Application of microbial identification system (Sherlock MIS) for identification of forest litter bacterial strains - preliminary results
Jirout, Jiří; Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Nováková, Alena; Rusek, Josef
2004 - anglický This work has been related to the effect of climatic changes (especially warming) on communities of forest litter bacteria. We simulated this effect with use of litter bags with beech and/or oak litter transported to beech and spruce forest. After 2, 6 and 12 months of exposition we collected and analysed the samples. We measured quantitative and qualitative characteristics of bacteria and micromycetes community structure in all variants of forest/litter combinations (number of CFU, description of bacterial morphotypes, identification of dominant bacterial morphotypes with MIDI Sherlock Microbial Identification System). We found out that there were differencies in diversity in all variants in exposition time. From the first to the third sampling the CFU bacterial number has decreased whereas CFU micromycetes number has increased. Multivariate comparison (PCA based on relative distribution of bacterial morphotypes in samples) separated the oak litter bacterial community in spruce forest soil as the most different variant among the others. Studie se vztahuje k vlivu klimatických změn (zejména globálnímu oteplování) na společenstva bakterií a mikromycét lesního opadu. Tento vliv byl simulován prostřednictvím manipulačního terénního pokusu s uměle zaneseným bukovým a dubovým opadem do smrkového lesa. Po 2, 6 a 12 měsících byla provedena kvalitativní a kvantitativní analýza bakteriálního a mikromycetového společenstva exponovaného opadu. Rozdíly v biodiverzitě byly zjištěny ve všech variantách během expozice opadu. Bakteriální počty během expozice klesaly zatímco počty mikromycétů vzrůstaly. Mnohorozměrná analýza (PCA), založená na relativním zastoupení bakteriálních morfotypů ve vzorcích, oddělila jako nejvíce odlišné společenstvo dubového opadu exponovaného ve smrkovém lese. Klíčová slova: Sherlock MIS; identification; forest litter bacterial strains Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Application of microbial identification system (Sherlock MIS) for identification of forest litter bacterial strains - preliminary results

This work has been related to the effect of climatic changes (especially warming) on communities of forest litter bacteria. We simulated this effect with use of litter bags with beech and/or oak ...

Jirout, Jiří; Petrásek, Jiří; Elhottová, Dana; Krištůfek, Václav; Nováková, Alena; Rusek, Josef
Ústav půdní biologie, 2004

Analysis of bacterial isolates and community DNA from four different succession plots in post-mining area
Chroňáková, Alica; Halbritter, A.; Krištůfek, Václav; Biró, B.
2004 - anglický Microbial communities of 4 different stages (initial [0 years after heaping of the excavated material], early [10], middle [20] and late [42] of primary succession process were studied. They were characterized by genotyping methods: ARDRA - Amplified ribosomal DNA restriction analyses and box-PCR - genomic fingerprinting using specific primer for boxA-element. Box-PCR method was chosen for comparison of methodological approaches used for characterization of heterotrophic bacterial communities. ARDRA patterns of eubacterial communities were so complex and there weren´t shown any differences among individual communities on different stages of primary succession process. Actinomycetes communities were analyzed using two sets of primers: Actinomycetes 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) and Actinomycetes 2. (243F-A3R; Monciardini et al. 2002). Fingerprints, which were obtained using both of actinomycetes specific primers, showed differences between communities on the early and later stages of primary succession process. Boy-PCR analysis is still in data processing and will be published later Byla studována mikrobiální společenstva 4 rozdílných stadií (iniciální [0 let po navršení výsypkového materiálu], rané [10], střední [20] a pokročilé [42]) v procesu primární sukcese. Tato společenstva byla charakterizována genotypickými metodami: ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) a box-PCR - genomický fingerprint s použitím specifického primeru pro repetitivní box A - element. Metoda box-PCR byla vybrána pro porovnání metodických přístupů analýzy heterotrofního bakteriálního společenstva. ARDRA profily eubakteriálního společenstva byly příliš komplexní a neukázaly žádné rozdíly mezi jednotlivými společenstvy eubakterií na odlišných sukcesních plochách. Společenstvo aktinomycet bylo studováno použitím dvou sad primerů: aktinomycety 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) a aktinomycety 2. (243F-1401R, Monciardini et al. 2002).Fingerprinty získané použitím dvou specifických sad primerů pro aktinomycety ukázaly rozdíl mezi společenstvem aktinomycet na raném a středním stadiu v procesu primární sukcese. Výsledky z analýzy box-PCR jsou nyní v procesu zpracování a budou publikovány později Klíčová slova: bacterial isolates; community DNA; succession plots in post-mining area Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Analysis of bacterial isolates and community DNA from four different succession plots in post-mining area

Microbial communities of 4 different stages (initial [0 years after heaping of the excavated material], early [10], middle [20] and late [42] of primary succession process were studied. They were ...

