Genomová nestabilita spojená se vznikem RNA:DNA hybridů a mechanismy jejího potlačení
Naščáková, Zuzana
2024 - English Jednou z nejrozšířenějších infekcí lidského organizmu je infekce žaludku způsobená patogenní bakterií Helicobacter pylori (H. pylori). Předpokládá se, že tímto patogenem je nakažená každá druhá osoba a prevalence nákazy výrazně stoupá v méně rozvinutých zemích. H. pylori, jako nenápadný nepřítel, může kolonizovat prostředí žaludku po desítky let bez toho, aby se projevil jakýkoliv příznak onemocnění u infikované osoby. Avšak dlouhodobá infekce může způsobit závažné poškození žaludeční tkáně a následné onemocnění žaludku, jakými jsou gastritida, vředová nemoc nebo rakovina. Až 80 % karcinomů žaludku je spojeno s infekcí H. pylori, která je považována za hlavní faktor pro rozvoj tohoto onemocnění. Dlouhodobá přítomnost bakterií v lidském hostiteli je zabezpečena produkcí bakteriálních virulentních faktorů, které svou aktivitou utlumují imunitní systém. Nevratné změny epitelu žaludku jsou vyvolané aktivací imunitní odpovědi infikovaných buněk zprostředkované mimo jiné ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhou. Aktivátorem této signální dráhy je β-ADP-heptóza, meziprodukt biosyntézy bakteriálního lipopolysacharidu. Již dříve bylo ukázáno, že infekce buněk H. pylori a aktivace ALPK1/TIFA/NF-κB signální dráhy je spojena se zvýšeným výskytem dvouvláknových zlomů v DNA hostitelských buněk. My jsme pozorovali, že... One of the most common infections of a human organism is an infection of stomach induced by pathogenic bacteria Helicobacter pylori (H. pylori). It is estimated that every second person is infected, with even higher prevalence in developing countries. As a quiet enemy, H. pylori can colonise a human stomach for decades without manifestation of infection-associated symptoms. However, chronic infection may cause severe damage to the stomach tissue, subsequently leading to the development of gastric diseases, including gastritis and ulcer disease. H. pylori infection is also a driving cause of gastric cancer, with 80% of gastric cancers being associated with chronic infection. H. pylori ensures its life-long persistence in a human host organism via the action of its virulence factors, which have a pleiotropic effect on multiple systems, mostly acting on the attenuation of a human immune system and the induction of atrophy of stomach tissue. The irreversible changes of stomach epithelium are induced by activation of an innate immune response in H. pylori-exposed epithelial cells through the stimulation of ALPK1/TIFA/NF-κB signalling pathway upon a recognition of β-ADP heptose, an intermediate product of bacterial lipopolysaccharide biosynthesis, and consequently leading to the formation of DNA... Keywords: R-smyčky; RNA:DNA hybridy; replikační stres; transkripční stres; genomová stabilita; R-loops; RNA:DNA hybrids; replication stress,transcription stress; genome stability Available in a digital repository NRGL Genomová nestabilita spojená se vznikem RNA:DNA hybridů a mechanismy jejího potlačení

Jednou z nejrozšířenějších infekcí lidského organizmu je infekce žaludku způsobená patogenní bakterií Helicobacter pylori (H. pylori). Předpokládá se, že tímto patogenem je nakažená každá druhá osoba ...

