Yes (189313)
No (5358)
Number of found documents:
194671
Published from
to
Změny srážko-odtokového režimu a biogeochemismu v pramenných oblastech
Fraindová, Kateřina
2024 - English
Pramenné oblasti představují v současné době velice významný aktuální či potenciální zdroj pitné vody, přičemž neméně důležitý je i jejich ekologický význam pro celý ekosystém. Jedná se o lokality s minimálními antropogenními zásahy a s obvykle nejméně znečištěnými vodními zdroji. Změna klimatu a srážko-odtokového režimu i kvalita vody v těchto oblastech významně ovlivňují stav a dostupnost vody dále po proudu. Zároveň se jedná o jednu z nejcitlivějších oblastí, která je včasným indikátorem probíhajících změn. Práce se zaměřuje na hlavní problémy, které v současné době již probíhají a významným způsobem ovlivňují dostupnost pitné vody. Jedním z nich jsou trendy srážko-odtokového režimu v souvislosti se změnou klimatu a ústupu ledovců v pramenných oblastech. Jako velmi dobrý příklad řeky ve středních zeměpisných šířkách s komplexním odtokovým režimem, kde se silně projevuje velký vliv regionálního oteplování klimatu a ústupu ledovců, bylo pro toto téma vybráno povodí řeky Athabasca. S tímto tématem souvisí i změna kvality vody, která je ovlivněná jak změnou teplot, tak srážko-odtokového režimu spolu s narůstajícím výskytem extrémních situací, jako je sucho a povodně. Dále jsou analyzovány i vliv krajinného pokryvu na kvalitu vody, a jejich změn spolu se zohledněním geografické polohy. Za tímto účelem bylo... Headwater areas are a very important current or potential drinking water source. Their ecological value for the whole ecosystem is equally important. Headwater areas are sites with minimal anthropogenic intervention and usually the least polluted water sources. Changes in climate and rainfall-runoff (R-R) regime together with water quality in these areas affect the status and availability of water further downstream significantly. It is also one of the most sensitive areas and is an early indicator of ongoing changes. This thesis focuses on the main issues that are already ongoing and are affecting the availability of drinking water significantly. Some of these are trends in R-R regime in the context of the climate change and glacier retreat in headwater areas. As a very good example of a mid-latitude river with a complex rainfall-runoff regime, where a large impact of regional climate warming and glacier retreat are strongly manifested, The Athabasca River Basin was selected for this study. Related to this issue is the river water quality, which is influenced by changes in both temperature and R-R regime, together with the increasing occurrence of extreme hydrometeorological situations such as droughts and floods. The effects of land cover on water quality are also analysed, along with consideration of...
Keywords:
Srážko-odtokový režim; výška sněhu; teplota; kvalita vody; živiny; DOC; regionální změna klimatu; Rainfall-runoff regime; snow cover depth; temperature; water quality; nutrients; DOC; regional climate change
Available in a digital repository NRGL
Změny srážko-odtokového režimu a biogeochemismu v pramenných oblastech
Pramenné oblasti představují v současné době velice významný aktuální či potenciální zdroj pitné vody, přičemž neméně důležitý je i jejich ekologický význam pro celý ekosystém. Jedná se o lokality s ...
