
2024 - anglický
This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting freshwater ecosystems due to human population growth and industrial expansion, it is crucial to study environmental changes, their impacts, and ways to mitigate damage. As many biotic and abiotic factors can influence the health and diversity of the community, for our study, we focused on habitat definition and complexity, and the effect of fishery management. Paper (I) focuses on the transition between littoral (shallow areas) and pelagic (open water) habitats and their impact on fish communities. The littoral zone, typically the most intricate segment of a water body, serves as the primary habitat for a significant portion of the fish community and species diversity. However, its spatial extent is very limited. Littoral delimitation is important for obtaining a true picture of the fish community composition and for its sustainable management decisions. Paper (II) investigated the impact of protected areas on fish populations in the Lipno reservoir in the Czech Republic, specifically focusing on the abundance, biomass, standard length, and diversity indices. Protected areas have legislation that reduces or stops certain anthropological impacts to help recover the ecosystem. These areas are normally linked to spawning areas, feeding grounds, or rare species and are vital for the restoration and proliferation of specific environments. In our case, we revealed more and larger predatory fish in protected and low anthropological impact areas. Paper (III) tests the introduction of artificial habitats, which are man-made structures or environments created to provide additional habitats and support for various organisms. Despite efforts to restore habitats to their natural states, there are instances where complete restoration is challenging. In particular, water bodies are subjected to significant anthropogenic alterations, such as reservoirs. In such instances, the introduction of artificial habitats has emerged as a solution to rapidly enhance the complexity of these environments. In Lipno reservoir, artificial floating islands attracted young-of-the-year of common species.
Klíčová slova:
Fish management; Anthropogenic impact; Spatial distribution; Habitat use; Habitat restoration; Stock enhancement; Protected areas; Artificial Habitat
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.
This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting ...
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability
Ehrenbergerová, Dominika; Havránek, Tomáš; Fungáčová, Zuzana; Jašová, Martina; Fidrmuc, Jarko
2024 - anglický
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstract This dissertation thesis consists of three empirical essays focusing on monetary policy, macroprudential policy, financial stability, and quantitative research synthesis of literature on a key economic parameter. The first essay presents a meta-analysis of the elasticity of substitution between capital and labor. We identify factors responsible for large values of the elasticity estimated in the literature-on average, 0.9-and find that the mean elasticity conditional on the absence of these factors is 0.3. To obtain this result, we collect 3,186 elasticity estimates reported in 121 studies and codify 71 variables that reflect the context in which researchers produce their estimates. We find publication bias is responsible for at least half of the overal reduction in the mean elasticity from 0.9 to 0.3. The empirical literature thus rejects the Cobb-Douglas specification. The second essay collects 1,555 estimates of the impact of short-term monetary policy rates on house prices from 37 individual studies. Several central banks have leaned against the wind in the housing market by increasing the policy rate preemptively to prevent a bubble. Yet, we show that the empirical literature provides mixed... Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstrakt Táto dizertačná práca pozostáva z troch empirických esejí zameraných na menovú politiku, makroprudenčnú politiku, finančnú stabilitu a kvantitatívnu syntézu literatúry o kľúčovom ekonomickom parametri. Prvá esej predstavuje metaanalýzu elasticity substitúcie medzi kapitálom a prácou. Identifikujeme faktory zodpovedné za vysoké hodnoty elasticity odhadovanej v literatúre - v priemere 0,9 - a zisťujeme, že priemerná elasticita podmienená absenciou týchto faktorov je 0,3. Na získanie tohto výsledku sme zhromaždili 3 186 odhadov elasticity uvedených v 121 štúdiách a nakódovali sme 71 premenných, ktoré odrážajú kontext, v ktorom výskumníci vytvárajú svoje odhady. Zistili sme, že publikačné skreslenie je zodpovedné za najmenej polovicu celkového zníženia priemernej elasticity z 0,9 na 0,3. Empirická literatúra teda odmieta Cobb-Douglasovu špecifikáciu. Druhá esej zhromažďuje 1 555 odhadov vplyvu krátkodobých menovopolitických sadzieb na ceny nehnuteľností z 37 samostatných štúdií. Niekoľko centrálnych bánk využilo politiku "leaning against the wind" na trhu s nehnuteľnosťami tým, že preventívne zvýšili úrokovú sadzbu, aby zabránili cenovej bubline. Ukazujeme však, že empirická literatúra poskytuje...
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability
Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstract This dissertation thesis consists of three empirical essays focusing on monetary ...
Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
2024 - anglický
(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data provided by X-ray crystallography, NMR, or cryo-EM, they excel in providing insights into analyte dynamics, structure, and interactions with other components, such as ligands. This doctoral thesis presents a contribution to the field of structural biology employing and extending covalent labelling approaches, namely Fast Photochemical oxidation of Proteins (FPOP) and oxidation by singlet oxygen (1 O2). These approaches were followed to study the structure, dynamics, and interaction of proteins, nucleic acids, and protein-DNA complexes in solution. Initially, FPOP was used to investigate the interaction interface of FOXO4 and DAF16-DNA response element and to show the possibilities of analyzing such a complex using both 'bottom- up' and 'top-down' approaches. Furthermore, an isotope depletion strategy combined with multiCASI-ECD proved effective in delivering structural information with the highest possible resolution for mapping protein-DNA interfaces. This research showcases how information derived from structural proteomic methods can guide the construction of in-silico models for protein-DNA complexes with... (In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž...
Klíčová slova:
Vodík-deuteriová výměna; rychlá foto-chemická oxidace bílkovin; hmotnostní spektrometrie; strutura bílkovin; komplexy bílkovin; Hydrogen-deuterium exchange; fast photo-chemical oxidation of proteins; mass spectrometry; protein structure; prottein complexes
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
(In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data ...
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
2024 - anglický
(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention and became drug targets. However, the design of specific PPI and their modulation is challenging. Cytokine-receptor interactions are especially important in the regulation of the immune system. Interleukin-10 (IL-10) over-production results in excessive immunosuppressive effects, tumor growth and infection. The interaction between interferon gamma receptor 2 (IFN- γR2) and interferon gamma (IFN-γ) leads to activation of downstream signaling pathways but the mechanism of such interaction is elusive. Interleukin-24 (IL-24) is another cytokine that signals through receptors sharing the interleukin-20 receptor two (IL-20R2) subunit and has important roles in autoimmunity and cancer. The aims of this Ph.D. thesis are to study PPI from several aspects emphasizing their specificity. The first goal is to develop a novel protein scaffold and subsequently evolve it into a high-affinity binder specific for human IL-10. The second goal is to understand the structural basis for receptor specificity of human IFN-γ. The third goal is to modulate the binding affinity between human IL- 24 and its receptor IL-20R2 by... (CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních...
Klíčová slova:
proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
(EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention ...
Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí
Pyrlik, Vladimir; Anatolev, Stanislav; Volkov, Vladimir; Prokhorov, Artem
2024 - anglický
Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstract High dimensionality is a popular contemporary setting in applied statistical analysis of various types of data. Growing dimensionality of the data challenges precise and well-conditioned estimates of statistical models. We address selected high-dimensional methods and their applications to financial market analysis. First, we consider modeling flexible joint distributions using copulas. In Chapter 1, we address estimation of Gaussian and t copulas in ultra-high dimensions, up to thousands of variables that use up to 30 times shorter sample lengths. We employ large covariance matrix shrinkage tools to obtain precise and well-conditioned estimates of the matrix parameters of the copulas. In Chapter 2, we present a new method for estimating the skew-t copula, known for its advantageous properties in characterizing joint distributions, including asymmetry, heavy tails, and asymmetric tail dependence. Our approach involves a two-step procedure based on the simulated method of moments and analytical non-linear shrinkage estimator for large covariance matrices. In both chapters, we also illustrate the benefits of the copula approach in a large stock portfolio allocation. Our analysis shows that copula-based models deliver better portfolios... Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstrakt Zkoumání dat s vysokou dimenzionalitou jsou oblíbenou statistickou analýzou aplikovanou na různorodé typy dat. Rostoucí dimensionalita dat představuje vyzvu pro správnou podmíněnost matic a přesný odhad modelů. V této práci se zaměřujeme na vybrané metody pro data s vysokou dimenzí a jejich aplikace na analýzu finančních trhů. Prvně zkoumáme modelování sdruženého rozdělení s využitím kopulí. V první kapitole se věnujeme odhadu Gaussovských a t kopulí v kontextu dat s ultra-vysokou dimenzionalitou, kde pracujeme řádově až s tisíci proměnnými a odhady na časových řadách s délkou až 30krát kratší než počet proměnných. Využíváme metod zmenšení (z anglického shrinkage) pro velké kovarianční matice k přesnému odhadu a správnému podmínění matic pro parametry kopulí. V druhé kapitole prezentujeme novou metodu pro odhad skew-t kopule, která má výhodu ve vyšší flexibilitě popisu sdruženého rozdělení. Vyšší flexibilita zahrnuje asymetrii, těžké konce a asymetrickou závislost v koncích rozdělení. Náš přístup využívá dvoukrokovou metodu založenou na simulované metodě momentů a analytickém nelineárním zmenšeném odhadu pro velké kovariační matice. V obou prvních dvou kapitolách ilustrujeme přínos využití kopulí na alokaci velkého akciového...