Naščáková, Zuzana
Univerzita Karlova, 2024

Experimentální zvířecí modely a přenašeči leishmanií podrodu Mundinia
Bečvář, Tomáš
2024 - English Leishmanie jsou dvojhostitelští a hmyzem přenášení parazité obratlovců, kteří způsobují onemocnění označované jako leishmanióza, ohrožující více než miliardu lidí po celém světě. Tito parazité jsou aktuálně rozděleni do čtyř podrodů: Leishmania, Viannia, Sauroleishmania a Mundinia. Zástupci posledního jmenovaného podrodu se vyskytují na všech kontinentech kromě Antarktidy. Ačkoliv jejich medicínský i veterinární význam stále roste, o jejich rezervoárových hostitelích a přenašečích se ví jen velmi málo, stejně tak jako o možných modelových organismech využitelných pro jejich výzkum. Tato práce shrnuje výsledky naší snahy o rozšíření znalostí o tomto podrodu. V prvních třech studiích jsme se zaměřili na potenciální modelové hostitele a postupně jsme experimentálně infikovali morčata (Cavia porcellus), BALB/c myši, křečíky čínské (Cricetulus griseus) a pestrušky písečné (Lagurus lagurus) celkem 5 druhy leishmanií z podrodu Mundinia, a navíc jsme testovali rezervoárový potenciál afrických hlodavců myši nilské (Arvicanthis niloticus) a krysy mnohobradavkaté (Mastomys natalensis) pro L. chancei. Čtvrtá studie byla zaměřena na přenašeče. Provedli jsme experimentální infekce flebotomů, sdílejících rozšíření s danými druhy leishmanií, a tiplíků Culicoides sonorensis, abychom mohli sledovat vývoj leishmanií... Leishmania are vector-borne dixenous protozoan parasites of vertebrates causing diseases collectively called leishmaniases, which threaten more than 1 billion people mainly in tropical and subtropical regions. These parasites are divided into four subgenera: Leishmania, Viannia, Sauroleishmania, and Mundinia. The last named are geographically widely dispersed and their distribution covers all continents except Antarctica. Although their medical and veterinary importance is increasing, there is currently almost no information on natural reservoir hosts, vector species, and experimental research options due to the very limited range of model animals. This thesis summarizes our efforts to unravel possible vectors and laboratory models for this subgenus. In the first three studies, we focused on potential models; therefore, we experimentally infected guinea pigs (Cavia porcellus), BALB/c mice, Chinese hamsters (Cricetulus griseus), and steppe lemmings (Lagurus lagurus) with five species of Mundinia and we also tested reservoir potential of African grass rat (Arvicanthis niloticus) and Natal multimammate mouse (Mastomys natalensis) to Leishmania chancei. The second part focused on potential vectors of the parasites. We experimentally infected biting midges Culicoides sonorensis and sand flies sharing... Keywords: Mundinia; Leishmania; flebotomus; Phlebotomus; Lutzomyia; tiplíci; Culicoides; Mundinia; Leishmania; sand fly; Phlebotomus; Lutzomyia; biting midges; Culicoides Available in a digital repository NRGL Experimentální zvířecí modely a přenašeči leishmanií podrodu Mundinia

Leishmanie jsou dvojhostitelští a hmyzem přenášení parazité obratlovců, kteří způsobují onemocnění označované jako leishmanióza, ohrožující více než miliardu lidí po celém světě. Tito parazité jsou ...

Bečvář, Tomáš
Univerzita Karlova, 2024

Trypanosomy přenášené komáry: výskyt v hostitelích, přenos a specifita
Kulich Fialová, Magdaléna
2024 - English 7 Abstrakt Trypanosomy (Trypanosoma, Kinetoplastea) jsou dixenní krevní prvoci, kteří střídají v životním cyklu obratlovce a krev sající bezobratlé. Infekce obratlovců mohou probíhat bez zřejmých zdravotních komplikací, ale mohou způsobovat i závažná onemocnění ohrožující jak lidi, tak zvířata. Pozornost výzkumu se proto většinou obrací právě směrem k druhům trypanosom způsobujících lidská onemocnění jako Chagasova choroba a spavá nemoc, či nagana a surra u dobytka, a také k jejich přenašečům, kterými jsou mouchy tse tse a ploštice. Méně známý je fakt, že trypanosomy jsou přenášeny i komáry, konkrétně trypanosomy ptačí a s velkou pravděpodobností i savčí ze skupiny T. theileri. Nicméně role komárů v životním cyklu trypanosom je jen nedostatečně prozkoumána, a proto se tato disertace věnuje tomuto tématu. V rámci experimentální práce jsme prokázali, že komáři rodu Culex jsou vnímavými hostiteli a pravděpodobnými přenašeči dvou druhů ptačích trypanosom: T. thomasbancrofti a T. tertium n. sp. Naopak pro T. theileri nejsou komáři rodu Culex vhodnými hostiteli, těmi se ukázali být komáři rodu Aedes a překvapivě i flebotomové rodu Phlebotomus. Všechny tři zkoumané trypanosomy se vyvíjely v zadní části střeva komárů a byly nalézány i v jejich prediuretické tekutině. Tato lokalizace trypanosom napovídá, že kromě... 7 Abstract Trypanosomes (Trypanosoma, Kinetoplastea) are dixenous blood protists that require not only a vertebrate host but also a blood-feeding invertebrate to complete their life cycle. Infection of vertebrates can be asymptomatic, but on the other hand can cause serious diseases affecting lives of humans and animals. Thus, researchers usually focus on Trypanosoma species causing Chagas disease and sleeping sickness in humans or nagana and surra in animals, and on their vectors: tsetse flies and kissing bugs. However, mosquitoes are able to transmit trypanosomes as well, specifically, avian trypanosomes and probably mammalian trypanosomes from the T. theileri group. Nevertheless, the role of mosquitoes in the life cycle of trypanosomes has substantial gaps, which are focused in this dissertation. Within the experimental work, it has been demonstrated that mosquitoes of the genus Culex are susceptible hosts of two species of avian trypanosomes: T. thomasbancrofti and T. tertium n. sp. On the other hand, Culex mosquitoes were unsuitable hosts for T. theileri, while the genus Aedes and surprisingly even sand flies (Phlebotomus perniciosus) turned up to be competent vectors. All investigated trypanosomes were able to develop within the guts of mosquitoes and were also found in their prediuretic liquid. This... Keywords: trypanosoma; pěvec; sýkora; culex; komár; životní cyklus Available in a digital repository NRGL Trypanosomy přenášené komáry: výskyt v hostitelích, přenos a specifita