Modelování biologicky relevantních lipidových multivrstev v kontextu transportu léčiv
Saija, Maria Chiara; Cwiklik, Lukasz; Szczęsna-Iskander, Dorota; Heyda, Jan
2024 - English
Pochopení procesu doručování léčiva na úrovni základních fyzikálně-chemických a biofyzikálních metod stále představuje obrovskou výzvu. Jedním z hlavních důvodů je specifičnost procesů spojených s doručováním léčiv, která závisí z velké míry na cíli, kam je léčivo doručováno. Lipidová vrstva slzného filmu, kterou se ve své práci zabývám, a která má klíčový význam pro oční zdraví, představuje pro lokální aplikaci oftalmických léčiv právě takový cíl. Tato doktorská práce se zaměřuje na dvě témata spojená s doručováním léčiv do oka; obsahuje taktéž případovou studii lékových systémů a jejich hlavních složek ve vrstvě lipidů slzného filmu a to včetně zkoumání vlivu modifikace lipidů na lipidem asociovaný peptid jakožto potenciální lék. Výzkum, uvedený v této práci, je prováděn za pomoci simulací molekulární dynamiky, které jsou navíc doplněny různými experimentálními technikami. První část předkládané práce zahrnující výzkum týkající se lékových systémů má tři části: prvním úkolem je studium vlivu běžně používaných konzervantů na vrstvu lipidů slzného filmu; druhým je zkoumání vlivu léku latanoprostu na slzné lipidy; třetím cílem je zkoumat různé lékové systémy obsahující latanoprost a jejich interakci s lipidovou vrstvou v slzách. Tyto studie jsou prováděny kombinací simulací molekulární dynamiky a... Understanding the topical drug delivery at basic physico-chemical and biophysical levels is still challenging. One of the main reasons is the specificity of the processes involved, depending on the delivery target. The tear film lipid layer plays a vital role in ocular health and serves as a target for topical ophthalmic drug delivery. This doctoral thesis investigates two topics related to topical eye delivery, including a case study of drug delivery systems and their major components in the tear film lipid layer, and the effect of a lipid modification on a lipid-associate peptide as a potential drug. This research is conducted by using molecular dynamics simulations, which are comple- mented by various experimental techniques. The research about the drug delivery systems is threefold: the first objective is to study the impact of commonly used preservatives on the tear film lipid layer; the second one is to explore the influence of the latanoprost drug on the tear lipids; the third one is to investigate different drug delivery systems containing latanoprost drug and their interaction with the lipid layer in the tears. These studies are conducted by combining molecular dynamics simulations and the experiments involving the Langmuir-type lipids film. The key findings of this research have practical...
Keywords:
Lipidová vrstva slzného filmu; dodávka léku; molekulární dynamika; vícevrstvé lipidy; modelování; lipidová dvouvrstva; nanonosič; biologické lipidy; Tear film lipid layer; drug delivery; molecular dynamics; lipid monolayer; modeling; lipid bilayer; nano carrier; biological lipids
Available in a digital repository NRGL
Modelování biologicky relevantních lipidových multivrstev v kontextu transportu léčiv
Pochopení procesu doručování léčiva na úrovni základních fyzikálně-chemických a biofyzikálních metod stále představuje obrovskou výzvu. Jedním z hlavních důvodů je specifičnost procesů spojených s ...
Belemniti spodní křídy (a hraničního intervalu hranice J/K) oblasti severozápadní Tethydy, biostratigrafie, paleobiogeografie a paleoekologie
Vaňková, Lucie
2024 - English
Předkládaná disertační práce se zabývá belemnitovou faunou z oblasti Vnějších Západních Karpat, jejím systematickým určením a stratigrafickým a paleogeografickým zhodnocením. Spolu s izotopovými analýzami, zahrnujícími jak stabilní izotopy kyslíku a uhlíku, tak izotopy stroncia, vytváří komplexní obraz paleoekologických podmínek v období jursko-křídové hranice a spodní křídy. Belemniti nejsvrchnějšího tithonu a hraničního intervalu J/K nejsou obecně příliš dobře prostudovaní, jelikož se na studovaných profilech vyskytují zřídka, nebo sedimentární podmínky nejsou vhodné pro jejich zachování. Rostra belemnitů jsou tak v mediteránní provincii popsána pouze z několika lokalit. Na základě posledních výzkumů byl stratigrafický rozsah některých původně tithonských druhů rozšířen o nejspodnější křídu. Oproti tomu jsou spodnokřídoví belemniti (od pozdního berriasu) relativně rozšíření. V tethydní říši je možné studovat spodnokřídovou belemnitovou faunu v dobrém detailu a dle jejich četného zachování, také stanovit jednotlivá společenstva odpovídajcí stratigrafickým intervalům. Navíc lze modelovat jejich palebiogeografické rozšíření a případné migrace. Specifické podmínky a typ sedimentární asociace, ve které bylo rostrum uloženo, nabízí možnost zkoumání ekologických preferencí, které jednotlivé druhy... This thesis deals with the belemnite fauna from the Outer Western Carpathians Klippen, its systematic classification, stratigraphical and palaeogeographical evaluation. The palaeontological/palaeobiological approach, together with isotope analyses, including of carbon and oxygen stable isotopes and of strontium isotopes, enabled an integrated investigation of the palaeoecological conditions during the Jurassic/Cretaceous (J/K) boundary interval and the Early Cretaceous age. The Tethyan belemnites are not intensively studied in detail in the J/K interval, as they occur rather rarely in the sections, and/or sedimentary conditions were not suitable for their preservation. Therefore, belemnites are described only from a few sites in the Mediterranean Province. On the basis of recent research, the stratigraphic range of several species previously considered to be from the Tithonian age was extended to the earliest Cretaceous. By contrast, the Lower Cretaceous belemnites (since the late Berriasian) are more abundant. In the classical areas of the Tethyan Realm, it is possible to study the Lower Cretaceous belemnites in great detail and, according to their higher abundance, to determine an individual assemblage corresponding to stratigraphical intervals. Their occurrence is also an important basement for...
Keywords:
belemniti; spodní křída; J; K hranice; Vnější Západní Karpaty; stratigrafie; paleogeografie; paleoekologie; belemnites; Lower Cretaceous; J; K boundary; Outer Western Carpathians; stratigraphy; palaeogeography; palaeoecology
Available in a digital repository NRGL
Belemniti spodní křídy (a hraničního intervalu hranice J/K) oblasti severozápadní Tethydy, biostratigrafie, paleobiogeografie a paleoekologie
Předkládaná disertační práce se zabývá belemnitovou faunou z oblasti Vnějších Západních Karpat, jejím systematickým určením a stratigrafickým a paleogeografickým zhodnocením. Spolu s izotopovými ...
Paleoekologické aspekty a evoluce ústřičných asociací pozdní křídy
Rantuch, Jakub
2024 - English
Předkládaná práce se věnuje studiu paleoekologických aspektů evoluce ústřičného rodu Rhynchostreon Bayle, 1874, významného zástupce křídové fauny. Prostřednictvím integrovaného studia řady sedimentologických (velikost křemenných zrn), geochemických (koncentrace hlavních oxidů) a paleobiologických (tafonomie) proxy, bylo pět studovaných lokalit původem z oblasti Českého masivu a Pieninského bradlového pásma (Západní Karpaty) rozděleno do tří typů prostředí, které se liší charakterem substrátu, úrovní vnitřní energie (dynamiky) a převládajícím salinitním režimem. Posléze bylo celkem pět paleopopulací ústřičného druhu Rhynchostreon suborbiculatum (Lamarck, 1801), osídlujících tyto habitaty (dynamické cenomanské příbřeží, klidné prostředí turonského hemipelagického moře a cenomansko-turonské okrajově-mořské prostředí s proměnlivým vlivem fluviální aktivity) podrobeno sérii morfologických a populačních analýz (zejména analýze početností velikostních tříd, struktury morfotypů a tloušťky schránky). Výsledky dosažené kombinací uvedených přístupů neindikují jenom širší ekologickou a salinitní valenci druhu R. suborbiculatum, ale také skutečnost, že ekologická odpověď jednoho z nejznámějších druhů fosilních ústřic na faktory spojené s klimatickou změnou (např. fluktuace salinity, úroveň eutrofie apod.) byla... The presented thesis explores the palaeoecological aspects of the evolution of the well-known fossil oyster genus Rhynchostreon Bayle, 1874, a significant representative of Cretaceous fauna. The study integrates sedimentological (quartz grain size), geochemical (concentration of major oxides) and palaeobiological (taphonomy) proxies to categorise five oyster-bearing localities in the Bohemian Massif and the Pieniny Klippen Belt (Western Carpathians) into three environments with differing substrate characteristics, environmental energy levels and salinity regimes. Subsequently, the five specific palaeopopulations of Rhynchostreon suborbiculatum (Lamarck, 1801), occupying these habitats (including the dynamic Cenomanian nearshore, the quiet environment of the Turonian hemipelagic sea and the Cenomanian-Turonian marginal marine system influenced by variable fluvial activity), underwent a series of morphological and population studies. These studies involved the analyses of size-frequency distributions, morphotype structure, and shell thickness. Results from this multidisciplinary approach suggest that the salinity tolerance of R. suborbiculatum may be higher than commonly assumed, and its ecological response to climatic changes (i.e. the fluctuation of salinity, level of eutrophism, etc.) aligns with...
