Methodology to rodent bark damage assessment on forest regeneration
Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
2012 - Czech This methodology provides us with instructions, how to estimate extent of bark damage by gnawing caused by rodents on forest plantings based on a simple criterions. Data obtained may be used for objective assessment of rodent origin tree damage extent and its total value calculation. Exact data on tree damage can be used as a back coupling for damage prevention effectiveness. Relation between the rodent damage prevention costs and damaged area replanting costs may be retrospectively considered. Metodika poskytuje návod, jak na základě jednoduchých kritérií odhadovat rozsah ohryzu kůry, který působí hlodavci ve výsadbách listnatých dřevin. Získaná data lze využít pro objektivní zjišťování rozsahu poškození stromků i pro vyčíslování škod, které tím hlodavci působí. Exaktní data o ohryzu kůry mohou být využita jako zpětná vazba pro ověřování účinnosti opatření podniknutá na ochranu kultur před hlodavci i pro racionální posuzování vztahu mezi náklady vynaloženými na ochranu kultur a náklady na dosadbu poškozených porostů. Keywords: rodents; tree damage; forest regeneration Available at various institutes of the ASCR Methodology to rodent bark damage assessment on forest regeneration

This methodology provides us with instructions, how to estimate extent of bark damage by gnawing caused by rodents on forest plantings based on a simple criterions. Data obtained may be used for ...

Homolka, Miloslav; Zejda, Jan; Heroldová, Marta; Kamler, Jiří
Ústav biologie obratlovců, 2012

Tree of life in a gappy genomic era
Martínková, Natália
2012 - English Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and computational infrestructure. I present the character of DNA sequence matrices for multilocus datasets, which contain large portions of missing data. A condition critical for analysis of multilocus data is that datasets for all loci or genes need to have partially overlapping taxon sets. The work-flow for analysing such data differs between supermatrix and supertree estimation of species trees. In the supermatrix approach, aligned sequences for all genes are concatenated and the species tree is estimated directly from a partitioned matrix. In the supertree approach, gene sequence alignments are used for inference of gene trees. Those are then combined into a species supertree. Smaller projects could benefit from utilising all available information in the supermatrix. Larger projects should rely on supertree methods for computational optimisation. Keywords: DNA sequence evolution; phylogeny; multilocus genotyping; supermatrix; supertree Available at various institutes of the ASCR Tree of life in a gappy genomic era

Increasing volume of publicly available DNA sequence data enables comprehensive studies that address integrative questions. For these projects, bioinformatic analysis requires advanced methods and ...

Martínková, Natália
Ústav biologie obratlovců, 2012

Monitoring of large carnivores in SCI Beskydy in the year 2012
Koubek, Petr
2012 - Czech The aim of the project is to evaluate the status of large carnivores’ populations (European lynx, wolf, and brown bear) in SCI Beskydy using different monitoring methods. Cílem projektu je s použitím různých metod monitoringu zhodnotit stav populací velkých šelem (rys, vlk, medvěd) na území EVL Beskydy a vypracovat doporučení pro jejich ochranu. Keywords: large carnivores; Beskydy Mts. Available at various institutes of the ASCR Monitoring of large carnivores in SCI Beskydy in the year 2012

The aim of the project is to evaluate the status of large carnivores’ populations (European lynx, wolf, and brown bear) in SCI Beskydy using different monitoring methods.

Koubek, Petr
Ústav biologie obratlovců, 2012

Zoological days Olomouc 2012
Bryja, Josef; Albrechtová, Jana; Tkadlec, Emil
2012 - Czech Keywords: zoology; conference Fulltext is available at external website. Zoological days Olomouc 2012

Bryja, Josef; Albrechtová, Jana; Tkadlec, Emil
Ústav biologie obratlovců, 2012

Annual report 2010 - Institute of Vertebraty Biology of the ASCR
Honza, Marcel
2011 - Czech Keywords: Annual report Fulltext is available at external website. Annual report 2010 - Institute of Vertebraty Biology of the ASCR

Honza, Marcel
Ústav biologie obratlovců, 2011

Genetic diversity in populations
Martínková, Natália; Zemanová, Barbora
2011 - English Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is often the first indication of detrimental processes affecting populations, such as reduction in the number of breeding individuals or breeding of close relatives. Nucleotide diversity shows how different the sequences of a given gene are in a population. Gene diversity estimates how likely two individuals are to share the same sequence of a gene. Number of alleles is the count of different versions of a gene with differing sequences, and this is corrected for sample size in estimation of allelic richness. Heterozygosity is the average frequency that an individual will have two different copies of a gene. Keywords: nucleotide diversity; haplotype diversity; heterozygosity; Hardy-Weinberg equilibrium Available at various institutes of the ASCR Genetic diversity in populations

Genetic diversity accumulates over time on the level of DNA sequence with accumulation of mutations. It is additionally increased with population admixture, and the decrease in genetic diversity is ...