7 Abstrakt Trypanosomy (Trypanosoma, Kinetoplastea) jsou dixenní krevní prvoci, kteří střídají v životním cyklu obratlovce a krev sající bezobratlé. Infekce obratlovců mohou probíhat bez zřejmých ...

Kulich Fialová, Magdaléna
Univerzita Karlova, 2024

Triptycenohelicen: nový přístup k řešení problému rozpustnosti helicenů
Vacek, Martin; Stará, Irena; Kolář, Karel
2024 - English Keywords: organická syntéza; helicen; rozpustnost; organic synthesis; helicene; solubility Available in a digital repository NRGL Triptycenohelicen: nový přístup k řešení problému rozpustnosti helicenů

Vacek, Martin; Stará, Irena; Kolář, Karel
Univerzita Karlova, 2024

Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.
RIBEIRO DE MORAES, Karlos
2024 - English This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting freshwater ecosystems due to human population growth and industrial expansion, it is crucial to study environmental changes, their impacts, and ways to mitigate damage. As many biotic and abiotic factors can influence the health and diversity of the community, for our study, we focused on habitat definition and complexity, and the effect of fishery management. Paper (I) focuses on the transition between littoral (shallow areas) and pelagic (open water) habitats and their impact on fish communities. The littoral zone, typically the most intricate segment of a water body, serves as the primary habitat for a significant portion of the fish community and species diversity. However, its spatial extent is very limited. Littoral delimitation is important for obtaining a true picture of the fish community composition and for its sustainable management decisions. Paper (II) investigated the impact of protected areas on fish populations in the Lipno reservoir in the Czech Republic, specifically focusing on the abundance, biomass, standard length, and diversity indices. Protected areas have legislation that reduces or stops certain anthropological impacts to help recover the ecosystem. These areas are normally linked to spawning areas, feeding grounds, or rare species and are vital for the restoration and proliferation of specific environments. In our case, we revealed more and larger predatory fish in protected and low anthropological impact areas. Paper (III) tests the introduction of artificial habitats, which are man-made structures or environments created to provide additional habitats and support for various organisms. Despite efforts to restore habitats to their natural states, there are instances where complete restoration is challenging. In particular, water bodies are subjected to significant anthropogenic alterations, such as reservoirs. In such instances, the introduction of artificial habitats has emerged as a solution to rapidly enhance the complexity of these environments. In Lipno reservoir, artificial floating islands attracted young-of-the-year of common species. Keywords: Fish management; Anthropogenic impact; Spatial distribution; Habitat use; Habitat restoration; Stock enhancement; Protected areas; Artificial Habitat Available in the Digital Repository of University of South Bohemia. Enhancement of fish communities, improvement of sampling and stock assessment in lakes and reservoirs.

This Ph.D. thesis focuses on fish habitats, how we can improve their natural complexity, and how we can improve techniques to survey these habitats. With increasing human activities affecting ...