Keywords:
Svrchní křída; ústřice; paleoekologie; evoluce; Upper Cretaceous; oysters; palaeoecology; evolution
Available in a digital repository NRGL
Paleoekologické aspekty a evoluce ústřičných asociací pozdní křídy
Předkládaná práce se věnuje studiu paleoekologických aspektů evoluce ústřičného rodu Rhynchostreon Bayle, 1874, významného zástupce křídové fauny. Prostřednictvím integrovaného studia řady ...
Social housing as a tool for improving the quality of life of people with limited access to housing
Aresta, Veronika; Průša, Ladislav; Matulayová, Tatiana; Krebs, Vojtěch
2024 - Czech
rakt (česky) ředkládaná ační á měřena na zkoumání vztahu mezi sociálním bydlením ž jeho uživatelů Cílem disertační práce je zjistit, zda program sociálního bydlení zajišťuje bydlení, které umožňuje žít jeho uživatelům takový život, jaký si přejí ží vána í očekávání navržené jíž podstata odráží východiska filosoficko ekonomického směru capability approach Kvalita života je hodnocena prostřednictvím tzv. potencialit, které jsou definovány jako způsoby života, kterých uži také fenomén tví, dále s teoretická část věnuje také segmentu sociálního bydlení, roli samosprávy a přístupů zavádění systémů sociálního bydlení. Použitým ýzkumný příst výzku deduktivně kvalitativní ýza. Zjištění vychází ých ů už sociálními pracovník bydlení. Výsledky studie přináší odhalení sociální reality uživatelů lokálního systému sociá ního bydlení v souvislosti s dosahováním hodnotného živo ředkládaná prá tzv. bytovýc uživatelů programu a zároveň jednotlivé potenciality, kterých uživatelé dosahují díky získání rdní erzní ré přispívají ebo ohrožují kvalitu života uživatelů bydlení. Stěžejním zjištěním je, že uživatelů zažívá harmonické očekávání, které směřuje celistvému í ví, zažívá ster ní očekávání, jež potv ptivních preferencí zažívá nesaturované očekávání, v jehož důsledk domácnosti ohroženy ztrátou bydlení a stále se ocitají v... (in English) The presented dissertation focuses on investigating the relationship between social housing and the quality of life of its users. The aim is to determine whether social housing programs provide residences that enable users to live the life they aspire to. The study draws inspiration from the expectations concept proposed in 2020, which captures the principles of the philosophical and economic capability approach. Quality of life is assessed by potentialities, defined as the lifestyles achieved by users. This study also theoretically anchors the phenomenon of homelessness and delves into social housing's segment, the role of local self-government, and the strategies for implementing social housing systems. A deductive qualitative analysis serves as the research methodology, with findings derived from 32 semi-structured interviews with program participants and housing support social workers. The study uncovers the social reality of local social housing users and their pursuit of a valuable life. The research confirms the enhancement of so-called housing freedoms among program users and describes the potentialities achieved through access to standard housing. It identifies conversion factors that either enhance or jeopardize housing users' quality of life. Notably, 73.3 % of users...