Chroňáková, Alica; Halbritter, A.; Krištůfek, Václav; Biró, B.
Ústav půdní biologie, 2004

Fatty acids patterns in characterization of soil microbial community in process of primary succession on post-mining sites
Elhottová, Dana
2004 - anglický This paper summarizes different approaches based on fatty acids analyses used in investigation of soil microbial community qualitative changes during primary succession on post mining sites (0-42 years). The evaluations of different community level were shown: (i) Community as a superorganisms based on complete phospholipid fatty acids (PLFA) profiles; (ii) Guilds of community based on specific PLFA biomarkers; (iii) PLFA pattern of cultivable community part; (iv) Bacterial strains level determined with help of cellular fatty acids methyl-esters (FAME, MIS Sherlock). Tato studie shrnuje různé přístupy založené na analýzách mastných kyselin při sledování kvalitativních změn mikrobiálního společenstva během primární sukcese na místě po ukončení těžby hnědého uhlí (0-42 let). Bylo ukázáno hodnocení různých hladin společenstva: (i) Neporušené společenstvo s použitím kompletního profilu fosfolipidických mastných kyselin (PLFA); (ii) Zastoupení funkčních skupin s využitím specifických PLFA biomarkerů; (iii) Charakteristika kultivovatelné části společenstva; (iv) Identifikace izolovaných kultur na základě celulárních methylesterů mastných kyselin (MIS Sherlock System). Klíčová slova: fatty acids patterns; soil microbial community; primary succession on post-mining sites Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Fatty acids patterns in characterization of soil microbial community in process of primary succession on post-mining sites

This paper summarizes different approaches based on fatty acids analyses used in investigation of soil microbial community qualitative changes during primary succession on post mining sites (0-42 ...

Elhottová, Dana
Ústav půdní biologie, 2004

The effect of soil fauna on microbial community in post mining sites - preliminary data from microcosm experiment
Frouz, Jan; Elhottová, Dana
2004 - anglický The effect of several guilds of soil fauna (mesofauna, litter feeding macroarthropods, litter dwelling earthworms and epigeic earthworm Lumbricus rubellus) and two litter types (Almus glutinosa or Salix caprea) on microbial community was studied in laboratory microcosms using phospholipid fatty acids (PLFA) approach. Increasing input of organic matter in to mineral soil madiated by fauna activity result in increase of total PLFA. Some groups of PLFA such as terminally branched saturates and straight monoenoics reflected this gradient by increasing its proportion in community, opposite was true for branched monoenoics and straight poyenoics Vliv různých funkčních skupin půdní fauny (mesofauny, opad fragmentující makrofauny a žížal) a dvou druhů opadu (Salix caprea vs. Alnus glutinosa) na mikrobiální společenstvo byl sledován pomocí laboratorního mikrokosmového pokusu s použitím PLFA. Zvýšený přísun organické hmoty mikrofaunou vyústil v celkové zvýšení obsahu PLFA, přičemž obsah terminálně rozvětvených nasycených PLFA relativně vyrůstal, zatímco obsah rozvětvených PLFA s jednou dvojnou vazbou klesal Klíčová slova: soil fauna; microbial community; post mining sites Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. The effect of soil fauna on microbial community in post mining sites - preliminary data from microcosm experiment

The effect of several guilds of soil fauna (mesofauna, litter feeding macroarthropods, litter dwelling earthworms and epigeic earthworm Lumbricus rubellus) and two litter types (Almus glutinosa or ...