RIBEIRO DE MORAES, Karlos
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, 2024

Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability
Ehrenbergerová, Dominika; Havránek, Tomáš; Fungáčová, Zuzana; Jašová, Martina; Fidrmuc, Jarko
2024 - English Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstrakt Táto dizertačná práca pozostáva z troch empirických esejí zameraných na menovú politiku, makroprudenčnú politiku, finančnú stabilitu a kvantitatívnu syntézu literatúry o kľúčovom ekonomickom parametri. Prvá esej predstavuje metaanalýzu elasticity substitúcie medzi kapitálom a prácou. Identifikujeme faktory zodpovedné za vysoké hodnoty elasticity odhadovanej v literatúre - v priemere 0,9 - a zisťujeme, že priemerná elasticita podmienená absenciou týchto faktorov je 0,3. Na získanie tohto výsledku sme zhromaždili 3 186 odhadov elasticity uvedených v 121 štúdiách a nakódovali sme 71 premenných, ktoré odrážajú kontext, v ktorom výskumníci vytvárajú svoje odhady. Zistili sme, že publikačné skreslenie je zodpovedné za najmenej polovicu celkového zníženia priemernej elasticity z 0,9 na 0,3. Empirická literatúra teda odmieta Cobb-Douglasovu špecifikáciu. Druhá esej zhromažďuje 1 555 odhadov vplyvu krátkodobých menovopolitických sadzieb na ceny nehnuteľností z 37 samostatných štúdií. Niekoľko centrálnych bánk využilo politiku "leaning against the wind" na trhu s nehnuteľnosťami tým, že preventívne zvýšili úrokovú sadzbu, aby zabránili cenovej bubline. Ukazujeme však, že empirická literatúra poskytuje... Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstract This dissertation thesis consists of three empirical essays focusing on monetary policy, macroprudential policy, financial stability, and quantitative research synthesis of literature on a key economic parameter. The first essay presents a meta-analysis of the elasticity of substitution between capital and labor. We identify factors responsible for large values of the elasticity estimated in the literature-on average, 0.9-and find that the mean elasticity conditional on the absence of these factors is 0.3. To obtain this result, we collect 3,186 elasticity estimates reported in 121 studies and codify 71 variables that reflect the context in which researchers produce their estimates. We find publication bias is responsible for at least half of the overal reduction in the mean elasticity from 0.9 to 0.3. The empirical literature thus rejects the Cobb-Douglas specification. The second essay collects 1,555 estimates of the impact of short-term monetary policy rates on house prices from 37 individual studies. Several central banks have leaned against the wind in the housing market by increasing the policy rate preemptively to prevent a bubble. Yet, we show that the empirical literature provides mixed... Available in a digital repository NRGL Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability

Empirical Essays on Monetary Policy and Financial Stability Dissertation Thesis Dominika Ehrenbergerová Abstrakt Táto dizertačná práca pozostáva z troch empirických esejí zameraných na menovú ...

Ehrenbergerová, Dominika; Havránek, Tomáš; Fungáčová, Zuzana; Jašová, Martina; Fidrmuc, Jarko
Univerzita Karlova, 2024

Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
2024 - English (In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž... (In English) Mass spectrometry (MS) techniques are routinely used to probe the structure and dynamics of proteins and protein complexes. Although MS techniques lack the high resolution of data provided by X-ray crystallography, NMR, or cryo-EM, they excel in providing insights into analyte dynamics, structure, and interactions with other components, such as ligands. This doctoral thesis presents a contribution to the field of structural biology employing and extending covalent labelling approaches, namely Fast Photochemical oxidation of Proteins (FPOP) and oxidation by singlet oxygen (1 O2). These approaches were followed to study the structure, dynamics, and interaction of proteins, nucleic acids, and protein-DNA complexes in solution. Initially, FPOP was used to investigate the interaction interface of FOXO4 and DAF16-DNA response element and to show the possibilities of analyzing such a complex using both 'bottom- up' and 'top-down' approaches. Furthermore, an isotope depletion strategy combined with multiCASI-ECD proved effective in delivering structural information with the highest possible resolution for mapping protein-DNA interfaces. This research showcases how information derived from structural proteomic methods can guide the construction of in-silico models for protein-DNA complexes with... Keywords: Vodík-deuteriová výměna; rychlá foto-chemická oxidace bílkovin; hmotnostní spektrometrie; strutura bílkovin; komplexy bílkovin; Hydrogen-deuterium exchange; fast photo-chemical oxidation of proteins; mass spectrometry; protein structure; prottein complexes Available in a digital repository NRGL Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.