Keywords:
bezdomovectví a vyloučení z bydlení|sociální bydlení|kvalita života|potenciality|očekávání|konverzní faktory; homelessness and exclusion from housing|social housing|quality of life|potentialities expectations|conversion factors
Available in a digital repository NRGL
Social housing as a tool for improving the quality of life of people with limited access to housing
rakt (česky) ředkládaná ační á měřena na zkoumání vztahu mezi sociálním bydlením ž jeho uživatelů Cílem disertační práce je zjistit, zda program sociálního bydlení zajišťuje bydlení, které umožňuje ...
Analysis of experimental activities in chemistry textbooks for primary schools
Špísová, Klára
2024 - Czech
Cílem diplomové práce je analýza experimentálních aktivit v učebnicích chemie pro základní školy. Jsou zkoumány typy aktivit a jejich zařazení do fází výuky, kognitivní náročnost. Analýza zahrnuje nejvíce používané učebnice chemie - učebnice nakladatelství Fortuna: Základy chemie 1, 2 a Základy praktické chemie 1, 2. Dále učebnice nakladatelství Nové školy, Fraus a Taktik pro 8. a 9. ročník. Všechny učebnice obsahují náměty na praktickou činnost, nejvíce jich je v učebnicích ZCH, FR a NŠ. V učebnicích chemie jsou identifikovány různé typy aktivit, jako samostatná činnost žáka, pozorování demonstrace učitele, laboratorní práce, sledování videa, obrázků a řešení úkolů. Nejčastěji se vyskytuje samostatná činnost žáka a pozorování demonstrace učitele. Učebnice FR a T nabízejí také interaktivitu prostřednictvím videí. Praktické náměty se zaměřují především na expoziční fázi výuky. Co se týče rozvoje kognitivních operací, úlohy v učebnicích chemie se zaměřují na nižší operace, jako je zapamatování, porozumění a aplikace. Vyšší operace, zejména rozvoj tvorby, byl především v učebnicích pro 8. ročník. Učebnice nakladatelství NŠ měly vyrovnané zastoupení pro oba ročníky. The aim of the thesis is to analyze experimental activities in chemistry textbooks for primary schools in the Czech Republic. The types of activities and their placement in the phases of teaching, cognitive demand are examined. The analysis includes the most used textbooks of chemistry - textbooks by Fortuna: Základy chemie 1, 2 and Základy praktické chemie 1, 2. Textbooks by Nová škola, Fraus and Taktik for 8th and 9th grade. All textbooks contain suggestions for practical activities, most of them are in the ZCH, FR and NŠ textbooks. Different types of activities are identified in the chemistry textbooks, such as independent student activity, observation of teacher demonstration, laboratory work, watching videos, pictures and solving problems. Independent student activity and observation of teacher demonstration are the most common. FR and T textbooks also offer interactivity through videos. Practical topics focus mainly on the exposure phase of the lesson. In terms of the development of cognitive operations, the tasks in the chemistry textbooks focus on lower-level operations such as memorization, comprehension, and application. Higher operations, especially the development of making, was mainly in the textbooks for grade 8. The textbooks published by NŠ had a balanced representation for both grades.
Keywords:
Experimentální činnost; analýza učebnic chemie; nižší sekundární vzdělávání; výuka chemie; aktivita žáka; Experimental activity; analysis of chemistry textbooks; lower-secondary education; chemistry teaching; student activity
Available in a digital repository NRGL
Analysis of experimental activities in chemistry textbooks for primary schools
Cílem diplomové práce je analýza experimentálních aktivit v učebnicích chemie pro základní školy. Jsou zkoumány typy aktivit a jejich zařazení do fází výuky, kognitivní náročnost. Analýza zahrnuje ...