Frouz, Jan; Elhottová, Dana
Ústav půdní biologie, 2004

Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers
Hill, P.; Krištůfek, Václav; Caballero, S.; Kroetsch, D. J.; Rauch, Ota
2004 - anglický Most molecular biological studies of the soil characterise a few soils or sediments under a range of treatments or over a limited time. It is difficult to compare results between studies due to variations in DNA extraction method and PCR conditions. High diversity of the soil bacterial population means that it is impossible to characterise many soils through cloning and sequencing and that finger prints are often blurred and difficult to interpret. We compare a broad range of soils and zoo/anthropogenic sediments with actinomycete specific primers. ARDRA and cloning showed that these primers amplified mainly verrucomicrobia from tropical, temperate and sub-arctic soils and actinomycetes from biologically active and urban street sediments. We found two new groups that were broadly distributed in soils: a new actinomycete family and the AD-3 candidate division that was found in acid tropical and sub-arctic soils Většina molekulárně biologických studií půd charakterizuje půdy nebo sedimenty větší škálou přístupů. Není snadné porovnat výsledky mezi studiemi, neboť se používají různé metody DNA extrakce a PCR podmínek. Vysoká diverzita půdního bakteriálního společenstva způsobuje nemožnost charakterizovat velké množství půdních vzorků klonováním a sekvenováním a fingerprinty jsou často nečitelné a těžko interpretovatelné. Porovnali jsme širokou škálu půd a zoo/antropogenních sedimentů použitím specifických aktinomycetových primerů. ARDRA a klonování ukázaly, že tyto primery amplifikovaly hlavně verrucomicrobia z půd odebraných v tropických, mírných a subartických oblastí a aktinomycety z biologicky aktivních a městských sedimentů. Nalezli jsme dvě nové skupiny, které byly široce zastoupené v kyselé a sub-arktické půdě: novou čeleď aktinomycetů a kandidáta AD-3 divize Klíčová slova: contrasting soils; sediments; semispecific actinomycete r-DNA PCR primers Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Characterizing contrasting soils and sediments with semispecific actinomycete r-DNA PCR primers

Most molecular biological studies of the soil characterise a few soils or sediments under a range of treatments or over a limited time. It is difficult to compare results between studies due to ...

Hill, P.; Krištůfek, Václav; Caballero, S.; Kroetsch, D. J.; Rauch, Ota
Ústav půdní biologie, 2004

Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates
2004 - anglický The papers in this volume form the basis of the 9th Methodological Workshop held in the Institute of Soil Biology AS CR (České Budějovice, 2-3 March 2004). All 39 active participants attended the workshop and made 19 oral presentations and 7 posters contributions 9. metodologický workshop se konal 2.-3.3. 2004 v Ústavu půdní biologie AV ČR v Českých Budějovicích. 39 aktivních účastníků workshopu prezentovalo celkem 19 příspěvků a 7 posterů Klíčová slova: 9th Methodological Workshop; microbial community biodiversity; methods for investigation Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates

The papers in this volume form the basis of the 9th Methodological Workshop held in the Institute of Soil Biology AS CR (České Budějovice, 2-3 March 2004). All 39 active participants attended the ...

Ústav půdní biologie, 2004

Growth and composition characteristics of functional groups of the soil microbial community
Černá, B.; Elhottová, Dana; Šantrůčková, Hana
2004 - anglický Oxyggen consumption was used for measuring growth parameters of functional microbial groups in two soils of different texture after addition of mineral, sugar-ammonium and complex media. Phospholipid fatty acids analysis (PLFA) was used to determine differences in community composition and structure. Growth parameters and composition based on a complete PLFA pattern of the microbial community, changed as a response to medium addition and type of incubation. The proportion of actinomycetes decreased whereas the proportion of fungi increased after addition both of the sugar-ammonium and complex media. Gram-negative bacteria dominated after addition of the substrates rich carbon source, while Gram-positive bacteria prevailed after addition of the carbon and nitrogen rich medium. Spotřeba kyslíku byla použita pro měření růstových parametrů funkčních skupin ve dvou půdách s různou texturou inkubovaných s přídavkem tří médií lišících se typem C- a N-substrátu. Analýza fosfolipidických mastných kyselin (PLFA) byla použita k určení rozdílů ve složení a struktuře mikrobiálních společenstev sledovaných půdních vzorků. Růstové parametry i PLFA složení společenstev se lišily v závislosti na typu média. Přídavek jednoduchého i komplexního C-N-zdroje způsobil pokles zastoupení aktinomycétů ve prospěch rozvoje mikromycétů. Zastoupení Gram-negativních bakterií se zvyšovalo po přídavku glukózy. Klíčová slova: soil microbial community; growth parameters; composition characteristics Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Growth and composition characteristics of functional groups of the soil microbial community

Oxyggen consumption was used for measuring growth parameters of functional microbial groups in two soils of different texture after addition of mineral, sugar-ammonium and complex media. Phospholipid ...