(In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat ...

Polák, Marek; Novák, Petr; Obšil, Tomáš; Vrbacký, Marek
Univerzita Karlova, 2024

Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace
Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
2024 - English (CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více pozornosti a staly se cíli zásahu různých léčiv. Návrh konkrétních PPI a jejich modulace je však náročný. Interakce cytokinů s jejich receptory jsou zvláště důležité při regulaci imunitního systému. Nadměrná produkce interleukinu-10 (IL-10) má za následek nadměrné imunosupresivní účinky, růst nádoru a infekci. Interakce mezi receptorem interferonu gama 2 (IFN-γR2) a interferonem gama (IFN-γ) vede k aktivaci signálních drah, ale mechanismus takové interakce je stále nepopsaný. Interleukin-24 (IL-24) je další cytokin, který signalizuje prostřednictvím receptorů sdílejících receptorovou podjednotku 2 interleukinu-20 (IL-20R2) a má důležitou roli v autoimunitě a rakovině. Cílem této Ph.D. práce je studium PPI z několika hledisek s důrazem na jejich specifičnost. Prvním cílem je vyvinout nové proteinové lešení, které bude následně použito pro vývoj vysokoafinitního pojiva specifického pro lidský IL-10. Druhým cílem je pochopení strukturního základu receptorové specifity lidského IFN-γ. Třetím cílem je modulace vazebné afinity mezi lidským IL-24 a jeho receptorem IL-20R2 za použití foto-responzivních... (EN) Protein-protein interactions (PPI) have essential roles in life processes, and abnormal PPI are associated with many human diseases. Given their importance, PPI have received increasing attention and became drug targets. However, the design of specific PPI and their modulation is challenging. Cytokine-receptor interactions are especially important in the regulation of the immune system. Interleukin-10 (IL-10) over-production results in excessive immunosuppressive effects, tumor growth and infection. The interaction between interferon gamma receptor 2 (IFN- γR2) and interferon gamma (IFN-γ) leads to activation of downstream signaling pathways but the mechanism of such interaction is elusive. Interleukin-24 (IL-24) is another cytokine that signals through receptors sharing the interleukin-20 receptor two (IL-20R2) subunit and has important roles in autoimmunity and cancer. The aims of this Ph.D. thesis are to study PPI from several aspects emphasizing their specificity. The first goal is to develop a novel protein scaffold and subsequently evolve it into a high-affinity binder specific for human IL-10. The second goal is to understand the structural basis for receptor specificity of human IFN-γ. The third goal is to modulate the binding affinity between human IL- 24 and its receptor IL-20R2 by... Keywords: proteinové interakce; molekulární rozpoznávání; interleukiny; cytokiny; řízená evoluce; proteinová struktura; protein interactions; molecular recognition; interleukins; cytokines; directed evolution; protein structure Available in a digital repository NRGL Specificita interakcí protein-protein a jejich modulace

(CZ) Protein-proteinové interakce (PPI) mají zásadní roli v životních procesech a jejich abnormality jsou často spojené s vznikem nemocí. Vzhledem ke své důležitosti dostávají PPI čím dál tím více ...

Pham, Phuong Ngoc; Schneider, Bohdan; Damborský, Jiří; Vaněk, Ondřej
Univerzita Karlova, 2024

Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí
Pyrlik, Vladimir; Anatolev, Stanislav; Volkov, Vladimir; Prokhorov, Artem
2024 - English Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstrakt Zkoumání dat s vysokou dimenzionalitou jsou oblíbenou statistickou analýzou aplikovanou na různorodé typy dat. Rostoucí dimensionalita dat představuje vyzvu pro správnou podmíněnost matic a přesný odhad modelů. V této práci se zaměřujeme na vybrané metody pro data s vysokou dimenzí a jejich aplikace na analýzu finančních trhů. Prvně zkoumáme modelování sdruženého rozdělení s využitím kopulí. V první kapitole se věnujeme odhadu Gaussovských a t kopulí v kontextu dat s ultra-vysokou dimenzionalitou, kde pracujeme řádově až s tisíci proměnnými a odhady na časových řadách s délkou až 30krát kratší než počet proměnných. Využíváme metod zmenšení (z anglického shrinkage) pro velké kovarianční matice k přesnému odhadu a správnému podmínění matic pro parametry kopulí. V druhé kapitole prezentujeme novou metodu pro odhad skew-t kopule, která má výhodu ve vyšší flexibilitě popisu sdruženého rozdělení. Vyšší flexibilita zahrnuje asymetrii, těžké konce a asymetrickou závislost v koncích rozdělení. Náš přístup využívá dvoukrokovou metodu založenou na simulované metodě momentů a analytickém nelineárním zmenšeném odhadu pro velké kovariační matice. V obou prvních dvou kapitolách ilustrujeme přínos využití kopulí na alokaci velkého akciového... Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstract High dimensionality is a popular contemporary setting in applied statistical analysis of various types of data. Growing dimensionality of the data challenges precise and well-conditioned estimates of statistical models. We address selected high-dimensional methods and their applications to financial market analysis. First, we consider modeling flexible joint distributions using copulas. In Chapter 1, we address estimation of Gaussian and t copulas in ultra-high dimensions, up to thousands of variables that use up to 30 times shorter sample lengths. We employ large covariance matrix shrinkage tools to obtain precise and well-conditioned estimates of the matrix parameters of the copulas. In Chapter 2, we present a new method for estimating the skew-t copula, known for its advantageous properties in characterizing joint distributions, including asymmetry, heavy tails, and asymmetric tail dependence. Our approach involves a two-step procedure based on the simulated method of moments and analytical non-linear shrinkage estimator for large covariance matrices. In both chapters, we also illustrate the benefits of the copula approach in a large stock portfolio allocation. Our analysis shows that copula-based models deliver better portfolios... Available in a digital repository NRGL Eseje z vysokorozměrné ekonometrie a financí

Essay in High-Dimensional Econometrics and Finance Vladimir Pyrlik Abstrakt Zkoumání dat s vysokou dimenzionalitou jsou oblíbenou statistickou analýzou aplikovanou na různorodé typy dat. Rostoucí ...

Pyrlik, Vladimir; Anatolev, Stanislav; Volkov, Vladimir; Prokhorov, Artem
Univerzita Karlova, 2024

Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C
Sülzen, Hagen; Zoll, Sebastian; Bařinka, Cyril; Šilhán, Jan
2024 - English Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti strukturální podstaty mechanismů obcházení imunitního systému lidskými infekčními patogeny, mají zásadní význam pro vývoj účinných léků a terapií. V této práci je na příkladu invariantního povrchového glykoproteinu 65 (ISG65) z krevní formy lidského infekčního parazita Trypanosoma brucei gambiense (Tbg) představen protokol pro zlepšení rekombinantní exprese proteinů s komplexním složením a pro vytvoření minimálního konstruktu vhodného pro strukturní charakterizaci. Kromě toho zde uvedené poznatky odhalují biologickou funkci ISG65 jako receptoru pro složku lidského komplementu C3b, popisují jeho úlohu jako selektivního inhibitoru alternativní cesty komplementového systému a představují první struktury TbgISG65 v komplexu s lidským C3 a C3b. K objasnění toho, jak mohou další invariantní povrchové receptory parazita vykonávat svou funkci v rámci ochranného štítu tvořeného okolními variantními povrchovými glykoproteiny (VSGs), byla hodnocena konformační flexibilita povrchového pláště parazita v krevním řečišti. Zatímco infekce africkými trypanosomami má pro zdraví pacienta závažné následky, infekce rozšířeným... Available in a digital repository NRGL Strukturní poznatky o mechanismech vyhýbání se vrozené imunitě u afrických trypanosom a adenovirů typu C

Lidské tělo si vyvinulo množství složitých obranných mechanismů, kterými se brání všem potenciálně patogenním mikroorganismům, které jsou nuceny vyvíjet příslušná protiopatření. Podrobné znalosti ...

Sülzen, Hagen; Zoll, Sebastian; Bařinka, Cyril; Šilhán, Jan
Univerzita Karlova, 2024