Formal and Linguistic Aspects of Judicial Decisions
Hau, Vojtěch; Koloušek, Martin
2024 - Czech
Formální a jazykové aspekty soudních rozhodnutí Abstrakt Ústředním tématem práce je písemná podoba odůvodnění soudního rozhodnutí, které je důležitým prvkem v zamezení libovůle v soudním rozhodování. Cílem práce je analyzovat současnou podobu civilních soudních rozhodnutí okresních soudů. K tomu práce na úvod doktrinálně vymezuje druhy makrostruktury a vnitřní logiky soudních odůvodnění, vázanou a volnou aplikaci práva a především historické a ideologické pozadí angloamerického, francouzského a německého soudního stylu, jehož součástí je i styl český. Druhá část popisuje prameny právní úpravy odůvodnění civilního rozsudku na ústavní, zákonné i podzákonné úrovni. Z těchto pramenů následně za přispění judikatury a odborné literatury vyvěrá analyticko-popisná část představující podobu současného odůvodnění českého civilního rozsudku soudu prvního stupně. V další části přistupuje práce k dosažení svého cíle - podrobuje 150 rozsudků empirickému výzkumu inspirovanému obsahovou analýzou, čímž odhaluje skutečné dodržování požadavků kladených na soudce při písemném odůvodnění rozsudku. Tento výzkum navíc umožňuje práci odkrýt další, ať už pozitivní, či negativní jevy vyskytující se v odůvodněních, které dosud nebyly zmíněny v odborné literatuře. Poslední část práce prezentuje výsledky analýzy a následně nad nimi... Formal and Linguistic Aspects of Judicial Decisions Abstract The central theme of the thesis is a written form of justification of judicial decisions, which is a crucial element in preventing arbitrariness in judicial decision-making. The aim of the thesis is to examine current form of civil judicial decisions of district courts. In order to do so, the thesis starts by doctrinally defining types of macrostructure and internal logic of judicial decisions, bound and free decision-making, and especially historical and ideological background of the Anglo-American, French and German judicial styles, which also includes the Czech judicial style. The second part describes sources of legal regulation for the reasoning of a civil judgment at the constitutional, statutory, and sub-statutory levels. From sources of law with contribution of case law and expert literature emerges analytical-descriptive section presenting structure of the present reasoning in Czech civil judgments of courts of first instance. In the next part, the thesis proceeds towards achieving its goal - it subjects 150 judgments to empirical research inspired by content analysis, thereby revealing actual compliance with the requirements placed on judges in providing written justifications for judgments. Furthermore, this research enables the thesis...
Available in a digital repository NRGL
Formal and Linguistic Aspects of Judicial Decisions
Formální a jazykové aspekty soudních rozhodnutí Abstrakt Ústředním tématem práce je písemná podoba odůvodnění soudního rozhodnutí, které je důležitým prvkem v zamezení libovůle v soudním rozhodování. ...
Vývoj a použití elektrochemických průtokových detektorů
Baroch, Martin
2024 - English
Předkládaná disertační práce se zabývá vývojem a výzkumem elektrochemických průtokových systémů využívajících běžné, ale i netradiční elektrodové materiály. V první části této práce je řešena problematika porézních průlinčitých velkoplošných elektrod. Jako materiál pro pracovní elektrodu byl použit samostojící porézní borem dopovaný diamant (fs-pBDD). Ten byl vůbec poprvé použit pro konstrukci elektrochemické cely určené pro amperometrickou detekci v průtokových metodách. Testování této elektrody bylo prováděno pomocí amperometrické detekce kombinované s průtokovou injekční analýzou roztoku komplexu ruthenia. Limity detekce dosažené na tomto materiálu byly v submikromolárních hodnotách a lineární dynamický rozsah koncentrační závislosti sahal přes tři řády. Kromě amperometrie byl fs-pBDD podroben také testování pomocí cyklické voltametrie. Hlavním důvodem použití této metody bylo stanovení elektrochemicky aktivní plochy, což přispělo k celkové fyzikálně-chemické charakterizaci tohoto slibného materiálu. Právě tento krok ale vnesl do problematiky otázky v podobě správnosti a přesnosti použitého výpočtu. Z tohoto důvodu je v této části práce také zahrnuto hledání nových cest pro výpočty elektrochemicky aktivní plochy pracovní elektrody. Zde prezentované způsoby výpočtu jsou založené jednak na... The proposed dissertation thesis deals with the development and investigation of electrochemical flow systems using both conventional and unconventional electrode materials. In the first part of this thesis, the problem of porous flow-through large area electrodes is addressed. As a working electrode material, a free-standing porous boron-doped diamond (fs-pBDD) was used. This was used for the first time in the construction of an electrochemical cell designed for amperometric detection in flow methods. Testing of this electrode was performed using amperometric detection combined with flow injection analysis of a ruthenium complex solution. The detection limits achieved on this material were in the submicromolar range and the linear dynamic range of the concentration dependence spanned over three orders of magnitude. In addition to amperometry, fs-pBDD was also subjected to testing by cyclic voltammetry. The main reason for using this method was to determine the electrochemically active area, which contributed to the overall physicochemical characterization of this promising material. However, it was this step that brought into question the accuracy and precision of the calculation used. For this reason, the search for new ways to calculate the electrochemically active area of the working electrode...
