Hodnocení kvality krystalových struktur makromolekul
Řezáčová, Pavlína
2003 - český Rentgenová krystalografie je hlavní technikou získání detailní informace o atomové struktuře makromolekul. Typické problémy makromolekulární krystalografie: difrakční data získaná na omezeném rozlišení a nepřesná fázová informace, nevyhnutelně ovlivňují kvalitu map elektronových hustot a následně se odrazí i v kvalitě konečného modelu.Dnes existuje mnoho metod pro ověření kvality modelu, které lze rozdělit do dvou základních skupin. První skupina hodnotí kvalitu modelu podle jeho shody s experimentálními daty. Druhá skupina ověřovacích metod hodnotí geometrické parametry modelu srovnáním se standardními hodnotami odvozenými z krystalových struktur malých molekul nebo struktur makromolekul určených na vysokém rozlišení. Tato práce je věnována představení běžně používaných počítačových programů využívajících obou výše zmíněných metod hodnocení kvality a ověřování struktur makromolekul. Jsou zde shrnuty ukazatele a měřítka kvality užívaná při hodnocení krystalových struktur makromolekul. X-ray crystallography is the main technique of macromolecular structure determination. Typical problems of protein crystallography diffraction data measured at limited resolution and inaccurate phase informacion adversely affect the quality of electron density maps and consequently the quality of the final model. Currently, there are many methods of protein quality validation. These can be subdivided into two main groups The first group assesses the model quality by evaluating the agreement of the model with the diffraction data. The second group of structure validation methods is based on comparison of the macromolecular model geometrical parameters with standards values derived from the crystal structures of small molecules or high-resolution macromolecular structures. This work is focused on introduction to widely used macromolecular structure-validation software. The main global quality criteria and reliable indicators for detecting local errors are summarized. Klíčová slova: protein crystallography; validation; stereochemistry Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Hodnocení kvality krystalových struktur makromolekul

Rentgenová krystalografie je hlavní technikou získání detailní informace o atomové struktuře makromolekul. Typické problémy makromolekulární krystalografie: difrakční data získaná na omezeném ...

Řezáčová, Pavlína
Ústav molekulární genetiky, 2003

Zpracování difrakčních dat krystalů biologických makromolekul získaných oscilační metodou
Brynda, Jiří
2003 - český Příspěvek popisuje jednotlivé komponenty monochromatického difraktometru vhodného pro měření krystalů biologických makromolekul a také základní principy rotační metody. Optimální strategie pro měření difrakčních dat na krystalech makromolekul je diskutována. Geometrické faktory ovlivňující kompletnost dat jsou symetrie reciproké mřížky a geometrické uspořádání jednotlivých komponent monochromatického difraktometru, které ovlivňují kvantitativně kompletnost měřených dat. The components of monochromatic diffractometer suitable for data collection on crystals of biological macromolecules are described, as well as basics of rotation method. The optimal strategy for collecting X-ray diffraction data from macromolecular crystals is discussed. The geometric factors influencing the completeness of data are arising from the symmetry of the reciprocal lattice and from the experimental setup; they affect quantitatively the completeness of the measured set of reflections. Klíčová slova: X-ray data collection, rotation method, X-ray diffractometer Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Zpracování difrakčních dat krystalů biologických makromolekul získaných oscilační metodou

Příspěvek popisuje jednotlivé komponenty monochromatického difraktometru vhodného pro měření krystalů biologických makromolekul a také základní principy rotační metody. Optimální strategie pro měření ...

Brynda, Jiří
Ústav molekulární genetiky, 2003

Povrchové proteiny spermií a semenné plazmy ve fertilizaci
Jonáková, Věra; Maňásková, Pavla; Jelínková, Petra; Balínová, P.; Tichá, M.
2002 - český Savčí fertilizace zahrnuje vysoce regulované biochemické děje. My jsme se zaměřili na studium interakce proteinů semenné plasmy se spermií a na vzájemné interakce proteinů ze semenné plasmy. Mammalian fertilization involves highly regulated biochemical events. We aimed at study of interaction of seminal plasma proteins with sperm and at mutual interactions of proteins from seminal plasma. Klíčová slova: fertilization; proteins of seminal plasma; spermatozoa; hnojení Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Povrchové proteiny spermií a semenné plazmy ve fertilizaci

Savčí fertilizace zahrnuje vysoce regulované biochemické děje. My jsme se zaměřili na studium interakce proteinů semenné plasmy se spermií a na vzájemné interakce proteinů ze semenné ...