Černá, B.; Elhottová, Dana; Šantrůčková, Hana
Ústav půdní biologie, 2004

Půdní makrofauna (Diplopoda, Chilopoda, Oniscidea) v podmínkách obnovených povodňových stavů v lučních a lesních biotopech jižní Moravy
Tajovský, Karel
2004 - český Obnova povodňových stavů a s ní související zvýšení spodní hladiny vody měla za následek zlepšení podmínek příznivých pro rozvoj populací hygrofilních druhů a druhů charakteristických pro mokřadní biotopy. Lužní lesy se zlepšeným hydrickým režimem byly charakterizovány vyššími počty druhů ve všech třech studovaných skupinách půdní makrofauny. Naopak zaplavovaná otevřená stanoviště typu mokřadních luk pod vlivem pravidelných povodní vykazovala nízkou druhovou diverzitu, pokles a následně nízkou epigeickou aktivitu. Na druhé straně jsou tato stanoviště opět charakterizována výskytem druhů adaptovaných k existujícím extrémním environmentálním podmínkám. Obnovené povodňování v jihomoravských aluviálních ekosystémech přispělo k návratu, respektive k opětovnému šíření druhů typických pro zaplavované biotopy. V případě mnohonožek to jsou především druhy Julus scanicus a Leptoiulus cibdellus, ze stonožek je třeba jmenovat druh Lamyctes emarginatus. Floodplain habitats in the alluvium of the Morava and Dyje rivers, Czech Republic, were strongly affected by changes in water regime conditioned by regulation measures in the past centuries. These negative changes resulted in the cessation of regular floods, decline of groundwater level and subsequently in dramatic changes of characteristic vegetation as well as animal assemblages. Therefore activities aimed at more thorough analysis and restoration and revitalization projects were undertaken in nineties. Specific extreme conditions in the regularly flooded biotopes are determining for the existence of the specific soil invertebrate assemblages including millipedes (Diplopoda), centipedes (Chilopoda) and terrestrial isopods (Oniscidea). Long termed pitfall trapping processed in forest and meadow habitats in the years 1993-2001 enable us to evaluate the impact of restoration of regular floods and improving water regime on these terrestrial invertebrates. While the animal assemblages in floodplain forest (Ranšpurk National Nature Reserve) showed to be more conservative towards restoration processes, those in flooded meadow (Křivé jezero National Nature Reserve) dramatically stressed by previous negative conditions well responded to improving water regime. Renewed inundations at this locality contributed to the return of parameters of natural wetland habitat. Low densities and the species typical for extreme flood conditions (centipede Lamyctes emarginatus, millipedes Julus scanicus and Leptoiulus cibdellus, terrestrial isopod Trachelipus rathkii) were monitored at this locality. Klíčová slova: soil macrofauna; restoration of flood conditions; South Moravia; stanovištní podmínky; vodní toky Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Půdní makrofauna (Diplopoda, Chilopoda, Oniscidea) v podmínkách obnovených povodňových stavů v lučních a lesních biotopech jižní Moravy

Obnova povodňových stavů a s ní související zvýšení spodní hladiny vody měla za následek zlepšení podmínek příznivých pro rozvoj populací hygrofilních druhů a druhů charakteristických pro mokřadní ...

Tajovský, Karel
Ústav půdní biologie, 2004

Methodological approaches for studying of biodiversity in soils
Šimek, Miloslav; Krištůfek, Václav
2004 - anglický Soil has many ecological and human-linked functions which can be fulfilled mostly due to the presence of countless living creatures - soil biota. Diversity of soil organisms is often linked to other important soil attributes, e.g. fertility, productivity, resilience, quality and health, as well as soil degradation. In this paper, concept of soil biodiversity is analysed and traditional and current methodological approaches in studying soil biodiversity are listed and briefly discussed Půda má mnoho ekologických a s lidskými aktivitami souvisejících funkcí, které mohou být naplněny pouze díky přítomnosti organismů v půdě. Diverzita půdních organismů je často vztahována k jiným významným půdním atributům, jako jsou úrodnost, produktivita, resilience, kvalita a zdraví půdy, a také degradace půdy. Práce představuje koncepci půdní biodiverzity a tradiční i moderní metodické přístupy jejího studia Klíčová slova: biodiversity; soils Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Methodological approaches for studying of biodiversity in soils

Soil has many ecological and human-linked functions which can be fulfilled mostly due to the presence of countless living creatures - soil biota. Diversity of soil organisms is often linked to other ...

Šimek, Miloslav; Krištůfek, Václav
Ústav půdní biologie, 2004

Využití půdní mikrostruktury při sledování vztahů mezi půdními organismy a půdním prostředím
Frouz, Jan; Jerhot, Josef
2003 - český Klíčová slova: soil microstructure; soil biota Plné texty jsou dostupné na jednotlivých ústavech Akademie věd ČR. Využití půdní mikrostruktury při sledování vztahů mezi půdními organismy a půdním prostředím

Frouz, Jan; Jerhot, Josef
Ústav půdní biologie, 2003