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí
Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstract High dimensionality is a popular contemporary setting in applied statistical analysis of various types of data. Growing ...
Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C
Sülzen, Hagen; Zoll, Sebastian; Bařinka, Cyril; Šilhán, Jan
2024 - anglický
Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti strukturální podstaty mechanismů obcházení imunitního systému lidskými infekčními patogeny, mají zásadní význam pro vývoj účinných léků a terapií. V této práci je na příkladu invariantního povrchového glykoproteinu 65 (ISG65) z krevní formy lidského infekčního parazita Trypanosoma brucei gambiense (Tbg) představen protokol pro zlepšení rekombinantní exprese proteinů s komplexním složením a pro vytvoření minimálního konstruktu vhodného pro strukturní charakterizaci. Kromě toho zde uvedené poznatky odhalují biologickou funkci ISG65 jako receptoru pro složku lidského komplementu C3b, popisují jeho úlohu jako selektivního inhibitoru alternativní cesty komplementového systému a představují první struktury TbgISG65 v komplexu s lidským C3 a C3b. K objasnění toho, jak mohou další invariantní povrchové receptory parazita vykonávat svou funkci v rámci ochranného štítu tvořeného okolními variantními povrchovými glykoproteiny (VSGs), byla hodnocena konformační flexibilita povrchového pláště parazita v krevním řečišti. Zatímco infekce africkými trypanosomami má pro zdraví pacienta závažné následky, infekce rozšířeným...
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři NUŠL
Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C
Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti ...
Reverse Janzen-Connell effects in New Guinean ant-plants
ZAHRA, Shafia
2024 - anglický
In this thesis, I investigate the presence of reverse Janzen-Connell effects in ant-plant communities in Papua New Guinea. Janzen-Connell effects help to explain species diversity maintenance by focusing on natural enemies' role in controlling plant distributions. It is postulated that spillover of enemies near adult plants reduces seedling survival, promoting coexistence and diversity. Conversely, reverse Janzen-Connell effects occur when mutualists enhance survival near conspecific adults, potentially creating larger recruitment zones leading in the extreme to species monodominance. I use a combination of observation and ant exclusion experiments, as well as spatial analysis to explore reverse Janzen-Connell effects. Ant-plant interactions, particularly myrmecophytic ones, show moderate species specificity, a key assumption of classic Janzen-Connell effects. Mutualistic ants enhance plant viability by eliminating herbivores and pathogens, reducing damage, and optimizing photosynthesis. I also explore the specificity of myrmecophytic systems compared to other ant-plant interactions across environments using a data collation approach. I speculate that reverse Janzen-Connell effects can be observed in ant-plant mutualisms, ectomycorrhizal fungi, and plants. I also found through a global meta-analysis that myrmecophytic networks are the most specialized, with specialisation being driven by network type rather than environmental factors. Thus, myrmecophytes are a suitable system to explore the presence of reverse Janzen-Connell effects. Spatial analysis showed the presence of reverse Janzen-Connell effects in plants in seedlings of Meliaceae family and less strongly in adults. In the ant exclusion experiments, conspecific saplings exhibited higher survival and growth, but this was not related to the treatment itself meaning the plants are potentially benefiting from root fungi from adult conspecifics. Saplings with ant patrolling had better survival, although caution is needed due to small sample size. Lastly, I found that ant inhabitation positively influenced growth in older ant-plants, but this was not linked to local ant-plant density, and leaf loss from herbivory was lower when saplings were near adult conspecifics, possibly due to protective volatiles. Taken together this suggests some weak evidence for reverse JanzenConnell effects in the lowland rainforest of Papua New Guinea.
Klíčová slova:
Ant-plants interaction; Papua New Guinea; Rypasora amplifolia; network specialization; Janzen-Connell effect; Reverse Janzen Connell effect; meta-analysis; Myrmecophytic.
Plné texty jsou dostupné v digitálním repozitáři JČU.
Reverse Janzen-Connell effects in New Guinean ant-plants
In this thesis, I investigate the presence of reverse Janzen-Connell effects in ant-plant communities in Papua New Guinea. Janzen-Connell effects help to explain species diversity maintenance by ...
NUŠL poskytuje centrální přístup k informacím o šedé literatuře vznikající v ČR v oblastech vědy, výzkumu a vzdělávání. Více informací o šedé literatuře a NUŠL najdete na webu služby.
Vaše náměty a připomínky posílejte na email nusl@techlib.cz
Provozovatel
Zahraniční báze