Available in a digital repository NRGL
Vývoj a použití elektrochemických průtokových detektorů
Předkládaná disertační práce se zabývá vývojem a výzkumem elektrochemických průtokových systémů využívajících běžné, ale i netradiční elektrodové materiály. V první části této práce je řešena ...
Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA
Landová, Barbora
2024 - English
Poškozením DNA se rozumí jakákoli změna nebo modifikace struktury DNA, která se odchyluje od jejího přirozeného stavu. Abasické místo (Ap místo) je jedním z nejčastějších poškození DNA, které vzniká spontánní depurinací/depyrimidinací nebo enzymatickým odstraněním báze. Pokud se neopraví, může vést ke genetické mutaci a potenciálně způsobit onemocnění, jako je například rakovina. Pochopení mechanismu opravy DNA je zásadní pro lékařský výzkum a aplikaci. Bakteriální MutM je glykosyláza opravující DNA, která odstraňuje poškození DNA vzniklé oxidačním stresem a zabraňuje mutacím a genomové nestabilitě. MutM patří do rodiny prokaryotických enzymů Fpg/Nei a je strukturně i funkčně podobná se svým eukaryotickým protějškům, jako jsou NEIL1-NEIL3. Zde prezentuji dvě krystalové struktury MutM z patogenní Neisseria meningitidis: MutM holoenzym a MutM vázaný na DNA. Volný enzym existuje v otevřené konformaci, zatímco po vazbě na DNA, dochází k podstatným strukturním změnám a přeskupení domén enzymu i ohybu DNA. Jednou z poškození DNA opravovaných MutM je Ap místo, které, pokud není opraveno, může spontánně vést k vytvoření mezivláknového kovanetního prokřízení DNA (Ap-ICL) se sousedním adeninem na opačném vlákně DNA. Je známo, že glykosyláza NEIL3 odstraňuje Ap-ICL. Pomocí série různých oligonukleotidů jsme... DNA damage refers to any alteration or modification in the DNA structure that deviates from its natural state. Abasic site (Ap site) is one of the most common DNA lesions resulting from spontaneous depurination/depyrimidination or enzymatic base excision. When left unrepaired it can lead to a cascade of genetic mutations, potentially causing diseases like cancer. Understanding DNA repair mechanisms is vital for medical research and applications. Bacterial MutM is a DNA repair glycosylase, removing DNA damage generated by oxidative stress and preventing mutations and genomic instability. MutM belongs to the Fpg/Nei family of procaryotic enzymes, sharing structural and functional similarities with their eukaryotic counterparts, such as NEIL1-NEIL3. Here, I present two crystal structures of MutM from pathogenic Neisseria meningitidis: MutM holoenzyme and MutM bound to DNA. The free enzyme exists in an open conformation, while upon binding to DNA, both the enzyme and DNA undergo substantial structural changes and domain rearrangement. One of the DNA lesion repaired by MutM is the Ap site, which, if not repaired, may spontaneously lead to the formation of an abasic site interstrand crosslink (Ap-ICL) with an adjacent adenine in the opposite strand. NEIL3 glycosylase is known to remove Ap-ICL. With a...