Jonáková, Věra; Maňásková, Pavla; Jelínková, Petra; Balínová, P.; Tichá, M.
Ústav molekulární genetiky, 2002

Serine proteinase inhibitors isolated from boar seminal plasma
Jelínková, Petra; Maňásková, Pavla; Tichá, M.; Jonáková, Věra
2002 - anglický Serine proteinase inhibitors were found in boar seminal plasma. The work was concentrated on isolation and characterization of proteinase inhibitors and study of the existence of inhibitors in complexes with other proteins in seminal plasma. Klíčová slova: proteinase inhibitors; seminal plasma; proteins; bílkoviny Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Serine proteinase inhibitors isolated from boar seminal plasma

Serine proteinase inhibitors were found in boar seminal plasma. The work was concentrated on isolation and characterization of proteinase inhibitors and study of the existence of inhibitors in ...

Jelínková, Petra; Maňásková, Pavla; Tichá, M.; Jonáková, Věra
Ústav molekulární genetiky, 2002

Cryocrystallography of biological Macromolecules
Řezáčová, Pavlína
2002 - anglický Crystals of biological macromolecules at near to room temperature are sensitive to X-rays and frequently suffer from radiation damage, especially when X-ray experiments are carried out on highly intense synchrotron beamlines. Performing such experiments at cryogenic temperatures greatly reduce, or eliminate radiation damage and thus produce higher quality diffraction data. Klíčová slova: cryocrystallography; radiation demage; protein crystals Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Cryocrystallography of biological Macromolecules

Crystals of biological macromolecules at near to room temperature are sensitive to X-rays and frequently suffer from radiation damage, especially when X-ray experiments are carried out on highly ...

Řezáčová, Pavlína
Ústav molekulární genetiky, 2002

Phytoremediation and biodegradation of PCB in soil
Ryšlavá, E.; Krejčík, Zdeněk; Macek, Tomáš; Macková, M.
2002 - anglický This is a part of the research work focused on study of possible mutual relationships of microorganisms and plants in PCBs metabolism. Polluted soil was obtained from a site which has been contaminated by PCBs for a long time. This soil was used for isolation of bacteria whixh potentially participate in biolodegradation of PCBs. The same contaminated soil was used for experiments under real conditions. Within six months three plant species were cultivated-tobaco (Nicotiana tabacum), black nighshade (Solanum nigrum) and alfalfa (Medicago sativa) - and decrease of PCBs was measured. Klíčová slova: Fytoremediation; biodegradation; PCB Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Phytoremediation and biodegradation of PCB in soil

This is a part of the research work focused on study of possible mutual relationships of microorganisms and plants in PCBs metabolism. Polluted soil was obtained from a site which has been ...

Ryšlavá, E.; Krejčík, Zdeněk; Macek, Tomáš; Macková, M.
Ústav molekulární genetiky, 2002

Bioinformatics: Tools for analysis of biological sequences
Pačes, Jan
2001 - anglický The field of Genomics is aimed at complex analysis of genomes based on our knowledge of the nucleotide sequences in DNA. Bioinformatics is a tool for analysis of the long strings of nucleotide or aminoacid sequences. Here we describe basic methods of bioinformatics. Klíčová slova: bioinformatics; stringology Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Bioinformatics: Tools for analysis of biological sequences

The field of Genomics is aimed at complex analysis of genomes based on our knowledge of the nucleotide sequences in DNA. Bioinformatics is a tool for analysis of the long strings of nucleotide or ...

Pačes, Jan
Ústav molekulární genetiky, 2001

DNA vaccination
Plachý, Jiří
2001 - anglický We have evalueted the protective activity of v-src-derived DNA vaccines against growth of v-src-induced tumors in congenic chicken lines. Klíčová slova: v-src-specific immunity; DNA vaccination; chicken MHC (B) Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. DNA vaccination

We have evalueted the protective activity of v-src-derived DNA vaccines against growth of v-src-induced tumors in congenic chicken lines.

Plachý, Jiří
Ústav molekulární genetiky, 2001

Význam genomiky pro biomedicínu
Pačes, Václav
2000 - český Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Význam genomiky pro biomedicínu

Pačes, Václav
Ústav molekulární genetiky, 2000

Genomika - věda pro 21. století
Pačes, Václav
2000 - český Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Genomika - věda pro 21. století

Pačes, Václav
Ústav molekulární genetiky, 2000