Vizualization of large biological tissue specimens using confocal laser scanning microscopy
Čapek, Martin; Kubínová, Lucie; Hána, K.; Smrčka, P.
2006 - anglický
In biology there is often necessary to visualize a biological specimen which size is greater when compared with the field of view of a used optical acquisition instrument. The visualization of such the specimen can be achieved by volume reconstruction. We study biological specimens by using a confocal laser scanning microscope which is able to capture a digital volume representation of the specimen. We investigate great specimens containing, for example, a human tooth pulp, an epithelial layer and a vascular bed of chick embryonic gut or chick embryonic kidneys Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu). Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole)
Klíčová slova:
confocal microscopy; volume reconstruction; volume visualization
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Vizualization of large biological tissue specimens using confocal laser scanning microscopy
In biology there is often necessary to visualize a biological specimen which size is greater when compared with the field of view of a used optical acquisition instrument. The visualization of such ...
Measurement of length and euler characteristic in 3D images
Janáček, Jiří; Saxl, Ivan
2006 - anglický
Efficient methods for automatic measurement of length and Euler characteristic in 3D are presented. The effect of background noise on the measurements is estimated Práce uvádí účinné metody automatizovaného měření délky a Eulerovy charakteristiky v 3D obrazech a odhady chyb měření způsobené obrazovým šumem
Klíčová slova:
3D; length; Euler characteristic
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Measurement of length and euler characteristic in 3D images
Efficient methods for automatic measurement of length and Euler characteristic in 3D are presented. The effect of background noise on the measurements is estimated...
Volume reconstruction of large biological tissue specimens
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2006 - anglický
Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice (mosaicking). The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímají všechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
Klíčová slova:
confocal microscopy; volume reconstruction; volume visualization
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Volume reconstruction of large biological tissue specimens
Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. ...
Úloha transportéru mastných kyselin FAT/Cd36 v poruchách lipidového metabolismu a utilizace glokózy při inzulinové rezistenci
Kazdová, L.; Burešová, M.; Marková, I.; Pravenec, Michal
2006 - český
Účiky transgenního Cd36, exprimovaného exluzivně ve svalech, nebyly postačující ke zlepšení inzulinové rezistance adyslipidemie. Normální Cd36 tak musí být exprimován i v dalších tkáních, aby se projevily jeho příznivé účinky The role of transgenic Cd36 expressed exclusively in muscle tissue was not sufficient to ameliorate insulin resistance and dyslipidemia. Wild type Cd36 must be expressed in additional tissues to exert its beneficial effects
Klíčová slova:
Transgenic SHR; Cd36; muscle
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Úloha transportéru mastných kyselin FAT/Cd36 v poruchách lipidového metabolismu a utilizace glokózy při inzulinové rezistenci
Účiky transgenního Cd36, exprimovaného exluzivně ve svalech, nebyly postačující ke zlepšení inzulinové rezistance adyslipidemie. Normální Cd36 tak musí být exprimován i v dalších tkáních, aby se ...
Diversity in muscle fibre type cappilary supply
Eržen, I.; Kubínová, Lucie; Janáček, Jiří; Čebašek, V.; Ribarič, S.
2006 - anglický
Capillary network in slow soleus and fast extensor digitorum longus control, denervated and reinnervated rat muscles was compared using stereology and confocal microscopy Byla porovnávána kapilární síť v pomalých (soleus) a rychlých (extensor digitorum longus) kontrolních, denervovaných a reinervovaných krysích svalech s využitím stereologie a konfokální mikroskopie
Klíčová slova:
capillaries; skeletal muscle; stereology
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Diversity in muscle fibre type cappilary supply
Capillary network in slow soleus and fast extensor digitorum longus control, denervated and reinnervated rat muscles was compared using stereology and confocal microscopy...
Stereological metod for the estimation of chloroplast thylakoid surface area
Kubínová, Lucie; Kutík, J.
2006 - anglický
The stereological method using “local vertical windows” applied to the estimation of thylakoid surface area in the chloroplast volume, based on evaluation of chloroplast electron micrographs is presented. The method is demonstrated on the study of chloroplast ultrastructure in the leaves of plants of CE704 maize (Zea mays L.) line, developing in control and chilling conditions Stereologická metoda, využívající tzv. lokální vertikální okénka, je představena a použita k odhadu povrchu tylakoidů, vztaženého na objem chloroplastu, z mikrofotografií získaných ellektronovým mikroskopem. Metoda je demonstrována na studiu ultrastruktury chloroplastů v listech kukuřice, vyvíjející se v kontrolních a chladových podmínkách
Klíčová slova:
stereology; surface area; thylakoid membranes
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Stereological metod for the estimation of chloroplast thylakoid surface area
The stereological method using “local vertical windows” applied to the estimation of thylakoid surface area in the chloroplast volume, based on evaluation of chloroplast electron micrographs is ...