Martínková, Natália; Zemanová, Barbora
Ústav biologie obratlovců, 2011

Zoological days Brno 2011
Bryja, Josef; Řehák, Z.; Zukal, Jan
2011 - Czech V roce 2011 bylo registrováno 490 účastníků, odeznělo 141 přednášek ve 21 přednáškových sekcích a bylo vystaveno 172 posterů. Tato čísla zcela jasně naznačují, že Zoologické dny se staly největší pravidelnou konferencí se zoologickou tematikou minimálně v rámci České republiky a Slovenska. Přestože počet účastníků se od loňské konference v Praze příliš nelišil (pravděpodobně již bylo dosaženo jakéhosi "zoologického maxima"), tak se neustále zlepšuje kvalita prezentovaných příspěvků, a to jak po vědecké, tak i formální stránce. Studentské soutěže (podporované firmou Olympus, časopisem Živa a nakladatelstvím Academia) se účastnilo 59 přednášek a 91 posterů. Keywords: zoology; conference Fulltext is available at external website. Zoological days Brno 2011

V roce 2011 bylo registrováno 490 účastníků, odeznělo 141 přednášek ve 21 přednáškových sekcích a bylo vystaveno 172 posterů. Tato čísla zcela jasně naznačují, že Zoologické dny se staly největší ...

Bryja, Josef; Řehák, Z.; Zukal, Jan
Ústav biologie obratlovců, 2011

Fishes as important indicators of environmental quality in the upper sections of the Tichá Orlice and Divoká Orlice rivers
Lusk, Stanislav; Lusková, Věra; Korunová, Vlasta
2011 - Czech Investigations, implemented in the river network of the "Orlice" region over the past twenty years, made it possible to obtain data on the fish communities inhabiting the Tichá Orlice and Divoká Orlice rivers. The rivers are inhabited by salmonid fish communities dominated by Salmo trutta, Thymallus thymallus, Cottus gobio, and Lampetra fluviatilis. Water pollution was gradually limited by building water treatment plants as well as by the significant decrease in the intensity of agricultural activities. The environmental pollution with mercury in the Králíky region, lying on the upper reaches of the Tichá Orlice River, is a specific problem. Nevertheless, the mercury content in fish muscles has exceeded the hygienic limit (0.1 mg.kg-1). Fishermen consuming fish angled in the Tichá Orlice River have shown increased mercury contents in their hair. Výzkumy na území regionu Orlice v průběhu posledních 20 let umožnily poznání druhové skladby rybích společenstev řek Tichá Orlice a Divoká Orlice. V tocích se nachází rybí společenstvo salmonidního typu s dominancí druhů Salmo trutta, Thymalus thymallus, Cottus gobio, Lampetra fluviatilis. Znečištění postupně se omezily vybudované čistírny odpadních vod a výrazné snížení intenzity zemědělské činnosti. Specifický problém představuje znečištění rtutí v oblasti Králík na horním části Tiché Orlice. Zdrojem kontaminace prostředí rtutí byla výroba zářivek v Králíkách, která byla ukončena v roce 1990. I když se kontaminace vody a následně i ryb rtutí v průběhu času snižuje, přesto hodnoty rtuti ve svalovině ryb přesahují hygienický limit (0,1 mg.kg-1). U rybářů konsumujících ryby ulovené v Tiché Orlici bylo zjištěno zvýšené množství rtuti ve vlasech. Prozatím nebylo přistoupeno k rehabilitaci upravených a regulovaných toků včetně drobných potoků v oblasti horní části Tiché Orlice. Keywords: fish; "Orlice" region Available at various institutes of the ASCR Fishes as important indicators of environmental quality in the upper sections of the Tichá Orlice and Divoká Orlice rivers

Investigations, implemented in the river network of the "Orlice" region over the past twenty years, made it possible to obtain data on the fish communities inhabiting the Tichá Orlice and Divoká ...

Lusk, Stanislav; Lusková, Věra; Korunová, Vlasta
Ústav biologie obratlovců, 2011

Zoological days Prague 2010
Bryja, Josef; Zasadil, P.
2010 - Czech V roce 2010 byl registrován rekordní počet 512 účastníků, odeznělo 126 přednášek ve 21 přednáškových sekcích a bylo vystaveno 183 posterů (rovněž dosud nejvyšší počet za všechny roky konání Zoologických dnů). Studentské soutěže se účastnilo 57 přednášek a 78 posterů. Keywords: zoology; conference Fulltext is available at external website. Zoological days Prague 2010

V roce 2010 byl registrován rekordní počet 512 účastníků, odeznělo 126 přednášek ve 21 přednáškových sekcích a bylo vystaveno 183 posterů (rovněž dosud nejvyšší počet za všechny roky konání ...

Bryja, Josef; Zasadil, P.
Ústav biologie obratlovců, 2010

Fish community as an indicator of river degradation
Jurajda, Pavel; Janáč, Michal; Ondračková, Markéta; Adámek, Zdeněk; Valová, Zdenka; Streck, G.; Machala, M.; Wenger, M.; Segner, H.
2010 - Czech V příkladové studii na Bílině se ryby na úrovni společenstva projevily jako dobrý a rychlý indikátor ekologického stavu toku, avšak pro indikaci chemických látek v řece je nutné hodnotit specifické parametry na úrovni jedince. Keywords: fish community; river degradation; Bílina River Available at various institutes of the ASCR Fish community as an indicator of river degradation

V příkladové studii na Bílině se ryby na úrovni společenstva projevily jako dobrý a rychlý indikátor ekologického stavu toku, avšak pro indikaci chemických látek v řece je nutné hodnotit specifické ...

Jurajda, Pavel; Janáč, Michal; Ondračková, Markéta; Adámek, Zdeněk; Valová, Zdenka; Streck, G.; Machala, M.; Wenger, M.; Segner, H.
Ústav biologie obratlovců, 2010