Keywords:
poškození DNA; oprava DNA; glykosylásy; struktura; DNA damage; DNA repair; glycosylases; structure
Available in a digital repository NRGL
Strukturní studie opravy abazického místa a tvorba kovalentního spojení opačných řetězců DNA
Poškozením DNA se rozumí jakákoli změna nebo modifikace struktury DNA, která se odchyluje od jejího přirozeného stavu. Abasické místo (Ap místo) je jedním z nejčastějších poškození DNA, které vzniká ...
Development of mass spectrometric methods for structural analysis of fatty acids and estolides
Cudlman, Lukáš
2024 - Czech
(CZ) Tato disertační práce shrnuje použití moderních hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní identifikaci mastných kyselin a estolidů triacylglycerolů (TG-EST) a jejich následnou charakterizaci v lipidomu novorozeneckého mázku, tj. biofilmu pokrývajícího pokožku lidského plodu během posledního trimestru těhotenství. Novorozenecký mázek je především známý svými antimikrobiálními vlastnostmi a schopností hojení ran a popálenin. První část disertační práce se zaměřuje na rozmanitost mastných kyselin v lipidomu novorozeneckého mázku. Tyto kyseliny tvoří strukturní podjednotky komplexních lipidů, např. hojně zastoupených triacylglycerolů a voskových esterů. Studiem mastných kyselin a jejich strukturních rysů bylo možné v této práci získat cenné poznatky o strukturní variabilitě celého lipidomu novorozeneckého mázku. Bez plného pochopení struktury těchto klíčových podjednotek by bylo v budoucnu nemožné dokončit analýzu tohoto lipidomu. Mastné kyseliny byly v této práci charakterizovány pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC) a pokročilých metod hmotnostní spektrometrie, a to fotodisociace ultrafialovým zářením (UVPD) a disociace vyvolané ozonem (OzID). Spojení HPLC a hmotnostní spektrometrie (HPLC-MS) poskytlo jednoznačné informace o polohách a geometrii dvojných vazeb a... (EN) This doctoral thesis summarizes the use of modern mass spectrometric methods for the structural identification of fatty acids and triacylglycerol estolides (TG-EST) and their subsequent characterization in the lipidome of vernix caseosa, i.e., the biofilm covering the skin of the human fetus during the last trimester of in-utero development. Vernix caseosa has mainly antimicrobial properties and the ability to heal wounds and burns. The first part of the doctoral thesis focuses on the diversity of fatty acids in the lipidome of vernix caseosa. These acids form the structural subunits of complex lipids, such as the abundant triacylglycerols and wax esters. By studying fatty acids and their structural features, this thesis has provided valuable insights into the structural variability of the vernix caseosa lipidome. Without a full understanding of the structure of these key subunits, it would be impossible to complete the analysis of this lipidome in the future. In this thesis, fatty acids using high-performance liquid chromatography (HPLC) and modern mass spectrometry methods, namely ultraviolet photodissociation (UVPD) and ozone-induced dissociation (OzID), were characterized. The coupling of HPLC and mass spectrometry (HPLC-MS) provided unambiguous information on the positions and geometry of...
Keywords:
hmotnostní spektrometrie; HPLC; lipidy; novorozenecký mázek; mass spectrometry; HPLC; lipids; vernix caseosa
Available in a digital repository NRGL
Development of mass spectrometric methods for structural analysis of fatty acids and estolides
(CZ) Tato disertační práce shrnuje použití moderních hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní identifikaci mastných kyselin a estolidů triacylglycerolů (TG-EST) a jejich následnou ...
NRGL provides central access to information on grey literature produced in the Czech Republic in the fields of science, research and education. You can find more information about grey literature and NRGL at service web
Send your suggestions and comments to nusl@techlib.cz
Provider
Other bases