On calculation of chamfer distance and Lipschitz covers in digital images
Štencel, Mikuláš; Janáček, Jiří
2006 - anglický
Aim of the paper is the chamfer distance transform of the binary digital image in arbitrary dimension and corresponding Lipschitz cover of grayscale image. Validity of the double-scan algorithm is proved. The Lipschitz cover is usefull for elimination of the image background Práce se zabývá důkazem správnosti dvojprůchodového algoritmu pro výpočet digitální vzdálenosti v obrazech libovolné dimenze a použitím téhož algoritmu pro výpočet Lipschitzovy obálky, která je užitečná pro odstranění obrazového pozadí
Klíčová slova:
chamfer distance; Lipschitz cover; background elimination
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
On calculation of chamfer distance and Lipschitz covers in digital images
Aim of the paper is the chamfer distance transform of the binary digital image in arbitrary dimension and corresponding Lipschitz cover of grayscale image. Validity of the double-scan algorithm is ...
3D visualization of large biological tissue specimens captured by a confocal microscope
Čapek, Martin; Janáček, Jiří; Karen, Petr; Kubínová, Lucie; Smrčka, P.; Hána, K.
2006 - anglický
Digital volume reconstruction is a technique for rendering and visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. Prior to the volume reconstruction, large biological specimens are cut to thin physical slices. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is composition of neighbouring spatial tiles of the same physical slice. The third reconstruction step is registration and merging of digital volumes of neighbouring physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are rendered and visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
Klíčová slova:
3D visualization; confocal microscope
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
3D visualization of large biological tissue specimens captured by a confocal microscope
Digital volume reconstruction is a technique for rendering and visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning ...
Biologická evoluce versus evoluční systémy: porovnání učení potkana a robota v dynamických prostorových úlohách srovnatelného typu
Telenský, Petr; Jiroutek, P.; Svoboda, Jan; Blahna, Karel; Bureš, Jan
2006 - český
Schopnost adaptivně reagovat na proměnlivé podmínky dynamicky se měnícího prostředí je vlastností, kterou nacházíme u přirozených i umělých "inteligentních systémů". Naše práce porovnává učení se živých (potkan) a neživých (autonomní mobilní robot řízený evolučním systémem) objektů ve stejném typu prostorových úloh. Výsledky získané "výcvikem" potkanů resp. robota budou pojednány ve zvláštních kapitolách Ability to adapt to a continuously changing environment is inherent both to natural and artificial "inteligent systems". Our paper presents comparison of spatial learning in the living being (rat) and artifitial object (autonomous mobile robot controled by evolutionary system) using a similarily defined task. Individual chapters are given on rat and robot learning
Klíčová slova:
spatial cognition; robot; evolution
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Biologická evoluce versus evoluční systémy: porovnání učení potkana a robota v dynamických prostorových úlohách srovnatelného typu
Schopnost adaptivně reagovat na proměnlivé podmínky dynamicky se měnícího prostředí je vlastností, kterou nacházíme u přirozených i umělých "inteligentních systémů". Naše práce porovnává učení se ...
Analysis of microcracks in renal cortex and medulla
Tonar, Z.; Janáček, Jiří; Nedorost, L.; Grill, R.; Záťura, F.
2006 - anglický
Cortex and medula were both damaged after drop shatter test, even in those areas of kidneys, that were free of macroscopic cracks on the surface. The ruptures propagated preferentially through the interstitial connective tissue. The most affected vessels were the arcuate veins followed by the arcuate arteries Nejvýraznější změny kůry a dřeně ledvin po simulovaném traumatu jsou ruptury vedoucí přednostně řídkým kolagenním vazivem. Z cév byly nejvíce poškozené vv. arcutae, poškozené byly i aa. arcutae
Klíčová slova:
kidney; rupture; stereology
Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR.
Analysis of microcracks in renal cortex and medulla
Cortex and medula were both damaged after drop shatter test, even in those areas of kidneys, that were free of macroscopic cracks on the surface. The ruptures propagated preferentially through the ...
NUŠL poskytuje centrální přístup k informacím o šedé literatuře vznikající v ČR v oblastech vědy, výzkumu a vzdělávání. Více informací o šedé literatuře a NUŠL najdete na webu služby.
Vaše náměty a připomínky posílejte na email nusl@techlib.cz
Provozovatel
Zahraniční báze